The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
115
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structure length |
115
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Chain Sequence |
PSHSGAAIFEKVSGIIAINEDVSPAELTWRSTDGDKVHTVVLSTIDKLQATPASSEKMMLRLIGKVDESKKRKDNEGNEVVPKPQRHMFSFNNRTVMDNIKMTLQQIISRYKDAD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and functional evidence that Rad4 competes with Rad2 for binding to the Tfb1 subunit of TFIIH in NER.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA polymerase II transcription factor B subunit 1
|
| molecule tags |
Transcription/dna binding protein
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
16
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08567 | PH_TFIIH | TFIIH p62 subunit, N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CHM A; 3HQC A; 2D10 A; 2AL6 A; 1V89 A; 1WVH A; 4CHJ A; 3P6A A; 2COC A; 2I5F A; 3ULC A; 2E2X A; 4A6F B; 1RJ2 A; 2L1C A; 5LON B; 3SNH A; 2ELB A; 1V5P A; 2W2X C; 3A8P A; 1U2B A; 1QC6 A; 3AU5 A; 4DBB A; 2D2Q A; 4HAV B; 2YT1 A; 4HB0 B; 3PZD A; 1SGH A; 2YS3 A; 2R09 A; 2YF0 A; 1V88 A; 4GMV A; 1H4R A; 2G35 A; 1ZC4 B; 1EF1 A; 2L2I A; 1J0W A; 2Z0Q A; 3MPX A; 2IYB A; 4HHV A; 1XX0 A; 2NMB A; 3D8E A; 2DHI A; 1M7E A; 3BIN A; 4F7U P; 2KCJ A; 4IOY X; 4A6F A; 1BTN A; 2D9W A; 2Y8F A; 4H8S A; 1X86 A; 1MAI A; 2H7D A; 4MT7 A; 1BTK A; 4P7I A; 4K81 A; 2DKP A; 3ODX A; 4NY0 A; 2DHK A; 2D4Q A; 4HB2 B; 3QIJ A; 2ELA A; 3VOQ A; 5C5B B; 2I5C A; 1W1D A; 2CY4 A; 1Q67 A; 1ZC3 B; 4GMX B; 1J19 A; 2COF A; 4B6H A; 2DX1 A; 5D3X A; 2RVB B; 1P5T A; 1NTY A; 3PP2 A; 4YON A; 4WVF B; 2LYD A; 1Y5O A; 4KHA A; 3U8Z A; 4GN1 A; 3KSY A; 2DKQ A; 4CYE A; 1FHX A; 1K5D B; 4YL8 A; 5HE3 A; 3GYO A; 3FEH A; 2X18 A; 3ULB A; 3X23 A; 1TXD A; 2Y7B A; 3QWM A; 5HE1 A; 2CY5 A; 2EMT A; 1UPR A; 2D9Y A; 1RRP B; 1GC6 A; 1XD4 A; 5C5B A; 2I1J A; 4A6K A; 1U29 A; 1OY2 A; 2DYN A; 2RSG A; 3KY9 A; 2J59 M; 1FB8 A; 2P0F A; 1P3R A; 1BAK A; 2D9V A; 1DRO A; 2D9Z A; 3TW1 A; 1WG7 A; 3GYP