The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
43
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sequence length |
193
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structure length |
193
|
Chain Sequence |
MANSVLFPCKYASSGCEITLPHTEKADHEELCEFRPYSCPCPGASCKWQGSLDAVMPHLMHQHKSITTLQGEDIVFLATDINLPGAVDWVMMQSCFGFHFMLVLEKQEKYDGHQQFFAIVQLIGTRKQAENFAYRLELNGHRRRLTWEATPRSIHEGIATAIMNSDCLVFDTSIAQLFAENGNLGINVTISMC
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Two High-Resolution Structures of the Human E3 Ubiquitin Ligase Siah1.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE SIAH1
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| total genus |
43
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| structure length |
193
|
| sequence length |
193
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2013-10-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A | Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4L7X A; 2VPE A; 1FLK A; 3MHH A; 4JJQ A; 4R2Y A; 1DVP A; 2QIZ A; 4UI9 B; 4AYC B; 2MNZ A; 1HYJ A; 3ZJB A; 2F1X A; 2YSM A; 2HDP A; 3HQL A; 1WEN A; 3IVV A; 4QF2 A; 3HTK C; 3RTR B; 2F1W A; 2G6Q A; 2QJ0 A; 3U5O A; 5FEY A; 5KH9 A; 5KH7 A; 2PNX A; 4WZ2 A; 1YY6 A; 4FO9 A; 5LKZ A; 2ECG A; 4QF3 A; 4GNF A; 3ZYQ A; 2YU4 A; 4AVX A; 3NG2 A; 1QSC A; 1Z60 A; 4MSX A; 5B78 A; 2AN6 A; 3ASL A; 4GHU A; 3MHS A; 1WIL A; 4GND A; 3IVB A; 3RPG B; 3HQH A; 1F3V B; 2FOP A; 1WE9 A; 3O70 A; 2L0B A; 4KG9 A; 1KZZ A; 1MM2 A; 2KIZ A; 3LQJ A; 2NAA A; 4YAB A; 2FOO A; 1VD4 A; 1LB6 A; 2D8S A; 2LN0 A; 2F1Y A; 1VYX A; 5G04 B; 1CZZ A; 1CHC A; 3V43 A; 1WEP A; 3EB6 A; 2RI7 A; 1ZBD B; 3N9N A; 2KFT A; 4N3W A; 2XB1 A; 4LLB A; 2F6N A; 2YUC A; 2YQL A; 2LDR A; 2E6S A; 3C6W A; 3SOU A; 2M85 A; 1BOR A; 5LKX A; 2LXH C; 2ZET C; 5EYA F; 3ZPV E; 4YAT A; 2FSA A; 4MVT A; 3L11 A; 1LDJ B; 4I7C A; 4CA1 A; 5TBN A; 5D1L B; 5LCW B; 5AIT A; 1N87 A; 5G05 B; 1FLL A; 1D0J A; 4UP0 A; 5H9M A; 1WEV A; 2LGK A; 3LQI A; 3N9M A; 2VJF B; 2EOD A; 2M6M A; 5FER A; 4YBM A; 4YAD A; 1LDK C; 5DKA A; 