2KR0A

Solution structure of the proteasome ubiquitin receptor rpn13
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
407
structure length
407
Chain Sequence
MTTSGALFPSLVPGSRGASNKYLVEFRAGKMSLKGTTVTPDKRKGLVYIQQTDDSLIHFCWKDRTSGNVEDDLIIFPDDCEFKRVPQCPSGRVYVLKFKAGSKRLFFWMQEPKTDQDEEHCRKVNEYLNNPPMPGALGASGSSGHELSALGGEGGLQSLLGNMSHSQLMQLIGPAGLGGLGGLGALTGPGLASLLGSSGPPGSSSSSSSRSQSAAVTPSSTTSSTRATPAPSAPAAASATSPSPAPSSGNGASTAASPTQPIQLSDLQSILATMNVPAGPAGGQQVDLASVLTPEIMAPILANADVQERLLPYLPSGESLPQTADEIQNTLTSPQFQQALGMFSAALASGQLGPLMCQFGLPAEAVEAANKGDVEAFAKAMQNNAKPEQKEGDTKDKKDEEEDMSLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of Proteasome Ubiquitin Receptor hRpn13 and Its Activation by the Scaffolding Protein hRpn2.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Protein binding
molecule keywords Proteasomal ubiquitin receptor ADRM1
total genus 63
structure length 407
sequence length 407
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04683 Proteasom_Rpn13 Proteasome complex subunit Rpn13 ubiquitin receptor
A PF16550 RPN13_C UCH-binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.29.70 Mainly Beta Roll PH-domain like PH-domain like 2kr0A01
3.40.190.140 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2kr0A02
2Z59A 2Z4DA 2L5VA 2R2YA 2KQZA 5IRSA 2NBVA 2MKZA 2KR0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I5PA 1NFTA 1OVTA 1UTBA 2XX8A 1WGUA 4HB0B 2WKYA 1EYJA 4OWDA 3VLUA 3USDA 3EF7A 1DK4A 4ELPA 1US4A 3U93A 1ZSQA 4ZEBA 2NBVA 5DEXB 2MWNB 2QL3A 1PMSA 4HHVA 4H5GA 2CRFA 1FBDA 2Y5KA 1FTOA 3PPOA 3U65A 4BDLA 2YT1A 5JTYA 5D3YA 4AS5A 2VOZA 3PVWA 1XR0B 1SQYA 1B46A 2DE4A 3TFLA 1V88A 1XD4A 3ZSFA 2YPNA 3QUFA 4HE1A 3OENA 2DWJA 2GH9A 1WVHA 2YF0A 3Q25A 2RSGA 1FTKA 2AL5A 4I62A 1SBPA 4HXVA 3PUVE 3IJOB 5DIFB 5FHOA 3JYRA 2VD3A 4UACA 5ICQA 1XOCA 4XIGQ 1V5MA 5AA2A 2YS3A 2MKZA 1I2HA 4PQJA 3HHFA 3TCAA 2QVUA 2W7YA 5CMMA 2J0MA 4QFLA 1N04A 4R9FA 2IFSA 4MT7A 2FIEA 3THIA 1LW3A 1DTGA 3FUZA 1DPPA 1HSJA 2DE2A 