The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
121
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structure length |
99
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Chain Sequence |
LLEINETLVIQQRGVRVYDGEEKFDAGTLLLSTHRLIWRDQKNNECCMAIPLSQIVFIEEQAKIVVHLHSKNSYIRLSFKEHGQIEFYRRLSEEMTQRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of ubiquitin recognition by mammalian Eap45 GLUE domain
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein transport/signaling protein
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| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
Vacuolar protein sorting protein 36
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| total genus |
14
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| structure length |
99
|
| sequence length |
121
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-08-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF11605 | Vps36_ESCRT-II | Vacuolar protein sorting protein 36 Vps36 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K2J A; 2I5C A; 4KVG B; 3MPX A; 3HW2 B; 2CY5 A; 2YSZ A; 1MK7 B; 5D3V A; 2EMT A; 3KZ1 A; 1XCG A; 2D4Q A; 2GS0 A; 2Z0Q A; 3KSY A; 2P0D A; 1X11 A; 1U5E A; 5DHA B; 4TYZ A; 2DLW A; 4GXB A; 5DIF B; 4DBB A; 1UNP A; 2ZPY A; 3V5W A; 2D9Z A; 2YS5 A; 1M7R A; 5D3W A; 4NSW A; 4F7U P; 1P6S A; 3SV1 A; 5DHF B; 1BWN A; 4MY6 A; 4WVF B; 2YVC A; 4HDO A; 4K2O A; 4XWX A; 1W1G A; 1U2B A; 1SGH A; 2CY4 A; 1FB8 A; 2GJY A; 1FHW A; 2OTX A; 2JP2 A; 4Z2N A; 1MIX A; 2UZR A; 2R09 A; 4A6F A; 1E5W A; 4KHO A; 1V88 A; 3M1I B; 1WJM A; 4EMO A; 5LON B; 1SHC A; 3HQC A; 1MK9 B; 5HE2 A; 2DHI A; 1I2H A; 3U7D A; 4HAT B; 1J19 A; 5C16 A; 4KHB B; 1DDM A; 4GZU A; 3BJI A; 2MDX A; 3ODW A; 1NTV A; 3F0W A; 3PP2 A; 3ML4 A; 2N23 A; 3PVL A; 4DXA B; 4WJ7 A; 5KQ4 A; 2YRY A; 1EVH A; 2VRW B; 4NY0 A; 4ZRJ A; 4YON A; 1WG7 A; 5EFX A; 2UVM A; 1EAZ A; 5JHG A; 1DYN A; 3PVU A; 3SYX A; 3AU4 A; 3U8Z A; 2G35 A; 1XX0 A; 4ZRI A; 2E2X A; 2CAY A; 2P8V A; 2FJL A; 1P3R A; 1UNQ A; 4EJN A; 2D9V A; 2W2W A; 1K5D B; 3OAN A; 5J3Y