The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
|
sequence length |
82
|
structure length |
82
|
Chain Sequence |
HMDEQSVESIAEVFRCFICMEKLRDARLCPHCSKLCCFSCIRRWLTEQRAQCPHCRAPLQLRELVNCRWAEEVTQQLDTLQL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RING DOMAIN FROM HUMAN TRIPARTITE MOTIF-CONTAINING PROTEIN 37 (TRIM37), NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET HR4604D.
rcsb |
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM37
|
| total genus |
18
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| structure length |
82
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| sequence length |
82
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2010-02-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4UP5 A; 2ECW A; 4S3O C; 5B75 A; 1V87 A; 2H0D B; 2MD8 C; 3M63 A; 1WEP A; 2VJE B; 2LGL A; 2LXP C; 3DPL R; 3KV5 A; 2LGV A; 4GNE A; 4YC9 A; 5EYA F; 4YBT A; 3EB6 A; 3RPG B; 2EGP A; 2KWO A; 4ZQL A; 4YAD A; 1T1H A; 2KWK A; 3O36 A; 3HTK C; 4I7C A; 4AVX A; 4C9Z A; 2AN6 A; 2ECN A; 4V3L C; 1X4J A; 5TRB A; 2YU4 A; 2ZET C; 5C13 A; 4UI9 B; 4AP4 A; 2Y1M A; 4LAD B; 4AYC B; 2K4D A; 1E4U A; 5D1M B; 2LQ6 A; 1JM7 A; 2CT2 A; 2IDA A; 3ZPV 1; 4BBQ A; 5TAB A; 4GB0 A; 1U6G B; 4R2Y A; 1WEV A; 3LRQ A; 2YW8 A; 3SOW A; 4YAT A; 5D1K B; 5KH7 A; 2L80 A; 2H0D A; 3GV4 A; 2KFT A; 5FB0 A; 3KQI A; 2YHN A; 2KIZ A; 4WZ3 B; 2KWN A; 2L75 A; 2F42 A; 2VJE A; 2CKL B; 2YYR A; 5JG6 A; 2G45 A; 2MT5 A; 3N9P A; 1JOC A; 5LKZ A; 3ZTG A; 2MD7 B; 2QIZ A; 4AUQ B; 2VNF A; 5AIT A; 1IYM A; 3N9O A; 4LLB A; 1WES A; 5AIU A; 1WEU A; 5DIN A; 5KH9 A; 4PPE A; 2XEU A; 2XB1 A; 4A0C D; 1JM7 B; 1WEN A; 2FUI A; 3U5P A; 5G05 B; 4FJC A; 3RPG C; 4Q6F A; 3ZPV E; 2JMI A; 2KRE A; 1LDK C; 4P5O B; 5FER A; 1RMD A; 2CSY A; 5TBN A; 1WIL A; 4NN2 A; 4WA6 A; 4AYC A; 2I50 A; 3L1X A; 2K16 A; 2YQM A; 2DX8 A; 3IHP A; 5TDR A; 2LRI C; 4B86 C; 4FO9 A; 2YQL A; 1WEE A; 2JRJ A; 2LDR A; 4N4F A; 4W4U A; 4ZUX U; 2MIQ A; 3T6R A; 1WEO A; 3U5M A; 4I7B A; 2LN0 A; 2ECJ A; 2JMJ A; 2CKL A; 2MA5 A; 3U5O A; 4O64 A; 4IC3 A; 4WZ0 A; 2D8S A; 2YRE A; 4YAX A; 4S3O B; 4FK5 A; 5DKA A; 1MM2 A; 2M6M A; 3N9M A; 