The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
115
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sequence length |
378
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structure length |
373
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Chain Sequence |
SGRENLYFQGKERRRAVLELLQRPGNARCADCGAPDPDWASYTLGVFICLSCSGIHRNIPQVSKVKSVRLDAWEEAQVEFMASHGNDAARARFESKVPSFYYRPTPSDCQLLREQWIRAKYERQEFIYPEKQEPYSAGYREGFLWKRGRDNGQFLSRKFVLTEREGALKYFNEPKAVMKIEHLNATFQPAKIGHPHGLQVTYLKDNSTRNIFIYHEDGKEIVDWFNALRAARFHYLQVAFPGASDADLVPKLSRNYLKEGYMEKTGPKQTEGFRKRWFTMDDRRLMYFKDPLDAFARGEVFIGSKESGYTVLHGFPPSTQGHHWPHGITIVTPDRKFLFACETESDQREWVAAFQKAVDRPMLPQEYAVEAHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Arf-GAP with dual PH domain-containing protein 1
|
| publication title |
Phosphorylation-independent dual-site binding of the FHA domain of KIF13 mediates phosphoinositide transport via centaurin alpha1.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Hydrolase activator
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| total genus |
115
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| structure length |
373
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| sequence length |
378
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-01-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| X | PF00169 | PH | PH domain |
| X | PF01412 | ArfGap | Putative GTPase activating protein for Arf |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) | ||
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Herpes Virus-1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PZD A; 1GG3 A; 4K2P A; 1KZ7 A; 4HAX B; 1MIZ B; 2FJL A; 5GOW B; 3AJ4 A; 4DXA B; 4PNK A; 1U2B A; 2PZ1 A; 3KRW A; 3TW1 A; 2L1C A; 2N23 A; 2LUL A; 2QKL A; 3P7Z A; 1PLS A; 1FGZ A; 5J3Y A; 1WI1 A; 1M7E A; 1WG7 A; 2M14 A; 1I7A A; 1P6S A; 1UNR A; 2MFQ A; 2EJ8 A; 2K00 A; 1H10 A; 2IYB A; 4P7I A; 1XCG A; 1OY2 A; 2YRY A; 2H7E A; 4MY6 A; 4EJN A; 2EMS A; 4EKU A; 5C5B B; 2JP2 A; 2X18 A; 1WJ1 A; 5JLJ B; 3ZVR A; 1OMW A; 2Y7B A; 1NTV A; 3SUZ A; 1WGU A; 1SHC A; 4HAY B; 3TVV A; 1X1G A; 1V5U A; 1GC6 A; 3PP2 A; 2R0D A; 4C0A A; 4GMV A; 2NZ8 B; 2YS1 A; 4YL8 A; 2VKI