The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
229
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sequence length |
751
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structure length |
738
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Chain Sequence |
EFIMKTRMFEEEGWIRKKCKVCGKPFWTLDPDRETCGDPPCDEYQFIGKPGIPRKYTLDEMREKFLRFFEKHEIYPHGRVKRYPVLPRWRDDVLLVGASIMDFQPWVISGEADPPANPLVISQPSIRFTDIDNVGITGRHFTIFEMMAHHAFNYPGKPIYWMDETVELAFEFFTKELKMKPEDITFKENPWAGGGNAGPAFEVLYRGLEVATLVFMQYKKAPEQDQVVVIKGEKYIPMETKVVDTGYGLERLVWMSQGTPTAYDAVLGYVVEPLKKMAGIEKIDEKILMENSRLAGMFDIEDLRYLREQVAKRVGITVEELEKAIRPYELIYAIADHTKALTFMLADGVVPSNVKAGYLARLLIRKSIRHLRELGLEVPLSEIVALHIKELHKTFPEFKEMEDIILEMIELEEKKYAETLRRGSDLVRREIAKLKKKGIKEIPVEKLVTFYESHGLTPEIVKEIAEKEGVKVNIPDNFYSMVAKEAERTLVDFELLKDLPDTRRLYYEDPFMKEFDAKVLRVIKDWVILDATAFYPEGGGQPYDTGVLIVNGREVKVTNVQKVGKVIIHKVEDPGAFKEGMIVHGKIDWKRRIQHMRHHTGTHVLMGALVRVLGRHVWQAGSQLTTDWARLDISHYKRISEEELKEIEMLANRIVMEDRKVTWEWLPRTTAEQKYGFRLYQGGVVPGREIRVVKIEDWDVQACGGTHLPSTGLVGPIKILRTERIQDGVERIIFACGE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of alanyl-tRNA synthetase with editing domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Pyrococcus horikoshii
|
| molecule keywords |
Alanyl-tRNA synthetase
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| total genus |
229
|
| structure length |
738
|
| sequence length |
751
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
6.1.1.7: Alanine--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 2009-02-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01411 | tRNA-synt_2c | tRNA synthetases class II (A) |
| A | PF07973 | tRNA_SAD | Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 | Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | BirA Bifunctional Protein; domain 2 | Bira Bifunctional Protein; Domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 | Threonyl-trna Synthetase; Chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HXU A; 3RGL A; 2DTI A; 4RQF A; 4K86 A; 1YFS A; 3HRK A; 3KFU A; 1X2H A; 1X2G A; 1ATI A; 2DTO A; 4ZIB A; 4YRC A; 5ELO A; 2DXU A; 3A32 A; 1WNU A; 1E1T A; 3NEM A; 4LNS A; 4CH6 A; 2P5I A; 1B7Y A; 1USY C; 1V7O A; 2E5A A; 3I7F A; 3A7U A; 1SER A; 1WLE A; 1H4V B; 3IKM B; 4TVW A; 1SRY A; 1SET A; 2QHT