The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
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sequence length |
121
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structure length |
121
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Chain Sequence |
MSDLVTKFESLIISKYPVSFTKEQSAQAAQWESVLKSGQIQPHLDQLNLVLRDNTFIVSTLYPTSTDVHVFEVALPLIKDLVASSKDVKSTYTTYRHILRWIDYMQNLLEVSSTDKLEINH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of yeast aminoacyl-tRNA synthetase complex formation revealed by crystal structures of two binary sub-complexes.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase/rna binding protein
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Glutamyl-tRNA synthetase, cytoplasmic
|
| total genus |
34
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| structure length |
121
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| sequence length |
121
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YV9 A; 1OE7 A; 2VCT A; 3FRC A; 5ECO B; 5DJL A; 3RBT A; 5ELA A; 1YDK A; 4IBP A; 1MTC A; 4OMV A; 1PA3 A; 3AY8 A; 4MF5 A; 4KDX A; 4ECB A; 2DSA A; 3IE3 A; 6GSS A; 4HJ2 A; 1N2A A; 1PMT A; 5ECS A; 3ZML A; 5ECM B; 4BL7 A; 1F3A A; 3KM6 A; 3P8W A; 1GSU A; 4GCI A; 5EVO A; 1TU7 A; 1BYE A; 2HQT A; 3DD3 A; 5LCZ A; 1FW1 A; 3HJO A; 3UBL A; 2CAQ A; 4KE3 A; 3WYW A; 3KMN A; 4K0N A; 3R2Q A; 5GST A; 1DUG A; 2HNL A; 3N5O A; 3QR6 A; 4HOJ A; 4OFM A; 1XWG A; 10GS A; 6GSY A; 3MAK A; 1AXD A; 4YAV A; 4MP4 A; 2HSM A; 1LBK A; 3QAV A; 4MF6 A; 1OE8 A; 5A4V A; 1M0U A; 1R5A A; 3GTU A; 4KAE A; 1GSY A; 4MPF A; 3FY7 A; 2PGT A; 3M8N A; 4PUR A; 1MD4 A; 3KTL A; 2ON7 A; 1PL2 A; 4Q5N A; 2R5G A; 3F63 A; 1EEM A; 2GSQ A; 1ZL9 A; 3IK9 A; 1HNC A; 4BL7 B; 2FHE A; 2PVQ A; 4IGJ A; 3I69 A; 4LMV A; 3Q19 A; 5AGY A; 3M1G A; 1GSD A; 3CSH A; 1U87 A; 3FR3 A; 1G7O A; 4PNF A; 4I97 A; 2VCX A; 2NTO A; 4G19 A; 4IEL A; 1GTA A; 1NHY A; 4IJI A; 4KX4 A; 4BVX A; 1PKW A; 2GSS A; 2F3M A; 4YH2 A; 3SWL A; 4Q5R A; 3IC8 A; 2HSM B; 3UBK A; 2VCZ A; 3BBY A; 4CHS A; 2CZ2 A; 1YJ6 A; 2PER A; 4IVF A; 3G7J A; 1Q4J A; 3GTU B; 4IQ1 A; 5FHI A; 2DC5 A; 4L5L A; 4GSS A; 5F07 A; 5AIV A; 5F05 A; 2A2R A; 2C80 A; 3PGT A; 2VD0 A; 3CRU A; 6GSW A; 3TGZ A; 1EV9 A; 4KF9 A; 2C8U A; 4IS0 A; 1XWK A; 4MZW A; 1TU8 A; 3O3T A; 2OAC A; 3HKR A; 4KSM A; 1PKZ A; 