3IOVA 4ESWA 2X7QA 3NW8A 2OCUA 1ZLQA 2LULA 2QPQA 3KEIA 1SD3A 2Q88A 3RN8A 1BLFA 3U8QA 2Y7RA 2PX1A 2B4MA 2Q74A 2ROVA 1ZMGA 3G3IA 3EKIA 3IOUA 5HPQA 4GN1A 4JB7A 3SDFA 1U2BA 1EZPA 4NAPA 1Y4CA 4H0WA 4EKUA 4F22A 3Q29A 2QMWA 3E9XA 4QJ4B 2DWAA 3O9PA 4N07A 3PZDA 3PEGA 1Y3QA 3KC0A 2O7IA 2R6GE 5EYFA 2ZKMX 2MDXA 5TP9B 3PP2A 2OWZA 4GWZA 3SEUA 4M1VA 4XKPA 4OERA 4HW8A 3ULBA 4ISUA 4DIXA 2Y84A 2CZHA 4PCDA 1IUDA 1M5EA 2XWVA 5DTBA 1AWEA 1GGGA 4ZEFA 3DP8A 3HFUA 1DBZA 1EF1A 1RDXA 1LFGA 3RTWB 2D2QA 1DCUA 2YRYA 5CLQB 2DWHA 1EVHA 2UYEA 3WYFB 1PBQA 4HTGA 5CLLB 3T9VA 5KQ1A 3IOTA 5LDZA 1R1NA 2O1LA 4ONYA 3PD8A 2ZYMA 4G68C 1UTHB 4PP0A 2Y7WA 5L8DA 4BDRA 4H8SA 3VE1B 4H8JA 5A5XA 1LGBC 3TDJA 5D27A 4ZEIA 2B3FA 1MDQA 3NWDA 4PFWA 1MDP1 2OZZA 2DXYA 2PFYA 4DCXA 2DE3A 4QFNA 1USYH 1AIVA 1MKEA 2VRWB 1M7EA 1SGHA 2B3BA 4JXIA 1B0LA 4O8MA 2DYQA 4OESA 2A5TA 2ONKE 4TOZA 1Y19B 1JVYA 1ZTYA 1B51A 2UVIA 1KA1A 5C5BB 1BIYA 3OELA 5H8HA 2Z14A 1IZ1A 3LSXA 4FE8A 5ISUA 2DA0A 4R6HA 3K6UA 3PPQA 3OO7A 2YT2A 4G77A 3VIAA 1FJ9A 1XHYA 3F11A 3K2DA 2GFEA 4NF8A 3RLFE 4I3EA 2O69A 4TLLB 1AL3A 3BBRA 3PV0E 2F3DA 3OSQA 4XEQA 4F3SA 1WGQA 2ZMBA 4NX1A 4Z2MB 2CMOA 1BKAA 3UORA 1B9JA 1MIXA 3AXFA 1JW1A 1FTMA 4F1UA 1N3XA 3O6GA 2MFQA 3MVXA 4DLDA 1BTJA 1IXIA 2ZYNA 2XXTA 4YKIA 4OT1A 2F78A 3E4RA 2XXHA 5AA3A 2A5SA 3V83A 3TCGA 4K2OA 4N8YA 2F35A 2V25A 4KFQA 1MQDA 2KGXB 3S9EA 2PVUA 3PUXE 3TZAA 2Z13A 3C9HA 2YJPA 3K00A 2KIGA 2VPNA 4PAKA 4IY6A 5FTIA 5KCJB 3MP1A 5I59B 5FHNA 3LSFB 3B7DA 1B3HA 1MQHA 3T9HB 1WDNA 4P1EA 4GX6A 1NL5A 3A3UA 1UPRA 2HCAA 4A5KA 2RCBA 2D9XA 1Y3NA 2Q2AA 1JETA 1FTLA 3D1RA 4O3CA 4KI0E 5A5LA 4A6FA 4LUBA 4KXPA 4GRKA 2FIXA 3M3FA 2COAA 2PT2A 3S9MC 3TPAA 2VPOA 4F19A 4AS4A 3PSCA 2QVVA 4K17A 4U22A 1ISNA 4MHFA 3MBPA 2LG1A 2V3UA 3N5LA 3RTFB 5JHHA 3UP9A 4HAVB 2VP1A 4NMYA 2WBDA 3AU5A 2W2WA 1D9YA 4H45A 4F2OA 2UVMA 4TLMB 1V5PA 4H65A 4RPNA 2RNRB 3ZDTA 1FBCA 3TTRA 3CSGA 4I1DA 2REGA 2F7AA 3PVUA 3JZJA 1MK9B 2B65A 3E13X 1FTAA 1MAIA 4YICA 2DN6A 4MNIA 4MF3A 4DZ1A 2Q2CA 2ZNUA 