The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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Knots found |
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sequence length |
139
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structure length |
123
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Chain Sequence |
ADLEIGREGEVIQVSKEAFDNWMNRYEAGDTMEVLFPDGHRIECNLKIDRPKNFMNLTFNQKVRPIQLDDIAAVLYGSKMLRNPVVGFRLASSGRAIAFSFKDITDAQCFVSFLDDEIKKNQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Cell cycle
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| source organism |
Toxoplasma gondii
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| publication title |
The Inner Membrane Complex Sub-Compartment Proteins Critical for Replication of the Apicomplexan Parasite Toxoplasma Gondii Adopt a Pleckstrin Homology Fold
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
IMC SUB-COMPARTMENT PROTEIN ISP3
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| total genus |
33
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| structure length |
123
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| sequence length |
139
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| other databases |
 KnotProt 2.0: K 41
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF18045 | ISP3_C | ISP3 C-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1DYN A; 3KRW A; 5D27 A; 2JP2 A; 4K2O A; 3SV1 A; 1W1H A; 2CAY A; 2W2X C; 3ZDT A; 4DX9 0; 2KGX B; 1UNP A; 2I1J A; 4CYE A; 2DX1 A; 1XCG A; 3SO6 A; 3ODO A; 2RVB B; 1ZC4 B; 3UZT A; 4A6F B; 4GPT B; 1MPH A; 2FJL A; 1BTN A; 2EC1 A; 1TXD A; 2DLW A; 2AEH A; 4K2P A; 1PLS A; 2D10 A; 2KCJ A; 5FI0 A; 4F7G A; 5FI1 A; 4GN1 A; 2DFK A; 3U7D A; 2P0D A; 2DHI A; 4A6K A; 1M7E A; 1U27 A; 4DX8 A; 1X86 A; 1DDW A; 5J3T A; 5DHA B; 1WGU A; 3QBV B; 1EF1 A; 4MK0 A; 4HAZ B; 2DKP A; 2OQB A; 3DXE A; 1Q67 A; 4HAX B; 4KVG B; 4KHB B; 2D2Q A; 1XX0 A; 3U8Z A; 3ZVR A; 1KZG A; 3PVW A; 3TO1 A; 4GZU A; 2V76 A; 2ADZ A; 1U5G A; 2D9Z A; 4GMX B; 1E5W A; 1FGZ A; 1MKE A; 1NTY A; 5DIF B; 3SUZ A; 4A5K A; 3PEG A; 3AJ4 A; 2M38 A; 3DXC A; 1WGQ A; 