5D1L B; 1WEM A; 2L43 A; 4MVT A; 3PUQ A; 2QJ0 A; 2M85 A; 1Z60 A; 1VFY A; 1VD4 A; 3O37 A; 3T7L A; 2G43 A; 5G0F A; 5H1U A; 5H9M A; 3MHH A; 3O7A A; 2FSA A; 1FP0 A; 3O35 A; 3SOX A; 4QF2 A; 2MA6 A; 2EOD A; 1XWH A; 3RTR B; 2C2V S; 3M62 A; 3N9N A; 2CSZ A; 1K2F A; 2VPB A; 3V43 A; 2KWJ A; 3SOU A; 5B77 A; 3LQI A; 4A4B A; 1X4U A; 3HCS A; 4UP0 A; 5LKT A; 2ECI A; 3GL6 A; 4GNG A; 3ZNI A; 2KGG A; 5G04 B; 2YT5 A; 4A49 A; 5B79 A; 2K1J A; 2L5U A; 2VPD A; 4I7D A; 2FUU A; 4YBM A; 1WIM A; 3ZYQ A; 1HYI A; 2KR4 A; 4ZDT A; 3NG2 A; 4PTB A; 3L1Z B; 3ASL A; 2YSJ A; 2JMD A; 5B78 A; 2MUM A; 2E6S A; 4F52 B; 2HDP A; 1CHC A; 2YUR A; 3ZVZ B; 2M1R A; 5H1V A; 2BAY A; 2UZG A; 1BOR A; 2KU3 A; 3VK6 A; 4R8P K; 2ECT A; 5FEY A; 5LCW B; 5H1T A; 1WE9 A; 3ZVY A; 3C5K A; 4CA1 A; 4BHW A; 4WZ2 A; 4LK9 A; 2VJF B; 4TKP B; 2VP7 A; 3U5N A; 3C6W A; 4V3K C; 2VPE A; 2LGG A; 2PNX A; 1WEW A; 5C11 A; 1N87 A; 3PHD A; 3M99 A; 4GND A; 2LXH C; 2K17 A; 2KGI A; 3SHB A; 1X4I A; 2PUY A; 3O33 A; 3QZV A; 1MM3 A; 1WFK A; 1G25 A; 1WEQ A; 4CCG X; 2E6R A; 5I3L A; 3KNV A; 2F6J A; 1Z6U A; 4L58 A; 4B7Y C; 3O70 A; 3FL2 A; 1FBV A; 2F6N A; 1ZBD B; 2HYE D; 5B8D A; 3LQJ A; 3L11 A; 1DVP A; 2YUC A; 3HCU A; 4N3W A; 5FB1 A; 5TDW A; 1HYJ A; 4A4C A; 2EA6 A; 2KE1 A; 4R7E A; 3N9Q A; 1WGM A; 2Y43 A; 4QF3 A; 4GNF A; 3MHS A; 2LV9 A; 5LKU A; 2LGK A; 3N9L A; 1VYX A; 3PUR A; 1F62 A; 2MNY A; 5J3X A; 3EB5 A; 2KYU A; 2MNZ A; 2VJF A; 4IC2 A; 3LQH A; 2M3H A; 5KH3 A; 5LKX A; 2ECG A; 1Z2Q A; 2RI7 A; 4YAB A; 3I2D A; 4LKA A; 2ECV A; 2VPG A; 2RSD A; 4XI1 A; 3DQV R; 2YSM A; 2L0B A; 3O34 A; 2YHO A; 5B76 A; 4LJN A; 1LDJ B; 4FIP A; 2OXQ C; 4MSX A; 3KV6 A; 2G6Q A; 4X3G A; 3HCT A; 4YBS A; 2C2L A; 2NAA A; 4L7X A; 2QIC A; 2Y1N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4UP5 A; 2ECW A; 4S3O C; 4Z0R A; 5B75 A; 1V87 A; 2H0D B; 2MD8 C; 3M63 A; 1WEP A; 2VJE B; 4O62 A; 2LGL A; 2LXP C; 2MKE A; 3DPL R; 3KV5 A; 2LGV A; 4GNE A; 4YC9 A; 3E2D A; 5EYA F; 4YBT A; 3EB6 A; 3RPG B; 2FFW A; 2EGP A; 2KWO A; 4ZQL A; 2CSV A; 4YAD A; 1T1H A; 2KWK A; 3O36 A; 3HTK C; 4I7C A; 4AVX A; 4C9Z A; 2E61 A; 2L7P A; 2AN6 A; 2ECN A; 4V3L C; 4OGE A; 1X4J A; 5TRB A; 2YU4 