The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
|
sequence length |
109
|
structure length |
109
|
Chain Sequence |
GQYLVYNGDLVEYEADHMAQLQRVHGFLMNDCLLVATWLPQRRGMYRYNALYPLDRLAVVNVKDNPPMKDMFKLLMFPESRIFQAENAKIKREWLEVLEETKRALSDKR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Exo84 and Sec5 are competitive regulatory Sec6/8 effectors to the RalA GTPase.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Ras-related protein Ral-A
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| total genus |
28
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| structure length |
109
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| sequence length |
109
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-04-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4Z2N A; 4F7G A; 4IFS A; 5DHF B; 5DH9 B; 5KQ4 A; 2D9Y A; 2DX1 A; 2QKM A; 5C16 A; 5JHG A; 4HAZ B; 1P5T A; 2DX5 A; 5HE1 A; 4A6F B; 5HE2 A; 3AJ4 A; 1P6S A; 2RSG A; 2DYN A; 4HB3 B; 5D27 A; 1E5W A; 1W1H A; 1FHW A; 5CLL B; 1LB1 A; 4IAP A; 2NZ8 B; 3SYX A; 2W2W A; 2OQB A; 1XD4 A; 3IVF A; 3DXE A; 3D8E A; 4MY6 A; 1EAZ A; 3ULC A; 4HDQ A; 3FM8 C; 1X11 A; 2Y7B A; 1XCG A; 3TCA A; 4DBB A; 3QBV B; 3MPX A; 2ROZ B; 2DTC A; 2FJL A; 4PNK A; 1GC6 A; 1EF1 A; 4DX9 0; 3PVU A; 3NSU A; 3GYO A; 4EKU A; 2PZ1 A; 3D8F A; 1WGU A; 4HB4 B; 2D9V A; 3V5W A; 3SO6 A; 3ZVR A; 1PLS A; 2MKR A; 4XWX A; 1PMS A; 2ADZ A; 3FEH A; 4NY0 A; 3HW2 B; 3KSY A; 4GZU A; 4K2P A; 1TXD A; 3TW1 A; 1MK7 B; 3P6A A; 3BIN A; 4Y94 A; 2CY4 A; 2CY5 A; 3HK0 A; 2COC A; 4EJN A; 2H7E A; 2UZR A; 4HHV A; 1U27 A; 2CAY A; 2D10 A; 1X05 A; 2IFS A; 3TVV A; 1V89 A; 2LUL A; 1MK9 B; 4CHM A; 3FSS A; 2J0J A; 1W1G A; 4KHO A; 1ZC4 B; 1QQG A; 2RLO A; 1V5M A; 1I2H A; 4K2O A; 1X1G A; 3SUZ A; 2D9Z A; 1XOD A; 4DXA B; 5D3W A; 5FI0 A; 3VOQ A; 5JHH A; 4HAX B; 4WSF A; 4D0N B; 3TO1 A; 2AL6 A; 5CLQ B; 1I7A A; 2LG1 A; 1NU2 A; 3PP2 A; 4HB2 B; 5JLJ B; 4HAY B; 4F7U P; 4F7H A; 3ZDT A; 1Y5O A; 2X18 A; 2I1K A; 3PZD A; 4CHJ A; 1Y19 B; 2Z0P A; 2COD A; 4GXB A; 2P0D A; 1V61 A; 2H7D A; 1ZSQ A; 2VRW B; 3O96 A; 1KZ7 A; 3RCP A; 2GCJ A; 3OAN A; 4K81 A; 2MFQ A; 1AWE A; 2VKI A; 4HAW B; 1BTN A; 2N23 A; 2MWN B; 1DYN A; 4GMV A; 2UZS A; 3VIA A; 5DIF B; 5C6R A; 1RRP B; 2DHK A; 2P0H A; 1U5F A; 4ZRJ A; 1J19 