The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
194
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sequence length |
618
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structure length |
528
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Chain Sequence |
AKVPLVKGVGERNLSIYRHSDGRVEVVVSPPPPAHLVLSGGGAKGIAFPGMVQALEEADKLKGVKVVSGSSAGAICAALLASGMDAKAFTQLSNNLDLPRLLDPVTAWLQEASSELGKLVRSLPGPVGNISQLLLTLLPRQPLEDLIRNESRQSILAHIAGMPPANRPPEVTAIAERLSAGGGATFRDLEVLSRHIPAIKQLNITGTGMFDGRPQLVVFNANLTPDMDIGRAALISGALPGRSFPESPLGKDEALIVKFEDRLQAFSEQTVTLPLNSDKGDFRGLLFTMTPEQKQHLQAQARQTVSGHLQQRELERERHEFPSLNDAVMAMDDQMLASVQVDLQNDAAGAEALRFRKDAQQALQALDTAIAEANQTSTSLVITPKLASALRNLDALARRPEDIEWLGKRLNAPGQRNFQQLLQVGTKQGLSKVLTSAVAEMQKRDIGVKAENFIREVIYPSLYRPGQPAANVELLQRAVRDLGEATTPAEFNRVLDGIVKHYRARNKPWSKPFSSTTVEQAKAWRIPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Novel Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate Binding Domain Mediates Plasma Membrane Localization of ExoU and Other Patatin-like Phospholipases.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Toxin
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| source organism |
Pseudomonas fluorescens
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| molecule keywords |
Type III secretion system effector protein ExoU
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| total genus |
194
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| structure length |
528
|
| sequence length |
618
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-06-16 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain | Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4AKX B; 4QMK A; 3TU3 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HKR A; 3CRU A; 1Y6E A; 1YQ1 A; 2VD0 A; 3UAR A; 3M3M A; 2C3N A; 4G19 A; 1EEM A; 3ZFB A; 3GH6 A; 2IMK A; 4G01 A; 3SWL A; 4GSN A; 1JZR A; 2A2S A; 4N3Z A; 3Q19 A; 2WVZ A; 2O36 A; 1XW5 A; 2JL4 A; 2IMI A; 5LCZ A; 3P90 A; 5EY6 A; 3QAG A; 1I1I P; 1PGT A; 4BVX B; 4F03 A; 3LSZ A; 3FR9 A; 4BL7 A; 2A2R A; 3CBU A; 1GTI A; 4QMK A; 2GSQ A; 5D9W A; 5AIV A; 2H1L A; 4JED A; 1GSD A; 4QQ7 A; 2WW0 A; 3CRT A; 2AHE A; 1EV4 A; 