The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
56
|
structure length |
56
|
Chain Sequence |
DHHMEFCRVCKDGGELLCCDTCPSSYHIHCLNPPLPEIPNGEWLCPRCTCPALKGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Plant Homeodomain (PHD) Fingers of CHD4 Are Histone H3-binding Modules with Preference for Unmodified H3K4 and Methylated H3K9
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription/nuclear protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4
|
| total genus |
8
|
| structure length |
56
|
| sequence length |
56
|
| ec nomenclature |
ec
3.6.4.12: DNA helicase. |
| pdb deposition date | 2010-12-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00628 | PHD | PHD-finger |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5B8D A; 3O7A A; 1Z2Q A; 4FJC A; 2C2L A; 3KNV A; 2HDP A; 3I2D A; 4QF2 A; 4GNF A; 5AIU A; 1K2F A; 2K16 A; 5B75 A; 3O35 A; 1LDK C; 2YUR A; 4CA1 A; 2YSJ A; 4S3O B; 2G6Q A; 3LQJ A; 3N9L A; 5G0F A; 2Y43 A; 4C9Z A; 5TBN A; 3C5K A; 2KGI A; 4ZQL A; 5DKA A; 4YC9 A; 1G25 A; 1WES A; 3N9O A; 2FUI A; 1MM3 A; 2C2V S; 3O36 A; 4FIP A; 2L5U A; 2YQM A; 2MA5 A; 2VJE B; 5H9M A; 4GB0 A; 1WEU A; 3RTR B; 5J3X A; 2YHO A; 2K4D A; 1JM7 B; 5LKX A; 2E6R A; 2YHN A; 3LQI A; 3ZPV E; 2L75 A; 1HYI A; 2VJE A; 5LKT A; 4A4C A; 2KRE A; 4FK5 A; 4CCG X; 3L1Z B; 2LDR A; 5TAB A; 4R8P K; 1F62 A; 4FO9 A; 1JM7 A; 1WEN A; 4WZ3 B; 1DVP A; 5LKZ A; 2CT2 A; 3HCU A; 2BAY A; 1MM2 A; 5FB0 A; 2XEU A; 2YRE A; 2ECT A; 3O33 A; 4W4U A; 5H1V A; 4AP4 A; 1WEM A; 4GND A; 2LQ6 A; 2D8S A; 3EB5 A; 4WA6 A; 1WE9 A; 1WEW A; 2EGP A; 3O37 A; 1CHC A; 3HTK C; 2KE1 A; 2LGL A; 2MIQ A; 3V43 A; 1T1H A; 2G43 A; 4PPE A; 5TRB A; 2YU4 A; 3MHS A; 3HCS A; 1LDJ B; 4BHW A; 5FER A; 2YSM A; 2VNF A; 4S3O C; 2H0D B; 3ZVY A; 2CSY A; 5AIT A; 2MD7 B; 4XI1 A; 4X3G A; 5D1L B; 5H1U A; 4WZ0 A; 4N3W A; 4A0C D; 2XB1 A; 2H0D A; 2Y1M A; 3L1X A; 2M1R A; 2JMI A; 1X4J A; 2VP7 A; 3U5M A; 3O70 A; 2L43 A; 3U5P A; 