2VD0A

Complex structure of prostaglandin d2 synthase at 2.2a.
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
198
structure length
198
Chain Sequence
PNYKLTYFNMRGRAEIIRYIFAYLDIQYEDHRIEQADWPEIKSTLPFGKIPILEVDGLTLHQSLAIARYLTKNTDLAGNTEMEQCHVDAIVDTLDDFMSCFPWAEKKQDVKEQMFNELLTYNAPHLMQDLDTYLGGREWLIGNSVTWADFYWEICSTTLLVFKPDLLDNHPRLVTLRKKVQAIPAVANWIKRRPQTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
publication title Novel Prostaglandin D Synthase Inhibitors Generated by Fragment-Based Drug Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTATHIONE-REQUIRING PROSTAGLANDIN D SYNTHASE
total genus 75
structure length 198
sequence length 198
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date 2007-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02798 GST_N Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A PF14497 GST_C_3 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1050.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 2vd0A02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vd0A01
5GAPD 3ERGA 3SBCA 1SKWB 3W6GA 4ML6A 3ZZXA 3FK8A 4KF9A 2VCZA 1YEXA 2VCXA 5FT3A 5CREA 5HFGA 1DE1A 3IBHA 2QSIA 2HYXA 4F0BA 3LQ7A 4WXTA 4RQXA 1RQMA 3EURA 3FRCA 1OC9B 3GN3A 3HY2A 4AJ7A 1K0NA 3FZ5A 5IO2A 3LG6A 4K7OA 4PURA 1GTIA 5IMDA 2DJ1A 5HFIA 2LJKA 3O6TA 3PPUA 4GSTA 3F4RA 4AGSA 1V2AA 1FG4A 4KDYA 1HNBA 3VPQA 3EWLA 4QL7A 4YQMA 1Z7PA 4YAVA 2FY6A 4HJMA 2REMA 3VFIA 4KSMA 3M1GA 4ECJA 3L9SA 3HVXA 1W4VA 5CRGA 2VIMA 4TXVA 5DJLA 2EIOA 1UN2A 1O73A 1V98A 4ILFA 2CQ9A 2Z9SA 4NAXA 1BG5A 3F3RA 4F0CA 3G7YA 4MMMA 1TU8A 1K0BA 2LJRA 4IELA 2H1BA 2VCWA 5ECQB 2J23A 2IFQA 4Q5FA 1G7OA 3EMPA 5G1KA 2CZ2A 2RM5A 4EE0A 1TK8B 2H01A 2H1GA 5CO3A 3IHQA 2VD1A 3BCKA 3DYRA 2NTOA 1X9WB 