2YT5 A; 4WZ3 B; 2LQ6 A; 2L80 A; 2MUM A; 4Z8M A; 2KWO A; 1WES A; 2FUI A; 4V3L C; 1F62 A; 4GJH A; 2K17 A; 1HYI A; 2ECI A; 3O35 A; 2KGI A; 4X3G A; 2H0D B; 4NN2 A; 1RF3 A; 3DPL R; 4GB0 A; 4GNE A; 2QIC A; 1JOC A; 1Z2Q A; 2I50 A; 2KGG A; 2MNY A; 2XEU A; 1FBV A; 3N9P A; 3C5K A; 4A4B A; 4W4U A; 2MD8 C; 4A4C A; 3MQR A; 1ZMS A; 1XWH A; 1JM7 A; 4AP4 A; 3HU6 A; 2MA5 A; 3O33 A; 4L58 A; 5TRB A; 3T6R A; 2EGP A; 1WEQ A; 5E1T A; 1X4I A; 2KE1 A; 1CA9 A; 1K2F A; 4S3O B; 3M62 A; 3LRQ A; 3SOX A; 2YQM A; 2E6R A; 5JG6 A; 3PUQ A; 2LV9 A; 3U5N A; 1LB4 A; 4AYC A; 2Y43 A; 2H0D A; 1FP0 A; 3ZVZ B; 3M63 A; 2VNF A; 3EB5 A; 5TDR A; 4IC2 A; 2CT2 A; 3PHD A; 2LGV A; 3O34 A; 5AIU A; 2DX8 A; 2YW8 A; 1E4U A; 2ECV A; 2ECW A; 3M99 A; 4XI1 A; 1WEW A; 1D0A A; 2XXN A; 2ECT A; 4I7D A; 1WEO A; 2C2L A; 2C2V S; 4GWM A; 2VJE B; 2OXQ C; 3O36 A; 4PTB A; 4UP5 A; 1WIM A; 1X4U A; 2YRE A; 3HCT A; 3I2D A; 5H1U A; 3VK6 A; 4I7B A; 2JMJ A; 5H1T A; 4O1V A; 3SHB A; 3RPG C; 1V87 A; 2G43 A; 5DIN A; 2Y1M A; 3L1X A; 1CZY A; 3HQI A; 4P5O B; 3U5M A; 2A25 A; 4Q6F A; 2VPD A; 1WFK A; 3ZPV 1; 5C13 A; 5G0F A; 2L43 A; 3O7A A; 3PUR A; 1G25 A; 1L0A A; 3HQM A; 4WZ0 A; 4V3K C; 5B79 A; 4YBS A; 2L5U A; 1LB5 A; 2MD7 B; 2ECN A; 3KV5 A; 4ZUX U; 2FUU A; 5KH3 A; 4LKA A; 3FL2 A; 2BAY A; 2EA6 A; 2CSZ A; 4A0C D; 1MM3 A; 2M1R A; 2FOJ A; 4N4F A; 2G45 A; 2KR4 A; 4F52 B; 3DQV R; 2LRI C; 3QZV A; 1IYM A; 4YAX A; 4BBQ A; 2CR2 A; 3ZVY A; 4BHW A; 2VPG A; 4B86 C; 3N9L A; 2VJF A; 5TAB A; 2M3H A; 2KRE A; 3IVQ A; 3GL6 A; 4O64 A; 2MT5 A; 4WA6 A; 4YC9 A; 4C9Z A; 3ZTG A; 1X4J A; 2RSD A; 2K1J A; 2KWN A; 2K4D A; 5FB1 A; 3MQS C; 3N9Q A; 3HSV A; 1Z6U A; 4YBT A; 2LXP C; 4LK9 A; 2YHN A; 4A49 A; 2JMD A; 3LQH A; 4R8P K; 4FK5 A; 2CSY A; 3N9O A; 4IC3 A; 1VFY A; 5B75 A; 2LGL A; 2CKL B; 1WEE A; 3T7L A; 4TKP B; 3HCU A; 3IHP A; 4R7E A; 2GKW A; 5I3L A; 2YSJ A; 4YSI A; 2LGG A; 3L1Z B; 2K16 A; 1D00 A; 4ZDT A; 2F6J A; 5D1K B; 2YUR A; 3ZNI A; 2KU3 A; 4FIP A; 2KWK A; 2YYR A; 3O37 A; 1WGM A; 1RMD A; 1U6G B; 4CCG X; 2YHO A; 3SOW A; 3HCS A; 3KQI A; 4S3O C; 5TDW A; 4LJN A; 1WEM