The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
|
sequence length |
52
|
structure length |
52
|
Chain Sequence |
SVCAAQNCQRPCKDKVDWVQCDGGCDEWFHQVCVGVSPEMAENEDYICINCA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| publication title |
Crystal Structure of Jarid1a PHD finger bound to histone H3C4me3 peptide
rcsb |
| molecule keywords |
Lysine-specific demethylase 5A
|
| total genus |
9
|
| structure length |
52
|
| sequence length |
52
|
| ec nomenclature |
ec
1.14.11.-: |
| pdb deposition date | 2015-06-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2M85 A; 1WES A; 4N3W A; 1MM2 A; 3N9Q A; 4BHW A; 2VJF A; 4YAX A; 2L0B A; 1WEM A; 3NG2 A; 5B75 A; 3O34 A; 3KNV A; 2MD8 C; 1K2F A; 4FIP A; 4ZDT A; 2K17 A; 5H1T A; 2DX8 A; 3KQI A; 4WZ0 A; 1RMD A; 1X4U A; 3O37 A; 4YC9 A; 1HYI A; 2YQL A; 5TAB A; 2YSM A; 5H1V A; 2CSY A; 5J3X A; 3T7L A; 2MA6 A; 5B8D A; 4P5O B; 5KH3 A; 5AIU A; 2G6Q A; 3N9O A; 2LXP C; 3HCU A; 2LGL A; 1WEW A; 4AVX A; 4PPE A; 2FUI A; 5D1K B; 2EA6 A; 5B76 A; 1Z60 A; 1F62 A; 3LQH A; 2F6N A; 4I7D A; 4LAD B; 2LGV A; 5TBN A; 2KRE A; 2YUC A; 1MM3 A; 2FUU A; 2VPG A; 3ZPV E; 4B7Y C; 1CHC A; 4L7X A; 3U5N A; 5B77 A; 2KWN A; 4YAD A; 5B79 A; 2RSD A; 1WFK A; 1VYX A; 2M1R A; 2F6J A; 2PNX A; 2VJF B; 3N9L A; 2L5U A; 4AYC A; 4GNG A; 3O35 A; 1WEN A; 1WEO A; 3V43 A; 5G04 B; 3KV5 A; 3ZNI A; 3C6W A; 3U5P A; 4N4F A; 3M62 A; 4YBM A; 2VPE A; 3ZTG A; 2ECI A; 4IC2 A; 3DPL R; 1WIL A; 3MHS A; 5FER A; 4TKP B; 5FEY A; 2E6R A; 2E6S A; 5H9M A; 2LQ6 A; 4A4C A; 4C9Z A; 4GNE A; 3ZPV 1; 3HCS A; 2KWK A; 5C11 A; 4MSX A; 1VD4 A; 4ZQL A; 3ZVZ B; 5G05 B; 2M3H A; 5TDR A; 4YBT A; 3IHP A; 3EB6 A; 5JG6 A; 5FB1 A; 2L43 A; 2VNF A; 2UZG A; 4QF3 A; 1V87 A; 2YUR A; 5H1U A; 3EB5 A; 3L1Z B; 1N87 A; 4R7E A; 3O33 A; 1G25 A; 2NAA A; 4F52 B; 2G43 A; 4QF2 A; 4NN2 A; 4YBS A; 3RTR B; 4GB0 A; 2FSA A; 1JM7 A; 3L1X A; 4WA6 A; 2C2L A; 3DQV R; 4B86 C; 2LV9 A; 1ZBD B; 4Q6F A; 3N9M A; 4LLB A; 4ZUX U; 1HYJ A; 4LKA A; 2EGP A; 1E4U A; 2LXH C; 2KWO A; 2G45 A; 2M6M A; 2AN6 A; 2QJ0 A; 4R8P K; 4CA1 A; 3FL2 A; 5DKA A; 5LKU A; 1DVP A; 2MIQ A; 1FP0 A; 