4IAP | Genus

Total Genus 76

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	GRYLQGYLLKKRRVDNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYVDQGFKKRFFTLDFRYGTLSYYLNDHNQTCRGEIVISLSSVSANKKDKIIIIDSGMEVWVLKATTKENWQSWVDALQTCFD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of osh3 reveals a conserved mode of phosphoinositide binding in oxysterol-binding proteins pubmed doi rcsb
molecule keywords	Oxysterol-binding protein homolog 3,Endolysin,Oxysterol-bind
molecule tags	Lipid binding protein/ hydrorase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
total genus	76
structure length	256
sequence length	256
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2012-12-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	4iapA02
2.30.29.30	Mainly Beta	Roll	PH-domain like	Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)	4iapA01

3KRWA 2KCJA 2ROZB 1C6AA 1L34A 1L03A 1OV7A 3G3VA 3G9WA 4HDOA 246LA 4EPFA 1L13A 3SUZA 163LA 1IRSA 1U5GA 2CY4A 3A8QA 4W56A 1L98A 1C6QA 1T8GA 3DMVA 1L62A 5D3WA 4L6EA 2BCJA 258LA 4A5KA 3M1IB 3SB8A 120LA 2ANXA 3F0WA 4HAXB 1P37A 2CAYA 1L56A 3PVLA 1KS3A 2GCJA 1C60A 110LA 1G0LA 1D9WA 2H7EA 1L0KA 1L61A 4K5YA 2HULA 4W59A 199LA 1SSWA 4ZPUA 3A98B 2P8VA 1SGHA 3DXDA 2DN6A 1QTHA 1QTDA 188LA 1QTZA 2N0YA 1C6GA 1T8AA 1L55A 1L23A 1KZGA 4ARMB 4EKPA 122LA 184LA 3GUNA 3BINA 190LA 1X1GA 1LYJA 5GOWB 2YT1A 2O7AA 1PQJA 3G3XA 3RUNA 1L40A 2P0DA 4KVGB 1GC6A 1WGQA 3GYPA 1L57A 4GMXB 3RCPA 1L63A 3PSCA 1QT3A 1L64A 1K5GB 1MKEA 1X1FA 1C6HA 1WTHA 1U2BA 3TW1A 1L05A 1BWNA 3AJ4A 1L54A 3HQCA 2B6TA 3CDTA 1UNQA 2ROVA 1WJMA 1BTNA 4ARLA 1L38A 3ZDTA 3HTGA 244LA 241LA 254LA 1L04A 5D3XA 1L51A 3VIAA 4PQ0A 1TJ6A 1FB8A 2D11A 2CODA 3HH4A 2OTYX 3N7CA 2LC9A 4DXAB 1L44A 3O96A 1P6YA 129LA 257LA 1L87A 3GUIA 1OY2A 1TXDA 3FA0A 2Q13A 1L18A 1DYBA 3JR6A 1DDVA 1L90A 5D3YA 1I2HA 1L35A 1QUDA 111LA 2ELAA 4GPTB 1CV3A 2B75A 1L89A 5D27A 3C7WA 1ZYTA 1ZC3B 4HB3B 1P3RA 5KQ4A 2YSZA 3C80A 2ZPYA 4F7GA 3ML4A 236LA 