The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
112
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sequence length |
367
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structure length |
367
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Chain Sequence |
SAQVKWPRYLEATLGFDNHWHPAAFDHELAEGEFVAVTMLGEKVLLTRAKGEVKAIADGCAHRGVPFSKEPLCFKAGTVSCWYHGWTYDLDDGRLVDVLTSPGSPVIGKIGIKVYPVQVAQGVVFVFIGDEEPHALSEDLPPGFLDEDTHLLGIRRTVQSNWRLGVENGFDTTHIFMHRNSPWVSGNRLAFPYGFVPADRDAMQVYDENWPKGVLDRLSENYMPVFEATLDGETVLSAELTGEEKKVAAQVSVWLPGVLKVDPFPDPTLIQYEFYVPISETQHEYFQVLQRKVEGPEDVKTFEVEFEERWRDDALHGFNDDDVWAREAQQEFYGERDGWSKEQLFPPDMCIVKWRTLASERGRGVRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Specific Interactions between the ferredoxin and terminal oxygenase components of a class IIB Rieske nonheme iron oxygenase, carbazole 1,9a-dioxygenase.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Nocardioides aromaticivorans
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| molecule keywords |
Terminal oxygenase component of carbazole 1,9a-dioxygenase
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| total genus |
112
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| structure length |
367
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| sequence length |
367
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00355 | Rieske | Rieske [2Fe-2S] domain |
| A | PF11723 | Aromatic_hydrox | Homotrimeric ring hydroxylase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | protein ne1242 fold | protein ne1242 fold | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 | Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2P3Y A; 4BY1 I; 3M4O I; 2BJO A; 2VUM I; 1Y1W I; 4A3J I; 2HMK A; 4NBG A; 5IP7 I; 1Y1V I; 1O7G A; 1YUA A; 3HOX I; 2NVX I; 1O7W A; 2HMJ A; 3GZX A; 5AEW A; 1RLY A; 3HOY I; 5HL4 A; 3HOZ I; 4Y7N I; 2R92 I; 1ULI A; 2R7Z I; 4HM1 A; 3S14 I; 1TWA I; 2JS4 A; 1I50 I; 1QYP A; 2KPI A; 1SFO I; 4A3G I; 1USP B; 2B24 A; 3GTM I; 4A3E I; 5IP9 I; 1R9T I; 3HOW I; 2YFL A; 3S1N I; 3K7A I; 2E2J I; 3M3Y I; 2GBX A; 1TWC I; 2R93 I; 4A3F I; 4HM3 A; 2B63 I; 3GZY A; 1TFI A; 4BXX I; 1Z02 A; 4BY7 I; 3RZO I; 1UUW A; 3PO2 I; 3I07 A; 