A; 2JRJ A; 2KYU A; 2PUY A; 5FB0 A; 4PPE A; 4M4E A; 3KV6 A; 1CA4 A; 2IDA A; 3KNV A; 5J3X A; 2CKL A; 4K8U A; 5LKT A; 2VPB A; 2L75 A; 2MIQ A; 1WEU A; 5B77 A; 1D01 A; 3U5P A; 2JMI A; 3GV4 A; 4LAD B; 4AUQ B; 2UZG A; 2VJE A; 2MA6 A; 1JM7 B; 5D1M B; 1YZE A; 1T1H A; 4GNG A; 5LKU A; 4GWN A; 2F1Z A; 4B7Y C; 5C11 A; 5B76 A; 2VP7 A; 2ECJ A; 5H1V A; 2Y1N A; 4FJC A; 2HYE D; 2KWJ A; 4ZQL A; 2F42 A; 5B8D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4L7X A; 2VPE A; 1FLK A; 3MHH A; 4JJQ A; 4R2Y A; 1DVP A; 2QIZ A; 4UI9 B; 4AYC B; 4F1P A; 2MNZ A; 1HYJ A; 3ZJB A; 2F1X A; 2YSM A; 2HDP A; 3HQL A; 1WEN A; 3IVV A; 4QF2 A; 2JUN A; 3HTK C; 3RTR B; 2F1W A; 2G6Q A; 2QJ0 A; 3U5O A; 5FEY A; 5KH9 A; 5KH7 A; 2PNX A; 4WZ2 A; 3SUB A; 1YY6 A; 4FO9 A; 5LKZ A; 2ECG A; 2KKX A; 4QF3 A; 4GNF A; 3ZYQ A; 2YU4 A; 4AVX A; 3NG2 A; 1QSC A; 1Z60 A; 4MSX A; 5B78 A; 2AN6 A; 3ASL A; 4GHU A; 3MHS A; 1WIL A; 4GND A; 3IVB A; 3RPG B; 3HQH A; 1F3V B; 2IQJ A; 2FOP A; 1WE9 A; 3O70 A; 2L0B A; 4KG9 A; 1KZZ A; 1MM2 A; 1DCQ A; 2E61 A; 2KIZ A; 3LQJ A; 2NAA A; 4YAB A; 2FOO A; 1VD4 A; 1LB6 A; 2D8S A; 3LVQ E; 2LN0 A; 2F1Y A; 1VYX A; 5G04 B; 1CZZ A; 2L7P A; 1CHC A; 3V43 A; 1WEP A; 3EB6 A; 2RI7 A; 1ZBD B; 3Q1D A; 2CON A; 3N9N A; 2KFT A; 4N3W A; 2XB1 A; 2YUC A; 2F6N A; 4LLB A; 2YQL A; 2LDR A; 2E6S A; 3C6W A; 3SOU A; 2M85 A; 4QQ4 A; 1BOR A; 4H9D A; 5LKX A; 2LXH C; 2ZET C; 2EGM A; 5EYA F; 3ZPV E; 1MBM A; 4YAT A; 2FSA A; 4MVT A; 3O47 A; 3L11 A; 1LDJ B; 4I7C A; 4CA1 A; 5TBN A; 5D1L B; 5LCW B; 5AIT A; 1N87 A; 5G05 B; 1FLL A; 3DWD A; 1D0J A; 4UP0 A; 5H9M A; 2CRR A; 1WEV A; 2LGK A; 3LQI A; 3N9M A; 2VJF B; 2EOD A; 2M6M A; 5FER A; 4YBM A; 4YAD A; 1LDK C; 5DKA A; 2DJA A; 2YT5 A; 4WZ3 B; 2LQ6 A; 2L80 A; 2FFW A; 2MUM A; 5SVI B; 4Z8M A; 2KWO A; 1WES A; 2FUI A; 2KKY A; 3JUE A; 4V3L C; 2LAU A; 1F62 A; 4GJH A; 2K17 A; 1HYI A; 2ECI A; 5K3Q A; 3O35 A; 2KGI A; 4X3G A; 2H0D B; 4NN2 A; 1RF3 A; 3DPL R; 4GB0 A; 4GNE A; 2QIC A; 1JOC A; 1Z2Q A; 2I50 A; 2KGG A; 2MNY A; 3E2D A; 2XEU A; 1FBV A; 3N9P A; 3C5K A; 4A4B A; 4W4U A; 2MD8 C; 4A4C A; 