The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
127
|
structure length |
127
|
Chain Sequence |
GSSGSSGMGDGAVKQGFLYLQQQQTFGKKWRRFGASLYGGSDCALARLELQEGPEKPRRCEAARKVIRLSDCLRVAEAGGEASSPRDTSAFFLETKERLYLLAAPAAERGDWVQAICLLAFSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Docking protein 2
|
| publication title |
Solution structure of the PH domain of Docking protein 2 from human
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| total genus |
12
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| structure length |
127
|
| sequence length |
127
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-12-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DYN A; 3KRW A; 4KHB B; 3PEG A; 5D3X A; 1FHO A; 4ZRI A; 3PZD A; 2E2X A; 2D11 A; 5GOW B; 3GYO A; 5C79 A; 3U7D A; 2EJ8 A; 1OMW A; 2LOZ A; 2UZS A; 2ELA A; 1LW3 A; 2HTH B; 4DX8 A; 1FOE A; 3SYX A; 5C5B A; 4YON A; 4HHV A; 1X1F A; 1K5G B; 3PP2 A; 3VOQ A; 2DKP A; 3A8Q A; 5DI9 B; 1PFJ A; 2N23 A; 4HAT B; 2R0D A; 5KCV A; 2Y8F A; 1J19 A; 5D3W A; 5D3Y A; 2KUP A; 1WJM A; 5C16 A; 1U27 A; 5KQ1 A; 2FJL A; 4HAW B; 4GMX B; 4IAP A; 3DXC A; 3LJU X; 2GCL A; 5LOP B; 2I1J A; 4HB0 B; 2W2X C; 1FGY A; 2ROZ B; 3AU5 A; 2OQB A; 5CLL B; 1ZC4 B; 5DIF B; 2RNR B; 2V76 A; 3FSS A; 4F7G A; 1QQG A; 1KZG A; 2DX5 A; 1QC6 A; 3KZ1 A; 4CYE A; 2Z0P A; 2LUL A; 4MY6 A; 3TFM A; 2DFK A; 1KI1 B; 1V5U A; 1AWE A; 1I7A A; 2DHJ A; 3TW1 A; 4DXA B; 2Y7B A; 3SNH A; 4A5K A; 1H10 A; 3MDB C; 1SGH A; 2IFS A; 2J0M A; 2K00 A; 5HE3 A; 5JHH A; 2ELB A; 1FB8 A; 1ZVR A; 4Z2N A; 3KY9 A; 4P7I A; 3AU4 A; 4DBB A; 1B55 A; 2CRF A; 3N7C A; 1NTY A; 4NSW A; 2RLO A; 4GZU A; 2J0K A; 2UZR A; 2D9Z A; 2BCJ A; 1EGX A; 2XQN M; 1MK7 B; 3ODO A; 3P6A A; 2EC1 A; 1V89 A; 3SV1 A; 4ZRJ A; 2RUK B; 3AJ4 A; 1XCG A; 1Y5O A; 5C5B B; 3TCA A; 2DX1 A; 1KZ7 A; 2YT1 A; 1I2H A; 2MFQ A; 1WJ1 A; 2LG1 A; 4HB3 B; 5HE2 A; 4HAZ B; 3D8F A; 3TO1 A; 3OAN A; 1DRO A; 2DA0 A; 4EKU A; 3O96 A; 4MT7 A; 2KCJ A; 1MAI A; 1WI1 A; 1OY2 A; 2M38 A; 2CY4 A; 2HE7 A; 1MPH A; 