The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
102
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sequence length |
316
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structure length |
303
|
Chain Sequence |
QSRALVIAQELLSSEKAYVEMLQHLNLDFHGAVMRALDDMDHEDTLAREELRQGLSELPAIHDLHQGILEELEERLSNWESQQKVADVFLAREQGFDHHATHILQFDRYLGLLSENCLHSPRLAAAVREFEQSTAKHRLLRVVQRLFQYQVLLTDYLNNLCPDSAEYDNTQGALSLISKVTDRANDSMEQGENLQKLVHIEHSVRGQGDLLQPGREFLKEGTLMKVTGKNRRPRHLFLMNDVLLYTYPQKDGKYRLKNTLAVSRPVMEKVPYALKIETSESCLMLSASSCAERDEWYGCLSRA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the DH and PH-1 domains of human FGD5
rcsb |
| molecule keywords |
FYVE, RhoGEF and PH domain-containing protein 5
|
| molecule tags |
Lipid binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
102
|
| structure length |
303
|
| sequence length |
316
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-04-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00169 | PH | PH domain |
| A | PF00621 | RhoGEF | RhoGEF domain |
| A | PF01363 | FYVE | FYVE zinc finger |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Dbl Homology Domain; Chain A | Dbl homology (DH) domain | ||
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1M7R A; 4K2O A; 4EMO A; 2YS5 A; 5J3T A; 2ZPY A; 5HE1 A; 3PVW A; 3SO6 A; 1BTK A; 2P0H A; 4MK0 A; 3F0W A; 4A6K A; 1MIZ B; 4K17 A; 1W1H A; 2D10 A; 4F7G A; 3PZD A; 1U2B A; 5J3Y A; 2D2Q A; 2J0K A; 5KQ4 A; 3GF9 A; 5HE0 A; 2D9W A; 1ZC3 B; 2NZ8 B; 3FEH A; 3M1I B; 4GMV A; 1QC6 A; 1WGQ A; 5D3W A; 4CYE A; 1OY2 A; 3TFM A; 1EAZ A; 3SUZ A; 3T06 A; 1F5X A; 3AU4 A; 4TKN A; 2PZ1 A; 1GC6 A; 2VKI A; 1H10 A; 2GCJ A; 3PVU A; 3WA0 A; 4B6H A; 1NI2 A; 2COC A; 3O96 A; 1UNP A; 1FGY A; 3KRX A; 3KRW A; 1PMS A; 1RJ2 A; 1DDM A; 2W2X D; 5C5B B; 4KAX B; 1RRP B; 1X05 A; 4L6E A; 3TW1 A; 1V88 A; 1ZM0 A; 4GYV A; 4WSF A; 2L2I A; 1X1G A; 5CLL B; 1Y5O A; 5DHF B; 4NY0 A; 5CLQ B; 2RGN B; 5C5B A; 1BY1 A; 1MK9 B; 2DFK A; 4YL8 A; 4GN1 A; 1P3R A; 1KZ7 A; 1UNR A; 4HB4 B; 3EO2 A; 1MIX A; 2J0J A; 3KSY A; 2EMT A; 3SYX A; 3TVV A; 3QBV B; 1BTN A; 5EFX A; 2HE7 A; 3SV1 