The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
124
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structure length |
122
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Chain Sequence |
ESNVLQMQCKLFVFDKTSQSWVAVGRGLLRLNDMASTDDGTLQSRLVMRTQGSLRLILNTKLWAQMQIDKASEKSIRITAMDDQGVKVFLISASSKDTGQLYAALHHRILALRSRVEQEQEA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Insights Into the Function of the Crm1 Cofactor Ranbp3 from the Structure of its Ran-Binding Domain
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Protein transport
|
| molecule keywords |
RAN-BINDING PROTEIN 3
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| total genus |
28
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| structure length |
122
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| sequence length |
124
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-02-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00638 | Ran_BP1 | RanBP1 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2MDX A; 4MY6 A; 5C5B A; 1FHX A; 5C5B B; 4A6K A; 4P7I A; 2W2X D; 3X23 A; 2DA0 A; 2MWN B; 5C16 A; 2RUK B; 3HW2 B; 4XWX A; 1BAK A; 2ELA A; 5JP4 A; 2Y8F A; 4WJ7 A; 2AL6 A; 5HE3 A; 3FSS A; 3UZT A; 4L6E A; 1P3R A; 2Y7B A; 2ELB A; 2J0M A; 1FGY A; 4Z2N A; 2LYD A; 3M1I B; 3VIA A; 4HB2 B; 2P8V A; 4IOY X; 1AQC A; 2DKP A; 1RRP B; 3WA0 A; 1RJ2 A; 1SGH A; 2IYB A; 2M38 A; 1I2H A; 2COD A; 3KY9 A; 2DYN A; 3V5W A; 1NTV A; 1UPQ A; 1ZC4 B; 3QWM A; 1NI2 A; 2KCJ A; 1E5W A; 5HE2 A; 3KZ1 A; 4HDO A; 4DX8 A; 2GCJ A; 5KCV A; 4HAW B; 5HE0 A; 2DLW A; 3SNH A; 1V5M A; 2P0D A; 1W1H A; 1V5P A; 2ROZ B; 2RVB B; 2DHI A; 1BTN A; 2EC1 A; 2LOZ A; 3PP2 A; 2AEH A; 2ADZ A; 1J19 A; 2YT0 A; 4GPT B; 3D8D A; 1Z87 A; 2EJ8 A; 3SYX A; 1K5D B; 4YL8 A; 3DXC A; 2W2X C; 3T06 A; 3BJI A; 3MPX A; 1FHW A; 2OTX A; 1EGX A; 1Q67 A; 2DHJ A; 1B55 A; 2CAY A; 3LJU X; 2VRW B; 2JP2 A; 3CXB B; 1MK9 B; 3A8P A; 1FHO A; 1AWE A; 3HQC A; 3TCA A; 3NSU A; 3PSC A; 5D3W A; 1PLS A; 3RCP A; 2Y8G A; 3FM8 C; 2RSG A; 1U29 A; 1WJM A; 5D3X A; 2IFS A; 4WVF