2L1C A; 2PZ1 A; 3GYP A; 5L81 A; 1M7E A; 2COD A; 1UPQ A; 1XX0 A; 4PQ0 A; 5LON B; 1E5W A; 2DLW A; 3PVL A; 2OTX A; 1GG3 A; 3BJI A; 1UNP A; 1GC6 A; 1V61 A; 2VKI A; 3D8E A; 4HAV B; 1V5P A; 2ZPY A; 4H8S A; 3A8P A; 1WG7 A; 4K2P A; 4PNK A; 3U8Z A; 4BBK A; 3M1I B; 4GMV A; 3PG7 A; 3ULB A; 1BAK A; 2MWN B; 2D9X A; 2D2Q A; 1XOD A; 2Q13 A; 1LB1 A; 3ZVR A; 1WVH A; 2AEH A; 3FEH A; 1W1D A; 5HE1 A; 5D27 A; 1MIZ B; 1NU2 A; 4NY0 A; 1AQC A; 2P8V A; 4GPT B; 3V5W A; 1P6S A; 3KRX A; 2NMB A; 1BTK A; 2YVC A; 3RCP A; 2ROV A; 4F7H A; 1WGQ A; 1U29 A; 4Y94 A; 4KHA A; 1U5F A; 4EJN A; 1X1G A; 3D8D A; 2NZ8 B; 1FHW A; 2RSG A; 2X18 A; 1H4R A; 2W2W A; 2GJY A; 2H7E A; 4KVG B; 3BIN A; 1N3H A; 3ULC A; 4DX9 0; 2ADZ A; 4F7U P; 2LKO A; 2GCJ A; 3P7Z A; 1P5T A; 4HDQ A; 3IVF A; 2VSZ A; 4K81 A; 2COC A; 1W1H A; 3X23 A; 1OQN A; 1XR0 B; 2MKR A; 4HAX B; 1V88 A; 2D9Y A; 4Z2M B; 3QIJ A; 1NI2 A; 2G35 A; 2DKQ A; 5EFX A; 2I1K A; 5JP4 A; 1Y19 B; 4IFS A; 1DDM A; 1XKE A; 3PSC A; 2COA A; 2YS3 A; 1EAZ A; 1DBH A; 2R09 A; 1RRP B; 1IRS A; 1XD4 A; 2LOX A; 4K17 A; 4XWX A; 2D10 A; 1BTN A; 1U5D A; 5C6R A; 3KSY A; 1MK9 B; 4KHO A; 2RVB B; 2J59 M; 1UNQ A; 1GC7 A; 1ZC3 B; 2COF A; 2L2I A; 1UPR A; 1FAO A; 4HB2 B; 5D3V A; 1TXD A; 1W1G A; 3PVW A; 4TYZ A; 3HW2 B; 2Y8G A; 3T06 A; 4IOY X; 3FM8 C; 2CAY A; 4A6F A; 2M14 A; 4L6E A; 4B6H A; 4YL8 A; 5KQ4 A; 4CHJ A; 1X11 A; 3TVV A; 3MPX A; 2YS5 A; 4EMO A; 2DN6 A; 2VRW B; 4WJ7 A; 2QKL A; 4TKN A; 3NSU A; 1DYN A; 2EMS A; 5JHG A; 1MIX A; 1V5M A; 1U5G A; 3G9W A; 2DHI A; 3PVU A; 5J3Q A; 5DH9 B; 1P3R A; 1BWN A; 3F0W A; 4MK0 A; 4C0A A; 2IYB A; 1EF1 A; 3DXD A; 2RGN B; 3QWM A; 3CXB B; 3CIK A; 1UEF A; 4CHM A; 4ZRK A; 3DXE A; 2YSZ A; 2D9W A; 4WVF B; 4A6H A; 2DTC A; 1ZM0 A; 1ZSQ A; 1DDV A; 2KGX B; 1ISN A; 3SO6 A; 3F5R A; 2K2J A; 3ML4 A; 3HQC A; 1U5E A; 1K5D B; 2K2U A; 2YF0 A; 4K2O A; 5JLJ B; 3WA0 A; 3UZT A; 5FI0 A; 2GS0 A; 3HK0 A; 4HB4 B; 5CLQ B; 1RJ2 A; 2AL6 A; 2P0D A; 2YT0 A; 2JP2 A; 2YRY A; 1J0W A; 1TJ6 A; 3QBV B; 1FGZ A; 1PLS A; 5HE0 A; 1UNR A; 2D9V A; 