1USP A; 2DE5 A; 2NVQ I; 3GTJ I; 1O7N A; 2BMO A; 1TWG I; 1ML8 A; 2RBL A; 4A3K I; 2BMQ A; 3EER A; 1X3W A; 2JR6 A; 4NBB A; 3VMI A; 4MH4 A; 3Q87 A; 1DL6 A; 2CKF A; 5C4J I; 1Z03 A; 2F4M A; 3N0Q A; 2PK7 A; 4QUR A; 4QUP A; 3GKQ A; 3GTO I; 4NBA A; 4X6A I; 1I3Q I; 2J6A A; 3PO3 I; 2XR8 A; 2HMN A; 1Y1V S; 3ESW A; 2JA5 I; 3GTG I; 3GTK I; 3I4M I; 3FKI I; 3S2H I; 2JA7 I; 3S1M I; 4A3B I; 1ZB8 A; 3LUS A; 1VLA A; 4HM2 A; 1UUV A; 2GBW A; 2JNY A; 1O7H A; 3EQQ A; 4HM7 A; 3H3V J; 3GTM S; 2HMO A; 3S15 I; 4A3D I; 4NBC A; 3S1R I; 4NB8 A; 2HF1 A; 4A3C I; 3PO3 S; 2BMR A; 1X3Z A; 3S16 I; 1TWH I; 4HM5 A; 3HOV I; 1NUI A; 3U50 C; 3HOU I; 1ZB9 A; 4BBR I; 2XSO A; 4HM6 A; 4QTT A; 3S1Q I; 5FLM I; 3H0G I; 4HM4 A; 3VCP A; 3GCF A; 3D6W A; 2JA8 I; 1LQL A; 1RO4 A; 4NBD A; 4A93 I; 1EG9 A; 4Y52 I; 1O7M A; 3VB9 A; 2YU9 I; 4NB9 A; 2K5R A; 2DE7 A; 3CQZ I; 1WQL A; 2XSH A; 3VMG A; 4HM0 A; 4HM8 A; 1NDO A; 4BBS I; 1WW9 A; 4A3M I; 1I6H I; 2NVT I; 1N2F A; 1WCM I; 4NBE A; 2E2H I; 3VMH A; 2DE6 A; 4QUQ A; 4A3L I; 1O7P A; 2HMM A; 4NBH A; 3GTL I; 5CM2 M; 1TWF I; 5AEU A; 2AKL A; 3I4N I; 3VCA A; 1K83 I; 3S2D I; 2B1X A; 1L1O C; 1ULJ A; 2NVY I; 3GTQ I; 3S17 I; 2JA6 I; 5C4X I; 2F4O A; 2YFJ A; 4A3I I; 2HML A; 2E2I I; 4NBF A; 5C44 I; 3RZD I; 4HJL A; 1PFT A; 5C3E I; 4HKV A; 2YFI A; 3GTP I; 4QTU A; 2XRX A; 4XX2 A; 3EN1 A; 1Z01 A; 4NOZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YAD A; 4BY1 I; 2VUM I; 3F3P C; 4A3J I; 3G6E Z; 5IP7 I; 3AWZ B; 2RIQ A; 4CL1 A; 2HMJ A; 1YJ9 1; 5AEW A; 1QVG Z; 5HL4 A; 3HOZ I; 4RVH A; 3S14 I; 3CME 1; 1TWA I; 5FLX f; 1VQ4 Z; 2K3R A; 1VQ6 1; 2B24 A; 1RO0 A; 3GTM I; 1VQP Z; 1NP6 A; 4MD7 A; 3HKZ A; 1R9T I; 1W2B Z; 3S1N I; 2YFL A; 1TWC I; 3G6E 1; 2R93 I; 4A3F I; 3GZY A; 3RZO I; 1Q81 1; 1VQ4 1; 2NVQ I; 3GTJ I; 2BMO A; 1ML8 A; 1VQP 1; 3VMI A; 4NBB A; 4MH4 A; 5C4J I; 1JJ2 Y; 2ZWE B; 1Z03 A; 2F4M A; 3N0Q A; 2IZ4 A; 4NBA A; 2IZ3 A; 1I3Q I; 2J6A A; 5AN9 F; 2ZWG B; 1Y1V S; 2JA5 I; 3GTG I; 2JA7 I; 3S1M I; 4A3B I; 2QRD B; 3LUS A; 1QVG Y; 2VF1 A; 3JAM f; 2GBW A; 2JNY A; 2VPZ A; 3EQQ A; 3CXC Z; 3H3V J; 3S1R I; 3MZK B; 2RPR A; 2BMR A; 4HGY A; 2QKD A; 1Q81 2; 3HOU I; 2AHL B; 3CCV Z; 5FLM I; 2RHB A; 4HM4 A; 4EWC A; 2JA8 I; 2GTI A; 1EG9 A; 2JMO A; 2LEX A; 3T4N B; 1K8A 1; 2YU9 