The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
RNHCPHLDSVGEITKEDLIQKSLGTCQDCKVQGPNLWACLENRCSYVGCGESQVDHSTIHSQETKHYLTVNLTTLRVWCYACSKEVFLDRKLGTQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Solution Structure of the Znf Ubp Domain of Usp33/Vdu1.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
UBIQUITIN CARBOXYL-TERMINAL HYDROLASE 33
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
17
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1. |
| pdb deposition date | 2007-04-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02148 | zf-UBP | Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NN2 A; 2NAA A; 4R2Y A; 2M3H A; 2LV9 A; 5H1U A; 2YRE A; 4O64 A; 2VPG A; 2QIC A; 4GND A; 4Q6F A; 5EYA F; 5B78 A; 4FO9 A; 2LRI C; 3C5K A; 2L75 A; 1E4U A; 1JM7 A; 1V87 A; 2KU3 A; 4YC9 A; 4AVX A; 5FB0 A; 2CSY A; 4LK9 A; 5B77 A; 4S3O C; 2VJF A; 4N3W A; 5I3L A; 2LN0 A; 1HYI A; 3HCU A; 3ZPV 1; 1WEM A; 2L43 A; 3O33 A; 2L5U A; 2M1R A; 2FUI A; 3ASL A; 3RTR B; 2MT5 A; 1VYX A; 2AN6 A; 2K1J A; 1VD4 A; 4AYC B; 2EGP A; 5H1T A; 4FK5 A; 2LGV A; 2QJ0 A; 4B86 C; 2Y43 A; 5KH7 A; 1WEE A; 2M85 A; 4AYC A; 5KH9 A; 2M6M A; 2C2L A; 2RI7 A; 3DPL R; 5LKT A; 2JMD A; 5G0F A; 3EB6 A; 5D1L B; 3SHB A; 2KE1 A; 2XB1 A; 4IC3 A; 3N9N A; 1WIL A; 2YQL A; 3DQV R; 2CKL B; 1DVP A; 4ZQL A; 1Z60 A; 4L7X A; 3HCS A; 2MD7 B; 3SOX A; 3T6R A; 3ZNI A; 4YBM A; 2G43 A; 2YHO A; 5FEY A; 2C2V S; 2YYR A; 1Z2Q A; 3O34 A; 2EA6 A; 4LJN A; 5B8D A; 1HYJ A; 2L0B A; 5TDW A; 4CA1 A; 1WEN A; 3KQI A; 4LAD B; 2YU4 A; 2UZG A; 3LRQ A; 1K2F A; 3U5N A; 2VP7 A; 4PPE A; 2VPB A; 2YSM A; 2MUM A; 4WZ2 A; 2K17 A; 1WES A; 1MM2 A; 2YT5 A; 4YAD A; 3N9L A; 5C11 A; 4TKP B; 3KV5 A; 4R7E A; 2VJE B; 3EB5 A; 4V3K C; 3V43 A; 4YAB A; 2MA5 A; 4QF3 A; 4X3G A; 4XI1 A; 1FP0 A; 2MIQ A; 3NG2 A; 2YSJ A; 2I50 A; 3T7L A; 4ZUX U; 3HCT A; 1BOR A; 2Y1M A; 5AIT A; 2KWN A; 2LXP C; 5FB1 A; 4LKA A; 3GL6 A; 3M99 A; 1X4I A; 5H9M A; 1U6G B; 3QZV A; 4LLB A; 2K16 A; 3HTK C; 5J3X A; 3RPG C; 2KWJ A; 5B75 A; 2VNF A; 3KNV A; 5LKU A; 2F42 A; 2JMJ A; 3SOU A; 3O70 A; 3I2D A; 5B79 A; 3L1X A; 1Z6U A; 2LGG A; 1WIM