The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
|
sequence length |
100
|
structure length |
100
|
Chain Sequence |
GSSGSSGMEEELQHSHCVNCVSRRCMTRPEPGISCDLIGCPLVCGAVFHSCKADEHRLLCPFERVPCLNSDFGCPFTMARNKVAEHLEMCPASVSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the zinc finger domains (1-87) from human F-box only protein
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
F-box only protein 30
|
| total genus |
14
|
| structure length |
100
|
| sequence length |
100
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Herpes Virus-1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Z2Q A; 3N9M A; 2KU3 A; 4WZ3 B; 2LGL A; 4QF3 A; 2Y1M A; 5D1M B; 2YW8 A; 2Y43 A; 5J3X A; 3MHS A; 2LDR A; 3RTR B; 2MD8 C; 2G6Q A; 4YC9 A; 4AYC A; 3GV4 A; 2VPD A; 2VNF A; 4S3O B; 2JRJ A; 1N87 A; 3U5O A; 4C9Z A; 2ZET C; 2EGP A; 2F42 A; 5FB0 A; 1LDJ B; 1LDK C; 2YQL A; 4LAD B; 2MNZ A; 3EB5 A; 5H1T A; 4A4C A; 4WA6 A; 1U6G B; 3M99 A; 3T6R A; 5TBN A; 4N3W A; 1CHC A; 4LLB A; 2C2V S; 3ZPV E; 1JOC A; 2YHN A; 2C2L A; 3HCU A; 4ZDT A; 2K17 A; 4A49 A; 5DKA A; 4S3O C; 5JG6 A; 4AP4 A; 1Z6U A; 4GNF A; 3KV6 A; 3GL6 A; 5KH3 A; 2LV9 A; 2VJE A; 5AIT A; 3KV5 A; 5LKX A; 1T1H A; 4UP0 A; 5G04 B; 1DVP A; 1WIL A; 3U5M A; 4IC3 A; 4AYC B; 3ZNI A; 2EOD A; 2FUI A; 2KWK A; 3ASL A; 5TDW A; 2LXH C; 1HYI A; 1X4U A; 4R2Y A; 1VYX A; 3O35 A; 2VJE B; 2MT5 A; 2AN6 A; 4BBQ A; 2ECW A; 3M63 A; 5G05 B; 3T7L A; 2YRE A; 2ECN A; 1WEM A; 2ECJ A; 3SHB A; 5LKU A; 3U5N A; 2KE1 A; 5TRB A; 4IC2 A; 4QF2 A; 2QIZ A; 3HCS A; 2YSJ A; 2FUU A; 4WZ0 A; 1X4I A; 5C11 A; 5DIN A; 2YU4 A; 2CSZ A; 4FIP A; 3MHH A; 3LQH A; 4YAX A; 5TDR A; 2KGG A; 4YAT A; 2PNX A; 4GB0 A; 1MM2 A; 2VP7 A; 5B75 A; 4FO9 A; 2MA6 A; 3O70 A; 2YQM A; 4FJC A; 1WEW A; 3DQV R; 3ZVZ B; 3O33 A; 1WEE A; 2ECT A; 2YSM A; 2KWO A; 2LQ6 A; 1WGM A; 2K4D A; 5B79 A; 2YHO A; 4AUQ B; 3DPL R; 4WZ2 A; 3LRQ A; 2LGV A; 2KWN A; 4PPE A; 2OXQ C; 1WEU A; 3V43 A; 2L0B A; 3KQI A; 4NN2 A; 2L80 A; 