The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
49
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sequence length |
156
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structure length |
138
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Chain Sequence |
AKKKRWNSIEEKRISQENELHAYLSKLILAEKERELDDSKHDKYLMDMDELFSQVDEKRKKREIPDYLCGKISFELMREPCITPSGITYDRKDIEEHLQRVGHFDPVTRSPLTQDQLIPNLAMKEVIDAFIQENGWVE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and Interactions of the Helical and U-Box Domains of CHIP, the C Terminus of HSP70 Interacting Protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Chaperone
|
| source organism |
Danio rerio
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| molecule keywords |
STIP1 homology and U-box containing protein 1
|
| total genus |
49
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| structure length |
138
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| sequence length |
156
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-11-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04564 | U-box | U-box domain |
| A | PF18391 | CHIP_TPR_N | CHIP N-terminal tetratricopeptide repeat domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4S3O B; 2JMJ A; 2YHN A; 4L7X A; 2LGG A; 4F52 B; 2JMI A; 4GND A; 4X3G A; 2M6M A; 1CHC A; 4R8P K; 2M3H A; 2M85 A; 2MA5 A; 2MD7 B; 1WIL A; 2LGK A; 1WEV A; 2LQ6 A; 2XEU A; 3PUR A; 1Z6U A; 2XB1 A; 5D1K B; 4ZQL A; 2YW8 A; 2C2L A; 1E4U A; 1RMD A; 5G05 B; 3ZVZ B; 5G04 B; 4A0C D; 2F42 A; 2HYE D; 1JOC A; 2LDR A; 2YHO A; 2VJF A; 4LK9 A; 4AP4 A; 2CKL B; 2L0B A; 3HTK C; 1WES A; 3O37 A; 1LDK C; 5FB0 A; 2MNY A; 2FSA A; 1WIM A; 4O64 A; 5FB1 A; 2JMD A; 4PTB A; 2QJ0 A; 4WZ0 A; 5B77 A; 2YRE A; 4GNG A; 2E6R A; 3NG2 A; 4YAB A; 4FIP A; 2KGI A; 2VPE A; 3N9L A; 4ZDT A; 5LKX A; 4MSX A; 2ECG A; 3O36 A; 2PUY A; 5JG6 A; 2EA6 A; 1K2F A; 2VPG A; 4YBM A; 4I7C A; 5D1L B; 2YU4 A; 3GV4 A; 3SOU A; 2RI7 A; 4CCG X; 2K1J A; 2LGV A; 1N87 A; 2LV9 A; 4FK5 A; 3KNV A; 5H1U A; 5LKT A; 1WFK A; 1XWH A; 1WGM A; 2NAA A; 3ASL A; 3LQH A; 4V3K C; 4FJC A; 2F6N A; 3VK6 A; 5H1T A; 1WEQ A; 4WA6 A; 2Y1M A; 3SOX A; 4YAT A; 2F6J A; 3O35 A; 4GB0 A; 4IC2 A; 3L1X A; 1VYX A; 4YBT