The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
83
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sequence length |
446
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structure length |
399
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Chain Sequence |
PPIWKSYLYQLQQEAPRPKRIICPREVENRPKYYGREFHGIISREQADELLGGVEGAYILRESQRQPGCYTLALRFGNQTLNYRLFHDGKHFVGEKRFESIHDLVTDGLITLYIETKAAEYISKMTTNPIYEHIGYATLLRYEKTHNFKVHTFRGPHWCEYCANFMWGLIAQGVRCSDCGLNVHKQCSKHVPNDCQPDLKRIKKVYCCDLTTLVKAHNTQRPMVVDICIREIEARGLKSEGLYRVSGFTEHIEDVKMAFDRDGEKADISANVYPDINIITGALKLYFRDLPIPVITYDTYSKFIDAAKISNADERLEAVHEVLMLLPPAHYETLRYLMIHLKKVTMNEKDNFMNAENLGIVFGPTLMRPPEDSTLTTLHDMRYQKLIVQILIENEDVLF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural mechanism for lipid activation of the Rac-specific GAP, beta2-chimaerin.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Beta2-chimaerin
|
| total genus |
83
|
| structure length |
399
|
| sequence length |
446
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-08-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00017 | SH2 | SH2 domain |
| A | PF00130 | C1_1 | Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) |
| A | PF00620 | RhoGAP | RhoGAP domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A | Rho GTPase activation protein | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | SHC Adaptor Protein | SH2 domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1O4K A; 2CRH A; 4EIH A; 1TCE A; 2GSB A; 1CWE A; 2VIF A; 2DVJ A; 5DC0 B; 5GJI A; 2EOB A; 1BLK A; 1KSW A; 3PS5 A; 2MQI A; 1HCS B; 2H46 E; 2CI9 A; 3VRO A; 3KUQ A; 1O4E A; 3VS0 A; 3UGL A; 2SHP A; 2YSX A; 1SPR A; 5KAZ A; 3GXW A; 5IRC A; 2PLD A; 4OHL A; 1A1A A; 2IUG A; 1RGP A; 1QAD A; 1FMK A; 2HUW A; 1LKL A; 1A09 A; 2HDV A; 2GVI A; 1OPK A; 1R1Q A; 2DCR A; 2ABL A; 4P9V A; 3BUX B; 1TX4 A; 1AOT F; 2DLY A; 2CI8 A; 3KY9 A; 4JEG A; 3GXX A; 1I3Z A; 1O4R A; 3VS1 A; 1R1S A; 1H9O A; 3UEJ A; 1FAQ A; 3N84 A; 1AYD A; 3S8L A; 2XS6 A; 4FKD A; 3IUG A; 1W4R A; 1Z3K A; 3PSJ A; 2QPO A; 3IMD A; 2IUI A; 3W6R A; 2KNO A; 2UZ3 A; 2RVF A; 1O48 A; 5GJH A; 3VS3 A; 1O45 A; 1JWO A; 2KK6 A; 4FBN A; 2L6K