The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
71
|
sequence length |
226
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structure length |
226
|
Chain Sequence |
APCQNHHCKHGKVCELDENNTPMCVCQDPTSCPAPIGEFEKVCSNDNKTFDSSCHFFATKCTLEGTKKGHKLHLDYIGPCKYIPPCLDSELTEFPLRMRDWLKNVLVTLYERDEDNNLLTEKQKLRVKKIHENEKRLEAGDHPEKNYNMYIFPVHWQFGQLDQHPIDGYLSHTELAPLRAPLIPMEHCTTRFFETCDLDNDKYIALDEWAGCFGIKQKDIDKDLVI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure and mapping by site-directed mutagenesis of the collagen-binding epitope of an activated form of BM-40/SPARC/osteonectin.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Extracellular module
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
BASEMENT MEMBRANE PROTEIN BM-40
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| total genus |
71
|
| structure length |
226
|
| sequence length |
226
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1997-12-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00050 | Kazal_1 | Kazal-type serine protease inhibitor domain |
| A | PF09289 | FOLN | Follistatin/Osteonectin-like EGF domain |
| A | PF10591 | SPARC_Ca_bdg | Secreted protein acidic and rich in cysteine Ca binding region |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2SAS A; 4D1E A; 1AK8 A; 4E68 A; 1EL4 A; 1M8B A; 1TOP A; 3PAT A; 5JOL A; 1DJG A; 2KMO A; 1RWY A; 4OV2 A; 4YI9 A; 2CXJ A; 1VRK A; 3FWC A; 3TS5 C; 1WRK A; 1AHR A; 2KGR A; 4UPG A; 1PSR A; 2AAO A; 4XJK A; 3K21 A; 4CPV A; 1NCX A; 1YUR A; 1OE9 B; 1JWD A; 1SR6 B; 5DAE A; 1CLL A; 1DJH A; 4MN0 A; 2LMV A; 4DUQ A; 1XFU O; 1DF0 A; 1XVJ A; 2LVK A; 4N1G A; 2GGM A; 2IS9 A; 1XK4 C; 2M8U A; 4MVF A; 1SGD I; 1IG5 A; 2A4J A; 1Y1B A; 3IQQ A; 4CFR A; 1F8H A; 1FBV A; 4I5J A; 2N17 A; 5FYX A; 2NLN A; 2O5G A; 2OTG B; 1NX0 A; 3DD4 A; 3OX5 A; 2NCP A; 3I5F C; 2K61 A; 2ZRS A; 3WNX B; 1CT2 I; 3SIB A; 1FPW A; 4F0Z B; 1XFY O; 1CSO I; 1KFU S; 1OZO A; 1PAL A; 1Z7K B; 3GK2 A; 5HYD A; 1SKT A; 3OB2 B; 1BOD A; 1XFV O; 4NQG A; 2HF5 A; 2F3C I; 1QLK A; 3WHU B; 4JQ0 D; 4NDD A; 2F3Z A; 1NYA A; 2LCP A; 3F45 A; 1R0R I; 2LC5 A; 4AOM A; 5I2L