A; 3V7C A; 1BIA A; 4TVY A; 4XTV A; 4G85 A; 2XGT A; 2E65 A; 2DXT A; 3LC0 A; 1V4P A; 5KNN A; 4YCW A; 2XTI A; 2DZ9 A; 3MEY A; 1EVL A; 1ASY A; 3RKW A; 3A31 A; 4P71 A; 4XU1 A; 4H2T A; 1NJ5 A; 3W3S A; 1KOG A; 4YRP A; 4YPF A; 1TKY A; 2ZZF A; 3HXZ A; 1NJ1 A; 3G1Z A; 2EJ9 A; 2Q5I A; 5C52 B; 2ZZG A; 4H2W A; 1B70 B; 3DSQ A; 4YP0 A; 2IY5 B; 2ARS A; 1YFT A; 4XTW A; 4UP8 A; 3RIR A; 4TQD A; 3RUX A; 1H4T A; 4P75 A; 3IG2 A; 2DVE A; 2C7I A; 1B70 A; 2QHU A; 4H2V A; 4YRR A; 1RIQ A; 3HXY A; 4TQF A; 2ODR D; 3HXW A; 1W66 A; 4XTU A; 4EO4 A; 2DQ0 A; 1L0W A; 5C51 B; 4TTV A; 5F5W A; 3VQY A; 2QHS A; 4EX5 A; 4YRJ A; 2E64 A; 3M4Q A; 3HY1 A; 3PCO B; 4YCV A; 4YRS A; 1WU7 A; 3UFG A; 4NCX A; 4UP9 A; 1HC7 A; 4J15 A; 3L1A A; 4WJ3 M; 2CJ9 A; 4XU0 A; 4P73 A; 3CMQ A; 2Q7G A; 2ZT7 A; 4HWO A; 4K87 A; 4RDX A; 4ZTU B; 1NJ6 A; 3PCO A; 4XEO A; 4P71 C; 5K1P A; 4XTZ A; 1H4Q A; 2P0L A; 5K1X A; 1BBW A; 5ELN A; 2I4O A; 3ERR A; 2RHQ B; 1B7Y B; 2E3C A; 1JJC B; 4G84 A; 12AS A; 2EJF A; 3QO5 A; 3VQW A; 4CH5 A; 1Z7M A; 3IAL A; 4H2X B; 4CH4 A; 4YRF A; 2FYK A; 2RHQ A; 1X55 A; 2EWN A; 2EJG A; 3RKY A; 2CJB A; 1NJ2 A; 1JJC A; 1QF6 A; 3EFS A; 2ALY B; 3QNE A; 2ZZE A; 1E24 A; 4HWR A; 3BFM A; 3HXX A; 1C0A A; 4H2X A; 2ZT6 A; 4Q15 A; 3PZC A; 1B76 A; 4YRI A; 4ZTZ B; 5E3I A; 2I4M A; 1WQ7 A; 2DTH A; 4KQE A; 2ALY A; 3V8K A; 3QO7 A; 4UPA A; 4YRM A; 4YRL A; 3VBB A; 1IL2 A; 1BIB A; 1QE0 A; 2E1B A; 1FYF A; 3P8T A; 1WNL A; 4DQ2 A; 1SES A; 4PG3 A; 4WF2 A; 1WPY A; 3RAC A; 3UH0 A; 2ZR3 A; 2Q7E A; 4P74 A; 4P73 C; 4Q6G A; 3RHU A; 1LYL A; 1Z7N A; 2ZR2 A; 4YRQ A; 4PHC A; 2ZIM A; 1HTT A; 2I4N A; 2DKG A; 1EIY B; 4TVA B; 1VQZ A; 3HFV A; 3WQZ A; 2QHV A; 2ZNJ A; 3P8V A; 4P3P A; 4P72 A; 3HRI A; 3A74 A; 3L4G B; 11AS A; 1USY A; 3REU A; 1KMM A; 1EIY A; 4TVA A; 3V8L A; 2ZXF A; 1ADY A; 1PYS B; 3E9H A; 3BJU A; 1EQR A; 1GGM A; 4CH3 A; 4RMF A; 3NEL A; 3L4G A; 2E41 A; 2EL9 A; 2J3M A; 2AMC B; 2HNI A; 1H4S A; 1WXO A; 3RF1 A; 1PYS A; 3MF1 A; 3VQX A; 3V7R A; 2ARU A; 5HGQ A; 4XTY A; 4CS2 A; 4XU3 A; 4O2D A; 2DU7 A; 3QO8 A; 2AMC A; 4XEM A; 3E9I A; 2ZT5 A; 1N9W A; 1NYQ A; 4OP0 A; 4P74 C; 3RKX A; 2ZCE A; 1EOV A; 1TJE A; 3REX A; 1B8A A; 3OD1 A; 4YDQ A; 2ZNI A; 4HWS A; 4CS3 A; 3RL6 A; 2ZTG A; 4BW9 A; 2E10 A; 4YRG A; 3A7A A; 1HXD A; 3HTZ A; 1X54 A; 3NET A; 1WYD A; 4P75 C; 2ART A; 2EAY A; 2RHS B; 4WI1 