The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
108
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structure length |
108
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Chain Sequence |
MATSSEEVLLIVKKVRQKKQDGALYLMAERIAWAPEGKDRFTISHMYADIKCQKISPEGKAKIQLQLVLHAGDTTNFHFSNESTAVKERDAVKDLLQQLLPKFKRKAN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Insight into the Mechanism of TFIIH Recognition by the Acidic String of the Nucleotide Excision Repair Factor XPC.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA repair protein complementing XP-C cells
|
| molecule tags |
Dna binding protein/transcription
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
31
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| structure length |
108
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| sequence length |
108
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-07-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF08567 | PH_TFIIH | TFIIH p62 subunit, N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Y7B A; 2M38 A; 2LOX A; 2GCL A; 3PEG A; 1FHX A; 2D9Z A; 1WJM A; 1LW3 A; 2YVC A; 3PSC A; 3GYP A; 1U27 A; 2AEH A; 5KQ1 A; 4Y94 A; 2J0J A; 1UPR A; 2D9X A; 3UZT A; 3D8F A; 3AJ4 A; 3F0W A; 1QC6 A; 3KRX A; 3P6A A; 1KI1 B; 2NMB A; 4KHO A; 4TKN A; 3ULB A; 4IOY X; 3QIJ A; 5CLL B; 4D0N B; 2E2X A; 2Q13 A; 4EMO A; 3TCA A; 1M7R A; 1I2H A; 1UNP A; 3WA0 A; 1FGZ A; 3V5W A; 1XX0 A; 1P5T A; 5D27 A; 3CIK A; 2DKQ A; 2J59 M; 2YT0 A; 3U8Z A; 1TQZ A; 1W1D A; 1Y19 B; 1X1G A; 2P8V A; 1AQC A; 3PVU A; 2KUP A; 2RSG A; 3TFM A; 4B6H A; 4EJN A; 2W2X D; 4A6F A; 1V89 A; 3TVV A; 2MKR A; 3NSU A; 2BCJ A; 4DX8 A; 2GCJ A; 1DDW A; 4P7I A; 4A6H A; 5JP4 A; 3TO1 A; 2COC A; 2DX5 A; 3M1I B; 4GN1 A; 2VSZ A; 2PZ1 A; 1ZVR A; 1NTV A; 2P0D A; 2NZ8 B; 4PQ0 A; 2RGN B; 1FHO A; 3HW2 B; 3PP2 A; 1OMW A; 1J0W A; 1DDM A; 1P6S A; 4ZRK A; 3PG7 A; 5C5B B; 1KZ7 A; 3ODO A; 5FI1 A; 4CHM A; 3KRW A; 2R09 A; 2DX1 A; 4HAX B; 2LYD A; 1WGQ A; 4L6E A; 3T06 A; 2Z0Q A; 4DBB A; 3DXE A; 1DRO A; 4HAT B; 1BAK A; 2R0D A; 2W2X