4DXA B; 2EMS A; 2HTH B; 2P0H A; 3A8P A; 2RUK B; 2Y8F A; 3TW1 A; 2NZ8 B; 3PP2 A; 4EMO A; 3LJU X; 5J3Q A; 2Y8G A; 2MWN B; 2EJ8 A; 1X1F A; 1OY2 A; 1PMS A; 4KHO A; 1FB8 A; 3ODW A; 3HW2 B; 3OAN A; 2DKQ A; 3SYX A; 4TKN A; 4IAP A; 2CY4 A; 1SHC A; 1Z87 A; 1OQN A; 2J0M A; 3P6A A; 3F5R A; 2CY5 A; 3DXD A; 5C5B B; 1W1D A; 2N23 A; 1X1G A; 2YSZ A; 4A6F A; 3KY9 A; 2RGN B; 2ELB A; 2K2J A; 2UVM A; 1FHO A; 1P3R A; 3ODX A; 4P7I A; 4WVF B; 1UNR A; 2RNR B; 2ROV A; 5D3V A; 1AQC A; 4F7H A; 1WJM A; 2DYN A; 2J0K A; 4WSF A; 3MDB C; 1IRS A; 1FHW A; 5D3Y A; 4YL8 A; 1KI1 B; 2DTC A; 3F0W A; 4C0A A; 3X23 A; 4L6E A; 4MY6 A; 1TQZ A; 1ZM0 A; 1DBH A; 1X05 A; 2K2U A; 3ULC A; 1V5U A; 2COD A; 2H7E A; 1X11 A; 3FM8 C; 3AU5 A; 5JP4 A; 5L81 A; 1MK7 B; 2MDX A; 1V5M A; 2LKO A; 1W1G A; 2DN6 A; 3GYO A; 4KHA A; 1XKE A; 2DHK A; 3D8F A; 5HE0 A; 1H10 A; 1NI2 A; 4EJN A; 4IOY X; 1V89 A; 2D9W A; 1ZSQ A; 2H7D A; 4PQ0 A; 2E2X A; 1EGX A; 2VRW B; 2RLO A; 5D3X A; 4TYZ A; 3HK0 A; 2X18 A; 1PFJ A; 1DDV A; 1J0W A; 2GJY A; 2LYD A; 4A6H A; 5CLL B; 1SGH A; 3MPX A; 2YRY A; 2ROZ B; 5LON B; 1K5G B; 2UZS A; 4ZRI A; 3G9W A; 1U29 A; 5C5B A; 2I1K A; 4HB3 B; 4GXB A; 1Y5O A; 2XQN M; 1MIZ B; 3PSC A; 1RJ2 A; 1BAK A; 3KZ1 A; 1ISN A; 1U5E A; 1P5T A; 2IYB A; 5LOP B; 1QQG A; 1UPQ A; 2Z0Q A; 5CLQ B; 1DRO A; 1V88 A; 3O96 A; 1U2B A; 3WA0 A; 2DX5 A; 4HHV A; 2R0D A; 4DBB A; 1BTK A; 1WVH A; 2M14 A; 1K5D B; 2PZ1 A; 3VOQ A; 2OTX A; 1M7R A; 3ML4 A; 4CHJ A; 2YT1 A; 3V5W A; 2W2W A; 1RRP B; 2MFQ A; 2YS3 A; 5HE3 A; 2IFS A; 2Z0O A; 5GOW B; 4XWX A; 4HAW B; 1KZ7 A; 2LG1 A; 2Q13 A; 3PVL A; 1I7A A; 2COC A; 4WJ7 A; 1J19 A; 3A98 B; 4HAV B; 4YON A; 4PNK A; 3HQC A; 2LUL A; 4D0N B; 1TJ6 A; 2ELA A; 4NY0 A; 1UEF A; 3BIN A; 1XOD A; 4HB0 B; 2QKL A; 3NSU A; 3BJI A; 2I5F A; 4Y94 A; 1LW3 A; 1UNQ A; 2J59 M; 2R09 A; 2L2I A; 2GCL A; 2D9X A; 1WJ1 A; 3RCP A; 4CHM A; 1AWE A; 5C16 A; 3IVF A; 4HB2 B; 5C6R A; 1UPR A; 4ZRJ A; 4GMV A; 1ZVR A; 2GCJ A; 3PG7 A; 4Z2N A; 2N0Y A; 2DYQ A; 4BBK A; 1WI1 A; 5JHH A; 3A8Q A; 5DH9 B; 4HAT B; 3SNH A; 2W2X D; 1MIX A; 1EVH A; 2P0F A; 2COA A; 1I2H A; 1P6S A; 1MK9 B; 3FEH A; 1QC6 A; 4Z2M B; 1OMW A; 4NSW A; 2DHJ A; 2Z0P A; 3WYF B; 2HE7 A; 1B55 A; 3FSS