3W8JA 1A2LA 2R4VA 1R5PA 2HLSA 4MCUA 5DDLA 2EC4A 1T7PB 2VLUA 2IFQB 2L5OA 3TUEA 3EINA 3HA9A 4F03A 1TOFA 1JFUA 3ZVJA 3RHBA 1AUCA 1F9MA 3P90A 2CT6A 5IMZA 3APSA 4ZXGA 3E9JB 2TRCP 1DSBA 2OE3A 3UL3A 5J41A 4GCIA 1G6YA 1EGOA 4J57E 4TXOA 4KB3A 1NM3A 3KMOA 2G2QA 4OMVA 1FVKA 1DBYA 3A2VA 5CNWA 1GSQA 1XXUA 1YY7A 2WFCA 1F6MC 2C3TA 1XWKA 5A4UA 2B5XA 2K18A 3F4TA 1GNEA 3R2QA 4HZ4A 2N5AA 2DLXA 2H70A 2DIZA 3P8WA 4KDUA 3TOUA 4TXOB 1X9MB 4O7HA 5ECMB 4FYUA 3H8QA 1PX6A 2FA4A 2P31A 4ID0A 3QR6A 2XC2A 4N11A 3ZIVA 5H5QA 2C0EA 1PX7A 3F6FA 1VF2A 2V6OA 2C8UA 4HDEA 4D73A 1WIKA 2IMIA 1LU4A 1V57A 2XPEA 3TKRA 2DMMA 5ECHB 5KN3A 4GSSA 2H6YA 2CZ3A 3IAS2 2L59A 2OJLA 2E0QA 4MZBA 1FAAA 3CBUA 1AQXA 2O8VB 1T00A 3ZLPA 1VF4A 5D93A 3ZYWA 4OO4A 4MZCA 4D73B 1BX9A 4G9HA 1Y25A 1ERWA 3M8NA 2X64A 1OC3A 3L0HA 4KGIA 4PGTA 2B5YA 2AYTA 2CVBA 4EXJA 2R3XA 4WBJA 4XS6A 1FHEA 1AC1A 4EF0A 2R37A 3GMFA 4O92A 4MPFA 1ML6A 1YDKA 4HQSA 3VWXA 4L8EA 1EEJA 5C04A 2VOCA 1Q4JA 4IW9A 3GH6A 1OKDA 2YOIA 4NV2A 2G0FA 4IGJA 3CMIA 3TJJA 2DJ0A 3IR4A 4HU7A 4P3YB 4FYBA 2LUSA 1BEDA 3LYKA 4WF4A 2A2RA 2PVQA 3RHCA 3KM6A 4MZWA 1OYJA 1YKCA 5A4VA 1NW2A 2YV7A 3GURA 2HRKA 3ZREA 1TKDB 3A5WA 2CVKA 3C73A 1YQ1A 2M80A 4I5QA 2DSAA 2B3SA 3J7Yk 5EL8A 2H1AA 1A2MA 3QDNA 3VPTA 4POMA 3WT2A 1AW9A 2F9SA 2YZUA 1MEKA 2LNTA 3DXBA 3W8SA 2GZYA 3C1SA 3L78A 1BYEA 2VAFA 3PR8A 1X5CA 17GSA 1X0RA 2HRKB 1FB6A 1TK5B 1S3CA 3APOA 3F9UA 1O7UA 1SKSB 3KGKA 1SKRB 2LSTA 2DMLA 2P5QA 4ZL8A 4ZBBA 3P2AA 3CRUA 3HJMA 4MPGA 4N10A 5HR2A 3RPNA 3TJFA 2YJHA 2GT6A 4X1UA 5D73A 1EOHA 1THOA 1K3OA 5COHA 1PKWA 4WKWA 2IL3A 4PXOA 3DVWA 3D22A 4IN0A 3WYWA 4WF5A 11GSA 1YZXA 4POKA 2CX4A 2MMOA 3GX0A 4JEDA 1EZKA 1M99A 3FR6A 5F0GA 2VCQA 1K0CA 2H66A 1E6BA 2ON7A 1XCCA 2C0DA 3CYNA 3KEBA 3F0IA 4EL1A 4HU9A 