A; 2DU5 A; 2DQ3 A; 3VQV A; 1NYR A; 2DDZ A; 4YRN A; 3A5Z A; 1KMN A; 2E1H A; 3HY0 A; 1TKG A; 1X56 A; 4X5O A; 4P72 C; 3P8Y A; 1ASZ A; 3EFR A; 4XTX A; 4AH6 A; 2Q5H A; 2RHS A; 3HFZ B; 3V8J A; 4CS4 A; 1YFR A; 3A5Y A; 4H2Y A; 3V7S A; 4HWP A; 2C8M A; 2ODR C; 4YCU A; 3TEH B; 4RQE A; 3HFZ A; 4OLF A; 2G4C A; 3UGQ A; 4HWT A; 1X01 A; 2ZT8 A; 3TEH A; 4KR2 A; 1NNH A; 2AKW B; 2DEQ A; 2ZGW A; 1E1O A; 3RFN A; 1WQW A; 4UP7 A; 1EVK A; 2CIM A; 4WJ4 A; 1ADJ A; 1BBU A; 4YRK A; 3LSS A; 2AKW A; 4P3O A; 3MF2 A; 1YGB A; 4P3N A; 3R07 A; 4YRE A; 1YB3 A; 4YYE A; 3NEN A; 2DJZ A; 4K88 A; 3HXV A; 1EFW A; 4TWA A; 1G51 A; 2ZIN A; 2IY5 A; 3ICA A; 2PME A; 1J5W A; 1NJ8 A; 4HVC A; 4H2S A; 1TKE A; 3QTC A; 2Q7H A; 3L2Z A; 3LSQ A; 3IKL A; 4XU2 A; 4BWA A; 3UGT A; 4KR3 A; 4E51 A; 2DZC A; 4L87 A; 2CGH A; 3TUP A; 3M4P A; 2CJA A; 3FJP A; 4H2U A; 4H02 A; 2I4L A; 1G5H A; 4HA8 A; 2J3L A; 1E22 A; 3A7R A; 5C53 B; 4YRT A; 3KEW A; 3TEG A; 4YRO A; 1G5I A; 4DPG A; 2ZIO A; 2PMF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4P3Y A; 2V7U A; 2DTI A; 2DCU A; 4RQF A; 1EP3 B; 1X2H A; 3VO2 A; 3I7O A; 3CB4 A; 1X2G A; 1H85 A; 4A09 A; 4A11 A; 5F4O A; 4LVL A; 1WNU A; 1E1T A; 4ZGQ B; 3CW2 A; 2GPJ A; 1XE1 A; 3KL9 A; 4LBY A; 1N0V C; 1N08 A; 2E5A A; 3A7U A; 4ROX A; 4FK8 A; 2BGI A; 4RM0 A; 4X0C A; 2YWE A; 3SKB A; 2C77 A; 1D1N A; 4TVY A; 2HLD A; 2B5L A; 3WND A; 4ASU A; 2DXT A; 3ZZ0 A; 2AHO A; 3RKW A; 3A31 A; 4P6V F; 1G7C A; 1NJ5 A; 1I18 A; 4KKT A; 4U9U A; 1E1R A; 1WSV A; 1VHO A; 1Y0R A; 3FPK A; 2FVG A; 5C52 B; 4YP0 A; 1CQX A; 4XTW A; 3RIR A; 3RUX A; 1XVI A; 4P25 A; 3ZIA A; 2GQF A; 4LVJ A; 1RIQ A; 3BY2 A; 3QFT A; 2ODR D; 1CNE A; 1I8D A; 4XTU A; 3AGP A; 2I1L A; 1ZM4 A; 4WQM A; 4PC1 A; 4AR1 A; 5F5W A; 2V7X A; 3VQY A; 4P9S A; 3HY1 A; 3PCO B; 4YRS A; 3P27 A; 4UP9 A; 4BPR A; 1HC7 A; 4AC9 A; 4WJ3 M; 4XU0 A; 4WZT A; 2XZP A; 1KK3 A; 4FWT A; 3CMQ A; 3PCO A; 4XEO A; 1OHH A; 4XTZ A; 2QEX B; 1K9M D; 1H4Q A; 1EFU A; 2QTL A; 3GVK A; 2D3N A; 3BNW A; 4UZU A; 5KSW B; 1ELO A; 2RHQ B; 2XZO A; 4G84 A; 12AS A; 2ZL7 A; 2JJ2 A; 3QO5 A; 1JA0 A; 3CCU B; 1BMF A; 1Z7M A; 1F20 A; 2RHQ A; 1QUF A; 4XR0 A; 1VQ7 B; 1X55 A; 2EJG A; 3JQP A; 3EI4 A; 3QNE A; 2ZZE A; 3BH4 A; 2C5H A; 4LBZ A; 5EMN A; 2BGJ A; 1WQ7 A; 1T5E A; 2D3L A; 1XQB A; 1MRZ A; 2XGJ A; 4PC3 A; 4QV2 A; 4P73 C; 3ZBT A; 1Z7N A; 3EI3 A; 