The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
89
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sequence length |
292
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structure length |
291
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Chain Sequence |
SLRRGIYHIENAGVPSAIDLKDGSSSDGTPIVGWQFTPDTINWHQLWLAEPIPNVADTFTLCNLFSGTYMDLYNGSSEAGTAVNGWQGTAFTTNPHQLWTIKKSSDGTSYKIQNYGSKTFVDLVNGDSSDGAKIAGWTGTWDEGNPHQKWYFNRMSVSSAEAQAAIARNPHIHGTYRGYILDGEYLVLPNATFTQIWKDSGLPGSKWREQIYDDDFAIAMKAAVGKWGADSWKANGFAIFCGVMLGVNKAGDAAHAYNFTLTKDHADIVFFEPQNGGYLNDIGYDSYMAFY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Characterization of a Lectin from the Mushroom Marasmius oreades in Complex with the Blood Group B Trisaccharide and Calcium.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Sugar binding protein
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| source organism |
Marasmius oreades
|
| molecule keywords |
Agglutinin
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| total genus |
89
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| structure length |
291
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| sequence length |
292
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| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14200 | RicinB_lectin_2 | Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like |
| A | PF18021 | Agglutinin_C | Agglutinin C-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Trefoil | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4J2X A; 1YXW A; 1RZO B; 3K1X A; 2D7I A; 4IY9 A; 3ZC9 A; 3OJV A; 4H9W A; 2NP0 A; 5BQU A; 4END A; 2MIB A; 1E0O A; 3UDA A; 1S0G A; 4FVV A; 4G6J A; 3UJ0 A; 4JPZ A; 1JT3 A; 4P0J A; 4P0L A; 3VT1 A; 1EV2 A; 4IY8 A; 4JAW A; 3I2X A; 1N4K A; 4D0T A; 4DEN A; 3CRH A; 3O4D A; 3WIN A; 3PME A; 4LO0 C; 4G1R A; 4X38 A; 4XFT A; 5BXT A; 3VEQ A; 1IT0 A; 4Q91 A; 1AFC A; 1XYF A; 4LO1 A; 3CU1 B; 2IWT B; 4CJM A; 4LO3 C; 3RTI B; 1PC8 B; 9ILB A; 2YUG A; 4OEG A; 3A21 A; 5JMC A; 1R8N A; 3C9Z A; 1JLY A; 2Y9F A; 4ZKT B; 1ITB A; 4QD2 C; 1G9A A; 5HPZ A; 3CRI A; 3BAH A; 4JKX B; 2KH2 A; 5I1B A; 4I4S A; 8I1B A; 1AVX B; 3V0A B; 1HWN