4MF7A 5ECPB 5KN0A 1EEMA 2IMKA 5C00A 3ISOA 4O5RA 2V2GA 3UEMA 4FO5A 5D9VA 1SL2B 1GRXA 1XZOA 5DALA 1X5DA 3GKMA 7GSSA 5F06A 1TRSA 3I9V2 1GNWA 2GSSA 5DCGA 2D2ZA 4PX1A 12GSA 6GSUA 1TP9A 3RPPA 3L4NA 1X5EA 4TRXA 4JR4A 2HSMA 2HNLA 4TN8A 1ZYQB 4L0WA 3GSSA 1GSUA 1O6JA 3TKPA 2WRTA 2VM1A 4Q5NA 5EPFA 5ECOB 2DJ3A 4TKYA 4GF0A 5DALB 4OD7A 2IWTA 5E4WA 3DD3A 3UJ1A 3FZ9A 2PBJA 2GQMA 3KIJA 5DBQA 1K0MA 3EC3A 2WS2A 1RW1A 1F2EA 2L57A 1GH2A 3ERFA 3D5JA 4K7NA 2HSMB 2PWJA 1K3YA 1DE2A 3D4TA 1TJDA 5ECLB 3GSTA 2PPTA 5CAXA 3UARA 5E59A 2KP2A 3EE2A 2TRXA 3KCMA 1VRSD 3LORA 2L4CA 1JHBA 5HR0A 4TVEA 5IOWA 3TJGA 5AIVA 2P5RA 4GTUA 2JADA 3VI5A 2HFDA 5KN1A 8GSSA 4ZB9A 2IMEA 5BMUA 4LL4B 3BBYA 1GSSA 3TRPA 1WPIA 1BJXA 1GUKA 3KH7A 5IMVA 3M9KA 1GUMA 5H5RA 2YNXA 1M2DA 3TOTA 3VURA 3QAGA 3VWVA 4CHSA 1TRVA 1R7HA 2F51A 3C8EA 1EV9A 2GQLA 2R6KA 3R3EA 5CRDA 4YQUA 3GIXA 4ZBDA 3VLNA 2VLTA 19GSA 1PMTA 2AB6A 5LCZA 4AJ6A 4HQZA 1J9BA 1PGTA 2CVDA 4PNFA 2AJQB 5HQPA 4HZ2A 3FR9A 3QAVA 4IVFA 1ZGNA 5DAKA 5J9CA 2ZNMA 2B7KA 2KUCA 4F82A 2TIRA 4G0LA 3GRXA 3KJYA 3VWUA 2E2GA 1K0OA 3S9FA 1SENA 18GSA 1TRWA 2B7JA 5GAND 4CW9A 3PGTA 4RI6A 1NHOA 2QGVA 4JE1A 2OE1A 3WGEA 3KD0A 1VF1A 3ZRDA 3TKQA 3F8UA 2X8HA 5DAKB 4MH2A 3BCIA 4KAEA 1QUWA 2GLRA 1XOAA 2LQQA 2FUG2 1XWGA 4F2IA 5AN1A 4V2MA 3GV1A 2HRAA 1YF0A 2ZUPA 1XWCA 5HFKA 3ZVJD 13GSA 3IRAA 3QFBC 3FR3A 1T1VA 2FCHA 4BVYA 2GZPA 4Q5QA 1KBNA 1QK8A 2PU9C 4GSNA 1T8EB 2H6ZA 1FW1A 2GDRA 1V40A 1Q98A 5DCHA 2GVPA 1YF1A 3HXSA 4POLA 2MMNA 2P0GA 1Z3EA 4KA0A 4IP1A 1J08A 4LMVA 1A8YA 4LA1A 2HSNB 3FZ4A 3QOUA 4EDYA 4G19A 1I5GA 2VO4A 4WR4A 4BVYB 6GSWA 1PRXA 4J56E 4FYCA 4KDXA 3Q19A 3J7Yb 4KX4A 2XHFA 1M2BA 1NHYA 2PGTA 3C7MA 2FWEA 3A2WA 1RK4A 3IXRA 5JCGA 3G7JA 5B8AA 4V2NA 3N5OA 4MJBA 2HQTA 1SK2A 2LRCA 4LLRA 2M46A 