209LA 3PVWA 3PG7A 138LA 2B6WA 1Q67A 1D3FA 1L94A 1NTYA 1WVHA 3HUAA 3U7DA 1L10A 3DMXA 243LA 4W57A 1L83A 1K5DB 3DN8A 2LOZA 3SO6A 2OE7X 1LYIA 1LYFA 1L16A 5C5BB 1FHOA 2MWNB 226LA 4KAXB 1DYGA 197LA 4LDLA 1L50A 3SB9A 4F7UP 3TCAA 3V2YA 1OWZA 2D4QA 1L27A 3V5WA 1L31A 3K2RA 1L86A 1L79A 1X05A 2HUKA 3DN0A 3C7YA 4IFSA 4ZRJA 5KQ1A 3TVVA 1CX6A 2RBPA 4I7JA 2A4TA 3HDFA 1FHXA 1XD4A 192LA 1LYDA 1LB1A 1L77A 2Y7BA 1AWEA 1L17A 3PEGA 152LA 1P5TA 2W2XD 3UONA 2P0FA 3HU9A 3SB6A 119LA 2ANVA 2OQBA 3D8EA 1DYAA 1G1WA 3D8DA 4I7LA 2K00A 3CDRA 1MK9B 5LOPB 2QB0B 3CIKA 4HAWB 195LA 224LA 1NTVA 1L45A 1QT5A 1GG3A 4HAUB 1L20A 1WJ1A 1X11A 5J3TA 1C61A 1L76A 1XX0A 1E5WA 1U5EA 1C6JA 2J0KA 1QTVA 1SHCA 1L26A 1L70A 1XR0B 2RLOA 5JP4A 4LZMA 1V88A 2R09A 2DA0A 1H10A 4ARQA 4KHOA 4OO9A 3GUJA 4GN1A 3OE0A 2RBNA 1U27A 252LA 2QKLA 3AU4A 1UPQA 2OTXA 4A6HA 1MAIA 2MFQA 2N23A 4W51A 150LA 4TKNA 1J19A 4E97A 3QBVB 5DI9B 2OU9A 215LA 2IGCA 1Y19B 1P6SA 5DH9B 4W55A 4A6FB 1QT6A 1L85A 2GS0A 2OU0X 3CXBB 5JHGA 3HT6A 5DHFB 1C6BA 1M7RA 1L42A 1U29A 1U5DA 3MDBC 5EFXA 3FM8C 1CU2A 2RAZX 2RBSA 1L88A 1P56A 2YF0A 1LGWA 223LA 4I7PA 233LA 3PVUA 4MY6A 1L93A 3HT9A 5J3QA 157LA 1SX2A 167LA 1KI1B 2KGXB 2RB2X 242LA 128LA 1LWGA 1LYHA 7LZMA 1EAZA 1C6PA 1FGZA 3OE8A 1ZM0A 3LJUX 1G0MA 1T97A 102LA 245LA 4DJHA 158LA 4ARMA 2K2UA 5HE2A 3SV1A 248LA 159LA 2CRFA 3TO1A 1XKEA 3ULCA 151LA 1CU3A 2EMTA 201LA 2F47A 3HU8A 2O4WA 1C68A 2RB1X 143LA 1PQOA 2L2IA 5C16A 1PLSA 4CHJA 2AL6A 2OEAX 1UPRA 1RRPB 185LA 1QUOA 160LA 1L48A 1QTBA 4WJ7A 5LONB 2RVBB 1LI3A 139LA 4DBBA 155LA 112LA 1L01A 168LA 4DAJA 4K2OA 1PQMA 5D3VA 3F5RA 2UVMA 161LA 1L08A 2EMSA 164LA 166LA 3CDVA 3DKEX 4HHVA 1C6NA 3HTBA 1V5UA 1T8FA 1TLAA 1L59A 189LA 5FI1A 1T6HA 3PDSA 6LZMA 1DDWA 3DXCA 1BAKA 1L80A 104LA 171LA 113LA 1C6IA 2PZ1A 1C6FA 1L21A 1L82A 3HK0A 3UZTA 1DYDA 3GUPA 2VSZA 137LA 212LA 4YONA 2I1JA 4Z2NA 3RZEA 2J59M 5HE0A 1L33A 4GBRB 3HTDA 103LA 217LA 1SWYA 2RGNB 218LA 1OVHA 1LYGA 1B55A 4EJNA 2COCA 2H7DA 230LA 2DHIA 4GMVA 211LA 