A; 4HB3 B; 3LJU X; 5JHG A; 1FHW A; 4HAV B; 2DTC A; 1ZVR A; 4MK0 A; 2ZPY A; 2ELB A; 1MK7 B; 1ISN A; 5D27 A; 3JUE A; 3OAN A; 2IFS A; 2XQN M; 1U5F A; 2DX1 A; 3ULC A; 2DHK A; 1U5D A; 4KAX B; 4A6F B; 1EGX A; 3D8D A; 2I1J A; 3RCP A; 2UZR A; 4ZRK A; 5DHF B; 3PVW A; 1BWN A; 2P0D A; 4DX8 A; 5HE0 A; 5EFX A; 5KQ4 A; 2GCL A; 1XX0 A; 2KCJ A; 3U8Z A; 2LG1 A; 2YS5 A; 2ADZ A; 5DI9 B; 5C16 A; 2CAY A; 2CY5 A; 4IFS A; 2COF A; 2D10 A; 1WVH A; 2D2Q A; 3V5W A; 3AU5 A; 2VSZ A; 3WA0 A; 1OQN A; 2RSG A; 4IAP A; 2RVB B; 1FGY A; 5DIF B; 2VRW B; 2Z0P A; 4ZRJ A; 3X23 A; 4A6F A; 3GYO A; 3ML4 A; 1XR0 B; 1XKE A; 2W2W A; 5D3W A; 1X1F A; 3ODX A; 4F7H A; 3QIJ A; 4XWX A; 1W1H A; 4MT7 A; 1U29 A; 1M7R A; 2M38 A; 3M1I B; 4GPT B; 4A5K A; 2W2X C; 1EAZ A; 2CY4 A; 1ZC4 B; 2RGN B; 3O47 A; 4B6H A; 1BTN A; 3FEH A; 3A8Q A; 2EC1 A; 2YT1 A; 1J0W A; 3T06 A; 3HW2 B; 1ZM0 A; 3ODO A; 1FHO A; 4F7G A; 2YF0 A; 2MKR A; 2LOX A; 4L6E A; 3TO1 A; 1X11 A; 1DBH A; 4GXB A; 3DXD A; 4HDO A; 2DHI A; 2OQB A; 1Y19 B; 4ZRI A; 2LYD A; 5LON B; 2D9Y A; 2I1K A; 4CHJ A; 2D11 A; 2YS3 A; 2CRF A; 4KHA A; 1H4R A; 2IQJ A; 1QC6 A; 3KY9 A; 3HQC A; 2J59 M; 3ZDT A; 3P6A A; 1UEF A; 3QBV B; 4HB4 B; 2DN6 A; 2K2U A; 5FI1 A; 2B0O E; 2EMT A; 4YON A; 1UPQ A; 3CIK A; 5D3V A; 1Z87 A; 3DXC A; 2AL6 A; 2KGX B; 3HK0 A; 1PFJ A; 1W1D A; 2V76 A; 4HAZ B; 1SGH A; 1MPH A; 1QQG A; 3NSU A; 4H8S A; 1XOD A; 4GMX B; 2ELA A; 3PG7 A; 1DDV A; 3VIA A; 2Q13 A; 3QWM A; 1UPR A; 2COC A; 5KCV A; 2R09 A; 4Z2M B; 1ZC3 B; 5HE3 A; 1B55 A; 5KQ1 A; 3SO6 A; 5DHA B; 1K5G B; 2DKP A; 2I5C A; 3A98 B; 1GC7 A; 2MWN B; 5HE1 A; 1LW3 A; 3F0W A; 4CHM A; 3DWD A; 3BJI A; 2D9Z A; 1I2H A; 3TFM A; 5D3Y A; 1NTY A; 1EVH A; 1K5D B; 2K2J A; 3AU4 A; 2NMB A; 4PQ0 A; 3ODW A; 2J0M A; 4NY0 A; 2OWA A; 1WJM A; 2D9V A; 4Y94 A; 5L81 A; 5LOP B; 2D9X A; 1DDW A; 1U5G A; 5C79 A; 1WGQ A; 5CLL B; 3FM8 C; 1FOE A; 2AEH A; 5CLQ B; 3MDB C; 3D8E A; 4HDQ A; 2P57 A; 1AWE A; 4HHV A; 4GZU A; 1V5M A; 1EF1 A; 2COD A; 1KI1 B; 2MDX A; 4GN1 A; 1MAI A; 2J0J A; 1ZSQ A; 2GS0 A; 4KHO A; 3ULB A; 5FI0 A; 2DKQ A; 1TJ6 A; 1E5W A; 2CRW A; 5D3X A; 2P0H A; 1FB8 A; 3GYP A; 4IOY X; 4KVG B; 3PVL A; 1XD4 A; 4DBB A; 2DX5 A; 1X05 A; 2D4Q A; 1NI2 A; 2DA0 A; 3KSY A; 1MK9 B; 3A8P A; 1Y5O A; 1BAK A; 