The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
124
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sequence length |
388
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structure length |
388
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Chain Sequence |
FYNDKQIDVENFYIAELPLTPSQFEEDFKEIHQIVMENYSLYQAKHLNMDSLYQACDARVRQAQTTTDYGLIVQEYISALQCAHAITCYKRYTANQRVAFIEDFLFVDKPNDYLTEYGFQDKDRIIAINGLPYKQWIEQNEKYTEASTVPHRRLRTAYDAFRSYADTLRNYTLLRGGDTLTVTLPLKQRDYFPDNEEQTVESRILQDSIGYLTIKTMMNPVMEDFKAVYPKVKDLPYLIIDVRRNGGGNSMNGVNICKYFIREAQPHCVSKSYIMQPEADAYKGKIYLLTDTYTLSAAESFTLDMKESGNVTLIGEATGGDTGNGPRPFCTKQRTYFRIPTRQPDVSSKGFPMEGIGIPPHHQVSQTVADFMKDEDTVLNYAVGLITE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a hypothetical protein (BACUNI_00178) from Bacteroides uniformis ATCC 8492 at 1.50 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
Uncharacterized protein
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Bacteroides uniformis
|
| total genus |
124
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| structure length |
388
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| sequence length |
388
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03572 | Peptidase_S41 | Peptidase family S41 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Pdz3 Domain | Pdz3 Domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Transcription Regulator spoIIAA | Transcription Regulator spoIIAA | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WFV A; 3CS0 A; 1IU0 A; 4Q2O A; 1GQ5 A; 3KQF A; 3CH8 A; 4ZDD A; 4U1A A; 2IWQ A; 5CTB A; 2OPG A; 4KFV A; 5HED A; 3I4W A; 2OZF A; 1J7X A; 2ZL2 A; 2KOJ A; 1JXZ A; 3QDO A; 1VA8 A; 4Q0G A; 2YTW A; 3CBY A; 1MFG A; 3T89 A; 3ISA A; 4FNB A; 2L4T A; 5FUS A; 4Z33 A; 2Q2X A; 2X7Z A; 4Q2N A; 1V5Q A; 2EGO A; 2VSU F; 1GQ4 A; 3K8X A; 2W3P A; 1TE0 A; 3KHF A; 3KZD A; 2J5I I; 2IWO A; 1X5Q A; 3EGG C; 3K1R A; 3IB9 A; 1PDR A; 2M3M A; 3QMJ A; 2I04 A; 5GLJ A; 1P1E A; 4IZC A; 4P2A B; 1W2X A; 1N6E A; 5F3X A; 2DEO A; 2DJT A; 1RGW A; 1WHD A; 5HF4 A; 4B3J A; 3T8B A; 1UIT A; 5HEY A; 4WYO B; 1HNU A; 1RZX A; 3GDS A; 2JIN A; 5DTP A; 4JOR A; 3HVQ C; 3FDU A; 5E6P