A; 2ECV A; 5J3X A; 5H9M A; 3RPG C; 4V3L C; 4N3W A; 3C5K A; 4ZUX U; 1HYI A; 4AYC B; 4C9Z A; 2L43 A; 3LRQ A; 2MUM A; 5B78 A; 3T6R A; 5D1M B; 3DPL R; 1JM7 A; 4I7B A; 3M63 A; 4BHW A; 2MNZ A; 2D8S A; 3QZV A; 3FL2 A; 2KR4 A; 2RSD A; 1MM2 A; 3V43 A; 2YYR A; 2BAY A; 5AIT A; 1Z60 A; 3KQI A; 3N9M A; 2YQL A; 3I2D A; 3U5P A; 1JM7 B; 1WEE A; 5EYA F; 4LAD B; 1Z2Q A; 1G25 A; 1V87 A; 3ZPV 1; 4IC3 A; 2H0D A; 3PUQ A; 2QIC A; 2ECN A; 5KH9 A; 3O34 A; 2L5U A; 4S3O C; 1X4U A; 3EB6 A; 2VJF B; 2KFT A; 3C6W A; 2FUI A; 4N4F A; 4W4U A; 2YSM A; 2KE1 A; 4R2Y A; 4PPE A; 4YC9 A; 2H0D B; 2QIZ A; 3DQV R; 4FO9 A; 5LCW B; 3U5O A; 2MT5 A; 5AIU A; 4B7Y C; 3RPG B; 2ECJ A; 1VFY A; 3HCU A; 2MD8 C; 2G43 A; 3SOW A; 5B76 A; 2Y43 A; 3N9O A; 1FBV A; 2E6S A; 1WEP A; 3O70 A; 4YAD A; 2IDA A; 2YQM A; 2VPB A; 4BBQ A; 2Y1N A; 2EGP A; 3O7A A; 4Q6F A; 3ZPV E; 2VJE A; 5TDW A; 2K4D A; 2G6Q A; 3LQI A; 4WZ3 B; 4A4B A; 3SHB A; 4R7E A; 4LKA A; 2KWO A; 5B8D A; 4A4C A; 1WEW A; 2C2V S; 2KWN A; 1WE9 A; 2ECT A; 1F62 A; 4MVT A; 3KV5 A; 2LXH C; 3MHH A; 3RTR B; 4GNE A; 3U5M A; 2I50 A; 3T7L A; 1BOR A; 1WEM A; 3HCS A; 4XI1 A; 2ECI A; 5H1V A; 3O33 A; 3M99 A; 3HCT A; 3KV6 A; 1VD4 A; 2LN0 A; 2KWJ A; 2YSJ A; 2KIZ A; 4UP0 A; 4YAX A; 2ECW A; 2CKL A; 3ZNI A; 3PHD A; 5TDR A; 1ZBD B; 3N9N A; 4AUQ B; 4L58 A; 3ZVY A; 2HDP A; 2L75 A; 2M1R A; 2K16 A; 2CSY A; 2YUR A; 2OXQ C; 3M62 A; 2YUC A; 2KGG A; 2LXP C; 4NN2 A; 4YBS A; 2LRI C; 1DVP A; 1LDJ B; 1WEO A; 2CSZ A; 5TRB A; 2VPD A; 5B75 A; 2EOD A; 1X4J A; 4CA1 A; 5C11 A; 4AVX A; 1FP0 A; 4UI9 B; 2KWK A; 3GL6 A; 5I3L A; 5KH3 A; 3L1Z B; 2KRE A; 5LKU A; 5G0F A; 1MM3 A; 2MIQ A; 4UP5 A; 4GNF A; 4P5O B; 3N9P A; 4B86 C; 2VP7 A; 3ZYQ A; 1WEU A; 1HYJ A; 4TKP B; 1X4I A; 2UZG A; 2KU3 A; 1U6G B; 5C13 A; 4QF2 A; 4WZ2 A; 4LLB A; 3IHP A; 5DIN A; 5FEY A; 3U5N A; 3MHS A; 3N9Q A; 5B79 A; 5KH7 A; 3LQJ A; 2CT2 A; 2DX8 A; 2L80 A; 4LJN A; 1WEN A; 4A49 A; 2KYU A; 5TAB A; 2LGL A; 5TBN A; 4QF3 A; 3EB5 A; 4AYC A; 2VNF A; 3ZTG A; 5FER A; 2JRJ A; 2G45 A; 2PNX A; 5DKA A; 2K17 A; 5LKZ A; 2MA6 A; 2FUU A; 1IYM A; 3L11 A; 2VJE B; 2YT5 A; 4I7D A; 1T1H A; 2ZET C; 2AN6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4S3O B; 2JMJ A; 2YHN A; 4L7X A; 2LGG A; 4F52 B; 2JMI A; 4GND A; 4X3G A; 2M6M A; 