B; 5J3Q A; 2FJL A; 1XD4 A; 4HB4 B; 3ZDT A; 4Z2M B; 3U7D A; 4TKN A; 2R09 A; 4WSF A; 2L1C A; 3ODO A; 1NU2 A; 3MDB C; 4KHA A; 2VSZ A; 3CIK A; 4IFS A; 1ZC3 B; 1UNP A; 1NTY A; 4MT7 A; 2GCL A; 4HAX B; 4GXB A; 1ISN A; 2EMS A; 5DIF B; 1OQN A; 2COC A; 1M7R A; 4PQ0 A; 3PVW A; 1SHC A; 4NSW A; 1QQG A; 5EFX A; 1ZVR A; 3PVU A; 4KHO A; 2YS5 A; 4Y94 A; 1U2B A; 3ML4 A; 3F5R A; 3VOQ A; 4DX9 0; 3GYP A; 2I1K A; 5LON B; 2RLO A; 1I7A A; 4A6F A; 2UZR A; 2N0Y A; 2DYQ A; 3QBV B; 3ULB A; 4HB0 B; 3SV1 A; 3AU5 A; 4HAT B; 4YON A; 3HK0 A; 2I5F A; 2UVM A; 1V89 A; 3PEG A; 5DI9 B; 1BWN A; 5JHH A; 2G35 A; 5LOP B; 2D11 A; 2MKR A; 2Z0P A; 1J0W A; 1IRS A; 3GYO A; 4DBB A; 2ZPY A; 2Z0Q A; 2J0K A; 5J3Y A; 5L81 A; 5J3T A; 3F0W A; 3ODX A; 2P0H A; 5KQ1 A; 4GMX B; 2I5C A; 1EF1 A; 1ZM0 A; 2D10 A; 2D9Z A; 4CHM A; 4PNK A; 4TYZ A; 4C0A A; 1X86 A; 3ULC A; 1DDW A; 1FB8 A; 4MK0 A; 5HE1 A; 1BTK A; 2RNR B; 2HTH B; 3ZVR A; 3PVL A; 1UNR A; 1K5G B; 2YT1 A; 4EJN A; 2L2I A; 3N7C A; 1DYN A; 1MAI A; 3A98 B; 4F7H A; 1FOE A; 1DDM A; 1MIZ B; 4NY0 A; 4DXA B; 1P5T A; 1WG7 A; 1WVH A; 1U5D A; 2I1J A; 4BBK A; 4ZRK A; 4KHB B; 1WGU A; 4HAZ B; 1WI1 A; 5DHF B; 4A6H A; 1ZSQ A; 4HAU B; 3IVF A; 4HAY B; 2D2Q A; 3D8E A; 4H8S A; 1KI1 B; 2COF A; 4K2P A; 1LB1 A; 3D8F A; 5D3V A; 1EAZ A; 4A6F B; 3A8Q A; 2XQN M; 2GJY A; 1WGQ A; 4GZU A; 5CLQ B; 1FGZ A; 4B6H A; 2D9W A; 2UZS A; 3TO1 A; 1LW3 A; 2YVC A; 2HE7 A; 2CRF A; 2EMT A; 2K2U A; 1OY2 A; 2BCJ A; 2H7E A; 2OQB A; 2R0D A; 1UPR A; 2GS0 A; 1X05 A; 2NZ8 B; 1X11 A; 2DKQ A; 2LOX A; 4ZRJ A; 1TQZ A; 4K17 A; 2D4Q A; 1PMS A; 5C6R A; 2LG1 A; 2COA A; 2QKM A; 1XOD A; 2YSZ A; 1M7E A; 2YF0 A; 1Y5O A; 1EVH A; 2DN6 A; 3AJ4 A; 4K2O A; 2D9Y A; 3KSY A; 1KZG A; 4IAP A; 3FEH A; 2ROV A; 1U5F A; 3O96 A; 1W1D A; 2J59 M; 1KZ7 A; 1MPH A; 2CY5 A; 5D27 A; 2E2X A; 4CHJ A; 2K2J A; 2PZ1 A; 3DXE A; 1DBH A; 1UNQ A; 2N23 A; 5C79 A; 2W2W A; 3TW1 A; 2P0F A; 1V5U A; 4HDQ A; 1V61 A; 2D9V A; 2MFQ A; 2QKL A; 4ZRI A; 1MIX A; 3P7Z A; 4D0N B; 1MK7 B; 5JLJ B; 2DFK A; 1GC6 A; 2K00 A; 2DX1 A; 1TXD A; 1XKE A; 2V76 A; 1N3H A; 2KGX B; 5FI0 A; 2RGN B; 