B; 5EZ0 A; 1N7F A; 2I0L A; 4K76 A; 5CTC A; 1VB7 A; 3ID3 A; 1OBY A; 3LNY A; 2LC7 A; 2OQS A; 2VPH A; 2VRF A; 5ING A; 1V5L A; 4L8N A; 3HE2 A; 2KYL A; 4NNQ A; 2FZS A; 1U3B A; 2KG2 A; 1MC7 A; 2M0T A; 2BZR A; 2F9I A; 1X8S A; 3JXT A; 3R68 A; 3GDV A; 4RYF H; 3DJ1 A; 2FW2 A; 2ZL3 A; 4Z8J A; 1O8U A; 4YYX A; 4JOP A; 2QT5 A; 3QO6 A; 2FN5 A; 3ID4 A; 3MH4 A; 2DM8 A; 3HRX A; 4JL7 A; 4UU6 A; 3SUZ A; 3WG5 A; 3H0S A; 3CC0 A; 2HE2 A; 4Q6S A; 3RLE A; 4ZDC A; 4JWV A; 2VSU C; 3QE1 A; 2I0I A; 4WCZ A; 2HGA A; 4N6X A; 2OS6 A; 1YG8 A; 1MJ3 A; 3Q0G A; 2RRM A; 3DJ3 A; 4YLH A; 1U39 A; 4NMV A; 3NFL A; 3OTP A; 4NEK A; 3HPK A; 4FN8 A; 5DL1 A; 2PZD A; 2QKT A; 3R6H A; 1WF8 A; 1MFL A; 5HEB A; 5G1D A; 4ZDF A; 1OBX A; 2D8I A; 2EJ5 A; 2V90 A; 2J5I A; 1KY9 A; 1V1T A; 1WDK A; 2FBM A; 2CS5 A; 2EDZ A; 1UEW A; 4OEP A; 2DLS A; 3P2L A; 1WFG A; 2IWN A; 1N6F A; 4KNP A; 1NZY B; 3MH6 A; 5IKL B; 2VZ5 A; 3QJN A; 5HDY A; 3TMH A; 3QXZ A; 3U9R B; 2LA8 A; 1ZUB A; 3SHU A; 1UF1 A; 2F9Y A; 1UEP A; 3TT6 A; 1RJM A; 2Q9V A; 5FB8 C; 2C8T A; 2L97 A; 1X45 A; 2EEH A; 2YUB A; 2UZC A; 3KTJ A; 5FIF A; 5KDR A; 1YBO A; 3KTI A; 2Z17 A; 5EYZ A; 2WTB A; 1UEZ A; 4RCN A; 1HNO A; 1Q7X A; 1QAV B; 4OEO A; 2REY A; 3KTK A; 4YDP A; 3Q7H A; 4FB8 A; 5MGB A; 1K39 A; 2D3T A; 1Q51 A; 2MX6 A; 1Q3O A; 4P0C A; 1IHJ A; 3IBB A; 1L6O A; 4KPK A; 3WKM A; 2A7S A; 1K32 A; 1NF3 C; 4NMR A; 4OG1 A; 1W9Q A; 4RI0 A; 3N6R B; 4K2N A; 1SOT A; 3PEA A; 4Q1I A; 4EDJ A; 2QQ3 A; 2AWW A; 2AIN A; 3G64 A; 1TQ3 A; 2LUI A; 3R9Q A; 3T88 A; 2Q35 A; 1Y7O A; 2GTR A; 3GJ9 A; 3EGH C; 1TYF A; 4Q2Q A; 4ELS A; 2KQF A; 3VQF A; 4GVC A; 3OU0 A; 4KFW A; 2EGN A; 1UM1 A; 2JOA A; 3K82 A; 2NP9 A; 4FJW D; 4KWB A; 4U0G A; 3T8A A; 2I1N A; 1FC9 A; 1X5N A; 3V5E A; 2PDZ A; 4IC6 A; 4JOJ A; 5E0S A; 2EGK A; 4NNL A; 2PPY A; 4JFC A; 1XNW A; 2J5G D; 3FY5 A; 3QRE A; 4I52 A; 1U38 A; 1UJV A; 2KBS A; 4E34 A; 4JOH A; 4EML A; 1N7T A; 3M6N A; 3VQG A; 4JCS A; 1PIX A; 1Q52 A; 1LCY A; 1XX4 A; 4XHV A; 3NJD A; 4FN7 A; 3R9T A; 3PZK A; 4G69 A; 2X58 A; 4E3B A; 4MPA A; 2D92 A; 1UYR A; 1WDM A; 4HNK A; 4QFE A; 1ZOK A; 2DC2 A; 5DZK A; 2YT8 A; 5INI A; 4ZDE A; 2LC6 A; 3P85 A; 4I4Z A; 3GCN A; 1VJ6 A; 4U0H A; 3L4F D; 4NMT A; 1UIY A; 4HC8 A; 2D90 