The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
39
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sequence length |
137
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structure length |
137
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Chain Sequence |
MEGMVFSLKYLGMTLVERPKGEELSAAAVKRIVATAKASGKKLQKVTLKVSPRGIILTDSLTSQLIENVSIYRISYCTADKMHDKVFAYIAQSQQNESLECHAFLCTKRKVAQAVTLTVAQAFKVAFEFWQVSLVPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Atomic structure of the autosomal recessive hypercholesterolemia phosphotyrosine-binding domain in complex with the LDL-receptor tail.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding/protein transport
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| source organism |
Rattus norvegicus
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| molecule keywords |
LDL receptor adaptor protein
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| total genus |
39
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| structure length |
137
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| sequence length |
137
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-06-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00640 | PID | Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DKQ A; 4A6H A; 5DIF B; 2DA0 A; 2QKL A; 3SYX A; 2DN6 A; 2L1C A; 3FM8 C; 1UNR A; 1AWE A; 1GC6 A; 2LYD A; 1BWN A; 1AQC A; 3DXE A; 1W1D A; 2N23 A; 1DDW A; 3GYP A; 1WJM A; 2DX5 A; 1U29 A; 2M14 A; 4DXA B; 4GZU A; 4D0N B; 1EVH A; 2DFK A; 2DX1 A; 3TCA A; 3KRW A; 5D27 A; 5DHF B; 3DXC A; 3WA0 A; 2J59 M; 1XKE A; 2VRW B; 1UPQ A; 3T06 A; 1V88 A; 1FGY A; 1U5D A; 2E2X A; 2DTC A; 4GMX B; 4MK0 A; 5J3Y A; 4DX8 A; 2I5F A; 4A6F A; 2R09 A; 2COD A; 3ULB A; 3VOQ A; 4KHO A; 1QC6 A; 5FI0 A; 3NSU A; 2AL6 A; 1WJ1 A; 1UEF A; 4K81 A; 1M7E A; 2IFS A; 1W1G A; 2K2J A; 1ZVR A; 1P3R A; 1Z87 A; 3ODX A; 2DLW A; 4KHB B; 3AU5 A; 5C6R A; 1PLS A; 3A98 B; 5JHH A; 3X23 A; 2YS1 A; 2I5C A; 1W1H A; 2COF A; 1ISN A; 1B55 A; 4XWX A; 3G9W A; 2D9Y A; 4IAP A; 2Y8F A; 2D11 A; 3PSC A; 1SGH A; 1GC7 A; 4DBB A; 5CLL B; 5JP4 A; 3HW2 B; 