1EQFA

Crystal structure of the double bromodomain module from human tafii250
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
267
structure length
267
Chain Sequence
GTTVHCDYLNRPHKSIHRRRTDPMVTLSSILESIINDMRDLPNTYPFHTPVNAKVVKDYYKIITRPMDLQTLRENVRKRLYPSREEFREHLELIVKNSATYNGPKHSLTQISQSMLDLCDEKLKEKEDKLARLEKAINPLLDDDDQVAFSFILDNIVTQKMMAVPDSWPFHHPVNKKFVPDYYKVIVNPMDLETIRKNISKHKYQSRESFLDDVNLILANSVKYNGPESQYTKTAQEIVNVCYQTLTEYDEHLTQLEKDICTAKEAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR
publication title Structure and function of a human TAFII250 double bromodomain module.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 97
structure length 267
sequence length 267
ec nomenclature ec 2.3.1.48: Histone acetyltransferase.
pdb deposition date 2000-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 1eqfA01
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 1eqfA02
3IU6A 5FE5A 1E6IA 3Q2EA 3HMHA 3SVGA 4YBMA 5E9VA 2N9GA 4O74A 4LZ2A 4QSQA 5KHMA 4Z1SA 2F6JA 4TU6A 3U5NA 3MULA 4HXRA 4YBTA 4QZSA 5DYXA 5E74A 4LYWA 4IR6A 4TT2A 5D3JA 3P1FA 3O36A 4Q0NA 3MUKA 5DLZA 5E0RA 4CLBA 4QSPA 2DWWA 3U5LA 1ZS5A 5I7YA 5TCMA 4XY9A 4MEQA 5IG6A 4UYEA 4CUSA 5KU3A 5FDZA 5I1QA 4NRBA 4TU4A 5F2PA 5E9KA 5HCLA 3QZVA 5E3DA 3P5OA 4FLPA 5TB6A 4O7CA 5C85A 5KTWA 4PCIA 4C67A 4Z93A 5JI8A 4A9KA 4CURA 1WUGA 5CY9A 4O72A 5DYUA 2LSPB 5FFWA 4TT6A 5CU8A 5ENGA 5FE8A 2WP1A 4N3WA 4A9LA 5EQ1A 4E96A 4LRGA 3FKMX 5L96A 4CUTA 5E9IA 5FG4A 2D9EA 2E7NA 2F6NA 5FH6A 3MQMA 4KV4A 5HQ7A 4QY4A 5DFDA 5FBXA 4UIZA 5FB0A 5CQ8A 5LUUA 5F62A 2YEKA 4AKNA 2DVQA 4HXOA 4TQNA 5L99A 4LZSA 5I83A 4N4FA 4KCXA 5JWMA 5EM3A 4YYHA 3IU5A 4PS5A 5E9YA 5FE4A 5DFCA 4BW3A 5DKDA 4ZQLA 4HXKA 5DKCA 4NR8A 5E9LA 3U5MA 4QSRA 5DX4A 4HBXA 5CPEA 1WUMA 2L5EA 4TZ8A 5CQTA 3UV4A 1EQFA 3AQAA 2YEMA 3ONIA 4PY6A 5CZGA 4Q0OA 5CQ6A 5CS8A 5F25A 3HMEA 2YQDA 5HEMA 4UIYA 4Z6IA 