The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
55
|
structure length |
55
|
Chain Sequence |
LYFQGLVTCFCMKPFAGRPMIECNECHTWIHLSCAKIRKSNVPEVFVCQKCRDSK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
PHD finger protein 13
|
| publication title |
PHF13 is a molecular reader and transcriptional co-regulator of H3K4me2/3.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
8
|
| structure length |
55
|
| sequence length |
55
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-07-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00628 | PHD | PHD-finger |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3O33 A; 5TBN A; 3L1X A; 4YC9 A; 3LQI A; 3N9P A; 4I7C A; 2LDR A; 2Y1N A; 3T6R A; 1E4U A; 2Y1M A; 4CA1 A; 4XI1 A; 2LGK A; 2L75 A; 4UP0 A; 5LKX A; 2M85 A; 2VPE A; 4ZDT A; 4O64 A; 1WFK A; 4QF2 A; 4A4B A; 2YHO A; 2JMD A; 1X4I A; 3U5P A; 3N9N A; 2LRI C; 1LDK C; 3LQJ A; 4GB0 A; 2LN0 A; 4LJN A; 4R7E A; 2MD8 C; 2YYR A; 2F6J A; 4MSX A; 1FBV A; 2Y43 A; 3KNV A; 2KWO A; 4YAT A; 4FO9 A; 2MA5 A; 2L43 A; 2OXQ C; 4LLB A; 2D8S A; 4L58 A; 2JMJ A; 4A4C A; 1HYI A; 2BAY A; 1FP0 A; 3LQH A; 5G05 B; 2MT5 A; 3HCS A; 5I3L A; 1WE9 A; 2E6S A; 2CSZ A; 2YT5 A; 5EYA F; 4FIP A; 3N9L A; 2LGL A; 3IHP A; 1X4J A; 2LGV A; 1XWH A; 3M63 A; 4S3O C; 4YBT A; 2YUC A; 3M99 A; 4UI9 B; 3EB5 A; 1F62 A; 5LKU A; 2AN6 A; 3O37 A; 4PPE A; 4AUQ B; 5B78 A; 4AYC B; 2FSA A; 2MNY A; 3FL2 A; 3N9O A; 5KH7 A; 4Q6F A; 2PUY A; 2CSY A; 4GND A; 3MHS A; 4V3K C; 4BBQ A; 1N87 A; 4BHW A; 5C11 A; 4YAD A; 2K16 A; 3ZPV 1; 2EA6 A; 2KR4 A; 1V87 A; 2KU3 A; 2LXP C; 4WA6 A; 4LAD B; 3SOW A; 4FK5 A; 2QIC A; 2VJE B; 2MA6 A; 1WES A; 2VJF B; 5B76 A; 2QIZ A; 4WZ0 A; 2KFT A; 2ECN A; 3O70 A; 2M6M A; 1WEU A; 5D1L B; 2H0D A; 1K2F A; 3U5O A; 5D1K B; 2MNZ A; 5FER A; 5FEY A; 2K1J A; 3I2D A; 4CCG X; 2CKL A; 3HCT A; 2QJ0 A; 2K17 A; 2VP7 A; 3L1Z B; 1WEQ A; 3RPG B; 2YHN A; 4YAB A; 5B75 A; 3LRQ A; 2UZG A; 1MM3 A; 3O35 A; 3C5K A; 2C2L A; 5B77 A; 1RMD A; 2I50 A; 2EOD A; 2FUI A; 2KYU A; 3RTR B; 4GNG A; 5DIN A; 1WEO A; 3DPL R; 5LCW B; 4QF3 A; 5B8D A; 2G45 A; 2ECJ A; 4PTB A; 1WEW A; 4R2Y A; 