4EXMA 1L19A 4P7IA 1C62A 1WI1A 4K17A 1RJ2A 5LZMA 125LA 219LA 4MT7A 4DX90 3D4SA 259LA 4H8SA 2RBRA 3C7ZA 165LA 1L73A 2W2WA 5J3YA 222LA 1L11A 1ISNA 4Z2MB 4CYEA 2NZ8B 2Z0OA 1QUHA 1JQUA 1CV1A 2LCBA 2LZMA 174LA 4GRVA 1H4RA 1P36A 1QT4A 1Y5OA 1NI2A 1CU5A 1W1GA 1L69A 3SBBC 1L74A 2R0DA 3KY9A 1CV5A 1L30A 1LGXA 3A8PA 3HUQA 1QS9A 216LA 1PMSA 1WG7A 1LW9A 1LLHA 2Q9EA 237LA 2HTHB 3VOQA 3ODUA 1OYUA 2D9VA 1QSBA 1EPYA 1LYEA 1L91A 2F32A 1G1VA 1QC6A 2GJYA 3BJIA 1CUPA 1L28A 130LA 261LA 3HH5A 1C6CA 4ARJA 4GXBA 173LA 1J0WA 3MPXA 2L78A 2L1CA 5CLQB 3DNAA 2I5CA 3HWLA 2O79A 1GC7A 3L64A 3DN4A 5FI0A 1K28A 1L25A 1KZ7A 172LA 1C65A 1D2WA 2KUPA 2YT0A 187LA 3HT7A 1L39A 1ZC4B 126LA 3VW7A 3LZMA 4Y94A 225LA 2B72A 1OQNA 4WVFB 3CDOA 3HH3A 4A6FA 115LA 1L36A 2DLWA 1L71A 1L99A 2G35A 1C69A 4HB0B 3NY9A 182LA 196LA 1BTKA 1WGUA 2MDXA 2B70A 2DKPA 3P7ZA 2Y8GA 3SB7A 2DHJA 1KY0A 3HH6A 2F2QA 4WSFA 1LI2A 1L41A 4ZRIA 3DN2A 3NY8A 1OMWA 1ZWNA 4IAPA 1G0JA 1FAOA 1MIXA 1PQIA 177LA 1C6MA 5DHAB 3ULBA 2D10A 2D2QA 183LA 4I7QA 1QUGA 4YL8A 1KY1A 255LA 3C82A 3C8RA 4PK0A 4EPIA 5I14A 1I7AA 2DYNA 3P6AA 1UNPA 5C6RA 1D2YA 1L29A 4HDQA 1C6DA 3PP2A 1DBHA 5L81A 4W52A 3KSYA 1L75A 2B73A 1MPHA 1CVKA 1NHBA 4I7KA 4HB2B 4K2PA 1DYCA 2Y8FA 3DXEA 1CX7A 1LW3A 1CU0A 2OE9X 4I7RA 2W2XC 2RH1A 250LA 3G3WA 1L58A 3CDQA 1C67A 2EC1A 1P64A 4I7NA 1L0JA 114LA 1L68A 1QS5A 1V5PA 1CV0A 2B6YA 3QAKA 2RB0X 1U5FA 2CUUA 4ARQB 4EKRA 2COAA 3FADA 1ZVRA 4D0NB 1DDMA 1DROA 2LULA 156LA 131LA 148LE 2OU8A 2K2JA 2J0MA 2M14A 2V76A 3NSUA 2B7XA 1I6SA 1W1DA 2D9WA 4HAYB 2RAYX 2EJ8A 4EJ4A 4DX8A 1CUQA 4EKUA 228LA 1P2RA 186LA 3EMLA 4I7OA 239LA 3ODXA 1D3MA 1L72A 3SB5A 3U8ZA 3DN6A 1L81A 200LA 2DFKA 2Z0QA 4XWXA 2XQNM 2GCLA 1SX7A 3NYAA 3L2XA 4HAZB 1CV4A 2E2XA 1L67A 213LA 5KCVA 5DIFB 1L02A 2J0JA 2VKIA 1QSQA 3F9LA 4MK0A 210LA 1L06A 231LA 1TQZA 4PNKA 127LA 2HE7A 3SNHA 4LDOA 178LA 1C63A 2D9YA 2P0HA 3AU5A 3HT8A 1G06A 4W58A 1DYNA 4A6KA 235LA 2RSGA 1L53A 180LA 2DHKA 1ZSQA 162LA 1OVKA 2DKQA 2LOXA 1V61A 2I1KA 2VRWB 