A; 2LG1 A; 1IRS A; 3CXB B; 2RUK B; 2MFQ A; 1XOD A; 2CAY A; 4MK0 A; 4GPT B; 3UZT A; 2MKR A; 3SYX A; 4A6H A; 2RGN B; 4BBK A; 2GCJ A; 3ZVR A; 4ZRI A; 4Z2N A; 4HAX B; 1UEF A; 3ML4 A; 1I7A A; 1ZM0 A; 3SUZ A; 4F7H A; 3ODO A; 5DHF B; 5D3Y A; 4ZRJ A; 2GCL A; 1E5W A; 2DYQ A; 4L6E A; 2QKM A; 5C79 A; 3PVU A; 1BWN A; 3HK0 A; 1GG3 A; 1ZVR A; 1W1G A; 1MIZ B; 1WJM A; 1Z87 A; 2R0D A; 4MY6 A; 2J0J A; 1ZSQ A; 3G9W A; 1MPH A; 2P8V A; 2W2X D; 3PVW A; 4EJN A; 4ZRK A; 1QQG A; 2MDX A; 5JHG A; 4HAW B; 5EFX A; 2DN6 A; 1FHO A; 1KI1 B; 2N0Y A; 3M1I B; 2YS5 A; 2UZR A; 4NSW A; 4HAT B; 1Y19 B; 1B55 A; 2DFK A; 3TO1 A; 2ADZ A; 3NSU A; 3ODW A; 2K2U A; 1UNR A; 1TJ6 A; 3KRW A; 1V5M A; 2YS1 A; 3DXC A; 4HDQ A; 4D0N B; 1DDV A; 1KZG A; 1X1F A; 4Z2M B; 5KQ4 A; 5LOP B; 1DBH A; 5FI1 A; 4GXB A; 4DXA B; 4F7G A; 1EVH A; 2PZ1 A; 2FJL A; 3F0W A; 1TQZ A; 3VIA A; 2LOZ A; 2BCJ A; 2GS0 A; 2CRF A; 2OTX A; 2VSZ A; 4K2O A; 4K2P A; 2HTH B; 2UVM A; 2COA A; 2DHJ A; 3D8F A; 3T06 A; 3P7Z A; 2V76 A; 1EGX A; 3BJI A; 2P0H A; 1H10 A; 2OQB A; 2DTC A; 3DXE A; 4WSF A; 1XKE A; 1FOE A; 2YRY A; 2Y8G A; 4DX9 0; 4A5K A; 2K2J A; 5KQ1 A; 4XWX A; 4HAY B; 3QBV B; 2JP2 A; 2J0K A; 2KUP A; 3AU4 A; 1MK9 B; 1WGU A; 4HDO A; 5C16 A; 1U5E A; 3TCA A; 2COD A; 2GJY A; 2ROV A; 4KAX B; 2KGX B; 2MWN B; 5J3Q A; 1PMS A; 1LB1 A; 4DX8 A; 1GC7 A; 1PFJ A; 3PVL A; 2YVC A; 2M38 A; 1V61 A; 5J3Y A; 1WI1 A; 2D11 A; 2LOX A; 3DXD A; 1AWE A; 2LKO A; 1W1H A; 4Y94 A; 2IFS A; 2HE7 A; 1PLS A; 1EAZ A; 3LJU X; 1UNP A; 2N23 A; 4TKN A; 1V5U A; 3FM8 C; 3KRX A; 4HB4 B; 5GOW B; 2LUL A; 3KZ1 A; 3A98 B; 1FGY A; 1FHW A; 3AJ4 A; 3ZDT A; 1U5F A; 5JLJ B; 1KZ7 A; 4PQ0 A; 3WA0 A; 1NTV A; 3U7D A; 5HE2 A; 2EMS A; 5C6R A; 3O96 A; 5DHA B; 3TFM A; 1U27 A; 2Q13 A; 2ZPY A; 1DYN A; 2EC1 A; 3A8Q A; 4C0A A; 2NZ8 B; 4KVG B; 5J3T A; 2M14 A; 3N7C A; 5D3W A; 2J0M A; 4IFS A; 3HW2 B; 1AQC A; 4TYZ A; 1UPQ A; 2DX5 A; 2ROZ B; 1NI2 A; 3FSS A; 5L81 A; 2P0D A; 2YT0 A; 3CIK A; 5HE0 A; 2YSZ A; 4EMO A; 1DDW A; 4IAP A; 1FAO A; 5DIF B; 4K17 A; 5DH9 B; 3SO6 A; 3PEG A; 5DI9 