The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
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sequence length |
147
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structure length |
147
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Chain Sequence |
SKPHQWQADEEAVRSATCSFSVKYLGCVEVFESRGMQVCEEALKVLRQSRRRPVRGLLHVSGDGLRVVDDETKGLIVDQTIEKVSFCAPDRNHERGFSYICRDGTTRRWMCHGFLACKDSGERLSHAVGCAFAVCLERKQRRTRAAA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a Numb PTB domain-peptide complex suggests a basis for diverse binding specificity.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Cell cycle/gene regulation
|
| source organism |
Drosophila melanogaster
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| molecule keywords |
PROTEIN (NUMB PROTEIN)
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| total genus |
20
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| structure length |
147
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| sequence length |
147
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-10-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00640 | PID | Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2V76 A; 3ML4 A; 1P6S A; 2QKL A; 3QBV B; 2JP2 A; 2KGX B; 2P0D A; 3FM8 C; 1FB8 A; 2LYD A; 1PFJ A; 1FGY A; 4WVF B; 1W1D A; 1ZVR A; 1XX0 A; 2GS0 A; 1WGU A; 2VSZ A; 3AU5 A; 5D27 A; 2NMB A; 2D9V A; 5D3X A; 2X18 A; 1WG7 A; 2M14 A; 3TO1 A; 5KQ1 A; 5LON B; 4TYZ A; 2DYQ A; 2RLO A; 2AL6 A; 1UNR A; 4K2O A; 3A98 B; 2W2W A; 1U5F A; 1FOE A; 1TJ6 A; 3TVV A; 1LB1 A; 2Z0P A; 2Z0Q A; 1V89 A; 3DXC A; 4Z2M B; 2COF A; 4EKU A; 3AJ4 A; 4CHM A; 4CHJ A; 3KSY A; 3KRW A; 1PLS A; 2ELB A; 3MDB C; 1IRS A; 1UPQ A; 3D8E A; 2I1K A; 3VIA A; 2COD A; 1MAI A; 1V5P A; 5J3Y A; 4P7I A; 3PVU A; 5DHF B; 3HQC A; 5DHA B; 4NY0 A; 4DX9 0; 4PQ0 A; 2DLW A; 1DBH A; 1U2B A; 4XWX A; 3D8D A; 5C79 A; 4GMV A; 1BTK A; 4HB4 B; 4YL8 A; 2RSG A; 1X86 A; 1B55 A; 2CAY A; 4MT7 A; 3P6A A; 2DYN A; 2IYB A; 5LOP B; 2H7D A; 3SV1 A; 3O96 A; 2D9Y A; 2J0M A; 2R0D A; 4C0A A; 1AQC A; 3QWM A; 1KZG A; 2L2I A; 5FI0 A; 