The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
178
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structure length |
177
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Chain Sequence |
b'SGNFCPLCDKCYDDDDYESKMMQCGKCDRWVHSKCENLSDEMYEILSNLPESVAYTCVNCTERHPAEWRLALEKELQISLKQVLTALLNSRTTSHLLRYRQQPLDLEGVKRKMDQGNYTSVLEFSDDIVKIIQAAINSDGGQPEIKKANSMVKSFFIRQMERVFPWFSVKKSRFWEP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Pro isomerization in MLL1 PHD3-bromo cassette connects H3K4me readout to CyP33 and HDAC-mediated repression.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
MLL1 PHD3-Bromo
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Transferase
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| total genus |
56
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| structure length |
177
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| sequence length |
178
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.1.1.43: Histone-lysine N-methyltransferase. |
| pdb deposition date | 2010-02-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00628 | PHD | PHD-finger |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Histone Acetyltransferase; Chain A | Bromodomain-like | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ZYQ A; 5ENH A; 2R0S A; 4WIV A; 3TLP A; 2PNX A; 4QYL A; 5L97 A; 4CUS A; 2YHO A; 2YT5 A; 3MHH A; 2MNZ A; 1E4U A; 3O33 A; 2L0B A; 4F52 B; 3HME A; 4CUU A; 1RMD A; 4UYD A; 4J3I A; 4TTE A; 4MVT A; 4XUA A; 1CHC A; 3KQI A; 5EWD A; 5A82 A; 2KIZ A; 3M99 A; 3M63 A; 5C85 A; 4CL9 A; 4PCE A; 4YK0 A; 5F3A A; 4O7C A; 2JMD A; 4C9Z A; 2RNX A; 4R8P K; 4A9J A; 4YBM A; 5F60 A; 5F62 A; 2K17 A; 4IOO A; 4UIW A; 4Q0O A; 3FKM X; 3L11 A; 4LAD B; 2DVS A; 5CQ3 A; 2F6N A; 4O76 A; 2E3K A; 4V3L C; 1WUM A; 2KRE A; 4NYV A; 3MQM A; 5BT4 A; 5KH9 A; 5LCW B; 4CA1 A; 5DW2 A; 4GNF A; 5CQA A; 5AMF A; 4L7X A; 4ZDT A; 5E73 A; 4QC3 A; 5E3D A; 4O72 A; 4A9O A; 1WEE A; 5I7Y A; 3QZT A; 2DWW A; 4GND A; 3PUR A; 4Z6I A; 2YYR A; 2VJE B; 3N9O A; 4A9H A; 4YYN A; 4QY4 A; 3KV5 A; 3DWY A; 4HXR A; 5G4S A; 4YAB A; 5CQ8 A; 5CP5 A; 5D3R A; 5HFQ A; 4XY8 A; 1ZBD B; 4MSX A; 5LKU A; 4W4U A; 5CQ5 A; 3LQI A; 5EK9 A; 1WEU A; 5ENI A; 1WEO A; 2ECI A; 4ZUX U; 2YW5 A; 4CFK A; 2MD7 B; 4IC2 A; 4WHU A; 5JI8 A; 2EGP A; 3QZV A; 4CFL A; 2YUC A; 5F61 A; 3C6W A; 4BBQ A; 3HMF A; 2ECT A; 5KTU A; 4A9L A; 2G6Q A; 4N4G