2XB1 A; 5EYA F; 2CT2 A; 2ECN A; 3GV4 A; 2ECW A; 2MT5 A; 2K4D A; 4BBQ A; 2H0D B; 2KWJ A; 4AUQ B; 4PTB A; 2ECV A; 1U6G B; 2YSJ A; 5KH7 A; 2ECG A; 3RPG B; 2K16 A; 3M99 A; 5AIT A; 2YT5 A; 4YAB A; 2KGG A; 1WEQ A; 2CSZ A; 3ZVY A; 3L11 A; 2Y1N A; 2F42 A; 3PUR A; 2BAY A; 3RPG C; 2PUY A; 4LJN A; 4UP5 A; 2KYU A; 2YHN A; 2MUM A; 4CCG X; 4WZ3 B; 3GL6 A; 1Z6U A; 1VFY A; 2Y1M A; 3HTK C; 1LDK C; 3O7A A; 3MHH A; 3T6R A; 3QZV A; 2LRI C; 5LKT A; 2JMI A; 2KR4 A; 2ECT A; 1WE9 A; 5DIN A; 5TDW A; 2Y43 A; 2KFT A; 5LKZ A; 2VJE A; 4FJC A; 2CKL A; 2KIZ A; 2L80 A; 2LDR A; 2JRJ A; 3ASL A; 4O64 A; 2D8S A; 3N9P A; 1WGM A; 3SOU A; 2K1J A; 2QIC A; 1X4J A; 4FO9 A; 5TRB A; 3SOX A; 3N9N A; 2MNZ A; 4R2Y A; 1X4I A; 3SOW A; 1WEE A; 2YU4 A; 5C13 A; 2KE1 A; 4UI9 B; 2HYE D; 1WIM A; 1XWH A; 2VPD A; 2LN0 A; 5FB0 A; 4GND A; 4A49 A; 3PHD A; 2ECJ A; 2KGI A; 4UP0 A; 2I50 A; 5D1M B; 4AYC B; 3I2D A; 1JOC A; 3HCT A; 3O36 A; 3LQI A; 4V3L C; 3KV6 A; 5LCW B; 2YYR A; 3M63 A; 1WEP A; 2MD7 B; 4GNF A; 4AP4 A; 3U5M A; 5B78 A; 2L75 A; 3LRQ A; 2QIZ A; 1T1H A; 5D1L B; 4L58 A; 3O70 A; 1FBV A; 2YQM A; 3PUQ A; 4W4U A; 2VP7 A; 4LK9 A; 2VPB A; 2VJE B; 2HDP A; 5LKX A; 2CKL B; 4X3G A; 4I7B A; 4I7C A; 2YHO A; 2C2V S; 2ZET C; 3VK6 A; 4A0C D; 2MNY A; 2RI7 A; 2LGK A; 3LQJ A; 5I3L A; 2IDA A; 1WEV A; 4A4B A; 2JMD A; 3SHB A; 1Z2Q A; 2MA5 A; 4MVT A; 4FK5 A; 2YW8 A; 2EOD A; 4WZ2 A; 3ZYQ A; 3C5K A; 4S3O B; 1IYM A; 5G0F A; 2KU3 A; 2H0D A; 3U5O A; 1JM7 B; 4S3O C; 4V3K C; 5KH9 A; 2OXQ C; 2JMJ A; 1BOR A; 2XEU A; 2LGG A; 4YAT A; 1WEU A; 4IC3 A; 2YRE A; 4XI1 A; 1LDJ B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2M85 A; 2MKE A; 2B0O E; 4Z0R A; 1WES A; 4N3W A; 1MM2 A; 3N9Q A; 4BHW A; 2VJF A; 4YAX A; 2L0B A; 1WEM A; 3NG2 A; 5B75 A; 1MBM A; 3O34 A; 3KNV A; 2MD8 C; 1K2F A; 3SUB A; 4FIP A; 4ZDT A; 2K17 A; 5H1T A; 2LAU A; 2DX8 A; 3KQI A; 4WZ0 A; 1RMD A; 1X4U A; 3O37 A; 4YC9 A; 1HYI A; 2YQL A; 5TAB A; 2YSM A; 5H1V A; 2CSY A; 3FAO A; 2CSV A; 5J3X A; 3T7L A; 2MA6 A; 5B8D A; 4P5O B; 5KH3 A; 5AIU A; 2G6Q A; 3N9O A; 2LXP C; 3HCU A; 2LGL A; 2DSM A; 1WEW A; 4AVX A; 4PPE A; 2FUI A; 5K3Q A; 