The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
113
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structure length |
104
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Chain Sequence |
b'SMALPKDAIPSLSECQCGICMEILVEPVTLPCNHTLCKPCFQSTVEKASLCCPFCRRRVSSWTRYHTRRNSLVNVELWTIIQKHYPRECKLRASGYQPVRLLSK'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Molecular insights into the function of RING finger (RNF)-containing proteins hRNF8 and hRNF168 in Ubc13/Mms2-dependent ubiquitylation.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
E3 ubiquitin-protein ligase RNF168
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Ligase
|
| total genus |
27
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| structure length |
104
|
| sequence length |
113
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2009-12-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14447 | Prok-RING_4 | Prokaryotic RING finger family 4 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Z2Q A; 3O7A A; 4AYC A; 4BHW A; 2KWK A; 4WZ3 B; 2MUM A; 3O36 A; 4A49 A; 2VJF B; 2ECN A; 2VP7 A; 4I7D A; 5LKZ A; 1LDJ B; 2C2L A; 5B78 A; 1WEN A; 1VYX A; 4WZ2 A; 2ECI A; 4YC9 A; 1F62 A; 2E6S A; 4N3W A; 3M62 A; 2JRJ A; 2CKL A; 1WIM A; 3DPL R; 3O34 A; 2LGG A; 2H0D A; 2RI7 A; 5DIN A; 2C2V S; 3ASL A; 2MIQ A; 3PUR A; 4LJN A; 2KE1 A; 2MD8 C; 2LN0 A; 2JMD A; 1WEQ A; 2KIZ A; 4UI9 B; 2FUI A; 1X4I A; 1WIL A; 2YQL A; 2QIZ A; 2AN6 A; 2BAY A; 1RMD A; 4GNF A; 2ECV A; 2XEU A; 2VPE A; 2L5U A; 2CSY A; 3U5P A; 1XWH A; 4QF3 A; 5H1V A; 3N9O A; 3C6W A; 5B77 A; 2L75 A; 3HCT A; 4FJC A; 1VFY A; 2M3H A; 3ZVZ B; 2EGP A; 2VPG A; 1MM3 A; 3T6R A; 3O70 A; 4ZDT A; 3L11 A; 3SOU A; 4I7B A; 5LKU A; 3IHP A; 4S3O C; 2YUC A; 4GNE A; 2F6N A; 4CCG X; 4F52 B; 2I50 A; 2YW8 A; 4P5O B; 2MD7 B; 2JMJ A; 2KGG A; 1WEM A; 4FK5 A; 2KWJ A; 5G04 B; 1ZBD B; 5DKA A; 2VJE A; 5G0F A; 4FO9 A; 2KR4 A; 5B79 A; 2KGI A; 1U6G B; 2DX8 A; 3T7L A; 4AUQ B; 2LXH C; 3N9L A; 3ZTG A; 1LDK C; 1IYM A; 5TRB A; 2YSM A; 5JG6 A; 5I3L A; 3RPG B; 3ZYQ A; 5LKT A; 3EB5 A; 5FB0 A; 2YQM A; 2YU4 A; 1JM7 B; 2LV9 A; 3FL2 A; 2KFT A; 3HCU A; 5FER A; 1FBV A; 4V3K C; 1Z6U A; 4B86 C; 4MSX A; 