2EJ8 A; 2V76 A; 1X11 A; 1MKE A; 1I7A A; 3DXD A; 4H8S A; 4EMO A; 1ZSQ A; 2UZR A; 2ELB A; 3P7Z A; 4ZRJ A; 2MFQ A; 4DX9 0; 2GCJ A; 2BCJ A; 2H7D A; 1QQG A; 2ZPY A; 4C0A A; 3ULC A; 1U2B A; 3ODO A; 1V61 A; 3LJU X; 5HE3 A; 3IVF A; 2EMS A; 3GYO A; 1EAZ A; 2ROV A; 1ZM0 A; 3PVU A; 1WGQ A; 3PZD A; 1P5T A; 2YT0 A; 5HE1 A; 2D10 A; 2EC1 A; 2ROZ B; 4HB2 B; 4WSF A; 2GS0 A; 2Y8G A; 1U27 A; 4CHM A; 1NU2 A; 1J0W A; 2M38 A; 1BTK A; 4K2O A; 2HE7 A; 5CLQ B; 4GXB A; 2JP2 A; 1KI1 B; 2KCJ A; 1K5D B; 5C5B B; 2AEH A; 4L6E A; 1DYN A; 5JHG A; 5C79 A; 1MPH A; 1IRS A; 5D3Y A; 3AJ4 A; 4KAX B; 5L81 A; 2YRY A; 3KRX A; 4KVG B; 5D3V A; 1UNP A; 3U7D A; 3PVW A; 2OTX A; 3F0W A; 3FSS A; 2YVC A; 3UZT A; 4NSW A; 1KZG A; 4MT7 A; 2LUL A; 5DH9 B; 3V5W A; 5J3Q A; 3A8P A; 1OQN A; 4P7I A; 2XQN M; 1MK9 B; 3ZVR A; 4A5K A; 2D9V A; 1V89 A; 3KSY A; 1XD4 A; 1EF1 A; 4HAT B; 2P8V A; 4HAU B; 4HHV A; 5D3W A; 3BJI A; 3ZDT A; 1FHO A; 1BTN A; 2FJL A; 2DHK A; 1LW3 A; 2RLO A; 3MDB C; 4HAY B; 2DHJ A; 3SNH A; 1XR0 B; 2P0F A; 1X1G A; 2W2X D; 2Y7B A; 3ODW A; 2QKM A; 4CHJ A; 1OY2 A; 3PVL A; 3QIJ A; 5JLJ B; 3KZ1 A; 5KQ1 A; 4HDQ A; 1WI1 A; 1EGX A; 1DBH A; 2IYB A; 2Z0Q A; 1KZ7 A; 3TFM A; 5FI1 A; 5KCV A; 3FEH A; 1E5W A; 2COC A; 3O96 A; 2YSZ A; 3QWM A; 2DYN A; 3BIN A; 2VSZ A; 2RNR B; 1XOD A; 4K17 A; 3HQC A; 3N7C A; 4HB3 B; 2RUK B; 1MK7 B; 3MPX A; 1J19 A; 1V5P A; 2COA A; 1Q67 A; 2DKP A; 5J3T A; 1XX0 A; 4YON A; 2Z0O A; 4K2P A; 3D8F A; 2I1K A; 4MY6 A; 2RGN B; 2OQB A; 1DDM A; 3QBV B; 1FGZ A; 1Y19 B; 1FOE A; 2MKR A; 2YS5 A; 5C16 A; 1I2H A; 4F7G A; 2GJY A; 2D9X A; 4TYZ A; 5LON B; 4A6F B; 4NY0 A; 3D8D A; 2HTH B; 3PEG A; 5GOW B; 1X86 A; 1OMW A; 2H7E A; 2D9W A; 4IFS A; 1FHW A; 3P6A A; 4Z2M B; 2NMB A; 2KGX B; 4ZRI A; 4Z2N A; 5EFX A; 1RJ2 A; 2DYQ A; 1SHC A; 2PZ1 A; 2Z0P A; 2YT1 A; 1FAO A; 5HE0 A; 2P0H A; 1U5F A; 2ADZ A; 1NTV A; 3SO6 A; 1LB1 A; 3TVV A; 3ML4 A; 3VIA A; 3U8Z A; 2KUP A; 1UPR A; 4HAV B; 2RVB B; 2P0D A; 4GMV A; 3RCP A; 1H4R A; 4PQ0 A; 2N0Y A; 2CY5 A; 1V5M A; 1Y5O A; 1X05 A; 1TQZ A; 5LOP B; 1P6S A; 1XCG A; 3CXB B; 3KY9 A; 2W2X C; 2D2Q A; 2X18 A; 1MIX A; 4A6K A; 4IOY X; 2EMT A; 3D8E A; 2Q13 A; 1N3H A; 1U5G