2H0D A; 2G45 A; 4V3K C; 4TKP B; 1WEQ A; 2LGK A; 2LN0 A; 4LJN A; 5D1K B; 2MA5 A; 1MM3 A; 2VPG A; 4ZUX U; 3NG2 A; 5G0F A; 5LKZ A; 2JMJ A; 2Y1N A; 2L5U A; 2M3H A; 4MVT A; 4W4U A; 4YBT A; 2QIC A; 4UI9 B; 3O34 A; 2M85 A; 1WEN A; 4A0C D; 2LRI C; 2CKL B; 1WFK A; 2VJF A; 4P5O B; 1FBV A; 1G25 A; 4GNE A; 2MD7 B; 5B76 A; 4R8P K; 2L75 A; 4R7E A; 3C5K A; 5LCW B; 3ZVY A; 4N4F A; 2KWJ A; 3VK6 A; 2KYU A; 3O37 A; 3M62 A; 4F52 B; 5B77 A; 2E6S A; 5B78 A; 3ZTG A; 4CA1 A; 2MUM A; 3I2D A; 5H9M A; 2VPB A; 4BHW A; 2JMD A; 2CSY A; 3N9P A; 2D8S A; 1WEV A; 3LQJ A; 2NAA A; 2XEU A; 5H1U A; 4V3L C; 3ZYQ A; 5KH9 A; 2UZG A; 2IDA A; 2VJF B; 1HYJ A; 3LQI A; 3SOW A; 1WE9 A; 2PUY A; 4XI1 A; 5FEY A; 2KIZ A; 1E4U A; 4X3G A; 2CT2 A; 4ZQL A; 3QZV A; 3N9N A; 2F6N A; 3ZPV 1; 1ZBD B; 2E6R A; 3C6W A; 5TAB A; 2MIQ A; 2CKL A; 4YAB A; 3PUQ A; 2HDP A; 1Z60 A; 4YBS A; 2DX8 A; 4Q6F A; 4I7B A; 4YAD A; 4GNG A; 2F6J A; 2KFT A; 1WEP A; 4B7Y C; 3PUR A; 2M1R A; 4YBM A; 2YYR A; 4LK9 A; 5I3L A; 2YT5 A; 3L11 A; 1WIM A; 4I7D A; 3FL2 A; 2FSA A; 2VPE A; 3HTK C; 2K16 A; 1FP0 A; 1WES A; 2KR4 A; 3PHD A; 4I7C A; 4L7X A; 4LKA A; 2ECV A; 4UP5 A; 3RPG B; 3SOX A; 4A4B A; 2HYE D; 3RPG C; 1XWH A; 3L1X A; 4L58 A; 4FK5 A; 3N9Q A; 2XB1 A; 1K2F A; 2BAY A; 1V87 A; 3IHP A; 5FB1 A; 3N9L A; 3EB6 A; 5D1L B; 2H0D B; 5C13 A; 1BOR A; 5B8D A; 5KH7 A; 4CCG X; 3KNV A; 2YUC A; 5AIU A; 2L43 A; 2YUR A; 2LXP C; 1VD4 A; 2KGI A; 2G43 A; 1X4J A; 2LGG A; 2I50 A; 4PTB A; 2ECI A; 2ECG A; 2RI7 A; 2K1J A; 4AVX A; 3O36 A; 1RMD A; 2M6M A; 1JM7 B; 5LKT A; 3U5P A; 2EA6 A; 3N9O A; 1F62 A; 3HCT A; 4MSX A; 2KRE A; 2JMI A; 5H1V A; 1IYM A; 3SOU A; 5EYA F; 2RSD A; 1VFY A; 3O7A A; 4O64 A; 3L1Z B; 1WEO A; 2QJ0 A; 5FER A; 2MNY A; 4B86 C; 4GND A; 1JM7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Z2Q A; 3N9M A; 2KU3 A; 4WZ3 B; 3SUB A; 3DDT A; 2LGL A; 4QF3 A; 2Y1M A; 5D1M B; 2YW8 A; 2Y43 A; 5J3X A; 4QQ4 A; 2KKX A; 3MHS A; 2LDR A; 3RTR B; 2MD8 C; 2G6Q A; 4YC9 A; 4AYC A; 3GV4 