A; 2Y8F A; 3DXC A; 2JP2 A; 4MT7 A; 5C5B A; 3PVL A; 3G9W A; 4HAV B; 3KZ1 A; 3PSC A; 3HQC A; 2I5C A; 2I1J A; 3GYP A; 1NTV A; 3KRW A; 3M1I B; 4K17 A; 4KVG B; 1MKE A; 4ZRK A; 1H10 A; 2D2Q A; 4C0A A; 2YT0 A; 2CRF A; 3F0W A; 3N7C A; 3AU4 A; 4PQ0 A; 1BWN A; 2EMT A; 2COA A; 3PEG A; 2UVM A; 2XQN M; 2D11 A; 1OMW A; 1DBH A; 3UZT A; 2ZPY A; 2R0D A; 2IYB A; 2DYQ A; 1FGZ A; 2AEH A; 1SGH A; 5KCV A; 4YL8 A; 1U5D A; 4EMO A; 2J0K A; 1U29 A; 3CIK A; 3U8Z A; 1DRO A; 5C5B B; 3KY9 A; 2GS0 A; 2BCJ A; 1WG7 A; 1M7R A; 2P8V A; 1XX0 A; 1LW3 A; 2LKO A; 3ODW A; 1ZM0 A; 5J3T A; 2L1C A; 4NSW A; 3ML4 A; 4ZRI A; 1V5U A; 1EGX A; 3A8P A; 1EVH A; 3TFM A; 1FB8 A; 2VSZ A; 3T06 A; 2EMS A; 2LOX A; 2K2J A; 1V88 A; 1U5E A; 1UPR A; 3WA0 A; 4L6E A; 1FGY A; 3A8Q A; 4MK0 A; 4HDO A; 2YRY A; 3D8D A; 2RUK B; 3U7D A; 4KHB B; 4DX8 A; 1XR0 B; 1ZVR A; 1V5P A; 4YON A; 2EJ8 A; 1PFJ A; 1WJ1 A; 5LOP B; 5GOW B; 1UEF A; 1KZG A; 2M38 A; 2HTH B; 5D3Y A; 4TYZ A; 1OY2 A; 3DXD A; 1X86 A; 3A98 B; 2KUP A; 5DHA B; 1K5D B; 2GJY A; 1NI2 A; 2D9W A; 2W2X C; 1WI1 A; 2E2X A; 3F5R A; 1WGQ A; 5D3V A; 1UNR A; 4HB0 B; 2RGN B; 1RJ2 A; 2KCJ A; 1N3H A; 4KHA A; 1P3R A; 2G35 A; 3ODO A; 1X1F A; 3PG7 A; 3QWM A; 1QC6 A; 4IOY X; 2I5F A; 1FOE A; 1DDM A; 2DKP A; 1XKE A; 2DA0 A; 2R09 A; 2Y8G A; 1U5G A; 2W2X D; 2P0F A; 2N0Y A; 1MPH A; 1Q67 A; 3KRX A; 2V76 A; 2MDX A; 2NMB A; 2RNR B; 2YT1 A; 1H4R A; 1MAI A; 2LOZ A; 2DHJ A; 2M14 A; 2Z0Q A; 4GPT B; 3BJI A; 5C79 A; 2DFK A; 4A5K A; 1NTY A; 5DI9 B; 1TQZ A; 5D3X A; 1J0W A; 3WYF B; 4A6K A; 2DHI A; 3P7Z A; 1K5G B; 4Z2M B; 2D9X A; 1BTK A; 1FHX A; 5KQ1 A; 2DLW A; 3SNH A; 1DDV A; 3X23 A; 4TKN A; 1U2B A; 2J0M A; 2J59 M; 3ODX A; 3CXB B; 1W1D A; 1GG3 A; 2COF A; 4WVF B; 1WVH A; 2DN6 A; 2ELB A; 5EFX A; 2ELA A; 2KGX B; 1M7E A; 2Q13 A; 3ULB A; 3MDB C; 4H8S A; 4CYE A; 1FHO A; 4GMX B; 1WJM A; 4BBK A; 2K00 A; 1SHC A; 5HE3 A; 1ZC3 B; 1MIZ B; 5J3Q A; 2QKL A; 1GC7 A; 2L2I A; 4P7I A; 5L81 A; 1TJ6 A; 3AU5 A; 4GN1 A; 5J3Y A; 2YS5 A; 1UNQ A; 4HAT B; 2EC1 A; 1OQN A; 3QIJ A; 1FAO A; 1IRS A; 2RVB B; 2YF0 A; 2GCL A; 4A6F A; 2DKQ A; 3LJU X; 1KI1 B; 3SV1 A; 2D4Q A; 1BAK A; 4B6H A; 2Z0O A; 3PVW A; 1Z87 A; 2K2U A; 4WJ7 A; 1B55 A; 2ROV A; 1ISN A; 5HE0 A; 2LYD A; 2YS3 A; 1AQC A; 4HAU B; 5LON B; 1DDW A; 1UPQ A; 4KAX B; 1UNP A; 2YS1 A; 