The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
170
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structure length |
135
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Chain Sequence |
b'MEDLIDGIIFAANYLGSTQLLSDKTPSKNVRMMQAQEAVSRIKMAQMTEVDLFILTQRIKVLNADTQETMMDHPLRTISYIADIGNIVVLMARDGKRQYKMICHVFESEDAQLIAQSIGQAFSVAYQEFLRANGI'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Sequence-specific recognition of the internalization motif of the Alzheimer's amyloid precursor protein by the X11 PTB domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
X11
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Complex (peptide binding module/peptide)
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| total genus |
30
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| structure length |
135
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| sequence length |
170
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1997-07-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00640 | PID | Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OQN A; 4XWX A; 4Y94 A; 2KGX B; 4GZU A; 4B6H A; 4NSW A; 3MDB C; 1K5G B; 1NTV A; 3IVF A; 4HB3 B; 1UNR A; 2YVC A; 3O96 A; 3PSC A; 3TVV A; 1N3H A; 3ZVR A; 1XOD A; 1J19 A; 3LJU X; 2NZ8 B; 5CLQ B; 2D2Q A; 4DBB A; 2OQB A; 1DDV A; 2R09 A; 1EGX A; 1RJ2 A; 3TFM A; 1UNP A; 4GXB A; 4GMX B; 4MK0 A; 2Y8F A; 1V5M A; 3TW1 A; 5GOW B; 3A8P A; 2P0D A; 1OMW A; 3CIK A; 3KY9 A; 4GPT B; 5LOP B; 1TQZ A; 2HE7 A; 4MT7 A; 4IFS A; 2I1J A; 1V89 A; 1WJ1 A; 5HE2 A; 5D27 A; 4YL8 A; 4C0A A; 3ULB A; 4CHJ A; 2D9X A; 3AJ4 A; 1BWN A; 4K81 A; 1BTK A; 2W2X C; 2P0H A; 2D9W A; 1FB8 A; 3P6A A; 2ELA A; 2JP2 A; 2H7E A; 2D9Z A; 5CLL B; 2YRY A; 1XX0 A; 4WJ7 A; 3F5R A; 2DFK A; 1LW3 A; 1I2H A; 3T06 A; 5DHA B; 2G35 A; 3OAN A; 2LOZ A; 1OY2 A; 3SNH A; 2Y7B A; 3PZD A; 2IFS A; 2AL6 A; 1XR0 B; 3HK0 A; 1M7E A; 1X86 A; 3KRW A; 5JHG A; 1ZVR A; 2PZ1 A; 1B55 A; 4F7G A; 1LB1 A; 1BTN A; 1AWE A; 1KZG A; 5DH9 B; 4PNK A; 1P3R A; 4F7H A; 1V88 A; 2YS1 A; 4HDQ A; 2YT1 A; 1MPH A; 3ODX A; 1QC6 