5IGMA 3HMFA 4MR3A 4YYJA 5EU1A 4LYSA 5LJ0A 5D3RA 4MR4A 5FE6A 5HM0A 2DVSA 4QSXA 5A85A 3NXBA 5F5ZA 4A9FA 4NYWA 5CGPA 4QBMA 5D3PA 5EV9A 5I40A 5ETBA 3JVJA 4HXMA 4A9EA 3UV5A 4IOOA 2RNYA 4NXJA 4PTBA 3LQHA 4LYIA 4NS5A 3UVYA 5I86A 3S91A 2MJVB 4O70A 3UVXA 4TT4A 3UVDA 4TS8A 5CUEA 4QYDA 5CUBA 5D3SA 3U5PA 4BW2A 5EI4A 4ZW1A 5HRWA 3DWYA 2GRCA 4QUTA 5EWHA 5EPBA 2RI7A 4TZ2A 5FG6A 5E3GA 4HXPA 4WIVA 5CUAA 4LR6A 4N4HA 5L98A 4ALGA 4QSWA 5L8UA 5F3AA 3S92A 3G0JA 5ENIA 5EWWA 5II2A 4J3IA 2DATA 5FFVA 4XUBA 5F1HA 1JSPB 4O78A 5IGLA 3JVLA 5A5OA 5F63A 5BT4A 4CFLA 3MXFA 2RO1A 4IORA 4KV1A 5IGNA 4Z6HA 5ENHA 5C4QA 4CL9A 4N4GA 4A9MA 5G4RA 4YC9A 4UYHA 5ENEA 5EVAA 5FE2A 3U5JA 5C87A 4TTEA 5CQ5A 3SVFA 3LXJA 4IOQA 4F3IA 4QEUA 5K29A 5A5PA 4A9OA 3QZTA 4QR5A 4YABA 5A7CA 4A9JA 4Z1QA 5E73A 4NUEA 5LKTA 4YADA 4O7EA 5H85A 4XUAA 4QSUA 4QC1A 5LVRA 5LKXA 4PCEA 5LKUA 4QSSA 4CUQA 5LVQA 1N72A 5HRVA 5D3NA 5EISA 5FFYA 4YYDA 5EWCA 5HENA 5FE9A 2H60A 5CQAA 4YBSA 2R0SA 2RNWA 4NRAA 5HFQA 4YY6A 5F36A 4YYNA 4YH3A 2OO1A 3UW9A 2I8NA 4IR4A 4IR3A 5CUGA 2NXBA 5IIDA 4UYGA 5ENBA 5H1TA 4O76A 5AMEA 5CFWA 4NQNA 4UIVA 5LKZA 3RCWA 5KO4A 5BT3A 4QUUA 4UIXA 5HQ5A 4CUUA 2YDWA 4MEPA 5I89A 5DW2A 4YYGA 5CQ7A 4BHWA 2YELA 2DKWA 4NR9A 2R0YA 2DVRA 5FE1A 3QZSA 3AADA 2R10A 3U5OA 5A5RA 5A5SA 5ENJA 4YY4A 4UYDA 4O71A 3JVKA 4UITA 4UYFA 5KTUA 5D24A 4A9IA 3O34A 4QB3A 3LQJA 5EWVA 5I88A 5C89A 3G0LA 5E9MA 5H1UA 3ZYUA 3U5KA 4OGIA 5A81A 2E7OA 4HBWA 4QR4A 3UVWA 5EK9A 2E3KA 5E7DA 4LDFA 2WP2A 4O75A 5AMFA 4QSTA 4O7AA 5ETDA 4IR5A 5IBNA 2FSAA 5CUCA 5DBMA 5HQ6A 5DLXA 5FH7A 5FE0A 4XYAA 2YW5A 4YATA 5LJ1A 4YAXA 5CTLA 5D3LA 3LQIA 4MENA 4CUPA 5EP7A 5FG5A 5L97A 5HRXA 2RS9B 4WHWA 4RVRA 5H1VA 4J1PA 4YYIA 4YYKA 1X0JA 5HELA 5I29A 4NR5A 5J0DA 3P1DA 5AD2A 3GG3A 3MB3A 5FE3A 4UIWA 4NR7A 5ENCA 5CQ4A 4BJXA 4C66A 4NQMA 5D7XA 4QC3A 4HBVA 4NR6A 4NUCA 4TYLA 4NYXA 5A5NA 4QSVA 5DYAA 5D3HA 5CRZA 3D7CA 