3PUR A; 4AP4 A; 2HYE D; 1WGM A; 3NG2 A; 2XB1 A; 1CHC A; 5TDR A; 5G0F A; 5D1M B; 1VYX A; 4WZ2 A; 4X3G A; 5FB1 A; 2PNX A; 2L5U A; 4V3L C; 2VPG A; 3SOU A; 2JRJ A; 2YW8 A; 2KGI A; 2KWK A; 4WZ3 B; 3VK6 A; 4ZQL A; 2FUU A; 1WIM A; 1Z2Q A; 2YUR A; 3ZNI A; 4S3O B; 1WEV A; 2VPD A; 1U6G B; 5FB0 A; 4AYC A; 3O7A A; 2MD7 B; 5LKT A; 3PHD A; 3ASL A; 3O36 A; 5TAB A; 3EB6 A; 4R8P K; 3ZTG A; 1BOR A; 1G25 A; 2EGP A; 5H1V A; 4YBS A; 2XEU A; 4P5O B; 2ECG A; 1JM7 A; 2LV9 A; 4YBM A; 2VNF A; 4LKA A; 2KRE A; 4IC3 A; 4I7B A; 4I7D A; 2KE1 A; 5C13 A; 5H1U A; 1VFY A; 2H0D B; 1DVP A; 2VJE A; 2VJF A; 5KH3 A; 3N9M A; 2CKL B; 5H9M A; 1Z60 A; 2G6Q A; 2M1R A; 5G04 B; 1WIL A; 2ECV A; 3GV4 A; 3O34 A; 2JMI A; 1VD4 A; 2YQM A; 2ECW A; 1IYM A; 4TKP B; 5TDW A; 1MM2 A; 4LK9 A; 3T7L A; 4F52 B; 4L7X A; 2RSD A; 2F42 A; 2KWJ A; 3C6W A; 3SOX A; 1LDJ B; 4FJC A; 4W4U A; 4B86 C; 2YSM A; 4A0C D; 3M62 A; 3DQV R; 5KH9 A; 3ZVY A; 3KV6 A; 2YSJ A; 1ZBD B; 4C9Z A; 5TRB A; 1X4U A; 1WEN A; 3ZVZ B; 1WEE A; 1Z6U A; 4GNE A; 3HTK C; 5DKA A; 4B7Y C; 2L80 A; 2CT2 A; 4GNF A; 2M3H A; 3QZV A; 2G43 A; 5H1T A; 2MIQ A; 2F6N A; 3SHB A; 1HYJ A; 4UP5 A; 2K4D A; 3ZYQ A; 5LKZ A; 1WEM A; 4N4F A; 4YAX A; 2ZET C; 2LGG A; 2YRE A; 3V43 A; 2YQL A; 3MHH A; 5JG6 A; 3KQI A; 4AVX A; 3ZPV E; 2ECT A; 3KV5 A; 1JOC A; 3N9Q A; 1WEP A; 1T1H A; 2KWN A; 2ECI A; 2LXH C; 2C2V S; 2VPB A; 3GL6 A; 1JM7 B; 2KGG A; 4N3W A; 2RI7 A; 3U5N A; 3U5M A; 2IDA A; 4NN2 A; 2DX8 A; 4IC2 A; 3PUQ A; 2MUM A; 3L11 A; 4ZUX U; 5B79 A; 3RPG C; 2NAA A; 5AIU A; 5AIT A; 4MVT A; 2HDP A; 5J3X A; 2L0B A; 4A49 A; 2YU4 A; 3HCU A; 2LQ6 A; 2E6R A; 2KIZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3O33 A; 5TBN A; 3L1X A; 4YC9 A; 4Z0O A; 3LQI A; 3N9P A; 4I7C A; 2LDR A; 2Y1N A; 3T6R A; 1E4U A; 2Y1M A; 4CA1 A; 4XI1 A; 2LGK A; 2L75 A; 4UP0 A; 5LKX A; 2CSV A; 2M85 A; 2VPE A; 4ZDT A; 3FAO A; 4O64 A; 1WFK A; 4O62 A; 4QF2 A; 4A4B A; 2YHO A; 2DJA A; 2JMD A; 1X4I A; 3U5P A; 3N9N A; 2LRI C; 1LDK C; 3LQJ A; 4GB0 A; 2LN0 A; 3JUE A; 3MDB C; 4LJN A; 4R7E A; 2MD8 C; 2YYR A; 2F6J A; 4MSX A; 2RR4 A; 1FBV A; 2Y43 A; 3KNV A; 2KWO A; 4YAT A; 4FO9 A; 2P57 