A; 2VPD A; 2VNF A; 4S3O B; 2JRJ A; 1N87 A; 3U5O A; 4C9Z A; 2ZET C; 3FEH A; 2IQJ A; 2EGP A; 2F42 A; 5FB0 A; 1LDJ B; 1LDK C; 2YQL A; 4LAD B; 2MNZ A; 3EB5 A; 3LVR E; 3O47 A; 5H1T A; 4A4C A; 4WA6 A; 1U6G B; 3M99 A; 3T6R A; 5TBN A; 4N3W A; 1CHC A; 4LLB A; 2C2V S; 3ZPV E; 1JOC A; 2YHN A; 2C2L A; 3HCU A; 4ZDT A; 2K17 A; 4A49 A; 5DKA A; 4S3O C; 5JG6 A; 4AP4 A; 4GNF A; 1Z6U A; 1MBM A; 3KV6 A; 3GL6 A; 5KH3 A; 2LV9 A; 4O62 A; 2VJE A; 5AIT A; 3KV5 A; 5LKX A; 1T1H A; 4UP0 A; 5G04 B; 1DVP A; 1WIL A; 3U5M A; 4IC3 A; 4AYC B; 3ZNI A; 2EOD A; 2FUI A; 2KWK A; 3ASL A; 5TDW A; 2LXH C; 1HYI A; 1X4U A; 3LJU X; 4R2Y A; 1VYX A; 3O35 A; 2VJE B; 2MT5 A; 2AN6 A; 4BBQ A; 2ECW A; 3M63 A; 5G05 B; 4Z0R A; 3T7L A; 2XOZ A; 2YRE A; 2ECN A; 2ECJ A; 1WEM A; 2OWA A; 3SHB A; 5LKU A; 3U5N A; 2KE1 A; 5TRB A; 4IC2 A; 4QF2 A; 2QIZ A; 3HCS A; 2YSJ A; 2FUU A; 4WZ0 A; 1X4I A; 5C11 A; 5DIN A; 2YU4 A; 2CSZ A; 4FIP A; 3MHH A; 3LQH A; 4YAX A; 5TDR A; 2MKE A; 2KKY A; 2KGG A; 4YAT A; 2PNX A; 4GB0 A; 1MM2 A; 2VP7 A; 5B75 A; 4FO9 A; 2MA6 A; 3O70 A; 2YQM A; 4FJC A; 1WEW A; 3DQV R; 3ZVZ B; 2JM3 A; 1WEE A; 3O33 A; 2ECT A; 2YSM A; 2KWO A; 2LQ6 A; 1WGM A; 2K4D A; 5B79 A; 2YHO A; 4AUQ B; 3DPL R; 3FM8 C; 4WZ2 A; 3LRQ A; 2FD4 A; 2LGV A; 2KWN A; 4PPE A; 2OXQ C; 1WEU A; 3V43 A; 2L0B A; 3KQI A; 4NN2 A; 5SVY A; 2L80 A; 2H0D A; 2G45 A; 2DJA A; 4V3K C; 4TKP B; 1WEQ A; 2LGK A; 2LN0 A; 4LJN A; 5D1K B; 2MA5 A; 1MM3 A; 2VPG A; 3M7K A; 4ZUX U; 3NG2 A; 5G0F A; 5LKZ A; 2JMJ A; 2Y1N A; 2L5U A; 2CRR A; 2M3H A; 4MVT A; 4W4U A; 4YBT A; 2QIC A; 4UI9 B; 3O34 A; 2M85 A; 1WEN A; 2YVR A; 4A0C D; 3JUE A; 2EGM A; 2LRI C; 4OGE A; 2CKL B; 1WFK A; 2VJF A; 4P5O B; 1FBV A; 1G25 A; 4GNE A; 2MD7 B; 5B76 A; 4R8P K; 2L75 A; 4R7E A; 3C5K A; 5LCW B; 3ZVY A; 4N4F A; 2KWJ A; 3VK6 A; 2KYU A; 2P57 A; 3O37 A; 2FFW A; 3M62 A; 4F52 B; 2B0O E; 5B77 A; 2M13 A; 2E6S A; 5B78 A; 3ZTG A; 4CA1 A; 2MUM A; 3I2D A; 2CRW A; 5H9M A; 2VPB A; 4BHW A; 2JMD A; 1DCQ A; 3FAO A; 3LVQ E; 