5D1K B; 2EA6 A; 2RR4 A; 5B76 A; 1Z60 A; 5SVX A; 1F62 A; 3LQH A; 2F6N A; 4I7D A; 4LAD B; 2LGV A; 2EGM A; 2YVR A; 5TBN A; 2KRE A; 2YUC A; 1MM3 A; 2FUU A; 2VPG A; 3ZPV E; 4B7Y C; 1CHC A; 4L7X A; 3U5N A; 4OGE A; 5B77 A; 2KWN A; 4YAD A; 5B79 A; 2RSD A; 1WFK A; 1VYX A; 3MDB C; 2M1R A; 2F6J A; 2OWA A; 2PNX A; 2VJF B; 3N9L A; 2L5U A; 4AYC A; 4GNG A; 3FEH A; 3O35 A; 1WEN A; 1WEO A; 3V43 A; 5G04 B; 3LJU X; 3KV5 A; 3ZNI A; 3C6W A; 4O62 A; 3U5P A; 3DDT A; 4N4F A; 3M62 A; 4YBM A; 2VPE A; 3ZTG A; 2ECI A; 4IC2 A; 3DPL R; 1WIL A; 3MHS A; 5FER A; 4TKP B; 5FEY A; 2E6R A; 2E6S A; 5H9M A; 2CRR A; 2LQ6 A; 4A4C A; 4C9Z A; 4GNE A; 2XOZ A; 3ZPV 1; 3HCS A; 2KWK A; 5C11 A; 4MSX A; 1VD4 A; 4ZQL A; 3ZVZ B; 5G05 B; 2M3H A; 5TDR A; 3IHP A; 4YBT A; 3EB6 A; 5JG6 A; 5FB1 A; 2L43 A; 2VNF A; 2UZG A; 4QF3 A; 1V87 A; 2YUR A; 5H1U A; 3EB5 A; 2M13 A; 3L1Z B; 3LDY A; 1N87 A; 4R7E A; 3O33 A; 1G25 A; 2NAA A; 4OGC A; 4F52 B; 3JUE A; 2G43 A; 4QF2 A; 4NN2 A; 4YBS A; 3RTR B; 3FJU B; 4GB0 A; 2FSA A; 1JM7 A; 3L1X A; 4WA6 A; 2C2L A; 3DQV R; 4B86 C; 2LV9 A; 4Z0O A; 5SVI B; 1ZBD B; 4Q6F A; 3N9M A; 4LLB A; 2KKX A; 4ZUX U; 1HYJ A; 4LKA A; 2EGP A; 2EXU A; 1E4U A; 2LXH C; 2KWO A; 2G45 A; 2M6M A; 1DCQ A; 2CON A; 2AN6 A; 2QJ0 A; 4R8P K; 4CA1 A; 3FL2 A; 5DKA A; 5LKU A; 1DVP A; 2MIQ A; 1FP0 A; 2XB1 A; 5EYA F; 2CT2 A; 2ECN A; 3GV4 A; 2ECW A; 2MT5 A; 2D8U A; 2K4D A; 4BBQ A; 2KKY A; 2H0D B; 2KWJ A; 4AUQ B; 4PTB A; 2ECV A; 1U6G B; 2YSJ A; 5KH7 A; 2ECG A; 3RPG B; 2K16 A; 3M99 A; 5AIT A; 2YT5 A; 4YAB A; 2KGG A; 1WEQ A; 2P57 A; 2CSZ A; 3ZVY A; 3L11 A; 2Y1N A; 2F42 A; 2E61 A; 2FFW A; 2BAY A; 3PUR A; 3RPG C; 2DJA A; 2PUY A; 4LJN A; 4UP5 A; 2KYU A; 2YHN A; 2MUM A; 4CCG X; 4WZ3 B; 3GL6 A; 1Z6U A; 2XOY A; 1VFY A; 2Y1M A; 3HTK C; 1LDK C; 3O7A A; 2CRW A; 3MHH A; 3T6R A; 3QZV A; 2LRI C; 5LKT A; 2JMI A; 2KR4 A; 2ECT A; 1WE9 A; 5DIN A; 5TDW A; 2Y43 A; 2KFT A; 5LKZ A; 3E2D A; 2VJE A; 4FJC A; 2CKL A; 2KIZ A; 2L80 A; 2LDR A; 2JRJ A; 3ASL A; 4O64 A; 2D8S A; 3N9P A; 3KDE C; 1WGM A; 3SOU A; 2K1J A; 2QIC A; 1X4J A; 4QQ4 A; 4FO9 A; 5TRB A; 3SOX A; 3N9N A; 2MNZ A; 4R2Y A; 1X4I A; 3LVR