B; 1WD3 A; 3AKF A; 4AN6 A; 4I1E A; 1VCL A; 1SR4 C; 1TWE A; 4I7I A; 4JP0 A; 1JT7 A; 2Y9G A; 5DUY A; 1AF9 A; 4J2K A; 1HWM B; 4QC4 A; 1G9D A; 4OWJ A; 1S0E A; 3PUB A; 1AVU A; 3Q7W A; 1PUM B; 2FGF A; 1RML A; 3T8S A; 3V0A A; 1T4Q A; 1I1E A; 2KI6 B; 1SZ6 B; 4D8H A; 2HZ9 A; 2DRE A; 1IRA X; 1XHB A; 3CA4 A; 3PHZ A; 2DRY A; 1QQL A; 4P0K A; 3JUT A; 4XKI A; 3OGG A; 1MD6 A; 4II0 A; 5BOW A; 2P39 A; 2F8X C; 1YBI A; 1Z4S A; 3BAD A; 3H6Q A; 4I0Y A; 2VSE A; 3FJH A; 4I8M A; 3BB2 A; 3BAO A; 4OEF A; 1NUN A; 3P6I A; 3A07 A; 4X39 A; 3POK A; 4A7Z A; 3AKG A; 1G9C A; 2F2F A; 3BRD A; 3BRF A; 4KC3 A; 2Q9X A; 1JTC A; 1DFC A; 4I3N A; 1ISW A; 5BXR A; 4JRA A; 1BFC A; 1ABR B; 1BFB A; 1KNM A; 4G9N A; 2ET2 A; 3F62 B; 1J0S A; 4EFQ A; 3O44 A; 2VU9 A; 1DZD A; 3MPP G; 3AJ6 A; 3IM7 A; 1TWM A; 4X3A A; 1RY7 A; 1TOO A; 1K5V A; 3QR5 A; 2BFH A; 3FJD A; 3WIN C; 1QXM A; 4OEE A; 3S8J A; 3KMV A; 3RMX A; 3VSF A; 3FJC A; 1DJS B; 2AFG A; 3UD8 A; 4EB2 B; 1ISY A; 3SNV A; 4A7K A; 1EVT A; 1FN0 A; 5D62 A; 3W9T A; 3N0K A; 4ZGR B; 2E4M A; 2FFV A; 4P6A A; 3ZXG A; 7I1B A; 4A7Y A; 3OBT A; 4I4O A; 1XG6 A; 2GZB A; 4QBV A; 1PUU B; 2D22 A; 1M2T B; 3AKI A; 3BA4 A; 1GGP B; 1S0B A; 3FJ9 A; 1PWA A; 3AZV A; 2X2T A; 2D23 A; 3AJ5 A; 3QYD A; 2ESU A; 2QYI B; 4IZX A; 1DQO A; 1FQ9 A; 2NTD A; 3CRG A; 3NBE A; 4ION A; 4IQP A; 3VT2 A; 2HWM A; 4YOL A; 1IHK A; 5F90 A; 1V6W A; 2XOA A; 3FJI A; 1FGA A; 4I4Q A; 1D0H A; 2NVH A; 2KKI A; 3ZC8 A; 4I4P A; 1ISZ A; 3WO3 A; 2RQ9 A; 2WRY A; 4GAF A; 4GOV A; 3AH2 A; 1BFG A; 3RMY A; 3V0B B; 3N7K A; 3NBC A; 2AXM A; 3BX1 C; 3EF2 A; 2BEB A; 5D61 A; 1EPW A; 3WMU A; 3I29 B; 1TIE A; 1PZZ A; 3HAL A; 5FZU A; 1G9B A; 3TC2 A; 2LIQ A; 5BVP I; 1WBA A; 2KLL A; 2VUA A; 3AH4 A; 2D24 A; 2I1B A; 4H04 A; 3V0B A; 4WBC A; 3V79 C; 2AAI B; 4LO7 B; 2R9K B; 4G6M A; 1FMZ A; 2F2F C; 1YF8 B; 2Y9W C; 3P53 A; 2GO2 A; 4I37 A; 4IYB A; 5JLV A; 1IOB A; 1W3A A; 3E8L C; 4I4X A; 4EEE B; 1CVS A; 3FJK A; 3IIR A; 3ZX7 A; 1FV3 A; 5DSS B; 3VWC A; 6I1B A; 3WA1 A; 2D1Z A; 41BI A; 3VUO A; 4Z9W B; 3ILA A; 4ISQ A; 3OBR A; 5DZU A; 4ZLB B; 3HN1 A; 2MLL B; 4OUJ A; 1JQZ A; 2ZQN A; 4L4H A; 1DQG A; 3BAG A; 2NZ9 A; 3D7W B; 3NJ5 A; 4F83 A; 1AVW B; 1F31 A; 3FUO A; 2VXT I; 4I4U A; 3A22 A; 1JT5 