4O77A 4BW1A 3Q2FA 5C7NA 1JM4B 5F61A 5CP5A 3MB4A 3SVHA 5CRMA 4N4IA 2DVVA 4QEWA 4CFKA 3O35A 5F1LA 4O7BA 2OUOA 4HXSA 5EWDA 2G4AA 2I7KA 2RFJA 4LZRA 5EICA 3UV2A 5IGKA 4J0SA 4QYLA 4UYFB 4ZC9A 2R0VA 4J0RA 5DW1A 4BW4A 5EPSA 5L8TA 4QNSA 5FB1A 5COIA 5DKHA 4MR6A 4YH4A 4GPJA 4MEOA 4DONA 5A5QA 5C8GA 4NYVA 4PKLA 3O33A 4OGJA 2D82A 5I80A 5A82A 5FE7A 5LJ2A 3K2JA 5KTXA 5D3TA 4O7FA 5ENFA 5DYCA 2L84A 3JVMA 4LC2A 5CQ3A 5II1A 2YYNA 5DY7A 4YK0A 5D25A 4NRCA 4HXNA 4X2IA 5CUDA 5HLSA 2OSSA 4ALHA 3I3JA 5D26A 3P1CA 5D0CA 4NUDA 2KTBB 4QR3A 3LJWA 5EPRA 5FH8A 5ACYA 5A83A 5EGUA 5I7XA 3O37A 4A9NA 4HXLA 3P1EA 4A9HA 2L85A 5HJCA 4HBYA 1F68A 5EA1A 5G4SA 5F60A 4Y03A 4WHUA 3DAIA 5HFRA 5AD3A 3TLPA 5DFBA 4NR4A 2RNXA 4UIUA 4YYMA 4QEVA 5BT5A 4MR5A 4XY8A 4OUFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IU6A 5FE5A 1E6IA 3Q2EA 3HMHA 3SVGA 4YBMA 5E9VA 2N9GA 4O74A 4LZ2A 4QSQA 5KHMA 4Z1SA 2F6JA 4TU6A 3U5NA 3MULA 4HXRA 4YBTA 4QZSA 5DYXA 5E74A 4LYWA 4IR6A 4TT2A 5D3JA 3P1FA 3O36A 4Q0NA 3MUKA 5DLZA 5E0RA 4CLBA 4QSPA 2DWWA 3U5LA 1ZS5A 5I7YA 5TCMA 4XY9A 4MEQA 5IG6A 4UYEA 4CUSA 5KU3A 5FDZA 5I1QA 4NRBA 4TU4A 5F2PA 5E9KA 5HCLA 3QZVA 5E3DA 3P5OA 4FLPA 5TB6A 4O7CA 5C85A 5KTWA 4PCIA 4C67A 4Z93A 5JI8A 4A9KA 4CURA 1WUGA 5CY9A 4O72A 5DYUA 2LSPB 5FFWA 4TT6A 5CU8A 5ENGA 5FE8A 2WP1A 4N3WA 4A9LA 5EQ1A 4E96A 4LRGA 4AKHA 3FKMX 5L96A 4CUTA 5E9IA 4AKIA 5FG4A 2D9EA 2E7NA 2F6NA 5FH6A 3MQMA 4KV4A 5HQ7A 4QY4A 5DFDA 5FBXA 4UIZA 5FB0A 5CQ8A 5LUUA 5F62A 2YEKA 4AKNA 2DVQA 4HXOA 4TQNA 5L99A 4LZSA 5I83A 4N4FA 4KCXA 5JWMA 5EM3A 4YYHA 3IU5A 3D1DA 4PS5A 5E9YA 5FE4A 1ZKRA 5DFCA 4BW3A 5DKDA 4ZQLA 4HXKA 5DKCA 4NR8A 5E9LA 3U5MA 4QSRA 5DX4A 4HBXA 5CPEA 1WUMA 2L5EA 4TZ8A 5CQTA 3UV4A 1EQFA 3AQAA 2YEMA 3ONIA 4PY6A 5CZGA 4Q0OA 5CQ6A 5CS8A 5F25A 3HMEA 2YQDA 5HEMA 4UIYA 4Z6IA 5IGMA 3HMFA 4MR3A 4YYJA 5EU1A 4LYSA 5LJ0A 5D3RA 4MR4A 5FE6A 5HM0A 2DVSA 4QSXA 5A85A 