A; 4CUR A; 5DYX A; 3IU6 A; 5EWW A; 3AAD A; 3UW9 A; 3I3J A; 4QR4 A; 5BT5 A; 2LXH C; 3HTK C; 2H0D A; 4Z1S A; 5C7N A; 4PTB A; 2KYU A; 2EOD A; 1JM7 B; 5B77 A; 5CUE A; 5DKD A; 5HEL A; 2QIC A; 3NG2 A; 3O36 A; 4TKP B; 2VJF B; 1Z2Q A; 4FLP A; 2F6J A; 5ENG A; 5EV9 A; 3ZYU A; 5C4Q A; 4YY6 A; 5I86 A; 1X4J A; 4YH4 A; 5DFB A; 5DX4 A; 4MR3 A; 5CRM A; 5HEN A; 5D3L A; 4OUF A; 2ECN A; 3Q2F A; 4C67 A; 2MNY A; 5EI4 A; 5E74 A; 4QSU A; 4NUE A; 2KU3 A; 4GNE A; 5CZG A; 5II2 A; 5EM3 A; 4J0R A; 5DBM A; 5IID A; 4MR5 A; 4CUP A; 4J1P A; 4QSS A; 3O37 A; 4NR5 A; 5IBN A; 5KO4 A; 5HLS A; 4WZ2 A; 4QSX A; 5HQ5 A; 5I40 A; 1X4I A; 2I7K A; 5AIT A; 3S91 A; 4ALH A; 1K2F A; 5HFR A; 2I50 A; 1WES A; 5D3P A; 3T7L A; 4YYM A; 4IOQ A; 5A5P A; 5A5S A; 4BW4 A; 4QZS A; 4HXK A; 1LDJ B; 5IGN A; 4BW2 A; 3JVL A; 5DLZ A; 2MT5 A; 3MUK A; 5FG6 A; 2RSD A; 5D1K B; 4QR3 A; 1Z6U A; 4AP4 A; 5TDW A; 4UP5 A; 5C89 A; 4YH3 A; 3O7A A; 4O7B A; 3P1C A; 1JM7 A; 4HXO A; 2L5U A; 1X4U A; 3N9M A; 2FSA A; 5ETD A; 2FUI A; 4LK9 A; 3RTR B; 2E6S A; 3D7C A; 5D3T A; 5TB6 A; 2L75 A; 4X3G A; 2JMI A; 2D82 A; 2D8S A; 5LVQ A; 3O70 A; 5DKH A; 5DFC A; 2ECG A; 5JWM A; 1F62 A; 5H85 A; 5D1M B; 3UV2 A; 4PKL A; 4Q6F A; 4OGJ A; 5IGL A; 5LJ1 A; 5EPR A; 4S3O C; 2OUO A; 2LRI C; 4QF2 A; 5FH7 A; 4N4H A; 5EWH A; 2NXB A; 4LYS A; 2KWJ A; 4AYC A; 4A9E A; 5CQ4 A; 5FEY A; 3HCT A; 4UIY A; 1FP0 A; 5KH7 A; 5I80 A; 5EPB A; 5DIN A; 1WUG A; 5TDR A; 4QYD A; 4O75 A; 5F36 A; 4YYK A; 4NYW A; 4N3W A; 2AN6 A; 3SVF A; 4YYH A; 3O34 A; 1DVP A; 2KWO A; 4O71 A; 3SOU A; 5CY9 A; 2DX8 A; 4MR6 A; 5FE0 A; 5F1L A; 1JSP B; 4ZQL A; 2H60 A; 5LVR A; 4YBT A; 1MM3 A; 5TCM A; 4PCI A; 5IG6 A; 1N87 A; 2LGV A; 5L99 A; 3ZNI A; 4LR6 A; 5B76 A; 2Y43 A; 3UVW A; 2L85 A; 1BOR A; 4QEV A; 3EB5 A; 2HDP A; 4GPJ A; 3U5K A; 2H0D B; 3S92 A; 5FE9 A; 4BW3 A; 5L98 A; 5LJ2 A; 5FG4 A; 2OSS A; 4A4B A; 2YRE A; 1E6I A; 4MEP A; 5EA1 A; 2LQ6 A; 2YHN A; 3MXF A; 2D9E A; 2DVQ A; 2DAT A; 4AKN A; 5TBN A; 2RO1 A; 3KV6 A; 3Q2E A; 4TQN A; 4P5O B; 4UP0 A; 4UIV A; 2QIZ A; 3GG3 A; 4LYW A; 5AD2 A; 3O35 A; 4TZ2 A; 5HRX A; 3L1Z B; 5CU8 A; 2ECJ A; 2IDA A; 3ONI A; 4NR8 A; 5DLX A; 2CKL A; 3MB4 A; 2VP7 A; 4MR4 A; 4CLB A; 5B75 A; 5FB1 A; 4UIX A; 5H1U A; 2C2V S; 3P5O A; 4Y03 A; 4NR4 A; 4BJX A; 4QSQ A; 5E9L A; 1WEW A; 3U5O A; 3PHD A; 1N72 A; 4NUC A; 5EVA A; 3I2D A; 2N9G A; 4CUT A; 5A7C A; 4UIZ A; 5B8D A; 4QEU A; 5DKC A; 5DYC A; 5ENJ A; 4CUQ A; 4ZW1 A; 4A9K A; 3SHB A; 