A; 1WI4 A; 3GLM A; 1Y8T A; 5JBW A; 1TG6 A; 2EDV A; 2EEI A; 3PV5 A; 5F67 A; 3RSI A; 3GCO A; 1OD2 A; 2MHO A; 4NXP A; 3BPP A; 1QLC A; 5B6L A; 4NMS A; 4NMQ A; 3PDV A; 2AWU A; 1G9O A; 2H3M A; 3BPU A; 4U19 A; 3SLL A; 2M10 A; 1WJL A; 1SG4 A; 3MFM A; 4I42 A; 1RGR A; 1SOZ A; 2H2C A; 2VWR A; 3H0U A; 4JCQ A; 2UZF A; 4K72 A; 1XNY A; 5E1Y A; 3LAO A; 1TP5 A; 4JJT A; 3R69 A; 5E21 A; 3SWX A; 2J5G A; 4IZB A; 3TSV A; 3I18 A; 2KPL A; 1KEF A; 3DJA A; 4Q2P A; 2OSG A; 2OMJ A; 1FC6 A; 4NMP A; 1OD4 A; 3RL7 A; 4DI1 A; 5H3J A; 1T2M A; 2G5M B; 2RCZ A; 2WL7 A; 2EXG A; 3GSL A; 2PG8 A; 3BEZ A; 4QII A; 4NXR A; 2R3Y A; 4NXQ A; 4GM2 A; 1PJH A; 2I6V A; 1DCI A; 1Z87 A; 2FNE A; 3LKE A; 2J5S A; 1X0U A; 2KL1 A; 2OGP A; 4JOT A; 4Q6H A; 5C90 A; 4FGM A; 3I47 A; 3AXA A; 3HLN 1; 5HFF A; 1I92 A; 1X6D A; 4FND A; 2X24 A; 3FF6 A; 2VRE A; 1HZD A; 4HOP A; 1IU2 A; 2KOM A; 4RYF A; 1UEQ A; 2P3W A; 4OAJ A; 2ZQQ A; 3CBX A; 3LNX A; 1UYS A; 2ZPL A; 3H81 A; 3QWD A; 1UYT A; 4L6W A; 4UU5 A; 3KZE A; 3GDU A; 3NJB A; 4ASI A; 4AMH A; 4U0G H; 4ELX A; 4OLQ A; 3QKA A; 2ZPM A; 3IAV A; 5D13 A; 1FCF A; 2YUY A; 3QYR A; 2EAQ A; 3STA A; 3P5M A; 2DLU A; 2BYG A; 2CSS A; 2F9Y B; 3R9S A; 2W7R A; 3H0Q A; 3DIW A; 2FCF A; 3OT6 A; 4NMO A; 4WYU A; 3VIV A; 3MT6 A; 3TSZ A; 2KJK A; 4KD6 A; 2Q3G A; 3OME A; 5KDR B; 2I4S A; 2KA9 A; 1YG6 A; 2EJY A; 3MH7 A; 3T3W A; 3PGQ A; 4ELW A; 2KV8 A; 2ZQR A; 4FZW A; 4Z0M A; 4JOG A; 5DZK H; 3O5N A; 4U18 A; 1KWA A; 4H11 A; 1W9E A; 1XZ9 A; 2QKU A; 3PDZ A; 2O2T A; 3TV5 A; 1N7E A; 3ID1 A; 4F47 A; 2VSS E; 4B3I A; 1RY4 A; 5DTH A; 2PBP A; 1WIF A; 1U37 A; 2JRE A; 1SZO A; 2F5Y A; 2E7K A; 2EV8 A; 2K20 A; 5DUF A; 1R6J A; 3RRV A; 2ZL0 A; 2DMZ A; 3BF0 A; 1P1D A; 4WZ8 B; 2W4F A; 1N99 A; 2M0Z A; 2EEJ A; 2F0A A; 3H0J A; 2KRG A; 4K75 A; 4REY A; 4QIJ A; 1W9O A; 3QGL A; 3MYB A; 1QAU A; 4MOU A; 4LMM A; 5INF A; 1EF8 A; 3PE8 A; 3H02 A; 1ON3 A; 1WZ8 A; 4JYJ A; 1Y7N A; 3QIK A; 4Q3H A; 2Z9I A; 1UJU A; 4GVD A; 3GF3 A; 3GGE A; 3ZWA A; 5JBX A; 3NGH A; 1B8Q A; 2AWX A; 2EEG A; 1OZI A; 3Q0J A; 4K78 A; 4JVT A; 4JCT A; 2IWP A; 2VSS A; 2DKR A; 1OBZ A; 2PA1 A; 1Z86 A; 4JCR A; 5HFB A; 4K29 A; 4LK5 A; 3HIN A; 2ENO A; 2OCS A; 5HET A; 2A81 A; 2Q34 A; 3NFK A; 4EMM A; 1UHP