The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
118
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structure length |
115
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Chain Sequence |
SDLVTKFESLIYPVSFTKEQSAQAAQWESVLKSGQIQPHLDQLNLVLRDNTFIVSTLYPTSTDVHVFEVALPLIKDLVASSKDVKSTYTTYRHILRWIDYMQNLLEVSSTDKLEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Biosynthetic protein, rna binding
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| publication title |
Structures of the interacting domains from yeast glutamyl-tRNA synthetase and tRNA-aminoacylation and nuclear-export cofactor Arc1p reveal a novel function for an old fold.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GU4 nucleic-binding protein 1
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| total genus |
37
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| structure length |
115
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| sequence length |
118
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3Q19 A; 5J5N A; 1M9A A; 3UAP A; 3O3T A; 2HQT A; 1HQO A; 2A2S A; 3P8W A; 1GUM A; 5FHI A; 4PX1 A; 2AB6 A; 2CZ2 A; 1GSY A; 1XWG A; 4IJI A; 5DAL B; 4IQ1 A; 4ZBA A; 3G7I A; 4ECJ A; 5IQY A; 1PA3 A; 3P90 A; 5J4U A; 4IGJ A; 6GSX A; 4OFT A; 4ISD A; 1YJ6 A; 3GH6 A; 4PQH A; 7GSS A; 4RI6 A; 1PX6 A; 4F0C A; 5ECP B; 3VUR A; 1GUK A; 3CSI A; 1N2A A; 2WJU A; 4K0N A; 4GSS A; 4L5L A; 1G6W A; 3CRU A; 11GS A; 1JLV A; 2C3T A; 2ON5 A; 4JBB A; 5JCU A; 1KBN A; 2D2Z A; 3N9J A; 3LYP A; 2F8F A; 1U3I A; 3MAK A; 4IVF A; 5ECH B; 2GST A; 2FHE A; 3FY7 A; 18GS A; 5D9W A; 1PD2 1; 1XWK A; 1XW5 A; 12GS A; 4GST A; 4F0B A; 1B48 A; 1K0C A; 4KX4 A; 5AIV A; 1PX7 A; 2CA8 A; 1EEM A; 1PMT A; 1NHY A; 5D9X A; 1M99 A; 1LJR A; 5ECK B; 4LMV A; 2R4V A; 2LJR A; 4YQM A; 1V40 A; 5B7C A; 2VCW A; 5D9V A; 3ZFB A; 2HSM A; 3TOU A; 3U6V A; 1PL2 A; 4ID0 A; 2V6K A; 5DDL A; 5DJL A; 3KMN A; 4ZXG A; 2VCQ A; 4G9H A; 4DEJ A; 3KJY A; 1JZR A; 4L8E A; 3CBU A; 1GSD A; 5D9T A; 3TOT A; 1F2E A; 5F05 A; 4YH2 A; 2YV9 A; 4AGS A; 3GSS A; 4KDY A; 3NIV A; 5AIX