3ODW A; 4A6F B; 5DHA B; 1PMS A; 4A6K A; 1SHC A; 2MDX A; 1MKE A; 2UVM A; 4GN1 A; 2Z0O A; 3A98 B; 1NTV A; 5J3T A; 2D4Q A; 2I5F A; 1FHX A; 2P0F A; 3ZDT A; 2QKM A; 2LYD A; 2W2X D; 1Q67 A; 1X05 A; 4HAY B; 4WSF A; 5DHF B; 5J3Y A; 2I5C A; 2J0J A; 2Z0Q A; 3VIA A; 1DDW A; 1WGU A; 1M7R A; 1Z87 A; 4GXB A; 2YS1 A; 2P0H A; 2DYQ A; 2EMT A; 2N0Y A; 4KAX B; 5FI1 A; 4HAU B; 1X86 A; 4HDO A; 2H7D A; 1U2B A; 2CY5 A; 3SUZ A; 2DHK A; 1TQZ A; 1EVH A; 3WYF B; 4D0N B; 3ODX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DYN A; 3KRW A; 4KHB B; 3PEG A; 5D3X A; 1FHO A; 4ZRI A; 3PZD A; 2E2X A; 2D11 A; 5GOW B; 3GYO A; 5C79 A; 3U7D A; 2EJ8 A; 1OMW A; 2LOZ A; 2UZS A; 2ELA A; 1LW3 A; 2HTH B; 4DX8 A; 1FOE A; 3FVC A; 3SYX A; 5C5B A; 4YON A; 4HHV A; 2R2Y A; 1X1F A; 1K5G B; 3PP2 A; 3B77 A; 3VOQ A; 4L1R A; 2DKP A; 3A8Q A; 4QJ3 B; 5DI9 B; 2Z59 A; 1PFJ A; 2N23 A; 4HAT B; 2R0D A; 2YT2 A; 5KCV A; 2Y8F A; 1J19 A; 2KUQ A; 5D3W A; 5D3Y A; 2KUP A; 1WJM A; 5C16 A; 1U27 A; 5KQ1 A; 2FJL A; 4HAW B; 4GMX B; 4IAP A; 3DXC A; 3LJU X; 2GCL A; 5LOP B; 2I1J A; 4HB0 B; 2W2X C; 1FGY A; 2ROZ B; 3AU5 A; 2OQB A; 5CLL B; 1ZC4 B; 5DIF B; 2RNR B; 2V76 A; 3FSS A; 4F7G A; 1QQG A; 1KZG A; 2KR0 A; 2DX5 A; 1QC6 A; 3KZ1 A; 4CYE A; 2Z0P A; 2LUL A; 4MY6 A; 3TFM A; 2DFK A; 1KI1 B; 1V5U A; 1AWE A; 1I7A A; 2DHJ A; 3TW1 A; 4DXA B; 2Y7B A; 3SNH A; 1ZYI A; 4A5K A; 1H10 A; 3MDB C; 1SGH A; 2IFS A; 2J0M A; 2K00 A; 5HE3 A; 5JHH A; 5I2M A; 2ELB A; 1FB8 A; 1ZVR A; 4Z2N A; 3KY9 A; 4P7I A; 3AU4 A; 4DBB A; 1B55 A; 2CRF A; 3N7C A; 1NTY A; 4NSW A; 2RLO A; 4GZU A; 2J0K A; 2UZR A; 2D9Z A; 2BCJ A; 1EGX A; 2XQN M; 1MK7 B; 3ODO A; 3P6A A; 2EC1 A; 1V89 A; 3SV1 A; 4ZRJ A; 2RUK B; 3AJ4 A; 2Z13 A; 1XCG A; 1Y5O A; 5C5B B; 3TCA A; 2DX1 A; 1KZ7 A; 2YT1 A; 5LG4 B; 1I2H A; 2MFQ A; 3NW8 A; 1WJ1 A; 2LG1 A; 4HB3 B; 5HE2 A; 4HAZ B; 3D8F A; 2NBV A; 3TO1 A; 3OAN A; 1DRO A; 2DA0 A; 4EKU A; 3O96 A; 3A58 A; 4MT7 A; 2KCJ A; 1MAI A; 1WI1 A; 1OY2 A; 2KIE A; 2M38 A; 2CY4 A; 2HE7 A; 1MPH A; 2L1C A; 2PZ1 A; 3GYP A; 4CSQ A; 