3L0H A; 4ECC A; 1PD2 1; 1LJR A; 4NAX A; 3NIV A; 1VF4 A; 6GSX A; 5D9V A; 4PX1 A; 4KGI A; 2IL3 A; 2UZ8 A; 4KDY A; 4BVX B; 3ZFB A; 1RK4 A; 2VD1 A; 5LD0 A; 1VF2 A; 1PX6 A; 3VK9 A; 1M99 A; 5BMU A; 4O7H A; 1F2E A; 2HRA A; 4YQU A; 5DDL A; 4JBB A; 4ZXG A; 5DAK A; 3LYP A; 3LJR A; 5ECK B; 3UAR A; 4GTU A; 4NHW A; 2VCW A; 4WR5 A; 2PMT A; 3GSS A; 3M0F A; 4NHZ A; 2VCQ A; 2HRK B; 4G0K A; 1GSF A; 3EE2 A; 1USB A; 3LQ7 A; 2C3N A; 1GNE A; 5ECQ B; 3LFL A; 6GST A; 2VCV A; 3O76 A; 3GUR A; 5DCG A; 2YCD A; 1PN9 A; 4ZBA A; 1ZGN A; 4GF0 A; 3GH6 A; 2GSR A; 3U6V A; 1G6W A; 1F3B A; 4MPG A; 5AN1 A; 4PTS A; 2VO4 A; 1E6B A; 4DEJ A; 1C72 A; 2V6K A; 3VPT A; 4IKH A; 1K3L A; 3LXZ A; 1JZR A; 4PQH A; 4ZB8 A; 1GSE A; 5HFK A; 1HQO A; 2C4J A; 1IYH A; 3ZMK A; 5DAK B; 1GSS A; 4PQI A; 3F6D A; 4TOP A; 3VLN A; 4FQU A; 4YQV A; 5F06 A; 1BAY A; 2CA8 A; 1VF3 A; 3KXO A; 4O92 A; 1A0F A; 2GST A; 4Q5F A; 3IR4 A; 3R3E A; 3F6F A; 6GSU A; 1AW9 A; 4GLT A; 1GTI A; 1G6Y A; 4L8E A; 1EOG A; 4AGS A; 9GSS A; 2A2S A; 4ZBB A; 4ECI A; 4QQ7 A; 4OFN A; 5ECH B; 3GST A; 1M9A A; 3PR8 A; 4KDU A; 4RI6 A; 2HSN B; 2CZ3 A; 4BVY A; 1UA5 A; 4F03 A; 4ISD A; 5AIS A; 5G5F A; 5A4U A; 7GSS A; 3I6A A; 5J41 A; 3DGQ A; 5AIX A; 1U3I A; 1HNB A; 5ECL B; 4HZ2 A; 17GS A; 3VPQ A; 4EC0 A; 2C3T A; 4IW9 A; 1K0D A; 2WB9 A; 1XW6 A; 3ERG A; 3Q18 A; 4J2F A; 3W8S A; 5D9T A; 2HRK A; 4G0I A; 2IMI A; 3ERF A; 1TW9 A; 3VWX A; 1U88 A; 2GLR A; 19GS A; 5ELG A; 3ZFL A; 11GS A; 1XW5 A; 1GUL A; 5IQY A; 1GTU A; 2AB6 A; 1K0A A; 5EY6 A; 1K0B A; 3QAG A; 1K3O A; 4E8H A; 5J5N A; 3GX0 A; 3KJY A; 1BG5 A; 4MF7 A; 3ISO A; 3TOT A; 5A5K A; 2OAD A; 2CVD A; 5ECN B; 4BVY B; 1EV4 A; 3CRT A; 2AHE A; 4PUA A; 4YAP A; 3LSZ A; 1BX9 A; 4HI7 A; 3G7I A; 1AQV A; 5J4U A; 1B48 A; 4KH7 A; 2F8F A; 1K0M A; 1AQW A; 18GS A; 3HJM A; 1YY7 A; 5DJM A; 1PL1 A; 2PBJ A; 5EL8 A; 4PXO A; 1GUK A; 4G9H A; 2CAI A; 1HNA A; 3UVH A; 1K3Y A; 1MD3 A; 2J9H A; 3LXT A; 2GDR A; 22GS A; 2AAW A; 5D73 A; 1GUH A; 2GTU A; 2R3X A; 4MDC A; 4GST A; 4GSN A; 5G5E A; 3QAW A; 1GNW A; 3FR9 A; 4YQM A; 1GSQ A; 3Q74 A; 1PX7 A; 4ZB9 A; 4PNG A; 1V40 A; 3P90 A; 3VUR A; 2WJU A; 5FT3 A; 4WR4 A; 4PGT A; 1ML6 A; 4IQA A; 1TDI A; 3CSI A; 1OKT A; 1K0O A; 1GUM A; 1GLQ A; 2LJR A; 3D0Z A; 4G0L A; 3LG6 A; 1K0N A; 1KBN A; 4EE0 A; 4Q5Q A; 1AQX A; 1OYJ A; 8GSS A; 4L5O A; 5JCW A; 13GS A; 2X64 