The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
279
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sequence length |
849
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structure length |
824
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Chain Sequence |
EQTYYDLVKAFMAEIRQYIRELNLIIKVFREPFVSNSKLFSANDVENIFSRIVDIHELSVKLLGHIEDTVEMTDEGSPHPLVGSCFEDLAEELAFDPYESYARDILRPGFHDRFLSQLSKPGAALYLQSIGEGFKEAVQYVLPRLLLAPVYHCLHYFELLKQLEEKSEDQEDKECLKQAITALLNVQSGMEKICSKSLAKRRLSESAAIKKMNEIQKNIDGWEGKDIGQCCNEFIMEGTLTRVGAKHERHIFLFDGLMICCKSNHGQPRLPGASNAEYRLKEKFFMRKVQINDKDDTNEYKHAFEIILKDENSVIFSAKSAEEKNNWMAALISLQYRSTLERMLDVTMLQEEKEEQMRLPSADVYRFAEPDSEENIIFEEGIPIIKAGTVIKLIERLTYHMYADPNFVRTFLTTYRSFCKPQELLSLIIERFEIPEPEPTEADRIAIENGDQPLSAELKRFRKEYIQPVQLRVLNVCRHWVEHHFYDFERDAYLLQRMEEFIGTVRGKAMKKWVESITKIIQRKKIAHNITFQSSPPTVEWHISRPGHIETFDLLTLHPIEIARQLTLLESDLYRAVQPSELVGSVWTKEDKEINSPNLLKMIRHTTNLTLWFEKCIVETENLEERVAVVSRIIEILQVFQELNNFNGVLEVVSAMNSSPVYRLDHTFEQIPSRQKKILEEAHELSEDHYKKYLAKLRSINPPCVPFFGIYLTNILKTEEGNPEVLKRHGKELINFSKRRKVAEITGEIQQYQNQPYCLRVESDIKRFFENLNPMGNSMEKEFTDYLFNKSLEIEPRNPKPLPRFPKKYSYPLKSPGVRPSNPR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural analysis of autoinhibition in the ras activator son of sevenless.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Son of sevenless protein homolog 1
|
| total genus |
279
|
| structure length |
824
|
| sequence length |
849
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00169 | PH | PH domain |
| A | PF00617 | RasGEF | RasGEF domain |
| A | PF00618 | RasGEF_N | RasGEF N-terminal motif |
| A | PF00621 | RhoGEF | RhoGEF domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 | Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 | Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Dbl Homology Domain; Chain A | Dbl homology (DH) domain | ||
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Y7B A; 1TJ6 A; 2LOZ A; 2P0D A; 2EC1 A; 1NTY A; 1FGZ A; 2D9X A; 3SV1 A; 4KVG B; 1XD4 A; 5KCV A; 1KZ7 A; 1M7E A; 4URV S; 3M1I B; 5DHF B; 1U5G A; 3O96 A; 4P7I A; 2YRY A; 5J3T A; 1GG3 A; 1XR0 B; 2CAY A; 2P0H A; 2FJL A; 4HAW B; 4TKN A; 2DFK A; 1Y19 B; 1U5D A; 2P0F A; 2KCJ A; 2QKL A; 3KZ1 A; 3OAN A; 3PVU A; 2CY5 A; 4D0N B; 1OQN A; 1X05 A; 2M38 A; 