4NY0A 1NUYA 1SW5A 1UIVA 3FXUA 3B50A 1O64A 1NMUA 3TO1A 3FEHA 2I5FA 3VVFA 1A99A 1NKXA 5EFXA 3K6XA 4OANA 2EMTA 2ELAA 4GX3A 3IFCA 4EQ9A 2P8VA 3VVDA 2HAVA 3FSSA 2I1KA 4B6HA 5I59A 4GZUA 2F5XA 5BUUA 1B52A 2HTHB 4ND9A 2V4CA 3LR1A 3IOWA 3U94A 3ROJA 3RPLB 4N6PA 2G35A 2RGNB 3T06A 4F31B 1U5FA 3KZGA 4YU0A 1D9QA 3RYDA 3OOAA 3UGWA 3GBBA 2GS0A 1DSNA 5EQAA 3QIJA 3SETA 5H8NB 2O1MA 4PTKA 3OO9A 2QS3A 1M5BA 5J3TA 2I58A 4PFYA 4HAYB 4NEDA 3TQLA 3PPPA 4PDDA 1NI9A 2ESNA 5IGAA 4PGNA 4P0IA 2AEHA 4IY5A 1NTVA 2I49A 4N81A 3DLNA 4YL8A 2E1SA 2CZKA 1B3FA 5I2SA 1XVXA 4HSIA 1DDVA 4Q0CA 3H6TA 4HCYA 3ODWA 2WBBA 3X23A 2DS9A 3EHUA 4YKKA 5EYGA 4NF4A 4GWUA 3S9LC 2XX9A 5IZZA 2LYDA 1MY2A 3KOTA 3O96A 4JSDA 1MPHA 4EF1A 3P7ZA 5TP9A 4GXBA 3H6UA 1N7XA 1QKBA 4X04A 3C35A 4RXLA 1DDMA 3G3FA 5H8QA 3VDFA 4PGPA 2KIEA 3TTKA 2EJ8A 3M3LA 1LAHE 4OTEA 3C34A 3PTYA 3VFJA 3VLWA 3RPWA 1BP5A 1GVCA 2UVGA 3QYTA 3HSTA 5HE2A 3PU5A 4U21A 1GV8A 2DQVA 1NU2A 4KAXB 5TPAB 1GTKA 3FD3A 3DP4A 3M8UA 3UZTA 1FPJA 3KRWA 4G8MA 4YMAA 1FPGA 2R71A 3VOQA 1SI1A 1B1XA 4JWOA 1CB6A 1Y4TA 1PEBA 1JVXA 2PFZA 1NV3A 1SW4A 2XXIA 5DYHA 2D21A 2F34A 5EQ9A 2HZKA 4DBBA 1M5DA 3QK6A 4KD5A 4EQ7A 1PB7A 1LBCA 2XX7A 2W2XC 1O7TA 4NSWA 3K1NA 3R26A 3TCFA 1MPCA 3CFXA 3FJGA 3O97A 1T77A 2P0HA 1ZKBA 5I58A 2XXUA 2ADZA 4GMVA 5CMBA 3PPNA 4PFBA 1XODA 5CBRA 1ZJLA 1P5TA 4KHZE 2IA4A 3U92A 4BDOA 2CZLA 1IMFA 2DYXA 4KCDA 1JEVA 3F0WA 2RC7A 4WKMA 1IXCA 4L17A 3FV1A 5JP4A 3B77A 4HS7A 4X1BA 5B70A 4ZEKA 3L6GA 2GUMA 3CIJA 5K2YA 4IO7A 1FPLA 1Q35A 4Y94A 4ZRKA 1Y1ZA 2UXAA 4MNPA 3I5OA 5FTHA 1OQGA 3DM0A 1ZM0A 4YMBA 5LTCA 5H8QB 4NF5B 2OK2A 1KZ8A 1LAXA 3Q27A 4GOUA 5JLJB 3N6TA 4EDPA 5BWJA 1FSAA 4GNKB 3O66A 1FQAA 1I7AA 5EYHA 1D9VA 4EQBA 4OEUA 4N6DA 3T9XB 3ZS6A 3FXBA 4FJPA 4P8BA 5KQ4A 2YS1A 3OEKA 1Y20A 4OENA 3D8DA 1MY1A 4FECA 3LSWA 1P1OA 3MPXA 2BJIA 3BIHA 3I3VA 4F3BA 2HPGA 3OSRA 2JJKA 1NV7A 3HW2B 2VT5A 4DX90 2HFBA 4LZ8A 1UIUA 4ZE9A 5KCJA 4GVOA 4XKQA 1N0TA 3SEXA 5I57A 4DXAB 4MMPA 4KHBB 1PLSA 4PBHA 1MI1A 4A6KA 1URSA 3MJNA 2H4IA 