The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
129
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structure length |
129
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Chain Sequence |
RFVWTSGLLEINETLVIQQRGVRIYDGEEKIKFDAGTLLLSTHRLIWRDQKNHECCMAILLSQIVFIEEQAAGIGKSAKIVVHLHPAPPNKEPGPFQSSKNSYIKLSFKEHGQIEFYRRLSEEMTQRRW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Ubiquitin
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| publication title |
Structural basis for ubiquitin recognition by the human ESCRT-II EAP45 GLUE domain.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Protein transport
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| total genus |
23
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| structure length |
129
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| sequence length |
129
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF11605 | Vps36_ESCRT-II | Vacuolar protein sorting protein 36 Vps36 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CY4 A; 1QQG A; 1ZVR A; 3GYO A; 4ZRK A; 5EFX A; 2P8V A; 4PQ0 A; 2MKR A; 2OTX A; 1KZ7 A; 2J0K A; 4Z2M B; 2D9X A; 3A8P A; 1M7R A; 3U7D A; 2EJ8 A; 1WI1 A; 3DXD A; 1EF1 A; 1AWE A; 1W1D A; 5FI1 A; 5HE0 A; 2M38 A; 3D8F A; 2RGN B; 3UZT A; 3P7Z A; 2N23 A; 2YT1 A; 2HTH B; 3QWM A; 4F7H A; 4GMV A; 2AEH A; 2OQB A; 3TCA A; 2X18 A; 3BIN A; 1ZC3 B; 2H7D A; 1RRP B; 3VOQ A; 2RVB B; 2GS0 A; 1LB1 A; 2Y8F A; 1Q67 A; 4H8S A; 3V5W A; 1P5T A; 2LOZ A; 2GJY A; 2ADZ A; 1X05 A; 4KVG B; 2MWN B; 2RUK B; 1MAI A; 1FHW A; 3PEG A; 4HAX B; 1AQC A; 4HB0 B; 3HK0 A; 3A8Q A; 3DXE A; 1MKE A; 3A98 B; 1MIX A; 1UNP A; 1PMS A; 2I1J A; 2NZ8 B; 3PG7 A; 5DI9 B; 4B6H A; 2YS1 A; 1ZC4 B; 2FJL A; 2HE7 A; 1H10 A; 1RJ2 A; 2K2U A; 4GN1 A; 1BAK A; 4GXB A; 2YF0 A; 4TKN A; 1OMW A; 4GPT B; 2ROZ B; 1H4R A; 4HB4 B; 2EC1 A; 4KHA A; 1FB8 A; 1SHC A; 1K5G B; 1GG3 A; 1DDW A; 2Y7B A; 4HB3 B; 1XR0 B; 1I7A A; 4HDO A; 3KRW A; 5LON B; 2DFK A; 2Y8G A; 3D8E A; 4HB2 B; 1V5M A; 2W2W A; 2XQN M; 3MDB C; 1XCG A; 1PFJ A; 5HE2 A; 1U5E A; 5HE1 