C; 4HB3 B; 2V76 A; 3HQC A; 5D3V A; 1ZSQ A; 3X23 A; 1RJ2 A; 3WYF B; 5DHF B; 1FAO A; 3P7Z A; 1EF1 A; 1ISN A; 5D3Y A; 3FSS A; 1GG3 A; 2HTH B; 3IVF A; 3OAN A; 4HAY B; 3ZDT A; 4K2P A; 4YON A; 2K2U A; 4IAP A; 1GC6 A; 3A98 B; 2HE7 A; 4WJ7 A; 1EGX A; 5HE3 A; 3LJU X; 1KZG A; 5HE2 A; 2FJL A; 4MT7 A; 1K5D B; 3KZ1 A; 2H7E A; 2D10 A; 3AU5 A; 1TXD A; 2W2W A; 1SGH A; 2CY5 A; 1X1F A; 3O96 A; 3KSY A; 2Z0P A; 1EAZ A; 5JHG A; 1OY2 A; 5HE0 A; 2J0M A; 2CRF A; 4CYE A; 5LOP B; 3ULC A; 3D8D A; 3SUZ A; 3ODW A; 1ZM0 A; 1V5P A; 2RNR B; 2YF0 A; 1NI2 A; 3KY9 A; 2YS1 A; 1QQG A; 4GMX B; 1DDV A; 2ROZ B; 2EJ8 A; 3PVL A; 1V5U A; 1OQN A; 3U7D A; 2COA A; 4K2O A; 5C16 A; 2MDX A; 5HE1 A; 4MY6 A; 4XWX A; 2K2J A; 4HDQ A; 3SNH A; 4Z2N A; 2I5C A; 2RLO A; 4H8S A; 3TW1 A; 1V88 A; 5DHA B; 1UNQ A; 4GMV A; 4HB2 B; 2X18 A; 2OQB A; 4KHB B; 5KCV A; 4DX9 0; 1X05 A; 3BIN A; 5C6R A; 4GXB A; 1Q67 A; 2COD A; 2YT1 A; 4K17 A; 4PNK A; 2Z0O A; 1Y5O A; 5JHH A; 5C5B A; 2CAY A; 4HAZ B; 1WG7 A; 2D9Y A; 2Y8G A; 2YRY A; 3ZVR A; 3SV1 A; 1MK7 B; 4KAX B; 2LOZ A; 2QKL A; 2P0F A; 4GZU A; 4A5K A; 1U5E A; 1UNR A; 3QBV B; 1UEF A; 2DHJ A; 2P0H A; 5D3W A; 1H4R A; 2JP2 A; 2DN6 A; 2ROV A; 3G9W A; 2LUL A; 5KQ4 A; 2D9V A; 2DLW A; 2UZR A; 2VRW B; 4Z2M B; 5DH9 B; 2L2I A; 3PZD A; 1H10 A; 2UVM A; 4KVG B; 2DFK A; 2XQN M; 1BTN A; 3FEH A; 1BTK A; 4ZRJ A; 1FOE A; 3D8E A; 1BWN A; 2KCJ A; 1DBH A; 1UPQ A; 4K81 A; 5L81 A; 3CXB B; 1U5F A; 1WI1 A; 2D2Q A; 1N3H A; 4MK0 A; 3MPX A; 2EC1 A; 2IFS A; 2RVB B; 2G35 A; 2UZS A; 4TYZ A; 3HK0 A; 2EMS A; 1V5M A; 1U5G A; 2N23 A; 3DXD A; 1FGY A; 5JLJ B; 3ODX A; 1RRP B; 2YS3 A; 3MDB C; 5DI9 B; 5J3T A; 1MIZ B; 2YSZ A; 2DHI A; 2IYB A; 2ELB A; 1I7A A; 1AWE A; 5J3Y A; 4HAV B; 3QWM A; 4C0A A; 1WJ1 A; 3A8Q A; 4F7H A; 1FB8 A; 4HAW B; 1NU2 A; 4WVF B; 1U29 A; 2DKP A; 5GOW B; 2GS0 A; 1XD4 A; 5FI0 A; 5D3X A; 2DHK A; 5DIF B; 2L1C A; 2DTC A; 3ML4 A; 3DXC A; 1M7E A; 1GC7 A; 1Z87 A; 2N0Y A; 3FM8 C; 4YL8 A; 2I1K A; 4BBK A; 1EVH A; 1PMS A; 1PFJ A; 2DA0 A; 2D4Q A; 2Y8F A; 2H7D A; 2KGX B; 2RUK B; 1J19 A; 1DYN A; 4WSF A; 2M14 A; 1V61 A; 1X86 A; 1XKE A; 