A; 2MA5 A; 2L43 A; 2OXQ C; 4LLB A; 2D8S A; 4L58 A; 2JMJ A; 4A4C A; 1HYI A; 2BAY A; 1FP0 A; 3LQH A; 5G05 B; 2MT5 A; 3HCS A; 5I3L A; 1WE9 A; 2E6S A; 4OGC A; 2CSZ A; 2YT5 A; 5EYA F; 4FIP A; 3N9L A; 2LGL A; 3IHP A; 1X4J A; 2LGV A; 1XWH A; 3M63 A; 4S3O C; 4YBT A; 2YUC A; 3M99 A; 4UI9 B; 3EB5 A; 1F62 A; 5LKU A; 2AN6 A; 3O37 A; 4PPE A; 4AUQ B; 5B78 A; 4AYC B; 2FSA A; 2MNY A; 3FL2 A; 3N9O A; 5KH7 A; 3LVR E; 4Q6F A; 2XOY A; 2PUY A; 2CSY A; 2M13 A; 4GND A; 3MHS A; 4QQ4 A; 4V3K C; 4BBQ A; 1N87 A; 4BHW A; 5C11 A; 4YAD A; 2K16 A; 3ZPV 1; 2EA6 A; 3PLW A; 3M7K A; 2KR4 A; 1V87 A; 2KU3 A; 2LXP C; 4WA6 A; 4LAD B; 3SOW A; 4FK5 A; 2QIC A; 2VJE B; 2MKE A; 2MA6 A; 1WES A; 2OWA A; 2VJF B; 5B76 A; 2QIZ A; 4WZ0 A; 2KFT A; 2ECN A; 3O70 A; 2M6M A; 1WEU A; 5D1L B; 2H0D A; 1K2F A; 3U5O A; 5D1K B; 2MNZ A; 5FER A; 5FEY A; 2K1J A; 3I2D A; 4CCG X; 2CKL A; 3HCT A; 2QJ0 A; 1MBM A; 2K17 A; 2VP7 A; 1WEQ A; 3L1Z B; 2YHN A; 3FM8 C; 3RPG B; 2KKY A; 4YAB A; 5SVI A; 5B75 A; 2JUN A; 3LRQ A; 2UZG A; 1MM3 A; 2CRW A; 3O35 A; 3C5K A; 2C2L A; 5B77 A; 1RMD A; 4F1P A; 2L7P A; 2I50 A; 2EOD A; 3FAN A; 2FUI A; 2FD4 A; 2KYU A; 3RTR B; 4GNG A; 2B0O E; 5DIN A; 2JM3 A; 1WEO A; 3DPL R; 5LCW B; 4QF3 A; 5B8D A; 2DSM A; 2YVR A; 2G45 A; 1DCQ A; 2ECJ A; 4PTB A; 1WEW A; 4R2Y A; 3PUR A; 4AP4 A; 2HYE D; 2CRR A; 1WGM A; 3NG2 A; 2XB1 A; 1CHC A; 5TDR A; 5G0F A; 5D1M B; 5SVY A; 1VYX A; 4WZ2 A; 4X3G A; 5FB1 A; 2PNX A; 2L5U A; 4V3L C; 2VPG A; 3SOU A; 2JRJ A; 5SVX A; 2YW8 A; 2KGI A; 4Z0R A; 2KWK A; 4WZ3 B; 3VK6 A; 4ZQL A; 2FUU A; 1WIM A; 1Z2Q A; 2YUR A; 3ZNI A; 4S3O B; 1WEV A; 2VPD A; 2XOZ A; 1U6G B; 5FB0 A; 4AYC A; 3O7A A; 2MD7 B; 5LKT A; 3PHD A; 3FEH A; 3ASL A; 3O36 A; 5TAB A; 3EB6 A; 4R8P K; 3ZTG A; 1BOR A; 1G25 A; 3DDT A; 4H9D A; 2EGP A; 5H1V A; 4YBS A; 2XEU A; 4P5O B; 2ECG A; 1JM7 A; 3Q1D A; 5K3Q A; 2LV9 A; 4YBM A; 2VNF A; 4LKA A; 2KRE A; 4IC3 A; 2EXU A; 4I7B A; 3LJU X; 4I7D A; 2KE1 A; 2FFW A; 5C13 A; 5H1U A; 1VFY A; 2H0D B; 1DVP A; 2XOC A; 2VJE A; 3O47 A; 2VJF A; 5KH3 A; 3N9M A; 2CKL B; 5H9M A; 1Z60 A; 2G6Q A; 2M1R A; 5G04 B; 1WIL A; 2ECV A; 5SVI B; 3GV4 A; 3O34 A; 2JMI