The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
368
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sequence length |
961
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structure length |
955
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Chain Sequence |
SPEFRSMTAIEDILQITTDPSDTRGYSLLKSEEVPQGSTLGVDFIDTLLLYQLTENEKLDKPFEYLNDCFRRNQQQKRITKNKPNAESLHSTFQEIDRLVIGYGVVALQIENFCMNGAFINYITGIVSNVNSYTDFLSQIIQRAILEGTALDLLNAVFPTLLEYCNKHVSHFDLNESVIYNNVLTIFELFVTFKPIAEIFTKIDGFFADYSCKPQDFERKTILGPILSLSPIEAAVAIRNYGDNLLRSKQQTAMIHESLQAEHKVVIDRLFFIVDKLVRGSLNSRTDMISYFAHIANKNHLRRADHPPFKELSSNGFMSNITLLLVRFSQPFLDISYKKIDKIDANYFNNPSLFIDLSGETRLNSDFKEADAFYDKNRKTADSKPNFISDCFFLTLTYLHYGLGGTLSFEEKMGSEIKALKEEIEKVKKIAANHDVFARFITAQLSKMEKALKTTESLRFALQGFFAHRSLQLEVFDFICGASTFLIRVVDPEHEFPFKQIKLPLIPDQIVDNADFLRAHAPVPFKYYPEFVVEGPVNYSLYISKYQTSPIFRNPRLGSFVEFTTMVLRCPELVSNPHLKGKLVQLLSVGAMPLTDNSPGFMMDIFEHDELVNKNLLYALLDFYVIVEKTGSSSQFYDKFNSRYSISIILEELYYKIPSYKNQLIWQSQNNADFFVRFVARMLNDLTFLLDEGLSNLAEVHNIQNELDNRARGAPREEEDKELQTRLASASRQAKSSCGLADKSMKLFEIYSKDIPAAFVTPEIVYRLASMLNYNLESLVGPKCGELKVKDPQSYSFNPKDLLKALTTVYINLSEQSEFISAVAKDERSFNRNLFVRAVDILGRKTGLASPEFIEKLLNFANKAEEQRKADEEEDLEYGDVPDEFLDPLMYTIMKDPVILPASKMNIDRSTIKAHLLSDSTDPFNRMPLKLEDVTPNEELRQKILCFKKQKKEEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ligase/protein binding
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| molecule keywords |
Ubiquitin conjugation factor E4
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| publication title |
The yeast E4 ubiquitin ligase Ufd2 interacts with the ubiquitin-like domains of Rad23 and Dsk2 via a novel and distinct ubiquitin-like binding domain.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
368
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| structure length |
955
|
| sequence length |
961
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| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2010-03-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04564 | U-box | U-box domain |