A; 4A4B A; 2ECI A; 2YHN A; 5KH3 A; 3L11 A; 5D1K B; 2G6Q A; 5LCW B; 2RSD A; 4A0C D; 4GB0 A; 2CT2 A; 2CSZ A; 2VPD A; 4GNG A; 2F6N A; 5DKA A; 1WE9 A; 5TDR A; 4A4C A; 3ZVY A; 3O36 A; 3PHD A; 2YUC A; 3MHH A; 2L80 A; 1X4J A; 3L1Z B; 2CKL A; 2H0D B; 2BAY A; 4I7C A; 3ZVZ B; 1WFK A; 4UP5 A; 2K4D A; 2HYE D; 5G05 B; 2OXQ C; 1JOC A; 2LGK A; 4WZ0 A; 2XEU A; 4FJC A; 2MNZ A; 2E6R A; 4YAX A; 2IDA A; 4GNE A; 5JG6 A; 2ECN A; 4B7Y C; 2VPE A; 4N4F A; 2MA6 A; 2KWK A; 4CCG X; 4AP4 A; 4S3O B; 3PUR A; 2KYU A; 3O35 A; 4WA6 A; 1WEU A; 5C13 A; 4YBT A; 1G25 A; 3O37 A; 3IHP A; 2VJE A; 2KGI A; 3M62 A; 1WEO A; 2KFT A; 2KWO A; 2YQM A; 4AUQ B; 4I7B A; 4WZ3 B; 1JM7 B; 3O7A A; 3GV4 A; 2D8S A; 3N9O A; 4W4U A; 5B76 A; 2FSA A; 2KRE A; 2VJF B; 1T1H A; 5TBN A; 3PUQ A; 2MNY A; 4UI9 B; 1RMD A; 3N9M A; 2JRJ A; 5LKX A; 2G45 A; 5G04 B; 4P5O B; 5H1V A; 5LKZ A; 4C9Z A; 2KR4 A; 4FIP A; 2YW8 A; 1WEP A; 4MSX A; 1N87 A; 2KGG A; 2KIZ A; 1VFY A; 4ZDT A; 2F6J A; 3U5M A; 1X4U A; 4UP0 A; 4I7D A; 1MM3 A; 4F52 B; 2PNX A; 4L58 A; 1WGM A; 1ZBD B; 1F62 A; 2E6S A; 4V3L C; 1LDJ B; 2ECJ A; 3FL2 A; 2LDR A; 3M63 A; 2QIZ A; 1CHC A; 3ZTG A; 3LQH A; 2YUR A; 4YAT A; 3U5P A; 3VK6 A; 3LQI A; 1WEW A; 2LQ6 A; 2ECW A; 1IYM A; 2LGL A; 2DX8 A; 2ECG A; 2ECT A; 1WEV A; 3ZYQ A; 2MD8 C; 3N9Q A; 2FUU A; 5D1M B; 3N9P A; 3SOW A; 4R8P K; 4A49 A; 4BHW A; 2JMI A; 3LQJ A; 2H0D A; 1FBV A; 4YBS A; 5DIN A; 1WEQ A; 2ECV A; 2HDP A; 5TAB A; 4GNF A; 2Y1N A; 2ZET C; 4PTB A; 3KV6 A; 1LDK C; 3RPG B; 3U5O A; 4IC2 A; 3MHS A; 4BBQ A; 4MVT A; 5AIU A; 2LXH C; 2EOD A; 2PUY A; 1XWH A; 4QF2 A; 5FER A; 3C6W A; 3ZPV E; 5TRB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LJU X; 4NN2 A; 2NAA A; 4R2Y A; 2XOY A; 2M3H A; 2LV9 A; 4OGC A; 5H1U A; 2YRE A; 4O64 A; 2EXU A; 2VPG A; 2QIC A; 4GND A; 4Q6F A; 5EYA F; 5B78 A; 4FO9 A; 2LRI C; 3C5K A; 2L75 A; 3E2D A; 1E4U A; 1JM7 A; 1V87 A; 2KU3 A; 4YC9 A; 4AVX A; 5FB0 A; 2CSY A; 4LK9 A; 5B77 A; 4S3O C; 3H7H A; 2VJF A; 4N3W A; 5I3L A; 2LN0 A; 1HYI A; 3HCU A; 3ZPV 1; 1WEM A; 2L43 A; 3O33 A; 2L5U A; 2M1R A; 2FUI A; 3T9K A; 3ASL A; 3RTR B; 2MT5 A; 1VYX A; 2AN6 A; 2K1J A; 1VD4 A; 