A; 1VD4 A; 2YQM A; 2ECW A; 1IYM A; 4TKP B; 5TDW A; 1MM2 A; 4LK9 A; 3FJU B; 3T7L A; 4F52 B; 4L7X A; 2RSD A; 2F42 A; 2KWJ A; 3DWD A; 3C6W A; 2EGM A; 3SOX A; 3KDE C; 1LDJ B; 4FJC A; 4W4U A; 4OGE A; 4B86 C; 2YSM A; 4A0C D; 3M62 A; 3DQV R; 5KH9 A; 3ZVY A; 3KV6 A; 2YSJ A; 1ZBD B; 4C9Z A; 1X4U A; 5TRB A; 2IQJ A; 1WEN A; 3ZVZ B; 1WEE A; 1Z6U A; 4GNE A; 3HTK C; 5DKA A; 4B7Y C; 2D8U A; 2L80 A; 2CT2 A; 2KKX A; 4GNF A; 2M3H A; 3QZV A; 2G43 A; 5H1T A; 2MIQ A; 2F6N A; 3SHB A; 1HYJ A; 4UP5 A; 2K4D A; 3ZYQ A; 5LKZ A; 1WEM A; 2E61 A; 4N4F A; 4YAX A; 2ZET C; 3E2D A; 2YRE A; 2LGG A; 3V43 A; 2LAU A; 2YQL A; 3SUB A; 3LDY A; 3MHH A; 2XP0 A; 5JG6 A; 3KQI A; 3H7H A; 4AVX A; 3ZPV E; 2ECT A; 3KV5 A; 1JOC A; 3N9Q A; 1WEP A; 1T1H A; 2KWN A; 2ECI A; 2LXH C; 2C2V S; 2VPB A; 3GL6 A; 1JM7 B; 2KGG A; 4N3W A; 2RI7 A; 3U5N A; 3U5M A; 2IDA A; 4NN2 A; 2DX8 A; 4IC2 A; 3PUQ A; 2MUM A; 3L11 A; 4ZUX U; 3T9K A; 5B79 A; 3RPG C; 2NAA A; 5AIU A; 5AIT A; 4MVT A; 2HDP A; 5J3X A; 2L0B A; 4A49 A; 2YU4 A; 3HCU A; 2LQ6 A; 3LVQ E; 2CON A; 2E6R A; 2KIZ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3O33 A; 5TBN A; 3L1X A; 4YC9 A; 3LQI A; 3N9P A; 4I7C A; 2LDR A; 2Y1N A; 3T6R A; 1E4U A; 2Y1M A; 4CA1 A; 4XI1 A; 2LGK A; 2L75 A; 4UP0 A; 5LKX A; 2M85 A; 2VPE A; 4ZDT A; 4O64 A; 1WFK A; 4QF2 A; 4A4B A; 2YHO A; 2JMD A; 1X4I A; 3U5P A; 3N9N A; 2LRI C; 1LDK C; 3LQJ A; 4GB0 A; 2LN0 A; 4LJN A; 4R7E A; 2MD8 C; 2YYR A; 2F6J A; 4MSX A; 1FBV A; 2Y43 A; 3KNV A; 2KWO A; 4YAT A; 4FO9 A; 2MA5 A; 2L43 A; 2OXQ C; 4LLB A; 2D8S A; 4L58 A; 2JMJ A; 4A4C A; 1HYI A; 2BAY A; 1FP0 A; 3LQH A; 5G05 B; 2MT5 A; 3HCS A; 5I3L A; 1WE9 A; 2E6S A; 2CSZ A; 2YT5 A; 5EYA F; 4FIP A; 3N9L A; 2LGL A; 3IHP A; 1X4J A; 2LGV A; 1XWH A; 3M63 A; 4S3O C; 4YBT A; 2YUC A; 3M99 A; 4UI9 B; 3EB5 A; 1F62 A; 5LKU A; 2AN6 A; 3O37 A; 4PPE A; 4AUQ B; 5B78 A; 4AYC B; 2FSA A; 2MNY A; 3FL2 A; 3N9O A; 5KH7 A; 4Q6F A; 2PUY A; 2CSY A; 4GND A; 3MHS A; 4V3K C; 4BBQ A; 1N87 A; 4BHW A; 5C11 A; 4YAD A; 2K16 A; 3ZPV 1; 2EA6 A; 2KR4 A; 1V87 A; 2KU3 A; 2LXP C; 4WA6 A; 4LAD B; 3SOW A; 4FK5 A; 2QIC A; 2VJE B; 2MA6 A; 1WES A; 2VJF B; 