A; 1BF5 A; 2WOS A; 5CSF A; 1WDC B; 1X02 A; 2MLF C; 3EVR A; 2H61 A; 1QIW A; 4ORA B; 1UWO A; 2KYF A; 2L51 A; 2M9G A; 1NX1 A; 3DVK A; 4I5N B; 2I18 A; 2G9B A; 1AP4 A; 1EXR A; 3CZT X; 2B1U A; 1QX5 B; 1XYD A; 3I5H B; 4GAO A; 1DTL A; 2V53 A; 2B0U C; 1PK0 D; 2NU2 I; 1A75 B; 1SGN I; 1TGS I; 2LHL A; 4GFT A; 1K96 A; 1JFK A; 1M31 A; 1OMD A; 3SEK C; 4YGC B; 1BU3 A; 2P6B B; 3I5I C; 2K7B A; 3VRP A; 3NSL A; 3TDI A; 2M29 A; 2BBM A; 3EK8 A; 5HKZ A; 1BLQ A; 1TUS A; 2GKT I; 1A03 A; 1ZAC A; 4PHN A; 2OS8 B; 2KHN A; 3CR5 X; 4YGD B; 5HLO A; 1XFZ O; 3GK1 A; 1A4P A; 1SGP I; 2F33 A; 2KNE A; 1L2O B; 1N2D A; 2F3Y A; 3DF0 A; 4WQ2 A; 3H4S E; 4YRU A; 3D10 A; 2NXQ A; 4PDZ A; 4P5O E; 1EG3 A; 1K9U A; 4BY5 A; 1K9P A; 4CFQ A; 1RFJ A; 1HDL A; 3NSK A; 1ALW A; 1SY9 A; 1CFP A; 1CT4 I; 1B8C A; 1MR8 A; 1MXE A; 1QV0 A; 1SCM B; 3C1V A; 1CHO I; 2L4H A; 5JHW C; 5BPJ A; 2KAV A; 4C0L A; 4OVO A; 4YGE B; 5K89 A; 4PAL A; 4ICB A; 4DRW A; 1MWN A; 2FOT A; 1J7O A; 1UHH A; 2JZM A; 3LLE A; 3NXA A; 4MZJ A; 1KK7 Z; 1YVL A; 4R1E A; 1LR8 A; 1AVS A; 1REC A; 1OSA A; 4PHJ A; 1SGE I; 1K9K A; 1M46 A; 3EK7 A; 4BY4 A; 2KAY A; 3BUW B; 1NPQ A; 1A75 A; 4CLN A; 3CTN A; 3CWG A; 4GGN A; 4N5X A; 4A4C A; 1ZFS A; 2QPT A; 1J1D A; 1W7J B; 2JUL A; 1YVH A; 2MHH A; 2ZND A; 3ICB A; 2JT3 A; 3SG6 A; 1GGZ A; 1JF2 A; 2TN4 A; 1HQV A; 1S36 A; 2DOQ A; 1MT1 A; 2LVJ A; 3JVT B; 5KTY A; 1B7T Z; 1DJX A; 4USL A; 1SMG A; 2Q91 A; 5J3X A; 3LK1 A; 3LCP C; 3SJS A; 1IRJ A; 4JPZ B; 2Q4U A; 3SG4 A; 1TNX A; 2NCO A; 4GGF A; 1F4O A; 1SBJ A; 2I7A A; 2ARP F; 3WHT B; 1F54 A; 3IQO A; 4WQ3 A; 3FS7 A; 2K2A A; 3TS5 B; 3D0Y A; 1R2U A; 4M2Q A; 1CKK A; 4CID A; 2VRG A; 2LE9 B; 1UP5 A; 2JZI A; 2KDH A; 4MZL A; 2BCA A; 5DKQ A; 2M7L A; 1U5I B; 1QTX A; 1UHJ A; 1IJ5 A; 2ZRT A; 5CSI A; 1IQ3 A; 1IW4 A; 1IY5 A; 1SK6 D; 1CDP A; 3A8R A; 2KOT A; 4GPL B; 3SIA A; 1AUI B; 1K8U A; 2LVV A; 2BE6 A; 3B4V C; 3QTL D; 2KBM A; 4U8D A; 1K94 A; 1TNQ A; 3I5F B; 4SGB I; 5AER A; 2M97 A; 1DMO A; 3SG7 A; 2COL B; 1DS2 I; 3TDZ A; 3VRN A; 4QJ3 B; 1YUT A; 1BR1 B; 4DS7 A; 2MA2 A; 2KYC A; 3PLF B; 4MZK A; 1WLZ A; 4WRI A; 1K95 A; 2WC8 A; 2LAP A; 1BT6 A; 2K7D A; 1J1E A; 1DJW A; 1M63 