The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
129
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structure length |
123
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Chain Sequence |
SGTVSCPICMDGYSEIVQNGRLIVSTECGHVFCSQCLRDSLKNANTCPTCRKKINRYHPIYIGSGTVSCPICMDGYSEIVQNGRLIVSTECGHVFCSQCLRDSLKNANTCPTCRKKIYHPIYI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ligase/signaling protein
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| molecule keywords |
E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF4
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| publication title |
Structural Basis for the Ring Catalyzed Synthesis of K63 Linked Ubiquitin Chains
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Rattus norvegicus
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| total genus |
28
|
| structure length |
123
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| sequence length |
129
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| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2015-02-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13639 | zf-RING_2 | Ring finger domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3L1Z B; 2LGL A; 2M1R A; 2VP7 A; 1Z60 A; 4CCG X; 2KR4 A; 1WEV A; 1WIM A; 4GNE A; 5G0F A; 4LAD B; 1MM3 A; 1F62 A; 4R2Y A; 2VJE A; 2YU4 A; 1WEM A; 3FL2 A; 2OXQ C; 1WFK A; 2FUU A; 2CT2 A; 1WEQ A; 5AIU A; 3SHB A; 2KWO A; 3ZNI A; 4YBT A; 2HYE D; 2H0D A; 2VPB A; 4AUQ B; 3HCU A; 1N87 A; 2KIZ A; 3LQH A; 2ECT A; 3U5P A; 1JOC A; 2ZET C; 1V87 A; 2G45 A; 4L58 A; 2EGP A; 4BBQ A; 1WGM A; 3LQJ A; 2QJ0 A; 4LKA A; 4ZDT A; 1LDK C; 3GL6 A; 5H1T A; 2M85 A; 4GB0 A; 4PPE A; 2JMD A; 5D1M B; 3U5N A; 4GNG A; 4YAB A; 2VPE A; 4A0C D; 2LQ6 A; 4F52 B; 4LK9 A; 2MIQ A; 5H9M A; 4C9Z A; 5C11 A; 3EB6 A; 4P5O B; 4YAT A; 2MD7 B; 2YQM A; 2CKL A; 4ZUX U; 2BAY A; 2M3H A; 4A49 A; 3EB5 A; 1WEP A; 1WE9 A; 2MD8 C; 5KH9 A; 4CA1 A; 2UZG A; 2MUM A; 3LRQ A; 3C5K A; 4YBM A; 4X3G A; 3O70 A; 5TDR A; 3RTR B; 3ASL A; 4MSX A; 1IYM A; 2QIC A; 3N9L A; 4AYC B; 1X4J A; 5FEY A; 1LDJ B; 2KWJ A; 2KYU A; 2VPD A; 2L43 A; 4FJC A; 2ECG A; 2LGG A; 3DPL R; 4BHW A; 3VK6 A; 1FP0 A; 2LDR A; 4A4C A; 2Y1M A; 3DQV R; 