1PD21

Crystal structure of hematopoietic prostaglandin d synthase complex with glutathione
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
199
structure length
199
Chain Sequence
MPNYKLLYFNMRGRAEIIRYIFAYLDIKYEDHRIEQADWPKIKPTLPFGKIPVLEVEGLTLHQSLAIARYLTKNTDLAGKTELEQCQVDAVVDTLDDFMSLFPWAEENQDLKERTFNDLLTRQAPHLLKDLDTYLGDKEWFIGNYVTWADFYWDICSTTLLVLKPDLLGIYPRLVSLRNKVQAIPAISAWILKRPQTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE
publication title Cloning and crystal structure of hematopoietic prostaglandin D synthase.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Ligase
total genus 70
structure length 199
sequence length 199
chains with identical sequence 2
ec nomenclature ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date 1998-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF02798 GST_N Glutathione S-transferase, N-terminal domain
1 PF14497 GST_C_3 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1050.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 1pd2102
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1pd2101
1M9BA 1PX6A 2HRKB 2YCDA 4L5LA 1PL1A 4K9ZA 4WEYA 5KEJA 2HFDA 3R2QA 3TKQA 14GSA 4BPYA 3IAS2 3LG6A 2VCVA 4IJIA 1GNEA 5DBQA 1K3LA 1AC1A 3M8NA 11GSA 4ZB6A 3ZLPA 1VF4A 2KHPA 5JCWA 3L0HA 3W6GA 2HXKA 2IIYA 1NHYA 6GSXA 3GNJA 5COHA 4ZIJA 4HEA2 4I97A 3O6TA 1GSDA 2LRNA 1JLVA 1QQ2A 2VUPA 2PERA 3KZQA 2LQQA 3D6IA 3PINA 4GSNA 2AHEA 2VCWA 3EU3A 4GTUA 4V1Ag 3DVWA 2TRCP 5F0GA 4K1FA 3EU4A 3VI7A 1Q98A 4GQCA 5DJMA 2CX4A 3JCML 4EVMA 2PMTA 2H0HA 3F6FA 3GV1A 3LQ7A 4OO5A 1PMTA 3TUEA 5D9VA 4ZB8A 3UAPA 2YV7A 3IK9A 3UBLA 2HRAA 4KB3A 1URMA 1TRUA 2NDOA 3TCOA 1LU4A 2GZZA 2YZHA 3IOSA 3TJGA 4NMUA 2H01A 2AUVA 3ZVJD 1R26A 3TJBA 4KSOA 2L5OA 4NAXA 4AJ8A 