3NXBA 5F5ZA 4A9FA 4NYWA 5CGPA 4QBMA 5D3PA 5EV9A 5I40A 5ETBA 3JVJA 4HXMA 4A9EA 3UV5A 4IOOA 2RNYA 4NXJA 4PTBA 3LQHA 4LYIA 4NS5A 3UVYA 5I86A 3S91A 2MJVB 4O70A 3UVXA 4TT4A 3UVDA 4TS8A 5CUEA 4QYDA 5CUBA 5D3SA 3U5PA 4BW2A 5EI4A 4ZW1A 5HRWA 3DWYA 2GRCA 3ERRA 4QUTA 5EWHA 5EPBA 2RI7A 4TZ2A 5FG6A 5E3GA 4HXPA 4WIVA 5CUAA 4LR6A 4N4HA 5L98A 4ALGA 4QSWA 5L8UA 5F3AA 3S92A 3G0JA 5ENIA 5EWWA 5II2A 4J3IA 2DATA 5FFVA 4XUBA 5F1HA 1JSPB 4O78A 5IGLA 3JVLA 5A5OA 5F63A 5BT4A 4CFLA 3MXFA 2RO1A 4IORA 4KV1A 5IGNA 4Z6HA 5ENHA 5C4QA 4CL9A 4N4GA 4A9MA 5G4RA 4YC9A 4UYHA 5ENEA 5EVAA 5FE2A 3U5JA 5C87A 4TTEA 5CQ5A 3SVFA 3LXJA 4IOQA 4F3IA 4QEUA 5K29A 5A5PA 4A9OA 3QZTA 4QR5A 4YABA 5A7CA 4A9JA 4AI6A 4Z1QA 5E73A 4NUEA 5LKTA 4YADA 4O7EA 5H85A 4XUAA 4QSUA 4QC1A 5LVRA 5LKXA 4PCEA 5LKUA 4QSSA 4CUQA 5LVQA 1N72A 5HRVA 5D3NA 5EISA 5FFYA 4YYDA 5EWCA 5HENA 5FE9A 2H60A 5CQAA 4YBSA 2R0SA 2RNWA 4NRAA 5HFQA 4YY6A 5F36A 4YYNA 4YH3A 2OO1A 3UW9A 2I8NA 4IR4A 4IR3A 5CUGA 2NXBA 5IIDA 4UYGA 5ENBA 5H1TA 4O76A 5AMEA 5CFWA 4NQNA 4UIVA 5LKZA 3RCWA 5KO4A 5BT3A 4QUUA 4UIXA 5HQ5A 4CUUA 2YDWA 4MEPA 5I89A 5DW2A 4YYGA 5CQ7A 4BHWA 2YELA 2DKWA 4NR9A 2R0YA 2DVRA 5FE1A 3QZSA 3AADA 2R10A 3U5OA 5A5RA 5A5SA 5ENJA 4YY4A 4UYDA 4O71A 3JVKA 4UITA 4UYFA 5KTUA 5D24A 4A9IA 3O34A 4QB3A 3LQJA 5EWVA 5I88A 5C89A 3G0LA 5E9MA 5H1UA 3ZYUA 3U5KA 4OGIA 5A81A 2E7OA 4HBWA 4QR4A 3UVWA 5EK9A 2E3KA 5E7DA 4LDFA 2WP2A 4O75A 5AMFA 4QSTA 4O7AA 5ETDA 4IR5A 5IBNA 2FSAA 5CUCA 5DBMA 5HQ6A 5DLXA 5FH7A 5FE0A 4XYAA 4AKGA 2YW5A 4YATA 5LJ1A 4YAXA 5CTLA 5D3LA 3LQIA 4MENA 4CUPA 5EP7A 5FG5A 5L97A 5HRXA 2RS9B 4WHWA 4RVRA 5H1VA 4J1PA 4YYIA 4YYKA 1X0JA 5HELA 5I29A 4NR5A 5J0DA 3P1DA 5AD2A 3GG3A 3MB3A 5FE3A 4UIWA 4NR7A 5ENCA 5CQ4A 4BJXA 4C66A 4NQMA 5D7XA 2EJNA 4QC3A 4HBVA 4NR6A 4NUCA 4TYLA 4NYXA 5A5NA 4QSVA 5DYAA 5D3HA 5CRZA 3D7CA 4O77A 4BW1A 3Q2FA 5C7NA 1JM4B 5F61A 5CP5A 3MB4A 3SVHA 5CRMA 