A; 20GS A; 2GSR A; 3N5O A; 3KMO A; 5DAK A; 2C3Q A; 3IC8 A; 3LSZ A; 1PL1 A; 1EV9 A; 9GSS A; 3QAG A; 5ECL B; 1YDK A; 4PGT A; 1A0F A; 4ECI A; 3VWX A; 1UA5 A; 4Q5F A; 5F8B A; 4OMV A; 1EOH A; 3QR6 A; 4USS A; 5F07 A; 4EDZ A; 5FWG A; 3I6A A; 5D73 A; 1GSE A; 4MF6 A; 22GS A; 4KF9 A; 4EXJ A; 5EL8 A; 8GSS A; 4L5O A; 16GS A; 4BVX B; 1F3B A; 3GTU A; 4ZBB A; 1OE8 A; 3I69 A; 4PNF A; 4GTU A; 2YV7 A; 2VCZ A; 2HRK B; 2AAW A; 3FR9 A; 5A5K A; 2PBJ A; 3IE3 A; 2PVQ A; 3LJR A; 1B4P A; 3R3E A; 1GSF A; 4PUR A; 3MDK A; 2WB9 A; 3WYW A; 1VF2 A; 1B8X A; 3HJO A; 1TDI A; 3Q74 A; 3HKR A; 6GSY A; 2VCT A; 1GLQ A; 4KDU A; 4G0L A; 4G0K A; 4MDC A; 4BL7 B; 1AQX A; 1FW1 A; 1K0D A; 3VPQ A; 3LQ7 A; 6GSV A; 5DAK B; 4ZB6 A; 2GDR A; 1Z9H A; 4IQA A; 1M9B A; 2J9H A; 4KSM A; 2GSQ A; 4ZB8 A; 3UBK A; 3L0H A; 1U88 A; 3GUS A; 1K3L A; 4KDX A; 1F3A A; 4NHZ A; 4OFM A; 4JED A; 1BYE A; 2GTU A; 3ZML A; 3HJM A; 4KH7 A; 1USB A; 2X64 A; 4NAX A; 1R5A A; 3IK9 A; 2C80 A; 1BX9 A; 1YQ1 A; 2F3M A; 1GTB A; 4Q5Q A; 1GSS A; 4ZB9 A; 1MD3 A; 5ECO B; 2PMT A; 2IMK A; 5DQS A; 3RBT A; 3H1N A; 1EOG A; 1IYH A; 1ZL9 A; 4G19 A; 3VI5 A; 3IR4 A; 2DC5 A; 4I97 A; 4IEL A; 6GSU A; 4YQV A; 5LCZ A; 1TW9 A; 1JLW A; 5ELG A; 3IBH A; 4IKH A; 3ERF A; 1GWC A; 4BVY A; 5G5E A; 1IYI A; 1Y6E A; 3UBL A; 4MF7 A; 3Q18 A; 5AGY A; 3TGZ A; 2R5G A; 1HNA A; 3ERG A; 4PTS A; 5AIS A; 4YAV A; 2N5F A; 5LD0 A; 1K0M A; 1G7O A; 2ON7 A; 4GCI A; 3LXZ A; 4LMW A; 4J2F A; 3ZMK A; 17GS A; 5A4W A; 5GSS A; 1GNW A; 4KAE A; 4KE3 A; 4TOP A; 2C3N A; 1BG5 A; 1AXD A; 4MP4 A; 2GSS A; 5DAL A; 4HOJ A; 4JZQ A; 1GNE A; 1E6B A; 1U87 A; 4WR4 A; 5GZZ B; 4ECB A; 3ZFL A; 3M8N A; 3QAV A; 5ECQ B; 1K0A A; 3M0F A; 3UAR A; 4QQ7 A; 4G10 A; 1TU7 A; 1VF1 A; 3W8S A; 5F0G A; 4OFN A; 1ZGN A; 4ACS A; 2HSM B; 2PER A; 3KXO A; 2R3X A; 5HFK A; 3IK7 A; 3FR6 A; 4WR5 A; 14GS A; 1GTA A; 1M0U A; 2IMI A; 1K0N A; 1YKC A; 3QAW A; 1PGT A; 5F06 A; 4F03 A; 6GSS A; 4IS0 A; 4HZ2 A; 3LXT A; 5ECS A; 4E8H A; 19GS A; 4GSN A; 1XW6 A; 1ML6 A; 2CVD A; 4O7H A; 2R6K A; 1RK4 A; 4ZBD A; 2JL4 A; 3FYG A; 1VF4 A; 1V2A A; 3EE2 A; 4MPG A; 3WD6 A; 4EE0 A; 2VCX