A; 1HCT B; 2K7A B; 2QQ0 A; 1NRV A; 2L4K A; 5C2J A; 2PNB A; 4E93 A; 2L3T A; 1LCK A; 1O41 A; 2AUG A; 1TZE E; 3US4 A; 2CBL A; 4K44 A; 2IZV A; 4LUD A; 1FU5 A; 4FL3 A; 2B8T A; 1BM2 A; 4U1P A; 2ROR A; 1O4A A; 2GE9 A; 3VRN A; 2DB6 A; 3N8M A; 2LQW A; 1LUN A; 1O46 A; 4ROJ A; 2ORW A; 2OZO A; 1LUK A; 4UXH A; 4K45 A; 1A08 A; 1D4W A; 3VS5 A; 1XBT A; 1O4F A; 2FO0 A; 3PJP A; 1GRI A; 2DX0 A; 1TBO A; 3VS6 A; 4A4C A; 4GL9 E; 3NHN A; 4WWQ A; 2YU7 A; 4E68 A; 1MW4 A; 1BKL A; 5FUV A; 1QG1 E; 1SHB A; 1AM4 A; 1O4L A; 2EE4 A; 2QQE A; 4QSY A; 4GPL B; 4OHE A; 3BUM B; 2C0O A; 2MBG A; 2ENN A; 1KBF A; 2BBU A; 3OV1 A; 3ZNI A; 1UUS A; 2DM0 A; 1X27 A; 1X0N A; 2EU0 A; 2ECD A; 2CR4 A; 1O4Q A; 4OHI A; 2VRW B; 3UF4 A; 5EHP A; 5BO4 A; 1O4O A; 1O4N A; 3BUN B; 3EAC A; 3S8N A; 2J87 A; 1D4T A; 4L1B B; 1A07 A; 3IN7 A; 2OSA A; 4LUE A; 1KBE A; 1O4G A; 3N7Y A; 4L9M A; 5DF6 A; 1JU5 A; 1CWD L; 1FAR A; 4B6D A; 1BLJ A; 1Y57 A; 1NZV A; 2EL8 A; 1SPS A; 1PBW A; 1BG1 A; 1BF5 A; 2ORV A; 2HCK A; 1F1W A; 4JGH A; 1R79 A; 1PTR A; 5EG3 B; 1F7C A; 2Y3A B; 3OB1 B; 2C9W A; 2EYV A; 1YVL A; 1RFH A; 1O4C A; 1O4H A; 3OB2 B; 3VS2 A; 3UYO A; 1JYU A; 4A4B A; 1D1Z A; 2C0T A; 1A1E A; 1KA7 A; 2QV2 A; 3UGD A; 2H5K A; 1AYC A; 3UFF A; 1FBZ A; 5HKY A; 3IN8 A; 4U17 A; 3VS7 A; 2Y1M A; 4XZ0 A; 1O4J A; 4P9Z A; 3WA4 A; 1OO3 A; 1JYQ A; 5DC4 A; 2JA1 A; 1AD5 A; 1O47 A; 3GQI B; 3TL0 A; 5FUX A; 5EEQ A; 1B47 A; 1KA6 A; 4FL2 A; 3CXL A; 1BHF A; 4F59 A; 2B3O A; 2K79 B; 1OW3 A; 2ROW A; 1BHH B; 2HDX A; 1A81 A; 1CSZ A; 3EAZ A; 1CJ1 A; 1O4B A; 4NWG A; 4F5B A; 1RPY A; 1MIL A; 2J9R A; 5DC9 A; 3E2I A; 5D0J A; 3UEY A; 2FCI A; 5FUY A; 5I6V A; 3CBL A; 2E73 A; 2H8H A; 3S9K A; 1BHH A; 2QMS A; 1AYA A; 3K2M A; 4H34 A; 3MAZ A; 1PTQ A; 1AOU F; 1O49 A; 3FK2 A; 1RQQ C; 5CDW A; 2EO6 A; 1SKJ A; 5AUL A; 1UUR A; 4XZ1 A; 2DLZ A; 3VRQ A; 3WPS A; 1SHA A; 2EE5 A; 5HKW A; 1O44 A; 2HMH A; 1BFJ A; 2OQ1 A; 2OVJ A; 3PQZ A; 2C0I A; 4DGX A; 1A1B A; 3C7I A; 1Y8F A; 1WQU A; 3BKB A; 2MK2 A; 2LNW A; 3WPQ A; 3VRY A; 1IJR A; 3HIZ B; 4OHD A; 1AB2 A; 1QCF A; 2PLE A; 5AXI A; 1BFI A; 2WVJ A; 5IBS A; 4K11 A; 5HKZ A; 3EAP A; 3VGO A; 1CSY A; 1Y1U A; 1GRN B; 1K9A A; 1XX6 A; 3PSK A; 2CS0 A; 1AYB A; 1O42 A; 