A; 2COF A; 3U8Z A; 1Y5O A; 2QKM A; 2W2X C; 2RNR B; 4TYZ A; 4K17 A; 4F7G A; 2DX5 A; 2UVM A; 2YVC A; 1XX0 A; 2GCL A; 1W1H A; 2DHI A; 2CRF A; 2EMT A; 2W2X D; 3GYP A; 5D27 A; 1K5D B; 1XD4 A; 2I1K A; 2LG1 A; 2YT0 A; 5C5B A; 2AL6 A; 1UNR A; 4WVF B; 3PZD A; 1P3R A; 4EJN A; 2I5C A; 2D9Y A; 1EGX A; 1U2B A; 1ISN A; 1BTN A; 1U5D A; 2DN6 A; 1OY2 A; 5DHA B; 2UZS A; 4F7U P; 2G35 A; 1UPR A; 5KQ1 A; 2LUL A; 2P0H A; 2ROV A; 3SYX A; 4CHJ A; 2RSG A; 5C79 A; 4DX9 0; 4MK0 A; 2J59 M; 2BCJ A; 1U5G A; 4YL8 A; 3AU4 A; 1WGU A; 3ULC A; 1WVH A; 5FI0 A; 4WJ7 A; 4DBB A; 3VIA A; 4KHO A; 2KUP A; 1B55 A; 4KAX B; 2J0J A; 1MPH A; 4A5K A; 1FHX A; 2R0D A; 5HE3 A; 4WSF A; 3F0W A; 1KI1 B; 2DHJ A; 1QC6 A; 2V76 A; 2DKQ A; 2K00 A; 4A6F A; 3BJI A; 3SNH A; 4DXA B; 4IFS A; 3G9W A; 5JLJ B; 4GMX B; 1EVH A; 2CY5 A; 1J0W A; 3OAN A; 3PSC A; 1X11 A; 3F5R A; 4PNK A; 1DBH A; 1J19 A; 1FGY A; 5C5B B; 3TVV A; 5D3Y A; 2UZR A; 1E5W A; 1GC6 A; 1M7E A; 1UEF A; 3TO1 A; 4A6H A; 1DDV A; 2ZPY A; 1XKE A; 3ULB A; 4P7I A; 3AU5 A; 1WGQ A; 2J0M A; 1UNQ A; 2PZ1 A; 4ZRI A; 3SV1 A; 2R09 A; 5LOP B; 5J3Q A; 5JHH A; 2K2J A; 4CHM A; 4YON A; 1TXD A; 1Z87 A; 2I5F A; 1X1G A; 2Z0O A; 4XWX A; 1DDM A; 1GC7 A; 4ZRJ A; 2H7E A; 3O96 A; 4HAT B; 3M1I B; 3AJ4 A; 1FGZ A; 1ZSQ A; 2LOX A; 3ODX A; 4EKU A; 1UPQ A; 2Q13 A; 4IAP A; 2Z0Q A; 2M14 A; 3WA0 A; 3IVF A; 1XOD A; 2COC A; 5L81 A; 5DIF B; 1TQZ A; 3TFM A; 5CLL B; 4HAU B; 1U5F A; 1WG7 A; 1NI2 A; 3QBV B; 3WYF B; 5J3Y A; 4K81 A; 4L6E A; 4HAW B; 3D8D A; 1OQN A; 1V61 A; 1FOE A; 1WJM A; 1MK7 B; 2ELA A; 4A6F B; 4DX8 A; 2Z0P A; 4A6K A; 2DTC A; 1W1G A; 1V89 A; 2L1C A; 1BTK A; 1U29 A; 2YSZ A; 2YRY A; 4MT7 A; 2YS5 A; 3CIK A; 4HAV B; 2KCJ A; 1X86 A; 5D3W A; 2COA A; 3CXB B; 1N3H A; 4D0N B; 1MK9 B; 5KCV A; 4CYE A; 1WJ1 A; 3T06 A; 5KQ4 A; 3HQC A; 2EMS A; 5GOW B; 2DA0 A; 4MY6 A; 4K2P A; 2L2I A; 2YS3 A; 5D3V A; 2IFS A; 1FAO A; 3FM8 C; 3KY9 A; 3DXC A; 3PP2 A; 3TW1 A; 5C16 A; 4HAZ B; 2D10 A; 2NMB A; 2DYN A; 4BBK A; 1NTY A; 1ZM0 A; 1FHO A; 2CAY A; 2D9Z A; 4HHV A; 1NTV A; 5J3T A; 2GCJ A; 3ML4 A; 3KSY A; 3QIJ A; 1U27 A; 5JHG A; 