A; 4EDY A; 1MTC A; 4PUA A; 2WRT A; 5AN1 A; 5ELA A; 1OYJ A; 4K0G A; 3FR3 A; 5GST A; 1PKZ A; 1DUG A; 3GST A; 4MZW A; 4MF5 A; 1MD4 A; 3PR8 A; 4IW9 A; 4G0I A; 4EC0 A; 4MK3 A; 1BAY A; 5DJM A; 4ECC A; 4N0V A; 4PXO A; 4CHS A; 4FQU A; 3GTU B; 2A2R A; 3DGQ A; 1K3O A; 3ISO A; 2OAD A; 3GUR A; 3DD3 A; 5KEJ A; 1G6Y A; 1AW9 A; 4YQU A; 2CAI A; 5ECN B; 4MPF A; 2HNL A; 3C8E A; 4HI7 A; 2VCV A; 3LYK A; 2DSA A; 5J41 A; 3VK9 A; 1K0B A; 1C72 A; 1GSU A; 4HZ4 A; 3LG6 A; 5A4V A; 2CAQ A; 1GTU A; 2C8U A; 2UZ8 A; 4RI7 A; 3KM6 A; 2WS2 A; 4HJ2 A; 3BBY A; 5ECI B; 1GSQ A; 4BVX A; 1TU8 A; 3PPU A; 2HRK A; 1K3Y A; 3O76 A; 5A4U A; 2C4J A; 2VD0 A; 4NHW A; 2OA7 A; 2VD1 A; 4GLT A; 3M1G A; 2YCD A; 3G7J A; 5DCG A; 4KGI A; 1HNB A; 3F63 A; 3CRT A; 3VPT A; 6GSW A; 3F6F A; 3CSH A; 2CZ3 A; 1EV4 A; 3UVH A; 5JCW A; 5ECR B; 3FRC A; 4BL7 A; 4YAP A; 4O92 A; 5EVO A; 2HSN B; 4Q5N A; 2AHE A; 2IL3 A; 3VI7 A; 1Q4J A; 1YY7 A; 13GS A; 1PN9 A; 4Q5R A; 4PNG A; 1AQV A; 2GLR A; 1HNC A; 4PQI A; 3VLN A; 5ECM B; 10GS A; 1GUL A; 1GLP A; 1LBK A; 1FHE A; 3KTL A; 3LFL A; 1OKT A; 5EY6 A; 1GTI A; 3GX0 A; 4IBP A; 3CSJ A; 3PGT A; 1GUH A; 4GF0 A; 3SWL A; 2NTO A; 2OAC A; 3R2Q A; 5BMU A; 4BVY B; 1PKW A; 2FNO A; 1OE7 A; 1K0O A; 2VO4 A; 3D0Z A; 3M3M A; 5FT3 A; 5G5F A; 2WDU A; 4E8E A; 3F6D A; 6GST A; 3EIN A; 3AY8 A; 1AQW A; 2HRA A; 1VF3 A; 2PGT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3Q19 A; 5J5N A; 1M9A A; 3UAP A; 3O3T A; 2HQT A; 1HQO A; 2A2S A; 3P8W A; 1GUM A; 5FHI A; 4PX1 A; 2AB6 A; 2CZ2 A; 1GSY A; 1XWG A; 1SVO A; 4IJI A; 5DAL B; 4IQ1 A; 4ZBA A; 3G7I A; 4ECJ A; 5IQY A; 1PA3 A; 3P90 A; 5J4U A; 4IGJ A; 6GSX A; 4OFT A; 4ISD A; 1YJ6 A; 3GH6 A; 4PQH A; 7GSS A; 4RI6 A; 1PX6 A; 4F0C A; 5ECP B; 3VUR A; 1GUK A; 3CSI A; 1N2A A; 2WJU A; 4K0N A; 4GSS A; 4L5L A; 1G6W A; 3CRU A; 11GS A; 4E68 A; 1JLV A; 2C3T A; 2ON5 A; 4JBB A; 5JCU A; 1KBN A; 2D2Z A; 3N9J A; 3LYP A; 2F8F A; 1U3I A; 3MAK A; 4IVF A; 5ECH B; 2GST A; 2FHE A; 4FXY P; 3FY7 A; 2H1L A; 18GS A; 5D9W A; 1PD2 1; 1XWK A; 2WW0 A; 1XW5 A; 3CWG A; 12GS A; 4GST A; 4F0B A; 4PI0 C; 1B48 A; 1K0C A; 4KX4 A; 