2CRW A; 4AYC B; 2EGP A; 5H1T A; 4FK5 A; 2LGV A; 2QJ0 A; 4B86 C; 2Y43 A; 5KH7 A; 1WEE A; 2M85 A; 4AYC A; 5KH9 A; 2M6M A; 2C2L A; 2RI7 A; 3LVR E; 3DPL R; 5LKT A; 3LVQ E; 2JMD A; 5G0F A; 3EB6 A; 5D1L B; 3SHB A; 2KE1 A; 2XB1 A; 4IC3 A; 3N9N A; 1WIL A; 2CON A; 2YQL A; 3DQV R; 2XOZ A; 2CKL B; 1DVP A; 4ZQL A; 1Z60 A; 4L7X A; 3HCS A; 4O62 A; 3MDB C; 2MD7 B; 3SOX A; 3T6R A; 3ZNI A; 2IQJ A; 2G43 A; 4YBM A; 2MKE A; 2YHO A; 5SVI B; 5FEY A; 2C2V S; 2YYR A; 1Z2Q A; 3O34 A; 2EA6 A; 4LJN A; 5B8D A; 1HYJ A; 5SVY A; 2L0B A; 5TDW A; 4CA1 A; 1WEN A; 3KQI A; 4LAD B; 2YU4 A; 2JUN A; 2UZG A; 3LRQ A; 4OGE A; 1K2F A; 3U5N A; 2VP7 A; 4PPE A; 2VPB A; 2YSM A; 2DSM A; 2MUM A; 4WZ2 A; 2K17 A; 1WES A; 1MM2 A; 2JM3 A; 2YT5 A; 4YAD A; 3N9L A; 5C11 A; 4TKP B; 3KV5 A; 4R7E A; 2VJE B; 3EB5 A; 4V3K C; 3V43 A; 4YAB A; 2MA5 A; 4QF3 A; 4X3G A; 4XI1 A; 1FP0 A; 2MIQ A; 3NG2 A; 2YSJ A; 2I50 A; 3FJU B; 3T7L A; 4ZUX U; 3HCT A; 1BOR A; 2Y1M A; 5AIT A; 2KWN A; 3FM8 C; 2LXP C; 5FB1 A; 1MBM A; 2D8U A; 2EGM A; 4LKA A; 3GL6 A; 3M99 A; 1X4I A; 5H9M A; 1U6G B; 3QZV A; 4LLB A; 2K16 A; 3HTK C; 5J3X A; 3SUB A; 3RPG C; 2KWJ A; 2KKY A; 5B75 A; 3M7K A; 2VNF A; 3KNV A; 5LKU A; 2F42 A; 2JMJ A; 3DDT A; 3SOU A; 3O70 A; 3I2D A; 5B79 A; 3L1X A; 1Z6U A; 2FD4 A; 2LGG A; 1WIM A; 4A4B A; 2ECI A; 2RR4 A; 2YHN A; 5KH3 A; 3L11 A; 5D1K B; 2G6Q A; 5LCW B; 2RSD A; 4A0C D; 4GB0 A; 3FEH A; 2CT2 A; 2CSZ A; 2VPD A; 4GNG A; 2F6N A; 5DKA A; 3LDY A; 1WE9 A; 5TDR A; 4A4C A; 3DWD A; 3FAN A; 3ZVY A; 3O36 A; 3PHD A; 2YUC A; 3MHH A; 2L80 A; 1X4J A; 3L1Z B; 2CKL A; 2H0D B; 2BAY A; 3FAO A; 4H9D A; 4I7C A; 3ZVZ B; 1WFK A; 4UP5 A; 2K4D A; 2HYE D; 5G05 B; 2OXQ C; 1JOC A; 3Q1D A; 2XOC A; 4QQ4 A; 2LGK A; 5SVI A; 4WZ0 A; 2XEU A; 4FJC A; 2MNZ A; 2E6R A; 4YAX A; 2IDA A; 4GNE A; 5JG6 A; 2ECN A; 4B7Y C; 2VPE A; 4N4F A; 2MA6 A; 2KWK A; 4F1P A; 4CCG X; 4AP4 A; 4S3O B; 3PUR A; 2KYU A; 3O35 A; 4WA6 A; 1WEU A; 5C13 A; 4YBT A; 1G25 A; 3O37 A; 3IHP A; 2VJE A; 2KGI A; 2XP0 A; 3M62 A; 1WEO A; 2KFT A; 2KWO A; 2YQM A; 4AUQ B; 4I7B A; 4WZ3 B; 1JM7 B; 2LAU A; 3O7A A; 3GV4 A; 2D8S A; 3N9O A; 4W4U A; 5B76 A; 5K3Q A; 