The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
|
sequence length |
109
|
structure length |
102
|
Chain Sequence |
YHKYKVWRRQQMSFINKHERTLAIDGDYIYIVPPENVKTKSLHISQVVLVKKSKRVPEHFKIFVRREGQDDIKRYYFEAVSGQECTEIVTRLQNLLSAYRMN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of the pleckstrin homology domain of Saccharomyces cerevisiae Avo1 and its human orthologue Sin1, an essential subunit of TOR complex 2
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Target of rapamycin complex 2 subunit AVO1
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule tags |
Membrane protein
|
| total genus |
20
|
| structure length |
102
|
| sequence length |
109
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-11-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16979 | SIN1_PH | SAPK-interacting protein 1 (Sin1), Pleckstrin-homology |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Y5O A; 4HAT B; 3U8Z A; 2LOX A; 1OQN A; 2VKI A; 1GG3 A; 4CHJ A; 1XOD A; 2Z0Q A; 5C79 A; 4ZRK A; 3SYX A; 2Y8F A; 4EJN A; 2AEH A; 1SHC A; 2COD A; 5FI1 A; 3VIA A; 3F0W A; 1MK9 B; 2MWN B; 2D9V A; 2D10 A; 4EKU A; 2MKR A; 3KZ1 A; 1P3R A; 1XX0 A; 2VRW B; 4EMO A; 1QC6 A; 1X05 A; 1K5D B; 2CY5 A; 2RGN B; 1W1G A; 2Z0O A; 2LG1 A; 3AJ4 A; 1EAZ A; 4A5K A; 1ZM0 A; 2DYQ A; 3TCA A; 3A8Q A; 4NY0 A; 2DKP A; 1P6S A; 2EMT A; 4HDO A; 4YL8 A; 2J0M A; 3ODO A; 2M38 A; 1ZC4 B; 3SV1 A; 2G35 A; 2YVC A; 2DN6 A; 3HW2 B; 1M7E A; 2EC1 A; 4HAX B; 3QIJ A; 5J3Y A; 4GXB A; 4CYE A; 2N0Y A; 2H7E A; 4MY6 A; 1J0W A; 1PMS A; 3FM8 C; 1XCG A; 5JP4 A; 1UPQ A; 3KSY A; 2COA A; 3HQC A; 2GJY A; 1DRO A; 3PSC A; 3AU5 A; 4B6H A; 3OAN A; 2D2Q A; 1E5W A; 2YRY A; 2LUL A; 2QKM A; 4PQ0 A; 1EVH A; 3PVU A; 3HK0 A; 1FAO A; 2ZPY A; 2DLW A; 2PZ1 A; 2IFS A; 3TVV A; 3ODX A; 2UZS A; 1I2H A; 4D0N B; 1K5G B; 4KHO A; 3TW1 A; 3KRW A; 3IVF A; 3QBV B; 2J0K A; 5D3V A; 3PEG A; 1TJ6 A; 3ULC A; 3AU4 A; 1U5E A; 3N7C A; 1WG7 A; 5JHG A; 4C0A A; 1WVH A; 3LJU X; 1V89 A; 4KVG B; 5LON B; 1OY2 A; 3PP2 A; 3ZVR A; 1NTV A; 5D3W A; 2CRF A; 