The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
158
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structure length |
146
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Chain Sequence |
PYSCPCPSCKWQGSLDAVMPHLMHQHKSITTLQGEDIVFLATDINVDWVMMQSCFGFHFMLVLEKQQQFFAIVQLIGTRKQAENFAYRLELNGHRRRLTWEATPRSIHEGIATAIMNSDCLVFDTSIAQLFAENGNLGINVTISMC
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Ubiquitin ligase SIAH1
|
| publication title |
Structural Analysis of Siah1-Siah-interacting Protein Interactions and Insights into the Assembly of an E3 Ligase Multiprotein Complex
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Ligase
|
| total genus |
33
|
| structure length |
146
|
| sequence length |
158
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2005-06-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A | Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Classic Zinc Finger |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4F6N A; 1P47 A; 2EML A; 2F1Y A; 2EM7 A; 1X6H A; 4R2S A; 1YUJ A; 2RPC A; 2EN7 A; 2YTJ A; 1CA4 A; 2EM6 A; 1CZY A; 2BB8 A; 1ZU1 A; 2EM2 A; 2J7J A; 3EPL A; 2F1Z A; 1AAY A; 2ENA A; 1A1F A; 4CA1 A; 2FOJ A; 2R1F A; 2LV2 A; 2MDG A; 1X6E A; 2ENH A; 2DMI A; 2YRK A; 1TF3 A; 2XXN A; 4I7B A; 1MEY C; 3HSV A; 2GHF A; 2DLQ A; 2E72 A; 1A1G A; 2EOE A; 1RMD A; 2EOS A; 2FOO A; 2EOX A; 2EPX A; 3IVQ A; 2YTE A; 2YTO A; 1A1J A; 2EOR A; 1YZE A; 4M9V C; 2YRH A; 1WJP A; 2EPC A; 1X6F A; 2EPU A; 1JK1 A; 1A1H A; 2YTP A; 2EN4 A; 2DLK A; 1D00 A; 2CSH A; 1LLM C; 2YTQ A; 5KL3 A; 2EOF A; 2CTD A; 2EL6 A; 2MKN A; 2EOO A; 1F3V B; 2EQ3 A; 2JPA A; 3EPK A; 2LVH A; 4KG9 A; 2EN8 A; 1RF3 A; 1CA9 A; 1KZZ A; 2YTG A; 2RSI A; 4X3G A; 2EMA A; 2EOJ A; 2WBT A; 1A1K A; 2YTI A; 1FLL A; 1QSC A; 2YTN A; 4F2J C; 1BBO A; 4F6M A; 2EMX A; 2WCC 3; 2JP9 A; 2EM4 A; 2CT1 A; 2F1W A; 1CZZ A; 1FLK A; 2ENC A; 2NAB A; 4R2R A; 2EMZ A; 2EE8 A; 2YU8 A; 1D01 A; 2EQ0 A; 4R2Q A; 2WBU A; 2YSP A; 2EM9 A; 1ZAA C; 4YSI A; 4R2D A; 1UBD C; 3IVV A; 4I7D A; 3ZJB A; 2EM0 A; 5KL6 A; 4O1V A; 1UN6 B; 1K2F A; 4I7C A; 3EPH A; 3HQL A; 5KL5 A; 2MKD A; 4JJQ A; 2ELZ A; 2EM8 A; 1L0A