2KR0A

Solution structure of the proteasome ubiquitin receptor rpn13
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
407
structure length
407
Chain Sequence
MTTSGALFPSLVPGSRGASNKYLVEFRAGKMSLKGTTVTPDKRKGLVYIQQTDDSLIHFCWKDRTSGNVEDDLIIFPDDCEFKRVPQCPSGRVYVLKFKAGSKRLFFWMQEPKTDQDEEHCRKVNEYLNNPPMPGALGASGSSGHELSALGGEGGLQSLLGNMSHSQLMQLIGPAGLGGLGGLGALTGPGLASLLGSSGPPGSSSSSSSRSQSAAVTPSSTTSSTRATPAPSAPAAASATSPSPAPSSGNGASTAASPTQPIQLSDLQSILATMNVPAGPAGGQQVDLASVLTPEIMAPILANADVQERLLPYLPSGESLPQTADEIQNTLTSPQFQQALGMFSAALASGQLGPLMCQFGLPAEAVEAANKGDVEAFAKAMQNNAKPEQKEGDTKDKKDEEEDMSLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of Proteasome Ubiquitin Receptor hRpn13 and Its Activation by the Scaffolding Protein hRpn2.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Protein binding
molecule keywords Proteasomal ubiquitin receptor ADRM1
total genus 63
structure length 407
sequence length 407
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04683 Proteasom_Rpn13 Proteasome complex subunit Rpn13 ubiquitin receptor
A PF16550 RPN13_C UCH-binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.29.70 Mainly Beta Roll PH-domain like PH-domain like 2kr0A01
3.40.190.140 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2kr0A02
2KR0A 2R2YA 5IRSA 2MKZA 2L5VA 2NBVA 2KQZA 2Z59A 2Z4DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HW8A 3A8QA 4F3PA 1W1GA 3BFTA 4JDFA 4NE4A 4BDNA 4P56A 1Y3NA 3IOTA 4I3EA 2YT0A 1FBCA 5KZTA 4R9GA 1POTA 1ZLQA 4L6EA 4DXUA 1SDXA 2QS4A 4N8YA 1HSEA 3I3VA 3T22A 3T66A 1LLSA 4P0IA 3OO8A 1QUKA 1LBXA 2R6GE 4QJ4B 5FHOA 1LBZA 4NAPA 2NUVA 1P1NA 4QJ3B 2ELAA 3IB2A 3RQTA 1KWHA 4MCOA 5J3YA 1D3KA 1XVXA 3KZ1A 5IZ1A 2MKZA 1UEFA 1XHYA 4GL8A 1NFTA 4GZUA 5DVIA 3AU4A 3FJGA 2K49A 1FQFA 1MXYA 1NL5A 1JEVA 4NF0A 2PYYA 1ZSQA 5T3JA 2DHKA 1N7XA 1X1GA 3TTMA 3WAFA 4OENA 4NWDA 1D9YA 2F97A 5H8HA 2F34A 2D4QA 2KIGA 2CZIA 5EYHA 4F2QA 1EH3A 3M1IB 1M5EA 3KGCA 4MK0A 1KI1B 4DX8A 3ISPA 5I58A 1M5BA 4RJZA 3RNNA 4EXLA 3EHUA 3RLFE 1V5MA 3V89B 2QKMA 5ET6A 1MPHA 2AYSA 1U5DA 4GBVA 1MIZB 4CSQA 2ONKE 4A6KA 2GQ1A 1B1XA 4Y94A 5FI1A 5K2XA 2CEYA 4OANA 4MF3A 1JVXA 1FJ6A 1MM6A 1QUIA 4P1EA 1MXWA 1EZ9A 3OSQA 