3F5R A; 2D9W A; 1P3R A; 4ZRI A; 2DYN A; 1MKE A; 3RCP A; 4F7U P; 2COF A; 3PVW A; 2LG1 A; 1K5G B; 1MAI A; 2K00 A; 2VKI A; 1U2B A; 3GYO A; 2ELA A; 1MIX A; 1IRS A; 4DXA B; 5LON B; 1XCG A; 2AL6 A; 2LKO A; 2MWN B; 2J0K A; 1TJ6 A; 1ZC3 B; 3A8P A; 3SYX A; 5J3Q A; 4CHJ A; 4NY0 A; 2YS5 A; 1MK9 B; 1WVH A; 1W1H A; 2EMT A; 1PLS A; 2MFQ A; 2ADZ A; 4A6F B; 4EKU A; 4NSW A; 1SHC A; 3VOQ A; 2ZPY A; 1E5W A; 4KHA A; 1XOD A; 4IFS A; 2I5F A; 4HDO A; 5CLQ B; 4HB4 B; 1B55 A; 2D11 A; 3AU4 A; 1NTY A; 2CY4 A; 1W1G A; 3VIA A; 5EFX A; 2DYQ A; 3SO6 A; 1XR0 B; 3N7C A; 1U5D A; 2I1J A; 1X11 A; 4HHV A; 1ZC4 B; 4HAU B; 1WGU A; 1LB1 A; 4HB0 B; 3BJI A; 1MPH A; 2QKM A; 2OTX A; 5C79 A; 1FHW A; 4GPT B; 2GJY A; 4F7G A; 4A6K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Y7B A; 2M38 A; 2LOX A; 2GCL A; 3PEG A; 1FHX A; 2D9Z A; 1WJM A; 1LW3 A; 2YVC A; 3PSC A; 3GYP A; 3HSA A; 1U27 A; 4GOU A; 2AEH A; 5KQ1 A; 4Y94 A; 2J0J A; 1UPR A; 2D9X A; 3UZT A; 3D8F A; 3B77 A; 3AJ4 A; 4OSN A; 3F0W A; 3NWF A; 1QC6 A; 3KRX A; 3P6A A; 1KI1 B; 2NMB A; 4KHO A; 4TKN A; 3ULB A; 4IOY X; 3QIJ A; 3DCX A; 4QXA B; 5CLL B; 4D0N B; 2E2X A; 2Q13 A; 4EMO A; 3TCA A; 1M7R A; 1I2H A; 1UNP A; 3WA0 A; 1FGZ A; 3V5W A; 1XX0 A; 1P5T A; 5D27 A; 3CIK A; 2DKQ A; 2J59 M; 2YT0 A; 3U8Z A; 1TQZ A; 1W1D A; 1Y19 B; 1X1G A; 2KR0 A; 2P8V A; 1AQC A; 3PVU A; 2KUP A; 2RSG A; 3TFM A; 4B6H A; 4EJN A; 2W2X D; 4A6F A; 1V89 A; 3TVV A; 2MKR A; 4DIX A; 3NSU A; 2BCJ A; 4GNK B; 4DX8 A; 2GCJ A; 1DDW A; 4P7I A; 4A6H A; 5JP4 A; 3TO1 A; 2KUQ A; 2COC A; 2DX5 A; 3M1I B; 4GN1 A; 2VSZ A; 2PZ1 A; 1ZVR A; 1NTV A; 2P0D A; 2NZ8 B; 4PQ0 A; 2RGN B; 1FHO A; 3HW2 B; 3PP2 A; 4L1R A; 2R2Y A; 1OMW A; 1J0W A; 2FJU B; 1DDM A; 1P6S A; 4D6W A; 4ZRK A; 3PG7 A; 5C5B B; 1KZ7 A; 3ODO A; 5FI1 A; 4CHM A; 3KRW A; 2R09 A; 2DX1 A; 4HAX B; 2LYD A; 1WGQ A; 4L6E A; 2YT2 A; 3T06 A; 2Z0Q A; 4DBB A; 5I2S A; 3DXE A; 1DRO A; 4HAT B; 1BAK A; 2R0D A; 2W2X C; 4HB3 B; 2V76 A; 3HQC A; 5D3V A; 1ZSQ A; 3X23 A; 1RJ2 A; 3WYF B; 5DHF B; 1FAO A; 3P7Z A; 1EF1 A; 1ISN A; 5D3Y A; 3FSS A; 1GG3 A; 2HTH B; 3IVF A; 2Z4D A; 3OAN A; 