2CSY A; 3N9P A; 2D8S A; 1WEV A; 3T9K A; 3LQJ A; 2NAA A; 2XEU A; 2E61 A; 5H1U A; 4V3L C; 5SVI B; 3ZYQ A; 3DWD A; 3PLW A; 5KH9 A; 2UZG A; 5SVX A; 2IDA A; 2VJF B; 1HYJ A; 3LQI A; 3SOW A; 2XP0 A; 1WE9 A; 2DSM A; 3LDY A; 2PUY A; 4XI1 A; 5FEY A; 2KIZ A; 1E4U A; 4X3G A; 2CT2 A; 4ZQL A; 3QZV A; 3N9N A; 2F6N A; 3ZPV 1; 1ZBD B; 2E6R A; 3C6W A; 4H9D A; 5TAB A; 2MIQ A; 2CKL A; 4YAB A; 3PUQ A; 2HDP A; 1Z60 A; 3FJU B; 4YBS A; 2DX8 A; 4Q6F A; 3FAN A; 4I7B A; 4YAD A; 4GNG A; 2F6J A; 2KFT A; 1WEP A; 4B7Y C; 3PUR A; 2M1R A; 4YBM A; 2YYR A; 4LK9 A; 5I3L A; 3MDB C; 2YT5 A; 3L11 A; 1WIM A; 4I7D A; 3FL2 A; 2FSA A; 2VPE A; 3HTK C; 2K16 A; 2CON A; 4Z0O A; 1FP0 A; 1WES A; 2KR4 A; 3PHD A; 4I7C A; 4L7X A; 4LKA A; 2ECV A; 4UP5 A; 3RPG B; 3SOX A; 4A4B A; 2HYE D; 3RPG C; 5SVI A; 1XWH A; 2L7P A; 3L1X A; 4L58 A; 2XOC A; 4FK5 A; 3N9Q A; 2XB1 A; 1K2F A; 2BAY A; 1V87 A; 3IHP A; 2EXU A; 5FB1 A; 3N9L A; 3EB6 A; 2CSV A; 5D1L B; 2H0D B; 5C13 A; 1BOR A; 3H7H A; 5B8D A; 5KH7 A; 4CCG X; 3KNV A; 2YUC A; 5AIU A; 2L43 A; 2YUR A; 3E2D A; 2JUN A; 2LXP C; 1VD4 A; 2KGI A; 2G43 A; 1X4J A; 2LGG A; 2I50 A; 4PTB A; 2ECI A; 2ECG A; 2RI7 A; 2K1J A; 4AVX A; 3O36 A; 1RMD A; 2M6M A; 1JM7 B; 5LKT A; 3U5P A; 2EA6 A; 2D8U A; 3N9O A; 1F62 A; 3HCT A; 4MSX A; 2KRE A; 3Q1D A; 5K3Q A; 2XOY A; 2JMI A; 5H1V A; 1IYM A; 3SOU A; 5EYA F; 2LAU A; 2RSD A; 1VFY A; 4OGC A; 3O7A A; 4O64 A; 3L1Z B; 1WEO A; 2QJ0 A; 2RR4 A; 5FER A; 4F1P A; 2MNY A; 4B86 C; 4GND A; 3KDE C; 1JM7 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1Z2Q A; 3N9M A; 2KU3 A; 4WZ3 B; 3SUB A; 3DDT A; 2LGL A; 4QF3 A; 2Y1M A; 5D1M B; 2YW8 A; 2Y43 A; 5J3X A; 4QQ4 A; 2KKX A; 3MHS A; 2LDR A; 3RTR B; 2MD8 C; 2G6Q A; 4YC9 A; 4AYC A; 3GV4 A; 2VPD A; 2VNF A; 4S3O B; 2JRJ A; 1N87 A; 3U5O A; 4C9Z A; 2ZET C; 3FEH A; 2IQJ A; 2EGP A; 2F42 A; 5FB0 A; 1LDJ B; 1LDK C; 2YQL A; 4LAD B; 2MNZ A; 3EB5 A; 3LVR E; 3O47 A; 5H1T A; 4A4C A; 4WA6 A; 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