1P1QA 4F19A 3Q27A 2VP1A 1B5IA 3O28A 2HPGA 1RJ2A 4K17A 1N04A 3CFLA 3MW0A 4MAGA 3VLVA 2D5WA 3FZVA 3Q26A 5J1DA 3TCAA 2P1SA 4TOZA 1FB8A 1IMFA 5A5XB 1CNQA 4UACA 3VVDA 3KJTA 1URDA 4ISUA 1WVJA 2HCAA 2L5VA 4HSIA 1FPDA 2YS3A 3HHFA 5FHNA 1QC6A 2GFEA 4YB5A 3I6VA 2FJUB 1G0IA 1Y4TA 4WEPA 2KUQA 1MIXA 4CYEA 1B6HA 2BCJA 2K2JA 4JVIA 1F9BA 2QL3A 2D10A 1XVYA 3IOWA 4G2ZA 1DSNA 2HAUA 4Z7EA 2DWHA 5HM4B 1SVXB 4GMVA 1B0LA 4OETA 4HDOA 4Q8RA 4Z0IA 1IXGA 2GJYA 2IA4A 1RRPB 2W2XD 2KGXB 5LOMA 2XX8A 1KZ7A 1M5CA 3MPXA 3MP1A 2QVVA 1FJ9A 2DKQA 3T1BA 5I2NB 3K6UA 2THIA 4F39A 4RPNA 2XXUA 2ONSA 2ABHA 4PDHA 4KPTA 3MPLA 4JVDA 1MH3A 3U93A 4GWWA 4PFYA 3GBBA 4ESWA 2NXOA 2R09A 4MNPA 5IM2A 3A3CA 4YKPA 3VVEA 1NKXA 1BAKA 4PFWA 2HEUA 3U1OA 3C9HA 1JEUA 2RC8A 5AA3A 3TEPA 3KSYA 1FTAA 1V61A 5I2MA 3OO7A 2XQNM 3L6GA 4OFOA 3FXBA 2PT1A 4ELOA 4NY0A 5ET7A 1SW1A 2RNRB 1CB6A 3ILUB 2NOOA 4PE5B 4PC9A 4RY1A 1B3EA 3C36A 3MVXA 3K01A 2OZZA 3KSJA 1Y20A 2RVBB 3PUZE 3HFUA 1ELJA 3H4ZA 5DEXA 4H1XA 1OMWA 1LEVA 2P0HA 1H45A 4NMYA 3IAZA 2DYQA 5DHAB 4WXJA 4N6DA 1US4A 1BTJA 4OVRA 2Q89A 4Q0CA 2P2AA 4RYAA 4I62A 3FBPA 1MXXA 1UTBA 3IR1A 3O6GA 3SEXA 3PGFA 2J0MA 3CSBA 3L6HA 2XXHA 4N91A 5FBPA 1A8EA 4GX4A 1OVBA 4ZE9A 2HZLA 1UNQA 2WBDA 4FATA 3RCPA 3ULCA 4PCDA 1EAZA 4H8SA 4G68A 1IMCA 4EF1A 2DSFA 4MX6A 1RDYA 4I9DA 1P3RA 2RLOA 4GMXB 2Z0QA 1EF1A 4XF5A 2O1LA 4O7IA 3EN3A 1UPRA 2YT1A 1XOCA 1YPNA 4P1LA 4WKMA 3HK0A 2HHMA 4ZE8A 4N15A 3IOUA 4KHBA 4YICA 4LZ8A 3H6WA 2VSZA 4HAXB 3A09A 2P0DA 1UTHB 1LBWA 4WJ7A 1KA0A 1VFEA 4KI0E 2R9JA 2B3FA 1H10A 3N6TA 3IJOB 1VE4A 4RK9A 2UYFA 2H9BA 3K6XA 3ZDTA 2OWSA 3SERA 1N76A 4EMOA 1UIVA 5B70A 3Q28A 3QWMA 1BP5A 1US5A 4IAPA 1DPEA 3TUSA 4EKUA 1XD4A 3RT6B 4PE3A 1M7EA 1AL3A 1NH7A 1XI6A 1BIYA 1Y4CA 3TZAA 3KJ7A 2VD3A 1NTYA 5HE0A 4NWCA 4XKNA 3SKPA 4ND9A 4IGRA 1DMBA 1BK4A 2FIXA 3Q25A 4UA8A 2DXYA 4F22A 4ZECA 3IVFA 4LN5A 4YU0A 1ZC4B 2QKLA 3PV0E 4LUBA 4MJOA 3PUWE 1EU8A 2I3VA 3MZ9A 1QVSA 1LB1A 3NWDA 3H7MA 2VGQA 4DXBA 1B7UA 3KN7A 4OERA 1NTVA 3QIMA 4TLLB 1OMPA 5JHHA 2O6AA 2RSGA 5I3SA 4O7MA 1OQNA 2Y5LA 4IO6A 3H6UA 3B6TA 5ET5A 5I5PA 4YZZA 2CZKA 3EQ1A 3D4CA 1B55A 3OOAA 4CHJA 1Z7NE 3TTLA 4ZS9A 5LDZA 3TTRA 1H3DA 2UVMA 2FHYA 1MPDA 4ELQA 4GQOA 1NI2A 2MDXA 