2G4A A; 4B7Y C; 4FO9 A; 5II1 A; 2YQL A; 3PUQ A; 2Y1M A; 4NRB A; 4UYF B; 1VYX A; 2L84 A; 5EQ1 A; 5K29 A; 4BHW A; 5CUD A; 4QR5 A; 4TS8 A; 4YYD A; 5A5O A; 5B79 A; 5D3N A; 4UI9 B; 2E7N A; 4LZS A; 3QZS A; 2EA6 A; 4A4C A; 2OO1 A; 3L1X A; 3V43 A; 4KV4 A; 3HCU A; 3DAI A; 3JVK A; 5F5Z A; 5HCL A; 1WIM A; 5C11 A; 2MA6 A; 5FE8 A; 4O64 A; 5EYA F; 3EB6 A; 2KTB B; 5EIS A; 2XEU A; 5CUB A; 4XI1 A; 5LUU A; 4TU4 A; 4R7E A; 4NYX A; 3G0J A; 2KWK A; 4YYG A; 4NXJ A; 3DQV R; 5I1Q A; 1VD4 A; 5A81 A; 2RNW A; 2RFJ A; 5HQ6 A; 4AYC B; 3SVG A; 4LC2 A; 5DYU A; 4QB3 A; 5G4R A; 2CSZ A; 5A5Q A; 4IC3 A; 3DPL R; 3N9P A; 4LRG A; 2M3H A; 4WZ0 A; 2YSJ A; 5HRV A; 4HXL A; 2MJV B; 3AQA A; 3VK6 A; 2ECV A; 5B78 A; 5C8G A; 4AUQ B; 5E9V A; 2BAY A; 4QUT A; 1IYM A; 4Z93 A; 2LGL A; 2RI7 A; 5E9M A; 4UYF A; 3SVH A; 5CQ7 A; 5FER A; 1F68 A; 4BW1 A; 5ENB A; 2R0V A; 5EPS A; 3RPG B; 4UYH A; 5FH6 A; 2KGI A; 1G25 A; 2QJ0 A; 3U5N A; 2RNY A; 2LXP C; 5FB0 A; 5HQ7 A; 1WEM A; 4YBS A; 5F63 A; 5D0C A; 5H1V A; 3K2J A; 3LQH A; 3GV4 A; 4IR5 A; 4MEQ A; 4KCX A; 5D26 A; 2WP1 A; 2R0Y A; 5ENF A; 5CFW A; 4Z6H A; 3U5J A; 4MEO A; 4NR6 A; 3HMH A; 3P1E A; 2VPB A; 2YYN A; 3MUL A; 5KH3 A; 2YEK A; 4V3K C; 3LXJ A; 5JG6 A; 5FE6 A; 4QSR A; 2L80 A; 3NXB A; 5E0R A; 3ZVZ B; 2CKL B; 5HRW A; 2G43 A; 5D25 A; 5H1T A; 2VPE A; 4LJN A; 4KV1 A; 3ZTG A; 5FH8 A; 5FFW A; 1U6G B; 4I7B A; 5L96 A; 5I89 A; 2DKW A; 3FL2 A; 5F2P A; 2VNF A; 5EWV A; 4WHW A; 4LDF A; 2DVR A; 5EGU A; 2K4D A; 4WZ3 B; 4L58 A; 4LYI A; 4QSV A; 3T6R A; 2YDW A; 3ZVY A; 5LKX A; 5C87 A; 4NQM A; 5E7D A; 2I8N A; 2LN0 A; 4TT6 A; 5E9K A; 4HBY A; 2DVV A; 2YUR A; 4XYA A; 2MD8 C; 5IGK A; 4OGI A; 5CQT A; 2MIQ A; 3N9Q A; 5TAB A; 3JVM A; 5I7X A; 5FE4 A; 4O78 A; 2XB1 A; 4YAX A; 5BT3 A; 1WGM A; 2OXQ C; 4IR3 A; 4LZ2 A; 4QSW A; 3LRQ A; 2ZET C; 5AD3 A; 2E7O A; 2YW8 A; 2CT2 A; 5F25 A; 5CPE A; 4RVR A; 2YSM A; 3SOW A; 4MEN A; 5KTW A; 4LZR A; 5DKA A; 2KWN A; 1WEV A; 1X0J A; 4B86 C; 2FUU A; 5ETB A; 5KTX A; 5ACY A; 4UYG A; 2MA5 A; 4YYI A; 1WE9 A; 4I7D A; 4A9I A; 4F3I A; 3LQJ A; 2Y1N A; 5LKZ A; 5FE1 A; 1WIL A; 4LKA A; 4TT4 A; 3U5L A; 1HYJ A; 4FJC A; 5FE7 A; 2M85 A; 4GNG A; 5CS8 A; 4HXS A; 5AME A; 2WP2 A; 5DYA A; 4FK5 A; 2YU4 A; 5AIU A; 4A9N A; 5EIC A; 2PUY A; 2JRJ A; 4GB0 A; 4HXP A; 4O70 A; 5FE5 A; 5D3H A; 2YEL A; 4O7A A; 2LGK A; 1WEN A; 4QEW A; 4Z1Q A; 5FDZ A; 3HCS A; 5HEM A; 4HBV A; 4UYE A; 5DFD A; 5CUG A; 4HBW A; 5DY7 A; 5FE2 A; 4DON A; 4IR4 