A; 1LB1 A; 2YF0 A; 1V61 A; 2YS1 A; 1GC6 A; 3N7C A; 3TCA A; 1NTV A; 4F7U P; 3P7Z A; 4IFS A; 1FGY A; 5HE2 A; 4B6H A; 1Y19 B; 3TFM A; 3M1I B; 5J3Y A; 4H8S A; 4HAY B; 2BCJ A; 2ZPY A; 4EKU A; 3ULB A; 2D11 A; 2D9V A; 2AL6 A; 4KAX B; 2K00 A; 2I5C A; 3PZD A; 2D9Y A; 2QKM A; 1FOE A; 3PVU A; 1FHX A; 5KQ1 A; 3KRX A; 2MKR A; 3QIJ A; 2L1C A; 1NU2 A; 2J0J A; 4K17 A; 5D3W A; 1BWN A; 1XR0 B; 2COF A; 2G35 A; 3GYP A; 5DI9 B; 1DDM A; 5C79 A; 4HB4 B; 2Y7B A; 2DA0 A; 2LOX A; 2YS5 A; 2LOZ A; 5JLJ B; 3KSY A; 2VSZ A; 1EAZ A; 2KUP A; 3CXB B; 2P8V A; 2NMB A; 5KCV A; 2GS0 A; 2VKI A; 1XD4 A; 3CIK A; 1WG7 A; 1V5P A; 5JHG A; 4HAU B; 1ZC3 B; 2EMT A; 1N3H A; 3VIA A; 2YT0 A; 2YVC A; 5HE1 A; 4HDQ A; 5EFX A; 1U5F A; 5KQ4 A; 3QWM A; 3D8D A; 4K81 A; 4ZRK A; 3AU4 A; 2UZR A; 2CRF A; 4MT7 A; 2D4Q A; 1GC7 A; 1MAI A; 1FAO A; 3T06 A; 1GG3 A; 1H4R A; 5DHF B; 3TVV A; 2RSG A; 1U5D A; 3D8E A; 4HDO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DYN A; 3KRW A; 4KHB A; 5D27 A; 2JP2 A; 4K2O A; 3SV1 A; 1W1H A; 2CAY A; 2W2X C; 3ZDT A; 4DX9 0; 2KGX B; 1UNP A; 2I1J A; 4CYE A; 2DX1 A; 1XCG A; 3SO6 A; 3ODO A; 2RVB B; 1ZC4 B; 2FJU B; 3UZT A; 4A6F B; 4GPT B; 5I2M A; 2K49 A; 1MPH A; 2FJL A; 1BTN A; 2EC1 A; 1TXD A; 2DLW A; 2AEH A; 4K2P A; 1PLS A; 2D10 A; 2KCJ A; 5FI0 A; 4F7G A; 5FI1 A; 4GN1 A; 2DFK A; 3NW8 A; 3U7D A; 2P0D A; 2DHI A; 4A6K A; 1M7E A; 1U27 A; 4DX8 A; 1X86 A; 1DDW A; 5J3T A; 5DHA B; 1WGU A; 3QBV B; 1EF1 A; 4MK0 A; 4HAZ B; 4OSN A; 2DKP A; 2OQB A; 3DXE A; 1Q67 A; 4HAX B; 4KVG B; 4KHB B; 2D2Q A; 1XX0 A; 2NBV A; 3U8Z A; 3ZVR A; 3DCX A; 1KZG A; 3PVW A; 3TO1 A; 4GZU A; 2V76 A; 2ADZ A; 1U5G A; 2D9Z A; 4GMX B; 1E5W A; 1FGZ A; 5LG4 B; 1MKE A; 1NTY A; 5DIF B; 3SUZ A; 4A5K A; 3PEG A; 3AJ4 A; 2M38 A; 3DXC A; 5M4Y B; 1WGQ A; 4DXA B; 2EMS A; 2HTH B; 2P0H A; 3A8P A; 2RUK B; 2Y8F A; 3TW1 A; 2NZ8 B; 3PP2 A; 4EMO A; 3LJU X; 5J3Q A; 2R2Y A; 2Y8G A; 2MWN B; 3OHM B; 2EJ8 A; 1X1F A; 1OY2 A; 1PMS A; 4KHO A; 1FB8 A; 3ODW A; 3HW2 B; 3OAN A; 2DKQ A; 3SYX A; 4TKN A; 2KIE A; 4IAP A; 2CY4 A; 1SHC A; 1Z87 A; 1OQN A; 2J0M A; 3P6A A; 3F5R A; 2CY5 A; 3DXD A; 5C5B B; 1W1D A; 2N23 A; 1X1G A; 2YSZ A; 4A6F A; 3KY9 A; 2RGN B; 2ELB A; 5I2S