The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
|
sequence length |
55
|
structure length |
55
|
Chain Sequence |
AVDLYVCLLCGSGNDEDRLLLCDGCDDSYHTFCLIPPLHDVPKGDWRCPKCLAQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The PHD1 finger of KDM5B recognizes unmodified H3K4 during the demethylation of histone H3K4me2/3 by KDM5B
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Lysine-specific demethylase 5B
|
| total genus |
6
|
| structure length |
55
|
| sequence length |
55
|
| ec nomenclature |
ec
1.14.11.-: |
| pdb deposition date | 2014-04-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00628 | PHD | PHD-finger |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4XI1 A; 1LDK C; 2MD7 B; 4IC3 A; 4YBM A; 3L1X A; 2YQL A; 2ECI A; 2KU3 A; 2ECW A; 4GND A; 2KIZ A; 4FIP A; 3EB6 A; 2YHN A; 2K17 A; 2LDR A; 2C2V S; 1WEM A; 2RI7 A; 5LKU A; 4FO9 A; 3PHD A; 4PPE A; 1MM3 A; 2CT2 A; 2F42 A; 4X3G A; 1F62 A; 5LKZ A; 4MVT A; 3ZNI A; 5FER A; 3LQJ A; 2LGK A; 4CCG X; 4FK5 A; 1WGM A; 1WEP A; 5LCW B; 2FUI A; 1WEW A; 4YBS A; 5D1M B; 2LGV A; 2AN6 A; 2KWO A; 2VPD A; 4V3L C; 3LQH A; 5B77 A; 3ASL A; 4GNG A; 3KNV A; 3V43 A; 3NG2 A; 2K1J A; 2OXQ C; 4WZ2 A; 2MNY A; 1Z6U A; 1E4U A; 3M62 A; 1X4I A; 1FP0 A; 2ECJ A; 4YAB A; 1VYX A; 2YHO A; 4LKA A; 3GV4 A; 5B79 A; 2YUC A; 1X4U A; 3O34 A; 4MSX A; 2YYR A; 2E6R A; 2LGG A; 2YT5 A; 2F6N A; 4LK9 A; 4WZ3 B; 1WFK A; 2JMI A; 5G04 B; 2NAA A; 5DIN A; 2PUY A; 4R7E A; 4QF2 A; 3QZV A; 5H1V A; 4LLB A; 1IYM A; 2G43 A; 1WE9 A; 3T6R A; 2FUU A; 2VPB A; 2I50 A; 1Z2Q A; 2E6S A; 1K2F A; 3O33 A; 2QIC A; 3SOU A; 3HCS A; 1JOC A; 2KRE A; 5B8D A; 4A4B A; 3O35 A; 2HDP A; 3LQI A; 2IDA A; 4PTB A; 3O37 A; 2VJF A; 3ZYQ A; 4N4F A; 4B7Y C; 4QF3 A; 3N9P A; 4AP4 A; 3N9M A; 3O7A A; 4N3W A; 5TDW A; 4BBQ A; 5B75 A; 4WA6 A; 4I7B A; 2YUR A; 4ZDT A; 2YW8 A; 4ZQL A; 3U5M A; 2ECV A; 4A4C A; 4O64 A; 2KGG A; 2VJF B; 4L7X A; 2LQ6 A; 3IHP A; 2KR4 A; 3DQV R; 2QIZ A; 4TKP B; 2KFT A; 5I3L A; 3I2D A; 5B78 A; 1T1H A; 1WEV