4PTBA

Crystal structure of human sp100 phd-bromodomain in the free state
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
178
structure length
178
Chain Sequence
NSNICEVCNKWGRLFCCDTCPRSFHEHCHIPSVEANKNPWSCIFCRIKTIQERCPESQSGHQESEVLMRQMLPEEQLKCEFLLLKVYCDSKSCFFASEPYYNREGSQGPQKPMWLNKVKTSLNEQMYTRVEGFVQDMRLIFHNHKEFYREDKFTRLGIQVQDIFEKNFRNIFAIQETS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Nuclear autoantigen Sp-100
publication title Crystal structure of human SP100 PHD-Bromodomain in the free state
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 59
structure length 178
sequence length 178
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-03-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4ptbA02
3.30.40.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Herpes Virus-1 Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) 4ptbA01
2LQ6A 4IC2A 5E9IA 5JWMA 4LKAA 5CZGA 2K4DA 3HTKC 2VJEB 3I2DA 4QZSA 5ENGA 4O75A 2H0DB 5A81A 3ASLA 3O37A 5EPBA 4LDFA 3UV2A 4WHWA 3HCUA 1CHCA 2YURA 4NN2A 4FLPA 2QIZA 5CQ6A 3EB6A 1X4IA 4C67A 3P5OA 4TKPB 4KCXA 5DKCA 5TBNA 5FG6A 2K17A 5D3PA 4O7CA 3I3JA 3KQIA 4HBWA 4MEOA 4UIUA 4KV4A 5IG6A 3ZVZB 3SOXA 5E74A 5FE4A 5EYAF 5L99A 4FK5A 2BAYA 3RPGB 2GRCA 2QJ0A 4R2YA 5EQ1A 4BW2A 4IORA 4YATA 5D3HA 4N4GA 3DQVR 3P1CA 4HXRA 5FG4A 3ZPVE 3QZVA 4WA6A 4NQNA 5FFWA 4O70A 5CUDA 1WFKA 4CLBA 4TT6A 5D26A 5E73A 4Z6IA 1ZBDB 3GV4A 5II1A 3HCSA 4AP4A 3QZTA 1LDJB 4AYCA 3ONIA 5I40A 1MM2A 2XEUA 2VJEA 4LZSA 5D0CA 4S3OB 4TQNA 3O36A 4QSSA 5J0DA 4PCIA 3O7AA 4R7EA 4F52B 4YYKA 5LVRA 5CQ3A 5H1UA 4N4HA 1WEQA 2QICA 5DYCA 5IIDA 5I80A 3HMFA 5D24A 3GL6A 4YH4A 4N4FA 2OSSA 2ECNA 5CUGA 5AMFA 3N9NA 5HRXA 3L1XA 5I88A 4J1PA 2H0DA 5EWHA 2KWJA 4Q0OA 4PY6A 2JMDA 4LC2A 4QR5A 4QSUA 4O72A 1WILA 4MR6A 4BW1A 4QB3A 5HLSA 4Q6FA 2LN0A 3MB4A 4QSWA 3PURA 2KIZA 2M85A 2YQDA 5FB0A 2KU3A 2JMJA 2L43A 3ZPV1 5JI8A 2L84A 5A5QA 2KFTA 5CGPA 3P1DA 5ACYA 3T7LA 4QEVA 2I8NA 5HM0A 4HBVA 5A82A 5KTWA 4QF3A 