2DKVA

Crystal structure of class i chitinase from oryza sativa l. japonica
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
298
structure length
286
Chain Sequence
EQCGAQAGGARCPNCLCCSRWGWCGTTSDFCGDGCQSQCSGCDGVGSIVPRDLFERLLLHRNDGACPARGFYTYEAFLAAAAAFPAFGGTGNTETRKREVAAFLGQTSHETTGGWPTAPDGPFSWGYCFKQEQNPPSDYCQPSPEWPCAPGRKYYGRGPIQLSFNFNYGPAGRAIGVDLLSNPDLVATDATVSFKTALWFWMTPQGNKPSSHDVITGRWAPSPADAAAGRAPGYGVITNIVNGGLECGHGPDDRVANRIGFYQRYCGAFGIGTGGNLDCYNQRPFN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords chitinase
publication title Structure of full-length class I chitinase from rice revealed by X-ray crystallography and small-angle X-ray scattering
doi rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 99
structure length 286
sequence length 298
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2006-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00182 Glyco_hydro_19 Chitinase class I
A PF00187 Chitin_bind_1 Chitin recognition protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dkvA02
3.30.20.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Endochitinase; domain 2 Endochitinase, domain 2 2dkvA03
3.30.60.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 Endochitinase-like 2dkvA01
2HEFA 1UBZA 4B49A 5F14A 5LVHA 1JUGA 3LHMA 3D9AC 4NSHA 4Z46A 4B4EA 5I4YA 4PJ2C 1KIPC 1YAOA 4DD1A 2Z19A 3A6CY 2CDSA 1QTKA 4M4OA 1JWRA 1GF8A 1LZSA 1LYYA 1LSFA 4NHTA 5B59A 2X52A 3AW6A 5FHWA 3A8ZA 4PRUA 2CGIA 4W96A 1B5UA 1IP2A 4D9ZA 2FBBA 2GV0A 3EBAB 4WM5A 1JPOA 1REZA 5APCA 1LHMA 1LZ1A 4NHIA 5C6IA 5LXWA 1AKIA 3MGWA 2BQHA 3B0IA 2BQNA 5FCPA 2LHMA 2MEHA 2Z12A 4GCEA 1AZFA 4PRQA 2MEIA 1LSCA 1GE4A 5L3IA 3J4GA 4XJBA 2XTHA 1QTEA 1VDPA 1BB5A 4LZTA 4NGVA 3W6BA 193LA 2Z2FA 2A7DA 3TXEA 1MELL 5B06A 5C6LA 3WPLA 7LYZA 4HJYA 1LZCA 1GBWA 1GD6A 