2KIZ A; 2FSA A; 3N9Q A; 4R2Y A; 3M62 A; 2LXP C; 3ZVZ B; 2LGV A; 5KH7 A; 4LAD B; 2KWN A; 4AUQ B; 3O34 A; 1FBV A; 1HYJ A; 2JRJ A; 4PTB A; 2NAA A; 4IC2 A; 3ZNI A; 2LV9 A; 2LN0 A; 3GL6 A; 4LK9 A; 2Y1N A; 4AYC B; 2QJ0 A; 2VJF B; 4GNE A; 3SOU A; 2KWO A; 3KQI A; 1XWH A; 3KV6 A; 5C11 A; 4MVT A; 3N9N A; 1U6G B; 3RPG B; 4B86 C; 4AVX A; 1VD4 A; 4AYC A; 2ZET C; 2VJF A; 3L11 A; 3SOW A; 4P5O B; 3M63 A; 2ECI A; 4TKP B; 1WEO A; 4A49 A; 5KH3 A; 4LLB A; 2VPG A; 3SHB A; 1WEV A; 3ZTG A; 2ECG A; 5B79 A; 2KU3 A; 4V3L C; 3NG2 A; 3C6W A; 3DPL R; 1JOC A; 1FP0 A; 3DQV R; 3GV4 A; 2MD8 C; 5B77 A; 4A4B A; 2RSD A; 3LRQ A; 3U5N A; 2KR4 A; 5DIN A; 3LQH A; 2JMJ A; 4L7X A; 3IHP A; 2KYU A; 3PUQ A; 3PHD A; 3HCT A; 2JMD A; 2LGG A; 2IDA A; 5H1T A; 1WEQ A; 2QIZ A; 2I50 A; 3QZV A; 2ECN A; 4YBS A; 1VFY A; 2MNZ A; 4YAT A; 4BBQ A; 4GNG A; 5LCW B; 2L80 A; 4ZDT A; 2M85 A; 4LJN A; 1X4U A; 5D1M B; 5EYA F; 5G04 B; 2QIC A; 2F6N A; 4YAD A; 2MA6 A; 1RMD A; 5B78 A; 2EOD A; 2MT5 A; 2YQL A; 3M99 A; 4YBT A; 1WFK A; 4UP5 A; 4Q6F A; 5LKU A; 3N9P A; 2HYE D; 3MHH A; 1Z60 A; 2YUC A; 4N4F A; 4UP0 A; 2YYR A; 2CSZ A; 1WEE A; 3RPG C; 5I3L A; 2L0B A; 2G45 A; 5FEY A; 2VPB A; 1ZBD B; 1BOR A; 2LXH C; 5JG6 A; 2CKL B; 4IC3 A; 2K1J A; 3PUR A; 4YAX A; 2OXQ C; 4WZ2 A; 3FL2 A; 4QF3 A; 3SOX A; 5TDR A; 3N9M A; 2EA6 A; 4I7D A; 2MNY A; 2E6S A; 5KH9 A; 2KGG A; 5G05 B; 3U5O A; 1IYM A; 2CKL A; 4L58 A; 3ASL A; 4UI9 B; 4V3K C; 2KFT A; 2LGK A; 1X4I A; 2ECJ A; 1VYX A; 2KWJ A; 5FB1 A; 2F42 A; 1Z6U A; 2VPD A; 2K17 A; 4O64 A; 2PUY A; 4B7Y C; 3KV5 A; 2MUM A; 2AN6 A; 2FUU A; 4NN2 A; 1E4U A; 2LRI C; 1WIL A; 1N87 A; 2PNX A; 2M6M A; 4I7C A; 2DX8 A; 3T7L A; 3ZYQ A; 4F52 B; 3T6R A; 4YBM A; 5B76 A; 2ECW A; 5TDW A; 4R7E A; 3VK6 A; 1WEP A; 2F6J A; 2M3H A; 2YW8 A; 4I7B A; 3EB6 A; 4ZUX U; 2ECV A; 5C13 A; 1WGM A; 4MSX A; 3ZPV 1; 2VPE A; 2YT5 A; 4YAB A; 5D1K B; 1V87 A; 2UZG A; 2RI7 A; 4LKA A; 2KWK A; 1WIM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2D8U