1AWE A; 1U27 A; 1V61 A; 4HAY B; 2J0J A; 3X23 A; 1MIX A; 1WGU A; 1ISN A; 2P0H A; 5DI9 B; 1NI2 A; 3VOQ A; 2YSZ A; 4F7H A; 4HHV A; 2K00 A; 1W1D A; 1ZSQ A; 2L1C A; 5KQ4 A; 1UPR A; 4YON A; 3DXE A; 2KUP A; 4XWX A; 2Y7B A; 1WI1 A; 4BBK A; 3D8E A; 1DDV A; 3ULB A; 2UZR A; 1BWN A; 3TO1 A; 2W2X C; 1V5P A; 1OMW A; 3O96 A; 2P0F A; 5D27 A; 2J59 M; 3P6A A; 2E2X A; 4WJ7 A; 3PVL A; 4K81 A; 3FSS A; 1MPH A; 2DKQ A; 2NMB A; 3WA0 A; 4F7G A; 5DHF B; 2YS5 A; 1FGZ A; 3A8P A; 2MFQ A; 4PNK A; 1NTY A; 2D9Y A; 4F7U P; 2RSG A; 4WSF A; 3T06 A; 1WGQ A; 5EFX A; 1FB8 A; 1TQZ A; 2CAY A; 4GN1 A; 2Y8G A; 2HE7 A; 3D8F A; 4NSW A; 1XKE A; 2NZ8 B; 2IYB A; 3G9W A; 2Q13 A; 5HE3 A; 1TXD A; 2RUK B; 5FI0 A; 3PG7 A; 1KZ7 A; 2I1J A; 3KY9 A; 3A98 B; 5LOP B; 4MT7 A; 4KHA A; 2COF A; 1RRP B; 3PVW A; 1M7R A; 2CY4 A; 4IAP A; 4HAW B; 1MAI A; 2RVB B; 3U7D A; 4Z2N A; 1BTN A; 4DXA B; 2COC A; 1DDW A; 2YT1 A; 4KHB B; 1Y19 B; 1RJ2 A; 1H10 A; 1UEF A; 4TYZ A; 1X11 A; 1NU2 A; 5DHA B; 5C6R A; 5KCV A; 1B55 A; 1DBH A; 1ZC3 B; 3KRX A; 5D3Y A; 2P8V A; 3BIN A; 2D4Q A; 1EGX A; 1U5D A; 2DYN A; 1Z87 A; 2D9Z A; 1I7A A; 5GOW B; 2DX1 A; 1MIZ B; 5J3T A; 3ML4 A; 4DBB A; 2N23 A; 4Z2M B; 2DHK A; 4IOY X; 1UNR A; 1X1F A; 5HE2 A; 4DX9 0; 2M14 A; 4CHM A; 1N3H A; 3F5R A; 4IFS A; 3QWM A; 2I5C A; 2EMS A; 2VSZ A; 4Y94 A; 1J19 A; 2BCJ A; 5D3X A; 2AL6 A; 4DX8 A; 2K2J A; 3TFM A; 2R0D A; 2I1K A; 1FOE A; 1KZG A; 2P0D A; 2KGX B; 4KAX B; 1PFJ A; 3GYO A; 1LW3 A; 4HB2 B; 3SO6 A; 5HE0 A; 4H8S A; 1FGY A; 4K2O A; 1XD4 A; 3NSU A; 1AQC A; 1FHX A; 4HB4 B; 2DHJ A; 2GCL A; 1X1G A; 4A6F B; 1BTK A; 5C16 A; 2GS0 A; 5CLQ B; 2EJ8 A; 4HDQ A; 2XQN M; 5C5B B; 4HAU B; 2OTX A; 1U5F A; 4GMV A; 4GZU A; 3SUZ A; 2ADZ A; 1SGH A; 2YS1 A; 1DDM A; 2KCJ A; 3DXD A; 2OQB A; 2ROV A; 3MDB C; 3WYF B; 3ZDT A; 1U2B A; 5JLJ B; 2LOZ A; 1V5U A; 4ZRI A; 2V76 A; 2D9X A; 1UNP A; 1MK7 B; 1UNQ A; 4MK0 A; 2Z0P A; 2DTC A; 2D9W A; 5KQ1 A; 4A6F A; 1X86 A; 1XR0 B; 2YF0 A; 1DYN A; 1EF1 A; 1GC6 A; 1Q67 A; 1U5G A; 3P7Z A; 2DFK A; 1LB1 A; 2H7D A; 3SNH A; 3CIK A; 5C5B A; 5L81 A; 4K17 A; 