E; 3SOW A; 2L7P A; 1WEE A; 2YU4 A; 5C13 A; 2KE1 A; 4UI9 B; 2HYE D; 1WIM A; 1XWH A; 2VPD A; 2LN0 A; 5FB0 A; 4GND A; 4A49 A; 3Q1D A; 3PHD A; 2ECJ A; 2KGI A; 4UP0 A; 2I50 A; 2JUN A; 2JM3 A; 3H7H A; 5D1M B; 2FD4 A; 4AYC B; 5SVY A; 3I2D A; 2IQJ A; 1JOC A; 3HCT A; 3O36 A; 3LQI A; 2XP0 A; 4V3L C; 3KV6 A; 5LCW B; 2YYR A; 4F1P A; 3M63 A; 1WEP A; 2MD7 B; 4GNF A; 4AP4 A; 3U5M A; 3LVQ E; 5B78 A; 2L75 A; 3LRQ A; 2QIZ A; 1T1H A; 5D1L B; 4L58 A; 3O70 A; 1FBV A; 2YQM A; 3PUQ A; 4W4U A; 2VP7 A; 4LK9 A; 2VPB A; 3T9K A; 2VJE B; 2HDP A; 4H9D A; 2CKL B; 5LKX A; 3PLW A; 4X3G A; 4I7B A; 2XOC A; 4I7C A; 2YHO A; 2C2V S; 2ZET C; 3VK6 A; 4A0C D; 2MNY A; 5SVI A; 3M7K A; 2RI7 A; 2LGK A; 3LQJ A; 5I3L A; 2IDA A; 1WEV A; 4A4B A; 2JMD A; 3SHB A; 1Z2Q A; 2MA5 A; 4MVT A; 4FK5 A; 2YW8 A; 3FM8 C; 2EOD A; 4WZ2 A; 3ZYQ A; 3C5K A; 4S3O B; 1IYM A; 5G0F A; 2KU3 A; 2H0D A; 3U5O A; 1JM7 B; 4S3O C; 4V3K C; 5KH9 A; 2OXQ C; 2JMJ A; 1BOR A; 2XEU A; 2LGG A; 3FAN A; 4YAT A; 3O47 A; 1WEU A; 3DWD A; 4IC3 A; 2YRE A; 4XI1 A; 1LDJ B; #chains in the Genus database with same CATH homology 2M85 A; 1WES A; 4N3W A; 1MM2 A; 3N9Q A; 4BHW A; 2VJF A; 4YAX A; 2L0B A; 1WEM A; 3NG2 A; 5B75 A; 3O34 A; 3KNV A; 2MD8 C; 1K2F A; 4FIP A; 4ZDT A; 2K17 A; 5H1T A; 2DX8 A; 3KQI A; 4WZ0 A; 1RMD A; 1X4U A; 3O37 A; 4YC9 A; 1HYI A; 2YQL A; 5TAB A; 2YSM A; 5H1V A; 2CSY A; 5J3X A; 3T7L A; 2MA6 A; 5B8D A; 4P5O B; 5KH3 A; 5AIU A; 2G6Q A; 3N9O A; 2LXP C; 3HCU A; 2LGL A; 1WEW A; 4AVX A; 4PPE A; 2FUI A; 5D1K B; 2EA6 A; 5B76 A; 1Z60 A; 1F62 A; 3LQH A; 2F6N A; 4I7D A; 4LAD B; 2LGV A; 5TBN A; 2KRE A; 2YUC A; 1MM3 A; 2FUU A; 2VPG A; 3ZPV E; 4B7Y C; 1CHC A; 4L7X A; 3U5N A; 5B77 A; 2KWN A; 4YAD A; 5B79 A; 2RSD A; 1WFK A; 1VYX A; 2M1R A; 2F6J A; 2PNX A; 2VJF B; 3N9L A; 2L5U A; 4AYC A; 4GNG A; 3O35 A; 1WEN A; 1WEO A; 3V43 A; 5G04 B; 3KV5 A; 3ZNI A; 3C6W A; 3U5P A; 4N4F A; 3M62 A; 4YBM A; 2VPE A; 3ZTG A; 2ECI A; 4IC2 A; 3DPL R; 1WIL A; 3MHS A; 5FER A; 4TKP B; 5FEY A; 2E6R A; 2E6S A; 5H9M A; 2LQ6 A; 4A4C A; 4C9Z A; 4GNE A; 3ZPV 1; 3HCS A; 2KWK A; 5C11 A; 4MSX A; 1VD4 A; 4ZQL A; 3ZVZ B; 5G05 B; 