2YHN A; 2PNX A; 4V3K C; 3RPG B; 3C6W A; 1K2F A; 3PUQ A; 1CHC A; 2LRI C; 2YSJ A; 3U5M A; 5D1L B; 2XB1 A; 2KWK A; 2L80 A; 1WEN A; 2CSZ A; 2YQL A; 5TAB A; 1WEE A; 1WEW A; 2L0B A; 1WEO A; 3L11 A; 2ECN A; 4N4F A; 2YHO A; 3QZV A; 2E6S A; 2YT5 A; 3RPG C; 2MNZ A; 2KE1 A; 1WIL A; 2KGI A; 4N3W A; 3ZVZ B; 3M62 A; 2K1J A; 2LXH C; 5FER A; 5LKZ A; 4YBS A; 2KFT A; 2VJF B; 5TBN A; 4ZQL A; 4FIP A; 2VNF A; 1G25 A; 2ECI A; 1X4I A; 3KQI A; 4GNF A; 3KV6 A; 3N9M A; 3MHH A; 3HCT A; 2M6M A; 3LQI A; 4UI9 B; 2HDP A; 4I7C A; 4A4B A; 2F6N A; 4L7X A; 3T7L A; 2NAA A; 3M99 A; 2ECJ A; 4I7D A; 2VJE B; 4LLB A; 4YAD A; 4WZ2 A; 2ECV A; 1E4U A; 2G6Q A; 4MVT A; 2LV9 A; 3PHD A; 4B86 C; 5TDW A; 3ZPV E; 2JMJ A; 1BOR A; 2K17 A; 3SOW A; 1MM2 A; 4NN2 A; 5D1K B; 2MNY A; 2K4D A; 4AVX A; 5JG6 A; 1HYJ A; 2FSA A; 3ZPV 1; 4QF2 A; 5LCW B; 2YW8 A; 1JM7 B; 2E6R A; 2ECW A; 5LKT A; 2KWN A; 3KV5 A; 2EA6 A; 1U6G B; 1WES A; 3HTK C; 2VJF A; 4GND A; 5B78 A; 4Q6F A; 2C2V S; 1WEU A; 3O33 A; 4QF3 A; 2CKL B; 2YUC A; 1XWH A; 4XI1 A; 5B75 A; 2CSY A; 4WZ3 B; 3PUR A; 1X4U A; 4AP4 A; 4FK5 A; 2L75 A; 4WA6 A; 1DVP A; 3HCS A; 1FBV A; 3O34 A; 2JMI A; 5B8D A; 2YSM A; 3I2D A; 5C13 A; 4V3L C; 2MA6 A; 5DKA A; 2F42 A; 2PUY A; 3O7A A; 2L5U A; 2DX8 A; 2KRE A; 2I50 A; 4W4U A; 5B77 A; 5G04 B; 2F6J A; 3O35 A; 3N9N A; 1VD4 A; 4IC3 A; 3MHS A; 3O37 A; 2QIZ A; 2MT5 A; 4B7Y C; 4AYC A; 1HYI A; 1Z2Q A; 1JM7 A; 4UP5 A; 3KNV A; 2KGG A; 1ZBD B; 4PTB A; 2YUR A; 2KU3 A; 3U5O A; 5DIN A; 5J3X A; 5EYA F; 1VFY A; 3V43 A; 2LXP C; 2LN0 A; 4R8P K; 1RMD A; 2JRJ A; 4O64 A; 2H0D B; 2RI7 A; 5H1V A; 4LJN A; 3T6R A; 4YC9 A; 2C2L A; 2FUI A; 2LGK A; 3GV4 A; 4S3O B; 3NG2 A; 3N9P A; 5B76 A; 2AN6 A; 5H1U A; 4I7B A; 2RSD A; 5TRB A; 2MA5 A; 5KH7 A; 1Z6U A; 2VPG A; 3O36 A; 2IDA A; 4TKP B; 3L1X A; 3SOU A; 2G43 A; 2Y43 A; 2YRE A; 4S3O C; 4FO9 A; 3SOX A; 3N9O A; 3M63 A; 5B79 A; 2K16 A; 4IC2 A; 3N9Q A; 5LKX A; 5I3L A; 1VYX A; 4WZ0 A; 5LKU A; 3ZVY A; 4YAX A; 5KH3 A; 4R7E A; 5G05 B; 5FB0 A; 3IHP A; 2Y1N A; 4UP0 A; 3ZYQ A; 2LGV A; 2EOD A; 2D8S A; 1T1H A; 5AIT A; 5FB1 A; 3ZTG A; 2YYR A; 2XEU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DSM A; 3L1Z B; 2LGL A; 2M1R A; 4H9D A; 2VP7 A; 1Z60 A; 4CCG X; 2KR4 A; 1WEV A; 1WIM A; 4GNE A; 3O47 