The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
68
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sequence length |
686
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structure length |
318
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Chain Sequence |
VNASNPLLHPHLDDPSLLNNPIWKLQLHLAAVSAQSLGQPNIYARQNAMKKYLCTKQALMEMADTLTDSKTAKDDQLWHALDLSNLQIFNISANIFKYDFLTRLYLNGNSLTELPAEIKNLSNLRVLDLSHNRLTSLPAELGSCFQLKYFYFFDNMVTTLPWEFGNLCNLQFLGVEGNPLEKQFLKILTEKSVTGLIFYLRDNRPEIPLPHETLCQHYATPKMYRYTPSWALSWDYRRNKLKEQILSYDSDLLCLQVESKTFEEYWVPTGIFVDGCCIFFLPFTNFTPSFTDVIEVDPEYVSKFIGFPNDKFPSDHIP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Architecture of the Nuclease Module of the Yeast Ccr4-not Complex: The not1-Caf1-Ccr4 Interaction.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
|
| molecule tags |
Hydrolase/cell cycle
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
68
|
| structure length |
318
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| sequence length |
686
|
| chains with identical sequence |
J, K, L
|
| ec nomenclature |
ec
3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease. |
| pdb deposition date | 2012-08-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| D | PF03372 | Exo_endo_phos | Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family |
| D | PF12799 | LRR_4 | Leucine Rich repeats (2 copies) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Single Sheet | Rubrerythrin, domain 2 | Rubrerythrin, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 | Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Horseshoe | Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) | Ribonuclease Inhibitor |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4RCA B; 1M9L A; 3WPE A; 4FHO A; 3WPC A; 4V2E A; 4Q3G A; 4R6A A; 1FQV A; 3UL9 A; 3GOZ A; 3W3M A; 3G3B A; 4V2C A; 1U0N D; 3ZYI A; 1ZIW A; 1JL5 A; 4Q3I A; 3C6O B; 2P1N B; 4RWT C; 3W3L A; 4U08 A; 2OMT A; 4ECN A; 2P1Q B; 3G06 A; 1KOH A; 3UL8 A; 3RIZ A; 4J4L A; 2Z82 A; 4IM6 A; 2FT3 A; 2CA6 A; 4L3F A; 4CC4 A; 2ID5 A; 4Z79 A; 4B8C D; 1M10 B; 1O6T A; 1OTM A; 4AW4 A; 2V70 A; 3REZ A; 4LXR A; 3KJ4 A; 1XEU A; 4BSR A; 4FS7 A; 4G8A A; 5HDH A; 3G3A A; 4M7E A; 2Z81 