4N4IA 2DVVA 4QEWA 4CFKA 3O35A 5F1LA 4O7BA 2OUOA 4HXSA 5EWDA 2G4AA 2I7KA 2RFJA 4LZRA 5EICA 3UV2A 5IGKA 4J0SA 4QYLA 4UYFB 4ZC9A 2R0VA 4J0RA 5DW1A 4BW4A 5EPSA 5L8TA 4QNSA 5FB1A 5COIA 5DKHA 4MR6A 4YH4A 4GPJA 4MEOA 4DONA 3D1BA 5A5QA 5C8GA 4NYVA 4PKLA 3O33A 4OGJA 2D82A 5I80A 1PUOA 5A82A 5FE7A 5LJ2A 3K2JA 5KTXA 5D3TA 4O7FA 5ENFA 5DYCA 2L84A 3JVMA 4LC2A 5CQ3A 5II1A 2YYNA 5DY7A 4YK0A 5D25A 3VKGA 4NRCA 4HXNA 4X2IA 5CUDA 5HLSA 2OSSA 4ALHA 3I3JA 5D26A 3P1CA 5D0CA 4NUDA 2KTBB 4QR3A 3LJWA 5EPRA 5FH8A 5ACYA 5A83A 5EGUA 5I7XA 3O37A 4A9NA 4HXLA 3P1EA 4A9HA 2L85A 5HJCA 4HBYA 1F68A 5EA1A 5G4SA 5F60A 4Y03A 4WHUA 3DAIA 5HFRA 5AD3A 3TLPA 3VKHA 5DFBA 4NR4A 2RNXA 4UIUA 4YYMA 4QEVA 5BT5A 4MR5A 4XY8A 4OUFA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 3IU6 A;  5FE5 A;  1E6I A;  3Q2E A;  3HMH A;  3SVG A;  4YBM A;  5E9V A;  2N9G A;  4O74 A;  4LZ2 A;  4QSQ A;  5KHM A;  4Z1S A;  2F6J A;  4TU6 A;  3U5N A;  3MUL A;  4HXR A;  4YBT A;  4QZS A;  5DYX A;  5E74 A;  4LYW A;  4IR6 A;  4TT2 A;  5D3J A;  3P1F A;  3O36 A;  4Q0N A;  3MUK A;  5DLZ A;  5E0R A;  4CLB A;  4QSP A;  2DWW A;  3U5L A;  1ZS5 A;  5I7Y A;  5TCM A;  4XY9 A;  4MEQ A;  5IG6 A;  4UYE A;  4CUS A;  5KU3 A;  5FDZ A;  5I1Q A;  4NRB A;  4TU4 A;  5F2P A;  5E9K A;  5HCL A;  3QZV A;  5E3D A;  3P5O A;  4FLP A;  5TB6 A;  4O7C A;  5C85 A;  5KTW A;  4PCI A;  4C67 A;  4Z93 A;  5JI8 A;  4A9K A;  4CUR A;  1WUG A;  5CY9 A;  4O72 A;  5DYU A;  2LSP B;  5FFW A;  4TT6 A;  5CU8 A;  5ENG A;  5FE8 A;  2WP1 A;  4N3W A;  4A9L A;  5EQ1 A;  4E96 A;  4LRG A;  3FKM X;  5L96 A;  4CUT A;  5E9I A;  5FG4 A;  2D9E A;  2E7N A;  2F6N A;  5FH6 A;  3MQM A;  4KV4 A;  5HQ7 A;  4QY4 A;  5DFD A;  5FBX A;  4UIZ A;  5FB0 A;  5CQ8 A;  5LUU A;  5F62 A;  2YEK A;  4AKN A;  2DVQ A;  4HXO A;  4TQN A;  5L99 A;  4LZS A;  5I83 A;  4N4F A; 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