4HB2 B; 1TQZ A; 4HAW B; 3G9W A; 5JHH A; 2YT0 A; 2J0K A; 3O96 A; 2Y8F A; 4WSF A; 2DYN A; 1KZG A; 1MIX A; 2D9W A; 2OTX A; 1V5P A; 2GJY A; 5C6R A; 3MPX A; 1DYN A; 1UNQ A; 2LOZ A; 2Z0O A; 3SV1 A; 2QKM A; 2BCJ A; 2LKO A; 1LB1 A; 4WJ7 A; 3PVU A; 3PEG A; 1P5T A; 2P0F A; 2UZS A; 4K17 A; 4A6K A; 1BTK A; 3WYF B; 1FHX A; 1W1G A; 2G35 A; 2HE7 A; 3TCA A; 5J3Q A; 4NSW A; 1Q67 A; 1IRS A; 1V88 A; 1FAO A; 4EMO A; 1DRO A; 2W2X D; 1AQC A; 4K2O A; 1NU2 A; 3N7C A; 1UNP A; 4HAT B; 1X86 A; 3FSS A; 5C5B A; 2L2I A; 2ROV A; 4TYZ A; 2CRR A; 2DLW A; 3U7D A; 3SYX A; 2RLO A; 1V89 A; 3SUB A; 2GCJ A; 1N3H A; 3KRX A; 2H7D A; 5HE2 A; 2P8V A; 3LVQ E; 3D8F A; 2YVC A; 1RJ2 A; 3CXB B; 1DCQ A; 1P3R A; 2ROZ B; 2RUK B; 3KZ1 A; 4WVF B; 4BBK A; 2DHJ A; 2COA A; 4Z2N A; 5J3T A; 1PMS A; 1RRP B; 1V61 A; 2N0Y A; 4HB0 B; 2UVM A; 2RNR B; 2I5F A; 5DH9 B; 3UZT A; 1J19 A; 2Z0Q A; 3T9K A; 4D0N B; 3VOQ A; 4DX9 0; 3DXE A; 1U27 A; 4F1P A; 1TXD A; 2DYQ A; 4KHB B; 2KUP A; 4TKN A; 1U5E A; 3IVF A; 4HAU B; 4K81 A; 3F5R A; 4CYE A; 3BIN A; 2E2X A; 3SNH A; 2YSZ A; 5JP4 A; 3LVR E; 3PSC A; 4A6H A; 2HTH B; 1MKE A; 2DFK A; 4F7U P; 2Y8G A; 1DDM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VJF A; 2MIQ A; 3PZD A; 1GG3 A; 4K2P A; 3KV5 A; 1MI1 A; 1ZBD B; 1KZ7 A; 3M62 A; 4HAX B; 1MIZ B; 2FJL A; 4O62 A; 2K4D A; 5GOW B; 4FJC A; 4A49 A; 3AJ4 A; 5H1V A; 3L1Z B; 4DXA B; 4PNK A; 3O70 A; 4WZ0 A; 4MVT A; 1U2B A; 2PZ1 A; 3KRW A; 3TW1 A; 2L1C A; 2N23 A; 3H7H A; 2LUL A; 2QKL A; 3P7Z A; 3O33 A; 5G0F A; 1PLS A; 1FGZ A; 2ZKM X; 3EB6 A; 3NWD A; 5J3Y A; 2M85 A; 3MHS A; 2F6J A; 3L1X A; 1WI1 A; 1M7E A; 1WG7 A; 2M14 A; 1FP0 A; 2YHO A; 4F52 B; 1I7A A; 3FL2 A; 1P6S A; 1UNR A; 3FAN A; 2MFQ A; 2ECT A; 2CSV A; 3N9Q A; 2EJ8 A; 2K00 A; 1H10 A; 2IYB A; 4LLB A; 4P7I A; 5J3X A; 1XCG A; 1WE9 A; 1OY2 A; 2BAY A; 5TRB A; 4B7Y C; 2YRY A; 4A0C D; 2H7E A; 2RI7 A; 2VNF A; 1CHC A; 4MY6 A; 4EJN A; 2YU4 A; 2EMS A; 4EKU A; 5C5B B; 2JP2 A; 2X18 A; 1WJ1 A; 1DVP A; 3LQI A; 5D1M B; 1LDK C; 5JLJ B; 4OSN A; 3ZTG A; 3ZVR A; 2YRE A; 2VPG A; 3HCT A; 5M4Y B; 1OMW A; 2Y7B A; 2Y1M A; 1BOR A; 1NTV A; 3SUZ A; 4UP5 A; 1WGU A; 4LK9 A; 1SHC A; 4HAY B; 2K1J A; 3OHM B; 3TVV A; 4C9Z A; 1X1G A; 4DIX A; 1V5U A; 4D6W A; 1GC6 A; 3PP2 A; 2R0D A; 