A; 4F7U P; 1AQC A; 2D9V A; 2EMS A; 2RUK B; 4KHO A; 4P7I A; 2RSG A; 1Q67 A; 4K2P A; 5D27 A; 1W1D A; 3X23 A; 4DBB A; 3HQC A; 1XR0 B; 4D0O A; 1DBH A; 3BJI A; 1EF1 A; 1MK7 B; 3MPX A; 5GOW B; 3KY9 A; 1PLS A; 4ZRK A; 2GJY A; 2DKQ A; 2EJ8 A; 4HAT B; 5D3Y A; 4MT7 A; 1LW3 A; 1TQZ A; 1XD4 A; 4Y94 A; 5FI1 A; 2DHJ A; 3LJU X; 1V5P A; 2Y8G A; 3P7Z A; 2V76 A; 3ZDT A; 2DKP A; 1FHX A; 2UZR A; 2YS1 A; 3QIJ A; 2YSZ A; 5DHA B; 2W2X C; 3F5R A; 4BBK A; 1ZSQ A; 2P0F A; 4DX8 A; 4HB3 B; 2KR9 A; 1FGZ A; 2YVC A; 1GG3 A; 2IFS A; 1W1G A; 4HDQ A; 2QKL A; 3GYO A; 3RCP A; 2KUP A; 4Z2M B; 1OMW A; 1SGH A; 4IFS A; 2M38 A; 1V89 A; 3DXD A; 4A6H A; 4GZU A; 1I2H A; 2Z0O A; 2DTC A; 4HAU B; 5D3X A; 3TCA A; 3VOQ A; 4F7H A; 5DH9 B; 2D4Q A; 1EVH A; 2D11 A; 2RVB B; 3OAN A; 4HAW B; 3CIK A; 4KHA A; 3PSC A; 1MAI A; 3DXC A; 2Z0P A; 1FHW A; 2LUL A; 3D8F A; 1V5M A; 1U5E A; 4YON A; 2ELB A; 4KHB B; 4A5K A; 3AJ4 A; 4EJN A; 1OQN A; 1UNQ A; 2G35 A; 5C6R A; 1IRS A; 1FB8 A; 4WVF B; 1BAK A; 2DYQ A; 2ADZ A; 4Z2N A; 2K2J A; 5KCV A; 3ML4 A; 1XCG A; 2Y7B A; 2RNR B; 2LYD A; 2KGX B; 2DX5 A; 2LOX A; 5JHH A; 1WI1 A; 2P8V A; 2MKR A; 2IYB A; 1FHO A; 3G9W A; 5DI9 B; 1QQG A; 5JP4 A; 5D3V A; 1TXD A; 3WYF B; 1EGX A; 1UPQ A; 1GC7 A; 4IAP A; 2LKO A; 2N0Y A; 4IOY X; 1P6S A; 2R09 A; 2RLO A; 2DX1 A; 1UPR A; 4H8S A; 4ZRJ A; 3A8P A; 4CHM A; 5LON B; 5C16 A; 3CXB B; 1K5D B; 2DA0 A; 2W2W A; 2YT1 A; 2P0D A; 4HAV B; 5FI0 A; 1DYN A; 4HHV A; 2UZS A; 1J0W A; 1WJ1 A; 3ULB A; 1K5G B; 4HB0 B; 1MPH A; 3PVL A; 2X18 A; 2CRF A; 4XWX A; 1Y19 B; 2DHK A; 1UEF A; 2NMB A; 1KI1 B; 1LB1 A; 1U5F A; 2LG1 A; 1WJM A; 4DXA B; 3ODX A; 1NTV A; 3FM8 C; 1U29 A; 2I5C A; 1PFJ A; 1WVH A; 1H4R A; 2UVM A; 4HAZ B; 4HAY B; 2J59 M; 1AWE A; 4PNK A; 3UZT A; 4GOU A; 4DX9 0; 2Z0Q A; 1U5G A; 2ROV A; 3P6A A; 1U5D A; 3MDB C; 2COA A; 2J0M A; 2QKM A; 2Q13 A; 1FOE A; 4MY6 A; 2DN6 A; 1WG7 A; 2ROZ B; 1B55 A; 1SHC A; 1ISN A; 3ODW A; 2KCJ A; 2EC1 A; 2E2X A; 2BCJ A; 2CY4 A; 5C79 A; 5KQ1 A; 2R0D A; 2GCL A; 3PP2 A; 2K2U A; 2COD A; 2YRY A; 4C0A A; 3IVF A; 3QWM A; 2YS3 A; 3NSU A; 4GMX B; 2Y8F A; 4A6F B; 2LOZ A; 2CY5 A; 1MKE A; 1X86 A; 5LOP B; 1KZG A; 1XKE