A; 5B8D A; 3O7A A; 1Z2Q A; 4FJC A; 2C2L A; 3KNV A; 2HDP A; 3I2D A; 4QF2 A; 4GNF A; 5AIU A; 2XP0 A; 2JUN A; 4H9D A; 1K2F A; 2K16 A; 5B75 A; 3O35 A; 2OWA A; 1LDK C; 2YUR A; 4CA1 A; 2YSJ A; 4S3O B; 2G6Q A; 3LQJ A; 3N9L A; 3E2D A; 5G0F A; 2Y43 A; 3PLW A; 4C9Z A; 5TBN A; 3C5K A; 2KGI A; 4ZQL A; 3MDB C; 5DKA A; 2M13 A; 4YC9 A; 1G25 A; 2B0O E; 1WES A; 3N9O A; 2FUI A; 1MM3 A; 2C2V S; 3O36 A; 4FIP A; 2L5U A; 2YQM A; 2MA5 A; 2VJE B; 5H9M A; 4GB0 A; 1WEU A; 3RTR B; 5J3X A; 2YHO A; 2K4D A; 1JM7 B; 3DDT A; 5LKX A; 2E6R A; 2YHN A; 2RR4 A; 3LQI A; 3ZPV E; 2L75 A; 3LVQ E; 3LVR E; 1HYI A; 2VJE A; 5LKT A; 4A4C A; 2KRE A; 4FK5 A; 4CCG X; 3L1Z B; 2LDR A; 5TAB A; 4R8P K; 1F62 A; 2FFW A; 4FO9 A; 1JM7 A; 1WEN A; 4WZ3 B; 1DVP A; 5LKZ A; 2CT2 A; 2XOZ A; 2BAY A; 3HCU A; 1MM2 A; 5FB0 A; 2XEU A; 2YRE A; 2ECT A; 3O33 A; 4W4U A; 5H1V A; 4AP4 A; 1WEM A; 4GND A; 2CON A; 2LQ6 A; 2D8S A; 3EB5 A; 4WA6 A; 1WE9 A; 1WEW A; 2EGP A; 3O37 A; 2JM3 A; 1CHC A; 3HTK C; 2KE1 A; 2LGL A; 2MIQ A; 3V43 A; 1T1H A; 2G43 A; 4PPE A; 5TRB A; 4OGE A; 3LDY A; 5K3Q A; 2YU4 A; 3MHS A; 3HCS A; 1LDJ B; 4BHW A; 5FER A; 2YSM A; 3T9K A; 2VNF A; 4S3O C; 2H0D B; 3ZVY A; 2CSY A; 5AIT A; 2MD7 B; 4XI1 A; 4X3G A; 5D1L B; 5H1U A; 4WZ0 A; 4N3W A; 4A0C D; 2XB1 A; 2H0D A; 2Y1M A; 3M7K A; 3L1X A; 2M1R A; 2JMI A; 1X4J A; 2VP7 A; 2LAU A; 3U5M A; 3O70 A; 2L43 A; 3U5P A; 2KIZ A; 2FSA A; 3N9Q A; 3LJU X; 4R2Y A; 3M62 A; 2LXP C; 3ZVZ B; 2LGV A; 5KH7 A; 4LAD B; 2KWN A; 4AUQ B; 3O34 A; 1FBV A; 2KKY A; 1HYJ A; 2JRJ A; 4PTB A; 2NAA A; 4IC2 A; 3ZNI A; 2LV9 A; 2LN0 A; 3GL6 A; 4LK9 A; 2L7P A; 2Y1N A; 4AYC B; 2QJ0 A; 2VJF B; 4GNE A; 3SOU A; 4F1P A; 2DSM A; 2CSV A; 2KWO A; 3KQI A; 1XWH A; 3KV6 A; 5C11 A; 2FD4 A; 4MVT A; 2CRR A; 4O62 A; 2XOC A; 3N9N A; 1U6G B; 3RPG B; 3Q1D A; 4B86 C; 4AVX A; 1VD4 A; 4AYC A; 2ZET C; 2VJF A; 3L11 A; 3SOW A; 4P5O B; 3M63 A; 2MKE A; 2XOY A; 2ECI A; 4TKP B; 1WEO A; 4A49 A; 2CRW A; 5KH3 A; 4LLB