B; 1YUS A; 2M1U A; 2G2B A; 2LUX A; 4ETO A; 2Y5I A; 1BOC A; 3DVM A; 1LA0 A; 2LUC A; 1PCE A; 4MBE A; 1H4B A; 4PE0 A; 2HET A; 4ORC B; 5CPV A; 1IQ5 A; 2MLE C; 4MEW A; 2JT8 A; 4GUK A; 3VRO A; 5AEQ A; 5B8I B; 1GJY A; 1AJ4 A; 2JYY A; 4HRE E; 3AAJ A; 1C07 A; 2H61 C; 1Y1C A; 1BMO A; 4OVN F; 1OMU A; 1J55 A; 1GGW A; 3HX4 A; 1CFC A; 4NDB A; 1BJF A; 5F6T A; 2N71 A; 2LP3 A; 1PVA A; 5AFP A; 2JXD A; 2KMR A; 3DVJ A; 1S26 D; 2JQ6 A; 3EVV A; 2AMI A; 5DKN A; 5DKR A; 3I5I B; 1QX7 A; 4A4B A; 1N0Y A; 1CLM A; 1NUB A; 4NDC A; 1UHK A; 1EJ3 A; 3I5G C; 5HLV A; 2NU4 I; 2JRF A; 3AKB A; 1JC2 A; 3SGQ I; 5G08 A; 3EVU A; 3EK4 A; 4M2O A; 1N65 A; 1K93 D; 1S6C A; 2KI4 C; 1KK8 C; 4DIR A; 3MSE B; 5KSZ A; 4JWQ A; 1TRF A; 1FI5 A; 2M49 B; 1NCZ A; 3E3R A; 1QAS A; 4MSP A; 1CE3 A; 1B4C A; 1QVI Z; 3SG5 A; 1DGV A; 1KQV A; 1JFJ A; 5PAL A; 1Y0V H; 1IWQ A; 3TDU A; 2GGZ A; 3GOF A; 1XFW O; 2LMU A; 3A4U B; 1UVG A; 1S6I A; 1NP8 A; 2KMP A; 1SYM A; 2KAX A; 1SL7 A; 2OVO A; 2MJW B; 3CR2 A; 4PE4 A; 1KQM C; 1CDL A; 2LM5 A; 3BOW B; 1OZS A; 2CNP A; 3BUX B; 1F70 A; 3O2P A; 2K7C A; 2GKV A; 1KWO C; 2CCM A; 3WXA A; 1B1G A; 1CDM A; 2HPS A; 1TNP A; 5IBW A; 2BEC A; 1EG4 A; 2CTN A; 1DVI A; 2H2K A; 2AUC A; 1OQP A; 1LKJ A; 1L7Z A; 1MF8 B; 2D8N A; 1XA5 A; 1LR7 A; 3KO0 A; 1OVO A; 1OYV I; 1UUS A; 2WCF A; 1S3P A; 2L0P A; 2M0R A; 3PAL A; 1S5G Z; 4C0J A; 3TJQ A; 1WY9 A; 1IGV A; 1KSM A; 2MBX A; 2N52 A; 2F8P A; 3BQ3 A; 1C7V A; 4GBA A; 2L5X B; 4TNC A; 2PMY A; 1BUS A; 1KFX S; 2BCX A; 4GI3 C; 2BL0 C; 1CFD A; 5KU1 A; 1ZOT B; 3KF9 A; 2NZ0 A; 1IY6 A; 1QXP A; 1K90 D; 1UVF A; 4YGA A; 4N1F A; 3AKA A; 1J7P A; 2LV7 A; 4M2P A; 5I8N A; 4L9M A; 1WRZ A; 1AN1 I; 1SRA A; 1NIW A; 2M7N A; 3DVE A; 5GQQ C; 2ZFD A; 3M0W A; 4FTG A; 3LL8 B; 2JWW A; 1TBR R; 1TBQ R; 1YRT B; 2K7O A; 4GGF C; 4YI8 A; 1QIV A; 2HQW A; 4AQJ A; 1BR4 B; 2KI6 C; 2KQ6 A; 5ER4 X; 1PSB A; 2Y4Q A; 1LR9 A; 3CGA A; 1TUR A; 1PPF I; 3PM8 A; 3PFV A; 2EC6 C; 1DJY A; 2KGB C; 1A29 A; 2KI6 D; 1G4Y R; 1DS3 I; 1YU6 C; 1QLS A; 1SW8 A; 1JSA A; 3KHE A; 3EKJ A; 1DF0 B; 1WRL A; 2L2E A; 2E30 A; 1UHI A; 2I2R E; 2O60 A; 3KPX A; 1PVB A; 2K8M B; 1TTX A; 1ODB A; 2OPO A; 2CT9 A; 2KFG