4IAP | Genus

Total Genus 76

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	GRYLQGYLLKKRRVDNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYVDQGFKKRFFTLDFRYGTLSYYLNDHNQTCRGEIVISLSSVSANKKDKIIIIDSGMEVWVLKATTKENWQSWVDALQTCFD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule keywords	Oxysterol-binding protein homolog 3,Endolysin,Oxysterol-bind
publication title	Structure of osh3 reveals a conserved mode of phosphoinositide binding in oxysterol-binding proteins pubmed doi rcsb
source organism	Saccharomyces cerevisiae
molecule tags	Lipid binding protein/ hydrorase
total genus	76
structure length	256
sequence length	256
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2012-12-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	4iapA02
2.30.29.30	Mainly Beta	Roll	PH-domain like	Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)	4iapA01

4W53A 1L76A 3WA0A 1UNPA 1L12A 1P6YA 5KQ4A 2L78A 1LWGA 2RBRA 1XJTA 1D3FA 170LA 3G3XA 1L15A 1NI2A 4A6KA 1IRSA 1LGWA 1V5PA 4GMXB 1C65A 2DFKA 4A6FA 4LDOA 5DH9B 1P5TA 1C6IA 1PQOA 3HDFA 3SN6R 2F2QA 2ROZB 4GN1A 1XODA 2J0MA 1G0JA 1CU6A 1PQJA 4KHOA 3TFMA 3HQCA 175LA 2ANXA 1PFJA 2EJ8A 2JP2A 3HT7A 2DYQA 5HE2A 3V5WA 1ZC4B 1L62A 3SNHA 1KNIA 1KY0A 5D3WA 4Y94A 2Q9EA 1L93A 3PBLA 4LZMA 4E97A 4YXAC 1LPYA 2RAZX 1Q67A 1U5GA 3PSCA 4WJ7A 156LA 4AQNA 107LA 1CV5A 3M1IB 2A4TA 1DDWA 2HE7A 2LULA 5D3YA 2Y8GA 2RLOA 1C63A 5GOWB 1C6KA 2P0DA 2IGCA 2DKPA 2GS0A 1QSBA 4F7GA 4NY0A 1G0GA 1ZC3B 1PQKA 1P36A 1T8FA 1V5UA 2D9YA 4ARQA 1MK9B 1L36A 4B6HA 3HU8A 1G1VA 2L1CA 102LA 1DYNA 1KZGA 1CTWA 168LA 1OWYA 2OTZX 3AJ4A 3GUOA 3QBVB 1CU0A 5DI9B 1EGXA 243LA 2LZMA 3HTFA 5LONB 1U27A 2RB0X 4PQ0A 2OU9A 1L39A 4K5YA 4K17A 118LA 214LA 2UZRA 1L63A 4GZUA 2KUPA 1L16A 4MY6A 239LA 1L37A 2DN6A 2DYNA 1OVJA 2O79A 3ODXA 3CDQA 3F5RA 1QTZA 247LA 1P2RA 1L88A 2DHKA 4GXBA 111LA 2IYBA 5I14A 4ARMA 1L56A 3OE9A 2B6WA 4I7SA 2CUUA 4EMOA 1V89A 109LA 3MDBC 1L99A 1QUGA 1L46A 1XKEA 2Q13A 2YS1A 4I7MA 3LJUX 165LA 3G9WA 4PJZA 1FGYA 2MFQA 2OQBA 5CLLB 1L08A 1ZWNA 1L44A 2RB2X 2B7XA 155LA 2GJYA 1QQGA 4EKPA 1GC7A 1GC6A 1DYDA 3HUKA 3HT6A 5DHFB 4DKLA 138LA 1L86A 171LA 3HH5A 4F7UP 2B74A 1OYUA 1C66A 131LA 1D3NA 2K2UA 