4USS A; 1YY7 A; 5G5F A; 13GS A; 1K0A A; 4PKA X; 2CAQ A; 4AKI A; 1V2A A; 4J2F A; 2VCQ A; 2O3E A; 1E6B A; 2UV8 G; 5FHI A; 1CJY A; 1BF5 A; 4KF9 A; 2X64 A; 3TOT A; 3RFR C; 4YQU A; 1AQW A; 3CSI A; 3CWG A; 4HOJ A; 1BX9 A; 2C8U A; 4G9H A; 1EV9 A; 4ECB A; 2YV9 A; 1GTA A; 2CZ2 A; 3P8W A; 4I97 A; 4AKG A; 1AW9 A; 1B8X A; 1PKW A; 3GTU A; 5J41 A; 3N9J A; 5J5N A; 4L8E A; 1VF4 A; 2C4J A; 5EL8 A; 1F3B A; 3M1G A; 1F3A A; 3AY8 A; 4IS0 A; 3UBK A; 4PKB A; 4MZW A; 4EDY A; 1UA5 A; 3VPQ A; 4EC0 A; 5JCW A; 1VF2 A; 2PGT A; 6GSX A; 3UBL A; 4N0V A; 5JCU A; 2N5F A; 3CSJ A; 2OAD A; 3FYG A; 1PD2 1; 3LQ7 A; 5A4U A; 4PI0 C; 1JLW A; 2GSR A; 4E8H A; 3HMJ G; 5BMU A; 4GST A; 4HJ2 A; 1U87 A; 4KDY A; 5ELA A; 5J4Y A; 3CHX C; 4EE0 A; 5A4W A; 4IGJ A; 4O7H A; 1GLP A; 1OE7 A; 1K3O A; 4KE3 A; 2R6K A; 5LD0 A; 6GST A; 2NTO A; 4PXO A; 2WVX A; 4JBB A; 4PTS A; 1GUK A; 4ECC A; 5F0G A; 10GS A; 1PN9 A; 3GST A; 4BVX A; 5IQY A; 16GS A; 4HI7 A; 2R3X A; 3G7J A; 4MF5 A; 1HQO A; 2HSN B; 1B4P A; 2R5G A; 5ECR B; 4FXY P; 4IKH A; 2VKZ G; 4IQA A; 4EXJ A; 3R3E A; 1XWG A; 2FNO A; 1GTB A; 1SVL A; 5ECP B; 2VO4 A; 4JZQ A; 3RBT A; 2C80 A; 3TOU A; 5ECO B; 5GZZ B; 3LG6 A; 6GSW A; 1OYJ A; 5DCG A; 5HFK A; 3D0Z A; 1GSF A; 1Y1U A; 4E68 A; 3ERG A; 11GS A; 4K0N A; 5ECL B; 9GSS A; 4IVF A; 4HZ4 A; 4PHZ C; 4YQM A; 2EFE A; 1EOG A; 2OAC A; 4K0G A; 4AI6 A; 1K0O A; 1USB A; 2DSA A; 4YAV A; 1A0F A; 2WW3 A; 1XW6 A; 1LJR A; 5DQS A; 4ID0 A; 2CA8 A; 2R4V A; 3M8N A; 1GSQ A; 3PGT A; 2HSM B; 4W66 A; 1G6W A; 5F06 A; 3ZML A; 4IJI A; 4GLT A; 1DUG A; 1YDK A; 4EDZ A; 2WZS A; 1GSE A; 4G0L A; 3DD3 A; 1IYH A; 6GSU A; 2EFH A; 1BAY A; 5GSS A; 4MP4 A; 2CVD A; 4BVY B; 4L5O A; 4ZB6 A; 1RK4 A; 4KYI A; 2WB9 A; 2PBJ A; 4GTU A; 1TW9 A; 4KDX A; 4ACS A; 5A1N B; 1NHY A; 5J47 A; 2GLR A; 4G0I A; 4OFT A; 4MF7 A; 1GLQ A; 6GSS A; 3LYK A; 4MK3 A; 4OFM A; 4RI7 A; 3IC8 A; 5A34 B; 1MTC A; 1M0U A; 2HSN A; 1GNW A; 2WS2 A; 3FY7 A; 4CHS A; 8GSS A; 4LMW A; 2WW2 A; 1AXD A; 3O3T A; 4KX4 A; 4PUA A; 5J4U A; 5F07 A; 4ZBB A; 5EVO A; 4MPF A; 4NAX A; 1B48 A; 4ZXG A; 1BG5 A; 1EOH A; 1K0M A; 1GSU A; 5J4V A; 1YJ6 A; 4MF6 A; 4GF0 A; 1JLV A; 5DJL A; 3ZMK A; 3IK7 A; 1GUL A; 1ZL9 A; 3R2Q A; 4DEJ A; 5ECQ B; 3ISO A; 2ON7 A; 4PQH A; 