B; 1SHC A; 1NU2 A; 2RLO A; 4PNK A; 5KCV A; 5D27 A; 3SV1 A; 2DLW A; 4WJ7 A; 1I2H A; 4GZU A; 5JHH A; 1X05 A; 2XQN M; 2K00 A; 5D3V A; 2D9X A; 1MKE A; 1M7R A; 5CLQ B; 3IVF A; 1OMW A; 1P6S A; 2EJ8 A; 1FGZ A; 1X11 A; 1U5G A; 2DA0 A; 4HAU B; 3WYF B; 5CLL B; 1U5D A; 1ISN A; 2Z0O A; 2VRW B; 4KHB B; 3PSC A; 1DDM A; 2AEH A; 2QKL A; 2UZS A; 1WGQ A; 5JP4 A; 4HB3 B; 2VKI A; 1OQN A; 1XCG A; 1MIX A; 4KHO A; 1XR0 B; 3OAN A; 4EKU A; 1LW3 A; 1K5G B; 2W2W A; 3PG7 A; 2H7E A; 1WJ1 A; 1MK7 B; 3TVV A; 5FI0 A; 2RNR B; 2Z0P A; 1UNQ A; 4HAZ B; 1N3H A; 2I1K A; 1X1G A; 3D8D A; 3RCP A; 3V5W A; 3F5R A; 3MDB C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CHM A; 3HQC A; 2D10 A; 2AL6 A; 2Z14 A; 1V89 A; 1WVH A; 4CHJ A; 3P6A A; 2COC A; 2I5F A; 3ULC A; 2E2X A; 4A6F B; 2KIE A; 1RJ2 A; 2L1C A; 5LON B; 4KHB A; 3SNH A; 2ELB A; 1V5P A; 2W2X C; 5I2M A; 3A8P A; 4DIX A; 1U2B A; 1QC6 A; 2YT2 A; 3AU5 A; 4DBB A; 2D2Q A; 4HAV B; 2YT1 A; 3NWF A; 4HB0 B; 3PZD A; 1SGH A; 3NWA A; 3NW8 A; 4HSI A; 2YS3 A; 4OSN A; 2R09 A; 2YF0 A; 1V88 A; 4GMV A; 1H4R A; 2G35 A; 1ZC4 B; 1EF1 A; 2L2I A; 1J0W A; 2Z0Q A; 3MPX A; 2IYB A; 4HHV A; 1XX0 A; 2Z59 A; 2NMB A; 3D8E A; 2DHI A; 1M7E A; 3BIN A; 4F7U P; 2KCJ A; 4IOY X; 1MI1 A; 4A6F A; 1BTN A; 4GOU A; 4GNK B; 2D9W A; 2Y8F A; 4H8S A; 1X86 A; 1MAI A; 2H7D A; 4MT7 A; 1BTK A; 4P7I A; 4K81 A; 2DKP A; 3ODX A; 4NY0 A; 2DHK A; 2D4Q A; 4HB2 B; 3QIJ A; 2ELA A; 2GUM A; 5C5B B; 2I5C A; 1W1D A; 2CY4 A; 3VOQ A; 1Q67 A; 1ZC3 B; 4GMX B; 1J19 A; 5LG4 B; 2COF A; 4B6H A; 2DX1 A; 5D3X A; 2RVB B; 1P5T A; 1NTY A; 3PP2 A; 4YON A; 4WVF B; 2LYD A; 1Y5O A; 4KHA A; 3U8Z A; 4GN1 A; 2KIG A; 3KSY A; 2DKQ A; 4CYE A; 1FHX A; 1K5D B; 4YL8 A; 5HE3 A; 3GYO A; 3FEH A; 2X18 A; 3ULB A; 3X23 A; 1TXD A; 2Y7B A; 3QWM A; 5HE1 A; 2KUQ A; 2CY5 A; 2EMT A; 1UPR A; 2D9Y A; 1RRP B; 2K8E A; 1GC6 A; 1XD4 A; 5C5B A; 2I1J A; 4A6K A; 1U29 A; 1OY2 A; 2DYN A; 5IRS A; 2RSG A; 3KY9 A; 3HIE A; 2J59 M; 1FB8 A; 2P0F A; 1P3R A; 1BAK A; 2D9V A; 1DRO A; 2D9Z A; 3TW1 A; 1WG7 A; 3GYP A; 4QJ4 B; 2LG1 A; 