5D3Y A; 2VKI A; 4HB3 B; 2YS1 A; 4HHV A; 1GG3 A; 4F7G A; 2X18 A; 4EKU A; 1UEF A; 5GOW B; 2Q13 A; 2CY4 A; 1XCG A; 5KQ4 A; 2DTC A; 2LKO A; 1QC6 A; 1X1F A; 5FI1 A; 2DHK A; 3TVV A; 1DDV A; 3P6A A; 1H10 A; 1WJ1 A; 4A5K A; 4KAX B; 4F7U P; 3BIN A; 3TFM A; 1U27 A; 1FAO A; 3QIJ A; 1DRO A; 2M14 A; 3ODW A; 2YS3 A; 1XX0 A; 3PG7 A; 2YRY A; 3KRX A; 4GMV A; 3PZD A; 1X1G A; 2DX5 A; 5DH9 B; 3AU4 A; 2J0J A; 1PFJ A; 3G9W A; 2D9X A; 1W1G A; 1U5E A; 3SO6 A; 4GN1 A; 1V88 A; 1GC7 A; 1Y19 B; 1MKE A; 1XR0 B; 2NMB A; 5DHA B; 1OMW A; 1U5G A; 4CYE A; 1TJ6 A; 1H4R A; 4K81 A; 3U8Z A; 2KUP A; 2LUL A; 3WYF B; 5CLL B; 2H7D A; 5JHG A; 4KVG B; 2Z0O A; 4HAV B; 1P6S A; 3OAN A; 4EMO A; 3SUZ A; 3KRW A; 3DXD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MDX A; 3FVC A; 4MY6 A; 5C5B A; 1FHX A; 5C5B B; 4A6K A; 4P7I A; 2W2X D; 3X23 A; 2DA0 A; 2MWN B; 5C16 A; 2RUK B; 3HW2 B; 4XWX A; 1BAK A; 2ELA A; 5JP4 A; 2Y8F A; 4WJ7 A; 2AL6 A; 5HE3 A; 3FSS A; 4QXA B; 3UZT A; 4L6E A; 1P3R A; 2Y7B A; 2ELB A; 2J0M A; 1FGY A; 1T77 A; 4Z2N A; 2LYD A; 3M1I B; 3VIA A; 4HB2 B; 2P8V A; 4GOU A; 4IOY X; 1AQC A; 2DKP A; 1RRP B; 3WA0 A; 1RJ2 A; 3A58 A; 1SGH A; 2IYB A; 2M38 A; 1I2H A; 2Z14 A; 2COD A; 3KY9 A; 2DYN A; 3V5W A; 1NTV A; 1UPQ A; 1ZC4 B; 3QWM A; 1NI2 A; 2KCJ A; 1E5W A; 5HE2 A; 3KZ1 A; 1ZYI A; 4DIX A; 4HDO A; 4DX8 A; 2KR0 A; 2GCJ A; 5KCV A; 4HAW B; 5HE0 A; 2DLW A; 3SNH A; 1V5M A; 2P0D A; 1W1H A; 1V5P A; 2ROZ B; 2RVB B; 2DHI A; 1BTN A; 2EC1 A; 2LOZ A; 3PP2 A; 2AEH A; 2ADZ A; 1J19 A; 2YT0 A; 4GPT B; 3D8D A; 1Z87 A; 2EJ8 A; 3SYX A; 1K5D B; 4YL8 A; 3DXC A; 2W2X C; 3T06 A; 3BJI A; 3MPX A; 1FHW A; 2OTX A; 1EGX A; 1Q67 A; 2DHJ A; 1B55 A; 3HSA A; 2K49 A; 2CAY A; 3LJU X; 2VRW B; 2JP2 A; 3CXB B; 1MK9 B; 3A8P A; 1MI1 A; 4L1R A; 1FHO A; 1AWE A; 3HQC A; 3TCA A; 3NSU A; 2GUM A; 3PSC A; 5D3W A; 1PLS A; 3RCP A; 2Y8G A; 3FM8 C; 4HSI A; 2RSG A; 1U29 A; 1WJM A; 5D3X A; 2IFS A; 3NW8 A; 4WVF B; 5J3Q A; 2FJL A; 1XD4 A; 3B77 A; 4HB4 B; 3ZDT A; 4Z2M B; 3U7D A; 4TKN A; 2R09 A; 4WSF A; 2L1C A; 3ODO A; 1NU2 A; 3MDB C; 4KHA A; 2VSZ A; 3CIK A; 4IFS A; 