The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
216
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sequence length |
740
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structure length |
740
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Chain Sequence |
SLYREIHQLISFKDVLPDKNLLPDWSSNKNPCTFDGVTCRDDKVTSIDLSSKPLNVGFSAVSSSLLSLTGLESLFLSNSHINGSVSGFKCSASLTSLDLSRNSLSGPVTTLTSLGSCSGLKFLNVSSNTLDFPGKVSGGLKLNSLEVLDLSANSISGANVVGWVLSDGCGELKHLAISGNKISGDVDVSRCVNLEFLDVSSNNFSTGIPFLGDCSALQHLDISGNKLSGDFSRAISTCTELKLLNISSNQFVGPIPPLPLKSLQYLSLAENKFTGEIPDFLSGACDTLTGLDLSGNHFYGAVPPFFGSCSLLESLALSSNNFSGELPMDTLLKMRGLKVLDLSFNEFSGELPESLTNLSASLLTLDLSSNNFSGPILPNLCQNPKNTLQELYLQNNGFTGKIPPTLSNCSELVSLHLSFNYLSGTIPSSLGSLSKLRDLKLWLNMLEGEIPQELMYVKTLETLILDFNDLTGEIPSGLSNCTNLNWISLSNNRLTGEIPKWIGRLENLAILKLSNNSFSGNIPAELGDCRSLIWLDLNTNLFNGTIPAAMFKQSGKIAANFIAGKRYVYIKNDGMKKECHGAGNLLEFQGIRSEQLNRLSTRNPCNITSRVYEGHTSPTFDNNGSMMFLDMSYNMLSGYIPKEIGSMPYLFILNLGHNDISGSIPDEVGDLRGLNILDLSSNKLDGRIPQAMSALTMLTEIDLSNNNLSGPIPEMGQFETFPPAKFLNNPGLCGYPLPRC
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Molecular mechanism for plant steroid receptor activation by somatic embryogenesis co-receptor kinases.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
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| molecule tags |
Steroid binding protein/protein binding
|
| source organism |
Arabidopsis thaliana
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| total genus |
216
|
| structure length |
740
|
| sequence length |
740
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2013-07-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00560 | LRR_1 | Leucine Rich Repeat |
| A | PF08263 | LRRNT_2 | Leucine rich repeat N-terminal domain |
| A | PF13855 | LRR_8 | Leucine rich repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dna Ligase; domain 1 | Dna Ligase; domain 1 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Horseshoe | Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) | Ribonuclease Inhibitor |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4Y61 B; 2JQD A; 4XOS A; 5GMH A; 1G9U A; 2P1M B; 4K17 A; 4J4L A; 1XEU A; 4Q3G A; 1O6V A; 4MN8 B; 1XKU A; 4IM6 A; 3RW6 A; 4R6G A; 3G3A A; 3ZYJ A; 4KNG A; 3C6N B; 3WPG A; 4U08 A; 4B8C D; 5D3I A; 1P8V A; 1FT8 A; 3ULV A; 3RFS A; 2V9T B; 2Z81 A; 1K5D C; 1XWD C; 1M9L A; 5AWC A; 3W3G A; 4U7L A; 4QC0 A; 4R07 A; 4Z61 C; 3KJ4 A; 2UZY A; 3GOZ A; 1A9N A; 4H09 A; 4GT6 A; 4XSQ A; 4KT1 A; 3W3J A; 2Q4G W; 3WPF A; 4KXF B; 3RGX A; 4FHO A; 4U09 A; 1SQ0 B; 3WPI A; 3JB9 j; 1W8A A; 3G39 A; 5AWB A; 3ZYN A; 1GWB A; 2WQX A; 3SB4 A; 4V2E A; 3OGM B; 2WQV A; 5A5C A; 4MQW X; 3UL9 A; 5GQR K; 2ASS B; 1FO1 A; 3REZ A; 5AZ5 A; 1YRG A; 3ULU A; 4XGO A; 3W3M A; 4R6F A; 4PER A; 5B4P A; 2JE0 A; 3E4G A; 4U06 A; 4LXS A; 5IYX C; 3RIZ A; 1K5G C; 3M18 A; 3UL7 A; 1P9A G; 2FT3 A; 4M7E A; 4QBZ A; 3CIG A; 4PKI G; 4R6J A; 4BSS A; 2Z65 A; 1IO0 A; 4C2B B; 2ELL A; 2OMT A; 1WWL A; 3A79 B; 4FMZ A; 3P72 A; 1XEC A; 1KOH A; 1M0Z A; 5AWD A; 5CMP A; 4PEQ B; 5GS0 A; 1Z7X W; 4FCG A; 5B0N A; 2R9U A; 4M7E C; 4OQT A; 3WPE A; 5IJD A; 2O6S A; 2OMY A; 4HQ1 A; 2OMV A; 4V2C A; 2Z62 A; 3WN4 A; 3RJ0 A; 4Z8G A; 2O6R A; 5GMF A; 3E3Z A; 4R5C A; 4UFR A; 5HZL B; 1M9S A; 1O6S A; 2OMX A; 2WFH A; 4QXE A; 4Z79 A; 4ECN A; 2A0Z A; 4L3A A; 2JE1 A; 3CIY A; 2RA8 A; 4ARR A; 1QYY A; 3W3N A; 2BEX A; 2O6Q A; 5CMN A; 4RCW A; 4ECO A; 2V70 A; 2BNH A; 4CIL A; 2OMW A; 3OJA A; 3WPH A; 1DS9 A; 2Z7X A; 4CNM A; 2P1Q B; 4RWT C; 3W3K A; 4G8A A; 3M19 A; 1DCE A; 5B0T A; 4BV4 R; 2UZX A; 4NKH A; 1P8T A; 4WYK A; 2OMU A; 3OJA B; 4LI1 A; 4P91 A; 2RR6 A; 3G06 A; 1U0N D; 4P8S A; 3W3L A; 4L3F A; 4Q3I A; 2Y5Q A; 3CVR A; 4PQ8 A; 4Z94 G; 1O6T A; 4YEB B; 4C2A B; 4LI2 A; 4R6A A; 2P1N B; 5HDH A; 3TSR E; 3UN9 A; 4LSX A; 1OTO A; 3WPD A; 4PSJ A; 3RW7 A; 4LSC A; 4AY9 X; 1XCD A; 2CA6 A; 2OMZ A; 4R09 A; 5GS2 B; 5IJB A; 4GLP A; 4I6J B; 5FTT B; 4Q62 A; 4ARN A; 1OTM A; 3PMH G; 4R58 A; 4NKG A; 1A4Y A; 4RCA B; 3ZYO A; 2P1P B; 1OZN A; 2Z82 A; 4LSX C; 3ZYI A; 4CP6 A; 2WQU A; 3O53 A; 3OGK B; 3RFE A; 4CC4 A; 3OGL B; 3ULA A; 3E6J A; 3WPC A; 4CNC A; 1OOK G; 4Z64 C; 3FXI A; 3BZ5 A; 4R08 A; 3DZE A; 1H6T A; 2P1O B; 4FS7 A; 3RFJ A; 2Z63 A; 1M10 B; 4BSU A; 3UL8 A; 2Z64 A; 4AW4 A; 4WP6 A; 2WQW A; 1ZIW A; 4CC4 C; 1JL5 A; 1OGQ A; 2Z66 A; 1FQV A; 5IJC A; 1H6U A; 1KOO A; 1PGV A; 2ID5 A; 5AWA A; 2AST B; 4LSA A; 1DFJ I; 1FS2 A; 4R5D A; 3C6O B; 1D0B A; 4FDW A; 2XOT A; 3G04 C; 4BSR A; 2Z7X B; 5LFN A; 5GMG A; 3VQ1 A; 3O6N A; 4TZH A; 2V9S A; 1OTN A; 3VQ2 A; 4EZG A; 4FD0 A; 3WPB A; 4V2D A; 3C6P B; 1LTX A; 3E2J A; 3G3B A; 4LXR A; 2XWT C; 3RGZ A; 4R0A A; 2IFG A; 