The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
193
|
sequence length |
629
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structure length |
526
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Chain Sequence |
LPESVSDVRFSSPQGQGESRTLTDSAGPRQITLRQFENGVTELQLSRPPLTSLVLSGGGAKGAAYPGAMLALEEKGMLDGIRSMSGSSAGGITAALLASGMSPAAFKTLSDKMDLISLLDSSNKKLKLFQHISSGFSELLLNVLPRIDSRAEPLERLLRDETRKAVLGQIATHPEVARQPTVAAIASRLQSGSGVTFGDLDRLSAYIPQIKTLNITGTAMFEGRPQLVVFNASHTPDLEVAQAAHISGSFPINVPVPEMIDKNFDSGPLRRNDNLILEFEKGWVVGVPEGLEELREQTVVVPPDEIKAHLQERLQERVGEHLEKRLQASERHTFASLDEALLALDDSMLTSVAQQNPEITDGAVAFRQKARDAFTELTVAIVSANGLAGRLKLDEAMRSALQRLDALADTPERLAWLAAELNHADNVDHQQLLDAMRGQTVQSPVLAAALAEAQRRKVAVIAENIRKEVIFPSLYRPGQPDSNVALLRRAEEQLRHATSPAEINQALNDIVDNYSTTVEMAKAWRN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Type III Secretion Effector Protein ExoU in Complex with Its Chaperone SpcU.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ExoU chaperone
|
| molecule tags |
Toxin/toxin chaperone
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
|
| total genus |
193
|
| structure length |
526
|
| sequence length |
629
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-09-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF01734 | Patatin | Patatin-like phospholipase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 | Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain | Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TU3 B; 4QMK A; 4AKX B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SVO A; 3LSZ A; 2PGT A; 5GSS A; 2WVX B; 1OE7 A; 2EFH A; 1K3L A; 1TU7 A; 3GTU B; 1G7O A; 2WW0 A; 3FR9 A; 1GUL A; 4ZB9 A; 4QQ7 A; 5B7C A; 2W9J A; 3EE2 A; 16GS A; 1VF1 A; 4PHZ C; 2OT3 A; 4UYJ B; 3HKR A; 5AGY A; 1PN9 A; 1BF5 A; 4E8H A; 5ECO B; 1GLP A; 1MD3 A; 3HJM A; 3Q74 A; 1PL2 A; 4FXY P; 2HRK A; 3LG6 A; 2R5G A; 3KMN A; 3M0F A; 1IYH A; 4IQ1 A; 4L5O A; 4MK3 A; 5A5H B; 4PUA A; 2VCW A; 5ECP B; 1GNE A; 3ERF A; 1F3B A; 1G6W A; 1K0A A; 2WW2 A; 5ECL B; 22GS A; 4OFN A; 4PKA X; 1F3A A; 1K3Y A; 5F06 A; 1R5A A; 2PMT A; 1PGT A; 1CJY A; 1UA5 A; 4AGS A; 2F8F A; 3IC8 A; 17GS A; 3GTU