4C0AA 1AQCA 2YVCA 3KZ1A 5C5BA 4HATB 4PJZA 4EKQA 1P3NA 107LA 1L97A 181LA 4S0WA 1L22A 256LA 4YXCA 1MK7B 1L43A 1M7EA 1JTMA 2IFSA 2YS3A 1PFJA 191LA 3V2WA 227LA 1N3HA 205LA 1X86A 1L52A 1SWZA 1P2LA 3C8QA 3FI5A 4W53A 1XCGA 2RUKB 3GUKA 4TYZA 2UZRA 1P5CA 1L65A 1L00A 2ELBA 1C64A 1G0GA 3HTFA 4BBKA 1LI6A 1G0QA 1EF1A 1L96A 1QQGA 170LA 3DN3A 214LA 198LA 3HUKA 3GULA 2DX5A 2B6XA 5JHHA 2MKRA 142LA 2DX1A 1B6IA 1FHWA 1G07A 1G0PA 234LA 145LA 229LA 1EVHA 2X18A 123LA 2DTCA 5C79A 2HUMA 2YS1A 169LA 1QT7A 1CV6A 3SBAA 3IVFA 3KRXA 2COFA 4B6HA 2RBQA 146LA 4F7HA 4YX7C 149LA 1UEFA 5HE1A 1LPYA 4GZUA 3C8SA 2RNRB 109LA 108LA 2D9ZA 1JTNA 1C6KA 1L46A 2RBOA 1UNRA 206LA 3F8VA 4NY0A 3X23A 4EMOA 1EGXA 251LA 3C83A 4ARPA 2UZSA 2Z6BA 1L14A 1XEPA 3ODOA 262LA 1V5MA 1L92A 1ZURA 2JP2A 240LA 1P7SA 2ADZA 144LA 3FEHA 2M38A 3QIJA 249LA 1CTWA 1KNIA 1KW7A 175LA 1L84A 3WA0A 3D8FA 1L32A 3PBLA 1L07A 1L15A 2LG1A 2LKOA 147LA 1XODA 5CLLB 1G0KA 2NTHA 140LA 1FOEA 3ODWA 1XJTA 3WYFB 1L09A 253LA 1L37A 1L95A 4IOYX 141LA 4KHBB 3TFMA 4HB4B 1OVJA 4I7SA 1Z87A 3OE6A 4LDEA 1C6TA 1L12A 3GUMA 3GYOA 1OV5A 3PZDA 3HW2B 2QKMA 4DKLA 2OTZX 238LA 3T06A 2I5FA 247LA 1SSYA 2LYDA 118LA 3GUOA 1LGUA 4YXAC 1D3JA 5JLJB 2DYQA 2YS5A 1LWKA 3FSSA 3DMZA 1C6LA 1DYFA 1DYEA 1KW5A 2IYBA 2QARC 1QT8A 3OE9A 1L47A 1NU2A 4NSWA 1L66A 1P46A 4EKSA 2NMBA 1D3NA 4AQNA 1XJUA 4HAVB 5HE3A 3SN6R 2B6ZA 220LA 4KHAA 2FJLA 1C66A 1OWYA 1QTCA 1L49A 3QWMA 2NTGA 3SYXA 3C81A 1CU6A 1MIZB 1L60A 2Q9DA 4I7TA 1PQDA 1C6EA 2D9XA 3OANA 2B74A 232LA 2Z0PA 1PQKA 1FGYA 176LA 1L24A 1W1HA 2AEHA 260LA 4I7MA 3HDEA 4K81A 2OE4X 221LA 4W54A 3ZVRA 4ZRKA 2CY5A 2YRYA 4CHMA 3DN1A 1V89A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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215LA 1P6SA 4W55A 1L85A 4XADA 2KUQA 3WH1A 1U5DA 5EFXA 1CU2A 2RAZX 4FJRA 223LA 3KAMA 3LZTA 4DYGA 5J3QA 1SX2A 1LZ1A 128LA 1LWGA 4HSIA 7LZMA 4DD0A 3A3QA 1T97A 1UICA 1F6RA 5HE2A 2K2UA 248LA 159LA 2D4KA 4NGLA 4NSHA 4QGZA 3TO1A 1CU3A 1LZNA 5B59A 