4H8SA 2RBPA 1L0KA 3FSSA 1L10A 3ODWA 4YONA 2LC9A 1UEFA 1ZSQA 3CIKA 4W58A 4CHMA 2CODA 3UZTA 1MIXA 2P0FA 1L05A 1ZURA 1B55A 129LA 2Z6BA 3PEGA 2OU0X 1X05A 5KQ1A 190LA 1C60A 244LA 3C8QA 149LA 1CV1A 1D2YA 1H4RA 1DBHA 2D11A 1L66A 2D4QA 185LA 3DNAA 3O96A 4C0AA 2W2XC 5JP4A 4A6HA 5JHGA 1LYIA 1P37A 1K5GB 1XCGA 3GYOA 137LA 4A5KA 238LA 1L13A 1M7EA 2I5CA 2P0HA 4WVFB 177LA 4DX90 3RCPA 1C6FA 1KW5A 3FEHA 4I7QA 4KAXB 3DN4A 1DYBA 3HWLA 3DXEA 4KHBB 1CV3A 3SB8A 2CRFA 3HU9A 4HB3B 241LA 3HW2B 1CU3A 3GULA 3BINA 1PLSA 2W2XD 1L01A 1P64A 3U8ZA 3HT9A 150LA 1V61A 4I7KA 2ELBA 4PNKA 1C6HA 2B6YA 2R09A 148LE 2KCJA 4YL8A 5C5BB 262LA 260LA 1L02A 3V2YA 112LA 1QTHA 1L29A 3C81A 120LA 3DN0A 3HK0A 1L38A 1OVKA 3HTGA 259LA 4W57A 256LA 2N23A 3DXDA 3WYFB 4W56A 4D0NB 5C16A 4PK0A 1WGQA 160LA 167LA 1L17A 157LA 3GUIA 4EKSA 3N7CA 5D3VA 3FM8C 2EMSA 1LYHA 1H10A 1K28A 1SSWA 4YX7C 158LA 173LA 2YS3A 3F0WA 1TLAA 3CDVA 1L24A 4I7LA 1N3HA 1ZM0A 4EPIA 2D9XA 216LA 2J59M 3OE8A 3SB6A 2RBNA 2Z0PA 1X86A 1L60A 3DN1A 1G1WA 1C6DA 3KRWA 1OV5A 254LA 3QWMA 5J3TA 1BAKA 1QTCA 1XEPA 1LLHA 4ZRJA 240LA 1LYJA 3PDSA 1LYEA 3P7ZA 1L82A 1L94A 252LA 128LA 1CX6A 2BCJA 1L07A 151LA 1C6TA 5JLJB 1LWKA 2DHJA 1L06A 1LGXA 4HB2B 2MWNB 2M38A 4LDLA 249LA 1PQIA 1WJMA 2W2WA 2OE9X 3L64A 1KI1B 3ZDTA 3DMZA 1P3NA 1L61A 1KS3A 1D9WA 1QS5A 1L45A 3TVVA 3HH6A 246LA 223LA 3A98B 5HE1A 3SO6A 1L22A 1L97A 3KSYA 1QTBA 3DMVA 258LA 1LW3A 2ANVA 232LA 1QT6A 3D8EA 2HUKA 1L73A 1W1GA 2RH1A 2QKLA 2YRYA 1L53A 3UONA 2NZ8B 3X23A 3C82A 130LA 3G3VA 2AEHA 1M7RA 1LI3A 141LA 1G0KA 1QSQA 1ZYTA 219LA 1P3RA 2LG1A 234LA 2DTCA 4W52A 255LA 1I2HA 1FB8A 3F8VA 1AWEA 3VOQA 1LI2A 3OANA 4XWXA 2G35A 3F9LA 4Z2NA 4A6FB 2QB0B 1Y19B 162LA 3VIAA 3SBAA 236LA 221LA 3GUJA 1WI1A 2RVBB 1L48A 245LA 4S0WA 2B75A 1E5WA 3T06A 4GPTB 4DXAB 1EAZA 2P8VA 235LA 4Z2MB 1WJ1A 3LZMA 253LA 2B6TA 1T6HA 1CV0A 1EVHA 1FHWA 1OWZA 140LA 2RBOA 1L70A 1L77A 1RJ2A 1SHCA 152LA 2D2QA 4TYZA 3TO1A 3ULCA 1QTVA 4EJ4A 1G07A 1L18A 176LA 1OQNA 3CDTA 1L65A 1LYDA 1L92A 1LYGA 1Y5OA 2HTHB 146LA 3AU4A 3DN6A 3DN2A 5FI1A 126LA 5KCVA 1C6CA 1L23A 4HDOA 2DX5A 242LA 1W1DA 1L14A 1L25A 212LA 2NTHA 1FHXA 4ARQB 2QARC 1XJUA 2OU8A 1WVHA 1GG3A 1BTKA 5L81A 4IAPA 1UPRA 4GBRB 1L55A 1SGHA 