5C5B A; 2DLW A; 1XD2 C; 2Z0Q A; 5KQ1 A; 2GCJ A; 3KRX A; 1P6S A; 5LOP B; 3D8E A; 2LG1 A; 3ML4 A; 1TXD A; 1ISN A; 5C16 A; 1ZC3 B; 1E5W A; 1I2H A; 1UNR A; 4HDQ A; 4MH0 E; 1FHX A; 1X1F A; 1WGQ A; 2COC A; 1U29 A; 2I1K A; 2COD A; 2K2J A; 1I7A A; 1W1D A; 1J0W A; 2ELA A; 4MGZ E; 4A6F B; 2EMT A; 4YL8 A; 1K5D B; 3EO2 A; 2MKR A; 1FOE A; 2JP2 A; 2COA A; 4Y94 A; 4HB4 B; 2ROZ B; 1BAK A; 4IAP A; 1MKE A; 3DXE A; 4EJN A; 2L2I A; 3ZVR A; 2D9Z A; 1X86 A; 3WYF B; 2IYB A; 2VKI A; 2RNR B; 5JLJ B; 1Z87 A; 1P3R A; 2Y8G A; 2DKP A; 2XQN M; 3JV3 A; 5L81 A; 1IRS A; 3SNH A; 5CLQ B; 4A6H A; 4L6E A; 4GXB A; 1KZG A; 3T6G A; 2I5F A; 4HAZ B; 1DYN A; 2IFS A; 2YT0 A; 2KGX B; 1PFJ A; 2HE7 A; 1P5T A; 3GYO A; 5J3Y A; 2D11 A; 1NTV A; 3X23 A; 4C0A A; 3HQC A; 5HE3 A; 2NMB A; 3TO1 A; 5JP4 A; 1XCG A; 4MK0 A; 3CXB B; 5FI0 A; 1MIZ B; 4WJ7 A; 4URU S; 2D10 A; 1DRO A; 4MGK E; 1MPH A; 3QBV B; 3T06 A; 4US0 S; 5HE1 A; 2DA0 A; 2E2X A; 1Q67 A; 1XX0 A; 2K00 A; 4D0O A; 1ZM0 A; 5HE2 A; 2DN6 A; 3BIN A; 4KHO A; 5JHG A; 2DX1 A; 2MDX A; 2I1J A; 3KSY A; 3BJI A; 3A8P A; 2K2U A; 1FAO A; 5D3X A; 1W1G A; 1FGY A; 2YSZ A; 1V89 A; 4XWX A; 3HK0 A; 1W1H A; 3AJ4 A; 3SO6 A; 3DXD A; 4GYV A; 4Z2M B; 1GC7 A; 5DIF B; 4IOY X; 4YON A; 4KAX B; 2CY4 A; 4CHJ A; 2DHI A; 4DBB A; 1MIX A; 2Y8F A; 2HTH B; 1H4R A; 1UPR A; 1EAZ A; 4URX S; 1F5X A; 3G9W A; 4MY6 A; 4GPT B; 2H7E A; 4HHV A; 4HAY B; 4A6K A; 4HAT B; 4GOU A; 1Y5O A; 2KUP A; 5GOW B; 1V5M A; 3NSU A; 2RSG A; 1X1G A; 4B6H A; 3UZT A; 4JGW A; 1QQG A; 3P6A A; 3GYP A; 2J0K A; 1BWN A; 2N0Y A; 3TVV A; 2D9Y A; 2J0J A; 1NU2 A; 3FEH A; 1U5E A; 2EMS A; 4PNK A; 3ULB A; 1MK7 B; 2RVB B; 3LJU X; 3TCA A; 1DDM A; 1AQC A; 5FI1 A; 2H7D A; 2GCL A; 3KRW A; 2AL6 A; 3ODO A; 3RCP A; 2VSZ A; 1BTK A; 5DI9 B; 4H8S A; 2X18 A; 1PLS A; 2Z0O A; 5C5B B; 1SHC A; 3PVW A; 2II0 A; 4ZRK A; 3DXC A; 2BYV E; 3QWM A; 1U5F A; 2IJE S; 2MFQ A; 2V76 A; 1PMS A; 4HAU B; 5EFX A; 4Z2N A; 3V5W A; 2YVC A; 1EVH A; 1ZC4 B; 2DHJ A; 1NVW S; 3QIJ A; 4A5K A; 1ZVR A; 4ZRI A; 4BBK A; 3PVL A; 3VIA A; 1DDV A; 4HB3 B; 2VRW B; 4HAV B; 1WI1 A; 4NY0 A; 5D3W A; 1AWE A; 1RRP B; 1TQZ A; 3A8Q A; 1GC6 A; 4ZRJ A; 5J3Q A; 3FM8 C; 2DHK A; 1WJM A; 1UNQ A; 4CHM A; 5D27 A; 5CM8 A; 1ZSQ A; 2DYQ A; 2QKM A; 5JHH A; 4WVF B; 5D3V A; 2UZR A; 5C79 A; 2R09 A; 1NVX S; 3AU5 A; 1V61 A; 4CYE A; 