I; 3CQZ I; 2V8I A; 2M6N A; 2ZWD B; 4RV9 A; 2QEX 1; 4NFR A; 2WAQ A; 1WCM I; 2ZMX B; 2WB1 A; 4NBE A; 2DE6 A; 1N8R 1; 1Y8C A; 4RS4 A; 5CM2 M; 3P5J B; 2AKL A; 3VCA A; 3S2D I; 3QWU A; 2O4H A; 3S17 I; 1YI2 Z; 5C4X I; 5D1P A; 2JV8 A; 3AWW B; 2E2I I; 2ZMY B; 4NBF A; 5C44 I; 1K9M 2; 2JUB A; 3GTP I; 3NH4 A; 3CXC Y; 2QR1 B; 1K8A 2; 5FLX b; 2ZAE B; 2HMK A; 1YI2 1; 3IF8 A; 1O7G A; 2RT9 A; 3J7A 4; 1O7W A; 3HOY I; 2Q51 A; 4RVG A; 2V8J A; 1N8R 2; 5IT9 f; 4E2W A; 1WJ2 A; 1QVF Z; 1S72 Z; 3EED A; 3CPW Z; 4HM3 A; 2W03 A; 1ZH1 A; 4MXU A; 3I07 A; 2DE5 A; 2KI7 B; 1O7N A; 2RBL A; 5D1O B; 1S72 1; 1X0T A; 2JIQ A; 2JIP A; 3Q87 A; 1DL6 A; 2PK7 A; 3IX0 A; 3JAM b; 2JIO A; 3NH5 A; 3VTN A; 2XR8 A; 2HMN A; 3NDI A; 3KIH A; 3FKI I; 1WZN A; 2E7Z A; 1WX4 B; 3BG1 B; 5D1O A; 1VQM Z; 4HH4 A; 3IR7 A; 4E30 A; 4DGL A; 4HM7 A; 3GTM S; 4A3D I; 2HF1 A; 1X3Z A; 2AHK B; 3U50 C; 2OOX B; 3S1Q I; 2OOY B; 1WX5 B; 2GTH A; 3VCP A; 1VQM 1; 2NAP A; 4NBD A; 1O7M A; 3AWU B; 1I6H I; 1VQ8 Z; 4E2Z A; 2NVT I; 2LIY A; 5T67 A; 3VMH A; 2VPY A; 2R6M A; 4E33 A; 4TNU A; 3GTL I; 3CCS Z; 4AYB A; 2W04 A; 4DK1 A; 4MD9 A; 3I4N I; 2ZWF B; 2B1X A; 2QEX Z; 1ULJ A; 2NVY I; 1KQS Z; 2JIR A; 3KIF A; 1Q82 1; 3F3F C; 2JA6 I; 2PMZ A; 2F4O A; 1W2B Y; 2YFJ A; 3CC2 Z; 2HML A; 1YJN Z; 2G2K A; 1VQ8 1; 2LFU A; 3TDH B; 1WXC B; 3CCJ Z; 4HKV A; 3G4S 1; 4QTU A; 3CCS 1; 1Q7Y 1; 3EN1 A; 3BG0 B; 3CCU Z; 5LL6 f; 2BJO A; 3J81 f; 5A2Q f; 5IT9 b; 4E31 A; 3HOX I; 3I56 Z; 1VQ7 Z; 3CC2 1; 1AA6 A; 4Y7N I; 1YJN 1; 1QF8 A; 3FQQ A; 3CCL Z; 2V8K A; 3CCJ 1; 1QYP A; 1SFO I; 1NJI 1; 1KC8 1; 4A3E I; 3NFZ A; 3CCU 1; 3CCQ Z; 2E2J I; 3M3Y I; 2GBX A; 2PM9 A; 3CC7 Z; 4S1T A; 3I56 1; 1VQ7 1; 1TFI A; 4BXX I; 1Z02 A; 1UUW A; 3PO2 I; 1KQS Y; 3D2L A; 3CCL 1; 2OZK A; 1TWG I; 1Q7Y 2; 2BMQ A; 3EER A; 1X3W A; 2JR6 A; 3CMA Z; 2CKF A; 3CCQ 1; 4E2X A; 3CC7 1; 2Q4Z A; 1P9N A; 3GKQ A; 3GTO I; 2QLV B; 3MZL B; 1RO2 A; 3I4M I; 1NJI 2; 1VQK Z; 1KC8 2; 2OTL Z; 4HGZ A; 4HM2 A; 1UUV A; 3CMA 1; 1O7H A; 2OTJ Z; 3OW2 Z; 1QXF A; 2HMO A; 3S15 I; 4NBC A; 2M48 A; 3S16 I; 3CCR Z; 1TWH I; 4HM5 A; 1NUI A; 3CCM Z; 3MON A; 1ZB9 A; 1M90 1; 2AYD A; 2XSO A; 4QTT A; 2VPW A; 4E32 A; 1VQK 1; 2OTL 1; 1LQL A; 4A93 I; 4MRI A; 3AWY B; 2K5R A; 2DE7 A; 1WQL A; 4HM0 A; 4HM8 A; 3VMG A; 