1WES A; 4YAX A; 1WEE A; 2XB1 A; 4UP5 A; 2FUU A; 2ECJ A; 2ECG A; 1T1H A; 5D1M B; 5B76 A; 5H9M A; 1WEO A; 4I7C A; 2MT5 A; 4A0C D; 2RSD A; 4MVT A; 1WE9 A; 2H0D B; 3SOX A; 3LQI A; 1VD4 A; 2LRI C; 1DVP A; 2EOD A; 2YT5 A; 2OXQ C; 1V87 A; 5LCW B; 2VPB A; 2LGK A; 4N4F A; 5TBN A; 2MNZ A; 3N9M A; 2LGL A; 4FIP A; 5H1U A; 2KWO A; 3N9Q A; 3GV4 A; 3GL6 A; 1Z60 A; 2M85 A; 4Q6F A; 4YAB A; 4R8P K; 5KH9 A; 1BOR A; 3RTR B; 4YBS A; 2K16 A; 4W4U A; 2YRE A; 3ZVY A; 5KH7 A; 2K1J A; 2JMI A; 3KV5 A; 1MM2 A; 2KU3 A; 5FEY A; 5C11 A; 4GND A; 4BBQ A; 2M6M A; 4A4B A; 4ZUX U; 3KV6 A; 5D1K B; 1WEV A; 5LKX A; 2IDA A; 2KYU A; 2G43 A; 2NAA A; 2K4D A; 4V3L C; 3SHB A; 3U5N A; 4X3G A; 2MNY A; 2KRE A; 2KWN A; 3U5M A; 4R7E A; 5TDW A; 4R2Y A; 5B75 A; 2QJ0 A; 3DQV R; 2HYE D; 1JOC A; 4YAD A; 1CHC A; 4YBM A; 5AIT A; 3ZPV E; 5B8D A; 2LGV A; 3LQH A; 3MHS A; 3RPG C; 4GNG A; 3ZNI A; 4AYC B; 4XI1 A; 1WFK A; 5C13 A; 3C5K A; 2VJF A; 3L1Z B; 4WZ0 A; 1X4U A; 3PHD A; 2Y1M A; 2EA6 A; 4IC2 A; 3V43 A; 5AIU A; 1HYI A; 2G6Q A; 3M63 A; 3NG2 A; 5D1L B; 5H1T A; 1N87 A; 4AP4 A; 2YYR A; 2PUY A; 1X4J A; 1JM7 A; 2G45 A; 4IC3 A; 2FSA A; 2UZG A; 2L0B A; 2CT2 A; 3HCS A; 3PUQ A; 5G05 B; 3L1X A; 3LRQ A; 2YUR A; 4LK9 A; 2CKL B; 3KNV A; 1WGM A; 2M1R A; 2YHN A; 2L43 A; 4PPE A; 2MA6 A; 2HDP A; 4LLB A; 4NN2 A; 2LQ6 A; 4LAD B; 4C9Z A; 4AVX A; 5FB1 A; 5TDR A; 2L80 A; 4TKP B; 3O33 A; 2PNX A; 3SOW A; 3O35 A; 2LXP C; 3EB6 A; 2D8S A; 2F6J A; 3M99 A; 4YBT A; 2K17 A; 4LKA A; 3MHH A; 2YHO A; 5J3X A; 1K2F A; 2VPD A; 2MA5 A; 2CSZ A; 2ZET C; 2ECT A; 2F42 A; 2VNF A; 3U5O A; 3I2D A; 3N9P A; 2QIC A; 4CA1 A; 4B7Y C; 4QF2 A; 4ZQL A; 5TAB A; 4PTB A; 3ZPV 1; 4GB0 A; 2Y43 A; 3LQJ A; 1WEP A; 4UP0 A; 1E4U A; 4A4C A; 2Y1N A; 4L58 A; 1WEU A; 3HTK C; 1FP0 A; 4L7X A; 5EYA F; 4S3O B; 1G25 A; 3QZV A; 3O37 A; 4WA6 A; 3KQI A; 3VK6 A; 5KH3 A; 1HYJ A; 2ECW A; 2VJE B; 2YSJ A; 4O64 A; 3N9N A; 2E6R A; 4YAT A; 1WEW A; 2LDR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Z2Q A; 3O7A A; 4AYC A; 4BHW A; 2KWK A; 4WZ3 B; 2MUM A; 3O36 A; 4A49 A; 2VJF B; 2ECN A; 2VP7 A; 4I7D A; 2RR4 A; 5LKZ A; 1LDJ B; 2C2L A; 5B78 A; 1WEN A; 1VYX A; 2IQJ A; 4O62 A; 4WZ2 A; 2ECI A; 4YC9 A; 5K3Q A; 1F62 A; 2E6S A; 