A; 2LUL A; 2P0H A; 1EGX A; 1WVH A; 2ELA A; 3SUZ A; 2YT0 A; 2UZS A; 4L6E A; 5C5B B; 2KUP A; 2D9Y A; 1X86 A; 1AQC A; 1Z87 A; 2D11 A; 5DI9 B; 2RLO A; 1U5G A; 2Y8G A; 1UPR A; 3GYO A; 1WI1 A; 2DHJ A; 4HAV B; 3P6A A; 4HAW B; 2YS1 A; 3LJU X; 3ZDT A; 1U27 A; 1W1D A; 4A6H A; 5D3X A; 5J3Q A; 1KZ7 A; 4KHA A; 1PMS A; 1ZVR A; 1MPH A; 2LYD A; 5HE1 A; 1PFJ A; 2DKQ A; 3DXC A; 3PG7 A; 1Q67 A; 3NSU A; 2J0J A; 2Z0O A; 4HAY B; 2I5F A; 3G9W A; 1H4R A; 2MFQ A; 3N7C A; 4K81 A; 1QQG A; 3PZD A; 1K5G B; 4GN1 A; 4F7G A; 4DX9 0; 1DDW A; 1TXD A; 3TCA A; 1IRS A; 2H7E A; 1U5D A; 5D3Y A; 1GG3 A; 2COF A; 5CLQ B; 5C5B A; 5HE3 A; 3KRW A; 1AWE A; 1FOE A; 2HTH B; 1MKE A; 2Z0P A; 2M38 A; 1BTK A; 4HAU B; 1WGQ A; 2M14 A; 3FSS A; 2KGX B; 1RJ2 A; 1V5P A; 3QBV B; 2K2U A; 1U29 A; 2R0D A; 5DH9 B; 1GC6 A; 1QC6 A; 2XQN M; 1FAO A; 4PQ0 A; 3ODX A; 1W1H A; 3BIN A; 4DX8 A; 1OQN A; 4HHV A; 1RRP B; 3X23 A; 1I7A A; 2DYN A; 2NMB A; 1M7E A; 2OQB A; 1UNR A; 2LKO A; 2NZ8 B; 5D27 A; 4KAX B; 1WGU A; 1H10 A; 4K2P A; 3TFM A; 5C79 A; 1XR0 B; 4HAZ B; 2COD A; 3DXE A; 4CHM A; 2DN6 A; 3F5R A; 4EKU A; 2VKI A; 3D8F A; 1V5U A; 3IVF A; 4C0A A; 2ROZ B; 4IOY X; 3SO6 A; 3HK0 A; 3GYP A; 2Y8F A; 5C6R A; 3QIJ A; 1UPQ A; 2P0F A; 5FI0 A; 3VOQ A; 2X18 A; 4WSF A; 2COC A; 1X1G A; 2AEH A; 4PNK A; 1U5F A; 3PEG A; 2DYQ A; 2L2I A; 1B55 A; 3SNH A; 3ULB A; 3TO1 A; 3KRX A; 1KZG A; 5CLL B; 4A5K A; 3D8D A; 2GCJ A; 1V89 A; 1X1F A; 4P7I A; 2DKP A; 5J3T A; 3FM8 C; 1NU2 A; 2J59 M; 4GPT B; 4IFS A; 4B6H A; 4A6F B; 2ROV A; 4HB2 B; 2I1K A; 1P5T A; 3A8Q A; 2CRF A; 2YF0 A; 3WA0 A; 4Y94 A; 1BAK A; 4HB4 B; 2COA A; 2EC1 A; 4H8S A; 3ULC A; 3WYF B; 2DX5 A; 2LOZ A; 3D8E A; 3A8P A; 2AL6 A; 2N0Y A; 5JP4 A; 1NTY A; 3UZT A; 1WJ1 A; 2DA0 A; 2IFS A; 3KY9 A; 2RNR B; 4GMX B; 2QKM A; 1XOD A; 5KCV A; 2LOX A; 2DX1 A; 1V61 A; 1LW3 A; 1ZM0 A; 2DTC A; 3QWM A; 2W2X C; 1FHO A; 3VIA A; 2D2Q A; 3A98 B; 3PSC A; 1ZSQ A; 2HE7 A; 4MT7 A; 2K00 A; 2ADZ A; 1FGZ A; 3RCP A; 4CYE A; 4GMV A; 5L81 A; 2YS3 A; 3CIK A; 2W2X D; 2D10 A; 2V76 A; 2IYB A; 4HB0 B; 1Y5O A; 2QKL A; 1MIZ B; 2D9X A; 2BCJ A; 4D0N B; 1DDV A; 