5AIV A; 1PX7 A; 2CA8 A; 1EEM A; 1PMT A; 1NHY A; 5D9X A; 4PHZ C; 1M99 A; 1LJR A; 5ECK B; 4LMV A; 2R4V A; 2LJR A; 4YQM A; 5A5H B; 4AKH A; 1TXU A; 1V40 A; 5B7C A; 2VCW A; 5D9V A; 5A1N A; 3ZFB A; 2HSM A; 3TOU A; 3U6V A; 1PL2 A; 4ID0 A; 2V6K A; 5DDL A; 4ZB7 A; 5DJL A; 2EFH A; 3KMN A; 4ZXG A; 2VCQ A; 4G9H A; 4DEJ A; 3KJY A; 1JZR A; 4L8E A; 3CBU A; 1GSD A; 5D9T A; 3TOT A; 1F2E A; 2WVY A; 5F05 A; 5J40 A; 4YH2 A; 2YV9 A; 4AGS A; 3GSS A; 4KDY A; 3NIV A; 5AIX A; 4AKI A; 20GS A; 5A34 A; 2GSR A; 3N5O A; 4AI6 A; 3KMO A; 5DAK A; 2C3Q A; 3IC8 A; 3LSZ A; 1PL1 A; 1EV9 A; 1SVM A; 3QAG A; 2UV8 G; 9GSS A; 5ECL B; 1YDK A; 4PGT A; 1A0F A; 1YVL A; 4ECI A; 3VWX A; 1UA5 A; 4Q5F A; 5F8B A; 4OMV A; 1EOH A; 3QR6 A; 4USS A; 5F07 A; 4EDZ A; 5FWG A; 3I6A A; 5D73 A; 1GSE A; 4MF6 A; 22GS A; 4KF9 A; 4EXJ A; 5EL8 A; 8GSS A; 4L5O A; 16GS A; 4BVX B; 1F3B A; 3GTU A; 4ZBB A; 2O36 A; 1OE8 A; 3I69 A; 4PNF A; 4GTU A; 3TU3 B; 2YV7 A; 2VCZ A; 2HRK B; 2AAW A; 3FR9 A; 5A5K A; 2PBJ A; 3IE3 A; 2PVQ A; 3LJR A; 1B4P A; 3R3E A; 1GSF A; 4PUR A; 4G01 A; 3MDK A; 2WB9 A; 3WYW A; 1VF2 A; 1B8X A; 3HJO A; 1TDI A; 1BG1 A; 3Q74 A; 3HKR A; 6GSY A; 2VCT A; 1GLQ A; 4KDU A; 3RGB C; 4G0L A; 4G0K A; 4MDC A; 4BL7 B; 1AQX A; 1FW1 A; 1K0D A; 3VPQ A; 1Y1U A; 3LQ7 A; 6GSV A; 5DAK B; 4ZB6 A; 2GDR A; 1Z9H A; 4IQA A; 1M9B A; 2J9H A; 4KSM A; 2GSQ A; 4ZB8 A; 3UBK A; 3L0H A; 1U88 A; 3GUS A; 1K3L A; 4KDX A; 1F3A A; 4NHZ A; 4OFM A; 4JED A; 1BYE A; 2GTU A; 3ZML A; 3HJM A; 4KH7 A; 1USB A; 2X64 A; 3HMJ G; 4NAX A; 1R5A A; 3IK9 A; 5J47 A; 2C80 A; 5BMU B; 1BX9 A; 2WW2 A; 1YQ1 A; 2O3E A; 2F3M A; 2WVX A; 1GTB A; 2HSN A; 4Q5Q A; 1GSS A; 4ZB9 A; 1MD3 A; 5ECO B; 2PMT A; 4W66 A; 2IMK A; 5DQS A; 3RBT A; 2EFE A; 3H1N A; 1EOG A; 1IYH A; 1ZL9 A; 4G19 A; 3VI5 A; 3IR4 A; 2WZS A; 2DC5 A; 4I97 A; 4PI2 C; 3RFR C; 4IEL A; 6GSU A; 4YQV A; 3CHX C; 5J4Y A; 5LCZ A; 1TW9 A; 1JLW A; 5ELG A; 3IBH A; 4IKH A; 3ERF A; 1GWC A; 4BVY A; 5G5E A; 1IYI A; 1Y6E A; 3UBL A; 4MF7 A; 3Q18 A; 5AGY A; 3TGZ A; 2R5G A; 1HNA A; 3ERG A; 4PTS A; 5AIS A; 4YAV A; 2N5F A; 5LD0 A; 1K0M A; 1G7O A; 2ON7 A; 4GCI A; 