A; 2O6Q A; 3C6P B; 4PEQ B; 3W3K A; 4BSS A; 4CP6 A; 4HQ1 A; 5AWB A; 1IO0 A; 1FS2 A; 4PKI G; 4Z64 C; 2RR6 A; 4MQW X; 5IJD A; 1G9U A; 2ELL A; 1W8A A; 4L3A A; 4KT1 A; 3O6N A; 5GMF A; 3RJ0 A; 3E2J A; 5CMN A; 4XGO A; 2OMY A; 3WPB A; 4CIL A; 2IFG A; 5AWC A; 5HZL B; 3ZYO A; 3G39 A; 4I6J B; 4XOS A; 1H6T A; 3WPI A; 4R6F A; 2OMX A; 5FTT B; 1DCE A; 1P9A G; 4U06 A; 2Y5Q A; 3P72 A; 1PGV A; 4WP6 A; 4FMZ A; 2R9U A; 4R5D A; 3M19 A; 5AWA A; 4Z8G A; 4MN8 B; 4R6J A; 4PSJ A; 4CNM A; 1OTN A; 3ZYJ A; 2WQW A; 4LSC A; 2A0Z A; 1XWD C; 1YRG A; 1XCD A; 1H6U A; 5LFN A; 4LI2 A; 1XKU A; 4Z94 G; 3RFE A; 4U7L A; 3FXI A; 1SQ0 B; 2Z65 A; 1FO1 A; 4Z61 C; 1OTO A; 4R6G A; 4NKH A; 4KXF B; 4FDW A; 3JB9 j; 1LTX A; 3W3N A; 1DS9 A; 2O6S A; 2WQV A; 5IJB A; 4PQ8 A; 3VQ1 A; 2ASS B; 3ULA A; 5B0T A; 3TSR E; 4PER A; 4CC4 C; 3WPD A; 4J0M A; 4CNC A; 3W3G A; 3BZ5 A; 3C6N B; 2Z63 A; 5CMP A; 2JE1 A; 4OQT A; 4GLP A; 2V9S A; 2WFH A; 4K17 A; 2Z66 A; 1OOK G; 4M7E C; 4Q62 A; 2JQD A; 3RFJ A; 3RGZ A; 3WN4 A; 2AST B; 5GS2 B; 4H09 A; 4LSX C; 4R09 A; 3RW7 A; 4UFR A; 4C2B B; 1O6V A; 3UN9 A; 1P8V A; 5GQR K; 2P1M B; 2Z64 A; 4R0A A; 3CIG A; 2P1O B; 4P91 A; 3ULU A; 2WQX A; 2Z7X B; 5GMG A; 3VQ2 A; 1WWL A; 3PMH G; 1QYY A; 4R58 A; 1Z7X W; 2BNH A; 5GS0 A; 5IJC A; 4GT6 A; 4YEB B; 4R07 A; 2Q4G W; 5IYX C; 1DFJ I; 4P8S A; 4ECO A; 4EZG A; 4QC0 A; 2Z7X A; 2BEX A; 1GWB A; 4TZH A; 4R08 A; 5AZ5 A; 4FCG A; 4ARR A; 3ULV A; 2V9T B; 5B0N A; 4AY9 X; 3WPH A; 4NKG A; 2WQU A; 2OMW A; 3DZE A; 3RW6 A; 2XOT A; 3RGX A; 4Y61 B; 1M0Z A; 4C2A B; 5B4P A; 2UZX A; 3OJA B; 4U09 A; 2OMZ A; 1OZN A; 1KOO A; 3OGK B; 3G04 C; 1K5D C; 3SB4 A; 5AWD A; 4RCW A; 1A9N A; 3UL7 A; 3CIY A; 4ARN A; 3ZYN A; 4XSQ A; 3A79 B; 3OGL B; 2RA8 A; 3RFS A; 3E3Z A; 4LSX A; 2OMU A; 4LI1 A; 2P1P B; 3E6J A; 3OJA A; 2Z62 A; 4FD0 A; 4R5C A; 2OMV A; 4V2D A; 4KNG A; 1D0B A; 3WPF A; 1OGQ A; 4BV4 R; 3OGM B; 3CVR A; 2O6R A; 3M18 A; 1O6S A; 4WYK A; 1K5G C; 4LSA A; 4LXS A; 5A5C A; 1A4Y A; 2XWT C; 4QBZ A; 1XEC A; 3W3J A; 1M9S A; 3WPG A; 3E4G A; 1P8T A; 3O53 A; 4BSU A; 1FT8 A; 5D3I A; 2JE0 A; 5GMH A; 2UZY A; 4QXE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4AIM A; 1I50 L; 1RYT A; 5JEA G; 4LF5 H; 1DVB A; 1BFY A; 1V8C A; 3K35 A; 4YY3 H; 4RCA B; 1M9L A; 3WPE A; 3MQK B; 1BRF A; 