3TRQA 3TKSC 2LJAA 1CQGA 2V32A 3ISOA 2CAQA 2H75A 4DSRA 4POBA 1YF0A 1KBNA 3VWWA 1W89A 2H71A 3E3EA 1IYHA 1GLQA 5AIXA 1TI1A 2DJJA 2V1MA 2C80A 1KTEA 1SL1B 3I43A 4KNDA 2PN8A 3KTLA 1EP7A 2I81A 2R3XA 4OFNA 1KEBA 4G0IA 1BJXA 4KAEA 1YEXA 3HVSA 2FY6A 2VD1A 4F03A 3BJ5A 2AJQB 2HSHA 2OE3A 7GSSA 4N30A 4TR3A 4HJ2A 2VAFA 4EKZA 2F51A 1WWJA 3F9UA 1TU7A 5AIVA 3TJFA 4IELA 2RIIA 2IPAA 2IMIA 2K8VA 3VPQA 2WRTA 4MK3A 2H1AA 1NHOA 4N0VA 1GUKA 2E2GA 4L0WA 2NBSA 1TK0B 1A2MA 2C1YA 2RM5A 1UN2A 5EY6A 4WXTA 3ZFLA 2CQ9A 3CSHA 2EIOA 1TRWA 2MYGA 2K9FA 1FVJA 3D21A 2CAIA 3KH7A 1OC9A 5HFKA 2DMMA 3LJRA 3MAKA 4GSTA 5ELAA 4HZ4A 4H86A 2DSAA 3CXGA 2FHEA 5ECIB 4AJ7A 3EWLA 1F2EA 4PQIA 3A3TA 1A8YA 4MJEA 1TXXA 4WR4A 1X0RA 3GMFA 1LBKA 3QD9A 4GF0A 2ZUPA 2MMNA 4V2MA 4ZL7A 1Z9HA 3KH9A 1R5AA 2H8LA 3HY2A 3M1GA 2ALBA 3WD6A 4FYBA 3GIXA 5CRGA 2BMXA 3UL3A 1T7PB 4WBJA 2AYTA 4J2FA 3WGXA 3ERWA 2PWJA 2D2ZA 4EUYA 3KXOA 2GQKA 3G7JA 3GSSA 3LGCA 4WKWA 1WOUA 5HR1A 10GSA 4BVXA 1X5CA 4ZB9A 2HSYA 4PNGA 1XW5A 1V40A 1JLWA 2E7PA 5D96A 4FIWA 5DCGA 5G1KA 2XC2A 3H1NA 3GH6A 1R7HA 3O76A 3ZFBA 6GSTA 2HZEB 3VPTA 2YANA 5GAND 1F9MA 1HNAA 5CRWA 4AGSA 3M3MA 4XIHA 3FHKA 1EZKA 4J57E 2P31A 1PL2A 2FA8A 4DSSB 4MF7A 1K0AA 2WZ9A 2FGXA 3PPUA 3FZ5A 3BCIA 1ST9A 2M46A 4KF9A 1Y6EA 2NPBA 5IPGA 1G7EA 5AGYA 2GSTA 5CNWA 5H5RA 3IR4A 4Q5NA 1U3AA 1AAZA 5DCHA 3N9JA 4RQRA 3FYGA 2KUCA 1QGVA 2IMEA 2H0GA 2MMAA 1ZYQB 1MTCA 4PUFC 5JCGA 4I2TA 3GRXA 5CRHA 1PGTA 3HHVA 5KN1A 2OACA 2HRNA 1VF2A 4MDCA 3ZL5A 3AY8A 2H76A 3L78A 1RQMA 1OC3A 2O85A 1T1VA 3GA4A 2CX3A 2F8FA 2VCQA 2B5XA 5DQYA 4MPFA 2EC4A 2MBSA 4MJAA 3ERGA 2MMOA 1XZOA 4NHZA 3F63A 4PGTA 2C0EA 2AAWA 4KGIA 1WMJA 2GT5A 3IHQA 4TVEA 2FA4A 4K2DA 6GSUA 2B5YA 2CZ2A 1THOA 3GUSA 4N0ZA 4LL1B 1GH2A 4EE0A 4ID0A 2H1BA 3GKMA 5FT3A 