| A | PF10408 | Ufd2P_core | Ubiquitin elongating factor core |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WES A; 2VJE A; 3HTK C; 5B75 A; 2E6S A; 4V3L C; 5B78 A; 3NG2 A; 4CCG X; 3GL6 A; 3O37 A; 4XI1 A; 3SOU A; 5B77 A; 4WZ2 A; 4YC9 A; 4A49 A; 3EB6 A; 1X4U A; 1WEN A; 2VP7 A; 4F52 B; 5D1L B; 3PHD A; 2ECT A; 2VPD A; 5FB1 A; 2YSJ A; 4WA6 A; 3I2D A; 2EGP A; 4AYC B; 2LQ6 A; 1LDK C; 4FJC A; 2MNZ A; 2H0D B; 4GNE A; 2MD8 C; 2YT5 A; 2MIQ A; 3ZTG A; 2EA6 A; 2KE1 A; 4W4U A; 2KWO A; 3HCS A; 2YRE A; 3MHH A; 2K4D A; 5TAB A; 1X4I A; 2KU3 A; 2LGK A; 3KV5 A; 3U5O A; 3GV4 A; 3ASL A; 2L80 A; 2VPB A; 4YBT A; 4I7D A; 4MVT A; 4IC2 A; 4YAX A; 5LKX A; 2FSA A; 2C2V S; 3ZPV 1; 3RTR B; 4AUQ B; 4IC3 A; 5G05 B; 1WGM A; 2VJE B; 2ECJ A; 3ZVY A; 2ZET C; 2JRJ A; 1DVP A; 3LQH A; 1WEE A; 4WZ3 B; 2YU4 A; 2VJF A; 2KWN A; 5KH7 A; 1WEM A; 2LGL A; 5J3X A; 2MD7 B; 2LXP C; 2KWJ A; 2MT5 A; 3O34 A; 5AIU A; 5H1U A; 2CKL B; 1FBV A; 5FER A; 4FIP A; 4GNG A; 2M3H A; 2ECV A; 3PUQ A; 2KGG A; 2EOD A; 5H1V A; 4R8P K; 4Q6F A; 4CA1 A; 5DKA A; 5B8D A; 2YQL A; 1N87 A; 2RI7 A; 2LGG A; 2QJ0 A; 4YBS A; 5B79 A; 1WEO A; 2E6R A; 2M1R A; 3O70 A; 3T6R A; 5B76 A; 2JMD A; 3L11 A; 4GND A; 5G0F A; 4PPE A; 3MHS A; 2DX8 A; 2KWK A; 1JM7 B; 2LGV A; 1FP0 A; 2C2L A; 4S3O B; 2YW8 A; 5FB0 A; 2KFT A; 1WIL A; 2D8S A; 1MM2 A; 1HYI A; 2YQM A; 4L7X A; 2HYE D; 3M63 A; 4NN2 A; 5FEY A; 5H9M A; 3PUR A; 4FK5 A; 1HYJ A; 2ECG A; 2VNF A; 1XWH A; 1K2F A; 1VD4 A; 4WZ0 A; 3VK6 A; 2VJF B; 5C13 A; 3C5K A; 5JG6 A; 2G43 A; 2G6Q A; 5D1M B; 4YAT A; 1U6G B; 1WEQ A; 3LQJ A; 2MNY A; 4X3G A; 2JMJ A; 2KGI A; 3HCU A; 4N3W A; 2KR4 A; 3N9Q A; 4ZUX U; 4MSX A; 2M85 A; 2IDA A; 4QF3 A; 3KV6 A; 4UP5 A; 4UP0 A; 2M6M A; 2KYU A; 3N9P A; 4R2Y A; 3ZYQ A; 1Z6U A; 5DIN A; 3FL2 A; 3DQV R; 2F6J A; 3O35 A; 2L43 A; 2L0B A; 4S3O C; 4UI9 B; 2MA5 A; 4I7B A; 4L58 A; 5EYA F; 2ECN A; 1X4J A; 3KQI A; 2RSD A; 1CHC A; 1WFK A; 4BBQ A; 4BHW A; 1BOR A; 5H1T A; 2JMI A; 2FUU A; 1IYM A; 3EB5 A; 4YAB A; 5KH3 A; 4N4F A; 4A4B A; 3KNV A; 3ZPV E; 4AYC A; 5LCW B; 2FUI A; 3L1Z B; 3DPL R; 4GB0 A; 2H0D A; 3M62 A; 3N9M A; 4ZDT A; 5I3L A; 4LKA A; 3N9L A; 3SOX A; 2I50 A; 5KH9 A; 3IHP A; 2KRE A; 1WIM A; 2F6N A; 2QIC A; 2HDP A; 1MM3 A; 2QIZ A; 1ZBD B; 5TDW A; 3U5N A; 3M99 A; 2NAA A; 2YUR A; 1WEW A; 3O7A A; 3U5P A; 3ZVZ B; 4TKP B; 5G04 B; 3SOW A; 2PNX A; 4O64 A; 4PTB A; 2UZG A; 2G45 A; 2AN6 A; 4A0C D; 4YAD A; 4LAD B; 2YSM A; 2K16 A; 4AP4 A; 3N9N A; 4B86 C; 2VPG A; 4C9Z A; 4GNF A; 3N9O A; 2L75 A; 2CKL A; 4FO9 A; 2L5U A; 2CT2 A; 1WEP A; 1VYX A; 5LKT A; 4ZQL A; 3O36 A; 1WEV A; 2LV9 A; 2XEU A; 2VPE A; 2OXQ C; 3RPG B; 4LK9 A; 2LRI C; 3T7L A; 2Y1N A; 3U5M A; 