2OTJ 1; 1Q16 A; 1NDO A; 4BBS I; 1WW9 A; 2ZMZ B; 2E2H I; 3CCR 1; 2JIM A; 4A3L I; 2HMM A; 3CCM 1; 1KD1 1; 1M1K 1; 1JWH C; 2E9H A; 3G71 Z; 1L1O C; 3J80 f; 3I55 Z; 1YIJ Z; 1QVF Y; 3CPW Y; 2H85 A; 3NH8 A; 4MON A; 3J81 b; 5A2Q b; 1PFT A; 1M90 2; 2YFI A; 2I3C A; 3OW2 Y; 3AWX B; 4NOZ A; 2P3Y A; 3G71 1; 3M4O I; 3I55 1; 1Y1W I; 3AWT B; 1YIJ 1; 3D9X A; 4NBG A; 1Y1V I; 3G4S Z; 1YUA A; 2NVX I; 3GZX A; 1RLY A; 2GU2 A; 1YHQ Z; 2R92 I; 1ULI A; 2R7Z I; 4HM1 A; 2JS4 A; 1Q86 1; 1I50 I; 2O53 A; 2EGT A; 2KPI A; 4A3G I; 1USP B; 2V45 A; 1KD1 2; 1M1K 2; 1VQ5 Z; 5IP9 I; 1VQO Z; 1YUK A; 3CCE Z; 3HOW I; 1FDO A; 3K7A I; 2B63 I; 4BY7 I; 1YHQ 1; 1WII A; 3AWV B; 1USP A; 1WX2 B; 1VQ5 1; 1YIT Z; 1K9M 1; 4A3K I; 3CC4 Z; 4NH1 C; 1VQO 1; 3CCE 1; 3IFU A; 4QUR A; 4QUP A; 4RVF A; 4X6A I; 3PO3 I; 1Q86 2; 3ESW A; 3GTK I; 1Q82 2; 1K73 1; 3CD6 Z; 3S2H I; 2QA4 Z; 1ZB8 A; 2P28 A; 2V3V A; 1YIT 1; 3CC4 1; 1VLA A; 3TE5 B; 1VQL Z; 1VQ9 Z; 3CCV 1; 1SIW A; 4NB8 A; 4A3C I; 3PO3 S; 3HOV I; 3AX0 B; 4BBR I; 1RNI A; 4HM6 A; 3CD6 1; 3H0G I; 3FQM A; 2Y0S A; 3D6W A; 3GCF A; 4MD8 A; 2QA4 1; 1RO4 A; 4DQY B; 1YJW Z; 4Y52 I; 3VB9 A; 1VQN Z; 4NB9 A; 2XSH A; 2HU9 A; 1VQL 1; 1VQ9 1; 4RVD A; 4A3M I; 3J80 b; 1N2F A; 2VUG A; 2VPX A; 4QUQ A; 1O7P A; 3AWS B; 4NBH A; 1K73 2; 1TWF I; 1FDI A; 5T64 A; 5AEU A; 1K83 I; 2QRC B; 1YJW 1; 3GTQ I; 1VQN 1; 1KRL A; 1RQF A; 5T6B A; 4E2Y A; 4A3I I; 1YJ9 Z; 3RZD I; 3CME Z; 4HJL A; 5C3E I; 1JJ2 Z; 1VQ6 Z; 1S7M A; 3NDJ A; 2QRE B; 2IV2 X; 2XRX A; 4XX2 A; 1Z01 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2YAD A; 4BY1 I; 2VUM I; 3F3P C; 4A3J I; 3G6E Z; 5IP7 I; 2RIQ A; 4CL1 A; 2HMJ A; 1YJ9 1; 5AEW A; 1QVG Z; 5HL4 A; 3HOZ I; 4RVH A; 3S14 I; 3CME 1; 1TWA I; 5FLX f; 1VQ4 Z; 2K3R A; 1VQ6 1; 2B24 A; 1RO0 A; 3GTM I; 1VQP Z; 1NP6 A; 4MD7 A; 3HKZ A; 1R9T I; 1W2B Z; 3S1N I; 2YFL A; 1TWC I; 3G6E 1; 2R93 I; 4A3F I; 3GZY A; 3RZO I; 1Q81 1; 1VQ4 1; 2NVQ I; 3GTJ I; 2BMO A; 1ML8 A; 1VQP 1; 3VMI A; 4NBB A; 4MH4 A; 5C4J I; 1JJ2 Y; 1Z03 A; 2F4M A; 3N0Q A; 2IZ4 A; 4NBA A; 2IZ3 A; 1I3Q I; 2J6A A; 5AN9 F; 1Y1V S; 2JA5 I; 3GTG I; 2JA7 I; 3S1M I; 4A3B I; 2QRD B; 3LUS A; 1QVG Y; 2VF1 A; 3JAM f; 2GBW A; 2JNY A; 3EQQ A; 3CXC Z; 3H3V J; 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