4OA4A 3SUZA 4XKQA 4I1DA 2Q74A 3O2AA 2DWAA 2ZPYA 3PSCA 1WGUA 4M4GA 2RCBA 3A58A 5CLQB 3S9NC 4GXBA 4K2PA 3H06B 3SDFA 1JQFA 2WYKA 3UK4A 2F6PA 3BKIB 3M8UA 1FQEA 1ZKBA 2P3VA 3OD7A 5D3YA 5HE3A 1PLSA 4OQOA 2LYDA 2R2YA 4QFOA 3TO1A 1FBFA 5F1QA 2PFYA 4KCDA 4R6HA 4FORA 4XKPA 2Y7IA 1NV5A 1YCJA 4IO7A 4OFJA 5ITOA 5AA2D 2AIXA 4YAHX 4M1VA 4EQ7A 4G61A 2V3QA 5ITPA 1S9TA 3G3HA 1ZBMA 2P8VA 2CY4A 1IUDA 1N7WA 5I2KA 2DVZA 3P7IA 3S2VA 1I6BA 4HAUB 1P99A 3VVFA 4PF6A 3X23A 4HAZB 4R9FA 1FBDA 1PDAA 1MPBA 4G4PA 3FXUA 5DH9B 2F3BA 4NF5B 3H03A 4KVGB 3VE1B 5J3QA 3LC8A 5HE1A 1NV2A 4U2RA 2FIEA 5A5LA 1XR0B 3DXDA 5AE4A 2PZ1A 3LSWA 1WI1A 3RN8A 4QJ5B 4PAIA 4LA9A 2XWKA 2E1SA 1X05A 2J0KA 4PFBA 4HCYA 3IL1B 5C5BA 2V3TA 3Q29A 5I59A 2O69A 4OSNA 2VHAA 3HO7A 2COFA 4MMPA 3O9PA 1AQCA 4KXPA 4OFLA 4IR8A 5DYHA 5DVFA 3E4RA 3PUYE 3VOQA 2Q9TA 3PMWA 4KYSA 4MBPA 1FPEA 4HAWB 5L9OA 4CHMA 1H44A 4ELRA 5IZ3A 4QXAB 4Q5TA 5CM6A 2ZNTA 4GOUA 1P1WA 4QXDA 2OX3A 4ZDMA 3V8XB 3QIJA 4U4SA 5AA4A 5IRSA 3T06A 4NSWA 5FTIA 2DYNA 2MKRA 1EYIA 4IGTA 3RY3A 3MC2A 1ATGA 4KR5A 4ECFA 3PPOA 2L2IA 1B2HA 1ZVRA 4F18A 3ZVRA 4I40A 5GOWB 3FV1A 2I6EA 2YT2A 1YZ0A 2ZYOA 4XWXA 2LAOA 1Y3PA 5CMBA 3TCHA 2HQ0A 2DVCA 2DA0A 4A6FA 3UZTA 3FGSA 1LAHE 4NF4A 2O1MA 4PETA 4AS4A 3U7DA 4D6WA 3N26A 4E0WA 2PBWA 1SD3A 2EMTA 2CMOA 3H6TA 4LQ5A 1U29A 4GN1A 3BINA 1LBYA 4F3SA 1DROA 3FVCA 2ZYNA 2YJPA 5DEXB 3S9EA 2PX1A 2R71A 1UNRA 2NMBA 1JW4A 3ML4A 1IMDA 4BDRA 3B8BA 3WAEA 2D9XA 4LP2B 5EQ9A 3M3KA 3PPRA 5IGAA 4C0RA 3HW2B 1FGYA 4X9TA 4MHFA 2F7AA 5CMMA 4OWDA 2ZNSA 2DWJA 2LKOA 1NV4A 1MQIA 1SQYA 2KR0A 1B0HA 1GC6A 2M8CA 1LSTA 4E0XA 3ILTB 4ESXA 1IMBA 4O3CA 5HPQA 3USDA 5KQ1A 2Y8FA 2H99A 5CRYA 1O63A 3SV1A 2Z23A 2HXRA 4C0AA 3K4UA 3LSXA 1FPIA 4N81A 4EQBA 2CAYA 2FBPA 1DTZA 1NI9A 2WX9A 4ZRKA 3QMFA 2QS3A 2DE3A 4YB6A 2RC7A 3MBPA 3UIFA 3IJXB 3FVOA 3M3FA 3UGWA 1MQDA 3ZKKA 4XIGQ 3VFJA 4P7IA 3EHTA 1WJMA 4IO4A 5I2NA 3EF7A 2OJTA 1OLCA 1P5TA 2ELBA 2B4LA 3C33A 4D0NB 3MSTA 2QSXA 2QVUA 2V93A 2ZZXA 4OEVA 3A8PA 4H8JA 4OTEA 1U5GA 1BTNA 1DK4A 1UTHA 3QUFA 2ZYMA 4HB2B 1USYH 1P1UA 2YF0A 4FBPA 5LG4B 2A5SA 1P1OA 1XC1A 2OWZA 1MKEA 3VV5A 3DXEA 1UQWA 2VD2A 1B3LA 4MNCA 3W15C 1MY2A 4OVJA 1IZ1A 5JEIA 1INPA 3QAXA 1O64A 4R2FA 5J16A 