1CHC A; 4R8P K; 2M3H A; 2M85 A; 2MA5 A; 2MD7 B; 1WIL A; 3H7H A; 2LGK A; 1WEV A; 2LQ6 A; 2XEU A; 3FM8 C; 3PUR A; 1Z6U A; 2XB1 A; 5D1K B; 4ZQL A; 2YW8 A; 2C2L A; 1E4U A; 1RMD A; 5G05 B; 3ZVZ B; 5G04 B; 3LVR E; 2EGM A; 4A0C D; 2CRW A; 2CSV A; 2DSM A; 2F42 A; 2HYE D; 1JOC A; 2LDR A; 2YHO A; 3FAO A; 2VJF A; 4LK9 A; 4AP4 A; 2CKL B; 2L0B A; 3HTK C; 1WES A; 3O37 A; 1LDK C; 5FB0 A; 2EXU A; 2MNY A; 2FSA A; 1WIM A; 4O64 A; 5FB1 A; 2JMD A; 4PTB A; 2QJ0 A; 4WZ0 A; 5B77 A; 2YRE A; 4GNG A; 2E6R A; 3NG2 A; 4YAB A; 2CON A; 4FIP A; 2KGI A; 2VPE A; 3N9L A; 4ZDT A; 5LKX A; 2XP0 A; 2ECG A; 3O36 A; 2PUY A; 4MSX A; 5JG6 A; 2EA6 A; 1K2F A; 2VPG A; 4YBM A; 4I7C A; 5D1L B; 2YU4 A; 3LVQ E; 3GV4 A; 3SOU A; 2JM3 A; 2RI7 A; 4CCG X; 2K1J A; 2LGV A; 2XOY A; 1N87 A; 2XOC A; 2LV9 A; 4FK5 A; 3KNV A; 5H1U A; 5K3Q A; 5LKT A; 1WFK A; 1XWH A; 1WGM A; 2NAA A; 3ASL A; 3LQH A; 4V3K C; 4FJC A; 2F6N A; 3T9K A; 3VK6 A; 5H1T A; 1WEQ A; 4WA6 A; 2Y1M A; 3SOX A; 4YAT A; 2F6J A; 2JUN A; 3O35 A; 4GB0 A; 4IC2 A; 3L1X A; 1VYX A; 4YBT A; 2ECV A; 3O47 A; 5J3X A; 5H9M A; 3RPG C; 4V3L C; 4N3W A; 2MKE A; 3C5K A; 4ZUX U; 1HYI A; 4AYC B; 4C9Z A; 2L43 A; 3LRQ A; 2MUM A; 5B78 A; 3T6R A; 2DJA A; 5D1M B; 3DPL R; 1JM7 A; 2M13 A; 4I7B A; 5SVI A; 3M63 A; 4BHW A; 2MNZ A; 3LDY A; 2D8S A; 3FAN A; 3QZV A; 3FL2 A; 2KR4 A; 4OGC A; 2RSD A; 1MM2 A; 3V43 A; 2YYR A; 2BAY A; 5AIT A; 3E2D A; 1Z60 A; 4OGE A; 3KQI A; 3N9M A; 2YQL A; 3I2D A; 3U5P A; 2E61 A; 1JM7 B; 1WEE A; 5EYA F; 4LAD B; 1Z2Q A; 4O62 A; 2LAU A; 1G25 A; 1V87 A; 3ZPV 1; 4IC3 A; 2H0D A; 3PUQ A; 2QIC A; 3Q1D A; 2ECN A; 3DWD A; 3FEH A; 5KH9 A; 3O34 A; 2L5U A; 4S3O C; 2IQJ A; 1X4U A; 3KDE C; 3EB6 A; 2VJF B; 2KFT A; 3C6W A; 2P57 A; 2FUI A; 4N4F A; 4W4U A; 2YSM A; 2KE1 A; 4R2Y A; 4PPE A; 4YC9 A; 2H0D B; 2QIZ A; 3DQV R; 4FO9 A; 5LCW B; 3U5O A; 2MT5 A; 5AIU A; 4Z0R A; 4B7Y C; 3RPG B; 2ECJ A; 1VFY A; 3HCU A; 2MD8 C; 2G43 A; 3SOW A; 5B76 A; 2Y43 A; 3N9O A; 3SUB A; 1FBV A; 2E6S A; 1WEP A; 3O70 A; 4YAD A; 2IDA A; 2YQM A; 2VPB A; 4BBQ A; 2Y1N A; 2EGP A; 3O7A A; 4QQ4 A; 4Q6F A; 3ZPV E; 2VJE A; 5TDW A; 2K4D A; 2G6Q A; 3LQI A; 2L7P A; 4WZ3 B; 4A4B A; 3SHB A; 4R7E A; 4LKA A; 2KWO A; 5B8D A; 4F1P A; 4A4C A; 1WEW A; 2C2V S; 2KWN A; 1WE9 A; 2ECT A; 1F62 A; 4MVT