1ZC3 B; 1UNP A; 1NTY A; 4MT7 A; 2GCL A; 4HAX B; 4GXB A; 1ISN A; 2EMS A; 5DIF B; 1OQN A; 2COC A; 1M7R A; 4PQ0 A; 3PVW A; 1SHC A; 4NSW A; 1QQG A; 3HIE A; 5EFX A; 1ZVR A; 3PVU A; 4KHO A; 4OT1 A; 2YS5 A; 4Y94 A; 1U2B A; 3ML4 A; 3DCX A; 5I2M A; 3F5R A; 3VOQ A; 4DX9 0; 3GYP A; 2I1K A; 5LON B; 2RLO A; 2Z59 A; 1I7A A; 4A6F A; 2UZR A; 2N0Y A; 2DYQ A; 3QBV B; 3ULB A; 4HB0 B; 3SV1 A; 3AU5 A; 4HAT B; 4YON A; 3HK0 A; 2I5F A; 2KIG A; 2UVM A; 1V89 A; 3PEG A; 5DI9 B; 1BWN A; 5JHH A; 2G35 A; 5LOP B; 2D11 A; 2MKR A; 2Z0P A; 1J0W A; 1IRS A; 3GYO A; 4DBB A; 2ZPY A; 2Z0Q A; 2J0K A; 5J3Y A; 5L81 A; 5J3T A; 3F0W A; 3ODX A; 4GNK B; 2P0H A; 5KQ1 A; 4GMX B; 2I5C A; 1EF1 A; 1ZM0 A; 2D10 A; 2D9Z A; 4CHM A; 4PNK A; 4TYZ A; 4C0A A; 1X86 A; 3ULC A; 1DDW A; 1FB8 A; 4MK0 A; 5LG4 B; 5HE1 A; 1BTK A; 2RNR B; 2HTH B; 3ZVR A; 3PVL A; 1UNR A; 1K5G B; 2YT1 A; 4EJN A; 2L2I A; 3N7C A; 1DYN A; 1MAI A; 3A98 B; 2ZKM X; 4F7H A; 1FOE A; 1DDM A; 1MIZ B; 4NY0 A; 4DXA B; 1P5T A; 1WG7 A; 1WVH A; 1U5D A; 2I1J A; 4BBK A; 4ZRK A; 4KHB B; 1WGU A; 4HAZ B; 4QJ4 B; 1WI1 A; 5DHF B; 4A6H A; 2K8E A; 1ZSQ A; 4HAU B; 3IVF A; 4HAY B; 2D2Q A; 3D8E A; 4H8S A; 1KI1 B; 2COF A; 4K2P A; 1LB1 A; 3D8F A; 5D3V A; 1EAZ A; 4A6F B; 3A8Q A; 2XQN M; 5IRS A; 2GJY A; 1WGQ A; 2RRF A; 4GZU A; 5CLQ B; 2NBV A; 1FGZ A; 2R2Y A; 3NWF A; 4B6H A; 2D9W A; 2UZS A; 3TO1 A; 1LW3 A; 2YVC A; 2HE7 A; 5M4Y B; 2CRF A; 2EMT A; 2K2U A; 2KUQ A; 4KHB A; 1OY2 A; 2BCJ A; 2H7E A; 2OQB A; 2R0D A; 1UPR A; 2Z4D A; 2GS0 A; 1X05 A; 2NZ8 B; 4OSN A; 1X11 A; 2DKQ A; 2LOX A; 4ZRJ A; 2FJU B; 1TQZ A; 4K17 A; 2D4Q A; 1PMS A; 2Z13 A; 5C6R A; 2LG1 A; 3NWA A; 2COA A; 2QKM A; 1XOD A; 2YSZ A; 1M7E A; 2YF0 A; 3NWD A; 1Y5O A; 1EVH A; 3OHM B; 4D6W A; 2DN6 A; 3AJ4 A; 2D9Y A; 4K2O A; 3KSY A; 1KZG A; 4IAP A; 3FEH A; 2ROV A; 1U5F A; 3O96 A; 1W1D A; 2J59 M; 1KZ7 A; 1MPH A; 2CY5 A; 5D27 A; 2E2X A; 4CHJ A; 2K2J A; 2PZ1 A; 3DXE A; 1DBH A; 1UNQ A; 2N23 A; 5C79 A; 2W2W A; 3TW1 A; 2P0F A; 1V5U A; 4CSQ A; 4HDQ A; 1V61 A; 2D9V A; 2MFQ A; 2QKL A; 4QJ3 B; 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