1FBIX 4LYMA 5APFA 5LA8A 1HFYA 1C10A 1WQOA 4WM1A 1ALCA 3RZ4A 1GFEA 1GFTA 5DN4A 1GBYA 3RNXA 3N9EA 4RLMA 1I20A 1C7PA 1AT6A 1LZAA 2ZQ3A 1RI8B 1WQPA 1N4FA 1XFPL 3IWRA 3AW7A 1WQNA 4NHSA 4DD0A 4Z3MA 3W6CA 4L41A 2LYOA 1XEJA 1LSGA 1GPQC 4WM2A 1KIRC 1LHHA 3B0KA 3FE0A 4NGZA 4QDNA 2ZYPA 1XGPC 5LVJA 1IOSA 3TMXA 1PS5A 1E8LA 1LMAA 1JJ0A 3M3UA 4WG7A 4CHXA 1UA6Y 1IP6A 1UUZC 1MLCE 1EQ5A 1TEWA 1LMOA 4HP0A 1LSYA 3RT5X 2Z18A 9WGAA 1C45A 5APDA 4NWHA 1GFJA 4NWEA 4OWBA 4WG1A 5I53A 1WTMA 207LA 2BQAA 4H90A 4RW1A 4TTDA 1IOCA 2LZ2A 3EO5A 2DBTA 3A92A 1TAYA 1VDTA 2C8PA 1JTTL 1DPWA 1LPIA 1ULMA 1LZ5A 2ZWBA 4TX7A 1LKSA 4ET9A 1FLYA 1GEZA 1NBYC 2I26L 1IC5Y 2YBMA 4HSFA 5I54A 4HJZA 1VAUA 4HPIA 1IP1A 5M1YA 1IC7Y 2DQDY 1T6VL 1WVVA 2WARA 1IR9A 6LYTA 2HEBA 1UIHA 7WGAA 3TXHA 3RW8A 1IWUA 1C46A 4MCKA 1GF6A 2W1XA 4WM4A 1B2KA 4X3BA 1D0MA 1CKGA 3A96A 2BQMA 4YOPA 5IELA 1JJ3A 1F10A 4EMNA 3WUAA 1TDYA 5LVKA 1LJEA 1ZVHL 4RDSA 4YENA 4MPIA 1LJ4A 2YBHA 4GCCA 4DD3A 1LZ6A 5B1GA 1OUIA 4RW2A 4LYOA 4WLDA 1GFHA 4LGKA 1GB6A 2ZQ4A 3A6BY 1IEEA 1OUCA 1ZV5L 5HMJA 2BQIA 4BS7A 1UICA 4ETDA 5LINA 1EQEA 1K7VA 4Z98A 1LJHA 1BB4A 1BWHA 1P9GA 1FLUA 2FYCA 4DDBA 3AGGG 1LCNA 2CJLA 1B7NA 1BVXA 3T6UA 2Z2EA 3W6FA 1CJ8A 2N5ZA 1FLQA 1HSWA 2F4AA 2Y8PA 4N5RA 1HELA 3TMVA 1LZNA 4WOAA 1NKHA 2YBJA 1XSFA 4W94A 2EKSC 4XJHA 4AMLA 5LVGA 1BWIA 1XGRC 4I8SA 4KPMA 1B7MA 4DWXA 5B07A 1BHZA 1HENA 2HEAA 1HHLA 1YILA 2XBRA 2MECA 4TUNA 1IC4Y 1LSBA 2LYMA 2HTXA 1IY4A 1NF5A 1LYSA 1IY3A 1YKYX 4H9HA 1NDGC 1B5XA 1LJGA 2G4NA 2LB7A 4LFXA 5A3EA 1IORA 5LA5A 4NG8A 1REMA 1LSEA 1CKDA 5F9XA 4C5FA 1OUFA 1CJ6A 1WGTA 4G49A 4NG1A 1B9OA 5I4WA 1DI4A 3K3TA 3P66A 2CWIA 4LYBA 5KKIA 1H87A 5IDDA 3LZ2A 3QNGA 4H9EA 4N8ZA 4ET8A 4UWVA 4XENA 1EL1A 1LJIA 1IP4A 4H8ZA 5HMVA 1GXV2 1QSWA 4E3UA 1GE1A 1DI3A 1FKVA 1CNSA 3TXDA 1A4VA 1LZYA 4XADA 3N9AA 2YBIA 1CJ9A 4H9BA 4ML7A 