A; 2K2J A; 2UVM A; 1FHO A; 1P3R A; 3ODX A; 4P7I A; 4WVF B; 1UNR A; 2RNR B; 2ROV A; 5D3V A; 1AQC A; 4F7H A; 1WJM A; 2DYN A; 2J0K A; 4WSF A; 3MDB C; 1IRS A; 1FHW A; 5D3Y A; 4YL8 A; 1KI1 B; 2DTC A; 3F0W A; 4D6W A; 4C0A A; 3X23 A; 4L6E A; 4MY6 A; 1TQZ A; 1ZM0 A; 2KIG A; 1DBH A; 1X05 A; 2K2U A; 3ULC A; 3HSA A; 1V5U A; 2COD A; 2H7E A; 2K8E A; 1X11 A; 1T77 A; 3FM8 C; 3AU5 A; 5JP4 A; 5L81 A; 1MK7 B; 2MDX A; 1V5M A; 2LKO A; 1W1G A; 2DN6 A; 3GYO A; 4KHA A; 1XKE A; 2DHK A; 3D8F A; 2RRF A; 5HE0 A; 1H10 A; 1NI2 A; 4EJN A; 4IOY X; 1V89 A; 2D9W A; 1ZSQ A; 2H7D A; 4PQ0 A; 2E2X A; 1EGX A; 2VRW B; 2RLO A; 5D3X A; 4TYZ A; 3HK0 A; 2X18 A; 1PFJ A; 1DDV A; 1J0W A; 2GJY A; 2Z4D A; 2LYD A; 4A6H A; 5CLL B; 1SGH A; 3MPX A; 2YRY A; 2ROZ B; 5LON B; 1K5G B; 2UZS A; 4ZRI A; 3G9W A; 1U29 A; 5C5B A; 2I1K A; 4HB3 B; 4GXB A; 1Y5O A; 2XQN M; 1MIZ B; 3PSC A; 1RJ2 A; 4QXA B; 1BAK A; 3KZ1 A; 1ISN A; 1U5E A; 1P5T A; 2IYB A; 5LOP B; 1QQG A; 1UPQ A; 2Z0Q A; 5CLQ B; 1DRO A; 1V88 A; 4L1R A; 3O96 A; 1U2B A; 3WA0 A; 2DX5 A; 4HHV A; 2R0D A; 4DBB A; 1BTK A; 1WVH A; 2M14 A; 4QJ4 B; 1K5D B; 2PZ1 A; 3VOQ A; 2OTX A; 2KR0 A; 1M7R A; 5IRS A; 3ML4 A; 4CHJ A; 2YT1 A; 4QJ3 B; 3V5W A; 2W2W A; 1RRP B; 2MFQ A; 2YS3 A; 5HE3 A; 2IFS A; 2Z0O A; 5GOW B; 4XWX A; 4HAW B; 2KUQ A; 1KZ7 A; 2LG1 A; 2Q13 A; 3PVL A; 1I7A A; 2COC A; 4WJ7 A; 1J19 A; 3A98 B; 4HAV B; 4YON A; 4PNK A; 3HQC A; 2LUL A; 4D0N B; 1TJ6 A; 2ELA A; 2Z13 A; 4NY0 A; 1UEF A; 3BIN A; 1XOD A; 4HB0 B; 2QKL A; 3NSU A; 3BJI A; 2I5F A; 3B77 A; 4Y94 A; 1LW3 A; 1UNQ A; 2J59 M; 2R09 A; 2L2I A; 2GUM A; 3A58 A; 2GCL A; 2D9X A; 1WJ1 A; 3RCP A; 4CHM A; 1AWE A; 5C16 A; 3IVF A; 2Z59 A; 4HB2 B; 5C6R A; 1UPR A; 4ZRJ A; 4GMV A; 1ZVR A; 2GCJ A; 3PG7 A; 2YT2 A; 3NWA A; 4Z2N A; 2N0Y A; 2DYQ A; 4BBK A; 1WI1 A; 5JHH A; 3A8Q A; 5DH9 B; 4HAT B; 3SNH A; 2W2X D; 1MIX A; 1EVH A; 2COA A; 2P0F A; 1MI1 A; 1I2H A; 1P6S A; 1MK9 B; 3FEH A; 1QC6 A; 4Z2M B; 1OMW A; 4NSW A; 2DHJ A; 2Z0P A; 3WYF B; 2HE7 A; 1B55 A; 3FSS A; 1LB1 A; 4GOU A; 2YF0 A; 1V61 A; 2YS1 A; 1GC6 A; 3N7C A; 3TCA A; 2Z14 A; 1NTV A; 4F7U P; 4OT1 A; 3P7Z A; 4IFS A; 1FGY A; 5HE2 A; 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