A; 4GYW A; 1BG1 A; 4BVX A; 5D9W A; 1PL1 A; 5J5N A; 1M0U A; 2WB9 A; 5AOX A; 2CZ2 A; 1E8O B; 3LYK A; 1OXW A; 3CSI A; 2H1L A; 2HSN B; 4GCI A; 3ZFB A; 4EDZ A; 3VCX A; 2HNL A; 3DD3 A; 3UBL A; 3UAP A; 4GLT A; 4PI0 C; 3FRC A; 2VCV A; 1HNA A; 1TXU A; 4QMK A; 3SK1 A; 5GZZ B; 1JNR B; 2VKZ G; 1YEW C; 4G0K A; 3WYW A; 2A2S A; 2EFC A; 2HSM B; 2O36 A; 2DC5 A; 1Q4J A; 3GSS A; 3VLN A; 4PGT A; 4KYI A; 10GS A; 1X4R A; 5KEJ A; 4CDR A; 2PER A; 5DJM A; 1LJR A; 2GSS A; 4GSS A; 12GS A; 4PUR A; 4EDY A; 4F03 A; 3OMS A; 5G5E A; 2WRT A; 1K0N A; 4KH7 A; 1U87 A; 4N3Z A; 6GSV A; 3ITW A; 1E8O A; 1SVL A; 3ISO A; 4YQV A; 5ECN B; 4GSN A; 1TU8 A; 4Q5Q A; 4GST A; 1FHE A; 4YAP A; 5A1N B; 3Q19 A; 1OE8 A; 1ML6 A; 2VD0 A; 3RGB C; 1GTU A; 3PE3 A; 4ZB8 A; 4MF7 A; 3ZMK A; 1DUG A; 3IK9 A; 6GSW A; 3HMJ G; 4XI9 A; 4AY6 A; 3VI7 A; 1AQW A; 1K0C A; 4MF5 A; 3C8E A; 1JZR A; 2VCZ A; 3P90 A; 2C3Q A; 1GSF A; 4HJ2 A; 1GTB A; 4MPF A; 3ZML A; 4JBB A; 3LJR A; 3AY8 A; 3R2Q A; 3UBK A; 5ECH B; 1GUH A; 2VCT A; 4YH2 A; 4GYY A; 1GNW A; 2WW3 A; 5BMU A; 3LQ7 A; 3TGZ A; 4IKH A; 4IVF A; 5LD0 A; 5ECR B; 4BL7 B; 1GUM A; 4F0B A; 5HFK A; 2FHE A; 1YVL A; 2LJR A; 3ZFL A; 5GST A; 1VF3 A; 2WW1 A; 3PGT A; 3KM6 A; 3LXZ A; 4L5L A; 1B8X A; 4RI7 A; 7GSS A; 3W8S A; 2C80 A; 1YJ6 A; 2GTU A; 3ERG A; 1HQO A; 3GH6 A; 4KDX A; 4PQH A; 4PNG A; 2EFE A; 3PPU A; 3EIN A; 2FJE B; 1OYJ A; 3F6D A; 3QR6 A; 4PX1 A; 5DJL A; 19GS A; 4PXO A; 5A4U A; 5EL8 A; 4KSM A; 2X5G A; 4ZB6 A; 3UAR A; 5ECK B; 2WDU A; 1BX9 A; 5DAL A; 2ON7 A; 4AKI A; 5EVO A; 2RSF A; 3L0H A; 4N3B A; 4JZQ A; 5D73 A; 4PI2 C; 1V2A A; 5AIS A; 3CRU A; 3IE3 A; 1JLW A; 4KAE A; 1K0D A; 2VO4 A; 5FT3 A; 3VUR A; 4HOJ A; 4MZW A; 1S4B P; 4IGJ A; 5DAK B; 1GSS A; 13GS A; 3I6A A; 2UZ8 A; 3M8N A; 3R3E A; 2VD1 A; 2CAQ A; 6GSU A; 1M99 A; 6GST A; 3U6V A; 2DSA A; 3QAG A; 2IMI A; 5F0G A; 1NHY A; 2WVX A; 4G01 A; 1GWC A; 1PD2 1; 2OAD A; 5LCZ A; 4KGI A; 4AKH A; 4FQU A; 3TOU A; 1AW9 A; 2AB6 A; 4K0N A; 1YY7 A; 4PTS A; 4AI6 A; 5J4Y A; 4GZ5 A; 5D9V A; 4KDY A; 1MTC A; 1BG5 A; 2IL3 A; 1PKW A; 4UYJ A; 3IBH A; 3VI5 A; 3VPQ A; 4ECB A; 5J47 A; 1YDK A; 5BNW A; 3GUR A; 4AY5 A; 5J40 A; 4EE0 A; 9GSS A; 4KDU A; 1QMO E; 2ON5 