A; 4MY6 A; 1NTY A; 1Y19 B; 4WSF A; 3FEH A; 3AU5 A; 2L2I A; 2UVM A; 5L81 A; 3FM8 C; 2D4Q A; 3M1I B; 2DYQ A; 1V5U A; 3SYX A; 2DHK A; 2L1C A; 2V76 A; 2VRW B; 1EF1 A; 2CY5 A; 1PMS A; 3ZDT A; 2E2X A; 2J0K A; 4A6F A; 3PVW A; 2RGN B; 4Z2N A; 5D3V A; 1Z87 A; 1X05 A; 1DRO A; 1SHC A; 4F7U P; 2DYN A; 2CRF A; 3GYO A; 1MIZ B; 4HAZ B; 2ROV A; 1ISN A; 4K17 A; 1NU2 A; 3KZ1 A; 2AEH A; 4HHV A; 2N23 A; 1X1F A; 1M7R A; 1PFJ A; 1AQC A; 2D10 A; 3QWM A; 1X1G A; 3CXB B; 1U5D A; 2XQN M; 1MK9 B; 2DX1 A; 1FGZ A; 3PG7 A; 2EMT A; 3KRX A; 1BAK A; 5D3Y A; 1ZM0 A; 2LUL A; 2DKP A; 3PVU A; 2Z0P A; 3NSU A; 2YSZ A; 2LOX A; 1FOE A; 4A6K A; 2ROZ B; 2N0Y A; 4CHM A; 1MIX A; 3GYP A; 2MFQ A; 5JHH A; 3QBV B; 4A6F B; 1ZSQ A; 2BCJ A; 3A98 B; 3DXE A; 1FHW A; 2J0M A; 2D9Y A; 4K2P A; 4KAX B; 2CY4 A; 2K00 A; 1UPR A; 3VOQ A; 4HAU B; 2YS3 A; 1GC6 A; 1U5E A; 5KQ1 A; 2I5F A; 5C16 A; 4HB0 B; 1DDW A; 4TYZ A; 1E5W A; 1KI1 B; 2LYD A; 1WGU A; 1U5G A; 2P0F A; 4HAY B; 5DI9 B; 2DX5 A; 1W1G A; 3G9W A; 3PVL A; 2DN6 A; 2DTC A; 5J3T A; 1H4R A; 5DHF B; 3SO6 A; 2NMB A; 1V5P A; 5C79 A; 4EJN A; 3N7C A; 1UEF A; 2P8V A; 1FGY A; 5HE1 A; 3U7D A; 3PEG A; 5DIF B; 2R0D A; 2M38 A; 2KCJ A; 3TCA A; 1RRP B; 4ZRJ A; 2KUP A; 4YON A; 4Z2M B; 2RVB B; 5LON B; 3U8Z A; 2DKQ A; 2YS5 A; 4KHA A; 2W2W A; 2LKO A; 4DXA B; 4IOY X; 1SGH A; 5HE0 A; 3ODW A; 5EFX A; 1GC7 A; 4HDO A; 2LG1 A; 1P6S A; 2QKM A; 1U5F A; 1UPQ A; 1Y5O A; 2X18 A; 3DXC A; 4HAV B; 3KSY A; 1XD4 A; 4HAX B; 2QKL A; 4HB4 B; 1PLS A; 3X23 A; 1MK7 B; 1WGQ A; 3TO1 A; 1FHO A; 2IYB A; 3SV1 A; 2CAY A; 5C5B A; 5KCV A; 2GS0 A; 3AU4 A; 5C6R A; 2RSG A; 2J59 M; 1Q67 A; 2COF A; 3WYF B; 5J3Q A; 2Z0O A; 1W1D A; 1MKE A; 4KHB B; 4PQ0 A; 4ZRK A; 4GN1 A; 1ZC4 B; 2DLW A; 2GCJ A; 1V61 A; 3BJI A; 4P7I A; 1WVH A; 1EAZ A; 5HE3 A; 1I7A A; 3RCP A; 3HQC A; 4TKN A; 2EJ8 A; 1X11 A; 1UNQ A; 2COD A; 3D8E A; 2ADZ A; 2MWN B; 1FAO A; 4HAT B; 5JP4 A; 4BBK A; 4DX9 0; 4KHO A; 4HB2 B; 3VIA A; 1MAI A; 4NY0 A; 3QIJ A; 1J0W A; 2UZS A; 3ML4 A; 2M14 A; 2GCL A; 3V5W A; 5C5B B; 2HTH B; 5KQ4 A; 4A5K A; 3BIN A; 2MDX A; 2YF0 A; 3SUZ A; 2I5C A; 2YT0 A; 2DHI A; 