A; 5HE2 A; 2MWN B; 4TYZ A; 4A6F A; 3GYP A; 1DDW A; 3SNH A; 2COF A; 3A98 B; 3HK0 A; 3PEG A; 4PQ0 A; 1BWN A; 2MFQ A; 2YT0 A; 2XQN M; 1X11 A; 4CHJ A; 3N7C A; 3V5W A; 1V5U A; 2JP2 A; 2D9Y A; 4NSW A; 4KVG B; 1N3H A; 4K81 A; 2VSZ A; 2I5F A; 2H7E A; 2N23 A; 1M7E A; 4HDO A; 1J19 A; 2H7D A; 4GPT B; 1P5T A; 2YF0 A; 3U7D A; 1XX0 A; 1ZC4 B; 3ZVR A; 3D8D A; 2M14 A; 1X1F A; 3TO1 A; 5JLJ B; 3A8Q A; 3BIN A; 1TJ6 A; 1V61 A; 2DYN A; 1DRO A; 4GXB A; 1WGU A; 1NU2 A; 1FAO A; 2I1J A; 5HE3 A; 5J3Q A; 2GS0 A; 3U8Z A; 2DLW A; 4HAX B; 2I1K A; 3PG7 A; 2L1C A; 3KZ1 A; 3AU5 A; 4ZRI A; 2K00 A; 1I7A A; 1Z87 A; 5L81 A; 2CAY A; 3DXE A; 4EKU A; 1DDV A; 1U27 A; 1E5W A; 4D0N B; 1ZVR A; 3ODO A; 3HW2 B; 2AL6 A; 3VIA A; 3FSS A; 1XOD A; 3JV3 A; 2MDX A; 2FJL A; 2DHI A; 3ULC A; 2OTX A; 5JHG A; 2AEH A; 3D8E A; 2HTH B; 5DIF B; 2D9X A; 2VRW B; 2OQB A; 4WJ7 A; 2ELA A; 1NTY A; 4HB2 B; 2D9Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1M7R A; 4K2O A; 4EMO A; 2YS5 A; 5J3T A; 2ZPY A; 5HE1 A; 3PVW A; 3SO6 A; 1BTK A; 2P0H A; 4MK0 A; 3F0W A; 4A6K A; 1MIZ B; 4K17 A; 1W1H A; 2D10 A; 4F7G A; 3PZD A; 1U2B A; 5J3Y A; 2D2Q A; 2J0K A; 5KQ4 A; 3GF9 A; 5HE0 A; 2Z14 A; 2D9W A; 1ZC3 B; 2NZ8 B; 3FEH A; 3M1I B; 4GMV A; 1QC6 A; 1WGQ A; 5D3W A; 4CYE A; 4DIX A; 1OY2 A; 3TFM A; 1EAZ A; 3SUZ A; 3T06 A; 1F5X A; 3AU4 A; 4TKN A; 2Z4D A; 2PZ1 A; 1GC6 A; 2VKI A; 1H10 A; 2GCJ A; 3HSA A; 3PVU A; 3WA0 A; 4B6H A; 1NI2 A; 2COC A; 5IRS A; 3O96 A; 1UNP A; 1FGY A; 3KRX A; 3KRW A; 1PMS A; 1RJ2 A; 1DDM A; 2W2X D; 5C5B B; 4KAX B; 1RRP B; 1X05 A; 4L6E A; 3TW1 A; 1V88 A; 1ZM0 A; 4GYV A; 4WSF A; 2L2I A; 1X1G A; 5CLL B; 5M4Y B; 1Y5O A; 5DHF B; 4NY0 A; 5CLQ B; 2RGN B; 5C5B A; 1BY1 A; 1MK9 B; 2DFK A; 4YL8 A; 4GN1 A; 1P3R A; 1KZ7 A; 1UNR A; 4HB4 B; 3EO2 A; 1MIX A; 2J0J A; 4QJ3 B; 3KSY A; 2EMT A; 2R2Y A; 3SYX A; 3TVV A; 3QBV B; 3A58 A; 1BTN A; 4QXA B; 2HE7 A; 5EFX A; 3SV1 A; 1AQC A; 2D9V A; 2EMS A; 4F7U P; 2RUK B; 4KHO A; 4P7I A; 2RSG A; 1Q67 A; 4K2P A; 5D27 A; 1W1D A; 3X23 A; 3FVC A; 4DBB A; 3HQC A; 1XR0 B; 4D0O A; 3NWD A; 1DBH A; 3BJI A; 1EF1 A; 1MK7 B; 3MPX A; 5GOW B; 3KY9 A; 1PLS A; 4ZRK A; 2GJY A; 2DKQ A; 2EJ8 A; 4HAT B; 5D3Y A; 2ZKM X; 4MT7 A; 5LG4 B; 1LW3 A; 1TQZ A; 1XD4 A; 4Y94 A; 5FI1 A; 2DHJ A; 3DCX A; 3LJU X; 1V5P A; 2Y8G A; 3P7Z A; 2KIE A; 2V76 A; 3NW8 A; 3ZDT A; 2DKP A; 1FHX A; 2UZR A; 2YS1 A; 3QIJ A; 2YSZ A; 5DHA B; 2W2X C; 1ZYI A; 3F5R A; 4BBK A; 1ZSQ A; 2P0F A; 4DX8 A; 4HB3 B; 2KR9 A; 1FGZ A; 2YVC A; 1GG3 A; 2IFS A; 1W1G A; 4HDQ A; 2QKL A; 3GYO A; 3RCP A; 2KUP A; 4Z2M B; 1OMW A; 1SGH A; 4IFS A; 2M38 A; 1V89 A; 3DXD A; 4A6H A; 4GZU A; 1I2H A; 2Z0O A; 2DTC A; 4HAU B; 5D3X A; 3TCA A; 3VOQ A; 4F7H A; 5DH9 B; 2D4Q A; 4CSQ A; 1EVH A; 2D11 A; 2RVB B; 3OAN A; 4HAW B; 3CIK A; 4KHA A; 3PSC A; 1MAI A; 3DXC A; 2Z0P A; 1FHW A; 2LUL A; 3D8F A; 1V5M A; 1U5E A; 4YON A; 2ELB A; 4KHB B; 4A5K A; 3AJ4 A; 4EJN A; 4OSN A; 1OQN A; 1UNQ A; 2G35 A; 5C6R A; 4OT1 A; 1IRS A; 1FB8 A; 4WVF B; 1BAK A; 2DYQ A; 2ADZ A; 4KHB A; 2NBV A; 4Z2N A; 2K2J A; 5KCV A; 3ML4 A; 2YT2 A; 1XCG A; 2Y7B A; 2RNR B; 2LYD A; 2KGX B; 2DX5 A; 2LOX A; 5JHH A; 1WI1 A; 2P8V A; 3B77 A; 2MKR A; 2IYB A; 1FHO A; 1T77 A; 3G9W A; 5DI9 B; 1QQG A; 5JP4 A; 5D3V A; 1TXD A; 3WYF B; 1EGX A; 1UPQ A; 1GC7 A; 4IAP A; 3OHM B; 2LKO A; 2N0Y A; 4IOY X; 1P6S A; 2R09 A; 2RLO A; 2DX1 A; 1UPR A; 4H8S A; 4ZRJ A; 3A8P A; 4CHM A; 5LON B; 5C16 A; 2Z13 A; 3CXB B; 1K5D B; 2DA0 A; 2W2W A; 2YT1 A; 2P0D A; 4HAV B; 5FI0 A; 1DYN A; 4HHV A; 2GUM A; 2UZS A; 1J0W A; 1WJ1 A; 3ULB A; 1K5G B; 4HB0 B; 1MPH A; 3PVL A; 2X18 A; 2CRF A; 4XWX A; 1Y19 B; 2DHK A; 1UEF A; 2NMB A; 1KI1 B; 1LB1 A; 1U5F A; 2LG1 A; 1WJM A; 2RRF A; 4DXA B; 4QJ5 B; 2KR0 A; 3ODX A; 1NTV A; 3FM8 C; 1U29 A; 2I5C A; 1PFJ A; 1WVH A; 1H4R A; 2UVM A; 4HAZ B; 4HAY B; 2J59 M; 1AWE A; 4PNK A; 3UZT A; 4GOU A; 4DX9 0; 2Z0Q A; 1U5G A; 2ROV A; 3P6A A; 1U5D A; 5I2M A; 3MDB C; 2COA A; 2J0M A; 2QKM A; 2Q13 A; 1FOE A; 4MY6 A; 2DN6 A; 2FJU B; 1WG7 A; 2ROZ B; 1B55 A; 1SHC A; 1ISN A; 3ODW A; 2KCJ A; 2EC1 A; 2E2X A; 2BCJ A; 5I2S A; 2CY4 A; 5C79 A; 5KQ1 A; 2R0D A; 2GCL A; 2Z59 A; 2K2U A; 2KIG A; 3PP2 A; 2COD A; 2YRY A; 4C0A A; 3IVF A; 3QWM A; 2YS3 A; 3NSU A; 4GMX B; 2Y8F A; 4A6F B; 2LOZ A; 2CY5 A; 1MKE A; 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