4J0M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZQ7 A; 5LA6 F; 4MA5 A; 1XEU A; 3EPI A; 5JVD F; 4IM6 A; 2JA7 G; 3ZYJ A; 3C6N B; 3T1Y H; 3MWE A; 3KHL A; 4J9L A; 5BPF A; 2JA7 A; 2R6F A; 4A3B G; 2UXD H; 2JA8 G; 5D3I A; 1ZHQ A; 4LH7 A; 2UVV A; 2C35 B; 3RFS A; 3H4D A; 1S0O A; 2Y0S A; 1KJI A; 2X0S A; 5LOV F; 2V4Q A; 2YW2 A; 5AWC A; 4YHH H; 4DV5 H; 4QC0 A; 4Z61 C; 1N56 A; 3BQ0 A; 4F4W A; 2R92 G; 1IBL H; 4TUY F; 1DV2 A; 2P0A A; 4IRD A; 3QZ7 A; 3BA9 A; 4DL7 A; 2R92 A; 4IR1 A; 3WPF A; 3PVX A; 3RGX A; 4U7C A; 3N42 B; 5FPO A; 3WO1 A; 1SQ0 B; 3WPI A; 3JB9 j; 3KHH A; 1W8A A; 1M6V A; 4PDB A; 3GTK A; 3SB4 A; 3J80 W; 3G6Y A; 4ED7 A; 4YP3 A; 3ORQ A; 3REZ A; 1E4E A; 4XGO A; 1KEE A; 1IOV A; 3Q2O A; 3G6X A; 3E4G A; 4U06 A; 4I4T F; 4DR6 H; 4RZR A; 1T94 A; 4WD3 A; 2DZD A; 3RF2 A; 1K5G C; 5KFQ A; 3L2P A; 4LF6 H; 2M05 A; 3KHR A; 2I8C A; 4WBN F; 4LF8 H; 3H20 A; 2W9A A; 4ZOL F; 2UU9 H; 4J9M A; 3A79 B; 1KOH A; 5AWD A; 5DQH A; 2F4V H; 5GS0 A; 2ASJ A; 1Z7X W; 4MTE A; 5C1O A; 5B0N A; 2VPQ A; 2RF4 A; 3WPE A; 4JV2 A; 3Q8R B; 3QFF A; 1RJP A; 4MV6 A; 2R7Z G; 2WDT A; 5IYC G; 4MV1 A; 5CA1 F; 3GTJ A; 3RJ0 A; 2O6R A; 1JXL A; 2WB1 E; 4UFR A; 2ZDG A; 1P8L A; 2R7Z A; 2DIK A; 4RNN A; 5KFE A; 5LL6 b; 4ECS A; 4YAJ B; 2AGQ A; 4A2B A; 4L3A A; 2CKZ B; 4MA0 A; 2JE1 A; 4CC5 A; 3CIY A; 4MV8 A; 5C1P A; 1FVI A; 3W3N A; 4A3G G; 1CE8 A; 1K1S A; 5CMN A; 2J9G A; 3R5X A; 2V70 A; 3PW2 A; 2OMW A; 4O3N A; 3GIK A; 3MR5 A; 1DS9 A; 4RWT C; 2YRW A; 4LFC H; 2WYO A; 1DCE A; 4DL2 A; 3HOY G; 3OJA B; 4LI1 A; 3G06 A; 1U0N D; 3GIQ A; 4L3F A; 1I3Q A; 1SEI A; 4DV1 H; 1IBM H; 1N33 H; 3VPD A; 5HDH A; 2C28 A; 4LSX A; 3WPD A; 1KC7 A; 4AY9 X; 1XCD A; 4R09 A; 5K2M A; 5KG1 A; 4TQS A; 4ECT A; 3JZI A; 3F8N A; 3MR3 A; 3KXY T; 4YAK B; 3J7A K; 4JV1 A; 4HYK A; 4KHP H; 1AUX A; 3EYY A; 1XNR H; 1V51 A; 5EWF A; 1AN7 A; 2P1P B; 1OZN A; 3O53 A; 2HGS A; 4CC4 A; 4DL4 A; 4IWX A; 4BWS C; 2FMA A; 5KFS A; 2BQR A; 2Y0S E; 3N41 B; 4A3D G; 2Z63 A; 4BSU A; 2RDJ A; 1I94 H; 3UL8 A; 4ECQ A; 4IWY A; 3HB9 A; 3HKZ A; 1ZIW A; 1JL5 A; 4RNO A; 3BG5 A; 2AU0 A; 4GC6 A; 4RB3 C; 2W8K A; 1FKA H; 1PGV A; 1SFO A; 3LML A; 5KX5 F; 4DV2 H; 1WR2 A; 3M9O B; 2AST B; 1SCU B; 1DFJ I; 4ECX A; 4DV0 H; 3GTP A; 3BAB A; 3GV7 B; 3UFX B; 4J9Q A; 4DV3 H; 1VAJ A; 4MV3 A; 2XOT A; 3G04 C; 3RV3 A; 4IZO A; 1S9F A; 3GLK A; 1C3O A; 4FD0 A; 4DR5 H; 1JDB B; 3RUP A; 3G3B