A; 1LB5 A; 2EMK A; 5KL7 A; 3HQI A; 1ZMS A; 3HQH A; 2EOY A; 4IS1 C; 2EMH A; 2EN6 A; 3M99 B; 2EP3 A; 2EOQ A; 2EM3 A; 4IJD A; 2EN2 A; 4K8U A; 2EPZ A; 3MHH C; 4FK5 C; 1B69 A; 3EPJ A; 4GZN C; 2HGH A; 4GJH A; 2EL5 A; 2EL4 A; 2EMF A; 2VRD A; 2WBS A; 2EMY A; 5KL4 A; 3MQS C; 2EPR A; 1TF6 A; 3UK3 C; 2I13 A; 5KL2 A; 3HU6 A; 2EN3 A; 2DRP A; 1BB8 A; 2LT7 A; 2F1X A; 4GWN A; 1TN9 A; 4X9J A; 2YSO A; 3IVB A; 2EQ1 A; 1YY6 A; 1DGC A; 4R2E A; 4GWM A; 3MHS C; 4WSG A; 1JK2 A; 4M4E A; 1X3C A; 4R2P A; 4GHU A; 2YTD A; 2EOI A; 4R2A A; 2GLI A; 2GKW A; 2EPP A; 1D0A A; 1Z1B A; 1YUI A; 2ELY A; 1D0J A; 2EOZ A; 2YU5 A; 2YTF A; 3MQR A; 4R2C A; 1A1I A; 2AN6 A; 2LCE A; 1G2F C; 3HQM A; 5H9M A; 2EM5 A; 2A25 A; 2EOH A; 5E1T A; 2M9A A; 2EOM A; 2DGC A; 4C9Z A; 2D9H A; 2EMC A; 2PRT A; 1YSA C; 1ZR9 A; 1F2I G; 1KJK A; 4Z8M A; 2EMG A; 2EN1 A; 1X5W A; 2FOP A; 2EMB A; 2ADR A; 1LB4 A; 1LB6 A; 2CR2 A; 1NCS A; 2EMI A; 2EPA A; 1A1L A; 2EMW A; 1G2D C; 2LO3 A; 2YRM A; 3VHT B; 2EJ4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2M1S A; 1YPN A; 3BID A; 1CZY A; 3JAM C; 2V87 A; 2LUQ A; 1ZU1 A; 3EPL A; 1GTK A; 2F1Z A; 4LF6 E; 3BBG A; 4P7D A; 1DI2 A; 2B7T A; 2L33 A; 2B9D A; 1SR9 A; 1QU6 A; 1YZ9 A; 1X6E A; 2YRK A; 2G7H A; 4WPY A; 2L92 A; 1MEY C; 3HSV A; 4OX9 E; 2FTX B; 2GHF A; 2DLQ A; 2E72 A; 4NXN E; 2EPX A; 2FOO A; 1STU A; 2YTE A; 1HNZ E; 4JI0 E; 4ZYH A; 4P78 A; 4WXC A; 4BHB A; 2UUA E; 1WJP A; 2BBG A; 2LMZ A; 1LLM C; 1PJS A; 2YTQ A; 5KL3 A; 4WFT A; 1T4N A; 2JPA A; 2ZM6 E; 2MKN A; 3EPK A; 2LVH A; 4KG9 A; 1RF3 A; 4AQY E; 3ECR A; 2KHX A; 3ADG A; 2R76 A; 2V83 A; 2M7Q A; 1T39 A; 2Q8U A; 4JI4 E; 4DMI A; 2YTI A; 2YTN A; 4X64 E; 2WCC 3; 4Q35 B; 1N36 E; 2ENC A; 4OOG C; 1D01 A; 2EQ0 A; 1YYW A; 2YSP A; 2EM9 A; 3VYX A; 4R2D A; 1SFE A; 4O4K A; 5A6A A; 1T4L B; 4JI1 E; 4DV1 E; 2MKD A; 2RS7 A; 4WYQ B; 2EM8 A; 5KL7 A; 2VQE E; 3HQI A; 1ZMS A; 1X49 A; 4F9C B; 3J81 C; 2EOQ A; 2EM3 A; 5AC4 A; 4IJD A; 2N3H A; 4I8O A; 2EPZ A; 5BR8 E; 3MHH C; 2HGH A; 3H09 A; 4GJH A; 2F8B A; 2EMY A; 5IV8 B; 5KL4 A; 1ZBQ A; 4LFA E; 1DQ3 A; 1GZ6 A; 1TN9 A; 2L2K B; 1PJT A; 2L2N A; 5FLX C; 1DGC A; 3EQ1 A; 4WSG A; 2DSY A; 3C6K A; 5AC5 A; 1ZBT