1LJJA 4G4CA 1K7UA 1INUA 3G3AB 1LZ8A 1FN5A 1QUTA 5F81A 1GFKA 1B7RA 3QE8A 4WM3A 1RE2A 1HERA 5KXNA 1C43A 4OWEA 3A90A 1DKJA 5KXOA 5LAGA 1LZ4A 1I56A 5AMYA 4WO9A 3W6DA 3WVXA 3EMSA 3WUMA 4NIJA 2BQJA 5F9UA 5L3HA 1HF4A 1JITA 4PHIA 1LOZA 3WU9A 4NY5A 1LMCA 3CT0A 3CSRA 4WL7A 5EBHA 3TMUA 1GDXA 3WXTA 1BB7A 4PGJB 1VEDA 1WTNA 1B5VA 4HPEA 3SP3A 1YIKA 1B5ZA 4LFPA 4LT1A 5FSTA 1D0LA 2W1LA 4CFPA 3AJNA 1JTPL 3A67Y 4N9RA 1LHJA 4XYYA 3AZ4A 1CKHA 1OUEA 4NGKA 3AZ5A 5KKJA 1RFPA 4YEMA 2IHLA 1NQIA 1LAAA 4DT3A 1BB3A 1OUGA 2DQJY 1P2CC 1HMLA 1WKXA 5FEKA 3OJPA 4KT3A 5KXXA 1IX0A 1HEMA 2D4KA 1NDMC 1YROA 4G9SA 2YBLA 132LA 4YEOA 5T3FA 3F6ZA 5DM9A 3AZ7A 134LA 154LA 1GF0A 5HNCA 4HV1A 4OWHA 4UWUA 1T3PA 4NSIA 4DD9A 3ATOA 1B7OA 1AT5A 1YKZX 4O34A 1YKXX 3CQLA 4H9IA 1DKKA 2C8OA 3HFMY 4TWSA 6LYZA 4XJDA 2Z38A 1NHEA 4HJVA 8LYZA 1JEFA 2DQFC 1QDTA 3HBEX 4GCFA 3IJUA 4H93A 4WO6A 1GB5A 2F30A 1F6RA 3BKHA 4ETEA 4LT2A 4B4IA 2FBDA 5K7OA 1ZMYL 1GXXA 2NWDX 4AGAA 5HLLA 4N1EI 1SQ2L 5DN5A 2DQIY 1LZDA 2ZNXY 1JKAA 1OUJA 3E3DA 3WU7A 1B7SA 1HNLA 1J1PY 1P9ZA 3A94A 4I0CA 5F16A 1GB2A 2DQGY 2G4QA 2X3TA 1UHAA 4DD7A 194LA 4HTQA 1WGCA 2D4JA 1D9UA 2MEFA 3WH1A 4H91A 1OUBA 1UIEA 1GF3A 1HEOA 3LYTA 1JJ1A 1GB9A 1JTOL 1O23A 1LSNA 4H9CA 4DD2A 1GAZA 1GBOA 3GXRA 3WUNA 1WQRA 4ANRA 1GAYA 3TXJA 1VFBC 3HBDA 1LJ3A 2HU1A 1UIAA 4BADA 1D6PA 1REYA 3A3QA 1GFUA 4QGZA 4YM8A 5A3ZA 1F6SA 2ZYCA 1OP9B 3HBHA 4GN4A 3QY4A 4J7VA 4M6DA 5HNLA 1KXXA 3WW6A 4XJGA 1LSPA 3CB7A 4XJIA 1B7LA 1QQYA 4G4HA 1VATA 1W6ZA 3ZVQB 1GB8A 1WQMA 4HTNA 4XN6A 4P2EA 4CJ2A 4GLAA 1IWTA 3WPKA 4TSCA 4TSBA 1F0WA 1GE0A 4NHQA 1H6MA 1LZGA 1YQVY 2H9KA 1QUSA 2LYZA 5KY1A 2BAAA 2XBSA 5JENB 1XGUC 1UC0A 3CSQA 1FLWA 4GN3A 2MEDA 1GB7A 4ZFPA 4WLYA 4WMGA 1YL1X 1LZRA 4NFVA 2Q0MX 2RSCA 5LYZA 4RLNA 3M18B 1EQ4A 3P68A 4LYTA 4YF2A 5I5QA 1IWZA 1XGQC 1W08A 3N9CA 4H8YA 1IP7A 1GFAA 