2M3H A; 5TDR A; 4YBT A; 3IHP A; 3EB6 A; 5JG6 A; 5FB1 A; 2L43 A; 2VNF A; 2UZG A; 4QF3 A; 1V87 A; 2YUR A; 5H1U A; 3EB5 A; 3L1Z B; 1N87 A; 4R7E A; 3O33 A; 1G25 A; 2NAA A; 4F52 B; 2G43 A; 4QF2 A; 4NN2 A; 4YBS A; 3RTR B; 4GB0 A; 2FSA A; 1JM7 A; 3L1X A; 4WA6 A; 2C2L A; 3DQV R; 4B86 C; 2LV9 A; 1ZBD B; 4Q6F A; 3N9M A; 4LLB A; 4ZUX U; 1HYJ A; 4LKA A; 2EGP A; 1E4U A; 2LXH C; 2KWO A; 2G45 A; 2M6M A; 2AN6 A; 2QJ0 A; 4R8P K; 4CA1 A; 3FL2 A; 5DKA A; 5LKU A; 1DVP A; 2MIQ A; 1FP0 A; 2XB1 A; 5EYA F; 2CT2 A; 2ECN A; 3GV4 A; 2ECW A; 2MT5 A; 2K4D A; 4BBQ A; 2H0D B; 2KWJ A; 4AUQ B; 4PTB A; 2ECV A; 1U6G B; 2YSJ A; 5KH7 A; 2ECG A; 3RPG B; 2K16 A; 3M99 A; 5AIT A; 2YT5 A; 4YAB A; 2KGG A; 1WEQ A; 2CSZ A; 3ZVY A; 3L11 A; 2Y1N A; 2F42 A; 3PUR A; 2BAY A; 3RPG C; 2PUY A; 4LJN A; 4UP5 A; 2KYU A; 2YHN A; 2MUM A; 4CCG X; 4WZ3 B; 3GL6 A; 1Z6U A; 1VFY A; 2Y1M A; 3HTK C; 1LDK C; 3O7A A; 3MHH A; 3T6R A; 3QZV A; 2LRI C; 5LKT A; 2JMI A; 2KR4 A; 2ECT A; 1WE9 A; 5DIN A; 5TDW A; 2Y43 A; 2KFT A; 5LKZ A; 2VJE A; 4FJC A; 2CKL A; 2KIZ A; 2L80 A; 2LDR A; 2JRJ A; 3ASL A; 4O64 A; 2D8S A; 3N9P A; 1WGM A; 3SOU A; 2K1J A; 2QIC A; 1X4J A; 4FO9 A; 5TRB A; 3SOX A; 3N9N A; 2MNZ A; 4R2Y A; 1X4I A; 3SOW A; 1WEE A; 2YU4 A; 5C13 A; 2KE1 A; 4UI9 B; 2HYE D; 1WIM A; 1XWH A; 2VPD A; 2LN0 A; 5FB0 A; 4GND A; 4A49 A; 3PHD A; 2ECJ A; 2KGI A; 4UP0 A; 2I50 A; 5D1M B; 4AYC B; 3I2D A; 1JOC A; 3HCT A; 3O36 A; 3LQI A; 4V3L C; 3KV6 A; 5LCW B; 2YYR A; 3M63 A; 1WEP A; 2MD7 B; 4GNF A; 4AP4 A; 3U5M A; 5B78 A; 2L75 A; 3LRQ A; 2QIZ A; 1T1H A; 5D1L B; 4L58 A; 3O70 A; 1FBV A; 2YQM A; 3PUQ A; 4W4U A; 2VP7 A; 4LK9 A; 2VPB A; 2VJE B; 2HDP A; 5LKX A; 2CKL B; 4X3G A; 4I7B A; 4I7C A; 2YHO A; 2C2V S; 2ZET C; 3VK6 A; 4A0C D; 2MNY A; 2RI7 A; 2LGK A; 3LQJ A; 5I3L A; 2IDA A; 1WEV A; 4A4B A; 2JMD A; 3SHB A; 1Z2Q A; 2MA5 A; 4MVT A; 4FK5 A; 2YW8 A; 2EOD A; 4WZ2 A; 3ZYQ A; 3C5K A; 4S3O B; 1IYM A; 5G0F A; 2KU3 A; 2H0D A; 3U5O A; 1JM7 B; 4S3O C; 4V3K C; 5KH9 A; 2OXQ C; 2JMJ A; 1BOR A; 2XEU A; 2LGG A; 4YAT A; 1WEU A; 4IC3 A; 2YRE A; 4XI1 A; 1LDJ B;
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