4A6H A; 2YSZ A; 5JP4 A; 2YVC A; 2HE7 A; 1MIX A; 5FI1 A; 2OTX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4Z2N A; 4F7G A; 4IFS A; 5DHF B; 5DH9 B; 5M4Y B; 5KQ4 A; 2D9Y A; 2DX1 A; 2QKM A; 5C16 A; 5JHG A; 3DCX A; 1P5T A; 4HAZ B; 2DX5 A; 5HE1 A; 4A6F B; 5HE2 A; 3AJ4 A; 2K49 A; 1P6S A; 2RSG A; 2DYN A; 4HB3 B; 5D27 A; 1E5W A; 1W1H A; 1FHW A; 5CLL B; 1LB1 A; 4IAP A; 2NZ8 B; 3SYX A; 2W2W A; 2OQB A; 4L1R A; 4GOU A; 1XD4 A; 3IVF A; 3DXE A; 3D8E A; 4MY6 A; 1EAZ A; 5I2S A; 3ULC A; 4HDQ A; 3FM8 C; 1X11 A; 2Y7B A; 1XCG A; 3TCA A; 4DBB A; 3QBV B; 3MPX A; 2ROZ B; 2DTC A; 2FJL A; 4PNK A; 1GC6 A; 1EF1 A; 4DX9 0; 3PVU A; 3NSU A; 3GYO A; 4EKU A; 2PZ1 A; 3D8F A; 1WGU A; 4HB4 B; 2D9V A; 3V5W A; 3SO6 A; 3ZVR A; 1PLS A; 2Z13 A; 1T77 A; 2KIG A; 2MKR A; 4XWX A; 4QJ4 B; 1PMS A; 2ADZ A; 3FEH A; 4NY0 A; 3HW2 B; 3KSY A; 4GZU A; 4K2P A; 1TXD A; 3TW1 A; 1MK7 B; 3P6A A; 3BIN A; 4Y94 A; 2CY4 A; 2CY5 A; 3HK0 A; 2COC A; 4EJN A; 2H7E A; 2UZR A; 4HHV A; 1U27 A; 2CAY A; 2D10 A; 1X05 A; 2IFS A; 2KUQ A; 3TVV A; 1V89 A; 2LUL A; 1MK9 B; 4CHM A; 3FSS A; 2J0J A; 1W1G A; 4KHO A; 1ZC4 B; 1QQG A; 2RLO A; 2Z4D A; 2R2Y A; 1V5M A; 1I2H A; 4K2O A; 1X1G A; 3SUZ A; 2D9Z A; 1XOD A; 4DXA B; 5D3W A; 4OT1 A; 5I2M A; 5FI0 A; 3VOQ A; 5JHH A; 4HAX B; 4WSF A; 4D0N B; 3TO1 A; 2AL6 A; 5CLQ B; 1I7A A; 2LG1 A; 1NU2 A; 3PP2 A; 4HB2 B; 5JLJ B; 4HAY B; 4F7U P; 4F7H A; 3ZDT A; 1Y5O A; 2X18 A; 2I1K A; 3FVC A; 1ZYI A; 3PZD A; 4CHJ A; 1Y19 B; 2Z0P A; 2COD A; 4GXB A; 2P0D A; 1V61 A; 2H7D A; 1ZSQ A; 2VRW B; 3O96 A; 1KZ7 A; 3RCP A; 2GCJ A; 5LG4 B; 3OAN A; 4K81 A; 2MFQ A; 1AWE A; 2VKI A; 4HAW B; 1MI1 A; 1BTN A; 2N23 A; 2MWN B; 1DYN A; 4GMV A; 2UZS A; 3VIA A; 5DIF B; 5C6R A; 1RRP B; 2DHK A; 2P0H A; 1U5F A; 4ZRJ A; 1J19 A; 2Y8F A; 3DXC A; 2JP2 A; 4MT7 A; 5C5B A; 2FJU B; 3PVL A; 4QXA B; 3G9W A; 4HAV B; 3KZ1 A; 3PSC A; 3HQC A; 2I5C A; 2I1J A; 3GYP A; 1NTV A; 3KRW A; 3M1I B; 4K17 A; 4KVG B; 3A58 A; 1MKE A; 4ZRK A; 1H10 A; 2D2Q A; 4C0A A; 2YT0 A; 2CRF A; 3F0W A; 3N7C A; 3AU4 A; 4PQ0 A; 1BWN A; 2EMT A; 4QJ3 B; 2COA A; 3PEG A; 2UVM A; 2XQN M; 2D11 A; 1OMW A; 2YT2 A; 1DBH A; 3UZT A; 2ZPY A; 2R0D A; 2IYB A; 2DYQ A; 1FGZ A; 2AEH A; 4KHB A; 1SGH A; 5KCV A; 4YL8 A; 2KIE A; 1U5D A; 4EMO A; 2J0K A; 1U29 A; 3HSA A; 3CIK A; 3U8Z A; 1DRO A; 5C5B