3LRQ A; 2K17 A; 4V3K C; 1VFY A; 4R7E A; 2K1J A; 4AVX A; 1JM7 A; 2KIZ A; 2XB1 A; 3ZNI A; 5AIT A; 4I7C A; 5TRB A; 2Y43 A; 2LN0 A; 5D1K B; 3QZV A; 5LKZ A; 1WEU A; 3SHB A; 4YBM A; 2YUC A; 5LKU A; 2Y1M A; 2PUY A; 5TBN A; 4B7Y C; 1Z60 A; 2MUM A; 2CSY A; 4QF2 A; 2CSZ A; 1LDJ B; 2YHN A; 1T1H A; 3V43 A; 2MA6 A; 5TDR A; 2BAY A; 3O33 A; 5C11 A; 2YHO A; 1E4U A; 3HCT A; 2F42 A; 2LXH C; 3RPG C; 1F62 A; 4P5O B; 1V87 A; 1Z2Q A; 3C6W A; 1RMD A; 4LJN A; 3L1X A; 4LLB A; 3LQI A; 4A4C A; 1WE9 A; 1JOC A; 2ECW A; 2LDR A; 2YYR A; 2ECI A; 1G25 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FD4 A; 1WES A; 2LAU A; 2VJE A; 3HTK C; 5B75 A; 2E6S A; 4V3L C; 5B78 A; 3NG2 A; 3PLW A; 3GL6 A; 4CCG X; 3O37 A; 4OGC A; 4XI1 A; 2L7P A; 2XOC A; 3SOU A; 5B77 A; 4WZ2 A; 4YC9 A; 4A49 A; 3EB6 A; 1X4U A; 1WEN A; 2VP7 A; 4F52 B; 5D1L B; 3E2D A; 3PHD A; 2ECT A; 2VPD A; 5FB1 A; 2YSJ A; 3DWD A; 4WA6 A; 3FJU B; 3I2D A; 2EGP A; 4AYC B; 2LQ6 A; 1LDK C; 4FJC A; 4Z0R A; 2MNZ A; 2H0D B; 4GNE A; 2MD8 C; 2YT5 A; 2MIQ A; 3ZTG A; 2EA6 A; 2KE1 A; 4W4U A; 2KWO A; 3HCS A; 2YRE A; 3MHH A; 2K4D A; 5TAB A; 1X4I A; 2KU3 A; 2LGK A; 3KV5 A; 3U5O A; 3GV4 A; 3ASL A; 2L80 A; 2VPB A; 4YBT A; 4I7D A; 4MVT A; 4IC2 A; 4YAX A; 5LKX A; 3KDE C; 2FSA A; 2C2V S; 4OGE A; 3ZPV 1; 3RTR B; 4AUQ B; 4IC3 A; 2CON A; 2KKX A; 5G05 B; 1WGM A; 3M7K A; 2VJE B; 2ECJ A; 3ZVY A; 2ZET C; 2JRJ A; 1DVP A; 3LQH A; 1WEE A; 4WZ3 B; 2YU4 A; 2VJF A; 2CRR A; 2KWN A; 5KH7 A; 1WEM A; 2LGL A; 5J3X A; 2MD7 B; 2MKE A; 2LXP C; 2KWJ A; 2MT5 A; 3O34 A; 5AIU A; 5H1U A; 2CKL B; 1FBV A; 5FER A; 4FIP A; 4GNG A; 2M3H A; 2ECV A; 3PUQ A; 2KGG A; 2EOD A; 5H1V A; 4R8P K; 4Q6F A; 4CA1 A; 5DKA A; 5B8D A; 2YQL A; 1N87 A; 2RI7 A; 3FAN A; 2LGG A; 2QJ0 A; 3FAO A; 4YBS A; 5B79 A; 1WEO A; 2E6R A; 3MDB C; 2M1R A; 3O70 A; 3T6R A; 5B76 A; 2JMD A; 3L11 A; 4GND A; 5G0F A; 4PPE A; 3MHS A; 2DX8 A; 2KWK A; 1JM7 B; 2LGV A; 1FP0 A; 2C2L A; 4S3O B; 2YW8 A; 5FB0 A; 3FEH A; 5SVX A; 2KFT A; 1WIL A; 2D8S A; 2D8U A; 1MM2 A; 1HYI A; 4F1P A; 2YQM A; 4L7X A; 2HYE D; 3M63 A; 4NN2 A; 5FEY A; 5H9M A; 3PUR A; 4FK5 A; 1HYJ A; 2CRW A; 2ECG A; 2VNF A; 1XWH A; 1K2F A; 1VD4 A; 4WZ0 A; 3VK6 A; 2VJF B; 2DJA A; 3C5K A; 5C13 A; 5JG6 A; 3T9K A; 2G43 A; 2G6Q A; 5D1M B; 4YAT A; 1U6G B; 1WEQ A; 3LQJ A; 3LJU X; 2KKY A; 2MNY A; 4X3G A; 2JMJ A; 2KGI A; 3HCU A; 4N3W A; 2KR4 A; 3N9Q A; 4ZUX U; 4MSX A; 2M85 A; 5SVI B; 2IDA A; 2JM3 A; 4QF3 A; 3KV6 A; 2B0O E; 4UP5 A; 4UP0 A; 2M6M A; 2KYU A; 3N9P A; 4R2Y A; 3ZYQ A; 1Z6U A; 5DIN A; 3FL2 A; 3DQV R; 2F6J A; 3O35 A; 4QQ4 A; 2L43 A; 2L0B A; 4S3O C; 2OWA A; 4UI9 B; 2MA5 A; 4I7B A; 4L58 A; 5EYA F; 2ECN A; 1X4J A; 3KQI A; 2RSD A; 3SUB A; 3LDY A; 3FM8 C; 1CHC A; 1DCQ A; 1WFK A; 4BBQ A; 2RR4 A; 4BHW A; 1BOR A; 5H1T A; 2JMI A; 2FUU A; 1IYM A; 3EB5 A; 4YAB A; 5KH3 A; 4N4F A; 4A4B A; 3Q1D A; 3KNV A; 3ZPV E; 4AYC A; 2YVR A; 5LCW B; 2FUI A; 3L1Z B; 3DPL R; 4GB0 A; 2H0D A; 3M62 A; 3N9M A; 4ZDT A; 5I3L A; 4LKA A; 3N9L A; 3SOX A; 2I50 A; 2E61 A; 5KH9 A; 3IHP A; 2KRE A; 1WIM A; 2F6N A; 2QIC A; 2HDP A; 1MM3 A; 2QIZ A; 1ZBD B; 5TDW A; 1MBM A; 3U5N A; 3JUE A; 3M99 A; 2NAA A; 2YUR A; 1WEW A; 2EXU A; 3O7A A; 3U5P A; 3ZVZ B; 4TKP B; 5G04 B; 4H9D A; 3SOW A; 2PNX A; 4O64 A; 4PTB A; 2UZG A; 2G45 A; 2AN6 A; 4A0C D; 4YAD A; 2XOY A; 4LAD B; 2IQJ A; 2YSM A; 2K16 A; 4AP4 A; 3N9N A; 4B86 C; 2VPG A; 4C9Z A; 4GNF A; 3N9O A; 2FFW A; 2L75 A; 2CKL A; 4FO9 A; 2L5U A; 2CT2 A; 1WEP A; 1VYX A; 5LKT A; 4ZQL A; 3O36 A; 1WEV A; 2LV9 A; 3LVR E; 2XP0 A; 2XEU A; 2VPE A; 2OXQ C; 3RPG B; 4LK9 A; 2LRI C; 3T7L A; 2Y1N A; 3U5M A; 3LRQ A; 2K17 A; 4V3K C; 5K3Q A; 1VFY A; 4R7E A; 2K1J A; 4AVX A; 4Z0O A; 1JM7 A; 2KIZ A; 2XB1 A; 3ZNI A; 4O62 A; 3DDT A; 5AIT A; 4I7C A; 5TRB A; 2Y43 A; 2LN0 A; 5D1K B; 3QZV A; 5LKZ A; 1WEU A; 3SHB A; 3LVQ E; 4YBM A; 2YUC A; 5LKU A; 2Y1M A; 2PUY A; 2JUN A; 2EGM A; 5TBN A; 4B7Y C; 1Z60 A; 2MUM A; 2CSY A; 5SVY A; 4QF2 A; 2CSZ A; 1LDJ B; 2YHN A; 1T1H A; 3V43 A; 2MA6 A; 5TDR A; 2DSM A; 2BAY A; 3O33 A; 5C11 A; 2YHO A; 1E4U A; 3HCT A; 2F42 A; 2LXH C; 3RPG C; 1F62 A; 4P5O B; 1V87 A; 3H7H A; 5SVI A; 1Z2Q A; 3C6W A; 2CSV A; 2P57 A; 2M13 A; 3O47 A; 1RMD A; 4LJN A; 3L1X A; 4LLB A; 3LQI A; 4A4C A; 1WE9 A; 1JOC A; 2ECW A; 2LDR A; 2XOZ A; 2YYR A; 2ECI A; 1G25 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1WES A; 2VJE A; 3HTK C; 5B75 A; 2E6S A; 4V3L C; 5B78 A; 3NG2 A; 4CCG X; 3GL6 A; 3O37 A; 4XI1 A; 3SOU A; 5B77 A; 4WZ2 A; 4YC9 A; 4A49 A; 3EB6 A; 1X4U A; 1WEN A; 2VP7 A; 4F52 B; 5D1L B; 3PHD A; 2ECT A; 2VPD A; 5FB1 A; 2YSJ A; 4WA6 A; 3I2D A; 2EGP A; 4AYC B; 2LQ6 A; 1LDK C; 4FJC A; 2MNZ A; 2H0D B; 4GNE A; 2MD8 C; 2YT5 A; 2MIQ A; 3ZTG A; 2EA6 A; 2KE1 A; 4W4U A; 2KWO A; 3HCS A; 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