A; 2L43 A; 5I83 A; 3GL6 A; 5CUC A; 5HM0 A; 5FG5 A; 3IHP A; 5A85 A; 3ZPV E; 5A5R A; 4YYJ A; 5D24 A; 4QST A; 2MUM A; 4I7C A; 4N4I A; 2KGG A; 4A9F A; 2CSY A; 5G05 B; 5G0F A; 1EQF A; 3U5M A; 5EP7 A; 2R10 A; 3UVY A; 1WFK A; 2NAA A; 4ZC9 A; 3ZPV 1; 2GRC A; 4WA6 A; 4XUB A; 5I29 A; 4PY6 A; 5A83 A; 4FIP A; 5J0D A; 5FE3 A; 3JVJ A; 5FBX A; 5D3S A; 5ENE A; 3N9L A; 4O7E A; 2RS9 B; 4ALG A; 5L8U A; 5LKT A; 5C13 A; 4O77 A; 2E6R A; 1XWH A; 4QNS A; 4QF3 A; 3RCW A; 3LJW A; 2LSP B; 1JM4 B; 4TT2 A; 5HJC A; 4TZ8 A; 2K1J A; 5E9I A; 2YEM A; 4TU6 A; 4X2I A; 2F42 A; 2YQD A; 4NUD A; 4NRC A; 3P1D A; 1T1H A; 5TRB A; 3UVX A; 5FFV A; 4O74 A; 5H9M A; 4Q0N A; 4NQN A; 1WEQ A; 4IOR A; 2VPD A; 1ZS5 A; 4HXN A; 3N9N A; 4C66 A; 5EU1 A; 4QC1 A; 5L8T A; 4E96 A; 3KNV A; 5LJ0 A; 2M6M A; 5E3G A; 4YAT A; 3RPG C; 3MHS A; 2VJE A; 5FFY A; 4UIT A; 4R2Y A; 1HYI A; 4HXM A; 4A0C D; 4NN2 A; 2M1R A; 4NS5 A; 4LLB A; 3P1F A; 2LGG A; 3M62 A; 2L5E A; 3MB3 A; 3UV5 A; 5KHM A; 4YC9 A; 2KR4 A; 5CGP A; 4YAD A; 5CRZ A; 3UV4 A; 2VPG A; 4NR9 A; 5D7X A; 3UVD A; 5ENC A; 5COI A; 1MM2 A; 1V87 A; 5D1L B; 1JOC A; 5IGM A; 5CTL A; 3SOX A; 4PS5 A; 5DW1 A; 4AVX A; 4XY9 A; 2ECW A; 2K16 A; 2YQM A; 4IR6 A; 1Z60 A; 3U5P A; 3G0L A; 1LDK C; 4HBX A; 2UZG A; 2LDR A; 2C2L A; 4A49 A; 5E9Y A; 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2CON A; 4L7X A; 4ZDT A; 5E73 A; 4QC3 A; 5E3D A; 4O72 A; 4A9O A; 1WEE A; 5I7Y A; 3QZT A; 2DWW A; 4GND A; 3PUR A; 4Z6I A; 2YYR A; 2VJE B; 3N9O A; 4A9H A; 4YYN A; 4QY4 A; 3KV5 A; 3DWY A; 4HXR A; 5G4S A; 4YAB A; 5CQ8 A; 5CP5 A; 5D3R A; 5HFQ A; 4XY8 A; 1ZBD B; 4MSX A; 5LKU A; 4W4U A; 5CQ5 A; 3T9K A; 3LQI A; 5EK9 A; 1WEU A; 5ENI A; 1WEO A; 2ECI A; 4ZUX U; 2YW5 A; 4CFK A; 2MD7 B; 4IC2 A; 4WHU A; 5JI8 A; 2EGP A; 3QZV A; 4CFL A; 2YUC A; 5F61 A; 3C6W A; 4BBQ A; 3HMF A; 2ECT A; 5KTU A; 4A9L A; 4O62 A; 2G6Q A; 4N4G A; 4CUR A; 2CSV A; 5DYX A; 3IU6 A; 5EWW A; 3AAD A; 3UW9 A; 3I3J A; 4QR4 A; 5BT5 A; 2LXH C; 2KKX A; 3HTK C; 2H0D A; 4Z1S A; 5C7N A; 4PTB A; 2MKE A; 2KYU A; 2EOD A; 3DDT A; 1JM7 B; 5B77 A; 5CUE A; 5DKD A; 5HEL A; 2D8U A; 2QIC A; 3O36 A; 3NG2 A; 2VJF B; 1Z2Q A; 4TKP B; 4FLP A; 2F6J A; 5ENG A; 5EV9 A; 3ZYU A; 5C4Q A; 4YY6 A; 5I86 A; 1DCQ A; 1X4J A; 4YH4 A; 5DFB A; 5DX4 A; 4MR3 A; 5CRM A; 5HEN A; 5D3L A; 4AKI A; 4F1P A; 4OUF A; 2ECN A; 3FM8 C; 3Q2F A; 4C67 A; 2MNY A; 5EI4 A; 2XOZ A; 5E74 A; 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