2F8F A; 3KMN A; 3C8E A; 1N25 A; 3N5O A; 1M99 A; 4BL7 B; 5A4V A; 4YQV A; 5A5K A; 1PA3 A; 1YEW C; 2GDR A; 4ECJ A; 4ZBD A; 5J40 A; 3M0F A; 4KSM A; 4HZ2 A; 3UVH A; 4G0K A; 2EFD A; 3KMO A; 3IE3 A; 1VF3 A; 3KM6 A; 1K3Y A; 22GS A; 2HSM A; 2CAI A; 4Q5N A; 19GS A; 5DAK B; 4WR5 A; 14GS A; 2GTU A; 2HRK B; 1GSY A; 4MDC A; 1AQV A; 4FQU A; 2UZ8 A; 1SVO A; 5A5H B; 3G7I A; 3HJO A; 2J9H A; 4BVY A; 5AGY A; 1ZGN A; 3VI5 A; 4GSS A; 5ECN B; 1K0C A; 5A1N A; 1OXW A; 1TU8 A; 3NIV A; 2PER A; 7GSS A; 5D9T A; 2CZ3 A; 4L5L A; 4O92 A; 2F3M A; 5ECS A; 3I69 A; 3VUR A; 4KAE A; 5A34 A; 3WD6 A; 3EE2 A; 2WW1 A; 1HNA A; 3KJY A; 5ECK B; 1U88 A; 2FHE A; 3CSH A; 3F6D A; 3LFL A; 2WJU A; 5FWG A; 4AKH A; 1PL2 A; 3QAW A; 2HQT A; 5DJM A; 5AN1 A; 3PR8 A; 3MAK A; 2VCX A; 4KH7 A; 1MD3 A; 5ELG A; 3W8S A; 5B7C A; 2YCD A; 1F2E A; 4IQ1 A; 2VCT A; 5ECM B; 1PMT A; 4KDU A; 4ECI A; 2VD1 A; 2EFC A; 1TU7 A; 3HJM A; 1VF1 A; 3FR6 A; 2VCW A; 2WVX B; 4PK9 A; 1C72 A; 4G10 A; 1PL1 A; 3PPU A; 4Q5F A; 1K0D A; 18GS A; 4OFN A; 4YH2 A; 4AKX B; 3U6V A; 1FHE A; 1K0N A; 3LXZ A; 3Q74 A; 5ECH B; 4GCI A; 3QR6 A; 2AB6 A; 5DAL B; 1YVL A; 3GX0 A; 5AIS A; 4IW9 A; 4RI6 A; 1BG1 A; 2WRT A; 4NHZ A; 4AGS A; 4IBP A; 5F05 A; 2O5V A; 2C3Q A; 2V6K A; 3LYP A; 4ZB8 A; 1MD4 A; 3ZFL A; 1GNE A; 3F6F A; 17GS A; 20GS A; 4Q5Q A; 4YAP A; 1AQX A; 5D9X A; 2DC5 A; 3VK9 A; 3LXT A; 4PQI A; 5DDL A; 4AKF A; 3DGQ A; 4PUR A; 1GUM A; 4PNG A; 1U3I A; 5DAK A; 3GUS A; 1PKZ A; 2OA7 A; 2HRK A; 1HNC A; 1GUH A; 3Q18 A; 5A5H A; 4F0C A; 1K0B A; 3RGB C; 2WDU A; 4TOP A; 4ZB9 A; 1R5A A; 1LBK A; 1YKC A; 3GSS A; 1M9A A; 5G5E A; 1OKT A; 2PMT A; 4NHW A; 3FR3 A; 3IBH A; 1M9B A; 1SVM A; 2HRA A; 1BYE A; 5GST A; 2GSS A; 3BBY A; 3KXO A; 3F63 A; 1OE8 A; 2C3T A; 4ZBA A; 3H1N A; 3O76 A; 3I6A A; 4KGI A; 5D9V A; 5AIX A; 12GS A; 3VI7 A; 2D2Z A; 1V40 A; 4F0B A; 3UAP A; 3LJR A; 1Q4J A; 2ON5 A; 2AAW A; 5KEJ A; 2YV7 A; 4PX1 A; 1G6Y A; 4ZB7 A; 1HNB A; 1PX6 A; 4WR4 A; 3VWX A; 6GSY A; 1ML6 A; 3FRC A; 4IEL A; 3QAV A; 2VCZ A; 5F8B A; 1XWK A; 3ERF A; 2PVQ A; 4E8E A; 1GTU A; 1S4B P; 2LJR A; 1KBN A; 2OT3 A; 3KTL A; 3GUR A; 1N2A A; 6GSV A; 3MDK A; 2GST A; 2WVY A; 3GTU B; 3TGZ A; 3WYW A; 3L0H A; 5ECI B; 3EIN A; 3VLN A; 1TXU A; 4PI2 C; 4Q5R