3LXZ A; 4LMW A; 4J2F A; 3ZMK A; 17GS A; 5A4W A; 5GSS A; 1GNW A; 4KAE A; 4KE3 A; 4TOP A; 2C3N A; 1N25 A; 1BG5 A; 1AXD A; 4MP4 A; 2GSS A; 5DAL A; 4HOJ A; 4JZQ A; 1GNE A; 1E6B A; 1U87 A; 4WR4 A; 5GZZ B; 4ECB A; 3ZFL A; 3M8N A; 3QAV A; 5ECQ B; 1K0A A; 3M0F A; 3UAR A; 4QQ7 A; 1SVL A; 4G10 A; 1TU7 A; 1VF1 A; 3W8S A; 5F0G A; 4OFN A; 1ZGN A; 2VKZ G; 4ACS A; 5A1N B; 2HSM B; 2PER A; 3KXO A; 2R3X A; 5HFK A; 2O5V A; 3IK7 A; 3FR6 A; 4WR5 A; 14GS A; 1GTA A; 1M0U A; 2IMI A; 1K0N A; 1YKC A; 3QAW A; 1PGT A; 5F06 A; 4F03 A; 6GSS A; 4IS0 A; 4HZ2 A; 3LXT A; 5ECS A; 5A34 B; 4E8H A; 19GS A; 4GSN A; 1XW6 A; 2WW3 A; 1ML6 A; 2CVD A; 4O7H A; 2R6K A; 5A5H A; 1RK4 A; 4ZBD A; 2JL4 A; 3FYG A; 1VF4 A; 1V2A A; 3EE2 A; 4MPG A; 3WD6 A; 4EE0 A; 2VCX A; 4EDY A; 1MTC A; 4PUA A; 2WRT A; 5AN1 A; 5ELA A; 1OYJ A; 4K0G A; 4AKX B; 3FR3 A; 5GST A; 1PKZ A; 1DUG A; 3GST A; 4MZW A; 4MF5 A; 1MD4 A; 3PR8 A; 4IW9 A; 4G0I A; 4EC0 A; 4MK3 A; 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4GF0 A; 3SWL A; 2NTO A; 4GDF A; 2OAC A; 3R2Q A; 4QMK A; 5BMU A; 4BVY B; 1PKW A; 2FNO A; 1OE7 A; 1K0O A; 2VO4 A; 3D0Z A; 3M3M A; 1I1I P; 5FT3 A; 5G5F A; 2WDU A; 1YEW C; 4E8E A; 3F6D A; 6GST A; 3EIN A; 3AY8 A; 1AQW A; 2HRA A; 1VF3 A; 2PGT A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3Q19 A; 5J5N A; 1M9A A; 3UAP A; 3O3T A; 2HQT A; 1HQO A; 2A2S A; 3P8W A; 1GUM A; 5FHI A; 4PX1 A; 2AB6 A; 2CZ2 A; 1GSY A; 1XWG A; 1SVO A; 4IJI A; 5DAL B; 4IQ1 A; 4ZBA A; 3G7I A; 4ECJ A; 5IQY A; 1PA3 A; 3P90 A; 5J4U A; 4IGJ A; 6GSX A; 4OFT A; 4ISD A; 1YJ6 A; 3GH6 A; 4PQH A; 7GSS A; 4RI6 A; 1PX6 A; 4F0C A; 5ECP B; 3VUR A; 1GUK A; 3CSI A; 1N2A A; 2WJU A; 4K0N A; 4GSS A; 4L5L A; 1G6W A; 3CRU A; 11GS A; 4E68 A; 1JLV A; 2C3T A; 2ON5 A; 4JBB A; 5JCU A; 1KBN A; 2D2Z A; 3N9J A; 3LYP A; 2F8F A; 1U3I A; 3MAK A; 4IVF A; 5ECH B; 2GST A; 2FHE A; 3FY7 A; 2H1L A; 18GS A; 5D9W A; 1PD2 1; 1XWK A; 1XW5 A; 3CWG A; 12GS A; 4GST A; 4F0B A; 1B48 A; 1K0C A; 4KX4 A; 5AIV A; 1PX7 A; 2CA8 A; 1EEM A; 1PMT A; 1NHY A; 5D9X A; 1M99 A; 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