A; 5G0F A; 4LAD B; 2KKX A; 1MM3 A; 1F62 A; 4R2Y A; 3LVR E; 2M13 A; 2VJE A; 2FFW A; 2YU4 A; 1WEM A; 3FL2 A; 2OXQ C; 1WFK A; 2FUU A; 2CT2 A; 1WEQ A; 3LVQ E; 5AIU A; 3SHB A; 2KWO A; 3ZNI A; 2E61 A; 4YBT A; 2HYE D; 1DCQ A; 2H0D A; 2VPB A; 4AUQ B; 5SVX A; 3HCU A; 1N87 A; 2KIZ A; 3LQH A; 2ECT A; 3U5P A; 1JOC A; 2ZET C; 1V87 A; 2G45 A; 2LAU A; 4L58 A; 2FD4 A; 2EGP A; 4BBQ A; 1WGM A; 3LQJ A; 2QJ0 A; 4LKA A; 4ZDT A; 1LDK C; 3GL6 A; 5SVI B; 5H1T A; 2M85 A; 4GB0 A; 4PPE A; 2JMD A; 5D1M B; 3U5N A; 4GNG A; 4YAB A; 2VPE A; 4A0C D; 2LQ6 A; 4F52 B; 3SUB A; 4LK9 A; 2MIQ A; 5H9M A; 4C9Z A; 5C11 A; 3EB6 A; 4P5O B; 4YAT A; 2MD7 B; 2YQM A; 2CKL A; 4ZUX U; 2BAY A; 2M3H A; 2XP0 A; 4A49 A; 3EB5 A; 3KDE C; 1WEP A; 1WE9 A; 2MD8 C; 5KH9 A; 4OGE A; 4CA1 A; 2UZG A; 2MUM A; 3LRQ A; 3C5K A; 4YBM A; 4O62 A; 4X3G A; 3DDT A; 3O70 A; 5TDR A; 3RTR B; 3ASL A; 4MSX A; 1IYM A; 2QIC A; 3N9L A; 4AYC B; 1X4J A; 5FEY A; 1LDJ B; 2KWJ A; 2KYU A; 2VPD A; 2L43 A; 2JM3 A; 4FJC A; 2ECG A; 2LGG A; 3DPL R; 2CON A; 4BHW A; 3VK6 A; 1FP0 A; 2LDR A; 4A4C A; 1MBM A; 2Y1M A; 3DQV R; 2YHN A; 2PNX A; 4V3K C; 3RPG B; 3C6W A; 1K2F A; 3PUQ A; 1CHC A; 2LRI C; 2YSJ A; 3T9K A; 3U5M A; 5D1L B; 2XB1 A; 2KWK A; 2L80 A; 1WEN A; 2CSZ A; 2YQL A; 5TAB A; 1WEE A; 1WEW A; 2P57 A; 4F1P A; 2L0B A; 1WEO A; 2EXU A; 3L11 A; 2ECN A; 4N4F A; 2YHO A; 3QZV A; 2E6S A; 2YT5 A; 3RPG C; 2MNZ A; 2KE1 A; 4QQ4 A; 1WIL A; 2KGI A; 4N3W A; 3ZVZ B; 2B0O E; 3M62 A; 2K1J A; 2LXH C; 5FER A; 5LKZ A; 4YBS A; 2KFT A; 2VJF B; 5TBN A; 4ZQL A; 4FIP A; 2VNF A; 1G25 A; 2ECI A; 3FM8 C; 1X4I A; 3KQI A; 4GNF A; 4Z0R A; 3KV6 A; 3N9M A; 3MHH A; 3HCT A; 2M6M A; 3LQI A; 4UI9 B; 2HDP A; 4I7C A; 4A4B A; 2F6N A; 3MDB C; 4L7X A; 3T7L A; 2NAA A; 3M99 A; 2ECJ A; 4I7D A; 2VJE B; 4LLB A; 4YAD A; 4WZ2 A; 4OGC A; 2ECV A; 1E4U A; 2G6Q A; 4MVT A; 2LV9 A; 2CRR A; 3PHD A; 4B86 C; 5TDW A; 3ZPV E; 2JMJ A; 1BOR A; 2K17 A; 3SOW A; 1MM2 A; 3LJU X; 4NN2 A; 5D1K B; 2MNY A; 2K4D A; 4AVX A; 5JG6 A; 1HYJ A; 2FSA A; 4Z0O A; 3ZPV 1; 2MKE A; 4QF2 A; 5LCW B; 2YW8 A; 3JUE A; 1JM7 B; 2E6R A; 2ECW A; 5LKT A; 2KWN A; 3KV5 A; 2EA6 A; 1U6G B; 1WES A; 5K3Q A; 3HTK C; 2VJF A; 2XOZ A; 4GND A; 5B78 A; 4Q6F A; 2C2V S; 1WEU A; 3O33 A; 4QF3 A; 5SVI A; 3FAO A; 2CKL B; 2YUC