2P0F A; 1KZG A; 2IYB A; 3FSS A; 3LJU X; 4IOY X; 2MFQ A; 2VSZ A; 1Y19 B; 2DHK A; 3MPX A; 2DKP A; 3ZDT A; 1X1F A; 4K2O A; 5CLQ B; 2LYD A; 3N7C A; 2D2Q A; 3HW2 B; 3PVL A; 2COD A; 1DYN A; 4Y94 A; 4HDQ A; 3ZVR A; 2LKO A; 4C0A A; 2DX1 A; 3PVU A; 1MIZ B; 1SGH A; 1PLS A; 3SO6 A; 3P6A A; 2D9W A; 1I2H A; 2QKL A; 2JP2 A; 2N0Y A; 5DH9 B; 3RCP A; 1DRO A; 3KZ1 A; 4GZU A; 1V5U A; 3NSU A; 2D9V A; 2ELB A; 2D4Q A; 2VKI A; 3X23 A; 4HAY B; 1NU2 A; 2MDX A; 2VRW B; 3FEH A; 4Z2N A; 2D11 A; 3ODW A; 1V5P A; 4EMO A; 5C6R A; 3PVW A; 1EAZ A; 2DYQ A; 4NY0 A; 5JP4 A; 1V88 A; 5D3X A; 1LW3 A; 5DHF B; 3SUZ A; 4KHB B; 1P6S A; 4NSW A; 2RLO A; 3KRX A; 2DLW A; 2P0D A; 1IRS A; 3ODO A; 1BWN A; 2E2X A; 1TJ6 A; 2KGX B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CY4 A; 4QJ5 B; 1QQG A; 1ZVR A; 3GYO A; 4ZRK A; 5EFX A; 2P8V A; 4PQ0 A; 2MKR A; 2OTX A; 1KZ7 A; 2J0K A; 2R2Y A; 4Z2M B; 2D9X A; 3A8P A; 1M7R A; 3U7D A; 2EJ8 A; 1WI1 A; 4HSI A; 3DXD A; 1EF1 A; 1AWE A; 1W1D A; 5FI1 A; 5HE0 A; 2M38 A; 3D8F A; 2RGN B; 3UZT A; 3P7Z A; 2N23 A; 2YT1 A; 2HTH B; 3QWM A; 4F7H A; 4GMV A; 2AEH A; 2OQB A; 3TCA A; 2X18 A; 3BIN A; 1ZC3 B; 2H7D A; 1RRP B; 3VOQ A; 2RVB B; 2GS0 A; 1LB1 A; 2Y8F A; 1Q67 A; 4H8S A; 3V5W A; 1P5T A; 2LOZ A; 4QJ4 B; 2GJY A; 2ADZ A; 1X05 A; 4KVG B; 2MWN B; 2RUK B; 1MAI A; 1FHW A; 3PEG A; 4HAX B; 1AQC A; 4HB0 B; 3HK0 A; 3A8Q A; 3DXE A; 1MKE A; 3A98 B; 5LG4 B; 1MIX A; 1UNP A; 1PMS A; 2I1J A; 2NZ8 B; 3PG7 A; 5DI9 B; 4B6H A; 2YS1 A; 1ZC4 B; 2FJL A; 2HE7 A; 1H10 A; 1RJ2 A; 2K2U A; 4GN1 A; 1BAK A; 3NW8 A; 4GXB A; 2YF0 A; 4TKN A; 1OMW A; 4GPT B; 2ROZ B; 1H4R A; 4HB4 B; 2EC1 A; 4KHA A; 1FB8 A; 1SHC A; 1K5G B; 1GG3 A; 1DDW A; 2Y7B A; 4HB3 B; 1XR0 B; 3NWF A; 1I7A A; 4HDO A; 3KRW A; 5LON B; 2KIG A; 2DFK A; 2Y8G A; 3D8E A; 4HB2 B; 1V5M A; 2W2W A; 2XQN M; 3MDB C; 1XCG A; 1PFJ A; 5HE2 A; 1U5E A; 5HE1 A; 2COF A; 3U8Z A; 1Y5O A; 2QKM A; 2W2X C; 2RNR B; 4TYZ A; 4K17 A; 1MI1 A; 4F7G A; 2DX5 A; 2UVM A; 2YVC A; 1XX0 A; 2GCL A; 4OSN A; 1W1H A; 2DHI A; 2CRF A; 2EMT A; 2W2X D; 3GYP A; 5D27 A; 1K5D B; 1XD4 A; 2I1K A; 2LG1 A; 2YT0 