5C00A 4V2LA 3EC3A 1AQVA 2AB6A 2VIMA 4YQUA 3HDCA 5G31A 2FUG2 2IN3A 2BTOT 4ZL9A 3QAVA 5IMZA 2TIRA 1RW1A 4J56E 2H1GA 3LEFA 5CREA 1K0CA 1F37A 4ZILA 2LS5A 3FY7A 1OKDA 1DBYA 2HNLA 5ECLB 5DJLA 1PKZA 5KN0A 5CO3A 4QQ7A 3IRAA 1T3BA 2YV9A 5IPHA 3CSIA 4N11A 6GSWA 3VK9A 2VL2C 2GQLA 4IQ1A 2VM2A 4IJ3A 4PXOA 2A2SA 2YOIA 2IL3A 3P2AA 5JWQB 1Z3EA 4KW6A 4EF0A 2F8AA 4TR1B 2N5AA 2JL4A 1Q4JA 3LFLA 2R2JA 3RPPA 2R4VA 2A4VA 1BYEA 4MABA 4JBBA 2H6XA 1M2DA 1SKRB 1XWGA 1OVNA 3KP9A 5IMCA 1MEKA 1R5PA 3GN3A 4GSSA 4HDEA 4HJMA 3H4KA 3A2XA 4LA1A 3WT2A 2XBQA 4L8EA 5ECNB 2YJ7A 4KA0A 1NSWA 2KP2A 2JSYA 4G2EA 4HQZA 4E8HA 1XCCA 5F8BA 2FWHA 2I9HA 5HFIA 3DXBA 5ECKB 2J9HA 3NIVA 1UVZA 2OADA 1X5DA 1DE1A 3FK8A 2AV4A 2VOCA 1ERTA 2GTUA 5DQSA 4Q5RA 1QK8A 1JZWA 2DBCA 5ABRA 1M2AA 5IMFA 2L6CA 4BVYB 3DD3A 2C0FA 1O73A 2RM6A 1F3AA 5DVBA 2V6KA 3G7IA 5D93A 1FHEA 3IC4A 1EGOA 1FB0A 1JZRA 5EVOA 4G10A 2OE0A 1F3BA 1G7OA 4OMVA 2HZFA 5IM9A 4K7IA 2OA7A 2B3SA 1G6WA 3GKNA 4JU5A 3DKSA 1PRXA 1BX9A 1ZL9A 2GVPA 4FO5A 4TOPA 1AUCA 2XPDA 4F82A 2YPMA 3CTGA 2HZEA 3A5WA 2NTOA 4O5RA 4DVCA 1PQNA 3TGZA 3RHBA 4MA9A 2WCIA 5IO0A 2JZRA 1EV4A 3NZNA 2C8UA 2X8CA 1XVQA 4IVFA 3HYPA 3TKPA 5ECHB 2OKAA 4EO3A 5B8BA 4ILFA 4DSSA 2GLRA 1O81A 2R37A 4TRXA 4BWQA 4JE1A 4CHSA 4ECCA 4RI6A 1O6JA 2I4AA 3L9SA 5B7CA 1SYRA 1YKCA 3DVXA 1S3CA 4K0NA 1XOAA 3HZ4A 1EEMA 4KSMA 2XBIA 3M9JA 4ULXA 1SK1A 2VCXA 1SENA 3OR5A 4I2UA 4XHMA 1F6MC 1VF3A 4GRFA 1GWCA 2B7JA 3F4RA 3KEBA 3RAZA 1ZCPA 1ZOFA 5DALA 1YZXA 1SD9A 3M0FA 1V9WA 4I5QA 4ZBBA 3G9BA 1GSEA 3HVXA 2MZCA 5L71A 2CVBA 5D8IA 1O8WA 1FB6A 3ZITA 1ZMAA 1BQ7A 3ZZXA 3ZMLA 1AXDA 4PURA 2CV4A 3GSTA 4MH2A 2HSMB 5ECRB 3NOFA 3ZYWA 2CT6A 3UMAA 4HI7A 4IP1A 4XTSA 1Z5YE 5HQPA 2C0DA 3ME8A 3TKSA 3VLNA 2V2GA 3A2WA 3J7Yk 4LMWA 3P7XA 3SWLA 2I3YA 3WGDA 