1IRS A; 3CXB B; 2RUK B; 2MFQ A; 1XOD A; 2CAY A; 2FJU B; 4MK0 A; 4GPT B; 3UZT A; 2MKR A; 3SYX A; 4A6H A; 2RGN B; 4BBK A; 2GCJ A; 3ZVR A; 4ZRI A; 4Z2N A; 4HAX B; 1UEF A; 3ML4 A; 1I7A A; 1ZM0 A; 3SUZ A; 4F7H A; 3ODO A; 5DHF B; 3OHM B; 5D3Y A; 4ZRJ A; 2GCL A; 5M4Y B; 1E5W A; 2DYQ A; 4L6E A; 2QKM A; 1ZYI A; 5C79 A; 3PVU A; 1BWN A; 3HK0 A; 1GG3 A; 1ZVR A; 2NBV A; 1W1G A; 1MIZ B; 1WJM A; 1Z87 A; 2R0D A; 4MY6 A; 2J0J A; 1ZSQ A; 3G9W A; 1MPH A; 2P8V A; 2W2X D; 3PVW A; 4EJN A; 4ZRK A; 1QQG A; 2MDX A; 5JHG A; 4HAW B; 2Z4D A; 2DN6 A; 5EFX A; 1FHO A; 1KI1 B; 2N0Y A; 3M1I B; 2YS5 A; 2UZR A; 4NSW A; 4HAT B; 1Y19 B; 1B55 A; 2DFK A; 3B77 A; 3TO1 A; 2KR0 A; 2ADZ A; 3NSU A; 3ODW A; 2K2U A; 1UNR A; 1TJ6 A; 3KRW A; 1V5M A; 2YS1 A; 3DXC A; 4HDQ A; 4D0N B; 1DDV A; 1KZG A; 1X1F A; 4Z2M B; 4OT1 A; 5KQ4 A; 5LOP B; 1DBH A; 5FI1 A; 4GXB A; 4DXA B; 4F7G A; 1EVH A; 2PZ1 A; 2FJL A; 3F0W A; 1TQZ A; 3VIA A; 2LOZ A; 2BCJ A; 3DCX A; 2GS0 A; 4CSQ A; 2CRF A; 2OTX A; 2VSZ A; 4K2O A; 4K2P A; 2HTH B; 2UVM A; 2COA A; 2DHJ A; 3D8F A; 3T06 A; 3P7Z A; 2V76 A; 1EGX A; 3BJI A; 2P0H A; 1H10 A; 3NWD A; 2OQB A; 2DTC A; 3DXE A; 4WSF A; 1XKE A; 1FOE A; 2YRY A; 2Y8G A; 4DX9 0; 4A5K A; 4L1R A; 2K2J A; 5KQ1 A; 5I2S A; 4XWX A; 4HAY B; 3QBV B; 2JP2 A; 2J0K A; 2KUP A; 3AU4 A; 1MK9 B; 1WGU A; 4HDO A; 5C16 A; 2R2Y A; 1U5E A; 3TCA A; 2COD A; 2GJY A; 2ROV A; 2K49 A; 4KAX B; 2KGX B; 2MWN B; 5J3Q A; 1PMS A; 1LB1 A; 4DX8 A; 1GC7 A; 1PFJ A; 3PVL A; 2YVC A; 2M38 A; 1V61 A; 5J3Y A; 1WI1 A; 2D11 A; 2LOX A; 3DXD A; 1AWE A; 2LKO A; 1W1H A; 4Y94 A; 2IFS A; 2ZKM X; 2HE7 A; 1PLS A; 1EAZ A; 3LJU X; 1UNP A; 2N23 A; 4TKN A; 1V5U A; 3FM8 C; 3KRX A; 4HB4 B; 5GOW B; 2LUL A; 3KZ1 A; 3A98 B; 1FGY A; 1T77 A; 1FHW A; 3AJ4 A; 3ZDT A; 1U5F A; 5JLJ B; 1KZ7 A; 4PQ0 A; 3WA0 A; 1NTV A; 3U7D A; 5HE2 A; 2EMS A; 5C6R A; 3O96 A; 5DHA B; 3TFM A; 1U27 A; 2Q13 A; 2ZPY A; 1DYN A; 2EC1 A; 3A8Q A; 4C0A A; 2NZ8 B; 3U12 A; 4KVG B; 5J3T A; 2M14 A; 3N7C A; 5D3W A; 2J0M A; 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