3D8F A; 2RLO A; 4IAP A; 1EVH A; 1IRS A; 1FHX A; 2VSZ A; 4EKU A; 2ZPY A; 2Q13 A; 3WA0 A; 1WJM A; 2ELB A; 2K2U A; 2I1K A; 2RNR B; 2W2X D; 1W1H A; 4CYE A; 2EC1 A; 2J0J A; 2GJY A; 2K2J A; 5J3Y A; 2FJL A; 1TXD A; 4D0N B; 1DDM A; 1U2B A; 1DBH A; 3ODO A; 1U27 A; 1ZC3 B; 5D3W A; 2COA A; 3DXD A; 4H8S A; 2Y8G A; 5FI1 A; 3FSS A; 1WI1 A; 3PP2 A; 5JLJ B; 4WVF B; 4K2O A; 2DA0 A; 1DYN A; 1XKE A; 1WG7 A; 2D11 A; 1NI2 A; 3D8D A; 5D3X A; 2OTX A; 5FI0 A; 2D9V A; 1XCG A; 3ULC A; 1K5D B; 4KVG B; 3P7Z A; 1KZ7 A; 4DX8 A; 1QQG A; 4L6E A; 1U29 A; 2DHJ A; 2VKI A; 2RUK B; 1P5T A; 3F0W A; 4EMO A; 2Z0Q A; 2MKR A; 2H7D A; 1TJ6 A; 1GG3 A; 4ZRI A; 2EMS A; 3A8Q A; 3MPX A; 2COC A; 3UZT A; 2UZR A; 3HW2 B; 4HAW B; 4A6H A; 1H10 A; 4GMV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OQN A; 4XWX A; 4Y94 A; 2KGX B; 4GZU A; 4B6H A; 4NSW A; 3MDB C; 1K5G B; 1NTV A; 3IVF A; 4HB3 B; 1UNR A; 3B77 A; 2YVC A; 5M4Y B; 3O96 A; 3PSC A; 1MI1 A; 3TVV A; 1N3H A; 3ZVR A; 1XOD A; 1J19 A; 3HIE A; 3LJU X; 2NZ8 B; 5CLQ B; 2D2Q A; 4DBB A; 2OQB A; 4GOU A; 1DDV A; 2R09 A; 1EGX A; 1RJ2 A; 3TFM A; 1UNP A; 4GXB A; 4GMX B; 4MK0 A; 2Y8F A; 1V5M A; 3TW1 A; 5GOW B; 3A8P A; 2P0D A; 1OMW A; 3CIK A; 3KY9 A; 4GPT B; 5LOP B; 1TQZ A; 2HE7 A; 4MT7 A; 4IFS A; 4CSQ A; 2I1J A; 3DCX A; 1V89 A; 1WJ1 A; 5HE2 A; 5D27 A; 4YL8 A; 4C0A A; 3ULB A; 4CHJ A; 2D9X A; 3NW8 A; 3AJ4 A; 1BWN A; 4K81 A; 1BTK A; 2W2X C; 2P0H A; 2D9W A; 1FB8 A; 3P6A A; 2ELA A; 2JP2 A; 2Z14 A; 2H7E A; 3NWF A; 2D9Z A; 5CLL B; 2YRY A; 1XX0 A; 4WJ7 A; 3F5R A; 2NBV A; 2DFK A; 1LW3 A; 1I2H A; 3T06 A; 5DHA B; 2G35 A; 3OAN A; 2LOZ A; 1OY2 A; 3SNH A; 2Y7B A; 3PZD A; 2IFS A; 2AL6 A; 1XR0 B; 3HK0 A; 1M7E A; 1X86 A; 3KRW A; 5JHG A; 1ZVR A; 3FVC A; 2GUM A; 2PZ1 A; 1B55 A; 4F7G A; 1LB1 A; 1BTN A; 1AWE A; 1KZG A; 5DH9 B; 4PNK A; 1P3R A; 4F7H A; 1V88 A; 2YS1 A; 4HDQ A; 2YT1 A; 1MPH A; 3ODX A; 1QC6 A; 4MY6 A; 1NTY A; 1Y19 B; 4WSF A; 3FEH A; 3AU5 A; 2L2I A; 2UVM A; 5L81 A; 3FM8 C; 2D4Q A; 3M1I B; 2DYQ A; 1V5U A; 3SYX A; 2DHK A; 2YT2 A; 2L1C A; 2V76 A; 2VRW B; 1EF1 A; 2CY5 A; 1PMS A; 3ZDT A; 2E2X A; 2J0K A; 