A; 5JG6 A; 1DVP A; 2H0D A; 3LRQ A; 5FB0 A; 5C11 A; 2K4D A; 2MA5 A; 3SOX A; 1FBV A; 1Z60 A; 2M3H A; 2CSY A; 3SHB A; 2MT5 A; 2DX8 A; 2MNZ A; 2CSZ A; 1WEN A; 2D8S A; 4GNF A; 4B86 C; 1MM2 A; 4LJN A; 1WES A; 4C9Z A; 2KGI A; 4A49 A; 3HCU A; 3FL2 A; 1G25 A; 2H0D B; 4V3K C; 2JMD A; 5TRB A; 3L11 A; 4L58 A; 2JRJ A; 4R8P K; 3KV5 A; 5KH7 A; 2KE1 A; 3ZPV 1; 5H1T A; 2K16 A; 5LKX A; 5LKT A; 5D1L B; 5TDR A; 4R2Y A; 2CKL A; 3ZVY A; 1V87 A; 2LXP C; 4AYC A; 2MIQ A; 5FEY A; 2LV9 A; 2L80 A; 3U5P A; 1WEO A; 1ZBD B; 2VNF A; 1JM7 A; 4BHW A; 3KQI A; 3L1Z B; 2YSJ A; 4IC2 A; 5H9M A; 5H1U A; 2KWN A; 2QJ0 A; 3N9O A; 4S3O B; 2Y1M A; 2KYU A; 2LN0 A; 5D1K B; 2Y1N A; 2CKL B; 1WIM A; 4AYC B; 1RMD A; 1VD4 A; 3M63 A; 4CA1 A; 3M99 A; 4AUQ B; 2VJE A; 3U5O A; 1JM7 B; 2M6M A; 2G45 A; 5KH9 A; 2LXH C; 3MHH A; 2MUM A; 4GNE A; 3DPL R; 4LAD B; 5G05 B; 5B76 A; 5DKA A; 2KWJ A; 2L0B A; 4A0C D; 3N9L A; 2RSD A; 2KWK A; 5C13 A; 2M85 A; 2ZET C; 1BOR A; 2ECT A; 4YAX A; 4S3O C; 4ZUX U; 5FB1 A; 4P5O B; 5TBN A; 2VJE B; 3KV6 A; 2UZG A; 2M1R A; 1U6G B; 4YBT A; 2JMJ A; 4YC9 A; 2MA6 A; 2YQM A; 3HCT A; 2F6J A; 2L43 A; 4I7C A; 3RPG B; 3PUR A; 2YRE A; 1HYJ A; 5AIT A; 3T7L A; 2G6Q A; 2Y43 A; 4F52 B; 1VFY A; 3N9N A; 2EOD A; 1X4J A; 4I7D A; 3O36 A; 2FSA A; 4AVX A; 4UP5 A; 2XB1 A; 4GB0 A; 1WEQ A; 4YAD A; 3C6W A; 5J3X A; 1XWH A; 2YU4 A; 4UI9 B; 2ECG A; 2YSM A; 5KH3 A; 3U5N A; 1WEE A; 5EYA F; 3SOW A; 3RPG C; 2EA6 A; 1HYI A; 2PNX A; 2HYE D; 2L5U A; 2LGL A; 2VP7 A; 3EB5 A; 1WEU A; 4YAT A; 4W4U A; 3N9Q A; 3ZPV E; 5TAB A; 4UP0 A; 2ECN A; 1LDJ B; 2L75 A; 4NN2 A; 2LRI C; 3C5K A; 3ZVZ B; 3HTK C; 5AIU A; 4Q6F A; 4WZ0 A; 2MD8 C; 3PUQ A; 3ZTG A; 2VPE A; 3VK6 A; 1WIL A; 2BAY A; 4FJC A; 1N87 A; 5G0F A; 2C2L A; 3GL6 A; 2XEU A; 1CHC A; 3O70 A; 2VPG A; 2EGP A; 3RTR B; 3MHS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4XI1 A; 1LDK C; 5SVY A; 2MD7 B; 4IC3 A; 4YBM A; 3L1X A; 2YQL A; 2ECI A; 2KU3 A; 2ECW A; 4GND A; 2KIZ A; 2CRR A; 4FIP A; 3EB6 A; 2YHN A; 2K17 A; 2LDR A; 2C2V S; 1WEM A; 