A; 3N7M A; 3O3Q A; 1AXM A; 4QAL A; 1NZK A; 1V6X A; 4IZE A; 4X37 A; 3PG0 A; 1XZZ A; 3CA3 A; 1Q03 A; 2P23 A; 3CAH A; 4XFU A; 1BFF A; 5BQU C; 4IHZ A; 4QKS A; 4ZBV B; 1WBC A; 2NM1 A; 3CA6 A; 5BP5 A; 3FJJ A; 2M49 A; 4PC4 A; 2D7R A; 4I2S A; 2ERM A; 2K8R A; 3BAQ A; 1ILR 1; 2VLC A; 3UD9 A; 2UUS A; 4EKX B; 3BA5 A; 4I6I A; 1L2H A; 2VSA A; 3BAV A; 1S0C A; 3WMV A; 4DCK C; 3BA7 A; 4LO2 A; 2QN4 A; 3AKH A; 4LO1 C; 3R4U A; 1HCD A; 2D44 A; 4D0Z A; 1ISX A; 4GAI A; 3N7L A; 3OGF A; 3LLP A; 4L4I A; 3AZW A; 1CE7 B; 4J2Y A; 1YYN A; 3FJ8 A; 4I4R A; 3IM6 A; 2VXR A; 1DFQ A; 31BI A; 4ZFU B; 1Q04 A; 1IIL A; 3FGM A; 1BAR A; 2J3P A; 1BLA A; 5DVH A; 5FNX A; 5F8W A; 3HOM A; 5EC5 A; 4F34 A; 1BA7 A; 3N7J A; 3S8K A; 2MC2 A; 3O49 A; 2KI4 A; 4ZA3 B; 2WBC A; 1ISV A; 3FJB A; 4GP3 A; 3O5W B; 1HWO B; 4Q9P A; 4USP A; 2D20 A; 3FFZ A; 1JLX A; 4EFP A; 5FNW A; 1AVA C; 4KEI A; 3RTJ B; 3NBN A; 3IM5 A; 1HKN A; 1G82 A; 1YTO A; 4OWL A; 1I1B A; 1BLD A; 3UJ4 A; 2FO1 A; 2K4A B; 3HMY A; 4LO7 C; 3I2A A; 3WO2 A; 3CA1 A; 3Q7X A; 4Z8S B; 3OJ2 A; 4XFS A; 2FDB M; 2ZQO A; 4I4Y A; 4USO A; 4G9M A; 1S0L A; 4LO8 B; 3BRG C; 2IHO A; 4QO3 A; 2RST A; 1OQL B; 3BAU A; 3CA0 A; 1JT4 A; 4KBB A; 4LO0 A; 3MAL A; 1HCE A; 4QD2 B; 2Z49 A; 4R6U B; 3ZXD A; 1DIW A; 2NYY A; 4GOY A; 4EFR A; 4ZFW B; 4FGF A; 2AQZ A; 1FWV A; 4I1B A; 3FJE A; 4JQ0 A; 1HWP B; 1TP0 A; 1S0F A; 5E24 E; 4LO3 A; 5GAQ A; 2LIE A; 1MC9 A; 4HJJ A; 3Q7Y A; 1R8O A; 5FZZ A; 5BP5 C; 4JKQ A; 1II4 A; 3H6R B; 5BXP A; 4DEP A; 3IAG C; 21BI A; 1M16 A; 3HBW A; 1A8D A; 1T9F A; 2Y9X E; 5EHA A; 1W3G A; 1TTU A; 3FJF A; 5B2H A; 4ZFY B; 4TLP A; 1K5U A; 1W3F A; 5EG6 C; 1BAS A; 1FMM S; 4LO2 C; 4KEK A; 3HSM A; 4KEJ A; 1FWU A; 1WD4 A; 3O4B A; 5BXS A; 5F8Y A; 4OW4 A; 1DZC A; 4HR6 C; 3F1R A; 1SR4 A; 2L5X A; 3H6R A; 2E4M C; 1S0D A; 3VT0 A; 1FV2 A; 1P63 A; 2HWA A; 4QKR A; 3RSJ A; 5FZY A; 2K43 A; 3O4C A; 3LTQ A; 3CA5 A; 2BEA A; 2RG9 B; 5D63 A; 3CQA A; 5F8S A; 1IJT A; 1V6U A; 3FUQ A; 2FFU A; 1Q1U A; 3O4A A; 1HIB A; 1UPS A; 2X2S A; 3FJA A; 2HW9 A; 4I4V A; 1ONK B; 1IRP A; 4GP0 A; 2DS0 A; 3JRR A; 3BTA A; 4AN7 B; 2Z48 A; 2D43 A; 1Z0H A; 4Q9G A; 3R4S A; 2Q3N B; 5G00 A; 3NBD A; 3P6J A; 4OWK A; 3UD7 A; 1EYL A; 1RG8 A; 3O4O A; 1DLL A; 4ISR A; 