A; 1XWH A; 4XI1 A; 5B75 A; 2CSY A; 4WZ3 B; 3PUR A; 1X4U A; 4AP4 A; 4FK5 A; 2D8U A; 2L75 A; 4WA6 A; 1DVP A; 2L7P A; 3HCS A; 3M7K A; 1FBV A; 3FAN A; 2JMI A; 3O34 A; 5B8D A; 2YSM A; 3I2D A; 2CSV A; 2KKY A; 5C13 A; 4V3L C; 2MA6 A; 2OWA A; 2XOC A; 2F42 A; 5DKA A; 2PUY A; 3O7A A; 3PLW A; 2L5U A; 2DX8 A; 2JUN A; 2KRE A; 2I50 A; 4W4U A; 5B77 A; 5G04 B; 2F6J A; 3O35 A; 3N9N A; 2DJA A; 1VD4 A; 4IC3 A; 3MHS A; 3O37 A; 2QIZ A; 2MT5 A; 4B7Y C; 4AYC A; 1HYI A; 2IQJ A; 1Z2Q A; 2YVR A; 1JM7 A; 4UP5 A; 3KNV A; 2KGG A; 1ZBD B; 4PTB A; 2YUR A; 2KU3 A; 2RR4 A; 3U5O A; 5DIN A; 5J3X A; 5EYA F; 1VFY A; 3V43 A; 2LXP C; 2LN0 A; 4R8P K; 1RMD A; 2JRJ A; 4O64 A; 2H0D B; 2RI7 A; 5H1V A; 4LJN A; 3T6R A; 4YC9 A; 2C2L A; 2FUI A; 5SVY A; 2EGM A; 2LGK A; 3GV4 A; 2XOY A; 4S3O B; 3NG2 A; 3N9P A; 5B76 A; 2AN6 A; 5H1U A; 2CRW A; 3LDY A; 4I7B A; 2RSD A; 5TRB A; 2MA5 A; 5KH7 A; 1Z6U A; 3FJU B; 2VPG A; 3O36 A; 2IDA A; 4TKP B; 3L1X A; 3SOU A; 2G43 A; 2Y43 A; 2YRE A; 4S3O C; 4FO9 A; 3SOX A; 3N9O A; 3M63 A; 5B79 A; 2K16 A; 4IC2 A; 3N9Q A; 5LKX A; 5I3L A; 1VYX A; 4WZ0 A; 3Q1D A; 5LKU A; 3ZVY A; 4YAX A; 5KH3 A; 4R7E A; 5G05 B; 3IHP A; 5FB0 A; 2Y1N A; 3DWD A; 4UP0 A; 3ZYQ A; 2LGV A; 2EOD A; 2D8S A; 1T1H A; 5AIT A; 5FB1 A; 3ZTG A; 3H7H A; 2YYR A; 3E2D A; 3FEH A; 2XEU A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3L1Z B; 2LGL A; 2M1R A; 2VP7 A; 1Z60 A; 4CCG X; 2KR4 A; 1WEV A; 1WIM A; 4GNE A; 5G0F A; 4LAD B; 1MM3 A; 1F62 A; 4R2Y A; 2VJE A; 2YU4 A; 1WEM A; 3FL2 A; 2OXQ C; 1WFK A; 2FUU A; 2CT2 A; 1WEQ A; 5AIU A; 3SHB A; 2KWO A; 3ZNI A; 4YBT A; 2HYE D; 2H0D A; 2VPB A; 4AUQ B; 3HCU A; 1N87 A; 2KIZ A; 3LQH A; 2ECT A; 3U5P A; 1JOC A; 2ZET C; 1V87 A; 2G45 A; 4L58 A; 2EGP A; 4BBQ A; 1WGM A; 3LQJ A; 2QJ0 A; 4LKA A; 4ZDT A; 1LDK C; 3GL6 A; 5H1T A; 2M85 A; 4GB0 A; 4PPE A; 2JMD A; 5D1M B; 3U5N A; 4GNG A; 4YAB A; 2VPE A; 4A0C D; 2LQ6 A; 4F52 B; 4LK9 A; 2MIQ A; 5H9M A; 4C9Z A; 5C11 A; 3EB6 A; 4P5O B; 4YAT A; 2MD7 B; 2YQM A; 2CKL A; 4ZUX U; 2BAY A; 2M3H A; 4A49 A; 3EB5 A; 1WEP A; 1WE9 A; 2MD8 C; 5KH9 A; 4CA1 A; 2UZG A; 2MUM A; 3LRQ A; 3C5K A; 4YBM A; 4X3G A; 3O70 A; 5TDR A; 3RTR B; 3ASL A; 4MSX A; 1IYM A; 2QIC A; 3N9L A; 4AYC B; 1X4J A; 5FEY A; 1LDJ B; 2KWJ A; 2KYU A; 2VPD A; 