2RI7 A; 5LKU A; 3FAO A; 4FO9 A; 3PHD A; 4PPE A; 1MM3 A; 2CT2 A; 2F42 A; 4X3G A; 1F62 A; 3Q1D A; 5LKZ A; 4MVT A; 3ZNI A; 5FER A; 3LQJ A; 2LGK A; 4CCG X; 4FK5 A; 1WGM A; 1WEP A; 5LCW B; 2FUI A; 1WEW A; 4YBS A; 5D1M B; 2LGV A; 2AN6 A; 2CON A; 3LVQ E; 2KWO A; 2VPD A; 4V3L C; 3LQH A; 5B77 A; 3LDY A; 3ASL A; 4GNG A; 3KNV A; 3V43 A; 3NG2 A; 2K1J A; 2OXQ C; 3MDB C; 4WZ2 A; 2FFW A; 2MNY A; 2EXU A; 1Z6U A; 2XOC A; 1E4U A; 3M62 A; 1X4I A; 2B0O E; 1FP0 A; 2ECJ A; 2EGM A; 4YAB A; 1VYX A; 3M7K A; 2YHO A; 4LKA A; 3GV4 A; 5B79 A; 2YUC A; 1X4U A; 3O34 A; 2LAU A; 4MSX A; 2YYR A; 2E6R A; 2LGG A; 2MKE A; 2YT5 A; 2F6N A; 4LK9 A; 3DWD A; 4WZ3 B; 2RR4 A; 1WFK A; 2JMI A; 5G04 B; 2NAA A; 5DIN A; 2PUY A; 4R7E A; 4QF2 A; 3QZV A; 5H1V A; 4LLB A; 1IYM A; 2G43 A; 3SUB A; 1WE9 A; 3KDE C; 3T6R A; 2FUU A; 2KKY A; 2VPB A; 2I50 A; 1Z2Q A; 2E6S A; 1K2F A; 3O33 A; 2E61 A; 2L7P A; 2QIC A; 3SOU A; 3HCS A; 1JOC A; 4OGC A; 2KRE A; 5B8D A; 4A4B A; 3O35 A; 2HDP A; 3LQI A; 2IDA A; 4PTB A; 3O37 A; 2VJF A; 3ZYQ A; 4N4F A; 4B7Y C; 4QF3 A; 3N9P A; 4AP4 A; 3N9M A; 3O7A A; 4N3W A; 5TDW A; 4BBQ A; 5B75 A; 4WA6 A; 4I7B A; 2YUR A; 4ZDT A; 2YW8 A; 2P57 A; 4ZQL A; 3U5M A; 2ECV A; 4A4C A; 3T9K A; 4O64 A; 2KGG A; 2VJF B; 4L7X A; 2LQ6 A; 2D8U A; 3IHP A; 2KR4 A; 3DQV R; 2QIZ A; 4TKP B; 2KFT A; 5I3L A; 3I2D A; 5B78 A; 1T1H A; 1WEV A; 5JG6 A; 1DVP A; 2IQJ A; 2H0D A; 3LRQ A; 5FB0 A; 5C11 A; 2K4D A; 2MA5 A; 3LVR E; 3SOX A; 1FBV A; 1Z60 A; 2M3H A; 2CSY A; 3SHB A; 2MT5 A; 2DX8 A; 2MNZ A; 2CSZ A; 1WEN A; 2D8S A; 4GNF A; 4B86 C; 1MM2 A; 4LJN A; 1WES A; 4C9Z A; 2KGI A; 3H7H A; 4A49 A; 2M13 A; 3HCU A; 3FL2 A; 1G25 A; 2H0D B; 4V3K C; 2JMD A; 5TRB A; 3L11 A; 4L58 A; 2JRJ A; 4R8P K; 3KV5 A; 5KH7 A; 2KE1 A; 3ZPV 1; 5H1T A; 2K16 A; 5LKX A; 5LKT A; 2CRW A; 2DSM A; 5D1L B; 5TDR A; 4R2Y A; 2CKL A; 3ZVY A; 1V87 A; 2LXP C; 4AYC A; 2MIQ A; 5FEY A; 2LV9 A; 2L80 A; 3LJU X; 3U5P A; 1WEO A; 1ZBD B; 3JUE A; 2VNF A; 1JM7 A; 1MBM A; 4BHW A; 3KQI A; 3L1Z B; 3PLW A; 4O62 A; 2YSJ A; 4IC2 A; 