5ENHA 2LSPB 5EISA 1WEWA 2VPDA 4XI1A 5FEYA 4MENA 4AVXA 2DVSA 4UITA 2MNZA 5II2A 4CUPA 2CSZA 5L96A 5IGMA 1U6GB 4LJNA 1WEMA 2YREA 4CUUA 3L1ZB 1HYJA 2YUCA 3U5LA 4V3KC 5E9VA 5IGKA 1WEOA 2MUMA 3AADA 2ECWA 4IOQA 3MQMA 5CQAA 5EU1A 2OO1A 4NR7A 2VPEA 5I29A 2LGLA 5KH7A 1WUMA 5D3NA 3MULA 2MT5A 5TRBA 2LV9A 4QC1A 5D3LA 2PUYA 4N3WA 5FE7A 5I7XA 5ENBA 3UVWA 4HXLA 5HEMA 4UIYA 4Z1QA 2VP7A 2RFJA 5HFQA 4NR6A 3PUQA 4PTBA 4XUBA 5A5SA 5A5PA 5CU8A 2MA6A 4CA1A 1N72A 2F6JA 4CUTA 2UZGA 4Y03A 5HQ6A 5D1KB 1F62A 1WE9A 3U5OA 2DVQA 5DW2A 4A9FA 5H1TA 5IBNA 5E3DA 4TZ2A 1E6IA 2D82A 5EV9A 5A85A 3MHHA 3ZNIA 5I83A 5COIA 5LCWB 2D8SA 2VJFB 2LXHC 4YYGA 4QSTA 3SHBA 5DLZA 4CFKA 2R0YA 4GB0A 4TU6A 5CRZA 3UVYA 5DYXA 3IU5A 4NUEA 4A9KA 3N9LA 3RPGC 4P5OB 3KV6A 4LYSA 4A0CD 4NR9A 4QSQA 2YYNA 4RVRA 5CTLA 5KO4A 3NXBA 2YQMA 4O64A 5C8GA 4LZ2A 5G0FA 3IU6A 5K29A 2YDWA 1K2FA 2YHNA 4NRCA 2I7KA 4A9JA 5FE1A 2F6NA 4TTEA 2FUIA 3M63A 5DLXA 4BJXA 1WUGA 1WEVA 4C9ZA 1G25A 2Y1MA 1Z60A 2ECTA 5F62A 4S3OC 5CUBA 4YYNA 4HXMA 2Y1NA 4UYFB 5FE2A 4A4CA 3SOWA 5CUAA 1DVPA 5EVAA 2AN6A 4BW3A 4IOOA 5C89A 3O33A 1JM4B 1XWHA 3LXJA 2YSJA 3O70A 5BT5A 5DKAA 4QYDA 3C6WA 4UP0A 4GNGA 3HMEA 5A5OA 2DWWA 5L8TA 4LK9A 5G05B 5FE5A 4A9EA 3KNVA 4E96A 4CURA 2RSDA 5CRMA 3KV5A 5FG5A 2G4AA 1FBVA 4UI9B 3UVDA 5B8DA 4UYDA 4YY6A 1VYXA 3S92A 5CUEA 2MIQA 4NUDA 2DKWA 1VFYA 2VJFA 3JVKA 5ENIA 2E7NA 5F36A 5HELA 1WEUA 2LGVA 2LXPC 3PHDA 5B75A 5KH9A 3EB5A 2WP1A 3GG3A 3DPLR 4FJCA 4WIVA 2YU4A 5DX4A 4O78A 2DVVA 4QSPA 4LZRA 3MUKA 4TT2A 5EWVA 2M3HA 2PNXA 4A9HA 5DYUA 5L97A 4NQMA 5ENCA 2G6QA 4HXOA 2NXBA 4QSVA 5D3SA 4ZW1A 2XB1A 1ZS5A 2MJVB 5I89A 4A9OA 5C11A 5JG6A 3ZTGA 4NRBA 4QSRA 5D3RA 5C7NA 5D1MB 4MSXA 4Z93A 5CQ7A 4I7DA 2FUUA 2YQLA 5ETBA 3Q2FA 5F60A 2HYED 5KH3A 5D3TA 5CUCA 4GNDA 4LLBA 2L5EA 5DKDA 4QEUA 4N4IA 5FBXA 5TCMA 5D3JA 4UYFA 4Z6HA 4XY8A 3U5KA 1Z6UA 5CQ8A 4IR4A 3FKMX 2KE1A 5ENEA 2KREA 2H60A 3N9MA 4HXSA 4ZQLA 3L11A 1JSPB 1Z2QA 5LJ2A 2CSYA 5BT3A 3N9QA 5LVQA 4YYDA 4QEWA 2EGPA 3DAIA 1X4JA 