A; 2R6K A; 4E8E A; 4K0G A; 5A4W A; 6GSV A; 1VF1 A; 2D2Z A; 4HZ4 A; 4JED A; 1PGT A; 4F0C A; 14GS A; 3GUS A; 4RI7 A; 2IMK A; 1JLV A; 4ACS A; 3C8E A; 1GLP A; 4F0B A; 5DQS A; 5DAL A; 1GWC A; 2JL4 A; 2N5F A; 4JZQ A; 20GS A; 1FHE A; 3IK7 A; 4G10 A; 5ECP B; 1JLW A; 2YV7 A; 4LMW A; 2WDU A; 5B7C A; 4N0V A; 5F0G A; 4USS A; 3VI5 A; 12GS A; 5GZZ B; 3IBH A; 4EXJ A; 2ON5 A; 5D9X A; 5D9W A; 3KMO A; 3H1N A; 5ECR B; 2FNO A; 3PPU A; 4EDZ A; 2OA7 A; 4ZB6 A; 16GS A; 5JCU A; 3M3M A; 5FWG A; 4ECJ A; 3MDK A; 3N9J A; 5KEJ A; 1GTB A; 2WRT A; 4OFT A; 1YQ1 A; 3EIN A; 3UAP A; 1YKC A; 1Y6E A; 4ID0 A; 2C3Q A; 1M9B A; 1EOH A; 4MK3 A; 3CBU A; 4EDY A; 3WD6 A; 1IYI A; 2R4V A; 5ECI B; 1B8X A; 5GSS A; 1B4P A; 3FYG A; 3TOU A; 1V2A A; 1Z9H A; 5DAL B; 5F8B A; 1K0C A; 3CSJ A; 4ZBD A; 3FR6 A; 2WS2 A; 3LYK A; 3VI7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YV9 A; 1OE7 A; 2VCT A; 3FRC A; 5ECO B; 5DJL A; 3RBT A; 5ELA A; 1YDK A; 4IBP A; 1MTC A; 4OMV A; 1PA3 A; 3AY8 A; 4ZB7 A; 4MF5 A; 4KDX A; 2EFD A; 4ECB A; 5A5H A; 2WW2 A; 2DSA A; 3IE3 A; 6GSS A; 4PHZ C; 4HJ2 A; 1N2A A; 1PMT A; 5ECS A; 3ZML A; 5ECM B; 4BL7 A; 1F3A A; 3KM6 A; 3P8W A; 1GSU A; 4GCI A; 2WW1 A; 5EVO A; 1TU7 A; 1BYE A; 2HQT A; 3DD3 A; 5LCZ A; 1FW1 A; 3HJO A; 3UBL A; 2CAQ A; 4KE3 A; 3WYW A; 3KMN A; 4K0N A; 1S4B P; 2WVX A; 3R2Q A; 5GST A; 2O3E A; 1DUG A; 2HNL A; 5J4V A; 3N5O A; 3QR6 A; 4HOJ A; 4OFM A; 1XWG A; 10GS A; 6GSY A; 3MAK A; 1AXD A; 4YAV A; 4MP4 A; 2HSM A; 1LBK A; 3QAV A; 4MF6 A; 1OE8 A; 5A4V A; 1M0U A; 1R5A A; 3GTU A; 4KAE A; 1GSY A; 4MPF A; 2VKZ G; 3FY7 A; 2PGT A; 3M8N A; 4PUR A; 5A5H B; 1MD4 A; 3KTL A; 2ON7 A; 5BMU B; 1PL2 A; 4Q5N A; 2R5G A; 2WVY A; 3F63 A; 1EEM A; 2GSQ A; 1ZL9 A; 3IK9 A; 1HNC A; 1N25 A; 4BL7 B; 2FHE A; 2PVQ A; 4IGJ A; 3I69 A; 4LMV A; 3Q19 A; 5AGY A; 3M1G A; 1GSD A; 3CSH A; 1U87 A; 3FR3 A; 1G7O A; 4PNF A; 4I97 A; 2VCX A; 2NTO A; 4G19 A; 4IEL A; 1GTA A; 1NHY A; 2WVX B; 4G01 A; 4IJI A; 4KX4 A; 4BVX A; 3CHX C; 1PKW A; 2GSS A; 2F3M A; 4YH2 A; 3SWL A; 4Q5R A; 3IC8 A; 2HSM B; 3UBK A; 2VCZ A; 3BBY A; 4CHS A; 2CZ2 A; 2EFC A; 1YJ6 A; 2PER A; 4IVF A; 3G7J A; 1Q4J A; 3GTU B; 4IQ1 A; 5FHI A; 2DC5 A; 2OT3 A; 4L5L A; 4GSS A; 5F07 A; 5AIV A; 5F05 A; 2A2R A; 3CWG A; 2C80 A; 3PGT A; 2VD0 A; 3CRU A; 6GSW A; 3TGZ A; 1EV9 A; 4KF9 A; 2C8U A; 4IS0 A; 1XWK A; 4MZW A; 1TU8 