4N3W A; 3M62 A; 2JRJ A; 2CKL A; 1WIM A; 3DPL R; 3O34 A; 2LGG A; 2M13 A; 2H0D A; 2RI7 A; 5DIN A; 2C2V S; 3ASL A; 2MIQ A; 3PUR A; 4LJN A; 2KE1 A; 2MD8 C; 2LN0 A; 2JMD A; 1WEQ A; 2KIZ A; 4UI9 B; 2EGM A; 2FUI A; 1X4I A; 1WIL A; 2YQL A; 3PLW A; 2QIZ A; 2AN6 A; 2BAY A; 3DWD A; 1RMD A; 4GNF A; 2ECV A; 2XEU A; 2VPE A; 2L5U A; 2CSY A; 3U5P A; 1XWH A; 4QF3 A; 3FAO A; 5H1V A; 3N9O A; 2XOY A; 3C6W A; 2KKY A; 5B77 A; 2L75 A; 3HCT A; 4FJC A; 1VFY A; 2M3H A; 3ZVZ B; 2EGP A; 2VPG A; 1MM3 A; 3T6R A; 3O70 A; 4ZDT A; 3L11 A; 3SOU A; 4I7B A; 5LKU A; 3IHP A; 4S3O C; 3Q1D A; 2YUC A; 4GNE A; 2FD4 A; 2F6N A; 4CCG X; 4F52 B; 2I50 A; 2YW8 A; 4P5O B; 3H7H A; 2MD7 B; 1DCQ A; 2JMJ A; 2KGG A; 1WEM A; 4FK5 A; 2DSM A; 2KWJ A; 5G04 B; 1ZBD B; 5DKA A; 2VJE A; 5G0F A; 2JM3 A; 4FO9 A; 2KR4 A; 5B79 A; 2KGI A; 1U6G B; 2DX8 A; 3T7L A; 4AUQ B; 2LXH C; 3N9L A; 3KDE C; 3O47 A; 3ZTG A; 1LDK C; 1IYM A; 5TRB A; 2YSM A; 5JG6 A; 5I3L A; 2CSV A; 3RPG B; 3ZYQ A; 5LKT A; 3EB5 A; 5FB0 A; 2YQM A; 2B0O E; 3FAN A; 4QQ4 A; 2YU4 A; 3FM8 C; 1JM7 B; 2LV9 A; 3FL2 A; 2KFT A; 3HCU A; 5FER A; 1FBV A; 4V3K C; 1Z6U A; 4B86 C; 4MSX A; 1WES A; 4YAX A; 1WEE A; 2XB1 A; 4UP5 A; 2FUU A; 3SUB A; 2ECJ A; 2ECG A; 1T1H A; 5D1M B; 5B76 A; 5H9M A; 1WEO A; 4I7C A; 2MT5 A; 4A0C D; 3JUE A; 2RSD A; 4MVT A; 1WE9 A; 2FFW A; 2H0D B; 2JUN A; 3SOX A; 3LQI A; 1VD4 A; 2D8U A; 2LRI C; 1DVP A; 2EOD A; 2YT5 A; 2OXQ C; 2CON A; 1V87 A; 5LCW B; 5SVY A; 2VPB A; 2LGK A; 4N4F A; 5TBN A; 2MNZ A; 2XOC A; 3N9M A; 2LGL A; 4FIP A; 5SVI B; 5H1U A; 2KWO A; 3N9Q A; 3GV4 A; 2LAU A; 3GL6 A; 1Z60 A; 2M85 A; 4Q6F A; 3FJU B; 4YAB A; 4R8P K; 5KH9 A; 1BOR A; 3RTR B; 4YBS A; 2K16 A; 4W4U A; 2YRE A; 3ZVY A; 5KH7 A; 2K1J A; 2JMI A; 3KV5 A; 1MM2 A; 2KU3 A; 4OGC A; 5FEY A; 5C11 A; 4GND A; 4BBQ A; 2EXU A; 2M6M A; 4A4B A; 4ZUX U; 3LVQ E; 3KV6 A; 5D1K B; 1WEV A; 5LKX A; 2IDA A; 2KYU A; 2G43 A; 2NAA A; 4OGE A; 2DJA A; 2K4D A; 4V3L C; 3SHB A; 3U5N A; 4X3G A; 2MNY A; 2KRE A; 3LVR E; 2KWN A; 3U5M A; 4R7E A; 3E2D A; 5TDW A; 4R2Y A; 5B75 A; 2QJ0 A; 3DQV R; 2HYE D; 2L7P A; 1JOC A; 2CRR A; 4YAD A; 1CHC A; 4YBM A; 5AIT A; 3ZPV E; 5B8D A; 2P57 A; 2LGV A; 3LQH A; 3M7K A; 1MBM A; 3MHS A; 3RPG C; 4GNG A; 3ZNI