A; 2GDR A; 2HRA A; 2V6K A; 4USS A; 5A5H A; 2VCQ A; 1VF2 A; 2JL4 A; 4ZBB A; 4G9H A; 1YKC A; 4AKX B; 1TW9 A; 1XWK A; 3TOT A; 2FJA B; 4N3A A; 4Q5F A; 4AKG A; 1EEM A; 3SWL A; 1GTA A; 1OKT A; 1N25 A; 5C1D A; 3WD6 A; 1KBN A; 4J2F A; 2FJB B; 5D9X A; 1B4P A; 2A90 A; 2HSN A; 3M1G A; 1GSU A; 2CVD A; 1USB A; 1AQV A; 5F05 A; 3GST A; 2R6K A; 4G0I A; 5A4W A; 1HNC A; 1PX6 A; 2YCD A; 4YQU A; 5F8B A; 3LYP A; 6GSS A; 5ELA A; 1XW5 A; 4KF9 A; 1UJR A; 2HSM A; 5ECM B; 1Y6E A; 1C72 A; 1EOH A; 2AHE A; 5J41 A; 4GF0 A; 3G7J A; 2IMK A; 2YV7 A; 4NAX A; 2R4V A; 4GZ6 A; 2CZ3 A; 3GX0 A; 3UVH A; 3CBU A; 2KJZ A; 4TOP A; 1914 A; 4OFM A; 1GSQ A; 2J9H A; 5G5F A; 2OAC A; 2CAI A; 4WR5 A; 5JCW A; 4E68 A; 2C4J A; 2OA7 A; 4MP4 A; 4DEJ A; 2EFD A; 4OFT A; 3CWG A; 2N5F A; 5A1N A; 1GUK A; 3VWX A; 3N5O A; 1GLQ A; 2C8U A; 5FWG A; 1N2A A; 3KMO A; 1U3I A; 3F63 A; 2NTO A; 2WZS A; 2CA8 A; 3BBY A; 4HZ4 A; 2DK6 A; 3LFL A; 4ECC A; 2GSR A; 4ISD A; 5ECQ B; 5J4U A; 2GST A; 11GS A; 4IQA A; 3O76 A; 3HJO A; 2YV9 A; 5DQS A; 1EV9 A; 1EV4 A; 2X5T A; 4HI7 A; 1VF4 A; 5DDL A; 1RK4 A; 2FJD B; 3I69 A; 3RBT A; 4YAV A; 4BL7 A; 1F2E A; 2X64 A; 1BYE A; 4NHW A; 4BVY B; 1AXD A; 5D9T A; 4OMV A; 4YQM A; 3Q18 A; 4IBP A; 1U7I A; 4CHS A; 4HZ2 A; 1GSD A; 4O7H A; 4BVX B; 4UYK B; 5A34 B; 2WS2 A; 5AOX B; 5AIV A; 2O5V A; 5A4V A; 3FYG A; 3CSH A; 3MDK A; 4Q5N A; 3LXT A; 2GSQ A; 4GDF A; 4ZBD A; 4PNF A; 4N39 A; 1K0M A; 2C3T A; 3PR8 A; 1Z9H A; 2VCX A; 1V40 A; 4EXJ A; 2HQT A; 4GZ3 A; 3DGQ A; 5A5K A; 5ECI B; 5ELG A; 3P8W A; 4LMV A; 1M9B A; 2PBJ A; 3O3T A; 4LMW A; 4BVY A; 4IW9 A; 4N3C A; 4GTU A; 5DAK A; 4WR4 A; 4Q5R A; 4ECJ A; 1BAY A; 5DCG A; 5AIX A; 3IK7 A; 4UYK A; 4ID0 A; 1GTI A; 5A34 A; 1PA3 A; 1EOG A; 1YQ1 A; 3RFR C; 1LBK A; 2F3M A; 2K4N A; 4ACS A; 1JNZ B; 1K0B A; 1GSE A; 1M9A A; 3CHX C; 4JED A; 2GLR A; 1K3O A; 1PX7 A; 4EC0 A; 18GS A; 5IQY A; 4MPG A; 2O3E A; 6GSX A; 3CRT A; 1HNB A; 5EY6 A; 1XW6 A; 1G6Y A; 1SVM A; 3KXO A; 4IS0 A; 4RI6 A; 2PVQ A; 3KTL A; 4G10 A; 3MAK A; 2WJU A; 2A2R A; 2FNO A; 14GS A; 1GSY A; 3FR3 A; 4PKB A; 8GSS A; 3GYX B; 1IYI A; 6GSY A; 3G7I A; 1ZGN A; 5JCU A; 2UV8 G; 2WVY A; 5BMU B; 3NIV A; 4E8E A; 5F07 A; 1K0O A; 4KX4 A; 