4FO9A 5F63A 4V3LC 4GNEA 4NS5A 5B77A 4NR5A 5CQTA 5ETDA 5DY7A 4BBQA 4UYGA 5EI4A 4UIWA 3NG2A 4GNFA 3RTRB 4O71A 2M6MA 5G4RA 4YY4A 5LKUA 1RMDA 3FL2A 5AD2A 1WEPA 2DVRA 5H85A 2RNYA 4NXJA 3U5PA 4MR3A 4PS5A 5B76A 3JVLA 4NR4A 2R0SA 4QR3A 5DFCA 2JRJA 4IR5A 2N9GA 3ZYUA 1JM7B 2RNWA 3UV4A 3O34A 5TDWA 2KR4A 2WP2A 1WIMA 5EPRA 5FDZA 4IC3A 1WENA 5F1HA 2VPGA 2EA6A 5E7DA 3QZSA 2YW5A 5E9KA 2YELA 4WHUA 5F3AA 3VK6A 3TLPA 2YHOA 1T1HA 4LR6A 5HRVA 5I7YA 3Q2EA 4B7YC 4KV1A 2EODA 2ZETC 5E9YA 3G0JA 5BT4A 5FB1A 5KTUA 5F1LA 3JVMA 4HXNA 4OUFA 4Q0NA 5AMEA 5TB6A 3P1EA 5D25A 3HMHA 3S91A 2G45A 5AD3A 5L8UA 4A4BA 2LGKA 4LADB 2JMIA 3UVXA 4L58A 5FERA 2RNXA 2KWKA 2R0VA 2L85A 4OGJA 5F61A 2K16A 5EK9A 4YC9A 2KWOA 5A5NA 5FE3A 5EM3A 5A5RA 5E3GA 1HYIA 2E6RA 4NYXA 2E7OA 4OGIA 5KTXA 2OXQC 5CY9A 2KWNA 3RCWA 4O74A 5F5ZA 4MEPA 4AKNA 4CUSA 4A9MA 4TYLA 2F42A 1WGMA 2YW8A 5AITA 4GPJA 4O76A 1JM7A 2KGIA 2RI7A 4XUAA 4YBTA 5HQ7A 5C85A 3SVHA 4QUUA 5LUUA 4MR5A 4ALHA 3N9OA 2C2VS 2LDRA 4YH3A 3M62A 5CPEA 5DYAA 5FE9A 5I3LA 4YK0A 5FH8A 4ZUXU 5CQ5A 5DKHA 1VD4A 3LRQA 4A9NA 5FE0A 5I86A 5E0RA 4R8PK 4ALGA 4UIZA 4YABA 3UV5A 5B78A 4WZ2A 2L80A 3ZYQA 5A83A 2D9EA 3LQJA 5LJ1A 4ZDTA 4WZ0A 5C4QA 5G04B 5E9MA 5I1QA 2YYRA 1JOCA 4LRGA 3N9PA 4IR6A 4NRAA 4XYAA 1WEEA 4W4UA 5LJ0A 4YYJA 5J3XA 3UW9A 4DONA 5CS8A 3DWYA 5CFWA 4YYIA 2M1RA 2C2LA 4QSXA 5EICA 5C87A 2DX8A 4YADA 5F2PA 4O7AA 4QY4A 4QNSA 2YEKA 4QF2A 5FH7A 4O7EA 5KHMA 5D1LB 2MD7B 4TU4A 5TABA 2YSMA 5ENJA 4NYWA 5HQ5A 5TDRA 4X2IA 2ECJA 5EWDA 4X3GA 5DINA 5EP7A 2CKLB 5LKZA 2ECGA 5IGLA 5FE6A 2R10A 3LQIA 3M99A 2DATA 4L7XA 4WZ3B 5H1VA 4YBSA 2OUOA 4I7BA 4QYLA 2HDPA 5LKTA 4CL9A 2FSAA 4QR4A 5C13A 4LYWA 4J3IA 2ECIA 2E3KA 5B79A 3P1FA 4ZC9A 4F3IA 2K1JA 5H9MA 5DBMA 4C66A 2ECVA 4I7CA 1F68A 3C5KA 4YYHA 4A49A 5HENA 2L75A 3HCTA 2I50A 4NR8A 3U5MA 4CUQA 4AUQB 4UIXA 4NYVA 5IGNA 4TS8A 5HFRA 3LJWA 3V43A 3T6RA 5EA1A 5FE8A 4HBYA 5FH6A 4O77A 4FIPA 4UP5A 5L98A 4HXKA 3U5JA 5HRWA 2RS9B 5A7CA 1X0JA 3D7CA 2KYUA 5LKXA 2VNFA 5DFBA 3SVFA 