3MQR A; 1ZMS A; 3FAN A; 1XWH A; 3M7K A; 1JM7 A; 4AP4 A; 3HU6 A; 2MA5 A; 3O33 A; 2B0O E; 2JM3 A; 3LVR E; 4L58 A; 5TRB A; 3T6R A; 2EGP A; 1WEQ A; 5E1T A; 2FD4 A; 1X4I A; 2KE1 A; 1CA9 A; 3PLW A; 1K2F A; 4S3O B; 3M62 A; 3LRQ A; 3SOX A; 2YQM A; 2E6R A; 5JG6 A; 3PUQ A; 2LV9 A; 3U5N A; 1LB4 A; 4AYC A; 2Y43 A; 2H0D A; 1FP0 A; 3ZVZ B; 3M63 A; 2VNF A; 3EB5 A; 5TDR A; 4IC2 A; 2DSM A; 2MKE A; 2CT2 A; 3PHD A; 2LGV A; 3O34 A; 5AIU A; 2DX8 A; 2YVR A; 2YW8 A; 1E4U A; 3DDT A; 2ECV A; 2ECW A; 5SVX A; 3M99 A; 4XI1 A; 1WEW A; 1D0A A; 2XXN A; 2ECT A; 4I7D A; 2CRW A; 1WEO A; 2C2L A; 2C2V S; 4GWM A; 2VJE B; 2OXQ C; 3FJU B; 3O36 A; 4PTB A; 4UP5 A; 1WIM A; 1X4U A; 2YRE A; 3HCT A; 3I2D A; 5H1U A; 3VK6 A; 4I7B A; 2JMJ A; 5H1T A; 4O1V A; 3SHB A; 3RPG C; 1V87 A; 2G43 A; 2XOY A; 5DIN A; 2Y1M A; 3LDY A; 3L1X A; 1CZY A; 3HQI A; 3LJU X; 4P5O B; 2CSV A; 3U5M A; 2A25 A; 3FEH A; 4Q6F A; 2VPD A; 1WFK A; 3ZPV 1; 5C13 A; 5G0F A; 2L43 A; 3O7A A; 3PUR A; 1G25 A; 1L0A A; 3HQM A; 4WZ0 A; 4V3K C; 5B79 A; 4YBS A; 2L5U A; 1LB5 A; 2MD7 B; 2ECN A; 3KV5 A; 3FAO A; 4ZUX U; 4O62 A; 2FUU A; 3MDB C; 5KH3 A; 4LKA A; 3FL2 A; 2BAY A; 2EA6 A; 2CSZ A; 4A0C D; 1MM3 A; 2XOC A; 2M1R A; 2FOJ A; 4N4F A; 2G45 A; 2KR4 A; 4F52 B; 3DQV R; 2LRI C; 3QZV A; 2XP0 A; 1IYM A; 4YAX A; 4BBQ A; 2CR2 A; 3ZVY A; 4BHW A; 2XOZ A; 2VPG A; 4B86 C; 3N9L A; 2VJF A; 5TAB A; 2M3H A; 2KRE A; 3IVQ A; 3GL6 A; 2OWA A; 2RR4 A; 2EXU A; 4O64 A; 2MT5 A; 4WA6 A; 4YC9 A; 4C9Z A; 3ZTG A; 2P57 A; 1X4J A; 5SVI A; 2RSD A; 2K1J A; 2KWN A; 2K4D A; 3H7H A; 5FB1 A; 3MQS C; 3N9Q A; 2M13 A; 3HSV A; 4Z0R A; 1Z6U A; 4YBT A; 2LXP C; 4LK9 A; 2YHN A; 4A49 A; 2JMD A; 3LQH A; 4R8P K; 4FK5 A; 2CSY A; 3N9O A; 4IC3 A; 1VFY A; 5B75 A; 2LGL A; 2CKL B; 1WEE A; 3T7L A; 4TKP B; 3HCU A; 3IHP A; 4R7E A; 2GKW A; 5I3L A; 3FM8 C; 2YSJ A; 4YSI A; 2LGG A; 3L1Z B; 2K16 A; 1D00 A; 4ZDT A; 2F6J A; 5D1K B; 2YUR A; 3ZNI A; 2KU3 A; 4FIP A; 2KWK A; 2YYR A; 3O37 A; 1WGM A; 1RMD A; 1U6G B; 4OGE A; 4CCG X; 2YHO A; 3SOW A; 3HCS A; 3KQI A; 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