A; 4BHC A; 2FGG A; 4WX9 A; 2JOX A; 2ELY A; 2YU5 A; 5AAS A; 2JY9 A; 2EPN A; 2UXC E; 4ZYD A; 2AN6 A; 2EM5 A; 2A25 A; 5E1T A; 2EMC A; 2PRT A; 1ZR9 A; 5LL6 R; 3T1H E; 3LML A; 2FOP A; 1X5W A; 2F4V E; 2KON A; 5A6B D; 2EMW A; 3DF6 A; 4DV7 E; 3IWD A; 3VHT B; 5AE3 A; 4F9A B; 3ADL A; 2EJ4 A; 5ADZ A; 1P47 A; 2EML A; 4RH8 A; 1X6H A; 2JXP A; 2RPC A; 2EN7 A; 2YTJ A; 2LJU A; 2V8Q B; 4BCA A; 2V86 A; 3HQ1 A; 4CA1 A; 2FOJ A; 1YYO A; 5A2Q C; 4K0K E; 2MDG A; 2UUB E; 4X8W A; 5A69 A; 3TQM A; 2NUF A; 2YWQ A; 2L6M A; 3T1Y E; 1RMD A; 5CFF E; 1A1J A; 4LF7 E; 3THN A; 4M9V C; 3ZOQ B; 4X62 E; 2EPC A; 1JK1 A; 4B3T E; 5IT9 C; 1A1H A; 4LF4 E; 5IWA E; 2YTP A; 3J7Y p; 3RMP A; 4MLQ A; 2EL6 A; 2EOO A; 4RHB B; 2EN8 A; 1HR0 E; 1CA9 A; 4WXD A; 5DNY A; 4NZV A; 4LFC E; 2RSI A; 2EOJ A; 4DV5 E; 1FJG E; 2WBT A; 3AUZ A; 1QSC A; 1BBO A; 1WXR A; 3HTX A; 5LMN E; 2EMX A; 2RSM A; 4KZS A; 2EM4 A; 1FLK A; 2EMZ A; 5F3W A; 2VF1 A; 1ZAA C; 2JOB A; 1UBD C; 2E5L E; 4TUI A; 4JI2 E; 1X47 A; 4J8Z A; 4JYA E; 1LB5 A; 2EMK A; 2YZT A; 5IXM B; 4IS1 C; 2EMH A; 2EN6 A; 4GKJ E; 2EN2 A; 4K8U A; 4FK5 C; 4B3M E; 1B69 A; 4JI3 E; 4GZN C; 3F6G A; 2EMF A; 4L5N C; 2I13 A; 4GKK E; 5AE1 A; 1BB8 A; 2F1X A; 4ZYE A; 4MLV A; 2YSO A; 2EQ1 A; 1YY6 A; 2CPN A; 4DR5 E; 4GWM A; 1N34 E; 2N3G A; 3MHS C; 4NXM E; 1MGT A; 3BF2 A; 2RS6 A; 2GPI A; 4Q28 A; 1X3C A; 4R2P A; 4R03 A; 2EOI A; 4R2A A; 1NEI A; 2EPP A; 1IBM E; 1A1I A; 2E1M A; 2LCE A; 4DUZ E; 1G2F C; 1HNW E; 3FIG A; 3KZZ A; 4C9Z A; 4BC9 A; 4N4R B; 3JU0 A; 2EPK X; 2EMB A; 2L3C A; 1LB4 A; 2UXD E; 2VQF E; 5A6B A; 4R2Q A; 3ADJ A; 4KWY A; 4B3S E; 2V88 A; 3MSW A; 4DKK A; 4M2Z A; 2JR1 A; 1RC7 A; 2EPM X; 2J7J A; 4DV4 E; 1AAY A; 2ENA A; 1PDA A; 4DV0 E; 4HTG A; 1IQS A; 4M0V A; 4X65 E; 1YYK A; 4JI7 E; 2MC5 A; 2ENH A; 2H36 X; 1TF3 A; 1UHZ A; 1EKZ A; 4O5G A; 2EOE A; 2EOS A; 1EH7 A; 3IVQ A; 1YZE A; 1IBL E; 4JI5 E; 1J26 A; 2L8T A; 4NHR A; 2EPU A; 1X6F A; 2DIX A; 4DR3 E; 1WHQ A; 1QNT A; 2B3T B; 2EN4 A; 5AE2 A; 2DLK A; 2M4I A; 2EOF A; 2CTD A; 2N8X A; 1F3V B; 2EQ3 A; 3JTZ A; 1KZZ A; 2YTG A; 4HEI A; 2EMA A; 4F54 A; 1BBG A; 5A6J A; 4DR1 E; 4F6M A; 2LUP B; 1KYQ A; 1IBK E; 2F1W A; 2NAB A; 1GQE A; 