4HTKA 4GLVA 1AM7A 5KXKA 1GFGA 2BLXA 4NSJA 2BQOA 1LHIA 1QSAA 4WLXA 3A3RX 2DQAA 4NSGA 1BVKC 4A7DA 1PZYA 1G7IC 3P64A 4J0LA 4J1AA 4LYZA 4NGLA 3RU5A 2HECA 4B4JA 4B0DA 2H5ZA 4DC4A 4XJFA 4MSTA 1DZBX 5LYTA 3WL2A 3TXBA 3ULRA 2DKVA 4IATA 4LT0A 1G7LC 1TBYA 2BQCA 5LYMA 3CSZA 1IP5A 1LSDA 4ZIXA 1IWVA 1VDQA 1GF7A 4NGOA 3ATNA 3WXUA 4ETBA 1VDSA 1GEVA 4H92A 1B7QA 1YANA 3A91A 1LMNA 3TXFA 1LJNA 1UCOA 1J1XY 3WPJA 4CGEA 3AYQA 2EQLA 3OK0A 1GDWA 2W1MA 5IHGA 4LYCA 2PC2A 3D3DA 4BAFA 1Z55A 1WQQA 1JKDA 2IFFY 1GF4A 2ZIJA 3B6LA 3T36A 4B1AA 2DQEY 3B72A 1K7TA 2CWGA 2MEEA 1JKCA 1G7MC 1QIOA 2Z39A 1YAQA 1GFVA 5KXRA 1B5YA 208LA 5B1FA 3ZVQA 4II8A 5ILCA 3WW5A 1IVMA 1YL0X 3LYZA 1B0DA 4ZEEA 3W3EA 2F4GA 3W6AA 2BQBA 5ILFA 4PPOA 4DYGA 2MEGA 1G7HC 1GB0A 2BQDA 2HU3A 2HEDA 1LZEA 1LMTA 1LYOA 3LYOA 2Z37A 4GCDA 5DLAA 2EPEA 4C3WA 4IASA 1GBZA 2W1YA 1LMQA 1V7TA 3CT5A 5KXYA 2YVBA 1IP3A 1ULNA 3P65A 4GCBA 1JIYA 5KXZA 4GN5C 4R6CA 1UIBA 4DDCA 5D5FA 2BQEA 2I25L 3B0OA 3TXGA 1IR8A 153LA 2DQHY 2I6ZA 1HSXA 2MEBA 1OQMA 2YDGA 1LSMA 4AXTA 5HQ1A 4H94A 5KXPA 4DDAA 1UACY 1JISA 5C6JA 1XEKA 4NGIA 3A93A 1DPXA 2YSSC 2EIZC 5D5CA 1IWXA 1YAPA 2YBNA 4QY9A 1D0KA 4WM6A 1XGTC 1A2YC 1OUAA 2ZNWY 1NMMA 1JSEA 1KIQC 1IO5A 1YAMA 3AZ6A 1CKFA 3EXDA 1BQLY 5B05A 2ZIKA 4U3XB 1B5WA 3P4ZA 5KXWA 1ULKA 1OUHA 5FELA 3TMWA 1RJCB 1LHLA 2AUBA 1GE2A 1IOQA 1LTMA 3LYMA 2MEAA 4OWAA 5KXTA 4CFOA 2X0AA 9LYZA 5L9JA 4WL6A 1D6QA 4WLTA 4OOOA 2UVOA 1HFXA 2BPUA 4LT3A 1BB6A 1CKCA 3WVYA 5J7CA 1JKBA 1V7SA 3J6KA 5LVIA 1HEWA 1OUDA 4NHPA 5KJ9A 2BQFA 4ETAA 2HEEA 3ZEKA 3WULA 1ZVYB 1GB3A 1HEQA 1LYZA 4NEBA 4J1BA 1GF9A 1DI5A 4IJ4A 4KL7A 4HV2A 3LZTA 133LA 1IIZA 2LZTA 2B5ZA 4OWCA 4FDYA 1RCMA 1NWGA 4EOFA 4BAPA 1LZBA 1TCYA 1WVUA 3CT1A 3LN2A 3G3BB 1XEIA 1CJ7A 3FI7A 2VB1A 4G4BA 5KXMA 1LJFA 3WYHA 2BLYA 4H1PA 4NGJA 4NGWA 1LJKA 1BGIA 1GF5A 2D4IA 2FYDA 4H8XA 