4QBC A; 4J2S A; 3OJM A; 4ZOT A; 3WO4 A; 3H6S E; 1QQK A; 4J23 B; 3VSZ A; 1V6V A; 4I96 A; 1JY0 A; 1TFM B; 3B9U A; 2DRZ A; 3A23 A; 4HA2 A; 1Z2V A; 3AH1 A; 2ZR1 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NO5 A; 1YXW A; 4WC7 A; 4IY9 A; 5J2E A; 4END A; 2MIB A; 1E0O A; 3UDA A; 1JT3 A; 7ICO A; 4P0L A; 9ICQ A; 4IY8 A; 4JAW A; 4UAW A; 4D0T A; 4RQ6 A; 4LO0 C; 3JPP A; 4Q91 A; 4FO1 A; 1XYF A; 3RTI B; 8ICV A; 9ILB A; 1RZT A; 4FHV A; 4MFA A; 1ITB A; 8ICB A; 4JKX B; 4K97 A; 2KH2 A; 3ER8 C; 3TFS A; 4WC5 A; 5IIM A; 1AVX B; 4OAF A; 3AKF A; 4UD4 A; 4KLJ A; 4NXW A; 4QC4 A; 1S0E A; 3PUB A; 1AVU A; 3Q7W A; 3H38 A; 1RML A; 2ID1 A; 1BPX A; 4D8H A; 2HZ9 A; 3JYY A; 1IRA X; 1QQL A; 5CR0 A; 1MD6 A; 4II0 A; 2F8X C; 1Z4S A; 2PXI A; 3H6Q A; 4JWN A; 4IQW A; 4MF8 A; 3BB2 A; 1NUN A; 3A07 A; 4I0U A; 4PHE A; 4I28 A; 3RH5 A; 3AKG A; 1G9C A; 3ISB A; 4O67 A; 4KC3 A; 2Q9X A; 1DFC A; 5BXR A; 4G9N A; 3F62 B; 4K4H A; 8ICE A; 4I2C A; 3MPP G; 3IM7 A; 5J0P A; 4NXT A; 1TOO A; 3S8J A; 3RMX A; 3VSF A; 3JPN A; 3FJC A; 1NOM A; 1ZQY A; 1DJS B; 1ISY A; 4P4O A; 5HRH A; 3B0Y A; 3N0K A; 5J0U A; 3H37 A; 4M47 A; 4K4I A; 4WC2 A; 1YLQ A; 2ISP A; 1PWA A; 3AJ5 A; 4M0A A; 2QYI B; 3NBE A; 4IQP A; 2HWM A; 4O68 A; 1FGA A; 2BPG A; 1D0H A; 5J0X A; 3RJG A; 1ISZ A; 8ICO A; 2RQ9 A; 2DR5 A; 4KLI A; 3ER9 B; 2BEB A; 3TFR A; 2ZH8 A; 2LIQ A; 1WBA A; 2KLL A; 2VUA A; 9ICC A; 4AT7 A; 3ISC A; 5J2F A; 4K8V A; 5CFT A; 5DB9 A; 3V79 C; 4R64 A; 4G6M A; 3MBY A; 4KLG A; 2Y9W C; 3P53 A; 2GO2 A; 5J2I A; 4I37 A; 3E8L C; 1W3A A; 1CVS A; 3FJK A; 3IIR A; 3ZX7 A; 1ZQP A; 5CA7 A; 6I1B A; 3WA1 A; 2BPF A; 1ZQX A; 3VUO A; 4Z9W B; 3ILA A; 5CHG A; 4ISQ A; 4QZA A; 5DZU A; 4OUJ A; 1DQG A; 7ICP A; 3BAG A; 3NJ5 A; 4DOB A; 8ICR A; 9ICO A; 4LEW A; 8ICN A; 4QAL A; 4ATB B; 3CA3 A; 4XFU A; 4X4T A; 2DR9 A; 4PC4 A; 2O1P A; 3LQC B; 2D7R A; 1VJ7 A; 8ICA A; 4OAI Z; 2UUS A; 1ZQV A; 3BAV A; 1S0C A; 3WMV A; 7ICV A; 4RWP A; 3ISD A; 3AKH A; 4LO1 C; 4EED A; 4EV6 A; 2D44 A; 2DVI A; 4M5D A; 3FJ8 A; 3H39 A; 3NVO A; 3WFR E; 3UXO A; 2FCL A; 4JLX A; 4KLU A; 1BAR A; 4DOC A; 7ICE A; 5DVH A; 1BPD A; 5EC5 A; 1MIY A; 5DDY A; 4AT9 A; 3C2K A; 2BCU A; 1ZJM A; 2KI4 A; 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