2FSA A; 3PLW A; 2KRE A; 2VJF B; 1T1H A; 5TBN A; 3O47 A; 3PUQ A; 2MNY A; 4UI9 B; 1RMD A; 3N9M A; 2JRJ A; 5LKX A; 4Z0R A; 2G45 A; 5G04 B; 4P5O B; 2KKX A; 5H1V A; 2B0O E; 5LKZ A; 2L7P A; 4C9Z A; 2KR4 A; 4FIP A; 3JUE A; 2YW8 A; 1WEP A; 4MSX A; 1N87 A; 2KGG A; 2KIZ A; 1VFY A; 4ZDT A; 2F6J A; 3U5M A; 1X4U A; 4UP0 A; 4I7D A; 1MM3 A; 2OWA A; 4F52 B; 2PNX A; 4L58 A; 1WGM A; 1ZBD B; 1F62 A; 2YVR A; 2E6S A; 4V3L C; 1DCQ A; 1LDJ B; 2ECJ A; 2M13 A; 3FL2 A; 2LDR A; 3M63 A; 2QIZ A; 1CHC A; 3ZTG A; 3LQH A; 2YUR A; 4YAT A; 3U5P A; 3VK6 A; 3LQI A; 1WEW A; 2LQ6 A; 2ECW A; 1IYM A; 2LGL A; 2DX8 A; 2ECG A; 2ECT A; 1WEV A; 3ZYQ A; 2MD8 C; 3N9Q A; 2DJA A; 2FUU A; 5D1M B; 3N9P A; 3SOW A; 4R8P K; 4A49 A; 4BHW A; 2JMI A; 3LQJ A; 2FFW A; 2H0D A; 1FBV A; 4YBS A; 5DIN A; 1WEQ A; 2CSV A; 2CRR A; 2ECV A; 2HDP A; 3KDE C; 2P57 A; 5TAB A; 4GNF A; 2Y1N A; 2ZET C; 4Z0O A; 4PTB A; 3KV6 A; 2E61 A; 1LDK C; 3RPG B; 3U5O A; 4IC2 A; 3MHS A; 5SVX A; 4BBQ A; 4MVT A; 5AIU A; 2LXH C; 2EOD A; 2PUY A; 1XWH A; 4QF2 A; 5FER A; 3C6W A; 3ZPV E; 5TRB A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4NN2 A; 2NAA A; 4R2Y A; 2M3H A; 2LV9 A; 5H1U A; 2YRE A; 4O64 A; 2VPG A; 2QIC A; 4GND A; 4Q6F A; 5EYA F; 5B78 A; 4FO9 A; 2LRI C; 3C5K A; 2L75 A; 1E4U A; 1JM7 A; 1V87 A; 2KU3 A; 4YC9 A; 4AVX A; 5FB0 A; 2CSY A; 4LK9 A; 5B77 A; 4S3O C; 2VJF A; 4N3W A; 5I3L A; 2LN0 A; 1HYI A; 3HCU A; 3ZPV 1; 1WEM A; 2L43 A; 3O33 A; 2L5U A; 2M1R A; 2FUI A; 3ASL A; 3RTR B; 2MT5 A; 1VYX A; 2AN6 A; 2K1J A; 1VD4 A; 4AYC B; 2EGP A; 5H1T A; 4FK5 A; 2LGV A; 2QJ0 A; 4B86 C; 2Y43 A; 5KH7 A; 1WEE A; 2M85 A; 4AYC A; 5KH9 A; 2M6M A; 2C2L A; 2RI7 A; 3DPL R; 5LKT A; 2JMD A; 5G0F A; 3EB6 A; 5D1L B; 3SHB A; 2KE1 A; 2XB1 A; 4IC3 A; 3N9N A; 1WIL A; 2YQL A; 3DQV R; 2CKL B; 1DVP A; 4ZQL A; 1Z60 A; 4L7X A; 3HCS A; 2MD7 B; 3SOX A; 3T6R A; 3ZNI A; 4YBM A; 2G43 A; 2YHO A; 5FEY A; 2C2V S; 2YYR A; 1Z2Q A; 3O34 A; 2EA6 A; 4LJN A; 5B8D A; 1HYJ A; 2L0B A; 5TDW A; 4CA1 A; 1WEN A; 3KQI A; 4LAD B; 2YU4 A; 2UZG A; 3LRQ A; 1K2F A; 3U5N A; 2VP7 A; 4PPE A; 2VPB A; 2YSM A; 2MUM A; 4WZ2 A; 2K17 A; 1WES A; 1MM2 A; 2YT5 A; 