2UU9 H; 4G6B A; 5IYD L; 4AHZ A; 2G8Y A; 3FAU A; 3VKE A; 2M8W A; 1YUX A; 4FHO A; 3WPC A; 2M4Y A; 2CTE A; 3QD7 X; 3RYG A; 2HVY C; 4A3K L; 4V2E A; 4Q3G A; 1RB9 A; 1ZRP A; 4DR3 H; 1HNZ H; 4R6A A; 1SMW A; 3HOY L; 2PQU A; 2E2I L; 1FQV A; 4EC5 A; 3UL9 A; 3GOZ A; 1YK5 A; 3W3M A; 3G3B A; 4V2C A; 2JEB I; 1U0N D; 3ZYI A; 1ZIW A; 1FHM A; 2JI2 A; 4DUY H; 2LTM A; 4OX9 H; 4NZT M; 2XJT A; 1R0F A; 1JL5 A; 3GTP L; 4Q3I A; 2RFK B; 3C6O B; 2A6E D; 2P1N B; 4RWT C; 3MSU A; 3W3L A; 2Y0S P; 3S1Q L; 1Z2I A; 1T9O A; 1WCM L; 1FHH A; 4WAL A; 4U08 A; 2OMT A; 4ECN A; 2P1Q B; 3G06 A; 3KYX A; 1S20 A; 1KOH A; 1VBI A; 2PT7 G; 3UL8 A; 3RIZ A; 4J4L A; 3RF2 A; 2XJP A; 3PWF A; 2Z82 A; 2FT3 A; 4IM6 A; 3I4M L; 2CA6 A; 4L3F A; 2LCQ A; 2HHH H; 3PKJ A; 2CTK A; 1FJG H; 4CC4 A; 2ID5 A; 2V3B B; 4U67 1; 2BE5 D; 4Z79 A; 2GMG A; 4LFA H; 2PPT A; 3AEV B; 4NXN H; 4IFD G; 4B8C D; 4AI3 A; 4POF A; 1SEI A; 2Y3M A; 4H8A A; 1M10 B; 1O6T A; 4X62 H; 1OTM A; 4AW4 A; 3S15 L; 2NVX L; 2APO B; 2V70 A; 3REZ A; 4LF9 H; 5IP7 L; 4AR4 A; 3KJ4 A; 4LXR A; 1XEU A; 2L0Z A; 2DGR A; 4BSR A; 2JVZ A; 1XMO H; 4FS7 A; 4A3B L; 1ZZI A; 4G8A A; 5HDH A; 3G3A A; 4M7E A; 4POG A; 4A3F L; 1S30 A; 2Z81 A; 3WWN B; 4JI4 H; 3IU3 I; 2O6Q A; 3C6P B; 4JI3 H; 4PEQ B; 3S14 L; 4BSS A; 3OSS D; 3W3K A; 4CP6 A; 3GTG L; 3P2A A; 1PZX A; 4HQ1 A; 1VZI A; 5AWB A; 3S2H L; 2C6A A; 5GAH c; 2R93 L; 4DR6 H; 2H12 A; 4GKJ H; 1IO0 A; 1FS2 A; 1XCD A; 4PKI G; 4DR2 H; 4Z64 C; 2RR6 A; 2UXC H; 3H9B A; 5MLC 3; 4MQW X; 5IJD A; 2LTL A; 5AI3 A; 1G9U A; 1OWC A; 2ELL A; 1W8A A; 4L3A A; 2MJH A; 1ZZK A; 4LHN A; 4KT1 A; 3O6N A; 5GMF A; 3HAX C; 4V19 6; 3RJ0 A; 3E2J A; 4K0K H; 1IBK H; 5A2Q W; 4XGO A; 5CMN A; 2OMY A; 3WPB A; 2CKC A; 2XJV A; 1BE7 A; 3T1Y H; 4CIL A; 4DV7 H; 2IFG A; 3VPB E; 5AWC A; 5HZL B; 5AI2 A; 3ZYO A; 3HJY B; 3G39 A; 2UUA H; 4I6J B; 4WFN 1; 3J7Y 1; 4JI8 H; 2A1S A; 1LKP A; 4XOS A; 1H6T A; 3WPI A; 4JAD A; 4R6F A; 2OMX A; 1RYQ A; 5EIO C; 1SMM A; 3A44 A; 2MS3 A; 2RDV A; 5DT9 A; 3S1M L; 5FTT B; 4AI0 A; 1DCE A; 3KYV A; 3LWR B; 3T1H H; 1P9A G; 1QQT A; 1TUA A; 2WAQ P; 1X9Z A; 4U06 A; 2Y5Q A; 3S16 L; 2ANR A; 4B3T H; 5C44 L; 2KKD A; 1N36 H; 3P72 A; 3M4O L; 1PGV A; 1ODH A; 4JI1 H; 4NZR M; 4WP6 A; 4Y7N L; 4FMZ A; 5IYC L; 2D9I A; 2R9U A; 4R5D A; 3M19 A; 1X0A A; 5AWA A; 