A; 3IK9 A; 4PNF A; 5DAL A; 5FT3 A; 4GDF A; 4MPG A; 3TU3 B; 1GWC A; 3IR4 A; 1TDI A; 4LMV A; 1FW1 A; 1Z9H A; 2HNL A; 1G7O A; 1IYI A; 3VPT A; 1GSS A; 1PX7 A; 4ISD A; 5D73 A; 4PGT A; 5BMU B; 2IL3 A; 1K3L A; 4OMV A; 2VCV A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3HKR A; 3CRU A; 1Y6E A; 1YQ1 A; 2VD0 A; 3UAR A; 3M3M A; 2C3N A; 4G19 A; 1EEM A; 3ZFB A; 3GH6 A; 2IMK A; 4G01 A; 3SWL A; 4GSN A; 1JZR A; 2A2S A; 4N3Z A; 3Q19 A; 1XW5 A; 2JL4 A; 2IMI A; 5LCZ A; 3P90 A; 5EY6 A; 3QAG A; 1PGT A; 4BVX B; 4F03 A; 3LSZ A; 3FR9 A; 4BL7 A; 2A2R A; 3CBU A; 1GTI A; 4QMK A; 2GSQ A; 5D9W A; 5AIV A; 2H1L A; 4JED A; 1GSD A; 4QQ7 A; 3CRT A; 2AHE A; 1EV4 A; 4USS A; 1YY7 A; 5G5F A; 13GS A; 1K0A A; 4PKA X; 2CAQ A; 4AKI A; 1V2A A; 4J2F A; 2VCQ A; 1E6B A; 2UV8 G; 5FHI A; 1CJY A; 1BF5 A; 4KF9 A; 2X64 A; 3TOT A; 4YQU A; 1AQW A; 3CSI A; 3CWG A; 4HOJ A; 1BX9 A; 2C8U A; 4G9H A; 1EV9 A; 4ECB A; 2YV9 A; 1GTA A; 2CZ2 A; 3P8W A; 4I97 A; 4AKG A; 1AW9 A; 1B8X A; 1PKW A; 3GTU A; 5J41 A; 3N9J A; 5J5N A; 4L8E A; 1VF4 A; 2C4J A; 5EL8 A; 1F3B A; 3M1G A; 1F3A A; 3AY8 A; 4IS0 A; 3UBK A; 4PKB A; 4MZW A; 4EDY A; 1UA5 A; 3VPQ A; 4EC0 A; 5JCW A; 1VF2 A; 2PGT A; 6GSX A; 3UBL A; 4N0V A; 5JCU A; 2N5F A; 3CSJ A; 2OAD A; 3FYG A; 1PD2 1; 3LQ7 A; 5A4U A; 1JLW A; 2GSR A; 4E8H A; 3HMJ G; 5BMU A; 4GST A; 4HJ2 A; 1U87 A; 4KDY A; 5ELA A; 5J4Y A; 4EE0 A; 5A4W A; 4IGJ A; 4O7H A; 1GLP A; 1OE7 A; 1K3O A; 4KE3 A; 2R6K A; 5LD0 A; 6GST A; 2NTO A; 4PXO A; 4JBB A; 4PTS A; 1GUK A; 4ECC A; 5F0G A; 10GS A; 1PN9 A; 3GST A; 4BVX A; 5IQY A; 16GS A; 4HI7 A; 2R3X A; 3G7J A; 4MF5 A; 1HQO A; 2HSN B; 1B4P A; 2R5G A; 5ECR B; 4IKH A; 2VKZ G; 4IQA A; 4EXJ A; 3R3E A; 1XWG A; 2FNO A; 1GTB A; 1SVL A; 5ECP B; 2VO4 A; 4JZQ A; 3RBT A; 2C80 A; 3TOU A; 5ECO B; 5GZZ B; 3LG6 A; 6GSW A; 1OYJ A; 5DCG A; 5HFK A; 3D0Z A; 1GSF A; 1Y1U A; 4E68 A; 3ERG A; 11GS A; 4K0N A; 5ECL B; 9GSS A; 4IVF A; 4HZ4 A; 4YQM A; 2EFE A; 1EOG A; 2OAC A; 4K0G A; 4AI6 A; 1K0O A; 1USB A; 2DSA A; 4YAV A; 1A0F A; 1XW6 A; 1LJR A; 5DQS A; 4ID0 A; 2CA8 A; 2R4V A; 3M8N A; 1GSQ A; 3PGT A; 2HSM B; 4W66 A; 1G6W A; 5F06 A; 3ZML A; 4IJI A; 4GLT A; 1DUG A; 1YDK A; 4EDZ A; 1GSE A; 4G0L A; 3DD3 A; 1IYH A; 6GSU A; 2EFH A; 1BAY