2H6XA 3BD2A 2GSRA 4DSQA 3CSJA 5D8IA 3TGZA 3WGDA 1BQ7A 1LBKA 2ES7A 1AXDA 4JBBA 1JZOA 3APQA 3I43A 3DVXA 1PN9A 4QQ7A 2B1LA 2H0HA 2LV3A 2O7KA 1B9YC 1XW6A 3LSZA 3D0ZA 5GSSA 1A0FA 2FD3A 2JSZA 3RBTA 2WGRA 1AAZA 1O8XA 4I2UA 1FB0A 3ZMLA 1FO5A 2JZTA 3C1RA 1GTUA 1B4QA 1GSYA 4MLYA 2A2SA 3TB2A 2RLIA 3IOSA 1R5AA 3HZ4A 5ENUA 2NVLA 5G30A 2X8CA 4MJCA 4ZBAA 5KEJA 1EP8A 2YPMA 3GTUA 5GZZB 5IPGA 1WRYA 2I9HA 3BJ5A 1CQHA 1Z7RA 2YWOA 2H72A 1DUGA 2R2JA 1ACVA 1AQVA 4PNGA 1GP1A 3KP8A 1J0FA 1XWBA 2VL3A 5ECKB 2JL4A 4JRRA 1XVQA 4QL9A 3KTBA 2PERA 3GTUB 2LRNA 1O8WA 4OFMA 5ELGA 3CSHA 1AIUA 4HOJA 5A4WA 1CQGA 2BJXA 2X8GA 1SU9A 1W89A 4BL7A 4IJ3A 2QKEA 2YWNA 2LS5A 1SD8A 1S3DA 3SWLA 3GL3A 4AF2A 2F8FA 2IMDA 4XRDA 2ALBA 2E2MA 3WGXA 2OBKA 1A2JA 1K0AA 1UVZA 4ISDA 1PQNA 3TDGA 3A2XA 3P7XA 3KMNA 3M9JA 4DEJA 5D96A 3LJRA 1U6TA 3IK9A 4BL7B 2OADA 2C1YA 1MTCA 1ON4A 4HEA2 2VCVA 4JZQA 4OWYA 2NPBA 1PD21 4GXZA 2YZHA 2CA8A 1QFNA 4K9ZA 3UMAA 4CDOA 1ERUA 2PUKC 4KSOA 2KOKA 1Z5YE 1HQOA 3GH9A 4NV5A 2HXKA 3RAZA 3FEUA 22GSA 4ECCA 2O87A 1A24A 2WULA 4X0XA 3UVTA 1ILOA 4OO5A 1M7TA 3QCPA 14GSA 1KTEA 4GWRA 4BPYA 2LTKA 3CXGA 4KE3A 2OE0A 4TR4A 2L6CA 3F3QA 3TRQA 2CV4A 2JZSA 2YN1A 3MSZA 2NBSA 2DJJA 1E2YA 4GRFA 1B9XC 3NIVA 1OKTA 3VI7A 3GFKA 3QD9A 3NOFA 3GL5A 4V1Ap 4FH8A 4NHZA 2C0GA 3GKXA 2IN3A 1SD9A 4K1FA 3TKSC 5ABRA 4G10A 4MF6A 1ERVA 2CAIA 1YJ6A 3IV4A 4EO3A 1S3AA 2OKAA 1GSDA 4IP6A 3O76A 2MBTA 3QFAC 4KW6A 4MDCA 2EIQA 2RIIA 5EVOA 2IPAA 1XW9A 2K8VA 1HYUA 2LNSA 4ZILA 1XBSA 2K6VA 2V6KA 3ZFBA 1U88A 5L71A 10GSA 3D6IA 5G1LA 3KTLA 2L5LA 1SYRA 1C72A 3F4SA 2MYGA 2JACA 4K0GA 1TTZA 2JU5A 1ABAA 4IQ1A 5ID2A 2FHEA 5HR3A 1EOGA 4KH7A 3MNGA 1ERTA 1FOVA 2LRTA 1GWCA 1H4OA 1XWAA 2V1MA 4GQCA 1GTBA 4E8EA 1TXXA 3EVIA 2HSYA 2IMFA 3C71A 6GSVA 2FNOA 