A; 2VPG A; 3SHB A; 1WEV A; 3ZTG A; 2ECG A; 5B79 A; 2KU3 A; 4V3L C; 3NG2 A; 3C6W A; 3DPL R; 1JOC A; 1FP0 A; 3DQV R; 3GV4 A; 2MD8 C; 5B77 A; 4A4B A; 4OGC A; 2RSD A; 2IQJ A; 3LRQ A; 5SVY A; 3U5N A; 2KR4 A; 5DIN A; 3LQH A; 2JMJ A; 4L7X A; 3IHP A; 2KYU A; 2EXU A; 3PUQ A; 3PHD A; 3HCT A; 4Z0R A; 2YVR A; 2JMD A; 3H7H A; 2LGG A; 2IDA A; 5H1T A; 1WEQ A; 3FAN A; 2QIZ A; 2I50 A; 3QZV A; 2ECN A; 4YBS A; 1VFY A; 2MNZ A; 4YAT A; 4BBQ A; 4GNG A; 5LCW B; 2L80 A; 4ZDT A; 2M85 A; 4LJN A; 1X4U A; 5D1M B; 5EYA F; 4QQ4 A; 5G04 B; 2QIC A; 2F6N A; 4YAD A; 2MA6 A; 1RMD A; 5B78 A; 2EOD A; 2MT5 A; 2YQL A; 3M99 A; 2DJA A; 4YBT A; 1WFK A; 5SVX A; 4UP5 A; 4Q6F A; 3KDE C; 5LKU A; 1DCQ A; 3N9P A; 2HYE D; 3MHH A; 1Z60 A; 2YUC A; 4N4F A; 4UP0 A; 2YYR A; 2CSZ A; 1WEE A; 3RPG C; 5I3L A; 2L0B A; 2G45 A; 5FEY A; 2VPB A; 1ZBD B; 1BOR A; 3O47 A; 4Z0O A; 2LXH C; 5JG6 A; 2CKL B; 4IC3 A; 2K1J A; 3PUR A; 4YAX A; 2OXQ C; 4WZ2 A; 3FL2 A; 4QF3 A; 3SOX A; 5TDR A; 3N9M A; 2EA6 A; 4I7D A; 2MNY A; 2E6S A; 5KH9 A; 2KGG A; 5G05 B; 2P57 A; 5SVI B; 3U5O A; 1IYM A; 2CKL A; 4L58 A; 3ASL A; 4UI9 B; 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3RTR B; 5J3X A; 2YHO A; 2K4D A; 1JM7 B; 5LKX A; 2E6R A; 2YHN A; 3LQI A; 3ZPV E; 2L75 A; 1HYI A; 2VJE A; 5LKT A; 4A4C A; 2KRE A; 4FK5 A; 4CCG X; 3L1Z B; 2LDR A; 5TAB A; 4R8P K; 1F62 A; 4FO9 A; 1JM7 A; 1WEN A; 4WZ3 B; 1DVP A; 5LKZ A; 2CT2 A; 3HCU A; 2BAY A; 1MM2 A; 5FB0 A; 2XEU A; 2YRE A; 2ECT A; 3O33 A; 4W4U A; 5H1V A; 4AP4 A; 1WEM A; 4GND A; 2LQ6 A; 2D8S A; 3EB5 A; 4WA6 A; 1WE9 A; 1WEW A; 2EGP A; 3O37 A; 1CHC A; 3HTK C; 2KE1 A; 2LGL A; 2MIQ A; 3V43 A; 1T1H A; 2G43 A; 4PPE A; 5TRB A; 2YU4 A; 3MHS A; 3HCS A; 1LDJ B; 4BHW A; 5FER A; 2YSM A; 2VNF A; 4S3O C; 2H0D B; 3ZVY A; 2CSY A; 5AIT A; 2MD7 B; 4XI1 A; 4X3G A; 5D1L B; 5H1U A; 4WZ0 A; 4N3W A; 4A0C D; 2XB1 A; 2H0D A; 2Y1M A; 3L1X A; 2M1R A; 2JMI A; 1X4J A; 2VP7 A; 3U5M A; 3O70 A; 2L43 A; 3U5P A; 2KIZ A; 2FSA