A; 1TJ6 A; 3OAN A; 3SV1 A; 4GN1 A; 2R0D A; 2CY4 A; 1PFJ A; 1DDV A; 2L2I A; 3SUZ A; 3PP2 A; 2J0M A; 5HE2 A; 1TXD A; 4Y94 A; 1NI2 A; 2G35 A; 1M7R A; 2J0K A; 4CYE A; 2MWN B; 2CRF A; 2LG1 A; 1RRP B; 2UVM A; 5DHA B; 4WVF B; 1K5G B; 1DRO A; 2ELA A; 5C5B A; 4PNK A; 4F7H A; 4HAX B; 2K00 A; 1PMS A; 1WG7 A; 2LKO A; 2LOX A; 2MDX A; 2YS3 A; 2UZS A; 4HDO A; 1ZC4 B; 4ZRK A; 4BBK A; 1FHX A; 2YF0 A; 1U5E A; 3A8Q A; 1WGU A; 3HK0 A; 2I1J A; 4HAZ B; 3M1I B; 2W2W A; 5DI9 B; 2RSG A; 1BAK A; 3WYF B; 4EJN A; 4F7U P; 3AU4 A; 4TKN A; 1V5U A; 1FB8 A; 2D4Q A; 2CAY A; 2J0J A; 4HAW B; 4KHA A; 1MIZ B; 4YL8 A; 3PG7 A; 4GPT B; 1ZC3 B; 5KQ4 A; 4HB0 B; 1X1F A; 5D3X A; 1H10 A; 1MAI A; 3TO1 A; 3TW1 A; 2NZ8 B; 2GCL A; 2D9Z A; 2DHI A; 4EKU A; 2K2U A; 1WVH A; 4HB4 B; 1UNQ A; 1GG3 A; 2VKI A; 4B6H A; 3F5R A; 2LOZ A; 4WJ7 A; 3CIK A; 1NTY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DKQ A; 4A6H A; 5DIF B; 2DA0 A; 2QKL A; 3SYX A; 2DN6 A; 2L1C A; 3FM8 C; 1UNR A; 1AWE A; 1GC6 A; 2LYD A; 2Z14 A; 1BWN A; 1AQC A; 2ZKM X; 3DXE A; 1W1D A; 2N23 A; 1DDW A; 3GYP A; 1WJM A; 2DX5 A; 1U29 A; 2M14 A; 4GOU A; 4DXA B; 4GZU A; 4D0N B; 1EVH A; 2DFK A; 2DX1 A; 3TCA A; 3KRW A; 5D27 A; 5DHF B; 3DXC A; 3WA0 A; 2J59 M; 1XKE A; 2VRW B; 1UPQ A; 3T06 A; 2KR0 A; 1V88 A; 1FGY A; 1U5D A; 2E2X A; 2DTC A; 4GMX B; 4MK0 A; 5J3Y A; 4DX8 A; 2I5F A; 4A6F A; 2R09 A; 2COD A; 3ULB A; 4OT1 A; 3VOQ A; 4KHO A; 1QC6 A; 5FI0 A; 3NSU A; 2AL6 A; 1WJ1 A; 1UEF A; 4K81 A; 1M7E A; 2IFS A; 1W1G A; 2K2J A; 1ZVR A; 1P3R A; 4QJ4 B; 1Z87 A; 3ODX A; 2DLW A; 4KHB B; 3AU5 A; 3OHM B; 2KUQ A; 5C6R A; 1PLS A; 3A98 B; 5JHH A; 3X23 A; 2YS1 A; 2I5C A; 1W1H A; 2COF A; 3NW8 A; 1ISN A; 1B55 A; 2RRF A; 4XWX A; 3G9W A; 2D9Y A; 4IAP A; 2Y8F A; 2D11 A; 3PSC A; 1SGH A; 1GC7 A; 4DBB A; 5CLL B; 5JP4 A; 3HW2 B; 2EJ8 A; 2V76 A; 1X11 A; 1MKE A; 1I7A A; 3DXD A; 4H8S A; 4EMO A; 1ZSQ A; 2UZR A; 2ELB A; 3P7Z A; 4ZRJ A; 2MFQ A; 1ZYI A; 4DX9 0; 2GCJ A; 2BCJ A; 2H7D A; 1QQG A; 2ZPY A; 4C0A A; 3ULC A; 1U2B A; 3ODO A; 1V61 A; 3LJU X; 5HE3 A; 3IVF A; 2EMS A; 3GYO A; 1EAZ A; 2ROV A; 2Z13 A; 1ZM0 A; 3PVU A; 1WGQ A; 3PZD A; 1P5T A; 2YT0 A; 5HE1 A; 2D10 A; 