5L81 A; 1M7E A; 2COD A; 1UPQ A; 1XX0 A; 4PQ0 A; 5LON B; 1E5W A; 2DLW A; 3PVL A; 2OTX A; 1GG3 A; 3BJI A; 1UNP A; 1GC6 A; 4D6W A; 1V61 A; 2VKI A; 3D8E A; 4HAV B; 1V5P A; 2ZPY A; 4H8S A; 3A8P A; 5I2S A; 1WG7 A; 4K2P A; 4PNK A; 3U8Z A; 4BBK A; 3M1I B; 4GMV A; 3PG7 A; 3ULB A; 1BAK A; 2MWN B; 2D9X A; 2D2Q A; 1XOD A; 2Q13 A; 1LB1 A; 3ZVR A; 1WVH A; 2AEH A; 3FEH A; 4GOU A; 1W1D A; 5HE1 A; 5D27 A; 1MIZ B; 4HSI A; 1NU2 A; 4NY0 A; 3U12 A; 1AQC A; 2P8V A; 4GPT B; 3V5W A; 1P6S A; 3KRX A; 2NMB A; 4QJ5 B; 1BTK A; 2YVC A; 3RCP A; 2ROV A; 4F7H A; 1WGQ A; 1U29 A; 4Y94 A; 4KHA A; 1U5F A; 4EJN A; 1X1G A; 3D8D A; 2NZ8 B; 1FHW A; 3NWF A; 2RSG A; 2X18 A; 4KHB A; 1H4R A; 2W2W A; 2GJY A; 2H7E A; 4KVG B; 3BIN A; 1N3H A; 3ULC A; 4DX9 0; 2ADZ A; 4F7U P; 5IRS A; 2LKO A; 2GCJ A; 3P7Z A; 1P5T A; 4HDQ A; 3IVF A; 2VSZ A; 4K81 A; 2COC A; 1W1H A; 3X23 A; 1OQN A; 3HIE A; 1XR0 B; 2MKR A; 4HAX B; 1V88 A; 2D9Y A; 4DIX A; 4Z2M B; 4QJ4 B; 3QIJ A; 1NI2 A; 2G35 A; 2DKQ A; 5EFX A; 2I1K A; 5JP4 A; 1Y19 B; 4IFS A; 1DDM A; 1XKE A; 4GNK B; 3PSC A; 2COA A; 2YS3 A; 3NWA A; 1EAZ A; 1DBH A; 2R09 A; 1RRP B; 1IRS A; 4OT1 A; 1XD4 A; 2LOX A; 4K17 A; 4XWX A; 2D10 A; 1BTN A; 1U5D A; 3HSA A; 2Z14 A; 5C6R A; 3KSY A; 1MK9 B; 4KHO A; 2RVB B; 2J59 M; 1UNQ A; 1GC7 A; 1ZC3 B; 2COF A; 2L2I A; 1UPR A; 1FAO A; 4HB2 B; 5D3V A; 1TXD A; 1W1G A; 3PVW A; 4TYZ A; 3HW2 B; 2Y8G A; 3T06 A; 4IOY X; 3FM8 C; 2CAY A; 4A6F A; 2M14 A; 4L6E A; 4B6H A; 4YL8 A; 5KQ4 A; 4CHJ A; 1X11 A; 3TVV A; 3MPX A; 2YS5 A; 4EMO A; 2DN6 A; 2KIG A; 2VRW B; 4WJ7 A; 2QKL A; 4TKN A; 3NSU A; 1DYN A; 2EMS A; 5JHG A; 1MIX A; 1V5M A; 5M4Y B; 1U5G A; 3G9W A; 2DHI A; 2GUM A; 2K49 A; 3PVU A; 5J3Q A; 5DH9 B; 1P3R A; 1BWN A; 3F0W A; 2RRF A; 4MK0 A; 4C0A A; 2IYB A; 1EF1 A; 3DCX A; 3DXD A; 2RGN B; 3QWM A; 3CXB B; 3CIK A; 1UEF A; 4CHM A; 4ZRK A; 3DXE A; 2YSZ A; 2ZKM X; 2D9W A; 4WVF B; 4A6H A; 2DTC A; 1ZM0 A; 1ZSQ A; 1DDV A; 2KGX B; 1ISN A; 3SO6 A; 3F5R A; 2K2J A; 3ML4 A; 4QXA B; 3HQC A; 1U5E A; 1K5D B; 2K2U A; 2YF0 A; 4K2O A; 5JLJ B; 3WA0 A; 3UZT A; 5FI0 A; 2GS0 A; 1T77 A; 3HK0 A; 2FJU B; 1MI1 A; 2Z4D A; 4HB4 B; 5CLQ B; 1RJ2 A; 2AL6 A; 2P0D A; 2YT0 A; 2JP2 A; 2YRY A; 1J0W A; 1TJ6 A; 3QBV B; 1FGZ A; 1PLS A; 2K8E A; 5HE0 A; 1UNR A; 2D9V A; 3ODW A; 4A6F B; 3OHM B; 5DHA B; 1PMS A; 4OSN A; 4A6K A; 1SHC A; 2MDX A; 1MKE A; 2UVM A; 4GN1 A; 2Z0O A; 3A98 B; 1NTV A; 5J3T A; 2D4Q A; 2I5F A; 1FHX A; 2P0F A; 3ZDT A; 2QKM A; 2LYD A; 2W2X D; 1Q67 A; 1X05 A; 4HAY B; 4WSF A; 5DHF B; 5J3Y A; 2I5C A; 2J0J A; 2Z0Q A; 3VIA A; 1DDW A; 1WGU A; 1M7R A; 1Z87 A; 4GXB A; 2YS1 A; 2P0H A; 2DYQ A; 2EMT A; 2N0Y A; 4KAX B; 5FI1 A; 4HAU B; 1X86 A; 4HDO A; 3NWD A; 2H7D A; 1U2B A; 2CY5 A; 3SUZ A; 2DHK A; 1TQZ A; 1EVH A; 3WYF B; 4D0N B; 3ODX A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2DYN A; 3KRW A; 4KHB B; 3PEG A; 5D3X A; 1FHO A; 4ZRI A; 3PZD A; 2E2X A; 2D11 A; 5GOW B; 3GYO A; 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2MFQ A; 1WJ1 A; 2LG1 A; 4HB3 B; 5HE2 A; 4HAZ B; 3D8F A; 3TO1 A; 3OAN A; 1DRO A; 2DA0 A; 4EKU A; 3O96 A; 4MT7 A; 2KCJ A; 1MAI A; 1WI1 A; 1OY2 A; 2M38 A; 2CY4 A; 2HE7 A; 1MPH A; 2L1C A; 2PZ1 A; 3GYP A; 5L81 A; 1M7E A; 2COD A; 1UPQ A; 1XX0 A; 4PQ0 A; 5LON B; 1E5W A; 2DLW A; 3PVL A; 2OTX A; 1GG3 A; 3BJI A; 1UNP A; 1GC6 A; 1V61 A; 2VKI A; 3D8E A; 4HAV B; 1V5P A; 2ZPY A; 4H8S A; 3A8P A; 1WG7 A; 4K2P A; 4PNK A; 3U8Z A; 4BBK A; 3M1I B; 4GMV A; 3PG7 A; 3ULB A; 1BAK A; 2MWN B; 2D9X A; 2D2Q A; 1XOD A; 2Q13 A; 1LB1 A; 3ZVR A; 1WVH A; 2AEH A; 3FEH A; 1W1D A; 5HE1 A; 5D27 A; 1MIZ B; 1NU2 A; 4NY0 A; 1AQC A; 2P8V A; 4GPT B; 3V5W A; 1P6S A; 3KRX A; 2NMB A; 1BTK A; 2YVC A; 3RCP A; 2ROV A; 4F7H A; 1WGQ A; 1U29 A; 4Y94 A; 4KHA A; 1U5F A; 4EJN A; 1X1G A; 3D8D A; 2NZ8 B; 1FHW A; 2RSG A; 2X18 A; 1H4R A; 2W2W A; 2GJY A; 2H7E A; 4KVG B; 3BIN A; 1N3H A; 3ULC A; 4DX9 0; 2ADZ A; 4F7U P; 2LKO A; 2GCJ A; 3P7Z A; 1P5T A; 4HDQ A; 3IVF A; 2VSZ A; 4K81 A; 2COC A; 1W1H A; 3X23 A; 1OQN A; 1XR0 B; 2MKR A; 4HAX B; 1V88 A; 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