1TXFA 2RCAA 5C79A 4PAFA 3D4CA 4DDDA 2ZZXA 4CYEA 3GYOA 3W15C 3FATA 3UK4A 3NWFA 5ESYA 1UPQA 4QXAB 2Y5LA 2CY5A 4QJ5B 1IMDA 1VFDA 3TKDA 3FZVA 2R0DA 2V3QA 1U27A 2DKQA 1OY2A 3NOHA 5I56B 3C36A 1M7RA 1K9ZA 2DYNA 3CFZA 3DP6A 3CXBB 2BCJA 4EXKA 4K81A 2K8EA 1LBYA 2R9JA 2E2XA 3IVFA 1B2HA 1X1FA 1XI6A 4YONA 4MK0A 1N76A 1B6HA 3MW0A 5ELVA 4A6HA 3QWMA 1MQGA 2Z8EA 4OFLA 2PT1A 3D8FA 2KCJA 1XC1A 1QC6A 4LQ2A 1U29A 5I2KB 2ZZWA 4FATA 3E3KA 1OQHA 4R74A 5JK4A 1BTKA 2DDKA 4QFKA 2OLBA 2UVHA 3UIFA 3AU4A 4DXBA 2XXQA 2YT0A 4QFPA 2R09A 3MZ9A 4E0XA 3E78A 2Y8FA 2LAOA 2NXOA 5CI5A 4OVQA 3HPIA 3KFMA 5EHSA 4MX6A 4HB4B 4HB3B 2H25A 4GL8A 2XHDA 2D4QA 1B05A 1P99A 1KZGA 4IGTA 3D8EA 3TTLA 3RGYA 3HQCA 3H03A 3H4ZA 5IAIA 2GHAA 3MUQA 3G3HA 4I40A 1X1GA 2D5WA 3DELB 5EQ8A 4N13A 2XA5A 4TQUQ 4AQ4A 1NTYA 1LB1A 4NF0A 5D3VA 1YTVA 4Q30B 2XXXA 1ZC3B 4CHMA 1N84A 4XF5A 4ZEDA 2XWKA 2J59M 3FGSA 2UVJA 2B4LA 1WODA 5H8FB 1B7ZA 4RYAA 3QXMA 1LFIA 1IMAA 4HCWA 4OA4A 4RJZA 4YB6A 1EAZA 1ZYIA 1ZU0A 1VSOA 4MIJA 1B4HA 5I2NB 1IITA 1EZOA 4OXVA 1XT8A 2ZXTA 1TWYA 1GG3A 4R2BA 2F3BA 3TFMA 3K02A 1NNPA 1EGXA 3EN3A 2Y7IA 3FJMA 1LAFE 1LBBA 3MAMA 2HHMA 4OVTA 3TQWA 5IKBA 2XXPA 3H06B 2FVZA 3KRXA 1RRPB 3FV2A 2DVZA 5HE3A 4MBPA 3IL1B 5ITOA 3KY9A 2F6PA 2HAUA 1NH8A 4LZ5A 5HE0A 3V8XB 2Z0QA 3KG2A 2I1JA 3OMBA 4P1LA 1MG1A 3RPLA 1U5GA 1H10A 4HE0A 4N6KA 2ELBA 3SEVA 4R6YA 3ML4A 2X7PA 4KPTA 4OETA 2XXRA 4HDOA 2I6EA 4UABA 1IIWA 3TTMA 4LQ5A 2OX3A 5CM6A 1URDA 5B7DA 1Z7ME 1B7HA 2V3TA 1UNRA 3QBVB 4MCOA 4X9TA 1VE4A 3SZPA 1U5EA 3RCPA 4QSDA 1UQWA 4G2ZA 1ELJA 2NOOA 4GL0A 2FYIA 2O51A 1IEJA 2EMSA 3OEMA 1GC7A 3VVEA 1Y3PA 1FPIA 1A54A 3K0VA 4IGRA 3T0JA 4OHNA 4PFIA 3IORA 3F5RA 3KZ1A 5ET7A 1FPKA 2QMXA 4ZRJA 3LBSA 4UA8A 2Z4DA 5IM2A 3DXEA 4FEDA 1J19A 2XD2A 3A29A 1IMCA 2A5TB 2F7BA 4ECFA 1A40A 4WXJA 4XXUA 2CZIA 5L81A 3C33A 5JTYB 4OVRA 5FHMA 1FPDA 5GOWB 5H8HB 1OIBA 4NG7A 3MZBA 1LLSA 2HQ0A 3G7WA 3QUJA 2MKRA 2Z0PA 3HK0A 3KSYA 2DWIA 1S9TA 3MVZA 1FQEA 3ZKLA 2PYYA 4KCCA 4JBZA 3D4GA 5T3JA 3DXCA 1N7WA 3A8QA 1NUZA 