A; 3RFR C; 3O3T A; 2OAC A; 5J40 A; 3HKR A; 4KSM A; 1PKZ A; 5A1N B; 3L0H A; 4ECC A; 1PD2 1; 1LJR A; 4NAX A; 3NIV A; 1VF4 A; 6GSX A; 5D9V A; 4PX1 A; 4KGI A; 2IL3 A; 2WZS A; 2UZ8 A; 4KDY A; 4BVX B; 3ZFB A; 1RK4 A; 2VD1 A; 5LD0 A; 1VF2 A; 3TU3 B; 1PX6 A; 3VK9 A; 1M99 A; 5BMU A; 4O7H A; 1F2E A; 2HRA A; 4YQU A; 4PI2 C; 5DDL A; 4JBB A; 4ZXG A; 5DAK A; 2WW0 A; 3LYP A; 3LJR A; 5ECK B; 3RGB C; 4GTU A; 3UAR A; 4NHW A; 2H1L A; 2VCW A; 1YEW C; 4WR5 A; 2PMT A; 3GSS A; 3M0F A; 4NHZ A; 2VCQ A; 1YVL A; 2HRK B; 4G0K A; 1GSF A; 3EE2 A; 1USB A; 3LQ7 A; 2C3N A; 4AKX B; 1GNE A; 5ECQ B; 3LFL A; 6GST A; 2VCV A; 3O76 A; 2HSN A; 3GUR A; 2YCD A; 5DCG A; 1PN9 A; 4W66 A; 4ZBA A; 4AKH A; 1ZGN A; 4GF0 A; 3GH6 A; 2GSR A; 3U6V A; 1G6W A; 1F3B A; 4MPG A; 5AN1 A; 4PTS A; 2VO4 A; 1E6B A; 4DEJ A; 1Y1U A; 1C72 A; 2V6K A; 3VPT A; 4IKH A; 1K3L A; 3LXZ A; 1JZR A; 4PQH A; 4ZB8 A; 1GSE A; 5HFK A; 1HQO A; 2C4J A; 1IYH A; 3ZMK A; 5DAK B; 1GSS A; 4PQI A; 3F6D A; 4TOP A; 3VLN A; 4FQU A; 4YQV A; 5F06 A; 1BAY A; 2CA8 A; 1VF3 A; 3KXO A; 4O92 A; 1A0F A; 2GST A; 4Q5F A; 3IR4 A; 3R3E A; 5A1N A; 4GDF A; 4FXY P; 3F6F A; 6GSU A; 1AW9 A; 4GLT A; 1GTI A; 1G6Y A; 4L8E A; 1EOG A; 1I1I P; 4AGS A; 9GSS A; 1SVM A; 2A2S A; 4ZBB A; 4ECI A; 4QQ7 A; 4OFN A; 5ECH B; 3GST A; 1M9A A; 3PR8 A; 4KDU A; 4RI6 A; 2HSN B; 2CZ3 A; 4BVY A; 1UA5 A; 4F03 A; 4ISD A; 5AIS A; 5G5F A; 5A34 B; 5A4U A; 7GSS A; 2WW3 A; 3I6A A; 5J41 A; 3DGQ A; 5AIX A; 1U3I A; 1HNB A; 5ECL B; 4HZ2 A; 17GS A; 3VPQ A; 4EC0 A; 2C3T A; 4IW9 A; 1K0D A; 2WB9 A; 4PI0 C; 1XW6 A; 3ERG A; 3Q18 A; 4J2F A; 3W8S A; 5D9T A; 2HRK A; 4G0I A; 2IMI A; 3ERF A; 1TW9 A; 4AKI A; 3VWX A; 1U88 A; 2GLR A; 3HMJ G; 19GS A; 5ELG A; 3ZFL A; 11GS A; 1XW5 A; 1GUL A; 5IQY A; 1GTU A; 2AB6 A; 1K0A A; 5EY6 A; 1K0B A; 3QAG A; 1K3O A; 4E8H A; 5J5N A; 3GX0 A; 3KJY A; 4N3Z A; 1BG5 A; 4MF7 A; 3ISO A; 3TOT A; 2EFE A; 5A5K A; 2OAD A; 2CVD A; 5ECN B; 4BVY B; 1EV4 A; 3CRT A; 2AHE A; 4PUA A; 4YAP A; 3LSZ A; 1BX9 A; 4HI7 A; 3G7I A; 1AQV A; 5J4U A; 1B48 A; 4KH7 A; 2F8F A; 1K0M A; 1AQW A; 18GS A; 3HJM A; 1YY7 A; 5DJM A; 4AKG A; 1PL1 A; 2PBJ A; 5EL8 A; 4PXO A; 1GUK A; 4G9H A; 2CAI A; 1HNA A; 3UVH A; 1K3Y A; 1MD3 A; 2J9H A; 3LXT A; 2GDR A; 5J47 A; 22GS A; 2AAW A; 5D73 A; 1GUH A; 2GTU A; 2R3X A; 4MDC A; 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