4C0A A; 4GMV A; 1MM2 A; 2EOD A; 2KWO A; 2NZ8 B; 4S3O C; 2YS1 A; 4YBM A; 2KWN A; 4YL8 A; 2VKI A; 4HB3 B; 1X4J A; 2KU3 A; 5SVY A; 3LJU X; 5K3Q A; 4N4F A; 4AP4 A; 2JMJ A; 3VK6 A; 3ZYQ A; 2D8U A; 5JHG A; 1WEN A; 5LG4 B; 2VJE A; 1FHW A; 3L11 A; 4HAV B; 2DTC A; 1ZVR A; 2YUC A; 4MK0 A; 5KH3 A; 2ZPY A; 2ELB A; 4R2Y A; 1IYM A; 2QIC A; 3DPL R; 1MK7 B; 3PHD A; 2I50 A; 3M7K A; 1ISN A; 2LQ6 A; 5H9M A; 4L1R A; 5D27 A; 2ZET C; 3JUE A; 3OAN A; 2IFS A; 2XQN M; 2CKL B; 2LAU A; 1U5F A; 2DX1 A; 3DCX A; 2AN6 A; 3ULC A; 4WZ3 B; 2DHK A; 2H0D A; 1U5D A; 4KAX B; 4A6F B; 2CSZ A; 1JM7 A; 1EGX A; 2MUM A; 5D1K B; 3D8D A; 2I1J A; 3RCP A; 4Q6F A; 4WZ2 A; 2UZR A; 1MM3 A; 4GNK B; 5KH9 A; 4ZRK A; 2LGK A; 3ZPV 1; 5DHF B; 2YSJ A; 3PVW A; 5DKA A; 4YBT A; 5B79 A; 1BWN A; 2P0D A; 2VPE A; 5H1T A; 2VJF B; 4DX8 A; 4WA6 A; 5HE0 A; 5EFX A; 2EGP A; 3FJU B; 3RPG B; 5KQ4 A; 2YQM A; 1N87 A; 2GCL A; 1XX0 A; 2KCJ A; 3E2D A; 3U8Z A; 2LG1 A; 2YS5 A; 1VD4 A; 1Z2Q A; 2ADZ A; 5DI9 B; 5C16 A; 2CAY A; 1WEO A; 3Q1D A; 3ZPV E; 2CY5 A; 4IFS A; 2COF A; 2D10 A; 1WVH A; 2D2Q A; 3V5W A; 3AU5 A; 2VSZ A; 5B77 A; 2KIE A; 4FK5 A; 1XWH A; 3WA0 A; 1OQN A; 2DJA A; 2RR4 A; 2RSG A; 3NWA A; 4IAP A; 2KKY A; 2RVB B; 1FGY A; 5DIF B; 2VRW B; 2Z0P A; 4ZRJ A; 3X23 A; 4A6F A; 3GYO A; 3HCS A; 3KV6 A; 2G6Q A; 3ML4 A; 1XR0 B; 2L80 A; 2MA5 A; 1XKE A; 4V3K C; 2W2W A; 5D3W A; 1X1F A; 3ODX A; 4F7H A; 2ECG A; 3QIJ A; 4XWX A; 1W1H A; 2JM3 A; 4MT7 A; 4CA1 A; 4IC2 A; 1U29 A; 1M7R A; 2M38 A; 3M1I B; 1WIM A; 4GPT B; 1G25 A; 2MNZ A; 4A5K A; 2W2X C; 2MD7 B; 2MT5 A; 1EAZ A; 2CY4 A; 2G43 A; 2E6S A; 1ZC4 B; 2RGN B; 3O47 A; 4B6H A; 5TBN A; 2LXP C; 3FAO A; 1BTN A; 4B86 C; 3FEH A; 3A8Q A; 2FSA A; 4Z0R A; 1V87 A; 4R7E A; 5TDR A; 1LDJ B; 2OXQ C; 2EC1 A; 2YT1 A; 1J0W A; 2F42 A; 3T06 A; 3I2D A; 3HW2 B; 1ZM0 A; 3ODO A; 2K49 A; 4QXA B; 1ZYI A; 3LQH A; 2E61 A; 2C2L A; 1FHO A; 3SOU A; 4F7G A; 2YF0 A; 2MKR A; 2LOX A; 2LXH C; 4L6E A; 3TO1 A; 1X11 A; 5AIT A; 2VPB A; 1DBH A; 2VP7 A; 2F6N A; 4GXB A; 2JMD A; 3DXD A; 4HDO A; 2DX8 A; 5I2S A; 2DHI A; 2JUN A; 2OQB A; 3ASL A; 4PTB A; 5FEY A; 4OGC A; 4GNG A; 1Y19 B; 3U12 A; 2EXU A; 2UZG A; 2VJE B; 4ZRI A; 2LYD A; 5LON B; 2HYE D; 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