3Q19A 2DJKA 1ERWA 5J4UA 1SYXA 1EWXA 1XOBA 4G0LA 4XS4B 4NV2A 1XXUA 1I5GA 5ID2B 2H73A 3WGEA 2LRCA 1QMVA 1BAYA 3ME7A 2CVKA 4GWRA 3GTUA 1WP0A 2H1DA 5E59A 5IOXA 4ML6A 1VRSD 5ECQB 5D9TA 3GHAA 4PQ1A 4KH7A 4NHWA 3D0ZA 3EE2A 2IMDA 2IFQA 3DWVA 1GSFA 1GP1A 2P5QA 4TR1A 1WPIA 4BL7B 1GSYA 1PKWA 2F3MA 2IJYA 1OE7A 2H74A 1VGLA 2L59A 3BCKA 2R5GA 1YEPA 2J23A 5G5FA 5IIZA 4EC0A 1GUMA 1AQXA 3ZIVA 2GZPA 2C3TA 1SK0A 4OWYA 2LJRA 3I9V2 5CAXA 3FZ4A 2GSSA 2ON5A 3CRUA 3APSA 3QFBC 1ML6A 4P3YB 2L4QA 4D73B 3F4TA 3PH9A 3RBTA 2C4JA 4PUAA 1B9YC 1GUHA 1K0OA 3KIJA 4MJCA 1ERUA 3W8JA 2GZYA 1EV9A 1T4YA 2L6DA 5EL8A 4JZQA 3G7YA 4TW5A 2YZUA 3TKRA 4EXJA 5LNKe 2O89A 4WR5A 2B6MA 4ECJA 2XPEA 2A2RA 2L57A 1G6YA 1MDKA 2H0IA 1SD8A 4ECBA 1TJDA 3IE3A 4BVYA 4LMVA 2IWTA 3KTBA 1SU9A 4OFMA 4FYUA 1TRSA 2HE3A 3TOTA 5F05A 2YWNA 1GTBA 2B7KA 5ENUA 3UBKA 4YAPA 2HQTA 3GL5A 5J9CA 3D4MA 1O7UA 2H66A 2JACA 3MDKA 4IP6A 4KDUA 5CYYA 1M99A 1A0RP 3QAGA 2H6ZA 3Q18A 3KD0A 1GL8A 4BA7A 4X0XA 2RLIA 4G19A 1HD2A 2VLUA 1PN9A 4MZBA 3IDVA 3TRPA 3L9UA 2H6YA 2YWMA 5DALB 4IN0A 4YQMA 1B48A 1M9AA 3FR3A 5GSSA 1K0MA 2DJ2A 5CRDA 1M0UA 1FW1A 3VWVA 1S3DA 1NW2A 3GFKA 1USBA 1TOFA 5ECOB 1ZGNA 3QAWA 4K0GA 2HI7A 1C72A 1M2BA 1FG4A 3PR8A 4KDXA 3IBHA 1GULA 1A2LA 3EMPA 1J0FA 3TJKA 4KCAA 2OBKA 9GSSA 3MWHA 2R6KA 3KCMA 4TN8A 1UC7A 2OE1A 3CBUA 4IKHA 2WDUA 1XW6A 2QGVA 2C0GA 1VF1A 3F0IA 4X43A 4QL9A 1YQ1A 3EYTA 1ZZYA 2L4CA 3R3EA 4FH8A 2KP1A 4GCIA 2X8GA 3F3QA 3UIWA 2HLSA 1Z7RA 1H4OA 5ECPB 3D22A 3DGQA 4F2IA 1V58A 2HSMA 1RK4A 17GSA 1OKTA 2C3QA 3GTUB 3CRTA 4IQAA 3RDWA 2DJ0A 1N8JA 3CSJA 4K6XA 2X99A 2REMA 2F9SA 5IMAA 3LSZA 3IK7A 4XRAA 4MZCA 5DDLA 3UARA 2IFQB 4MF6A 4XS4A 2ZCTA 2JU5A 5ID2A 4WF5A 1ACVA 1HNCA 1EOHA 2WGRA 4ZXGA 5LCZA 2FCHA 1JHBA 3TRXA 2HRFA 1K3OA 3C1SA 3LORA 