2MWN B; 1FB8 A; 2DTC A; 1QC6 A; 2J59 M; 3F0W A; 3T6A A; 3VOQ A; 4K81 A; 1EGX A; 1J19 A; 1DDW A; 4US2 S; 1BKD S; 3PG7 A; 1NI2 A; 2Z0P A; 5CM9 A; 2Q13 A; 3QXL A; 1SGH A; 2GJY A; 4TYZ A; 2W2X C; 3HW2 B; 3PEG A; 2OQB A; 4NYI S; 1LB1 A; 4HB0 B; 3D8D A; 4MGI E; 2G35 A; 1NVV S; 1WG7 A; 1FHO A; 2M14 A; 1N3H A; 2KR9 A; 1H10 A; 3F5R A; 4HAX B; 2LUL A; 2AEH A; 4DXA B; 2L1C A; 4KHA A; 3D8F A; 4L9M A; 4EKU A; 2LKO A; 3ODW A; 4A6F A; 4MGY E; 3WA0 A; 2YF0 A; 4EMO A; 5LON B; 2NZ8 B; 2LOX A; 3N7C A; 2PZ1 A; 4GMX B; 3AU4 A; 1X11 A; 1LW3 A; 2COF A; 2RUK B; 4K2O A; 3KY9 A; 3U7D A; 2BCJ A; 4F7U P; 4URY S; 1BTN A; 2D2Q A; 1V88 A; 2W2X D; 2UVM A; 1B55 A; 1OY2 A; 4KHB B; 5CLL B; 2R0D A; 2GS0 A; 4GMV A; 3ULC A; 4US1 S; 4URZ S; 4K2P A; 1FHW A; 1NVU S; 2D9V A; 2ROV A; 2YS5 A; 1MK9 B; 4GZU A; 1RJ2 A; 4NYM S; 1UEF A; 1OMW A; 4URW S; 3TFM A; 2D9W A; 1UPQ A; 3A98 B; 4PQ0 A; 2YS3 A; 4GN1 A; 4IFS A; 3FSS A; 5KQ4 A; 5C6R A; 2I5C A; 4F7H A; 2RGN B; 2P8V A; 2OTX A; 4F7Z A; 1EF1 A; 3CIK A; 1WGU A; 2D4Q A; 2ELB A; 1U27 A; 3ZDT A; 2LYD A; 1V5U A; 2CRF A; 1M7R A; 3PSC A; 4HB2 B; 2ADZ A; 2DX5 A; 4WSF A; 4DX8 A; 5HE0 A; 1U2B A; 3CF6 E; 4F7G A; 3GF9 A; 4HDO A; 2ZPY A; 4NSW A; 1KI1 B; 3MPX A; 1MAI A; 1DBH A; 5DH9 B; 1V5P A; 3MDB C; 5D3Y A; 3PP2 A; 1K5G B; 3TW1 A; 4K17 A; 1BY1 A; 2N23 A; 2DKQ A; 2YT1 A; 3PZD A; 2EJ8 A; 2DYN A; 4MT7 A; 3P7Z A; 2J0M A; 3U8Z A; 4DX9 0; 3SYX A; 1WJ1 A; 3IVF A; 2UZS A; 2W2W A; 1UNP A; 3SUZ A; 2YS1 A; 1XKE A; 1WVH A; 4NYJ S; 5DHA B; 2RLO A; 1XOD A; 3ODX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Y7B A; 1TJ6 A; 2LOZ A; 2P0D A; 2EC1 A; 1NTY A; 1FGZ A; 2D9X A; 3SV1 A; 4KVG B; 1XD4 A; 5KCV A; 1KZ7 A; 1M7E A; 4URV S; 3M1I B; 5DHF B; 1U5G A; 3O96 A; 4P7I A; 2YRY A; 5J3T A; 1GG3 A; 1XR0 B; 2CAY A; 2P0H A; 2FJL A; 4HAW B; 4TKN A; 2DFK A; 1Y19 B; 1U5D A; 2P0F A; 2KCJ A; 2QKL A; 3KZ1 A; 3OHM B; 3OAN A; 3PVU A; 2CY5 A; 4D0N B; 1OQN A; 1X05 A; 2M38 A; 5C5B A; 2DLW A; 4DIX A; 1XD2 C; 2Z0Q A; 2Z13 A; 5KQ1 A; 2GCJ A; 3KRX A; 1P6S A; 5LOP B; 3D8E A; 2LG1 A; 3ML4 A; 1TXD A; 1ISN A; 5C16 A; 1ZC3 B; 5LG4 B; 1E5W A; 1I2H A; 1UNR A; 5IRS A; 4HDQ A; 4MH0 E; 1FHX A; 1X1F A; 1WGQ A; 2COC A; 1U29 A; 2I1K A; 2COD A; 2K2J A; 2ZKM X; 1I7A A; 1W1D A; 1J0W A; 2ELA A; 4MGZ E; 4A6F B; 2EMT A; 3B77 A; 4YL8 A; 3HSA A; 1K5D