A; 5GSS A; 4MP4 A; 2CVD A; 4BVY B; 4L5O A; 4ZB6 A; 1RK4 A; 4KYI A; 2WB9 A; 2PBJ A; 4GTU A; 1TW9 A; 4KDX A; 4ACS A; 5A1N B; 1NHY A; 5J47 A; 2GLR A; 4G0I A; 4OFT A; 4MF7 A; 1GLQ A; 6GSS A; 3LYK A; 4MK3 A; 4OFM A; 4RI7 A; 3IC8 A; 5A34 B; 1MTC A; 1M0U A; 2HSN A; 1GNW A; 2WS2 A; 3FY7 A; 4CHS A; 8GSS A; 4LMW A; 1AXD A; 3O3T A; 4KX4 A; 4PUA A; 5J4U A; 5F07 A; 4ZBB A; 5EVO A; 4MPF A; 4NAX A; 1B48 A; 4ZXG A; 1BG5 A; 1EOH A; 1K0M A; 1GSU A; 5J4V A; 1YJ6 A; 4MF6 A; 4GF0 A; 1JLV A; 5DJL A; 3ZMK A; 3IK7 A; 1GUL A; 1ZL9 A; 3R2Q A; 4DEJ A; 5ECQ B; 3ISO A; 2ON7 A; 4PQH A; 2F8F A; 3KMN A; 3C8E A; 1N25 A; 3N5O A; 1M99 A; 4BL7 B; 5A4V A; 4YQV A; 5A5K A; 1PA3 A; 2GDR A; 4ECJ A; 4ZBD A; 5J40 A; 3M0F A; 4KSM A; 4HZ2 A; 3UVH A; 4G0K A; 2EFD A; 3KMO A; 3IE3 A; 1VF3 A; 3KM6 A; 1K3Y A; 22GS A; 2HSM A; 2CAI A; 4Q5N A; 19GS A; 5DAK B; 4WR5 A; 14GS A; 2GTU A; 2HRK B; 1GSY A; 4MDC A; 1AQV A; 4FQU A; 2UZ8 A; 1SVO A; 5A5H B; 3G7I A; 3HJO A; 2J9H A; 4BVY A; 5AGY A; 1ZGN A; 3VI5 A; 4GSS A; 5ECN B; 1K0C A; 5A1N A; 1OXW A; 3NIV A; 1TU8 A; 2PER A; 7GSS A; 5D9T A; 2CZ3 A; 4L5L A; 4O92 A; 2F3M A; 5ECS A; 3I69 A; 3VUR A; 4KAE A; 5A34 A; 3WD6 A; 3EE2 A; 1HNA A; 3KJY A; 5ECK B; 1U88 A; 2FHE A; 3CSH A; 3F6D A; 3LFL A; 2WJU A; 5FWG A; 4AKH A; 1PL2 A; 3QAW A; 2HQT A; 5DJM A; 5AN1 A; 3PR8 A; 3MAK A; 2VCX A; 4KH7 A; 1MD3 A; 5ELG A; 3W8S A; 5B7C A; 2YCD A; 1F2E A; 4IQ1 A; 2VCT A; 5ECM B; 1PMT A; 4KDU A; 4ECI A; 2VD1 A; 2EFC A; 1TU7 A; 3HJM A; 1VF1 A; 3FR6 A; 2VCW A; 4PK9 A; 1C72 A; 4G10 A; 1PL1 A; 3PPU A; 4Q5F A; 1K0D A; 18GS A; 4OFN A; 4YH2 A; 4AKX B; 3U6V A; 1FHE A; 1K0N A; 3LXZ A; 3Q74 A; 5ECH B; 4GCI A; 3QR6 A; 2AB6 A; 5DAL B; 1YVL A; 3GX0 A; 5AIS A; 4IW9 A; 4RI6 A; 1BG1 A; 2WRT A; 4NHZ A; 4AGS A; 4IBP A; 5F05 A; 2O5V A; 2C3Q A; 2V6K A; 3LYP A; 4ZB8 A; 1MD4 A; 3ZFL A; 1GNE A; 3F6F A; 17GS A; 20GS A; 4Q5Q A; 4YAP A; 1AQX A; 5D9X A; 2DC5 A; 3VK9 A; 3LXT A; 4PQI A; 5DDL A; 4AKF A; 3DGQ A; 4PUR A; 1GUM A; 4PNG A; 1U3I A; 5DAK A; 3GUS A; 1PKZ A; 2OA7 A; 2HRK A; 1HNC A; 1GUH A; 3Q18 A; 5A5H A; 4F0C A; 1K0B A; 2WDU A; 4TOP A; 4ZB9 A; 1R5A A; 1LBK A; 1YKC A; 3GSS A; 1M9A A; 5G5E A; 1OKT A; 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