4ECI A; 2WVZ A; 2X5H A; 4IEL A; 4AKF A; 3TU3 B; 3CSJ A; 3KJY A; 1U88 A; 2R3X A; 4ZBA A; 3FY7 A; 1B48 A; 4L8E A; 3TAX A; 1PMT A; 5AN1 A; 4O92 A; 4F0C A; 1AQX A; 3VK9 A; 4K0G A; 1XWG A; 3VPT A; 3QAW A; 1E6B A; 4I97 A; 4G19 A; 4MF6 A; 5ECS A; 3PE4 A; 4ZB7 A; 4PK9 A; 3FR6 A; 5DAL B; 1TDI A; 2C3N A; 3GUS A; 4XIF A; 1MD4 A; 4IJI A; 4KE3 A; 3H1N A; 3M3M A; 4NHZ A; 4N0V A; 5FHI A; 1FW1 A; 20GS A; 4G0L A; 2HRK B; 5J4V A; 4ZXG A; 3F6F A; 3N9J A; 3D0Z A; 3BT3 A; 4MDC A; 4W66 A; 1ZL9 A; 3IR4 A; 1A0F A; 1Y1U A; 4PQI A; 1PKZ A; 3QAV A; 2D2Z A; 3V3L A; 2AAW A; 1JLV A; 2FFG A; 1I1I P; #chains in the Genus database with same CATH homology 1SVO A; 3LSZ A; 2PGT A; 5GSS A; 1OE7 A; 2EFH A; 1K3L A; 1TU7 A; 3GTU B; 1G7O A; 3FR9 A; 1GUL A; 4ZB9 A; 4QQ7 A; 5B7C A; 2W9J A; 3EE2 A; 16GS A; 1VF1 A; 2OT3 A; 4UYJ B; 3HKR A; 5AGY A; 1PN9 A; 1BF5 A; 4E8H A; 5ECO B; 1GLP A; 1MD3 A; 3HJM A; 3Q74 A; 1PL2 A; 2HRK A; 3LG6 A; 2R5G A; 3KMN A; 3M0F A; 1IYH A; 4IQ1 A; 4L5O A; 4MK3 A; 5A5H B; 4PUA A; 2VCW A; 5ECP B; 1GNE A; 3ERF A; 1F3B A; 1G6W A; 1K0A A; 5ECL B; 22GS A; 4OFN A; 4PKA X; 1F3A A; 1K3Y A; 5F06 A; 1R5A A; 2PMT A; 1PGT A; 1CJY A; 1UA5 A; 4AGS A; 2F8F A; 3IC8 A; 17GS A; 3GTU A; 4GYW A; 1BG1 A; 4BVX A; 5D9W A; 1PL1 A; 5J5N A; 1M0U A; 2WB9 A; 5AOX A; 2CZ2 A; 1E8O B; 3LYK A; 1OXW A; 3CSI A; 2H1L A; 2HSN B; 4GCI A; 3ZFB A; 4EDZ A; 3VCX A; 2HNL A; 3DD3 A; 3UBL A; 3UAP A; 4GLT A; 3FRC A; 2VCV A; 1HNA A; 1TXU A; 4QMK A; 3SK1 A; 5GZZ B; 1JNR B; 2VKZ G; 4G0K A; 3WYW A; 2A2S A; 2EFC A; 2HSM B; 2DC5 A; 1Q4J A; 3GSS A; 3VLN A; 4PGT A; 4KYI A; 10GS A; 1X4R A; 5KEJ A; 4CDR A; 2PER A; 5DJM A; 1LJR A; 2GSS A; 4GSS A; 12GS A; 4PUR A; 4EDY A; 4F03 A; 3OMS A; 5G5E A; 2WRT A; 1K0N A; 4KH7 A; 1U87 A; 4N3Z A; 6GSV A; 3ITW A; 1E8O A; 1SVL A; 3ISO A; 4YQV A; 5ECN B; 4GSN A; 1TU8 A; 4Q5Q A; 4GST A; 1FHE A; 4YAP A; 5A1N B; 3Q19 A; 1OE8 A; 1ML6 A; 2VD0 A; 1GTU A; 3PE3 A; 4ZB8 A; 4MF7 A; 3ZMK A; 1DUG A; 3IK9 A; 6GSW A; 3HMJ G; 4XI9 A; 4AY6 A; 3VI7 A; 1AQW A; 1K0C A; 4MF5 A; 3C8E A; 1JZR A; 2VCZ A; 3P90 A; 2C3Q A; 1GSF A; 4HJ2 A; 1GTB A; 4MPF A; 3ZML A; 4JBB A; 3LJR A; 3AY8 A; 3R2Q A; 3UBK A; 5ECH B; 1GUH A; 2VCT