1K0NA 3QCPA 1J08A 3HKRA 1WRYA 5CP1A 2EIQA 3EINA 4G0KA 5IMDA 2GSRA 1TW9A 2DMLA 3GURA 4CDOA 4RI7A 1B9XC 3RPNA 4KCEA 4GQFA 1FO5A 2I1UA 4TKYA 4JR6A 2VL2A 4K8MA 1OYJA 1SL2B 4PTSA 2DLXA 1Y25A 4L0UA 2O7KA 2B1LA 1J9BA 3DMLA 3WYWA 4BL7A 4X1UA 4OO4A 1V2AA 4USSA 4IHUA 2YJHA 1M7TA 1YDKA 1A0FA 2UZ8A 2GT6A 1ZYEA 2KLXA 1QXHA 4AJ6A 5KN2A 2VD0A 4DSQA 1TKDB 1NM3A 2H19A 3P8WA 1AW9A 4YH2A 3ZIJA 2N5FA 5B8AA 3C71A 3I69A 1QFNA 3TKSE 1XWBA 1T00A 5AISA 4GLTA 4XS6A 2VLVA 3IPZA 1XVWA 2PGTA 4I6XA 2YN1A 1GRXA 1H75A 4HZ2A 5E4WA 5IMVA 3UEMA 2GGTA 3A2VA 1B4PA 2EIRA 3EURA 4D73A 2V41A 1ABAA 3EMXA 4F9ZA 5FWGA 2HYXA 3QPMA 5ECSA 3FZAA 3QFAC 5DAKA 1PX7A 3IV4A 1HYUA 4E8EA 4ZBAA 3DYRA 4ML1A 2DC5A 4Q5QA 2LEGA 1U6TA 13GSA 1BG5A 1LJRA 1TTZA 1Z6MA 1XW9A 4K7NA 5HR2A 1AQWA 1R4WA 4K7OA 3US3A 3QMXA 1FOVA 5KN3A 1ON4A 4TXOB 1N2AA 5B6NA 3KMNA 1V57A 1O8XA 3KGKA 4MCUA 1WJKA 2M80A 2VCZA 4KX4A 1KNGA 4EL1A 4MPGA 3HCZA 3EVIA 3CYNA 2FNOA 1DE2A 1EEJA 4EDZA 3FKFA 3D4TA 2WB9A 2DIYA 1U87A 2WJUA 4RUVA 1TRVA 3ZMKA 4V2NA 2HSNB 3HA9A 2Z9SA 4JR4A 4ZBDA 3C73A 2QSIA 5JWOB 2JZTA 1B8XA 4PX1A 3DEXA 2DJ3A 5D9WA 3GKKA 1SL0B 5J9BA 5H5QA 3TDGA 2PVQA 2X8HA 1XPVA 3IA1A 1T8EB 2LV3A 12GSA 1PA3A 4KE3A 3IAM2 1A24A 2MBTA 3ZRDA 2WULA 2RUFA 2H72A 2PBJA 4Q5FA 4POKA 3DRNA 5FHIA 3ED3A 1XFLA 1GSQA 5G2ZA 3N5OA 5HFGA 1V98A 3LWAA 5H5SA 3HJMA 4Z7XA 3P90A 1A2JA 5INYA 3IXRA 1SJIA 2VLTA 3BOAA 3H79A 3FEUA 5A4UA 19GSA 1XWKA 1OC8A 1W4VA 4YQVA 2DJ1A 5C04A 3HZ8A 2GDRA 1XIYA 4GXZA 3ZVJA 3CTFA 3VWUA 3C8EA 3ERFA 4LLRA 4RQXA 1TK5B 6GSVA 1I9DA 2L5LA 4ECIA 5AN1A 4OCFA 4O92A 5D73A 4KUNA 1SK2A 5JCUA 2YWIA 2FLSA 4AF2A 3D5JA 3F6DA 3E0UA 5A5KA 1PSQA 3VFIA 3LYKA 2VO4A 3H8QA 3I6AA 2PPTA 3WT1A 2KOKA 2BJXA 1MDJA 2GQMA 1EGRA 2GS3A 2HT9A 1SJZA 1HQOA 4PNFA 1X5EA 4MMMA 5EPFA 2E2MA 