5H9M A; 5H1U A; 2KWN A; 2QJ0 A; 3N9O A; 4S3O B; 2Y1M A; 2KYU A; 2LN0 A; 5D1K B; 2Y1N A; 4Z0O A; 2CKL B; 5K3Q A; 1WIM A; 4AYC B; 1RMD A; 1VD4 A; 3M63 A; 4CA1 A; 3M99 A; 4AUQ B; 2VJE A; 3U5O A; 1JM7 B; 2M6M A; 2G45 A; 5KH9 A; 2LXH C; 3MHH A; 2MUM A; 4GNE A; 3DPL R; 4LAD B; 3E2D A; 5G05 B; 5B76 A; 5DKA A; 2KWJ A; 2L0B A; 4A0C D; 3N9L A; 4H9D A; 2RSD A; 2KWK A; 5C13 A; 2M85 A; 2ZET C; 1DCQ A; 1BOR A; 2XOY A; 2ECT A; 4YAX A; 3FEH A; 4S3O C; 4ZUX U; 5FB1 A; 4P5O B; 5TBN A; 2VJE B; 3KV6 A; 2UZG A; 2M1R A; 1U6G B; 4F1P A; 4YBT A; 4Z0R A; 2XOZ A; 2JMJ A; 4YC9 A; 2MA6 A; 2YQM A; 3FAN A; 3HCT A; 3FJU B; 2F6J A; 2L43 A; 4I7C A; 3RPG B; 3PUR A; 2YRE A; 1HYJ A; 5AIT A; 3T7L A; 2G6Q A; 2Y43 A; 4F52 B; 1VFY A; 3N9N A; 2EOD A; 1X4J A; 4I7D A; 3O36 A; 4QQ4 A; 5SVI A; 2FSA A; 2CSV A; 4AVX A; 4UP5 A; 2XB1 A; 4GB0 A; 1WEQ A; 4YAD A; 3C6W A; 5J3X A; 1XWH A; 2YU4 A; 4UI9 B; 2ECG A; 2YSM A; 5KH3 A; 3U5N A; 1WEE A; 5EYA F; 3SOW A; 3RPG C; 2DJA A; 2EA6 A; 1HYI A; 2PNX A; 2HYE D; 2L5U A; 2LGL A; 2VP7 A; 3EB5 A; 1WEU A; 2KKX A; 4YAT A; 5SVI B; 4W4U A; 3N9Q A; 3FM8 C; 3ZPV E; 2YVR A; 2FD4 A; 4UP0 A; 5TAB A; 2ECN A; 1LDJ B; 2L75 A; 4NN2 A; 2LRI C; 3C5K A; 2JUN A; 3ZVZ B; 3HTK C; 5AIU A; 4Q6F A; 4WZ0 A; 2MD8 C; 3PUQ A; 3ZTG A; 2VPE A; 3VK6 A; 3O47 A; 1WIL A; 2BAY A; 4FJC A; 1N87 A; 5G0F A; 2JM3 A; 2C2L A; 3DDT A; 2XP0 A; 2XEU A; 3GL6 A; 1CHC A; 2OWA A; 3O70 A; 5SVX A; 2VPG A; 2EGP A; 3RTR B; 4OGE A; 3MHS A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4XI1 A; 1LDK C; 2MD7 B; 4IC3 A; 4YBM A; 3L1X A; 2YQL A; 2ECI A; 2KU3 A; 2ECW A; 4GND A; 2KIZ A; 4FIP A; 3EB6 A; 2YHN A; 2K17 A; 2LDR A; 2C2V S; 1WEM A; 2RI7 A; 5LKU A; 4FO9 A; 3PHD A; 4PPE A; 1MM3 A; 2CT2 A; 2F42 A; 4X3G A; 1F62 A; 5LKZ A; 4MVT A; 3ZNI A; 5FER A; 3LQJ A; 2LGK A; 4CCG X; 4FK5 A; 1WGM A; 1WEP A; 5LCW B; 2FUI A; 1WEW A; 4YBS A; 5D1M B; 2LGV A; 2AN6 A; 2KWO A; 2VPD A; 4V3L C; 3LQH A; 5B77 A; 3ASL A; 4GNG A; 3KNV A; 3V43 A; 3NG2 A; 2K1J A; 2OXQ C; 4WZ2 A; 2MNY A; 1Z6U A; 