5B76 A; 2QIZ A; 4WZ0 A; 2KFT A; 2ECN A; 3O70 A; 2M6M A; 1WEU A; 5D1L B; 2H0D A; 1K2F A; 3U5O A; 5D1K B; 2MNZ A; 5FER A; 5FEY A; 2K1J A; 3I2D A; 4CCG X; 2CKL A; 3HCT A; 2QJ0 A; 2K17 A; 2VP7 A; 3L1Z B; 1WEQ A; 3RPG B; 2YHN A; 4YAB A; 5B75 A; 3LRQ A; 2UZG A; 1MM3 A; 3O35 A; 3C5K A; 2C2L A; 5B77 A; 1RMD A; 2I50 A; 2EOD A; 2FUI A; 2KYU A; 3RTR B; 4GNG A; 5DIN A; 1WEO A; 3DPL R; 5LCW B; 4QF3 A; 5B8D A; 2G45 A; 2ECJ A; 4PTB A; 1WEW A; 4R2Y A; 3PUR A; 4AP4 A; 2HYE D; 1WGM A; 3NG2 A; 2XB1 A; 1CHC A; 5TDR A; 5G0F A; 5D1M B; 1VYX A; 4WZ2 A; 4X3G A; 5FB1 A; 2PNX A; 2L5U A; 4V3L C; 2VPG A; 3SOU A; 2JRJ A; 2YW8 A; 2KGI A; 2KWK A; 4WZ3 B; 3VK6 A; 4ZQL A; 2FUU A; 1WIM A; 1Z2Q A; 2YUR A; 3ZNI A; 4S3O B; 1WEV A; 2VPD A; 1U6G B; 5FB0 A; 4AYC A; 3O7A A; 2MD7 B; 5LKT A; 3PHD A; 3ASL A; 3O36 A; 5TAB A; 3EB6 A; 4R8P K; 3ZTG A; 1BOR A; 1G25 A; 2EGP A; 5H1V A; 4YBS A; 2XEU A; 4P5O B; 2ECG A; 1JM7 A; 2LV9 A; 4YBM A; 2VNF A; 4LKA A; 2KRE A; 4IC3 A; 4I7B A; 4I7D A; 2KE1 A; 5C13 A; 5H1U A; 1VFY A; 2H0D B; 1DVP A; 2VJE A; 2VJF A; 5KH3 A; 3N9M A; 2CKL B; 5H9M A; 1Z60 A; 2G6Q A; 2M1R A; 5G04 B; 1WIL A; 2ECV A; 3GV4 A; 3O34 A; 2JMI A; 1VD4 A; 2YQM A; 2ECW A; 1IYM A; 4TKP B; 5TDW A; 1MM2 A; 4LK9 A; 3T7L A; 4F52 B; 4L7X A; 2RSD A; 2F42 A; 2KWJ A; 3C6W A; 3SOX A; 1LDJ B; 4FJC A; 4W4U A; 4B86 C; 2YSM A; 4A0C D; 3M62 A; 3DQV R; 5KH9 A; 3ZVY A; 3KV6 A; 2YSJ A; 1ZBD B; 4C9Z A; 5TRB A; 1X4U A; 1WEN A; 3ZVZ B; 1WEE A; 1Z6U A; 4GNE A; 3HTK C; 5DKA A; 4B7Y C; 2L80 A; 2CT2 A; 4GNF A; 2M3H A; 3QZV A; 2G43 A; 5H1T A; 2MIQ A; 2F6N A; 3SHB A; 1HYJ A; 4UP5 A; 2K4D A; 3ZYQ A; 5LKZ A; 1WEM A; 4N4F A; 4YAX A; 2ZET C; 2LGG A; 2YRE A; 3V43 A; 2YQL A; 3MHH A; 5JG6 A; 3KQI A; 4AVX A; 3ZPV E; 2ECT A; 3KV5 A; 1JOC A; 3N9Q A; 1WEP A; 1T1H A; 2KWN A; 2ECI A; 2LXH C; 2C2V S; 2VPB A; 3GL6 A; 1JM7 B; 2KGG A; 4N3W A; 2RI7 A; 3U5N A; 3U5M A; 2IDA A; 4NN2 A; 2DX8 A; 4IC2 A; 3PUQ A; 2MUM A; 3L11 A; 4ZUX U; 5B79 A; 3RPG C; 2NAA A; 5AIU A; 5AIT A; 4MVT A; 2HDP A; 5J3X A; 2L0B A; 4A49 A; 2YU4 A; 3HCU A; 2LQ6 A; 2E6R A; 2KIZ A;
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