A; 2ZET C; 2KKX A; 5C13 A; 3T9K A; 4UI9 B; 4AP4 A; 2Y1M A; 4LAD B; 3DWD A; 4AYC B; 2K4D A; 1E4U A; 5D1M B; 2LQ6 A; 2XOC A; 2CT2 A; 1JM7 A; 2IDA A; 3ZPV 1; 4BBQ A; 5TAB A; 4GB0 A; 1U6G B; 4R2Y A; 1WEV A; 3LRQ A; 2YW8 A; 3SOW A; 2DJA A; 4YAT A; 5D1K B; 5KH7 A; 2L80 A; 3LVQ E; 2H0D A; 3GV4 A; 2KFT A; 5FB0 A; 3KQI A; 2YHN A; 2KIZ A; 2KWN A; 4WZ3 B; 2L75 A; 2F42 A; 2VJE A; 2CKL B; 2YYR A; 5JG6 A; 2G45 A; 2MT5 A; 3N9P A; 1JOC A; 5LKZ A; 3ZTG A; 2MD7 B; 2QIZ A; 2D8U A; 2P57 A; 2VNF A; 4AUQ B; 5AIT A; 1IYM A; 3N9O A; 5SVI B; 2M13 A; 4LLB A; 1WES A; 5AIU A; 1WEU A; 5DIN A; 5KH9 A; 4PPE A; 2XEU A; 2XB1 A; 4A0C D; 1JM7 B; 5SVX A; 1WEN A; 2FUI A; 3U5P A; 5G05 B; 4FJC A; 3RPG C; 4Q6F A; 3ZPV E; 2JMI A; 2KRE A; 1LDK C; 4P5O B; 5FER A; 1RMD A; 2CSY A; 2XOZ A; 5TBN A; 1WIL A; 4NN2 A; 4WA6 A; 3JUE A; 4AYC A; 2I50 A; 3L1X A; 2K16 A; 2YQM A; 2DX8 A; 3IHP A; 2EXU A; 2LRI C; 5TDR A; 4B86 C; 4FO9 A; 2YQL A; 4OGC A; 2LAU A; 3Q1D A; 1WEE A; 2JRJ A; 2LDR A; 4N4F A; 4W4U A; 4ZUX U; 2MIQ A; 3T6R A; 1WEO A; 3U5M A; 4I7B A; 2LN0 A; 2ECJ A; 2JMJ A; 2CKL A; 2MA5 A; 3U5O A; 4O64 A; 4IC3 A; 4WZ0 A; 2D8S A; 2YRE A; 4YAX A; 4S3O B; 4FK5 A; 5DKA A; 1MM2 A; 2M6M A; 3N9M A; 3KDE C; 5D1L B; 1WEM A; 5SVI A; 2L43 A; 4MVT A; 3PUQ A; 2CRW A; 2QJ0 A; 2M85 A; 1Z60 A; 1VFY A; 1VD4 A; 3O37 A; 3T7L A; 2G43 A; 5G0F A; 5H1U A; 5H9M A; 3LDY A; 3FJU B; 3MHH A; 3O7A A; 2FSA A; 1FP0 A; 3O35 A; 3SOX A; 4QF2 A; 2MA6 A; 2EOD A; 1XWH A; 4H9D A; 3RTR B; 2C2V S; 3M62 A; 3N9N A; 2IQJ A; 2CSZ A; 1K2F A; 2VPB A; 3FEH A; 3V43 A; 2KWJ A; 3SOU A; 5B77 A; 3LQI A; 4A4B A; 2XOY A; 1X4U A; 3FAN A; 3HCS A; 4UP0 A; 5LKT A; 2ECI A; 3GL6 A; 4GNG A; 3ZNI A; 2KGG A; 5G04 B; 2YT5 A; 4A49 A; 5B79 A; 2K1J A; 2JUN A; 2L5U A; 2VPD A; 3H7H A; 4I7D A; 2FUU A; 2YVR A; 4YBM A; 1WIM A; 3ZYQ A; 1HYI A; 2KR4 A; 4ZDT A; 3NG2 A; 4PTB A; 3L1Z B; 3ASL A; 2YSJ A; 2JMD A; 5B78 A; 2MUM A; 2E6S A; 1MBM A; 4F52 B; 2HDP A; 3MDB C; 1CHC A; 2YUR A; 3ZVZ B; 2M1R A; 5H1V A; 2BAY A; 2UZG A; 4Z0O A; 1BOR A; 2KU3 A; 3VK6 A; 2DSM A; 4R8P K; 2ECT A; 5FEY A; 2CRR A; 5LCW B; 5H1T A; 2KKY A; 1WE9 A; 3ZVY A; 3C5K A; 4CA1 A; 4BHW A; 4WZ2 A; 