A; 3N9Q A; 4R2Y A; 3M62 A; 2LXP C; 3ZVZ B; 2LGV A; 5KH7 A; 4LAD B; 2KWN A; 4AUQ B; 3O34 A; 1FBV A; 1HYJ A; 2JRJ A; 4PTB A; 2NAA A; 4IC2 A; 3ZNI A; 2LV9 A; 2LN0 A; 3GL6 A; 4LK9 A; 2Y1N A; 4AYC B; 2QJ0 A; 2VJF B; 4GNE A; 3SOU A; 2KWO A; 3KQI A; 1XWH A; 3KV6 A; 5C11 A; 4MVT A; 3N9N A; 1U6G B; 3RPG B; 4B86 C; 4AVX A; 1VD4 A; 4AYC A; 2ZET C; 2VJF A; 3L11 A; 3SOW A; 4P5O B; 3M63 A; 2ECI A; 4TKP B; 1WEO A; 4A49 A; 5KH3 A; 4LLB A; 2VPG A; 3SHB A; 1WEV A; 3ZTG A; 2ECG A; 5B79 A; 2KU3 A; 4V3L C; 3NG2 A; 3C6W A; 3DPL R; 1JOC A; 1FP0 A; 3DQV R; 3GV4 A; 2MD8 C; 5B77 A; 4A4B A; 2RSD A; 3LRQ A; 3U5N A; 2KR4 A; 5DIN A; 3LQH A; 2JMJ A; 4L7X A; 3IHP A; 2KYU A; 3PUQ A; 3PHD A; 3HCT A; 2JMD A; 2LGG A; 2IDA A; 5H1T A; 1WEQ A; 2QIZ A; 2I50 A; 3QZV A; 2ECN A; 4YBS A; 1VFY A; 2MNZ A; 4YAT A; 4BBQ A; 4GNG A; 5LCW B; 2L80 A; 4ZDT A; 2M85 A; 4LJN A; 1X4U A; 5D1M B; 5EYA F; 5G04 B; 2QIC A; 2F6N A; 4YAD A; 2MA6 A; 1RMD A; 5B78 A; 2EOD A; 2MT5 A; 2YQL A; 3M99 A; 4YBT A; 1WFK A; 4UP5 A; 4Q6F A; 5LKU A; 3N9P A; 2HYE D; 3MHH A; 1Z60 A; 2YUC A; 4N4F A; 4UP0 A; 2YYR A; 2CSZ A; 1WEE A; 3RPG C; 5I3L A; 2L0B A; 2G45 A; 5FEY A; 2VPB A; 1ZBD B; 1BOR A; 2LXH C; 5JG6 A; 2CKL B; 4IC3 A; 2K1J A; 3PUR A; 4YAX A; 2OXQ C; 4WZ2 A; 3FL2 A; 4QF3 A; 3SOX A; 5TDR A; 3N9M A; 2EA6 A; 4I7D A; 2MNY A; 2E6S A; 5KH9 A; 2KGG A; 5G05 B; 3U5O A; 1IYM A; 2CKL A; 4L58 A; 3ASL A; 4UI9 B; 4V3K C; 2KFT A; 2LGK A; 1X4I A; 2ECJ A; 1VYX A; 2KWJ A; 5FB1 A; 2F42 A; 1Z6U A; 2VPD A; 2K17 A; 4O64 A; 2PUY A; 4B7Y C; 3KV5 A; 2MUM A; 2AN6 A; 2FUU A; 4NN2 A; 1E4U A; 2LRI C; 1WIL A; 1N87 A; 2PNX A; 2M6M A; 4I7C A; 2DX8 A; 3T7L A; 3ZYQ A; 4F52 B; 3T6R A; 4YBM A; 5B76 A; 2ECW A; 5TDW A; 4R7E A; 3VK6 A; 1WEP A; 2F6J A; 2M3H A; 2YW8 A; 4I7B A; 3EB6 A; 4ZUX U; 2ECV A; 5C13 A; 1WGM A; 4MSX A; 3ZPV 1; 2VPE A; 2YT5 A; 4YAB A; 5D1K B; 1V87 A; 2UZG A; 2RI7 A; 4LKA A; 2KWK A; 1WIM A;
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