4A6F A; 3PVW A; 2RGN B; 4Z2N A; 5D3V A; 1Z87 A; 1X05 A; 1DRO A; 1SHC A; 4F7U P; 2DYN A; 2CRF A; 3GYO A; 1MIZ B; 4HAZ B; 2ROV A; 1ISN A; 4K17 A; 2FJU B; 1NU2 A; 3KZ1 A; 2AEH A; 4HHV A; 2N23 A; 1X1F A; 1M7R A; 1PFJ A; 1AQC A; 2D10 A; 4DIX A; 3QWM A; 1X1G A; 4QJ5 B; 2KIG A; 3CXB B; 4QJ3 B; 1U5D A; 2XQN M; 1MK9 B; 2DX1 A; 1FGZ A; 3PG7 A; 2EMT A; 3KRX A; 1BAK A; 5D3Y A; 1ZM0 A; 2LUL A; 2DKP A; 3PVU A; 4OT1 A; 2Z0P A; 3NSU A; 2YSZ A; 2LOX A; 1FOE A; 4GNK B; 4A6K A; 2ROZ B; 2KUQ A; 2N0Y A; 1MIX A; 4CHM A; 3GYP A; 4QJ4 B; 1T77 A; 2MFQ A; 1ZYI A; 5JHH A; 3QBV B; 4A6F B; 1ZSQ A; 2BCJ A; 3A98 B; 3DXE A; 1FHW A; 2J0M A; 2D9Y A; 3HSA A; 4K2P A; 4KAX B; 2CY4 A; 2K00 A; 1UPR A; 3VOQ A; 4HAU B; 2YS3 A; 1GC6 A; 1U5E A; 5KQ1 A; 2I5F A; 5C16 A; 4D6W A; 4HB0 B; 1DDW A; 4TYZ A; 1E5W A; 1KI1 B; 2LYD A; 1WGU A; 1U5G A; 2P0F A; 4HAY B; 5DI9 B; 2DX5 A; 5I2M A; 1W1G A; 2R2Y A; 3G9W A; 3PVL A; 2DN6 A; 2DTC A; 5J3T A; 1H4R A; 5DHF B; 3SO6 A; 2NMB A; 1V5P A; 5C79 A; 4EJN A; 3N7C A; 1UEF A; 2K8E A; 2P8V A; 1FGY A; 5HE1 A; 3U7D A; 3PEG A; 5DIF B; 2R0D A; 2M38 A; 2KCJ A; 5LG4 B; 3TCA A; 1RRP B; 4ZRJ A; 2KUP A; 4YON A; 4Z2M B; 2RVB B; 4KHB A; 5LON B; 3NWD A; 3U8Z A; 2DKQ A; 2YS5 A; 4KHA A; 2W2W A; 2LKO A; 2RRF A; 4DXA B; 4IOY X; 1SGH A; 3OHM B; 5HE0 A; 3ODW A; 5EFX A; 1GC7 A; 4HDO A; 2LG1 A; 1P6S A; 2QKM A; 1U5F A; 1UPQ A; 1Y5O A; 2X18 A; 3NWA A; 3DXC A; 4HAV B; 3KSY A; 1XD4 A; 4HAX B; 2QKL A; 4HB4 B; 1PLS A; 3X23 A; 1MK7 B; 1WGQ A; 3TO1 A; 1FHO A; 2IYB A; 3SV1 A; 2CAY A; 5C5B A; 5KCV A; 2GS0 A; 3AU4 A; 5C6R A; 2RSG A; 2KR0 A; 2J59 M; 1Q67 A; 2ZKM X; 2COF A; 3WYF B; 5J3Q A; 2Z0O A; 4HSI A; 1W1D A; 1MKE A; 4KHB B; 4PQ0 A; 3A58 A; 4ZRK A; 4GN1 A; 1ZC4 B; 2DLW A; 2GCJ A; 1V61 A; 3BJI A; 4P7I A; 1WVH A; 3U12 A; 1EAZ A; 5HE3 A; 1I7A A; 3RCP A; 2Z59 A; 3HQC A; 4TKN A; 2EJ8 A; 1X11 A; 1UNQ A; 2COD A; 3D8E A; 2ADZ A; 2MWN B; 1FAO A; 2K49 A; 4HAT B; 5JP4 A; 4BBK A; 4DX9 0; 4KHO A; 4HB2 B; 3VIA A; 1MAI A; 4NY0 A; 3QIJ A; 1J0W A; 2UZS A; 3ML4 A; 2M14 A; 2GCL A; 3V5W A; 5C5B B; 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