3AB6A 4QEQA 1GWDA 1UIGA 3BKVA 3A95A 4N0JA 1GBXA 1HFZA 1FKQA 1LKRA 5LAFA 1DXJA 1NBZC 5DL9A 2D6BA 1I1ZA 1Q9BA 2D91A 1GHLA 1IWWA 4WP4A 3KAMA 4MR1A 2XJWA 1FDLY 1LMPA 4ETCA 1HEVA 2HUBA 3A34A 1BWJA 1SLYA 1JSFA 2BQLA 4KXIA 4OOTA 1REXA 135LA 1UIFA 1QDRA 1J1OY 1LHKA 2DQCY 3WMKA 3IJVA 4UWNA 1UIDA 5FDJA 3VWOA 5APEA 3AGHA 1HMKA 4N1CC 4R0FA 5KXSA 3TXKA 5KXLA 3W6EA 1JHLA 4FJRA 1IOTA 3AGIA 1LZTA 3GXKA 2WGCA 1B7PA 4NGYA 4H9FA 1G7JC 1GE3A 4Z41A 1C08C 1IR7A 1KXYA 1IWYA 2F2NA 1LZ9A 1HEPA 4OW1A 5E9RA 5E4PA 5LIOA 2A7FA 4H9AA 3TXIA 3WU8A 5II3A 1DQJC 5I4XA 1LSAA 1LSZA 2H9JA 2G4PA 1KXWA 2BQKA 2BQGA 1GFRA 1HC0A 1GBSA 2ZILA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z46A 1I6SA 3D9AC 1L76A 1L77A 171LA 2CDSA 3CDQA 1LZSA 1LYYA 3HUKA 1L25A 3A8ZA 4W96A 222LA 1IP2A 4D9ZA 140LA 236LA 5APCA 1LHMA 4NHIA 2YUUA 3B0IA 1SGPI 226LA 2BQNA 5CCLA 5FCPA 4YXAC 4PRQA 1L10A 1LSCA 197LA 4XJBA 1BB5A 1L12A 233LA 2A7DA 5B06A 7LYZA 1GBWA 1L29A 1L56A 3RZ4A 6LZMA 1C7PA 1L28A 1WQPA 1N4FA 1XFPL 4DD0A 3AW7A 3DMVA 1GPQC 3B0KA 4NGZA 3HWLA 1XGPC 170LA 185LA 1PS5A 1E8LA 1L84A 2O7AA 1UUZC 1L14A 1MLCE 3R5DA 1EQ5A 1LMOA 4NWEA 1L48A 1L18A 1WTMA 4H90A 4TTDA 3OE6A 1IOCA 3A92A 4TX7A 1LKSA 1L53A 4HJZA 1VAUA 4HPIA 1WVVA 1TBNA 3TXHA 1C46A 138LA 2W1XA 4MCKA 1B2KA 4X3BA 2FNFX 4GBRB 2BQMA 3HTDA 4YENA 2ELIA 4GCCA 4WLDA 4LGKA 1GB6A 2ZQ4A 5HMJA 1UICA 1L0KA 3DNAA 1JTMA 5LINA 4Z98A 1BB4A 1BWHA 1FLUA 4DDBA 1HDLA 1Y8FA 1FLQA 2OE9X 1SX2A 5LVGA 1XGRC 4DWXA 1CV0A 1SWYA 1HHLA 1IC4Y 5FUWA 2LYMA 2E5RA 1IY3A 1NDGC 1LJGA 2G4NA 3HH6A 4I7QA 4NG8A 1CKDA 4C5FA 1OUFA 1WGTA 1C6EA 1TBRR 5J8FA 1B9OA 239LA 4H9EA 2L78A 1GXV2 3TXDA 1LYJA 2OD1A 3N9AA 1CV6A 4H9BA 5F81A 1GFKA 5KXNA 125LA 4OWEA 5AMYA 181LA 3EMSA 2BQJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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