3TCA A; 1NTY A; 1X1F A; 1ZM0 A; 3VOQ A; 2K2U A; 2K2J A; 1XKE A; 2Q13 A; 4GPT B; 2EC1 A; 3PP2 A; 5JHG A; 1KI1 B; 1KZ7 A; 2D4Q A; 3PVL A; 4HDO A; 2LUL A; 4DXA B; 1GG3 A; 4WJ7 A; 1AWE A; 3F0W A; 5J3Q A; 2LKO A; 5FI1 A; 1U5D A; 2ZPY A; 2I5C A; 4HDQ A; 3RCP A; 5JHH A; 2D11 A; 2EJ8 A; 2M38 A; 1TQZ A; 2YS1 A; 4DX8 A; 2YS5 A; 2L1C A; 2DA0 A; 2ADZ A; 4MK0 A; 2CY5 A; 1WI1 A; 4Z2N A; 4B6H A; 1DDV A; 3GYO A; 2LOX A; 2RNR B; 1EAZ A; 1WVH A; 2K00 A; 1W1G A; 2LG1 A; 3ODO A; 3U7D A; 2KUP A; 3HK0 A; 5D3Y A; 2D9W A; 2NZ8 B; 5DIF B; 1FHW A; 4EJN A; 1V5U A; 1Q67 A; 2P8V A; 2Z0O A; 2CY4 A; 1BTN A; 2YT0 A; 3SYX A; 1MK7 B; 3A8P A; 4KVG B; 4PNK A; 1OQN A; 1XOD A; 5HE1 A; 1XCG A; 1P5T A; 4EMO A; 2HTH B; 1BAK A; 3PVW A; 4HAY B; 3WYF B; 3ULC A; 1WGQ A; 1X11 A; 4BBK A; 3KRX A; 1NTV A; 2UVM A; 4GXB A; 3UZT A; 2YRY A; 5DH9 B; 1QC6 A; 4GMX B; 5HE3 A; 1UEF A; 3F5R A; 3PZD A; 3CXB B; 1DRO A; 2I1J A; 1P3R A; 4HAX B; 4HAV B; 3N7C A; 1ZC4 B; 2YT1 A; 1U27 A; 2G35 A; 2W2X D; 2MWN B; 1W1H A; 2DX5 A; 1PMS A; 2DHK A; 1GC6 A; 2N23 A; 2IFS A; 5GOW B; 1DDM A; 3PSC A; 1LW3 A; 1DDW A; 1Y19 B; 3WA0 A; 3LJU X; 4HHV A; 1MPH A; 1NI2 A; 4K81 A; 2P0F A; 1ISN A; 4NSW A; 4IFS A; 2OQB A; 3BIN A; 4HAZ B; 4HAW B; 2YSZ A; 2W2X C; 3U8Z A; 2FJL A; 1J0W A; 1XD4 A; 4HAU B; 2PZ1 A; 2QKM A; 2P0H A; 1FHX A; 3M1I B; 5EFX A; 4F7H A; 5C5B B; 1MIZ B; 2GCJ A; 1K5D B; 4KHO A; 1DYN A; 3NSU A; 4MY6 A; 1M7E A; 4K17 A; 2HE7 A; 5D3V A; 2MDX A; 3SNH A; 4HAT B; 3TW1 A; 3D8F A; 1SGH A; 1BWN A; 1RJ2 A; 3SUZ A; 2KCJ A; 1GC7 A; 1U5G A; 4HB3 B; 3DXE A; 4L6E A; 2EMT A; 4KHA A; 5KCV A; 5C5B A; 1V5M A; 3DXD A; 2J59 M; 3TFM A; 4A6F B; 3OAN A; 3FEH A; 1I7A A; 1I2H A; 2DX1 A; 2CRF A; 3G9W A; 1U29 A; 3ODX A; 4A5K A; 3QIJ A; 2ELA A; 5DI9 B; 3ODW A; 5CLL B; 3V5W A; 3SO6 A; 4GZU A; 1OY2 A; 5JP4 A; 2OTX A; 3HW2 B; 2YF0 A; 3MPX A; 2DFK A; 3T06 A; 4ZRK A; 5J3T A; 1WJM A; 4IOY X; 2E2X A; 3ZDT A; 3IVF A; 2BCJ A; 3X23 A; 1TXD A; 2DTC A; 4A6F A; 2RGN B; 4HB2 B; 2GJY A; 4ZRI A; 4ZRJ A; 3ULB A; 5L81 A; 1FHO A; 2UZR A; 2D9X A; 5C16 A; 2AEH A; 1WJ1 A; 5D3W A; 2D10 A; 1UNP A; 2MFQ A; 1Y5O A; 3A8Q A; 1EGX A; 1V88 A; 