3HCK A; 1LUM A; 2RSY A; 2RMX A; 4M4Z A; 3MXC A; 2YUU A; 2EYZ A; 1O4D A; 1X6C A; 2Y1N A; 4OHH A; 3VS4 A; 1O4I A; 4JE4 A; 2ETZ A; 5EEL A; 2IUH A; 1O4P A; 1LKK A; 3QIS A; 2AOA A; 2EKX A; 5C5S A; 5FUW A; 3KFJ A; 1BKM A; 1PIC A; 4DGP A; 3QWX X; 3OP0 A; 3CD3 A; 1IS0 A; 5JD0 A; 3S8O A; 2MRK A; 4NWF A; 4UXI A; 2NGR B; 3BYI A; 3MSX B; 4UXJ A; 1JYR A; 3CWG A; 1RJA A; 2MC1 A; 3BUW B; 4EY0 A; 2SRC A; 5HPY A; 5JCP A; 5EHR A; 3QWY A; 1P13 A; 2JYQ A; 2XP1 A; 2PNA A; 4H1O A; 1FBV A; 1G83 A; 1FU6 A; 4K2R A; 4F5A A; 3VRR A; 3VRZ A; 1FHS A; 3OVE A; 3PFV A; 1YVH A; 1KC2 A; 1O43 A; 4X6S A; 4TZI A; 1NZL A; 2LNX A; 2LQN A; 3BJI A; 3TKZ A; 1FYR A; 1M27 A; 2ENZ A; 1M61 A; 1F2F A; 2EO3 A; 1TBN A; 3MXY A; 1SHD A; 2AOB A; 2PTK A; 3IMJ A; 3BUO B; 3T04 A; 1BMB A; 2FNF X; 5J3X A; 4D8K A; 1GHU A; 1OPL A; 1LCJ A; 5IBM A; 2ELI A; 4GWF A; 3M7F A; 3PLF B; 2EYY A; 1A1C A; 3HHM B; 2MRJ A; 1O4M A; 1ZFP E; 2LCT A; 1R1P A; 1OO4 A; 3UGI A; 1LUI A; 2CIA A; 1XA6 A; 3VRP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TGS I; 1O4K A; 2CRH A; 4EIH A; 1TCE A; 2V1C C; 1FYB A; 4OVO A; 2GSB A; 1CWE A; 2VIF A; 2DVJ A; 5DC0 B; 5GJI A; 2EOB A; 1BLK A; 2OU2 A; 1KSW A; 1S20 A; 3PS5 A; 2MQI A; 1HCS B; 2H46 E; 2M5X A; 2CI9 A; 3KUQ A; 3VRO A; 1SGD I; 1O4E A; 2SGE I; 3VS0 A; 3UGL A; 2SHP A; 4E1R A; 2YSX A; 1SPR A; 5KAZ A; 1OMT A; 1OMU A; 1W3S A; 2ERW A; 1TBR R; 3GXW A; 5IRC A; 1K7T A; 2XRC A; 2PLD A; 4OHL A; 2WGC A; 1A1A A; 2IUG A; 1OYV I; 1RGP A; 2GKT I; 1QAD A; 2A20 A; 2JXD A; 1FMK A; 2HUW A; 1IY5 A; 1LKL A; 1Y1B A; 1A09 A; 1NUB A; 2L7X A; 2HDV A; 2GVI A; 1OPK A; 1R1Q A; 1YU6 C; 1TOT A; 2DCR A; 2ABL A; 4P9V A; 2LEO A; 2KCX A; 1SGE I; 3BUX B; 1TX4 A; 2NU1 I; 1AOT F; 2DLY A; 3GOX A; 2CI8 A; 3KY9 A; 4JEG A; 3GXX A; 3TO6 A; 1I3Z A; 1O4R A; 1X4S A; 3VS1 A; 1R1S A; 1H9O A; 3UEJ A; 1FAQ A; 3N84 A; 1M8C A; 1AYD A; 3S8L A; 2XS6 A; 4FKD A; 3IUG A; 1W4R A; 2CWF A; 1Z3K A; 2F3C I; 3PSJ A; 2QPO A; 1UUC A; 2L8E A; 3IMD A; 2IUI A; 3W6R A; 1CT4 I; 1UVG A; 3SEK C; 2KNO A; 1TBQ R; 2UZ3 A; 5J8C A; 2RVF A; 1O48 A; 5GJH A; 3VS3 A; 1O45 A; 1TUR A; 2KMP A; 1MJA A; 1JWO A; 2KK6 A; 4FBN A; 1SGR I; 2L6K A; 1HCT B; 2K7A B; 2QQ0 A; 1NRV A; 1UHA A; 