4YAD A; 3N9L A; 5C11 A; 4TKP B; 3KV5 A; 4R7E A; 2VJE B; 3EB5 A; 4V3K C; 3V43 A; 4YAB A; 2MA5 A; 4QF3 A; 4X3G A; 4XI1 A; 1FP0 A; 2MIQ A; 3NG2 A; 2YSJ A; 2I50 A; 3T7L A; 4ZUX U; 3HCT A; 1BOR A; 2Y1M A; 5AIT A; 2KWN A; 2LXP C; 5FB1 A; 4LKA A; 3GL6 A; 3M99 A; 1X4I A; 5H9M A; 1U6G B; 3QZV A; 4LLB A; 2K16 A; 3HTK C; 5J3X A; 3RPG C; 2KWJ A; 5B75 A; 2VNF A; 3KNV A; 5LKU A; 2F42 A; 2JMJ A; 3SOU A; 3O70 A; 3I2D A; 5B79 A; 3L1X A; 1Z6U A; 2LGG A; 1WIM A; 4A4B A; 2ECI A; 2YHN A; 5KH3 A; 3L11 A; 5D1K B; 2G6Q A; 5LCW B; 2RSD A; 4A0C D; 4GB0 A; 2CT2 A; 2CSZ A; 2VPD A; 4GNG A; 2F6N A; 5DKA A; 1WE9 A; 5TDR A; 4A4C A; 3ZVY A; 3O36 A; 3PHD A; 2YUC A; 3MHH A; 2L80 A; 1X4J A; 3L1Z B; 2CKL A; 2H0D B; 2BAY A; 4I7C A; 3ZVZ B; 1WFK A; 4UP5 A; 2K4D A; 2HYE D; 5G05 B; 2OXQ C; 1JOC A; 2LGK A; 4WZ0 A; 2XEU A; 4FJC A; 2MNZ A; 2E6R A; 4YAX A; 2IDA A; 4GNE A; 5JG6 A; 2ECN A; 4B7Y C; 2VPE A; 4N4F A; 2MA6 A; 2KWK A; 4CCG X; 4AP4 A; 4S3O B; 3PUR A; 2KYU A; 3O35 A; 4WA6 A; 1WEU A; 5C13 A; 4YBT A; 1G25 A; 3O37 A; 3IHP A; 2VJE A; 2KGI A; 3M62 A; 1WEO A; 2KFT A; 2KWO A; 2YQM A; 4AUQ B; 4I7B A; 4WZ3 B; 1JM7 B; 3O7A A; 3GV4 A; 2D8S A; 3N9O A; 4W4U A; 5B76 A; 2FSA A; 2KRE A; 2VJF B; 1T1H A; 5TBN A; 3PUQ A; 2MNY A; 4UI9 B; 1RMD A; 3N9M A; 2JRJ A; 5LKX A; 2G45 A; 5G04 B; 4P5O B; 5H1V A; 5LKZ A; 4C9Z A; 2KR4 A; 4FIP A; 2YW8 A; 1WEP A; 4MSX A; 1N87 A; 2KGG A; 2KIZ A; 1VFY A; 4ZDT A; 2F6J A; 3U5M A; 1X4U A; 4UP0 A; 4I7D A; 1MM3 A; 4F52 B; 2PNX A; 4L58 A; 1WGM A; 1ZBD B; 1F62 A; 2E6S A; 4V3L C; 1LDJ B; 2ECJ A; 3FL2 A; 2LDR A; 3M63 A; 2QIZ A; 1CHC A; 3ZTG A; 3LQH A; 2YUR A; 4YAT A; 3U5P A; 3VK6 A; 3LQI A; 1WEW A; 2LQ6 A; 2ECW A; 1IYM A; 2LGL A; 2DX8 A; 2ECG A; 2ECT A; 1WEV A; 3ZYQ A; 2MD8 C; 3N9Q A; 2FUU A; 5D1M B; 3N9P A; 3SOW A; 4R8P K; 4A49 A; 4BHW A; 2JMI A; 3LQJ A; 2H0D A; 1FBV A; 4YBS A; 5DIN A; 1WEQ A; 2ECV A; 2HDP A; 5TAB A; 4GNF A; 2Y1N A; 2ZET C; 4PTB A; 3KV6 A; 1LDK C; 3RPG B; 3U5O A; 4IC2 A; 3MHS A; 4BBQ A; 4MVT A; 5AIU A; 2LXH C; 2EOD A; 2PUY A; 1XWH A; 4QF2 A; 5FER A; 3C6W A; 3ZPV E; 5TRB A;
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