3C8SA 180LA 6LZMA 4HHVA 2J0KA 1L00A 1P2LA 3C7ZA 114LA 1L26A 1L75A 4EXMA 113LA 1L11A 4EKUA 139LA 142LA 1C6JA 1PMSA 2YVCA 1QT5A 3CDOA 3VW7A 3PVUA 1QUHA 2D9WA 1EPYA 4ZPUA 3HUAA 225LA 5J3QA 1T8GA 2R0DA 5D3XA 3C8RA 2RBSA 4TKNA 1KZ7A 1C61A 1CV4A 1LGUA 2Z0QA 3HT8A 237LA 4ARMB 2J0JA 1L84A 2RSGA 2YT0A 174LA 220LA 1J19A 2X18A 2RBQA 3C7YA 3PVLA 1UNQA 5LOPB 3V2WA 1KW7A 3ULBA 2ELAA 1WG7A 1C6BA 3ODUA 2COAA 2DX1A 3NSUA 1V88A 2B70A 3K2RA 1QT7A 1U2BA 2CY4A 1JTMA 4DBBA 4MT7A 3RUNA 123LA 251LA 4HAXB 3C83A 2YSZA 2O4WA 2F47A 2LKOA 1DYGA 4HB4B 2GCLA 215LA 5FI0A 2F32A 2NMBA 1FGZA 5HE0A 1CU5A 1MIZB 4CHJA 5J3YA 1L95A 3HH3A 1Z87A 1LB1A 2MKRA 1L98A 3DMXA 1L20A 2OTYX 213LA 1NTVA 3EMLA 172LA 2HULA 1QTDA 2V76A 1L31A 4W51A 183LA 210LA 1MAIA 182LA 2D9VA 4HDQA 1OV7A 1X1GA 2H7EA 5CLQB 2B6XA 3GUNA 227LA 1K5DB 3SV1A 1KY1A 1SWYA 2MDXA 184LA 178LA 3NY9A 2FJLA 4I7TA 3PG7A 4YXCA 3DXCA 144LA 1L52A 2PZ1A 3SYXA 1L87A 1MKEA 2RGNB 2YT1A 1C6AA 1P6SA 3SB9A 1G06A 4WSFA 1L35A 2HUMA 2H7DA 1CUPA 1QS9A 1CU2A 1G0PA 1XX0A 3BJIA 2RB1X 3TCAA 7LZMA 3PVWA 1L71A 4BBKA 1DDMA 1D3JA 3SB7A 163LA 1B6IA 2RNRB 3HDEA 2VSZA 1D2WA 1C64A 4HB0B 1FAOA 1L0JA 1FHOA 4ARJA 1CV6A 4P7IA 181LA 1C6PA 3ML4A 4KVGB 2DA0A 2ROVA 1I6SA 1P7SA 4K2OA 2D10A 1X1FA 198LA 1QT3A 2COCA 2NTGA 3QIJA 1L58A 1L51A 3NY8A 3ODOA 1L79A 2CAYA 192LA 5DHAB 1C6QA 4IFSA 1C6EA 209LA 4ZRIA 4I7JA 1XD4A 104LA 1PQDA 2ADZA 119LA 2COFA 4K81A 5HE3A 1L64A 1G0MA 2Y7BA 4GMVA 1L54A 5C6RA 3OE0A 4HAZB 206LA 2K00A 186LA 5DIFB 3SBBC 1L03A 1W1HA 1L47A 3NYAA 1MPHA 1P56A 164LA 145LA 2Y8FA 115LA 1L72A 4W55A 3KZ1A 1L04A 1L89A 3D4SA 4I7RA 2RUKB 3SB5A 3PZDA 3ZVRA 1UNRA 161LA 3DN3A 1L33A 191LA 2Q9DA 1L96A 3QAKA 2UVMA 1SWZA 2QKMA 224LA 1AQCA 261LA 122LA 1ISNA 1C6NA 1CUQA 4DJHA 233LA 3D8FA 3GYPA 4HAVB 1OVHA 169LA 2OEAX 4MK0A 4EKRA 1LI6A 1U29A 2CY5A 147LA 2OE7X 211LA 1L85A 3RZEA 3DN8A 1L19A 3P6AA 226LA 1L09A 3OE6A 2KGXB 1XR0B 3GUPA 1L90A 1I7AA 1L41A 2B72A 197LA 1DYAA 1L81A 1SSYA 4W59A 1BTNA 166LA 1C6GA 2LCBA 201LA 3FADA 3PP2A 1CVKA 195LA 2OE4X 3SUZA 4CYEA 2IFSA 159LA 1L42A 2XQNM 2B73A 5LZMA 4L6EA 2LYDA 2VRWB 1P5CA 1U5DA 2EMTA 1JQUA 4HAUB 2GCJA 2AL6A 2B6ZA 4EKQA 217LA 1L30A 1L91A 1RRPB 1TJ6A 1C67A 2DKQA 1C69A 4HATB 5C5BA 