2MKR A; 1FGZ A; 3KZ1 A; 1ZSQ A; 4IAP A; 1MKE A; 1UNQ A; 1EF1 A; 2VKI A; 4F7G A; 1H4R A; 1ZC3 B; 4KAX B; 4CYE A; 3KY9 A; 4TKN A; 1K5G B; 3P7Z A; 2XQN M; 1J19 A; 2J0J A; 4H8S A; 1EVH A; 1M7R A; 2DKP A; 4YON A; 1FAO A; 1U5E A; 1V61 A; 2GCL A; 1RRP B; 1SHC A; 2Y8F A; 3ZVR A; 2EMS A; 4F7U P; 2DKQ A; 1OMW A; 1Z87 A; 4A6K A; 2COC A; 4A6H A; 4WSF A; 2RVB B; 4GN1 A; 5KQ4 A; 2DHJ A; 2UZS A; 3BJI A; 3AU4 A; 4K2P A; 2ROV A; 2I5F A; 5HE2 A; 2N0Y A; 2YS3 A; 1X05 A; 2R09 A; 3PG7 A; 2YVC A; 1QQG A; 3PEG A; 1X1G A; 2COA A; 5C6R A; 2J0K A; 2Y8G A; 4D0N B; 4KHB B; 2DHI A; 2VRW B; 4Y94 A; 2H7E A; 2D2Q A; 1MIX A; 1E5W A; 2ROZ B; 1UPR A; 4HB0 B; 5JLJ B; 1MK9 B; 2Y7B A; 5CLQ B; 2LOZ A; 5HE0 A; 1H10 A; 3FSS A; 2RUK B; 2DN6 A; 3GYP A; 1XR0 B; 4DBB A; 2D9Z A; 1N3H A; 3CIK A; 1NU2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2V76 A; 3ML4 A; 1P6S A; 2QKL A; 3QBV B; 2JP2 A; 2KGX B; 2P0D A; 3FM8 C; 1FB8 A; 2LYD A; 5I2M A; 1PFJ A; 1FGY A; 4WVF B; 1W1D A; 1ZVR A; 1XX0 A; 2GS0 A; 1WGU A; 4OT1 A; 2VSZ A; 3AU5 A; 5D27 A; 2NMB A; 1MI1 A; 2D9V A; 5D3X A; 2X18 A; 1WG7 A; 2M14 A; 3TO1 A; 5KQ1 A; 5LON B; 4TYZ A; 2DYQ A; 2Z13 A; 2RLO A; 2AL6 A; 1UNR A; 4K2O A; 3A98 B; 2W2W A; 1U5F A; 1FOE A; 1TJ6 A; 3TVV A; 1LB1 A; 2Z0P A; 2Z0Q A; 1V89 A; 3DXC A; 4Z2M B; 2COF A; 4EKU A; 3AJ4 A; 4CHM A; 4CHJ A; 3KSY A; 3KRW A; 1PLS A; 2RRF A; 2ELB A; 3MDB C; 1IRS A; 1UPQ A; 3D8E A; 2ZKM X; 2I1K A; 3VIA A; 2COD A; 1MAI A; 1V5P A; 5J3Y A; 4P7I A; 3PVU A; 5DHF B; 3HQC A; 4DIX A; 5DHA B; 4NY0 A; 4DX9 0; 4PQ0 A; 2DLW A; 1DBH A; 1U2B A; 4XWX A; 2KR0 A; 3D8D A; 5C79 A; 4GMV A; 1BTK A; 4HB4 B; 4YL8 A; 2RSG A; 1X86 A; 1B55 A; 2CAY A; 4MT7 A; 3P6A A; 2DYN A; 2IYB A; 5LOP B; 2H7D A; 3SV1 A; 3O96 A; 2D9Y A; 4QJ5 B; 2J0M A; 2GUM A; 2R0D A; 4C0A A; 1AQC A; 3QWM A; 1KZG A; 2L2I A; 5FI0 A; 3TCA A; 1NTY A; 1X1F A; 1ZM0 A; 3VOQ A; 2K2U A; 2K2J A; 1XKE A; 2Q13 A; 4GPT B; 2EC1 A; 2Z59 A; 3PP2 A; 5JHG A; 1KI1 B; 1KZ7 A; 2D4Q A; 3PVL A; 4HDO A; 2LUL A; 3OHM B; 3NWD A; 4DXA B; 1GG3 A; 4WJ7 A; 1AWE A; 3F0W A; 5J3Q A; 2LKO A; 5FI1 A; 1U5D A; 2ZPY A; 2I5C A; 4HDQ A; 3RCP A; 2KIE A; 5JHH