A; 4AYC B; 4XI1 A; 1WFK A; 5C13 A; 3C5K A; 5SVX A; 2VJF A; 3L1Z B; 4WZ0 A; 1X4U A; 3PHD A; 2Y1M A; 2EA6 A; 4IC2 A; 3V43 A; 5AIU A; 2XOZ A; 2E61 A; 1HYI A; 2G6Q A; 3M63 A; 3NG2 A; 5D1L B; 5H1T A; 1N87 A; 4AP4 A; 2YYR A; 2MKE A; 2PUY A; 1X4J A; 1JM7 A; 2G45 A; 4IC3 A; 2FSA A; 2UZG A; 2L0B A; 4Z0O A; 2CT2 A; 3HCS A; 3PUQ A; 5G05 B; 3L1X A; 3LRQ A; 2YUR A; 4LK9 A; 2CKL B; 2KKX A; 3KNV A; 3LJU X; 1WGM A; 2M1R A; 2YHN A; 3FEH A; 3T9K A; 2XP0 A; 2L43 A; 4PPE A; 2MA6 A; 2HDP A; 4LLB A; 4NN2 A; 2LQ6 A; 4LAD B; 4C9Z A; 4AVX A; 5FB1 A; 5TDR A; 3LDY A; 2L80 A; 4TKP B; 2OWA A; 3O33 A; 2PNX A; 3SOW A; 3O35 A; 2LXP C; 3EB6 A; 2D8S A; 2F6J A; 3M99 A; 4YBT A; 2K17 A; 4LKA A; 5SVI A; 3DDT A; 3MHH A; 2YHO A; 5J3X A; 1K2F A; 2VPD A; 2MA5 A; 2CSZ A; 2ZET C; 2ECT A; 2F42 A; 2VNF A; 2YVR A; 3U5O A; 3I2D A; 3N9P A; 2QIC A; 4CA1 A; 4B7Y C; 4H9D A; 4QF2 A; 4ZQL A; 5TAB A; 4PTB A; 3ZPV 1; 4GB0 A; 2CRW A; 2Y43 A; 3LQJ A; 1WEP A; 4UP0 A; 1E4U A; 4A4C A; 2Y1N A; 4L58 A; 1WEU A; 3HTK C; 1FP0 A; 4L7X A; 5EYA F; 4S3O B; 4F1P A; 4Z0R A; 1G25 A; 3QZV A; 3O37 A; 4WA6 A; 3KQI A; 3VK6 A; 5KH3 A; 1HYJ A; 2ECW A; 2VJE B; 2YSJ A; 4O64 A; 3N9N A; 2E6R A; 3MDB C; 4YAT A; 1WEW A; 2LDR A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1Z2Q A; 3O7A A; 4AYC A; 4BHW A; 2KWK A; 4WZ3 B; 2MUM A; 3O36 A; 4A49 A; 2VJF B; 2ECN A; 2VP7 A; 4I7D A; 5LKZ A; 1LDJ B; 2C2L A; 5B78 A; 1WEN A; 1VYX A; 4WZ2 A; 2ECI A; 4YC9 A; 1F62 A; 2E6S A; 4N3W A; 3M62 A; 2JRJ A; 2CKL A; 1WIM A; 3DPL R; 3O34 A; 2LGG A; 2H0D A; 2RI7 A; 5DIN A; 2C2V S; 3ASL A; 2MIQ A; 3PUR A; 4LJN A; 2KE1 A; 2MD8 C; 2LN0 A; 2JMD A; 1WEQ A; 2KIZ A; 4UI9 B; 2FUI A; 1X4I A; 1WIL A; 2YQL A; 2QIZ A; 2AN6 A; 2BAY A; 1RMD A; 4GNF A; 2ECV A; 2XEU A; 2VPE A; 2L5U A; 2CSY A; 3U5P A; 1XWH A; 4QF3 A; 5H1V A; 3N9O A; 3C6W A; 5B77 A; 2L75 A; 3HCT A; 4FJC A; 1VFY A; 2M3H A; 3ZVZ B; 2EGP A; 2VPG A; 1MM3 A; 3T6R A; 3O70 A; 4ZDT A; 3L11 A; 3SOU A; 4I7B A; 5LKU A; 3IHP A; 4S3O C; 2YUC A; 4GNE A; 2F6N A; 4CCG X; 4F52 B; 2I50 A; 2YW8 A; 4P5O B; 2MD7 B; 2JMJ A; 2KGG A; 1WEM A; 4FK5 A; 2KWJ A; 5G04 B; 1ZBD B; 5DKA A; 2VJE A; 5G0F A; 4FO9 A; 2KR4 A; 5B79 A; 2KGI A; 1U6G B; 2DX8 A; 3T7L A; 4AUQ B; 