4LK9 A; 2VJF B; 4TKP B; 2VP7 A; 3FAO A; 3U5N A; 3C6W A; 4V3K C; 2VPE A; 2LGG A; 2PNX A; 3FM8 C; 1WEW A; 2XP0 A; 5C11 A; 1N87 A; 3PHD A; 3M99 A; 4GND A; 2LXH C; 2K17 A; 2KGI A; 2OWA A; 3SHB A; 1X4I A; 2FD4 A; 3DDT A; 3SUB A; 2PUY A; 1DCQ A; 3O33 A; 3QZV A; 1MM3 A; 1WFK A; 1G25 A; 1WEQ A; 4CCG X; 2E6R A; 5I3L A; 3KNV A; 2F6J A; 1Z6U A; 4L58 A; 4B7Y C; 3O70 A; 3O47 A; 3FL2 A; 2EGM A; 1FBV A; 2F6N A; 1ZBD B; 2HYE D; 5B8D A; 3LQJ A; 3L11 A; 3LJU X; 1DVP A; 2YUC A; 3HCU A; 4N3W A; 5FB1 A; 5TDW A; 4F1P A; 1HYJ A; 2CON A; 4A4C A; 2EA6 A; 2KE1 A; 4R7E A; 3N9Q A; 1WGM A; 2Y43 A; 4QF3 A; 5K3Q A; 3PLW A; 4GNF A; 5SVY A; 3MHS A; 2LV9 A; 5LKU A; 2LGK A; 2RR4 A; 3LVR E; 3N9L A; 1VYX A; 3PUR A; 1F62 A; 2MNY A; 5J3X A; 3EB5 A; 2KYU A; 2MNZ A; 2VJF A; 4IC2 A; 3LQH A; 2M3H A; 5KH3 A; 5LKX A; 2ECG A; 1Z2Q A; 3M7K A; 2RI7 A; 4YAB A; 3I2D A; 4LKA A; 2ECV A; 2VPG A; 2RSD A; 4XI1 A; 3DQV R; 2YSM A; 2L0B A; 3O34 A; 2YHO A; 2B0O E; 5B76 A; 4LJN A; 1LDJ B; 4FIP A; 2OXQ C; 4MSX A; 3KV6 A; 2G6Q A; 4X3G A; 3HCT A; 4YBS A; 2C2L A; 2NAA A; 4L7X A; 2QIC A; 2JM3 A; 2Y1N A; 4QQ4 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4UP5 A; 2ECW A; 4S3O C; 5B75 A; 1V87 A; 2H0D B; 2MD8 C; 3M63 A; 1WEP A; 2VJE B; 2LGL A; 2LXP C; 3DPL R; 3KV5 A; 2LGV A; 4GNE A; 4YC9 A; 5EYA F; 4YBT A; 3EB6 A; 3RPG B; 2EGP A; 2KWO A; 4ZQL A; 4YAD A; 1T1H A; 2KWK A; 3O36 A; 3HTK C; 4I7C A; 4AVX A; 4C9Z A; 2AN6 A; 2ECN A; 4V3L C; 1X4J A; 5TRB A; 2YU4 A; 2ZET C; 5C13 A; 4UI9 B; 4AP4 A; 2Y1M A; 4LAD B; 4AYC B; 2K4D A; 1E4U A; 5D1M B; 2LQ6 A; 1JM7 A; 2CT2 A; 2IDA A; 3ZPV 1; 4BBQ A; 5TAB A; 4GB0 A; 1U6G B; 4R2Y A; 1WEV A; 3LRQ A; 2YW8 A; 3SOW A; 4YAT A; 5D1K B; 5KH7 A; 2L80 A; 2H0D A; 3GV4 A; 2KFT A; 5FB0 A; 3KQI A; 2YHN A; 2KIZ A; 4WZ3 B; 2KWN A; 2L75 A; 2F42 A; 2VJE A; 2CKL B; 2YYR A; 5JG6 A; 2G45 A; 2MT5 A; 3N9P A; 1JOC A; 5LKZ A; 3ZTG A; 2MD7 B; 2QIZ A; 4AUQ B; 2VNF A; 5AIT A; 1IYM A; 3N9O A; 4LLB A; 1WES A; 5AIU A; 1WEU A; 5DIN A; 5KH9 A; 4PPE A; 2XEU A; 2XB1 A; 4A0C D; 1JM7 B; 1WEN A; 2FUI A; 3U5P A; 5G05 B; 4FJC A; 3RPG C; 4Q6F A; 3ZPV E; 2JMI A; 2KRE A; 1LDK C; 4P5O B; 5FER A; 1RMD A; 