A; 1WSC A; 1EYZ A; 2C2D A; 2IFG A; 4JI4 H; 3H3V H; 4RZQ A; 2JQD A; 4Q44 A; 4BXX G; 3PZP A; 4TV9 F; 4K17 A; 2PVP A; 5CAE B; 2FE3 A; 4QWD A; 3RW6 A; 4IHJ F; 3T5H A; 4O3P A; 3MFH A; 1W93 A; 5LMN H; 3HOV G; 4LH6 A; 5FD6 A; 3WPG A; 4QWA A; 4B8C D; 2XGP A; 2UXB H; 3JSN A; 3L4J A; 4IR9 A; 3ULV A; 3KTM A; 4JI3 H; 2W6P A; 5L1I A; 1KJ9 A; 1VKZ A; 4CC6 A; 4ZQI A; 1Y1W G; 1GYF A; 3W3G A; 4R07 A; 2GPS A; 3V6J A; 2UZY A; 1Y1W A; 2ALZ A; 2WE6 A; 5IP7 G; 4KT1 A; 2JA6 G; 1X9N A; 2J6T A; 1K1Q A; 2R8H A; 3GTL A; 1M0W A; 5F9N A; 3MWM A; 2B63 G; 5AWB A; 4A3F G; 5D8D A; 3RFC A; 2B63 A; 4A3M G; 2JEG A; 4IRK A; 3MR6 A; 3KHG A; 5AZ5 A; 2VQF H; 1YRG A; 3W3M A; 4C5C A; 1RJR A; 4R6F A; 4DL3 A; 4EGJ A; 4PER A; 5B4P A; 2NUA B; 4ED8 A; 1S68 A; 5IYX C; 1EHI A; 5GON F; 3RIZ A; 4BY1 G; 1E4E B; 2YCH A; 4UCO A; 4A3J G; 4M7E A; 3TIG A; 4EYH B; 4O4H F; 5LMU H; 1DV1 A; 4R6J A; 2CZG A; 2Q2U A; 2Z65 A; 5DG8 A; 4UCS A; 1IO0 A; 4LMY A; 4FBU A; 4ED0 A; 5HV6 A; 1M0Z A; 3IG0 A; 4F4X A; 1MZB A; 2GLT A; 2RGR A; 3ORR A; 3U9S A; 2R9U A; 5EOY A; 2QK4 A; 4YB8 B; 1UC8 A; 5LYJ F; 2ZJT A; 4HQ1 A; 2NU9 B; 1A0I A; 4V2C A; 4ETS A; 3BAA A; 4DR1 H; 4Z8G A; 3PW5 A; 4O3S A; 4R5C A; 3N43 B; 2I80 A; 2AGP A; 2JA5 G; 2NU6 B; 3MR2 A; 1M9S A; 4LF5 H; 3PO2 G; 2UVU A; 3KAL A; 4LF4 H; 1B6S A; 2W9B A; 1HR0 H; 1RK6 A; 4DL6 A; 4EEY A; 2E2H A; 2JA5 A; 3JSL A; 4ECR A; 5D1O A; 2IP4 A; 5KFK A; 1E4F T; 1BXR A; 2YYA A; 3TQ1 A; 1QYY A; 3V4S A; 4Q43 A; 2BEX A; 2VUG A; 4RCW A; 4QW8 A; 2UUC H; 2R82 A; 2GPW A; 2DPJ A; 4GC7 A; 3WPH A; 5F9L A; 5DGB A; 4C2M A; 2P1Q B; 3W3K A; 2C2E A; 5EWE A; 1IOW A; 2XD4 A; 2PMZ A; 5C4X G; 3M19 A; 5J2T F; 2AGO A; 2VA3 A; 5B0T A; 4YBZ B; 2UZX A; 4QW9 A; 5BMV F; 4JI6 H; 1DIK A; 3W3L A; 3MJF A; 3N8D A; 3FMA A; 2BR0 A; 4EBE A; 4R6A A; 4PSJ A; 2VR1 A; 4LSC A; 4IRC A; 4RAZ A; 2XGQ A; 2W8L A; 2OMZ A; 2SCU B; 2V5A A; 5IJB A; 3CQZ A; 1W96 A; 5FTT B; 3V6H A; 4L1K A; 4LFB H; 4DV6 H; 4QIW A; 2W7P A; 4R58 A; 4NKG A; 1GSO A; 5KT4 A; 2OH2 A; 1A4Y A; 5C3E G; 4A3C G; 3GV5 B; 1J5E H; 3HBL A; 1S0N A; 3RFE A; 2RDI A; 4HR7 A; 4X62 H; 1JLL B; 2R86 A; 2I87 A; 1TWH A; 4RUA A; 5J2U F; 3ULA A; 2ASL A; 1TWG A; 3U9T A; 4A3I G; 3PR5 B; 3BZ5 A; 1H6T A; 4FM9 A; 5JH7 F; 1HNW H; 2R8K A; 2P1O B; 4FS7 A; 1VBG A; 3GII A; 4R8U A; 4DL5 A; 3M9M B; 4JI0 H; 4BY7 G; 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