3TMVA 2F47A 4B4EA 3W3EA 2L2IA 5C16A 1PLSA 4BAPA 1GAYA 1INUA 3HFMY 1LMAA 1QUOA 1TDYA 1GF4A 4RDSA 4DAJA 1GB6A 3WW5A 3B6LA 166LA 1GE3A 1C6NA 1V5UA 4HPIA 1LSAA 3DXCA 4NGVA 1DYDA 5KXOA 1F6SA 3RZEA 1JTPL 2J59M 1DPXA 1GHLA 1LSCA 3HTDA 217LA 1SWYA 1OVHA 1LYGA 1HFXA 3A94A 3ATOA 1TAYA 4RW2A 3RNXA 4XJIA 1GB5A 125LA 219LA 5A3ZA 4MT7A 3D4SA 4H8SA 4LT3A 4OOTA 165LA 1L73A 1SQ2L 3J6KA 1B5WA 2D2QA 2LZMA 1DZBX 4WM6A 1P36A 5D3VA 2Z19A 3KY9A 1CV5A 1L30A 4H9HA 4YEOA 2Q9EA 2AUBA 3ODUA 1LYEA 1LSEA 2LYMA 1CUPA 1N4FA 4GXBA 5KJ9A 1GXXA 1GF7A 4O34A 4UWUA 3W6BA 3L64A 3DN4A 1K28A 3NWDA 172LA 1L39A 126LA 4Y94A 4WVFB 1IR8A 4WLYA 4A6FA 3GXRA 2YBHA 2DLWA 2ZNWY 1L71A 2GV0A 196LA 3HIEA 2Y8GA 3HH6A 1BHZA 4QJ5B 1LI2A 3DN2A 4IAPA 4NGJA 5DHAB 2D10A 183LA 4I7QA 4PK0A 5I14A 3P6AA 1IP5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KRW A;  2KCJ A;  2ROZ B;  1C6A A;  1L34 A;  1L03 A;  1OV7 A;  3G3V A;  3G9W A;  4HDO A;  246L A;  4EPF A;  1L13 A;  3SUZ A;  163L A;  1IRS A;  1U5G A;  2CY4 A;  3A8Q A;  4W56 A;  1L98 A;  1C6Q A;  1T8G A;  3DMV A;  1L62 A;  5D3W A;  4L6E A;  2BCJ A;  258L A;  4A5K A;  3M1I B;  3SB8 A;  120L A;  2ANX A;  3F0W A;  4HAX B;  1P37 A;  2CAY A;  1L56 A;  3PVL A;  1KS3 A;  2GCJ A;  1C60 A;  110L A;  1G0L A;  1D9W A;  2H7E A;  1L0K A;  1L61 A;  4K5Y A;  2HUL A;  4W59 A;  199L A;  1SSW A;  4ZPU A;  3A98 B;  2P8V A;  1SGH A;  3DXD A;  2DN6 A;  1QTH A;  1QTD A;  188L A;  1QTZ A;  2N0Y A;  1C6G A;  1T8A A;  1L55 A;  1L23 A;  1KZG A;  4ARM B;  4EKP A;  122L A;  184L A;  3GUN A;  3BIN A;  190L A;  1X1G A;  1LYJ A;  5GOW B;  2YT1 A;  2O7A A;  1PQJ A;  3G3X A;  3RUN A;  1L40 A;  2P0D A;  4KVG B;  1GC6 A;  1WGQ A;  3GYP A;  1L57 A;  4GMX B;  3RCP A;  1L63 A;  3PSC A;  1QT3 A;  1L64 A;  1K5G B;  1MKE A;  1X1F A;  1C6H A;  1WTH A;  1U2B A;  3TW1 A;  1L05 A;  1BWN A;  3AJ4 A;  1L54 A;  3HQC A;  2B6T A;  3CDT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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