2LXH C; 3N9L A; 3ZTG A; 1LDK C; 1IYM A; 5TRB A; 2YSM A; 5JG6 A; 5I3L A; 3RPG B; 3ZYQ A; 5LKT A; 3EB5 A; 5FB0 A; 2YQM A; 2YU4 A; 1JM7 B; 2LV9 A; 3FL2 A; 2KFT A; 3HCU A; 5FER A; 1FBV A; 4V3K C; 1Z6U A; 4B86 C; 4MSX A; 1WES A; 4YAX A; 1WEE A; 2XB1 A; 4UP5 A; 2FUU A; 2ECJ A; 2ECG A; 1T1H A; 5D1M B; 5B76 A; 5H9M A; 1WEO A; 4I7C A; 2MT5 A; 4A0C D; 2RSD A; 4MVT A; 1WE9 A; 2H0D B; 3SOX A; 3LQI A; 1VD4 A; 2LRI C; 1DVP A; 2EOD A; 2YT5 A; 2OXQ C; 1V87 A; 5LCW B; 2VPB A; 2LGK A; 4N4F A; 5TBN A; 2MNZ A; 3N9M A; 2LGL A; 4FIP A; 5H1U A; 2KWO A; 3N9Q A; 3GV4 A; 3GL6 A; 1Z60 A; 2M85 A; 4Q6F A; 4YAB A; 4R8P K; 5KH9 A; 1BOR A; 3RTR B; 4YBS A; 2K16 A; 4W4U A; 2YRE A; 3ZVY A; 5KH7 A; 2K1J A; 2JMI A; 3KV5 A; 1MM2 A; 2KU3 A; 5FEY A; 5C11 A; 4GND A; 4BBQ A; 2M6M A; 4A4B A; 4ZUX U; 3KV6 A; 5D1K B; 1WEV A; 5LKX A; 2IDA A; 2KYU A; 2G43 A; 2NAA A; 2K4D A; 4V3L C; 3SHB A; 3U5N A; 4X3G A; 2MNY A; 2KRE A; 2KWN A; 3U5M A; 4R7E A; 5TDW A; 4R2Y A; 5B75 A; 2QJ0 A; 3DQV R; 2HYE D; 1JOC A; 4YAD A; 1CHC A; 4YBM A; 5AIT A; 3ZPV E; 5B8D A; 2LGV A; 3LQH A; 3MHS A; 3RPG C; 4GNG A; 3ZNI A; 4AYC B; 4XI1 A; 1WFK A; 5C13 A; 3C5K A; 2VJF A; 3L1Z B; 4WZ0 A; 1X4U A; 3PHD A; 2Y1M A; 2EA6 A; 4IC2 A; 3V43 A; 5AIU A; 1HYI A; 2G6Q A; 3M63 A; 3NG2 A; 5D1L B; 5H1T A; 1N87 A; 4AP4 A; 2YYR A; 2PUY A; 1X4J A; 1JM7 A; 2G45 A; 4IC3 A; 2FSA A; 2UZG A; 2L0B A; 2CT2 A; 3HCS A; 3PUQ A; 5G05 B; 3L1X A; 3LRQ A; 2YUR A; 4LK9 A; 2CKL B; 3KNV A; 1WGM A; 2M1R A; 2YHN A; 2L43 A; 4PPE A; 2MA6 A; 2HDP A; 4LLB A; 4NN2 A; 2LQ6 A; 4LAD B; 4C9Z A; 4AVX A; 5FB1 A; 5TDR A; 2L80 A; 4TKP B; 3O33 A; 2PNX A; 3SOW A; 3O35 A; 2LXP C; 3EB6 A; 2D8S A; 2F6J A; 3M99 A; 4YBT A; 2K17 A; 4LKA A; 3MHH A; 2YHO A; 5J3X A; 1K2F A; 2VPD A; 2MA5 A; 2CSZ A; 2ZET C; 2ECT A; 2F42 A; 2VNF A; 3U5O A; 3I2D A; 3N9P A; 2QIC A; 4CA1 A; 4B7Y C; 4QF2 A; 4ZQL A; 5TAB A; 4PTB A; 3ZPV 1; 4GB0 A; 2Y43 A; 3LQJ A; 1WEP A; 4UP0 A; 1E4U A; 4A4C A; 2Y1N A; 4L58 A; 1WEU A; 3HTK C; 1FP0 A; 4L7X A; 5EYA F; 4S3O B; 1G25 A; 3QZV A; 3O37 A; 4WA6 A; 3KQI A; 3VK6 A; 5KH3 A; 1HYJ A; 2ECW A; 2VJE B; 2YSJ A; 4O64 A; 3N9N A; 2E6R A; 4YAT A; 1WEW A; 2LDR A;
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