A; 3KV5 A; 2LXH C; 3MHH A; 3RTR B; 4GNE A; 3U5M A; 2I50 A; 3T7L A; 1BOR A; 1WEM A; 3HCS A; 4XI1 A; 2ECI A; 3JUE A; 5H1V A; 3O33 A; 3M99 A; 3HCT A; 3KV6 A; 1VD4 A; 2LN0 A; 1DCQ A; 2KWJ A; 2YSJ A; 2KIZ A; 4UP0 A; 4YAX A; 2ECW A; 2CKL A; 3ZNI A; 3PHD A; 5TDR A; 1ZBD B; 3N9N A; 4H9D A; 4AUQ B; 3FJU B; 4L58 A; 3ZVY A; 2HDP A; 2L75 A; 2M1R A; 5SVI B; 2K16 A; 2CSY A; 2YUR A; 2OXQ C; 3M62 A; 2YUC A; 2KGG A; 2LXP C; 4NN2 A; 4YBS A; 2LRI C; 1DVP A; 1LDJ B; 1WEO A; 2CSZ A; 5TRB A; 2VPD A; 5B75 A; 2EOD A; 1X4J A; 4CA1 A; 5C11 A; 4AVX A; 1FP0 A; 4UI9 B; 2KWK A; 2XOZ A; 3GL6 A; 5I3L A; 5KH3 A; 3L1Z B; 2KRE A; 5LKU A; 5G0F A; 2FFW A; 1MM3 A; 2KKY A; 2MIQ A; 4UP5 A; 4GNF A; 3LJU X; 4P5O B; 3N9P A; 4B86 C; 2VP7 A; 3ZYQ A; 1WEU A; 2OWA A; 1HYJ A; 4TKP B; 5SVY A; 3DDT A; 1X4I A; 2UZG A; 2YVR A; 2KU3 A; 1U6G B; 5C13 A; 2B0O E; 4QF2 A; 4WZ2 A; 4LLB A; 3IHP A; 5DIN A; 5FEY A; 3U5N A; 3MDB C; 3MHS A; 3N9Q A; 5SVX A; 5B79 A; 5KH7 A; 3LQJ A; 2CT2 A; 2D8U A; 2DX8 A; 2L80 A; 4LJN A; 1WEN A; 2CRR A; 4A49 A; 1MBM A; 4Z0O A; 2KYU A; 5TAB A; 2LGL A; 5TBN A; 4QF3 A; 3EB5 A; 4AYC A; 2VNF A; 3ZTG A; 5FER A; 2JRJ A; 2G45 A; 2PNX A; 3PLW A; 5DKA A; 2K17 A; 5LKZ A; 2MA6 A; 2FUU A; 3M7K A; 1IYM A; 3L11 A; 2KKX A; 2VJE B; 2YT5 A; 2FD4 A; 4I7D A; 1T1H A; 2RR4 A; 2ZET C; 2AN6 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4S3O B; 2JMJ A; 2YHN A; 4L7X A; 2LGG A; 4F52 B; 2JMI A; 4GND A; 4X3G A; 2M6M A; 1CHC A; 4R8P K; 2M3H A; 2M85 A; 2MA5 A; 2MD7 B; 1WIL A; 2LGK A; 1WEV A; 2LQ6 A; 2XEU A; 3PUR A; 1Z6U A; 2XB1 A; 5D1K B; 4ZQL A; 2YW8 A; 2C2L A; 1E4U A; 1RMD A; 5G05 B; 3ZVZ B; 5G04 B; 4A0C D; 2F42 A; 2HYE D; 1JOC A; 2LDR A; 2YHO A; 2VJF A; 4LK9 A; 4AP4 A; 2CKL B; 2L0B A; 3HTK C; 1WES A; 3O37 A; 1LDK C; 5FB0 A; 2MNY A; 2FSA A; 1WIM A; 4O64 A; 5FB1 A; 2JMD A; 4PTB A; 2QJ0 A; 4WZ0 A; 5B77 A; 2YRE A; 4GNG A; 2E6R A; 3NG2 A; 4YAB A; 4FIP A; 2KGI A; 2VPE A; 3N9L A; 4ZDT A; 5LKX A; 4MSX A; 2ECG A; 3O36 A; 2PUY A; 5JG6 A; 2EA6 A; 1K2F A; 2VPG A; 4YBM A; 4I7C A; 5D1L B; 2YU4 A; 3GV4 A; 3SOU A; 2RI7 A; 4CCG X; 2K1J A; 2LGV A; 1N87 A; 2LV9 A; 4FK5 A; 3KNV A; 5H1U A; 5LKT A; 1WFK A; 1XWH A; 1WGM A; 2NAA A; 3ASL A; 3LQH A; 4V3K C; 4FJC A; 2F6N A; 3VK6 A; 5H1T A; 1WEQ A; 4WA6 A; 