5I2M A; 1ZYI A; 4HAY B; 3ZDT A; 4K2P A; 4YON A; 2K2U A; 4IAP A; 1GC6 A; 3A98 B; 2HE7 A; 4WJ7 A; 1EGX A; 5HE3 A; 3LJU X; 1KZG A; 5HE2 A; 2FJL A; 4MT7 A; 1K5D B; 2H7E A; 3KZ1 A; 2D10 A; 3AU5 A; 1TXD A; 2W2W A; 1SGH A; 2CY5 A; 1X1F A; 3O96 A; 3KSY A; 2Z0P A; 1EAZ A; 5JHG A; 1OY2 A; 5HE0 A; 2J0M A; 2CRF A; 4CYE A; 5LOP B; 4QJ3 B; 3ULC A; 3D8D A; 3SUZ A; 3ODW A; 1ZM0 A; 1V5P A; 2RNR B; 2YF0 A; 1NI2 A; 3KY9 A; 2YS1 A; 1QQG A; 4GMX B; 1DDV A; 2ROZ B; 2EJ8 A; 3PVL A; 1V5U A; 1MI1 A; 1OQN A; 3U7D A; 2COA A; 4K2O A; 5C16 A; 2MDX A; 5HE1 A; 2K49 A; 4MY6 A; 2K2J A; 4HDQ A; 4XWX A; 3SNH A; 4OT1 A; 4Z2N A; 2I5C A; 2RLO A; 4H8S A; 3TW1 A; 1V88 A; 5DHA B; 1UNQ A; 4GMV A; 4HB2 B; 2X18 A; 2OQB A; 4KHB B; 5KCV A; 4DX9 0; 1X05 A; 3HIE A; 3BIN A; 5C6R A; 2Z14 A; 4GXB A; 1Q67 A; 2COD A; 2YT1 A; 4K17 A; 4PNK A; 2Z0O A; 1Y5O A; 5JHH A; 5C5B A; 2CAY A; 4HAZ B; 1WG7 A; 2D9Y A; 2ZKM X; 5IRS A; 2Y8G A; 2YRY A; 3ZVR A; 3SV1 A; 2NBV A; 1MK7 B; 4KAX B; 2LOZ A; 2QKL A; 2P0F A; 4GZU A; 4A5K A; 1U5E A; 1UNR A; 3QBV B; 1UEF A; 2DHJ A; 2P0H A; 5D3W A; 1H4R A; 2JP2 A; 2DN6 A; 2ROV A; 3G9W A; 2LUL A; 5KQ4 A; 2D9V A; 2DLW A; 2UZR A; 2VRW B; 2Z59 A; 4Z2M B; 5DH9 B; 2L2I A; 3PZD A; 1H10 A; 2UVM A; 4KVG B; 2DFK A; 2XQN M; 1BTN A; 3FEH A; 1BTK A; 4ZRJ A; 1FOE A; 3D8E A; 2KIG A; 1BWN A; 2KCJ A; 1DBH A; 1UPQ A; 4K81 A; 5L81 A; 3CXB B; 1U5F A; 1WI1 A; 2D2Q A; 1N3H A; 4MK0 A; 3MPX A; 4QJ4 B; 2EC1 A; 2IFS A; 2RVB B; 2G35 A; 2UZS A; 2K8E A; 4TYZ A; 3HK0 A; 2EMS A; 1V5M A; 1U5G A; 2N23 A; 3DXD A; 1FGY A; 5JLJ B; 3ODX A; 1RRP B; 2YS3 A; 3MDB C; 5DI9 B; 5J3T A; 1MIZ B; 2YSZ A; 2DHI A; 2IYB A; 2ELB A; 1I7A A; 1AWE A; 5J3Y A; 4HAV B; 3QWM A; 4C0A A; 1WJ1 A; 3A8Q A; 4F7H A; 1FB8 A; 4HAW B; 1NU2 A; 4WVF B; 1U29 A; 2DKP A; 5GOW B; 2GS0 A; 1XD4 A; 5FI0 A; 1T77 A; 4KHB A; 5D3X A; 3U12 A; 2DHK A; 5DIF B; 2L1C A; 3NWD A; 2DTC A; 3ML4 A; 3DXC A; 1M7E A; 1GC7 A; 1Z87 A; 2N0Y A; 3FM8 C; 4YL8 A; 2I1K A; 4HSI A; 4BBK A; 1EVH A; 1PMS A; 1PFJ A; 2DA0 A; 3OHM B; 2D4Q A; 2Y8F A; 2H7D A; 2KGX B; 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