1E4U A; 3M62 A; 1X4I A; 1FP0 A; 2ECJ A; 4YAB A; 1VYX A; 2YHO A; 4LKA A; 3GV4 A; 5B79 A; 2YUC A; 1X4U A; 3O34 A; 4MSX A; 2YYR A; 2E6R A; 2LGG A; 2YT5 A; 2F6N A; 4LK9 A; 4WZ3 B; 1WFK A; 2JMI A; 5G04 B; 2NAA A; 5DIN A; 2PUY A; 4R7E A; 4QF2 A; 3QZV A; 5H1V A; 4LLB A; 1IYM A; 2G43 A; 1WE9 A; 3T6R A; 2FUU A; 2VPB A; 2I50 A; 1Z2Q A; 2E6S A; 1K2F A; 3O33 A; 2QIC A; 3SOU A; 3HCS A; 1JOC A; 2KRE A; 5B8D A; 4A4B A; 3O35 A; 2HDP A; 3LQI A; 2IDA A; 4PTB A; 3O37 A; 2VJF A; 3ZYQ A; 4N4F A; 4B7Y C; 4QF3 A; 3N9P A; 4AP4 A; 3N9M A; 3O7A A; 4N3W A; 5TDW A; 4BBQ A; 5B75 A; 4WA6 A; 4I7B A; 2YUR A; 4ZDT A; 2YW8 A; 4ZQL A; 3U5M A; 2ECV A; 4A4C A; 4O64 A; 2KGG A; 2VJF B; 4L7X A; 2LQ6 A; 3IHP A; 2KR4 A; 3DQV R; 2QIZ A; 4TKP B; 2KFT A; 5I3L A; 3I2D A; 5B78 A; 1T1H A; 1WEV A; 5JG6 A; 1DVP A; 2H0D A; 3LRQ A; 5FB0 A; 5C11 A; 2K4D A; 2MA5 A; 3SOX A; 1FBV A; 1Z60 A; 2M3H A; 2CSY A; 3SHB A; 2MT5 A; 2DX8 A; 2MNZ A; 2CSZ A; 1WEN A; 2D8S A; 4GNF A; 4B86 C; 1MM2 A; 4LJN A; 1WES A; 4C9Z A; 2KGI A; 4A49 A; 3HCU A; 3FL2 A; 1G25 A; 2H0D B; 4V3K C; 2JMD A; 5TRB A; 3L11 A; 4L58 A; 2JRJ A; 4R8P K; 3KV5 A; 5KH7 A; 2KE1 A; 3ZPV 1; 5H1T A; 2K16 A; 5LKX A; 5LKT A; 5D1L B; 5TDR A; 4R2Y A; 2CKL A; 3ZVY A; 1V87 A; 2LXP C; 4AYC A; 2MIQ A; 5FEY A; 2LV9 A; 2L80 A; 3U5P A; 1WEO A; 1ZBD B; 2VNF A; 1JM7 A; 4BHW A; 3KQI A; 3L1Z B; 2YSJ A; 4IC2 A; 5H9M A; 5H1U A; 2KWN A; 2QJ0 A; 3N9O A; 4S3O B; 2Y1M A; 2KYU A; 2LN0 A; 5D1K B; 2Y1N A; 2CKL B; 1WIM A; 4AYC B; 1RMD A; 1VD4 A; 3M63 A; 4CA1 A; 3M99 A; 4AUQ B; 2VJE A; 3U5O A; 1JM7 B; 2M6M A; 2G45 A; 5KH9 A; 2LXH C; 3MHH A; 2MUM A; 4GNE A; 3DPL R; 4LAD B; 5G05 B; 5B76 A; 5DKA A; 2KWJ A; 2L0B A; 4A0C D; 3N9L A; 2RSD A; 2KWK A; 5C13 A; 2M85 A; 2ZET C; 1BOR A; 2ECT A; 4YAX A; 4S3O C; 4ZUX U; 5FB1 A; 4P5O B; 5TBN A; 2VJE B; 3KV6 A; 2UZG A; 2M1R A; 1U6G B; 4YBT A; 2JMJ A; 4YC9 A; 2MA6 A; 2YQM A; 3HCT A; 2F6J A; 2L43 A; 4I7C A; 3RPG B; 3PUR A; 2YRE A; 1HYJ A; 5AIT A; 3T7L A; 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