2L43 A; 4FJC A; 2ECG A; 2LGG A; 3DPL R; 4BHW A; 3VK6 A; 1FP0 A; 2LDR A; 4A4C A; 2Y1M A; 3DQV R; 2YHN A; 2PNX A; 4V3K C; 3RPG B; 3C6W A; 1K2F A; 3PUQ A; 1CHC A; 2LRI C; 2YSJ A; 3U5M A; 5D1L B; 2XB1 A; 2KWK A; 2L80 A; 1WEN A; 2CSZ A; 2YQL A; 5TAB A; 1WEE A; 1WEW A; 2L0B A; 1WEO A; 3L11 A; 2ECN A; 4N4F A; 2YHO A; 3QZV A; 2E6S A; 2YT5 A; 3RPG C; 2MNZ A; 2KE1 A; 1WIL A; 2KGI A; 4N3W A; 3ZVZ B; 3M62 A; 2K1J A; 2LXH C; 5FER A; 5LKZ A; 4YBS A; 2KFT A; 2VJF B; 5TBN A; 4ZQL A; 4FIP A; 2VNF A; 1G25 A; 2ECI A; 1X4I A; 3KQI A; 4GNF A; 3KV6 A; 3N9M A; 3MHH A; 3HCT A; 2M6M A; 3LQI A; 4UI9 B; 2HDP A; 4I7C A; 4A4B A; 2F6N A; 4L7X A; 3T7L A; 2NAA A; 3M99 A; 2ECJ A; 4I7D A; 2VJE B; 4LLB A; 4YAD A; 4WZ2 A; 2ECV A; 1E4U A; 2G6Q A; 4MVT A; 2LV9 A; 3PHD A; 4B86 C; 5TDW A; 3ZPV E; 2JMJ A; 1BOR A; 2K17 A; 3SOW A; 1MM2 A; 4NN2 A; 5D1K B; 2MNY A; 2K4D A; 4AVX A; 5JG6 A; 1HYJ A; 2FSA A; 3ZPV 1; 4QF2 A; 5LCW B; 2YW8 A; 1JM7 B; 2E6R A; 2ECW A; 5LKT A; 2KWN A; 3KV5 A; 2EA6 A; 1U6G B; 1WES A; 3HTK C; 2VJF A; 4GND A; 5B78 A; 4Q6F A; 2C2V S; 1WEU A; 3O33 A; 4QF3 A; 2CKL B; 2YUC A; 1XWH A; 4XI1 A; 5B75 A; 2CSY A; 4WZ3 B; 3PUR A; 1X4U A; 4AP4 A; 4FK5 A; 2L75 A; 4WA6 A; 1DVP A; 3HCS A; 1FBV A; 3O34 A; 2JMI A; 5B8D A; 2YSM A; 3I2D A; 5C13 A; 4V3L C; 2MA6 A; 5DKA A; 2F42 A; 2PUY A; 3O7A A; 2L5U A; 2DX8 A; 2KRE A; 2I50 A; 4W4U A; 5B77 A; 5G04 B; 2F6J A; 3O35 A; 3N9N A; 1VD4 A; 4IC3 A; 3MHS A; 3O37 A; 2QIZ A; 2MT5 A; 4B7Y C; 4AYC A; 1HYI A; 1Z2Q A; 1JM7 A; 4UP5 A; 3KNV A; 2KGG A; 1ZBD B; 4PTB A; 2YUR A; 2KU3 A; 3U5O A; 5DIN A; 5J3X A; 5EYA F; 1VFY A; 3V43 A; 2LXP C; 2LN0 A; 4R8P K; 1RMD A; 2JRJ A; 4O64 A; 2H0D B; 2RI7 A; 5H1V A; 4LJN A; 3T6R A; 4YC9 A; 2C2L A; 2FUI A; 2LGK A; 3GV4 A; 4S3O B; 3NG2 A; 3N9P A; 5B76 A; 2AN6 A; 5H1U A; 4I7B A; 2RSD A; 5TRB A; 2MA5 A; 5KH7 A; 1Z6U A; 2VPG A; 3O36 A; 2IDA A; 4TKP B; 3L1X A; 3SOU A; 2G43 A; 2Y43 A; 2YRE A; 4S3O C; 4FO9 A; 3SOX A; 3N9O A; 3M63 A; 5B79 A; 2K16 A; 4IC2 A; 3N9Q A; 5LKX A; 5I3L A; 1VYX A; 4WZ0 A; 5LKU A; 3ZVY A; 4YAX A; 5KH3 A; 4R7E A; 5G05 B; 5FB0 A; 3IHP A; 2Y1N A; 4UP0 A; 3ZYQ A; 2LGV A; 2EOD A; 2D8S A; 1T1H A; 5AIT A; 5FB1 A; 3ZTG A; 2YYR A; 2XEU A;
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