2BM1 A; 2VNH A; 1NBM A; 3CCR B; 1D2E A; 3T56 B; 1QGY A; 3W2E A; 2ZIM A; 4OOX A; 4TZ4 A; 4B4D A; 3QFC A; 2I4N A; 5HKK A; 1UD2 A; 1EIY B; 1VQZ A; 3ZZU A; 3P8V A; 4P72 A; 3L4G B; 4B44 A; 5LMZ A; 1EWY A; 1KMM A; 1IJE A; 3I55 B; 1EIY A; 4X7E A; 1FDR A; 1EQR A; 1GGM A; 4X7D A; 2GJP A; 3L4G A; 4H9G A; 5DSZ A; 2AMC B; 3OW7 A; 1VJS A; 2LZJ A; 3VQX A; 3V7R A; 5HGQ A; 3ZUG A; 2V31 A; 2XND A; 2DU7 A; 2CBX A; 2OYN A; 4M53 A; 2AMC A; 1E43 A; 5E6T A; 3FPP A; 1KK2 A; 1VQ5 B; 4OP0 A; 2ZCE A; 2VJJ A; 1TJE A; 1QFZ A; 2CC2 A; 4HWS A; 3GSI A; 4YAL A; 3A7A A; 4LBV A; 3HTZ A; 2X6W A; 4OPS A; 3NET A; 4A0B A; 3CC4 B; 2EAY A; 3ZW7 A; 1UD5 A; 2DQ3 A; 3LVB A; 2D9R A; 3A5Z A; 1TKG A; 1AIP A; 4LC0 A; 3EFR A; 2HYE A; 1FNC A; 4DNT B; 2V4D A; 2YWF A; 4CS4 A; 5JBQ A; 4RD4 A; 1KZL A; 4TMW A; 4HWP A; 1VLY A; 2ODR C; 3A3B A; 4N3N A; 1KJZ A; 1YJW B; 2HDN B; 4XR1 A; 4RLZ A; 3UGQ A; 2B5M A; 3OE7 A; 1X01 A; 4TKO B; 4J0Q A; 1WOO A; 1H8H A; 4P22 A; 1E3X A; 2NV4 A; 4KR2 A; 2KVO A; 2DET A; 3RFN A; 1YJ9 B; 1WQW A; 4XD7 A; 1I7P A; 4K1X A; 4WJ4 A; 2Q6K A; 1SM4 A; 4NBS A; 2V7Q A; 3Q38 A; 3ZX5 A; 4QFM A; 3G6E B; 1BLI A; 2RC5 A; 2VJI A; 3SLN A; 1VQ4 B; 4XOT A; 3JQR A; 3NEN A; 3I7P A; 1VQP B; 3ICA A; 1E3Z A; 4PAB A; 1NJ8 A; 4H2S A; 2V7W A; 2DIE A; 1TKE A; 3U6K A; 3QTC A; 3W5H A; 3L2Z A; 1J9Z A; 3PA1 A; 1N0U A; 3W2H A; 1WU8 A; 4KR3 A; 4E51 A; 2DZC A; 2CJA A; 2I4L A; 4HA8 A; 1WSR A; 3A7R A; 2DEU A; 2X8K A; 2VBU A; 4YRO A; 4RCZ A; 3T53 B; 2PMF A; 2XNC A; 5BSY A; 2P3M A; 3HXU A; 2Z6B D; 3CCV B; 5GV7 A; 1NJI D; 3RY8 A; 1KC8 D; 3EI2 A; 1PKV A; 1ATI A; 1R5B A; 4E0F A; 4ZIB A; 4AR9 A; 5ELO A; 2DXU A; 3AVT A; 2CK3 A; 4LNS A; 1KK0 A; 1W9X A; 2YWH A; 4TMV A; 4CH6 A; 2P5I A; 4Z4S A; 3W5V A; 2ZTN A; 1H4V B; 3IKM B; 5F4J A; 4TVW A; 2IUT A; 5L46 A; 4EH1 A; 3T51 B; 2XGT A; 4P2N A; 1PJ7 A; 1DG1 G; 1F60 A; 4HT4 A; 5AN9 A; 5FA6 A; 3LC0 A; 3MQZ A; 4Y9R A; 5KNN A; 4YCW A; 1BQE A; 4OP7 A; 1ASY A; 4OOS A; 5TY0 A; 4P71 A; 3Q3A A; 3WY9 A; 1ZM3 A; 4H2T A; 1HZE A; 2X3U A; 1KOG A; 4AVZ A; 1QVF B; 4ACB A; 2XZL A; 3BY1 A; 2Q5I A; 1B70 B; 1K28 D; 3W2G A; 2F4N A; 1YFT A; 1KD1 D; 1BJK A; 3Q39 A; 4CI2 A; 4X05 A; 4RCY A; 1WPC A; 1WZC A; 2JN9 A; 1B70 A; 2WPD A; 2BV3 A; 4H2V A; 3OPO A; 1W0J A; 4TMX A; 4Z4W A; 4TQF A; 1VQM B; 4YEJ A; 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