3A8QA 1U5FA 2ZPYA 1QC6A 1L67A 189LA 1BWNA 1C6MA 2M14A 3MPXA 4HAYB 1L27A 1L49A 1NTYA 3IVFA 1L80A 1SX7A 3JR6A 1OY2A 2N0YA 2O7AA 2YF0A 3CXBB 2I5FA 1QUOA 1P46A 2LOXA 1T8AA 3GUKA 4DX8A 1NHBA 2DLWA 4KHAA 1WGUA 4ARPA 1G0QA 1TXDA 1L83A 231LA 1L50A 1L21A 3HH4A 187LA 3G3WA 1DYCA 1L43A 1CX7A 1QUDA 143LA 1V5MA 1ZVRA 4NSWA 1L74A 2I1KA 3FA0A 1X11A 1G0LA 2YS5A 4GRVA 199LA 110LA 228LA 1C62A 3C80A 4I7PA 1L68A 1TQZA 2E2XA 1L40A 1OMWA 3KY9A 3U7DA 1NU2A 3GUMA 127LA 1QT8A 1L59A 1LW9A 4I7NA 1DDVA 1D3MA 1L69A 1QT4A 3DKEX 188LA 108LA 1L34A 4OO9A 2K2JA 2Z0OA 200LA 3KRXA 222LA 125LA 1U5EA 1L57A 1L32A 2EC1A 5JHHA 250LA 1C6LA 4IOYX 2RAYX 2D9ZA 3FI5A 3C7WA 1MK7B 5D27A 4I7OA 3HTBA 1WTHA 218LA 3CDRA 4DAJA 1J0WA 1PQMA 5EFXA 229LA 1C68A 2DHIA 3L2XA 1DYFA 1FOEA 1LYFA 3TW1A 4EJNA 5C79A 2VKIA 4K2PA 196LA 1EF1A 230LA 4HAWB 3AU5A 205LA 2L2IA 4ARLA 1JTNA 3HUQA 2UZSA 4W54A 248LA 2OTXA 257LA 1UPQA 1L28A 3D8DA 4ZRKA 1DROA 4LDEA 3HTDA 1DYEA 1T97A 1SX2A 2I1JA 3A8PA 2LOZA 103LA 4F7HA 4EPFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4W53 A;  1L76 A;  3WA0 A;  1UNP A;  1L12 A;  1P6Y A;  5KQ4 A;  2L78 A;  1LWG A;  2RBR A;  1XJT A;  1D3F A;  170L A;  3G3X A;  1L15 A;  1NI2 A;  4A6K A;  1IRS A;  1LGW A;  1V5P A;  4GMX B;  1C65 A;  2DFK A;  4A6F A;  4LDO A;  5DH9 B;  1P5T A;  1C6I A;  1PQO A;  3HDF A;  3SN6 R;  2F2Q A;  2ROZ B;  4GN1 A;  1XOD A;  2J0M A;  1G0J A;  1CU6 A;  1PQJ A;  4KHO A;  3TFM A;  3HQC A;  175L A;  2ANX A;  1PFJ A;  2EJ8 A;  2JP2 A;  3HT7 A;  2DYQ A;  5HE2 A;  3V5W A;  1ZC4 B;  1L62 A;  3SNH A;  1KNI A;  1KY0 A;  5D3W A;  4Y94 A;  2Q9E A;  1L93 A;  3PBL A;  4LZM A;  4E97 A;  4YXA C;  1LPY A;  2RAZ X;  1Q67 A;  1U5G A;  3PSC A;  4WJ7 A;  156L A;  4AQN A;  107L A;  1CV5 A;  3M1I B;  2A4T A;  1DDW A;  2HE7 A;  2LUL A;  5D3Y A;  2Y8G A;  2RLO A;  1C63 A;  5GOW B;  1C6K A;  2P0D A;  2IGC A;  2DKP A;  2GS0 A;  1QSB A;  4F7G A;  4NY0 A;  1G0G A;  1ZC3 B;  1PQK A;  1P36 A;  1T8F A;  1V5U A;  2D9Y A;  4ARQ A;  1MK9 B;  1L36 A;  4B6H A;  3HU8 A;  1G1V A;  2L1C A;  102L A;  1DYN A;  1KZG A;  1CTW A;  168L A;  1OWY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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