3LEFA 4BWQA 1TK0B 1B4PA 3QPMA 3Q18A 5ID2B 4PUAA 4OFTA 2IJYA 3TCOA 2HE3A 2A4VA 4I6XA 2VL2C 2VM2A 5AGYA 3H1NA 4ECIA 3GHAA 5IMFA 3M0FA 4JR6A 5JWQB 4HI7A 2I3YA 1G0TA 1F3AA 2RUFA 1VF3A 4YQVA 1NSWA 5ECSA 2B1KA 2FWFA 4ZL7A 2IIYA 1KEBA 5IOXA 3PH9A 3F63A 3IE3A 5KN2A 2GQKA 2MMAA 2AV4A 2HRNA 3CTFA 3TRXA 5LNKe 1V9WA 2HZEA 3V1WA 4RI7A 5LD0A 1O85A 1R4WA 3ZFLA 4K6XA 2LKUA 3HHVA 4ULXA 4XRAA 1U3AA 3IC4A 4TR1A 1MDKA 3HVSA 2CAQA 2KP1A 1SJIA 2WDUA 3UVHA 4K7IA 3FW2A 1U3IA 5JWRB 2MBSA 4DSSA 2HT9A 2YJ7A 5IIZA 4WBRD 1XOBA 5A5KA 2HZEB 1BAYA 5F05A 4ZL9A 5J3RA 5JWOB 3L9VA 4TW5A 3VWWA 3M3MA 4E8HA 4TR1B 5D9TA 4PUFC 2ON5A 1WOUA 1EP7A 2F3MA 4POBA 3MAKA 5B7CA 2VLVA 3EMXA 4LL1B 5FHIA 2YV9A 2H0IA 1TW9A 1V58A 3US3A 1R26A 4DSSB 4G0IA 4N0VA 5DQSA 5G5EA 3BOAA 2FA8A 1T4YA 1THXA 4IQAA 5EY6A 2BMXA 1N8JA 2H73A 2J9HA 3OR5A 5IM9A 1USBA 1GTAA 2YCDA 2UZ8A 1ZMAA 3LGCA 4NPBA 3QAWA 5H5SA 4XIHA 5IMAA 3IAM2 2MMZA 2DJKA 3GNJA 5IO0A 3KP9A 1SK1A 4F9ZA 2B6MA 1G7EA 5CYYA 1A0RP 3UIWA 2VCTA 4K0NA 5ECRB 4IHUA 2H1DA 1TI1A 2XPDA 1LJRA 1HD2A 1EV4A 3LXTA 4N0ZA 4IS0A 3GX8A 1EWXA 5B6MA 1PA3A 3DMLA 2LQOA 2GZZA 3KZQA 1ZZYA 1A23A 2B5EA 2NDOA 4BWSA 4Q5RA 1ZCPA 5ECIB 3TKSE 3IA1A 3L9UA 4MJAA 1B48A 1K3LA 4EUYA 3CSIA 3MWHA 4KNDA 1HNCA 4GLTA 1HNAA 3I69A 1TDIA 1Z6MA 3MDKA 2I1UA 4G2EA 1VGLA 3HJOA 3A3TA 2WZ9A 2X99A 3Q74A 5JCUA 3DGQA 3ME8A 3K8NA 1MD4A 4BVXA 3IDVA 1WE0A 2KHPA 2HZFA 2H75A 5INYA 1JZWA 20GSA 3FY7A 5DQYA 4L5LA 2HSHA 1SJ6A 3ZL5A 4MH3A 1JLVA 4DVCA 4ECBA 3PINA 2YP6A 2KLXA 4NHWA 3HZ8A 1A8LA 1GUHA 2O85A 4FQUA 2K8SA 3UAPA 1OC8A 2FWHA 4L5OA 1JZRA 4H86A 1OAZA 4ACSA 3Q6OA 3ZIJA 3LWAA 5CRHA 4BVXB 2H19A 2I4AA 2C3NA 3ME7A 2O89A 2MZCA 4WETA 1Z6NA 1WMJA 2WJUA 1GLQA 3LYPA 2DC5A 5F07A 1Z9HA 4J2FA 1WWJA 5JCWA 2N5BA 2QC7A 2C4JA 5IMCA 2FWGA 