2GCJ A; 1PLS A; 2MDX A; 1MKE A; 1U29 A; 2D11 A; 3DXC A; 1WJ1 A; 4GMX B; 2YS3 A; 1W1H A; 1IRS A; 3PZD A; 1KI1 B; 4ZRJ A; 2X18 A; 5J3Q A; 1P5T A; 3GYP A; 2K2U A; 4HAZ B; 2RNR B; 2DA0 A; 2HTH B; 2DHI A; 5CLL B; 1ZVR A; 3FEH A; 2I5F A; 4WVF B; 3ODW A; 2L2I A; 4A6K A; 4A6H A; 3MPX A; 4HB0 B; 4TKN A; 5DIF B; 2JP2 A; 2YT0 A; 1GC7 A; 1FHO A; 2W2X D; 2ELA A; 1V88 A; 2DX5 A; 2QKL A; 1BAK A; 2ELB A; 3CXB B; 3UZT A; 1V5M A; 3BJI A; 4K2P A; 5JHH A; 1QQG A; 2FJL A; 3RCP A; 2RLO A; 2LYD A; 2W2W A; 2ROZ B; 4P7I A; 3D8D A; 2LKO A; 1WJM A; 4L6E A; 2R09 A; 3M1I B; 5DH9 B; 2UVM A; 4HAV B; 1FHW A; 4HB3 B; 4GPT B; 1H4R A; 3V5W A; 5HE1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Y5O A; 4HAT B; 3U8Z A; 2LOX A; 1OQN A; 2VKI A; 1GG3 A; 4CHJ A; 1XOD A; 2Z0Q A; 4QJ3 B; 5C79 A; 4ZRK A; 3SYX A; 2Y8F A; 4EJN A; 2AEH A; 1SHC A; 2COD A; 5FI1 A; 3VIA A; 3F0W A; 1MK9 B; 2MWN B; 2D9V A; 2R2Y A; 2D10 A; 4EKU A; 2MKR A; 3KZ1 A; 1P3R A; 1XX0 A; 2VRW B; 4EMO A; 1QC6 A; 1X05 A; 1K5D B; 2CY5 A; 2RGN B; 1W1G A; 2Z0O A; 2LG1 A; 3AJ4 A; 1EAZ A; 4QXA B; 2Z59 A; 4A5K A; 1ZM0 A; 2DYQ A; 4CSQ A; 5I2M A; 3TCA A; 3A8Q A; 4NY0 A; 2DKP A; 1P6S A; 2EMT A; 4HDO A; 4YL8 A; 2J0M A; 3ODO A; 2M38 A; 4OT1 A; 1ZC4 B; 3SV1 A; 2G35 A; 2YVC A; 2DN6 A; 3HW2 B; 1M7E A; 2EC1 A; 4HAX B; 1T77 A; 3QIJ A; 5J3Y A; 4GXB A; 4CYE A; 2N0Y A; 2K8E A; 2H7E A; 4MY6 A; 1J0W A; 1PMS A; 3FM8 C; 1XCG A; 5JP4 A; 1UPQ A; 3KSY A; 2COA A; 3HQC A; 2GJY A; 1DRO A; 3PSC A; 3AU5 A; 4B6H A; 3OAN A; 2D2Q A; 1E5W A; 2YRY A; 2LUL A; 2QKM A; 4PQ0 A; 3OHM B; 1EVH A; 3PVU A; 3HK0 A; 1FAO A; 2ZPY A; 2DLW A; 2PZ1 A; 2IFS A; 3TVV A; 3ODX A; 2UZS A; 1I2H A; 4D0N B; 1K5G B; 3HSA A; 4KHO A; 3TW1 A; 3KRW A; 3IVF A; 3QBV B; 2J0K A; 2KR0 A; 5D3V A; 3NWF A; 3PEG A; 1TJ6 A; 3ULC A; 3AU4 A; 3NWA A; 1U5E A; 3N7C A; 1WG7 A; 5JHG A; 4C0A A; 1WVH A; 3LJU X; 1V89 A; 4KVG B; 5LON B; 1OY2 A; 3PP2 A; 3ZVR A; 1NTV A; 5D3W A; 2CRF A; 2GUM A; 5I2S A; 1U27 A; 1AWE A; 1V61 A; 4HAY B; 2J0J A; 2Z14 A; 3X23 A; 1MIX A; 1WGU A; 1ISN A; 2P0H A; 5DI9 B; 1NI2 