A; 5C5B A; 2AL6 A; 1UNR A; 4WVF B; 3PZD A; 1P3R A; 4EJN A; 4QXA B; 2I5C A; 2KUQ A; 2D9Y A; 3U12 A; 1EGX A; 1U2B A; 1ISN A; 1BTN A; 1U5D A; 2DN6 A; 1OY2 A; 3DCX A; 5DHA B; 2UZS A; 4F7U P; 2G35 A; 1UPR A; 2K8E A; 2LUL A; 2P0H A; 5KQ1 A; 2ROV A; 3SYX A; 4CHJ A; 2RSG A; 5C79 A; 4DX9 0; 4MK0 A; 2J59 M; 2BCJ A; 1U5G A; 4YL8 A; 3AU4 A; 1WGU A; 3B77 A; 1WVH A; 5FI0 A; 3ULC A; 4WJ7 A; 4DBB A; 3VIA A; 4KHO A; 2KUP A; 1B55 A; 2Z13 A; 3NWD A; 4KAX B; 2J0J A; 1MPH A; 4A5K A; 1FHX A; 2R0D A; 5HE3 A; 4WSF A; 3F0W A; 1KI1 B; 2DHJ A; 2YT2 A; 1QC6 A; 2V76 A; 2DKQ A; 2K00 A; 4A6F A; 3BJI A; 3SNH A; 4DXA B; 4IFS A; 3G9W A; 5JLJ B; 4GMX B; 1EVH A; 2CY5 A; 1J0W A; 3OAN A; 2Z59 A; 3PSC A; 1X11 A; 3F5R A; 4PNK A; 5M4Y B; 1DBH A; 1J19 A; 1FGY A; 5C5B B; 3TVV A; 5D3Y A; 2ZKM X; 2UZR A; 1E5W A; 1GC6 A; 1T77 A; 1M7E A; 1UEF A; 2Z14 A; 3TO1 A; 4A6H A; 1DDV A; 2KR0 A; 2ZPY A; 1XKE A; 3ULB A; 4P7I A; 3AU5 A; 1WGQ A; 2J0M A; 1UNQ A; 2PZ1 A; 4ZRI A; 3SV1 A; 2R09 A; 5LOP B; 5J3Q A; 5JHH A; 2K2J A; 3NWA A; 4CHM A; 4YON A; 1TXD A; 1Z87 A; 2I5F A; 1X1G A; 2Z0O A; 4XWX A; 1DDM A; 1GC7 A; 4ZRJ A; 2Z4D A; 2H7E A; 3O96 A; 4HAT B; 3M1I B; 3AJ4 A; 1FGZ A; 4CSQ A; 1ZSQ A; 2LOX A; 3ODX A; 4EKU A; 1UPQ A; 2Q13 A; 4IAP A; 2Z0Q A; 2M14 A; 3WA0 A; 3IVF A; 1XOD A; 2COC A; 5L81 A; 5DIF B; 1TQZ A; 3TFM A; 5CLL B; 4HAU B; 1U5F A; 3HIE A; 1WG7 A; 1NI2 A; 3QBV B; 4OT1 A; 3WYF B; 5J3Y A; 4K81 A; 4L6E A; 2GUM A; 4HAW B; 1ZYI A; 3D8D A; 1OQN A; 1V61 A; 4GNK B; 1FOE A; 1WJM A; 1MK7 B; 2ELA A; 4A6F B; 4DX8 A; 2Z0P A; 4A6K A; 2DTC A; 1W1G A; 1V89 A; 2L1C A; 1BTK A; 2FJU B; 1U29 A; 2YSZ A; 2YRY A; 4L1R A; 2K49 A; 4MT7 A; 2YS5 A; 3CIK A; 4HAV B; 2KCJ A; 1X86 A; 5D3W A; 2COA A; 3CXB B; 1N3H A; 4D0N B; 1MK9 B; 5KCV A; 4CYE A; 1WJ1 A; 3T06 A; 5KQ4 A; 3HQC A; 2EMS A; 3FVC A; 5GOW B; 2DA0 A; 4MY6 A; 4K2P A; 2L2I A; 2YS3 A; 5D3V A; 2IFS A; 3A58 A; 1FAO A; 3FM8 C; 3KY9 A; 3DXC A; 3PP2 A; 3TW1 A; 4DIX A; 5C16 A; 4HAZ B; 2D10 A; 2NMB A; 2DYN A; 4BBK A; 1NTY A; 1ZM0 A; 4KHB A; 1FHO A; 2CAY A; 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