4YHH H; 4Z8G A; 4MN8 B; 1RDG A; 1BQ9 A; 4DR5 H; 5GAD c; 3LNL A; 4G08 A; 4R6J A; 4PSJ A; 4CNM A; 4QMF B; 5IP9 L; 2K1H A; 1IRN A; 4A3E L; 2ZIX A; 3H9C A; 1OTN A; 2YQR A; 3PKI A; 2JA6 L; 3ZYJ A; 1K1G A; 3I4N L; 1S03 G; 2WQW A; 3H0G L; 4XXB B; 4LSC A; 2A0Z A; 1XWD C; 4AHX A; 1YRG A; 1FKA H; 1PQX A; 1NXE A; 3GR5 A; 4X65 H; 2CTM A; 2Z3R B; 2JA5 L; 4LIJ A; 4ZN3 B; 4OD6 A; 4OO1 G; 4AQY H; 1H6U A; 5LFN A; 3WWL A; 5M3M L; 3J7Z 1; 3GTJ L; 4JI6 H; 4DV4 H; 1XKU A; 4LI2 A; 4Z94 G; 3B08 B; 1ZTG A; 1F0X A; 2UUC H; 3RFE A; 4C3J L; 5RXN A; 4U7L A; 2F4V H; 2E3U A; 4WAN A; 3FXI A; 1S24 A; 5MF6 A; 1SQ0 B; 2QND A; 5JVH 1; 4JYA H; 2PVE A; 2Z65 A; 1FO1 A; 3B0A B; 4Z61 C; 1OTO A; 2CTL A; 5GAE c; 4R6G A; 1WTJ A; 1P7P A; 4X6A L; 4NKH A; 4KXF B; 4FDW A; 3PO2 L; 4Y52 L; 3JB9 j; 3HOX L; 4BBR L; 4JI7 H; 1LTX A; 3W3N A; 1DS9 A; 2XJR A; 1X4N A; 4AR5 A; 2O6S A; 2WQV A; 2JA9 A; 1XNR H; 2J9U B; 2PYA A; 2UXD H; 1Z92 B; 4X66 H; 1NXG A; 1J5E H; 5M5X L; 3HOV L; 5IJB A; 5AN9 H; 2K2D A; 2HR5 A; 3H3V M; 5DM7 1; 4PQ8 A; 4BY1 L; 2KN9 A; 3VQ1 A; 1PFU A; 2ASS B; 1B13 A; 2C6B A; 4AI1 A; 4GS7 D; 3ULA A; 5B0T A; 3TSR E; 2A68 D; 4PER A; 4CC4 C; 4A3G L; 3WPD A; 4J0M A; 2UUB H; 1HNW H; 4CNC A; 3W3G A; 3BZ5 A; 4AHY A; 3QQC E; 1IW7 D; 4AR6 A; 3OTO H; 1N33 H; 1I6H L; 3C6N B; 2Z63 A; 1DTJ A; 4A3J L; 5CMP A; 3GAB A; 5K2M E; 1IU6 A; 4OCH A; 4QIW P; 1VZG A; 1HNX H; 2JE1 A; 4GLP A; 4OQT A; 1DT4 A; 2O5J D; 4DR7 H; 2VQF H; 2V9S A; 4A3L L; 2WFH A; 1WHR A; 3KYY A; 4RXN A; 4K17 A; 2Z3Q B; 2Z66 A; 2AXY A; 1OOK G; 4C3I L; 4KHP H; 4LHL A; 4TVM A; 4LF6 H; 4M7E C; 2NVY L; 2AYJ A; 4Q62 A; 2JQD A; 3RFJ A; 3RGZ A; 4ME3 A; 5C4X L; 3WN4 A; 1LKM A; 2AST B; 2HH2 A; 2FMR A; 3PIO 1; 5GS2 B; 2B63 L; 4H09 A; 4LSX C; 1QYB A; 4R09 A; 2VQE H; 1PFY A; 1T9P A; 3RW7 A; 2V0F A; 1I6U A; 1J5K A; 3GTK L; 1IBL H; 4LFB H; 1O6V A; 4UFR A; 3UN9 A; 2PY9 A; 4C2B B; 4C3H L; 1P8V A; 2PVX A; 3GKU A; 1WJV A; 3S2D L; 1S2Z A; 1BQ8 A; 3LWV B; 3HOU L; 3KDG A; 2P1M B; 5H1S c; 5GQR K; 3HOZ L; 2Z64 A; 4R0A A; 5FJ8 L; 2CPQ A; 2V0E A; 4E9J A; 2JI1 A; 3CIG A; 1N34 H; 3EZJ A; 2P1O B; 2VUM L; 4P91 A; 2XJU A; 2LRR A; 2WQX A; 3ULU A; 3S17 L; 3H99 A; 2Z7X B; 5GMG A; 1YK4 A; 1RWD A; 3VQ2 A; 4YWM A; 1WWL A; 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