1Q9DA 3KN8A 3CR9A 2VPNA 3DP6A 4G68B 2J0JA 3HCQA 3IOVA 1KZGA 3KC1A 4EDPA 3K00A 3U65A 2P0FA 1PC3A 4GX6A 4H5FA 2ZZVA 2VPOA 3O6IA 3DXCA 1ZYIA 5D3VA 4G8HA 5M2VA 1MQHA 2I1JA 3RTWB 4GOTA 1FW0A 3V83A 4F3BA 3K1MA 5I7IA 4OXVA 2V4CA 3SEVA 2H4IA 3U8ZA 1YTVA 2B4MA 4BDQA 3WA0A 4GWXA 4WVFB 2H25A 2AEHA 2OBGA 1LAFE 4R73A 1PBPA 3DCXA 1IXCA 3CIKA 2EMSA 4H0WA 1Y9UA 3KFMA 1UIUA 5TP9B 4NHBA 4BDMA 5H8FA 3IORA 2K00A 1IIWA 2IYBA 4LVQA 1B51A 2FJLA 3K6VA 2ZKMX 3OELA 3OEMA 2AL4A 3C4MA 4GF8A 1SI0A 3T9VA 1Z87A 4YMAA 5I58B 2XXXA 4N17A 2FVZA 2GRVA 1S7YA 2XWOA 2X7PA 4H6DA 5KQ4A 3RGYA 2UZSA 1LCFA 5KCJB 3PEGA 4F3GA 5BWJA 1JETA 4PBQA 1AOVA 1T77A 1K5DB 3D8FA 3HIEA 2G29A 2XXVA 3O6HA 1QKAA 3FXQA 3E3KA 2GCLA 1OQGA 1IITA 1U27A 3CSGA 2VT5A 3FJMA 2HZKA 1NNTA 1LB9A 4UABA 2DDKA 2CEXA 1IQ7A 4HB4B 5EYGA 4THIA 1AWBA 3ZKLA 2ADZA 4HATB 3MUQA 1RYXA 3HV1A 2Z8FA 1LAGE 3KSXA 3MYUA 1LFIA 4QSDA 4OESA 5CI5A 3KN3A 4DI4B 3MP6A 1I69A 1OIBA 4DDDA 2XXIA 4A6HA 2E0SA 3AJ4A 1FCKA 4JWXA 2RC9A 3SO6A 3RYDA 4GXSB 2RCAA 1MXZA 4O94A 1MDQA 3E9XA 1DDMA 4OVQA 1NUYA 3U72A 1ZU0A 5DIFB 5I59B 4PQJA 4OT1A 3PPPA 5H8NB 1B46A 3FVGA 3KEIA 3OO6A 2F78A 1MH4A 1LBCA 4PQ0A 4IY5A 3B6QA 3O97A 1V5UA 5ICQA 3PVLA 3K1NA 1LAXA 1U5EA 3MZ1A 1AH5A 1MXVA 4GL0A 2K8EA 2VOZA 5H8SA 5ET8A 3MP8A 3V5AA 2D9VA 4POWA 1GC7A 1R1NA 2Y7PA 1FPGA 5EFXA 3GXAA 1FQAA 3IFCA 2CODA 1FPBA 4KFQA 3DP8A 5FTHA 1H76A 1OVTA 3ODOA 2HE7A 5KCVA 1FBPA 2ALUA 3F11A 3G9WA 5EQ8A 2A5TA 1MY1A 4GPTB 1FHXA 2V3UA 3HQCA 2CY5A 3R7XA 1DCUA 2X26A 4HXVA 1FHOA 2CZLA 2Y84A 3ONMA 4DXCA 2DX5A 4I8CA 3UA8A 3LSLA 2I4BA 2I1KA 2H5YA 3TMGA 1M7RA 3QYTA 4DIGA 5C16A 4H5GA 4TQUQ 3PMVA 3DP4A 4DZ1A 5TPAB 4WSFA 4K81A 2OK2A 4U4XA 3AU5A 5I57A 5ESYA 3N94A 4KAXB 1D9VA 3D8DA 1GVCA 4NF4B 1JW5A 1WODA 3CFZA 1JW1A 4PFRA 3PZDA 2Z59A 3ECRA 4KHOA 2I58A 1Q67A 3U92A 4BDOA 2Y5KA 4G77A 4QF9A 2UVIA 1EVHA 4A6FB 5B7DA 1CE2A 3PU5A 4PDDA 2GCJA 3ODWA 1DOTA 4GRKA 1LGBC 2XX9A 1QULA 3DM0A 2DYXA 4RPOA 4DLDA 4H8IA 4N6KA 5JTYA 3BIHA 2DFKA 1MPCA 1I2HA 1A55A 3UP9A 4PF8A 4F7GA 3N6UA 3G3IA 4IO5A 1W1HA 3FXRA 5AA4B 3FD3A 3BJIA 2WKYA 2OCUA 4DBBA 2QVRA 1U5FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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