B; 3KY9 A; 2GS0 A; 2BCJ A; 1WG7 A; 1M7R A; 2P8V A; 1XX0 A; 1LW3 A; 2LKO A; 3ODW A; 1ZM0 A; 5J3T A; 2L1C A; 4NSW A; 3ML4 A; 4ZRI A; 1V5U A; 1EGX A; 3A8P A; 1EVH A; 3TFM A; 1FB8 A; 4OSN A; 3B77 A; 2VSZ A; 3T06 A; 2EMS A; 2LOX A; 2K2J A; 1V88 A; 1U5E A; 1UPR A; 3WA0 A; 4L6E A; 1FGY A; 3A8Q A; 4MK0 A; 4HDO A; 2YRY A; 2RRF A; 3D8D A; 2RUK B; 3U7D A; 4KHB B; 4DX8 A; 5IRS A; 1XR0 B; 1ZVR A; 1V5P A; 4YON A; 2EJ8 A; 1PFJ A; 1WJ1 A; 3OHM B; 5LOP B; 5GOW B; 1UEF A; 1KZG A; 2M38 A; 2HTH B; 5D3Y A; 4TYZ A; 1OY2 A; 3DXD A; 1X86 A; 3A98 B; 2KUP A; 5DHA B; 1K5D B; 2GJY A; 1NI2 A; 2D9W A; 2W2X C; 1WI1 A; 2E2X A; 3F5R A; 1WGQ A; 5D3V A; 1UNR A; 4HB0 B; 2RGN B; 1RJ2 A; 2KCJ A; 1N3H A; 4KHA A; 1P3R A; 2G35 A; 3ODO A; 1X1F A; 3PG7 A; 3QWM A; 1QC6 A; 4IOY X; 2I5F A; 1FOE A; 1DDM A; 2DKP A; 1XKE A; 2DA0 A; 2R09 A; 2Y8G A; 1U5G A; 2W2X D; 2P0F A; 2N0Y A; 1MPH A; 2GUM A; 1Q67 A; 3NWF A; 3KRX A; 2V76 A; 2MDX A; 2NMB A; 2RNR B; 2YT1 A; 1H4R A; 4HSI A; 1MAI A; 2LOZ A; 2DHJ A; 2Z59 A; 2M14 A; 2Z0Q A; 4GPT B; 3BJI A; 5C79 A; 2DFK A; 4A5K A; 1NTY A; 5DI9 B; 1TQZ A; 5D3X A; 1J0W A; 3WYF B; 4A6K A; 2DHI A; 3P7Z A; 1K5G B; 4Z2M B; 2D9X A; 1BTK A; 1FHX A; 5KQ1 A; 2DLW A; 3SNH A; 1DDV A; 3X23 A; 4TKN A; 1U2B A; 2J0M A; 2J59 M; 3ODX A; 3CXB B; 1W1D A; 1GG3 A; 2COF A; 4WVF B; 2K8E A; 1WVH A; 2DN6 A; 2ELB A; 3NWA A; 2ELA A; 5EFX A; 2KGX B; 1M7E A; 2Q13 A; 3ULB A; 4CSQ A; 3MDB C; 4H8S A; 4CYE A; 1FHO A; 4GMX B; 1WJM A; 4BBK A; 2K00 A; 1SHC A; 5HE3 A; 1ZC3 B; 3NW8 A; 1MIZ B; 5J3Q A; 2QKL A; 1GC7 A; 2L2I A; 4P7I A; 5L81 A; 1TJ6 A; 3AU5 A; 4GN1 A; 5J3Y A; 2YS5 A; 1UNQ A; 4HAT B; 4GNK B; 2EC1 A; 1OQN A; 3QIJ A; 1FAO A; 1IRS A; 2RVB B; 2YF0 A; 2GCL A; 4A6F A; 2DKQ A; 3LJU X; 1KI1 B; 3SV1 A; 2D4Q A; 1BAK A; 4B6H A; 3NWD A; 2Z14 A; 2Z0O A; 2NBV A; 3PVW A; 1Z87 A; 2K2U A; 4WJ7 A; 1B55 A; 3U12 A; 2ROV A; 1ISN A; 4DIX A; 5HE0 A; 2LYD A; 2YS3 A; 2ZKM X; 1AQC A; 4HAU B; 5LON B; 1DDW A; 1UPQ A; 4KAX B; 1UNP A; 2YS1 A; 4A6H A; 2YSZ A; 5JP4 A; 4QJ5 B; 2YVC A; 2HE7 A; 3HIE A; 4D6W A; 1MIX A; 5FI1 A; 2OTX A; 2KR0 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4Z2N A; 4F7G A; 4IFS A; 5DHF B; 5DH9 B; 5KQ4 A; 2D9Y A; 2DX1 A; 2QKM A; 5C16 A; 5JHG A; 4HAZ B; 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