A; 4YH2 A; 4GYY A; 1GNW A; 5BMU A; 3LQ7 A; 3TGZ A; 4IKH A; 4IVF A; 5LD0 A; 5ECR B; 4BL7 B; 1GUM A; 4F0B A; 5HFK A; 2FHE A; 1YVL A; 2LJR A; 3ZFL A; 5GST A; 1VF3 A; 3PGT A; 3KM6 A; 3LXZ A; 4L5L A; 1B8X A; 4RI7 A; 7GSS A; 3W8S A; 2C80 A; 1YJ6 A; 2GTU A; 3ERG A; 1HQO A; 3GH6 A; 4KDX A; 4PQH A; 4PNG A; 2EFE A; 3PPU A; 3EIN A; 2FJE B; 1OYJ A; 3F6D A; 3QR6 A; 4PX1 A; 5DJL A; 19GS A; 4PXO A; 5A4U A; 5EL8 A; 4KSM A; 2X5G A; 4ZB6 A; 3UAR A; 5ECK B; 2WDU A; 1BX9 A; 5DAL A; 2ON7 A; 4AKI A; 5EVO A; 2RSF A; 3L0H A; 4N3B A; 4JZQ A; 5D73 A; 1V2A A; 5AIS A; 3CRU A; 3IE3 A; 1JLW A; 4KAE A; 1K0D A; 2VO4 A; 5FT3 A; 3VUR A; 4HOJ A; 4MZW A; 4IGJ A; 5DAK B; 1GSS A; 13GS A; 3I6A A; 2UZ8 A; 3M8N A; 3R3E A; 2VD1 A; 2CAQ A; 6GSU A; 1M99 A; 6GST A; 3U6V A; 2DSA A; 3QAG A; 2IMI A; 5F0G A; 1NHY A; 4G01 A; 1GWC A; 1PD2 1; 2OAD A; 5LCZ A; 4KGI A; 4AKH A; 4FQU A; 3TOU A; 1AW9 A; 2AB6 A; 4K0N A; 1YY7 A; 4PTS A; 4AI6 A; 5J4Y A; 4GZ5 A; 5D9V A; 4KDY A; 1MTC A; 1BG5 A; 2IL3 A; 1PKW A; 4UYJ A; 3IBH A; 3VI5 A; 3VPQ A; 4ECB A; 5J47 A; 1YDK A; 5BNW A; 3GUR A; 4AY5 A; 5J40 A; 4EE0 A; 9GSS A; 4KDU A; 1QMO E; 2ON5 A; 2GDR A; 2HRA A; 2V6K A; 4USS A; 5A5H A; 2VCQ A; 1VF2 A; 2JL4 A; 4ZBB A; 4G9H A; 1YKC A; 4AKX B; 1TW9 A; 1XWK A; 3TOT A; 2FJA B; 4N3A A; 4Q5F A; 4AKG A; 1EEM A; 3SWL A; 1GTA A; 1OKT A; 1N25 A; 5C1D A; 3WD6 A; 1KBN A; 4J2F A; 2FJB B; 5D9X A; 1B4P A; 2A90 A; 2HSN A; 3M1G A; 1GSU A; 2CVD A; 1USB A; 1AQV A; 5F05 A; 3GST A; 2R6K A; 4G0I A; 5A4W A; 1HNC A; 1PX6 A; 2YCD A; 4YQU A; 5F8B A; 3LYP A; 6GSS A; 5ELA A; 1XW5 A; 4KF9 A; 1UJR A; 2HSM A; 5ECM B; 1Y6E A; 1C72 A; 1EOH A; 2AHE A; 5J41 A; 4GF0 A; 3G7J A; 2IMK A; 2YV7 A; 4NAX A; 2R4V A; 4GZ6 A; 2CZ3 A; 3GX0 A; 3UVH A; 3CBU A; 2KJZ A; 4TOP A; 1914 A; 4OFM A; 1GSQ A; 2J9H A; 5G5F A; 2OAC A; 2CAI A; 4WR5 A; 5JCW A; 4E68 A; 2C4J A; 2OA7 A; 4MP4 A; 4DEJ A; 2EFD A; 4OFT A; 3CWG A; 2N5F A; 5A1N A; 1GUK A; 3VWX A; 3N5O A; 1GLQ A; 2C8U A; 5FWG A; 1N2A A; 3KMO A; 1U3I A; 3F63 A; 2NTO A; 2CA8 A; 3BBY A; 4HZ4 A; 2DK6 A; 3LFL A; 4ECC A; 2GSR A; 4ISD A; 5ECQ B; 5J4U A; 2GST A; 11GS A; 4IQA A; 3O76 A; 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