2CSY A; 5TBN A; 1WIL A; 4NN2 A; 4WA6 A; 4AYC A; 2I50 A; 3L1X A; 2K16 A; 2YQM A; 2DX8 A; 3IHP A; 5TDR A; 2LRI C; 4B86 C; 4FO9 A; 2YQL A; 1WEE A; 2JRJ A; 2LDR A; 4N4F A; 4W4U A; 4ZUX U; 2MIQ A; 3T6R A; 1WEO A; 3U5M A; 4I7B A; 2LN0 A; 2ECJ A; 2JMJ A; 2CKL A; 2MA5 A; 3U5O A; 4O64 A; 4IC3 A; 4WZ0 A; 2D8S A; 2YRE A; 4YAX A; 4S3O B; 4FK5 A; 5DKA A; 1MM2 A; 2M6M A; 3N9M A; 5D1L B; 1WEM A; 2L43 A; 4MVT A; 3PUQ A; 2QJ0 A; 2M85 A; 1Z60 A; 1VFY A; 1VD4 A; 3O37 A; 3T7L A; 2G43 A; 5G0F A; 5H1U A; 5H9M A; 3MHH A; 3O7A A; 2FSA A; 1FP0 A; 3O35 A; 3SOX A; 4QF2 A; 2MA6 A; 2EOD A; 1XWH A; 3RTR B; 2C2V S; 3M62 A; 3N9N A; 2CSZ A; 1K2F A; 2VPB A; 3V43 A; 2KWJ A; 3SOU A; 5B77 A; 3LQI A; 4A4B A; 1X4U A; 3HCS A; 4UP0 A; 5LKT A; 2ECI A; 3GL6 A; 4GNG A; 3ZNI A; 2KGG A; 5G04 B; 2YT5 A; 4A49 A; 5B79 A; 2K1J A; 2L5U A; 2VPD A; 4I7D A; 2FUU A; 4YBM A; 1WIM A; 3ZYQ A; 1HYI A; 2KR4 A; 4ZDT A; 3NG2 A; 4PTB A; 3L1Z B; 3ASL A; 2YSJ A; 2JMD A; 5B78 A; 2MUM A; 2E6S A; 4F52 B; 2HDP A; 1CHC A; 2YUR A; 3ZVZ B; 2M1R A; 5H1V A; 2BAY A; 2UZG A; 1BOR A; 2KU3 A; 3VK6 A; 4R8P K; 2ECT A; 5FEY A; 5LCW B; 5H1T A; 1WE9 A; 3ZVY A; 3C5K A; 4CA1 A; 4BHW A; 4WZ2 A; 4LK9 A; 2VJF B; 4TKP B; 2VP7 A; 3U5N A; 3C6W A; 4V3K C; 2VPE A; 2LGG A; 2PNX A; 1WEW A; 5C11 A; 1N87 A; 3PHD A; 3M99 A; 4GND A; 2LXH C; 2K17 A; 2KGI A; 3SHB A; 1X4I A; 2PUY A; 3O33 A; 3QZV A; 1MM3 A; 1WFK A; 1G25 A; 1WEQ A; 4CCG X; 2E6R A; 5I3L A; 3KNV A; 2F6J A; 1Z6U A; 4L58 A; 4B7Y C; 3O70 A; 3FL2 A; 1FBV A; 2F6N A; 1ZBD B; 2HYE D; 5B8D A; 3LQJ A; 3L11 A; 1DVP A; 2YUC A; 3HCU A; 4N3W A; 5FB1 A; 5TDW A; 1HYJ A; 4A4C A; 2EA6 A; 2KE1 A; 4R7E A; 3N9Q A; 1WGM A; 2Y43 A; 4QF3 A; 4GNF A; 3MHS A; 2LV9 A; 5LKU A; 2LGK A; 3N9L A; 1VYX A; 3PUR A; 1F62 A; 2MNY A; 5J3X A; 3EB5 A; 2KYU A; 2MNZ A; 2VJF A; 4IC2 A; 3LQH A; 2M3H A; 5KH3 A; 5LKX A; 2ECG A; 1Z2Q A; 2RI7 A; 4YAB A; 3I2D A; 4LKA A; 2ECV A; 2VPG A; 2RSD A; 4XI1 A; 3DQV R; 2YSM A; 2L0B A; 3O34 A; 2YHO A; 5B76 A; 4LJN A; 1LDJ B; 4FIP A; 2OXQ C; 4MSX A; 3KV6 A; 2G6Q A; 4X3G A; 3HCT A; 4YBS A; 2C2L A; 2NAA A; 4L7X A; 2QIC A; 2Y1N A;
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