2Y1M A; 3SOX A; 4YAT A; 2F6J A; 3O35 A; 4GB0 A; 4IC2 A; 3L1X A; 1VYX A; 4YBT A; 2ECV A; 5J3X A; 5H9M A; 3RPG C; 4V3L C; 4N3W A; 3C5K A; 4ZUX U; 1HYI A; 4AYC B; 4C9Z A; 2L43 A; 3LRQ A; 2MUM A; 5B78 A; 3T6R A; 5D1M B; 3DPL R; 1JM7 A; 4I7B A; 3M63 A; 4BHW A; 2MNZ A; 2D8S A; 3QZV A; 3FL2 A; 2KR4 A; 2RSD A; 1MM2 A; 3V43 A; 2YYR A; 2BAY A; 5AIT A; 1Z60 A; 3KQI A; 3N9M A; 2YQL A; 3I2D A; 3U5P A; 1JM7 B; 1WEE A; 5EYA F; 4LAD B; 1Z2Q A; 1G25 A; 1V87 A; 3ZPV 1; 4IC3 A; 2H0D A; 3PUQ A; 2QIC A; 2ECN A; 5KH9 A; 3O34 A; 2L5U A; 4S3O C; 1X4U A; 3EB6 A; 2VJF B; 2KFT A; 3C6W A; 2FUI A; 4N4F A; 4W4U A; 2YSM A; 2KE1 A; 4R2Y A; 4PPE A; 4YC9 A; 2H0D B; 2QIZ A; 3DQV R; 4FO9 A; 5LCW B; 3U5O A; 2MT5 A; 5AIU A; 4B7Y C; 3RPG B; 2ECJ A; 1VFY A; 3HCU A; 2MD8 C; 2G43 A; 3SOW A; 5B76 A; 2Y43 A; 3N9O A; 1FBV A; 2E6S A; 1WEP A; 3O70 A; 4YAD A; 2IDA A; 2YQM A; 2VPB A; 4BBQ A; 2Y1N A; 2EGP A; 3O7A A; 4Q6F A; 3ZPV E; 2VJE A; 5TDW A; 2K4D A; 2G6Q A; 3LQI A; 4WZ3 B; 4A4B A; 3SHB A; 4R7E A; 4LKA A; 2KWO A; 5B8D A; 4A4C A; 1WEW A; 2C2V S; 2KWN A; 1WE9 A; 2ECT A; 1F62 A; 4MVT A; 3KV5 A; 2LXH C; 3MHH A; 3RTR B; 4GNE A; 3U5M A; 2I50 A; 3T7L A; 1BOR A; 1WEM A; 3HCS A; 4XI1 A; 2ECI A; 5H1V A; 3O33 A; 3M99 A; 3HCT A; 3KV6 A; 1VD4 A; 2LN0 A; 2KWJ A; 2YSJ A; 2KIZ A; 4UP0 A; 4YAX A; 2ECW A; 2CKL A; 3ZNI A; 3PHD A; 5TDR A; 1ZBD B; 3N9N A; 4AUQ B; 4L58 A; 3ZVY A; 2HDP A; 2L75 A; 2M1R A; 2K16 A; 2CSY A; 2YUR A; 2OXQ C; 3M62 A; 2YUC A; 2KGG A; 2LXP C; 4NN2 A; 4YBS A; 2LRI C; 1DVP A; 1LDJ B; 1WEO A; 2CSZ A; 5TRB A; 2VPD A; 5B75 A; 2EOD A; 1X4J A; 4CA1 A; 5C11 A; 4AVX A; 1FP0 A; 4UI9 B; 2KWK A; 3GL6 A; 5I3L A; 5KH3 A; 3L1Z B; 2KRE A; 5LKU A; 5G0F A; 1MM3 A; 2MIQ A; 4UP5 A; 4GNF A; 4P5O B; 3N9P A; 4B86 C; 2VP7 A; 3ZYQ A; 1WEU A; 1HYJ A; 4TKP B; 1X4I A; 2UZG A; 2KU3 A; 1U6G B; 5C13 A; 4QF2 A; 4WZ2 A; 4LLB A; 3IHP A; 5DIN A; 5FEY A; 3U5N A; 3MHS A; 3N9Q A; 5B79 A; 5KH7 A; 3LQJ A; 2CT2 A; 2DX8 A; 2L80 A; 4LJN A; 1WEN A; 4A49 A; 2KYU A; 5TAB A; 2LGL A; 5TBN A; 4QF3 A; 3EB5 A; 4AYC A; 2VNF A; 3ZTG A; 5FER A; 2JRJ A; 2G45 A; 2PNX A; 5DKA A; 2K17 A; 5LKZ A; 2MA6 A; 2FUU A; 1IYM A; 3L11 A; 2VJE B; 2YT5 A; 4I7D A; 1T1H A; 2ZET C; 2AN6 A;
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