4DCYA 3TVVA 4NF8B 2O68A 3KBZA 5TPAA 2P0SA 4P56A 4LN5A 2D3IA 5M2VA 4HE2A 1WG7A 3ZVRA 4QRZA 4YKPA 1PB9A 2Q13A 3VXBA 2I3WA 1O63A 3AJ4A 1OMWA 1HSEA 4GOTA 1I6BA 5L9OA 4DIGA 1B4ZA 3CIKA 4NE4A 4PFRA 3RNNA 4RK9A 3B6TA 4PQ0A 4JSOA 4Z7EA 4WJ7A 2Z0OA 1OVBA 4OSNA 2XQNM 1LFHA 4FEBA 1CNQA 2VD2A 3EHSA 3FBPA 2M8CA 1B0HA 5DVIA 4GQOA 3FJ7A 4QHQA 4E0WA 4GWOA 3TELA 4GBWA 4PF8A 1TFDA 3GBAA 1POTA 2H5YA 4WEPA 1FRPA 4GIZA 2QS4A 5KDTB 3BJIA 2V84A 3QIMA 5J3YA 1VFEA 5EQ7A 5CMCA 3V5AA 3CHGA 4DI4B 3V5WA 3HSAA 4F7UP 1DMBA 4GWWA 2UZSA 4P11A 4OQOA 4XKNA 1YCJA 3HN0A 3ODOA 1QULA 4IO3A 1GR2A 1X86A 3PG7A 2GCJA 2K49A 1I6AA 5ET5A 3U1OA 1ZIUA 5IZ1A 1LBZA 4NF5A 4NTLA 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3T66A 2DHKA 2G93A 3VXCA 4HDQA 1DDWA 4GXAA 1WJMA 5J3QA 4OVPA 2ZNSA 3H6WA 3VV5A 1II5A 2I4CA 3QMFA 3O6IA 1MXYA 2F36A 2Y7KA 5ET8A 2ZYOA 2LOZA 1MRPA 2P3VA 4N91A 1FBHA 3HHGA 3MPLA 2H7DA 4H46A 1V5UA 3KOSA 4GWSA 1QKAA 1FQCA 1N3WA 3S2VA 5HBCA 2DFKA 4JWYA 4P47A 4HATB 3I6VA 4OVSA 1NH7A 1DBHA 3KJ7A 5H8SA 1V89A 1FGYA 1IMBA 1FBEA 5DVFA 3TUSA 3BINA 2XD3A 3A09A 1SVXB 3HIEA 5F7VA 1EU8A 3LV0A 1PDAA 1LCFA 1Z87A 1MPDA 4H6DA 1LB9A 1PB8A 1RKMA 4IO2A 5KDTA 1US5A 2M38A 5CC2A 1NUWA 1J1NA 3A98B 2QKLA 5DI9B 1IXHA 1LBXA 4PC9A 4O7IA 4DXUA 2OBGA 4KQPA 5DEXA 3FVKA 4HAWB 1FBPA 4G8HA 1JW4A 4HB2B 1NI2A 3CG3A 4THIA 5F24A 1QVSA 3PVLA 2XXYA 2ALUA 4JVIA 4OZ9A 2DXRA 4G68B 1BK4A 4BLAA 2DKPA 1LBWA 1S7YA 4KYEA 2ZZVA 3TCHA 1POY1 4I3YA 1NV6A 2XWIA 2ZYKA 1Q67A 3FVCA 1INPA 1FBFA 1ATGA 2FBPA 4ZZAA 3OHMB 2THIA 4MY6A 1YYZA 1MY3A 4C1TA 2QKMA 5C5BA 1NUXA 4U4XA 4OVJA 2KR0A 5J1DA 5AA1A 5AA4B 4KYDA 5ET6A 4IOYX 4U1ZA 1FQDA 4JVCA 4NQ8A 1FBGA 1DROA 1H76A 2LKOA 2L5VA 4OFJA 2EC1A 3MSTA 2XXKA 3DXDA 1ZBMA 1TT1A 2RRFA 4CHJA 2DHIA 4F2QA 4PE5B 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Z59 A;  2Z4D A;  2L5V A;  2R2Y A;  2KQZ A;  5IRS A;  2NBV A;  2MKZ A;  2KR0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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