A; 1ZUZ A; 3VRR A; 2EGD A; 1M39 A; 1OMT A; 1MXL C; 1N13 A; 1KFU L; 5ER5 A; 2L98 A; 2SGF I; 1A2X A; 2MRD A; 2JU0 A; 1K2H A; 1F71 A; 2QQD A; 4FQO A; 1JUO A; 4AQI A; 2RGI A; 1H8B A; 2NU3 I; 3CLN A; 1KK7 Y; 2BUS A; 4QJ5 B; 2K0J A; 2ISD A; 1IKU A; 3OP0 A; 1S1E A; 1KSO A; 1SGQ I; 5HKW A; 2CBL A; 1AJ5 A; 2Y1N A; 1OOJ A; 4C0K A; 3HH2 C; 1OMR A; 1FW4 A; 1J7R A; 1DT7 B; 3KEV A; 3TUY C; 2WCB A; 3PSR A; 1NCY A; 3FIA A; 1FI6 A; 4PHM A; 1CM1 A; 1B7T Y; 3JTD C; 4PE7 A; 2LAN A; 5AAN A; 3RM1 A; 1Q80 A; 4OKH A; 2I94 A; 3IF7 A; 1WLM A; 1KCY A; 3PN7 C; 1IH0 A; 1HT9 A; 1GQM A; 2PSR A; 5AXI A; 4I5L B; 2JNX A; 2SGQ I; 1SNL A; 3RLZ A; 1C7W A; 3SG3 A; 1YTP A; 2MAZ A; 2FCE A; 3I5G B; 1UHN A; 1RRO A; 4HRG A; 1DGU A; 2EHB A; 1FF1 A; 2KI4 B; 2LP2 A; 1KK8 B; 2PVB A; 2JXL A; 1PRW A; 1M45 A; 1U5I A; 4PE1 A; 4MRY A; 1OMV A; 1J7Q A; 3NSI A; 2BKI B; 4XYN A; 2KCX A; 3CR4 X; 2JXC A; 1D1O A; 1TNW A; 4HGU A; 1XK4 A; 4P2Y B; 4Q04 A; 3LK0 A; 1SR6 C; 1DJZ A; 1QAT A; 1Y1U A; 1CTR A; 2JTT A; 2LVI A; 1RK9 A; 3DF0 B; 4OCI A; 2SGE I; 3TZ1 A; 1CGJ I; 1YX7 A; 2BE4 A; 1PJU A; 1PUL A; 2R2I A; 1KQM B; 1B9A A; 2GKR I; 2FJU B; 3OVO A; 2E6W A; 2Y1M A; 3HCM A; 2PAL A; 2KQY A; 1G8I A; 2KBI A; 4PCW A; 1KWO B; 1YUU A; 1CGI I; 3SGB I; 2OTG C; 3BUO B; 1UUR A; 5D7F A; 1QV1 A; 1LIN A; 1KFX L; 1YRU B; 2M5X A; 4HRH A; 1JF0 A; 2KMQ A; 1V1F A; 1QX2 A; 2WOR A; 3GK4 X; 4ZCU A; 1CNP A; 2KFH A; 1SGR I; 2L50 A; 1Y1A A; 2JTZ A; 2BKH B; 2ZN8 A; 1SL8 A; 3VGO A; 4OR9 B; 3O78 A; 2BL0 B; 1SL9 A; 5JJG A; 2LLT A; 1TCO B; 1SGY I; 1Y6W A; 2LMT A; 1S6J A; 1NWD A; 2JT0 A; 3AAK A; 1WDC C; 1CDN A; 3ZNI A; 4YGB B; 1JBA A; 1YX8 A; 1MUX A; 5TNC A; 2ERW A; 1KMA A; 4DCK A; 1LVC D; 1RJV A; 2SGD I; 4QJ4 B; 2WCY A; 2ZNE A; 1F55 A; 1XO5 A; 2L4I A; 3I5H C; 2LLS A; 2SGP I; 1B8L A; 1TCF A; 1HPT A; 1TN4 A; 2ZN9 A; 5I2Q A; 4IL1 A; 3EKH A; 3D0Y B; 1DJI A; 3VRQ A; 1CT0 I; 1FYB A; 2EC6 B; 1RTP 1; 1SCV A; 1NX3 A; 1SPY A; 2BCB A; 1IJ6 A; 1UUC A; 1ALV A; 2GV5 A; 4MRX A; 1F4Q A; 1LXF C; 3CS1 A; 1QVI Y; 1YTZ C; 2LNK A; 2LLU A; 3NSO A; 3FWB A; 1TIH A; 2FCD A; 1W7I B; 2M3W A; 1YR5 A; 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