2YU8 A; 2DB2 A; 3C6M A; 2EZ6 A; 2WBU A; 2V85 A; 4YSI A; 2WZO A; 3VK6 A; 2EM0 A; 3EPH A; 1PJQ A; 5KL6 A; 4O1V A; 4X66 E; 1K2F A; 4I7C A; 5KL5 A; 2JYA A; 2IHR 1; 3HPS A; 3C4T A; 4JJQ A; 2ELZ A; 3HQH A; 2EOY A; 1XNR E; 2B7V A; 3M99 B; 2EP3 A; 3C4B A; 1I94 E; 3THO B; 3ADI A; 4M30 A; 1N3G A; 4TUG A; 3EPJ A; 4O43 A; 2EL4 A; 3MQS C; 2EPR A; 1TF6 A; 5T6J A; 3UK3 C; 5KL2 A; 2EN3 A; 1AH5 A; 2DMY A; 4O24 A; 1WRJ A; 1EH6 A; 3IVB A; 2I9I A; 1PKP A; 1T4O A; 4R2E A; 2UUC E; 4M4E A; 4BMJ A; 2YT4 A; 2LBS B; 2YTD A; 2LRS A; 1YFH A; 2EWL A; 3KZY A; 1FKA E; 2GLI A; 4DR7 E; 3F6H A; 2EPO A; 1Z1B A; 3J80 C; 3OML A; 2YTF A; 4DR2 E; 3HQM A; 5H9M A; 2EOH A; 2M9A A; 4DV2 E; 2EOM A; 2DGC A; 2D9H A; 2UXB E; 4DUY E; 1F2I G; 1KJK A; 4Z8M A; 1WHN A; 2EPA A; 2ADR A; 1NCS A; 1A1L A; 1L4S A; 4JI8 E; 4LTY A; 4F6N A; 2F1Y A; 2EM7 A; 2LE2 A; 4R2S A; 1YUJ A; 3AV0 A; 2LTR A; 1CA4 A; 2EM6 A; 4LU9 A; 2ODR C; 1N33 E; 2BB8 A; 4DR6 E; 2EM2 A; 1A1F A; 4L8N A; 1XMO E; 2VE7 C; 2R1F A; 1IQO A; 2LV2 A; 4BC7 A; 2DMI A; 2L2M A; 2XXN A; 4I7B A; 1A1G A; 2NUG A; 2NA2 A; 2YTO A; 2EOX A; 4WSP A; 2NUE A; 2EOR A; 2YRH A; 1J5E E; 3QG5 C; 2MDR A; 4LF8 E; 1T38 A; 3KWR A; 3VYY A; 1D00 A; 2CSH A; 4BBY A; 3LLH A; 2HC5 A; 2YPN A; 3IWB A; 3J7A G; 2JVA A; 4X3G A; 1A1K A; 3P1X A; 1FLL A; 4B3R E; 4F2J C; 4BS9 A; 2MC6 A; 4LFB E; 2CT1 A; 2K7I A; 1CZZ A; 4R2R A; 4DV3 E; 4YY3 E; 2EE8 A; 4DV6 E; 3HPZ A; 1X48 A; 1O0W A; 1RQ0 A; 2FV4 B; 1EH8 A; 3L00 A; 3IVV A; 4I7D A; 3ZJB A; 1UN6 B; 2V89 A; 3HQL A; 2LTS A; 1L0A A; 2ODR D; 1IMU A; 2HHH E; 1XNQ E; 2HJJ A; 4F9B B; 2EPL X; 2RTX A; 2UU9 E; 2EL5 A; 2VRD A; 2WBS A; 4DR4 E; 3HU6 A; 2DRP A; 2LT7 A; 4GWN A; 3DJW A; 3BGH A; 1N32 E; 4X9J A; 3K6Q A; 5TSE A; 4YHH E; 5LLQ A; 4LF9 E; 1JK2 A; 2L3J A; 4GHU A; 4GEQ B; 4JV5 E; 3HXL A; 5A6K A; 2GKW A; 1D0A A; 1YUI A; 2EOZ A; 1D0J A; 2RQL A; 4R8O A; 2JWO A; 3MQR A; 4KHP E; 4R2C A; 3IWC A; 2LJH A; 2KOU A; 5LMU E; 4LF5 E; 2K4V A; 1HNX E; 1YSA C; 1UIL A; 2EMG A; 2EN1 A; 4ZYG A; 2EMI A; 1LB6 A; 2CR2 A; 2JP9 A; 1G2D C; 2LO3 A; 2YRM A; 3OTO E; 4JI6 E; 1XMQ E; #chains in the Genus database with same CATH homology 4F6N A; 1P47 A; 2EML A; 2F1Y A; 