A; 3VOQ A; 2YSZ A; 4F7H A; 4HHV A; 2K00 A; 2NBV A; 3HIE A; 1W1D A; 1ZSQ A; 2L1C A; 5KQ4 A; 1UPR A; 4YON A; 3DXE A; 2KUP A; 4XWX A; 3NW8 A; 2Y7B A; 1WI1 A; 4BBK A; 3D8E A; 1DDV A; 3ULB A; 2UZR A; 1BWN A; 3TO1 A; 2W2X C; 1V5P A; 1OMW A; 3O96 A; 2P0F A; 5D27 A; 2J59 M; 3P6A A; 2E2X A; 4WJ7 A; 3PVL A; 4K81 A; 3FSS A; 1MPH A; 2DKQ A; 2NMB A; 3WA0 A; 3DCX A; 4F7G A; 5DHF B; 2YS5 A; 1FGZ A; 3A8P A; 2MFQ A; 4PNK A; 1NTY A; 2D9Y A; 4F7U P; 2RSG A; 4WSF A; 3T06 A; 1WGQ A; 4D6W A; 5EFX A; 1FB8 A; 1TQZ A; 2CAY A; 4GN1 A; 2Y8G A; 2HE7 A; 3D8F A; 4NSW A; 1XKE A; 2NZ8 B; 2IYB A; 3G9W A; 2Q13 A; 5HE3 A; 1TXD A; 2RUK B; 5FI0 A; 3PG7 A; 1KZ7 A; 2I1J A; 2KIE A; 3A98 B; 3KY9 A; 5LOP B; 4MT7 A; 4KHA A; 2COF A; 1RRP B; 3PVW A; 4GOU A; 1M7R A; 2CY4 A; 4IAP A; 4HAW B; 1MAI A; 2RVB B; 3U7D A; 4Z2N A; 1BTN A; 4DXA B; 2Z13 A; 2COC A; 1DDW A; 2YT1 A; 3B77 A; 4KHB B; 1Y19 B; 1RJ2 A; 1H10 A; 1UEF A; 4TYZ A; 1X11 A; 1NU2 A; 5DHA B; 5C6R A; 5KCV A; 1B55 A; 1DBH A; 2Z4D A; 1ZC3 B; 3KRX A; 5D3Y A; 2P8V A; 3BIN A; 2D4Q A; 2FJU B; 1EGX A; 1U5D A; 2DYN A; 4QJ4 B; 1Z87 A; 2D9Z A; 1I7A A; 5GOW B; 2DX1 A; 1MIZ B; 5J3T A; 3ML4 A; 4DBB A; 2N23 A; 4Z2M B; 2DHK A; 4IOY X; 1UNR A; 1X1F A; 5HE2 A; 4DX9 0; 2M14 A; 4CHM A; 1N3H A; 3F5R A; 4DIX A; 4IFS A; 5M4Y B; 3QWM A; 2I5C A; 2EMS A; 2VSZ A; 4Y94 A; 1J19 A; 2BCJ A; 5D3X A; 4KHB A; 2AL6 A; 4DX8 A; 2YT2 A; 2K2J A; 3TFM A; 2R0D A; 2I1K A; 1FOE A; 1KZG A; 2P0D A; 2KGX B; 4KAX B; 1PFJ A; 3GYO A; 1LW3 A; 4HB2 B; 3SO6 A; 5HE0 A; 4H8S A; 1FGY A; 1ZYI A; 4K2O A; 1XD4 A; 3NSU A; 1AQC A; 3A58 A; 1FHX A; 3FVC A; 4HB4 B; 2DHJ A; 2GCL A; 1X1G A; 4A6F B; 1BTK A; 5C16 A; 2GS0 A; 5CLQ B; 2EJ8 A; 4HDQ A; 2XQN M; 5C5B B; 4HAU B; 2OTX A; 4QJ5 B; 1U5F A; 4GMV A; 4GZU A; 4HSI A; 3SUZ A; 2ADZ A; 2KUQ A; 1SGH A; 2YS1 A; 1DDM A; 2KCJ A; 3DXD A; 2OQB A; 2ROV A; 3MDB C; 3WYF B; 3ZDT A; 1U2B A; 5JLJ B; 2LOZ A; 1V5U A; 4ZRI A; 2V76 A; 2D9X A; 1UNP A; 1MK7 B; 1UNQ A; 4MK0 A; 2Z0P A; 2DTC A; 2D9W A; 5IRS A; 5KQ1 A; 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