4TKN A; 4HDQ A; 4MK0 A; 2GCL A; 1NI2 A; 1DBH A; 3AJ4 A; 3PVW A; 1Y19 B; 3FEH A; 2L1C A; 2J0M A; 4Z2M B; 3ODO A; 1XD4 A; 1DRO A; 3TW1 A; 5JHH A; 2MWN B; 5FI1 A; 1LB1 A; 3MDB C; 1ISN A; 2RVB B; 1FHX A; 2D9W A; 2RGN B; 3ZVR A; 1J0W A; 1GC7 A; 4A6K A; 1FGY A; 2KCJ A; 2RSG A; 1KI1 B; 2EJ8 A; 2EMS A; 2I1J A; 3AU5 A; 3DXD A; 1OY2 A; 2LG1 A; 2PZ1 A; 1UEF A; 1N3H A; 1V5M A; 2Y7B A; 4HB3 B; 1BTN A; 5LOP B; 2DFK A; 2RUK B; 1ZC3 B; 5HE0 A; 4CHJ A; 2DHK A; 5JLJ B; 1TJ6 A; 1X05 A; 3CXB B; 1OMW A; 3O96 A; 1ZC4 B; 2Q13 A; 4ZRK A; 5GOW B; 3P7Z A; 1PLS A; 1EF1 A; 2H7D A; 4K17 A; 1MAI A; 1TQZ A; 2VSZ A; 2MKR A; 3TVV A; 4BBK A; 5KQ1 A; 4IAP A; 1XKE A; 2YT1 A; 4HAX B; 2ELB A; 3T06 A; 4YL8 A; 4F7H A; 2J0K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2K2J A; 2I5C A; 4KVG B; 3MPX A; 3HW2 B; 2CY5 A; 2YSZ A; 1MK7 B; 5D3V A; 2EMT A; 3KZ1 A; 1XCG A; 2D4Q A; 2GS0 A; 2Z0Q A; 3KSY A; 2P0D A; 1X11 A; 1U5E A; 5DHA B; 4TYZ A; 2DLW A; 4GXB A; 5DIF B; 2GUM A; 4DBB A; 1UNP A; 3HSA A; 2ZPY A; 3V5W A; 2D9Z A; 2YS5 A; 1M7R A; 5D3W A; 4NSW A; 4F7U P; 1P6S A; 3SV1 A; 5DHF B; 1BWN A; 4MY6 A; 1T77 A; 4WVF B; 2YVC A; 4HDO A; 4K2O A; 4XWX A; 1W1G A; 1U2B A; 1SGH A; 4CSQ A; 2CY4 A; 1FB8 A; 2GJY A; 1FHW A; 2OTX A; 2JP2 A; 4Z2N A; 1MIX A; 2UZR A; 2R09 A; 4A6F A; 1E5W A; 4GNK B; 4KHO A; 1V88 A; 3M1I B; 1WJM A; 4EMO A; 5LON B; 1SHC A; 3HQC A; 1MK9 B; 5HE2 A; 2DHI A; 1I2H A; 1MI1 A; 3U7D A; 4HAT B; 1J19 A; 5C16 A; 4KHB B; 1DDM A; 4GZU A; 3BJI A; 2KIE A; 2MDX A; 3ODW A; 1NTV A; 3F0W A; 3PP2 A; 3ML4 A; 5LG4 B; 2N23 A; 3PVL A; 4DXA B; 4WJ7 A; 5KQ4 A; 2YRY A; 1EVH A; 2VRW B; 4NY0 A; 4ZRJ A; 4YON A; 1WG7 A; 5EFX A; 2UVM A; 1EAZ A; 5JHG A; 1DYN A; 3PVU A; 3SYX A; 3AU4 A; 3U8Z A; 2G35 A; 1XX0 A; 4ZRI A; 2E2X A; 2CAY A; 2P8V A; 2FJL A; 1P3R A; 1UNQ A; 4EJN A; 2D9V A; 2W2W A; 1K5D B; 3OAN A; 2ZKM X; 5J3Y A; 4DIX A; 2LUL A; 2P0H A; 1EGX A; 1WVH A; 2ELA A; 3SUZ A; 2YT0 A; 2UZS A; 4L6E A; 5C5B B; 2KUP A; 2D9Y A; 1X86 A; 1AQC A; 1Z87 A; 2D11 A; 5DI9 B; 2RLO A; 1U5G A; 2Y8G A; 1UPR A; 3GYO A; 1WI1 A; 2DHJ A; 4HAV B; 3P6A A; 4QJ3 B; 