3LQHA 5AIUA 3AQAA 5ENFA 4MVTA 1E4UA 3ZVYA 3IHPA 4XY9A 2YT5A 1X4UA 5FFYA 5FFVA 2CKLA 4QUTA 5HCLA 1WESA 2L0BA 2LRIC 4CFLA 3MHSA 4B86C 4TZ8A 4O7FA 5E9LA 1MM3A 4YBMA 2KGGA 2VPBA 2IDAA 4UIVA 4UYEA 2KTBB 4LYIA 1N87A 2YEMA 5DW1A 2RO1A 1FP0A 2LGGA 1V87A 4HBXA 5D7XA 4HXPA 4QC3A 5DFDA 1IYMA 5KU3A 1LDKC 3MXFA 4YYMA 2G43A 2MA5A 3K2JA 2E6SA 4BHWA 2NAAA 4J0RA 4NUCA 4TT4A 4MEQA 4A9LA 5HJCA 5G4SA 3O35A 4IR3A 4YAXA 3G0LA 2L5UA 1BORA 2MD8C 5EWCA 2CT2A 4O7BA 4AYCB 4A9IA 2Y43A 3JVJA 3MB3A 4J0SA 4QBMA 5EWWA 5EPSA 5EGUA 2MNYA 4PKLA 4Z1SA 4PCEA 3U5NA 4BW4A 5CQ4A 1EQFA 5F25A 4CCGX 3SVGA 4MR4A 4UYHA 4PPEA 3SOUA 5CP5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LQ6A 4IC2A 5E9IA 5JWMA 4LKAA 5CZGA 2K4DA 3HTKC 2VJEB 3I2DA 4QZSA 5ENGA 4O75A 2H0DB 5A81A 3ASLA 3O37A 5EPBA 4Z0RA 4LDFA 3UV2A 4WHWA 3HCUA 2JM3A 1CHCA 2YURA 4NN2A 4FLPA 2QIZA 5CQ6A 3EB6A 1X4IA 4C67A 3P5OA 4TKPB 4KCXA 5DKCA 2XOZA 5TBNA 5FG6A 2K17A 5D3PA 4O7CA 3I3JA 3KQIA 4HBWA 4MEOA 4UIUA 4KV4A 4AKIA 5IG6A 3ZVZB 3SOXA 5E74A 5FE4A 5EYAF 5L99A 4FK5A 2BAYA 3RPGB 2GRCA 2QJ0A 4R2YA 5EQ1A 4BW2A 4IORA 4YATA 5D3HA 4N4GA 3DQVR 3P1CA 4HXRA 5FG4A 3ZPVE 3QZVA 4WA6A 4NQNA 5FFWA 3FM8C 4O70A 5CUDA 1WFKA 4CLBA 4TT6A 5D26A 5E73A 4Z6IA 1ZBDB 3GV4A 5II1A 3HCSA 4AP4A 3QZTA 1LDJB 4AYCA 3ONIA 5I40A 1MM2A 2XEUA 2VJEA 4LZSA 5D0CA 4S3OB 4TQNA 3O36A 4QSSA 5J0DA 4PCIA 2DSMA 3MDBC 3O7AA 2KKXA 3PLWA 4YYKA 4R7EA 5LVRA 4F52B 5CQ3A 5H1UA 4N4HA 1WEQA 2QICA 5DYCA 5IIDA 5I80A 3HMFA 5D24A 3GL6A 4YH4A 4N4FA 2OSSA 2ECNA 5CUGA 5AMFA 3N9NA 5HRXA 3L1XA 5I88A 4J1PA 2B0OE 5EWHA 2H0DA 2KWJA 4Q0OA 4PY6A 2JMDA 4LC2A 4QR5A 4QSUA 4O72A 1WILA 4MR6A 4BW1A 4QB3A 5HLSA 4O62A 2LN0A 4Q6FA 2XOYA 3MB4A 4QSWA 3PURA 2KIZA 2M85A 2CRWA 2YQDA 5FB0A 2KU3A 4AKHA 2JMJA 2L43A 3ZPV1 4F1PA 5JI8A 2L84A 3D1BA 5A5QA 2KFTA 5CGPA 3P1DA 5ACYA 3T7LA 4QEVA 2I8NA 5HM0A 4HBVA 5A82A 5KTWA 4QF3A 5ENHA 2LSPB 5EISA 1WEWA 2VPDA 4XI1A 5FEYA 4MENA 4AVXA 2DVSA 4UITA 2MNZA 5II2A 4CUPA 2CSZA 5L96A 5IGMA 1U6GB 4LJNA 