2EC1 A; 2ROZ B; 4HB2 B; 4WSF A; 2GS0 A; 2Y8G A; 1U27 A; 4CHM A; 1NU2 A; 2KIE A; 1J0W A; 2M38 A; 1BTK A; 4K2O A; 2HE7 A; 5CLQ B; 4GXB A; 2JP2 A; 1KI1 B; 2KCJ A; 1K5D B; 5C5B B; 2AEH A; 3HSA A; 4L6E A; 1DYN A; 5JHG A; 5C79 A; 1MPH A; 1IRS A; 5D3Y A; 3AJ4 A; 4KAX B; 5L81 A; 2YRY A; 3KRX A; 4KVG B; 5D3V A; 1UNP A; 3U7D A; 3PVW A; 2OTX A; 3F0W A; 3NWA A; 3FSS A; 2YVC A; 3UZT A; 4NSW A; 1KZG A; 4MT7 A; 2LUL A; 5DH9 B; 3V5W A; 5J3Q A; 3A8P A; 1OQN A; 2K8E A; 4P7I A; 4QXA B; 2XQN M; 1MK9 B; 3ZVR A; 4A5K A; 2D9V A; 1V89 A; 3KSY A; 1XD4 A; 1EF1 A; 4HAT B; 2P8V A; 2FJU B; 4HAU B; 3FVC A; 4HHV A; 3BJI A; 5D3W A; 3ZDT A; 1FHO A; 1BTN A; 2FJL A; 4DIX A; 2DHK A; 1LW3 A; 2RLO A; 3MDB C; 4HAY B; 2DHJ A; 3SNH A; 3B77 A; 1XR0 B; 2P0F A; 1X1G A; 2W2X D; 2Y7B A; 3ODW A; 2QKM A; 4CHJ A; 1OY2 A; 3PVL A; 3QIJ A; 5JLJ B; 3KZ1 A; 5KQ1 A; 4HDQ A; 1WI1 A; 1EGX A; 2NBV A; 1DBH A; 2IYB A; 2Z0Q A; 1KZ7 A; 3TFM A; 5FI1 A; 5KCV A; 3FEH A; 1E5W A; 2COC A; 3O96 A; 2YSZ A; 3QWM A; 5I2M A; 2DYN A; 3BIN A; 2VSZ A; 2RNR B; 1XOD A; 4K17 A; 3HQC A; 5IRS A; 3N7C A; 4HB3 B; 2RUK B; 1MK7 B; 3MPX A; 1J19 A; 1V5P A; 2COA A; 1Q67 A; 2DKP A; 5J3T A; 1XX0 A; 4YON A; 2Z0O A; 4K2P A; 3D8F A; 2I1K A; 2K49 A; 3NWD A; 4MY6 A; 2RGN B; 2OQB A; 5LG4 B; 1DDM A; 4OSN A; 3QBV B; 1FGZ A; 1Y19 B; 1FOE A; 2MKR A; 2YS5 A; 5C16 A; 1I2H A; 4F7G A; 2GJY A; 3U12 A; 2D9X A; 4TYZ A; 5LON B; 4A6F B; 4NY0 A; 3D8D A; 2HTH B; 3PEG A; 5GOW B; 1MI1 A; 1X86 A; 1OMW A; 2H7E A; 2D9W A; 4IFS A; 1FHW A; 3P6A A; 4Z2M B; 2NMB A; 2KGX B; 4ZRI A; 4Z2N A; 4L1R A; 5EFX A; 1RJ2 A; 2DYQ A; 1SHC A; 2PZ1 A; 2Z0P A; 2YT1 A; 1FAO A; 2YT2 A; 5HE0 A; 2P0H A; 1U5F A; 4KHB A; 2ADZ A; 1NTV A; 3SO6 A; 1LB1 A; 3TVV A; 3ML4 A; 3VIA A; 2KIG A; 3U8Z A; 2KUP A; 1UPR A; 4HAV B; 2RVB B; 2P0D A; 4GMV A; 3RCP A; 1H4R A; 4PQ0 A; 1T77 A; 2N0Y A; 2CY5 A; 1V5M A; 1Y5O A; 1X05 A; 4D6W A; 1TQZ A; 5LOP B; 4CSQ A; 1P6S A; 1XCG A; 3CXB B; 3KY9 A; 2W2X C; 2D2Q A; 2X18 A; 1MIX A; 4A6K A; 4IOY X; 2EMT A; 3D8E A; 2Q13 A; 1N3H A; 1U5G A; 1TJ6 A; 3OAN A; 3SV1 A; 4GN1 A; 2R0D A; 2CY4 A; 2Z4D A; 1PFJ A; 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