3AY8A 2N5FA 1MDJA 1GLPA 4EVMA 6GSTA 4V1Ag 3ZMKA 3HJPA 2WCIA 1URMA 3HCZA 3UBKA 3E0UA 5CP1A 3NZNA 3HKRA 6GSSA 1WP0A 1KNGA 5G5FA 4LMWA 1M0UA 2E7PA 1I9DA 1WJKA 3GA4A 1FVJA 3ZTLA 4PQHA 1ZYEA 3WT1A 5FWGA 4YAPA 3U6VA 2XBIA 3O3TA 1U87A 4MP4A 4MA9A 5F8BA 1SL0B 4KCAA 2V41A 3FKFA 1GSFA 1XPVA 2RUEA 3CRTA 9GSSA 4IKHA 3FZAA 3IK7A 4NMUA 1N2AA 4MABA 2GGTA 3H93A 2FGXA 3LFLA 1MD3A 2DBCA 1F37A 2H76A 3G9BA 16GSA 2CX3A 3VK9A 3TJBA 2C0FA 1F3BA 4PQIA 2HRFA 1XVWA 4NXIA 5DVBA 4BA7A 4WEYA 2BTOT 3E3EA 5J5NA 2ZCTA 4XTSA 3UBLA 5IQYA 5AISA 4L0UA 1T3BA 2GTUA 2C3QA 5GSTA 1ZOFA 3EU3A 4AJ8A 1SK0A 4WR5A 3CTGA 1G6WA 3DWVA 4ZIJA 3EU4A 2OACA 1TI3A 4YH2A 3HVVA 1PSQA 1PL1A 3DKSA 1GULA 3RDWA 5J9BA 2OBIA 4MF5A 4ZB6A 1JLWA 4XHMA 2XBQA 4JU5A 4X43A 1XIYA 2JSYA 1ZL9A 4TR3A 2OA7A 3GKKA 3HD5A 4XS4A 1QGVA 3WD6A 4OFNA 4IBPA 3GYKA 4I97A 1M9BA 4MJEA 3DEXA 2PN8A 5D9WA 2DIYA 3DIEA 2HI7A 2GSQA 2F8AA 4PTSA 1B8XA 3IC8A 1X9SB 4HUAA 1UA5A 3ZITA 1ST9A 1IYHA 4XS4B 1OE8A 3ERWA 2H71A 6GSYA 2YWMA 1TU7A 1YKAA 2AAWA 1YEPA 2YANA 3FYGA 2AHEA 1PL2A 1SL1B 4O32A 3TKSA 1UC7A 4Z7XA 3LXZA 2FLSA 3I6AA 4USSA 5J4UA 2I81A 3DRNA 5DJMA 2K9FA 4K8MA 1EGRA 5ECNB 2AUVA 1K0DA 4G0KA 2C80A 4HS1A 4N30A 4KCEA 2YWIA 4FIWA 3F6DA 3EYTA 4ZB8A 5CRWA 5B6NA 3N9JA 4DSRA 2DJ2A 4RQRA 3TJKA 4EKZA 1MDIA 3KXOA 2H30A 4XS1A 4OCEA 1QMVA 2VUPA 4HJ2A 2VD0A 2RM6A 4K2DA 3HDCA 2V32A 2VL9A 4IJIA 1SYXA 1PKZA 1SJZA 4EDZA 2EIRA 3ED3A 2L4QA 3D21A 1GL8A 3D4MA 2LJAA 1OE7A 3FHKA 3IPZA 1Y6EA 2GSTA 2LEGA 4I2TA 5AIXA 3HYPA 4MK3A 5IPHA 3G7IA 4TOPA 5ELAA 3H4KA 2PMTA 1TRUA 4GQFA 1IYIA 3U5RE 2GT5A 6GSXA 3JCML 2L6DA 5HR1A 4XCSA 3QMXA 2H0GA 4PQ1A 4KUNA 1O81A 4TR0A 4V2LA 3H79A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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