2EM7 A; 1X6H A; 4R2S A; 1YUJ A; 2RPC A; 2EN7 A; 2YTJ A; 1CA4 A; 2EM6 A; 1CZY A; 2BB8 A; 1ZU1 A; 2EM2 A; 2J7J A; 3EPL A; 2F1Z A; 1AAY A; 2ENA A; 1A1F A; 4CA1 A; 2FOJ A; 2R1F A; 2LV2 A; 2MDG A; 1X6E A; 2ENH A; 2DMI A; 2YRK A; 1TF3 A; 2XXN A; 4I7B A; 1MEY C; 3HSV A; 2GHF A; 2DLQ A; 2E72 A; 1A1G A; 2EOE A; 1RMD A; 2EOS A; 2FOO A; 2EOX A; 2EPX A; 3IVQ A; 2YTE A; 2YTO A; 1A1J A; 2EOR A; 1YZE A; 4M9V C; 2YRH A; 1WJP A; 2EPC A; 1X6F A; 2EPU A; 1JK1 A; 1A1H A; 2YTP A; 2EN4 A; 2DLK A; 1D00 A; 2CSH A; 1LLM C; 2YTQ A; 5KL3 A; 2EOF A; 2CTD A; 2EL6 A; 2MKN A; 2EOO A; 1F3V B; 2EQ3 A; 2JPA A; 3EPK A; 2LVH A; 4KG9 A; 2EN8 A; 1RF3 A; 1CA9 A; 1KZZ A; 2YTG A; 2RSI A; 4X3G A; 2EMA A; 2EOJ A; 2WBT A; 1A1K A; 2YTI A; 1FLL A; 1QSC A; 2YTN A; 4F2J C; 1BBO A; 4F6M A; 2EMX A; 2WCC 3; 2JP9 A; 2EM4 A; 2CT1 A; 2F1W A; 1CZZ A; 1FLK A; 2ENC A; 2NAB A; 4R2R A; 2EMZ A; 2EE8 A; 2YU8 A; 1D01 A; 2EQ0 A; 4R2Q A; 2WBU A; 2YSP A; 2EM9 A; 1ZAA C; 4YSI A; 4R2D A; 1UBD C; 3IVV A; 4I7D A; 3ZJB A; 2EM0 A; 5KL6 A; 4O1V A; 1UN6 B; 1K2F A; 4I7C A; 3EPH A; 3HQL A; 5KL5 A; 2MKD A; 4JJQ A; 2ELZ A; 2EM8 A; 1L0A A; 1LB5 A; 2EMK A; 5KL7 A; 3HQI A; 1ZMS A; 3HQH A; 2EOY A; 4IS1 C; 2EMH A; 2EN6 A; 3M99 B; 2EP3 A; 2EOQ A; 2EM3 A; 4IJD A; 2EN2 A; 4K8U A; 2EPZ A; 3MHH C; 4FK5 C; 1B69 A; 3EPJ A; 4GZN C; 2HGH A; 4GJH A; 2EL5 A; 2EL4 A; 2EMF A; 2VRD A; 2WBS A; 2EMY A; 5KL4 A; 3MQS C; 2EPR A; 1TF6 A; 3UK3 C; 2I13 A; 5KL2 A; 3HU6 A; 2EN3 A; 2DRP A; 1BB8 A; 2LT7 A; 2F1X A; 4GWN A; 1TN9 A; 4X9J A; 2YSO A; 3IVB A; 2EQ1 A; 1YY6 A; 1DGC A; 4R2E A; 4GWM A; 3MHS C; 4WSG A; 1JK2 A; 4M4E A; 1X3C A; 4R2P A; 4GHU A; 2YTD A; 2EOI A; 4R2A A; 2GLI A; 2GKW A; 2EPP A; 1D0A A; 1Z1B A; 1YUI A; 2ELY A; 1D0J A; 2EOZ A; 2YU5 A; 2YTF A; 3MQR A; 4R2C A; 1A1I A; 2AN6 A; 2LCE A; 1G2F C; 3HQM A; 5H9M A; 2EM5 A; 2A25 A; 2EOH A; 5E1T A; 2M9A A; 2EOM A; 2DGC A; 4C9Z A; 2D9H A; 2EMC A; 2PRT A; 1YSA C; 1ZR9 A; 1F2I G; 1KJK A; 4Z8M A; 2EMG A; 2EN1 A; 1X5W A; 2FOP A; 2EMB A; 2ADR A; 1LB4 A; 1LB6 A; 2CR2 A; 1NCS A; 2EMI A; 2EPA A; 1A1L A; 2EMW A; 1G2D C; 2LO3 A; 2YRM A; 3VHT B; 2EJ4 A;
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