A; 2D11 A; 2EJ8 A; 2M38 A; 1TQZ A; 2YS1 A; 4DX8 A; 2YS5 A; 2L1C A; 4GNK B; 2DA0 A; 2ADZ A; 4MK0 A; 2CY5 A; 1WI1 A; 4Z2N A; 4B6H A; 3NWA A; 1DDV A; 3GYO A; 2LOX A; 2RNR B; 1EAZ A; 1WVH A; 2K00 A; 4OSN A; 1W1G A; 2LG1 A; 3ODO A; 3U7D A; 2KUP A; 3HK0 A; 5D3Y A; 2KUQ A; 2D9W A; 2NZ8 B; 5DIF B; 1FHW A; 4EJN A; 1V5U A; 1Q67 A; 2P8V A; 2Z0O A; 2CY4 A; 1BTN A; 2YT0 A; 3SYX A; 4L1R A; 1MK7 B; 3A8P A; 4KVG B; 4PNK A; 1OQN A; 1XOD A; 5HE1 A; 1XCG A; 1P5T A; 4EMO A; 2HTH B; 2Z14 A; 1BAK A; 3PVW A; 4HAY B; 3WYF B; 3ULC A; 1WGQ A; 1X11 A; 4BBK A; 3KRX A; 1NTV A; 2UVM A; 4GXB A; 3UZT A; 2YT2 A; 2YRY A; 5DH9 B; 1QC6 A; 4GMX B; 3HSA A; 5HE3 A; 1UEF A; 3F5R A; 3PZD A; 3CXB B; 1DRO A; 2I1J A; 1P3R A; 4HAX B; 4HAV B; 3N7C A; 1ZC4 B; 2YT1 A; 1U27 A; 2K8E A; 2G35 A; 2W2X D; 2MWN B; 1W1H A; 2DX5 A; 1PMS A; 5M4Y B; 2DHK A; 1GC6 A; 2N23 A; 2IFS A; 5GOW B; 1DDM A; 3PSC A; 1LW3 A; 4QJ4 B; 1DDW A; 1Y19 B; 3WA0 A; 3LJU X; 4HHV A; 1MPH A; 4QJ3 B; 1NI2 A; 4K81 A; 2P0F A; 1ISN A; 4NSW A; 4IFS A; 2OQB A; 3BIN A; 4HAZ B; 4D6W A; 4HAW B; 2YSZ A; 2W2X C; 3U8Z A; 2FJL A; 1J0W A; 1XD4 A; 4HAU B; 2PZ1 A; 2QKM A; 2P0H A; 1FHX A; 3M1I B; 5EFX A; 4F7H A; 5C5B B; 1MIZ B; 2GCJ A; 1K5D B; 4KHO A; 1DYN A; 3NSU A; 4MY6 A; 1M7E A; 4K17 A; 2HE7 A; 5D3V A; 2MDX A; 3SNH A; 4HAT B; 3TW1 A; 3D8F A; 1SGH A; 1BWN A; 1RJ2 A; 3SUZ A; 2KCJ A; 1GC7 A; 1ZYI A; 1U5G A; 4HB3 B; 3DXE A; 4L6E A; 2EMT A; 4KHA A; 5KCV A; 5C5B A; 1V5M A; 3DXD A; 2J59 M; 3TFM A; 3B77 A; 3OAN A; 4A6F B; 3FEH A; 1I7A A; 1I2H A; 2DX1 A; 2CRF A; 3G9W A; 1U29 A; 3ODX A; 4A5K A; 3HIE A; 3QIJ A; 2ELA A; 5DI9 B; 3ODW A; 5CLL B; 3V5W A; 3SO6 A; 4GZU A; 1OY2 A; 5JP4 A; 2OTX A; 3HW2 B; 2YF0 A; 3MPX A; 2DFK A; 3T06 A; 4ZRK A; 5J3T A; 1WJM A; 4IOY X; 2E2X A; 3ZDT A; 3IVF A; 2BCJ A; 3X23 A; 1TXD A; 2DTC A; 4A6F A; 2RGN B; 4HB2 B; 2GJY A; 4ZRI A; 4ZRJ A; 3ULB A; 5L81 A; 1FHO A; 2KIG A; 2UZR A; 2D9X A; 3DCX A; 5C16 A; 2AEH A; 1WJ1 A; 5D3W A; 2D10 A; 1UNP A; 2MFQ A; 1Y5O A; 3A8Q A; 1EGX A; 1V88 A; 2MKR A; 1FGZ A; 3KZ1 A; 1ZSQ A; 4IAP A; 1MKE A; 1UNQ A; 1EF1 A; 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