5HQ8 A; 2L4K A; 5C2J A; 2PNB A; 4E93 A; 3B4V C; 2L3T A; 1LCK A; 3VE5 A; 1O41 A; 1LR9 A; 2RIJ A; 2OVO A; 1TZE E; 2AUG A; 1Z7K B; 1HDL A; 3US4 A; 2CBL A; 4K44 A; 1V1I A; 2IZV A; 2V1C A; 5E3Q A; 1FU5 A; 4LUD A; 4FL3 A; 2B8T A; 1BM2 A; 4U1P A; 2ROR A; 1TIH A; 1O4A A; 2GE9 A; 3VRN A; 2DB6 A; 3N8M A; 1SGP I; 2LQW A; 5EX0 A; 1LUN A; 1O46 A; 2N71 A; 2B0U C; 1LR8 A; 1BUS A; 4ROJ A; 2UVO A; 2V53 A; 2W0T A; 2ORW A; 3VDU A; 2NU0 I; 2OZO A; 3OL0 A; 4UXH A; 1LUK A; 4K45 A; 2N1A B; 1A08 A; 1D4W A; 1WKX A; 1XBT A; 2GKV A; 3VS5 A; 1ULM A; 1O4F A; 2FO0 A; 3PJP A; 2ARP F; 2NU3 I; 1GRI A; 2DX0 A; 3R5C A; 1UVF A; 1YTP A; 1TBO A; 2KGY A; 3VS6 A; 4A4C A; 2ODD A; 4GL9 E; 3NHN A; 4WWQ A; 1ULN A; 2YU7 A; 4E68 A; 1MW4 A; 1BKL A; 5FUV A; 1QG1 E; 1SHB A; 1AM4 A; 1O4L A; 2EE4 A; 2QQE A; 4QSY A; 4GPL B; 4OHE A; 3BUM B; 2C0O A; 2CWH A; 2MBG A; 2ENN A; 3FSX A; 1KBF A; 2BBU A; 3OV1 A; 3ZNI A; 1N13 A; 3SGB I; 2NU4 I; 1UUS A; 2DM0 A; 4GI3 C; 1X27 A; 1X0N A; 2EU0 A; 3UOE A; 2ECD A; 2CR4 A; 1O4Q A; 3FSY A; 4OHI A; 2VRW B; 3UF4 A; 5EHP A; 3MEK A; 5BO4 A; 1O4O A; 1O4N A; 3BUN B; 3EAC A; 3S8N A; 2J87 A; 1D4T A; 4L1B B; 2KMQ A; 1A07 A; 2PQ8 A; 3IN7 A; 2OSA A; 4LUE A; 1KBE A; 1O4G A; 1R0R I; 4L9M A; 3N7Y A; 1WGC A; 5DF6 A; 4HGU A; 1JU5 A; 1CWD L; 1FAR A; 4B6D A; 1BLJ A; 1M8B A; 1Y57 A; 1NZV A; 2N17 A; 2EL8 A; 1SPS A; 3TO9 A; 2GKR I; 1PBW A; 1BG1 A; 2DKV A; 1BF5 A; 2ORV A; 2HCK A; 1F1W A; 4JGH A; 4AML A; 2NU2 I; 2X3T A; 1R79 A; 1PTR A; 5EG3 B; 3QTL D; 1F7C A; 1K7U A; 2Y3A B; 3OB1 B; 2C9W A; 3R5B A; 2EYV A; 1YVL A; 1RFH A; 1O4C A; 9WGA A; 1O4H A; 3OB2 B; 3VS2 A; 2GIV A; 3UYO A; 1JYU A; 4A4B A; 1D1Z A; 2C0T A; 1A1E A; 1KA7 A; 2QV2 A; 4MPI A; 3UGD A; 2H5K A; 2BUS A; 1AYC A; 3QWP A; 3UFF A; 3TO7 A; 1FBZ A; 2OZU A; 1CSO I; 2Y0M A; 5HKY A; 3IN8 A; 4U17 A; 3VS7 A; 2Y1M A; 4XZ0 A; 1O4J A; 4P9Z A; 3WA4 A; 1OO3 A; 2RC4 A; 1JYQ A; 3OXL A; 5DC4 A; 2JA1 A; 1AD5 A; 2OD1 A; 1O47 A; 3GQI B; 3TL0 A; 5FUX A; 5EEQ A; 1V1H A; 1B47 A; 3LYV A; 1KA6 A; 4FL2 A; 1LR7 A; 3CXL A; 3R5A A; 3VDP A; 1BHF A; 4F59 A; 2B3O A; 1Z2I A; 3HH2 C; 2K79 B; 1OW3 A; 2ROW A; 1BHH B; 2HDX A; 2KMO A; 1A81 A; 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