1WEMA 2YREA 4CUUA 3L1ZB 1HYJA 2YUCA 3U5LA 4V3KC 5E9VA 5IGKA 1WEOA 2MUMA 3AADA 2ECWA 4IOQA 3MQMA 5CQAA 1ZKRA 5EU1A 2OO1A 4NR7A 2VPEA 5I29A 2LGLA 5KH7A 1WUMA 5D3NA 3MULA 2MT5A 5TRBA 2LV9A 4QC1A 5D3LA 2PUYA 4N3WA 5FE7A 5I7XA 3LVQE 5ENBA 3UVWA 4HXLA 5HEMA 4UIYA 4Z1QA 3H7HA 2VP7A 2RFJA 5HFQA 4NR6A 3PUQA 4PTBA 4XUBA 5A5SA 5A5PA 5CU8A 2MA6A 4CA1A 1N72A 2F6JA 4CUTA 1PUOA 2UZGA 4Z0OA 5SVXA 4Y03A 5HQ6A 3JUEA 5D1KB 1F62A 1WE9A 3U5OA 2DVQA 5DW2A 4A9FA 5H1TA 2P57A 5IBNA 5E3DA 4TZ2A 1E6IA 2D82A 2FD4A 5EV9A 2EJNA 5A85A 3MHHA 5I83A 5COIA 5LCWB 2D8SA 3ZNIA 2VJFB 2LXHC 4YYGA 4QSTA 3SHBA 5DLZA 4CFKA 2R0YA 4GB0A 4TU6A 5CRZA 3UVYA 2CONA 3M7KA 5DYXA 3IU5A 4NUEA 2XP0A 4A9KA 3N9LA 3RPGC 4P5OB 3KV6A 4LYSA 4A0CD 4NR9A 4OGEA 4QSQA 2YYNA 4RVRA 5CTLA 5KO4A 3NXBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2LQ6 A;  4IC2 A;  5E9I A;  5JWM A;  4LKA A;  5CZG A;  2K4D A;  3HTK C;  2VJE B;  3I2D A;  4QZS A;  5ENG A;  4O75 A;  2H0D B;  5A81 A;  3ASL A;  3O37 A;  5EPB A;  4Z0R A;  4LDF A;  3UV2 A;  4WHW A;  3HCU A;  2JM3 A;  1CHC A;  2YUR A;  4NN2 A;  4FLP A;  2QIZ A;  5CQ6 A;  3EB6 A;  1X4I A;  4C67 A;  3P5O A;  4TKP B;  4KCX A;  5DKC A;  2XOZ A;  5TBN A;  5FG6 A;  2K17 A;  5D3P A;  4O7C A;  3I3J A;  3KQI A;  4HBW A;  4MEO A;  4UIU A;  4KV4 A;  4AKI A;  5IG6 A;  3ZVZ B;  3SOX A;  5E74 A;  5FE4 A;  5EYA F;  5L99 A;  4FK5 A;  2BAY A;  3RPG B;  2GRC A;  2QJ0 A;  4R2Y A;  5EQ1 A;  4BW2 A;  4IOR A;  4YAT A;  5D3H A;  4N4G A;  3DQV R;  3P1C A;  4HXR A;  5FG4 A;  3ZPV E;  3QZV A;  4WA6 A;  4NQN A;  5FFW A;  3FM8 C;  4O70 A;  5CUD A;  1WFK A;  4CLB A;  4TT6 A;  5D26 A;  5E73 A;  4Z6I A;  1ZBD B;  3GV4 A;  5II1 A;  3HCS A;  4AP4 A;  3QZT A;  1LDJ B;  4AYC A;  3ONI A;  5I40 A;  1MM2 A;  2XEU A;  2VJE A;  4LZS A;  5D0C A;  4S3O B;  4TQN A;  3O36 A;  4QSS A;  5J0D A;  4PCI A;  2DSM A;  3MDB C;  3O7A A;  2KKX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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