A; 2F6I A; 5G1E A; 1XO6 A; 1TP3 A; 2KPK A; 3RST A; 3MOY A; 5FHT A; 3M6M A; 3I1E A; 2CE3 A; 4MI2 A; 4IZD A; 3O46 A; 5HFD A; 2F9I B; 1WG6 A; 2JIL A; 2ZL4 A; 2JXO A; 3TT7 A; 1N6D A; 4JOK A; 3CBZ A; 5HFE A; 4JOF A; 2F6Q A; 2PNT A; 3K50 A; 4WYT A; 3STJ A; 4L8K A; 2DUB A; 2PKU A; 1XNV A; 3WKL A; 1VCW A; 2HW5 A; 3B76 A; 1GM1 A; 2A7K A; 3ST9 A; 1DUB A; 3U9S B; 5HFC A; 3KTG A; 3SOE A; 2QKV A; 2JIK A; 5KJP A; 2M0V A; 1WDL A; 2M0U A; 3ZW8 A; 3OC7 A; 3ZW9 A; 5A2P A; 5E0N X; 2G2L A; 5DU8 A; 4E35 A; 1WF7 A; 3CYY A; 1NTE A; 3QK8 A; 4EMP A; 2EDP A; 5G1R A; 3Q1T A; 2HE4 A; 3HPM A; 2LOB A; 2H2B A; 2H3L A; 3PV4 A; 2VSU E; 4K3W A; 5DU6 A; 3TLF A; 2CBY A; 2QG1 A; 1VRG A; 2VSS F; 5HF1 A; 3SFJ A; 2KJP A; 2YT7 A; 2GZV A; 4JYL A; 3R0H A; 5DU4 A; 4B3H A; 5JXB A; 3SHW A; 2DB5 A; 4R2Z A; 5G1Q A; 1BFE A; 3TZ3 A; 2KAW A; 3QXI A; 4GHN A; 1EF9 A; 1WH1 A; 2J5I B; 5I7Z A; 5C9G A; 1UYV A; 3ZWC A; 1ON9 A; 1V62 A; 4NNM A; 3V5I A; 2PKT A; 3TDC A; 4FZW C; 2V1W A; 4K6Y A; 2KJD A; 1NZY A; 3TSW A; 3ZWB A; 1BE9 A; 2VSP A; 3ID2 A; 5DTW A; 1M5Z A; 2VSU A; 4HOP B; 1UM7 A; 3TRR A; 2JWE A; 3GMA A; 3HP0 A; 5E0S H; 4ZU2 A; 4F8K A; 1RJN A; 3RL8 A; 3PV2 A; 2L4S A; 1VAE A; 3PS4 A; 1EY3 A; 3QJM A; 2VSV A; 2VX2 A; 4G2R A; 1WHA A; 4JOE A; 1X5R A; 4MXI A; 5DKP A; 1UFX A; 5GND A; 4OMR A; 5HJ1 A; 3GKB A; 5G1S A; 3KTH A; 1FC7 A; 1QAV A; 3E17 A; 5E11 A; 2DAZ A; 4ZDB A; 3U9T B; 2CSJ A; 1I16 A; 2R4H A; 3DOR A; 2K1Z A; 4O06 A; 5DUC A; 3R0O A; 2IEX A; 1Q3P A; 1D5G A; 4PQW A; 2FE5 A; 5E22 A; 3TVU A; 2EHR A; 4JSB A; 3TVW A; 3ZRT A; 1WI2 A; 1UJD A; 3L3S A; 3GF7 A; 1V6B A; 3JU1 A; 2QBW A; 2KOH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WFV A; 3CS0 A; 1IU0 A; 4HDT A; 4Q2O A; 1GQ5 A; 3GVJ A; 3KQF A; 3CH8 A; 4ZDD A; 4U1A A; 2IWQ A; 5CTB A; 2OPG A; 4KFV A; 5HED A; 3I4W A; 3IF5 A; 2OZF A; 1J7X A; 1V0F A; 4JJ0 A; 2ZL2 A; 2KOJ A; 1JXZ A; 3QDO A; 1VA8 A; 4Q0G A; 2YTW A; 3CBY A; 1MFG A; 3T89 A; 3ISA A; 4FNB A; 2L4T A; 4XS5 A; 5FUS A; 4Z33 A; 2Q2X A; 2X7Z A; 4Q2N A; 1V5Q A; 4JC0 A; 2EGO A; 2VSU F; 1GQ4 A; 3GVL A; 3K8X A; 2W3P A; 1TE0 A; 3KHF A; 3KZD A; 2J5I I; 2IWO A; 1X5Q A; 3EGG C; 3K1R A; 3IH9 A; 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