4HAW B; 2YS1 A; 3LJU X; 3ZDT A; 3OHM B; 1U27 A; 1W1D A; 4A6H A; 5D3X A; 5J3Q A; 2RRF A; 1KZ7 A; 4KHA A; 1PMS A; 1ZVR A; 1MPH A; 2LYD A; 5HE1 A; 1PFJ A; 2DKQ A; 2Z13 A; 3DXC A; 3PG7 A; 1Q67 A; 3NSU A; 2Z4D A; 2J0J A; 2Z0O A; 4HAY B; 2I5F A; 3G9W A; 1H4R A; 3NWA A; 2MFQ A; 3N7C A; 4K81 A; 1QQG A; 3PZD A; 1K5G B; 4GN1 A; 4F7G A; 2KUQ A; 4DX9 0; 1DDW A; 1TXD A; 3TCA A; 1IRS A; 3FVC A; 3HIE A; 2H7E A; 1U5D A; 5D3Y A; 1GG3 A; 2COF A; 5CLQ B; 5C5B A; 5HE3 A; 3KRW A; 1AWE A; 1FOE A; 2HTH B; 1MKE A; 2Z0P A; 2M38 A; 4OSN A; 1BTK A; 4HAU B; 1WGQ A; 2M14 A; 3FSS A; 2KGX B; 1RJ2 A; 1V5P A; 3B77 A; 3QBV B; 2K2U A; 1U29 A; 4QXA B; 2R0D A; 2YT2 A; 5DH9 B; 1GC6 A; 1QC6 A; 2XQN M; 2KR0 A; 1FAO A; 4PQ0 A; 3ODX A; 3DCX A; 1W1H A; 3BIN A; 4DX8 A; 1OQN A; 4HHV A; 1RRP B; 3X23 A; 1I7A A; 2DYN A; 2NMB A; 1M7E A; 3U12 A; 2OQB A; 1UNR A; 2LKO A; 2NZ8 B; 5D27 A; 4KAX B; 1WGU A; 1H10 A; 4K2P A; 3TFM A; 5C79 A; 1XR0 B; 4QJ4 B; 4HAZ B; 2COD A; 3DXE A; 4CHM A; 2DN6 A; 3F5R A; 4EKU A; 2VKI A; 3D8F A; 1V5U A; 3IVF A; 5IRS A; 4C0A A; 2ROZ B; 4IOY X; 3SO6 A; 3HK0 A; 3GYP A; 2Y8F A; 5C6R A; 3QIJ A; 1UPQ A; 4QJ5 B; 2P0F A; 5FI0 A; 3VOQ A; 2X18 A; 5I2M A; 4WSF A; 2COC A; 2KIG A; 1X1G A; 2AEH A; 4PNK A; 2Z14 A; 1U5F A; 3PEG A; 2K49 A; 2DYQ A; 2L2I A; 1B55 A; 3SNH A; 3NW8 A; 3ULB A; 3TO1 A; 3KRX A; 1KZG A; 5CLL B; 4A5K A; 3D8D A; 2GCJ A; 1V89 A; 1X1F A; 4P7I A; 2DKP A; 5J3T A; 3FM8 C; 1NU2 A; 2J59 M; 4GPT B; 4OT1 A; 4IFS A; 4KHB A; 4B6H A; 4A6F B; 2ROV A; 4HB2 B; 2I1K A; 1P5T A; 3A8Q A; 2CRF A; 2YF0 A; 3WA0 A; 4Y94 A; 1BAK A; 4HB4 B; 2COA A; 2EC1 A; 4H8S A; 3ULC A; 3WYF B; 2DX5 A; 2LOZ A; 3D8E A; 2NBV A; 2K8E A; 2Z59 A; 3A8P A; 4HSI A; 3NWF A; 2AL6 A; 2N0Y A; 5JP4 A; 4D6W A; 1NTY A; 3UZT A; 1WJ1 A; 2DA0 A; 2IFS A; 1ZYI A; 3KY9 A; 2RNR B; 4GMX B; 2QKM A; 1XOD A; 5KCV A; 2LOX A; 2DX1 A; 1V61 A; 1LW3 A; 1ZM0 A; 2DTC A; 3QWM A; 2W2X C; 5I2S A; 1FHO A; 3VIA A; 2D2Q A; 3A98 B; 3PSC A; 1ZSQ A; 2HE7 A; 4MT7 A; 2K00 A; 2ADZ A; 5M4Y B; 1FGZ A; 3RCP A; 4CYE A; 4GMV A; 5L81 A; 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