B; 3EO2 A; 2MKR A; 1FOE A; 2JP2 A; 2COA A; 4Y94 A; 4HB4 B; 2ROZ B; 1BAK A; 3NWF A; 4IAP A; 1MKE A; 3DXE A; 4EJN A; 2L2I A; 5M4Y B; 3ZVR A; 2KIE A; 2D9Z A; 1X86 A; 3WYF B; 2IYB A; 2VKI A; 2RNR B; 5JLJ B; 1Z87 A; 1P3R A; 2Y8G A; 2DKP A; 2XQN M; 3JV3 A; 5L81 A; 1IRS A; 3SNH A; 5CLQ B; 4A6H A; 4L6E A; 4GXB A; 1KZG A; 3T6G A; 2I5F A; 4HAZ B; 1DYN A; 2IFS A; 2KR0 A; 2KGX B; 2YT0 A; 1PFJ A; 2HE7 A; 1P5T A; 3GYO A; 4QJ4 B; 5J3Y A; 2D11 A; 1NTV A; 3X23 A; 4C0A A; 3HQC A; 5HE3 A; 2NMB A; 3TO1 A; 4QXA B; 5JP4 A; 1XCG A; 4MK0 A; 3CXB B; 5FI0 A; 1MIZ B; 4WJ7 A; 2Z14 A; 4URU S; 2D10 A; 1DRO A; 4MGK E; 1MPH A; 3QBV B; 3T06 A; 4US0 S; 5HE1 A; 2DA0 A; 2E2X A; 1Q67 A; 1XX0 A; 2K00 A; 4D0O A; 1ZM0 A; 5HE2 A; 2DN6 A; 3BIN A; 4KHO A; 5JHG A; 2DX1 A; 2MDX A; 4KHB A; 2I1J A; 3KSY A; 3BJI A; 3A8P A; 2K2U A; 1FAO A; 5D3X A; 1W1G A; 3A58 A; 1FGY A; 2YSZ A; 1V89 A; 4XWX A; 2GUM A; 3HK0 A; 2NBV A; 1W1H A; 3AJ4 A; 3SO6 A; 3DXD A; 4GYV A; 4Z2M B; 1GC7 A; 5DIF B; 4IOY X; 4YON A; 4KAX B; 2CY4 A; 4CHJ A; 2DHI A; 4DBB A; 1MIX A; 2Y8F A; 4QJ3 B; 5I2S A; 2HTH B; 1H4R A; 1UPR A; 1EAZ A; 4URX S; 1F5X A; 3G9W A; 4MY6 A; 4GPT B; 2H7E A; 4HHV A; 4HAY B; 4A6K A; 4HAT B; 4GOU A; 1Y5O A; 2KUP A; 5GOW B; 1V5M A; 3NSU A; 2RSG A; 1X1G A; 4B6H A; 3UZT A; 4JGW A; 1QQG A; 3P6A A; 3GYP A; 3NW8 A; 2J0K A; 1BWN A; 2N0Y A; 3TVV A; 2D9Y A; 2J0J A; 1NU2 A; 3FEH A; 1U5E A; 2EMS A; 4PNK A; 3ULB A; 1MK7 B; 2RVB B; 3LJU X; 3TCA A; 1DDM A; 1AQC A; 4OT1 A; 5FI1 A; 2H7D A; 2GCL A; 3KRW A; 2AL6 A; 3ODO A; 3RCP A; 2VSZ A; 1BTK A; 5DI9 B; 4H8S A; 2X18 A; 1PLS A; 2Z0O A; 5C5B B; 1SHC A; 3PVW A; 2II0 A; 4ZRK A; 4GNK B; 4HSI A; 3DXC A; 2BYV E; 3QWM A; 2R2Y A; 1U5F A; 2IJE S; 2MFQ A; 2V76 A; 1PMS A; 4HAU B; 3HIE A; 5EFX A; 4Z2N A; 3V5W A; 2YVC A; 1EVH A; 1ZC4 B; 2DHJ A; 1NVW S; 3QIJ A; 4A5K A; 1ZVR A; 4ZRI A; 4BBK A; 3PVL A; 3VIA A; 1DDV A; 4HB3 B; 2VRW B; 4HAV B; 1WI1 A; 4NY0 A; 5D3W A; 1AWE A; 1RRP B; 1TQZ A; 3A8Q A; 1GC6 A; 4ZRJ A; 5J3Q A; 3FM8 C; 2DHK A; 1WJM A; 1UNQ A; 4CHM A; 5D27 A; 5CM8 A; 1ZSQ A; 2DYQ A; 2QKM A; 2Z59 A; 5JHH A; 4WVF B; 5D3V A; 2UZR A; 5C79 A; 2R09 A; 1NVX S; 3AU5 A; 1V61 A; 4CYE A; 2MWN B; 1FB8 A; 2DTC A; 1QC6 A; 2J59 M; 3F0W A; 5I2M A; 4D6W A; 3T6A A; 3VOQ A; 4K81 A; 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