3L4NA 1OAZA 2LTKA 1EP8A 2WFCA 1SKWB 4MLYA 1OE8A 4NWYA 4MP4A 2B1KA 3GYKA 1GTUA 4MJBA 1MD3A 2H70A 3Q74A 4ISDA 3ZREA 5IQYA 2X64A 5A4WA 2JADA 3VWXA 5HR0A 1TK8B 3U5RE 4POLA 2LNTA 4BWSA 1U88A 1GSUA 4TXVA 5JWRB 1TI3A 4MH3A 1JZOA 1EOGA 4NV5A 5DAKB 1GSSA 4OCEA 3F8UA 1XWAA 3O3TA 2M72A 4ZL8A 2B5EA 5A4VA 1K0DA 2VCTA 16GSA 3Q6OA 2ZNMA 1AIUA 4XCSA 2VL9A 18GSA 4NXIA 3TJJA 3HJPA 5ECMB 3FR9A 8GSSA 1TP9A 2FWGA 3V1WA 3MNGA 3KP8A 4L5OA 2HRKA 2H30A 4FYCA 2RUEA 20GSA 2MMZA 1WIKA 1K0BA 4O32A 2LQOA 4POMA 1XWCA 3GL3A 1MDIA 3QOUA 3UVTA 4IS0A 3GH9A 4OD7A 2ON7A 4IBPA 5G1LA 3C7MA 3CMIA 2YNXA 1THXA 3HJOA 3W8SA 1GLPA 5IOWA 3APQA 4WF4A 4YAVA 2LJKA 2WS2A 1SKSB 2P0GA 4TR0A 2OBIA 4FQUA 3S9FA 3UVHA 3E9JB 2V6OA 22GSA 4TXOA 4EDYA 2NVLA 4LL4B 3FZ9A 1HNBA 4HU7A 2K6VA 2VL3A 3VI5A 1E6BA 3GKXA 3DIEA 5J3RA 4V1Ap 2N5BA 2G2QA 4HS1A 2JSZA 2PVOC 3U6VA 1XBSA 5D9XA 5G30A 1JFUA 1K3YA 1TDIA 1JZDA 6GSYA 1Z7PA 1GNWA 1IYIA 5B6MA 3KJYA 3M9KA 2LKUA 3QDNA 4F0CA 3ZTLA 5J5NA 2CZ3A 3BBYA 1X9SB 3FRCA 4WBRD 1SJ6A 2TRXA 3GX8A 5F07A 4TR4A 1T4ZA 4HU9A 2IMFA 3LXTA 1DUGA 3VURA 2PU9C 3H93A 1Z6NA 5GZZB 3QR6A 2GSQA 2FWFA 1X9WB 4CW9A 1YY7A 2ES7A 3LYPA 3HXSA 3RHCA 1A8LA 5HR3A 4DEJA 3LXZA 1G0TA 1GTIA 4N10A 3HVVA 1MD4A 3UJ1A 2LNSA 5GAPD 1YKAA 1YJ6A 4KDYA 3KM6A 2VM1A 4O7HA 4HUAA 2E0QA 4HQSA 4HOJA 2QKEA 4MF5A 4NPBA 2FWEA 3TB2A 4JRRA 5J41A 2PUKC 1OC9B 3L9VA 3F3RA 2K18A 2CVDA 2LSTA 2DIZA 1TU8A 3PGTA 1QUWA 1BEDA 1PD21 2YP6A 6GSSA 4WETA 3TOUA 2LUSA 2LRTA 3GX0A 4IGJA 4XS1A 3HD5A 2K8SA 3K8NA 1ERVA 1ILOA 1X9MB 4QL7A 3FW2A 4ACSA 4G9HA 2YWOA 1A23A 3IC8A 3C1RA 2O8VB 2CA8A 4F0BA 4OFTA 1O85A 2OJLA 1CQHA 3MSZA 1FVKA 4PQHA 4XRDA 1DSBA 1S3AA 4MZWA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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