4BW4A

The first bromodomain of human brd4 in complex with 3,5 dimethylisoxaxole ligand
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
publication title Naphthyridines as Novel Bet Family Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4bw4A01
4QB3A 2DWWA 5L8UA 5E74A 5DX4A 5D3NA 5LKUA 5EISA 4ALGA 5A5OA 3P1DA 5HCLA 5LKXA 4NS5A 5AMEA 5LKZA 3DWYA 3UVXA 4J1PA 5F5ZA 5A83A 4Z6HA 4QEVA 5FH7A 5EPRA 4YYGA 4UIYA 4QY4A 3O37A 4O74A 4CUPA 5H1TA 5FBXA 5CQ7A 2DVSA 2YDWA 4FLPA 4TU4A 4N4GA 5E9LA 2YQDA 3UV5A 4O72A 5G4SA 5CY9A 2I7KA 4A9NA 5D3RA 3O35A 5ETBA 3D7CA 5EPSA 5H1VA 5ENCA 5FE8A 4LR6A 5DFCA 2R0SA 4UIVA 4YBSA 5LUUA 4O77A 2E3KA 3IU6A 2DVRA 3HMEA 5CTLA 4PKLA 5E9VA 4HBYA 4TT4A 4Z1SA 4BW2A 2YW5A 4CFKA 5D3SA 4LZSA 4E96A 3MB4A 4KV4A 5EWWA 5HFQA 5EPBA 5E0RA 4IR5A 4MR4A 4Z1QA 5CQTA 4CUQA 4A9HA 4MR6A 5F1HA 5L98A 4TQNA 4NUCA 5FB1A 4UIWA 5A5NA 5KTXA 5I40A 1N72A 2E7OA 5E7DA 4NXJA 5CUDA 4HXMA 4QUUA 4QZSA 5ENIA 2OSSA 5COIA 4N4FA 5ENJA 5HJCA 4YADA 2YEKA 5D3HA 5EWHA 1EQFA 5G4RA 2L5EA 4N3WA 5EM3A 4MENA 4XY9A 1X0JA 5DYCA 5F25A 5AD3A 4Q0NA 5I89A 5FE9A 2R0YA 4N4HA 3S91A 3UV4A 2R0VA 4TZ2A 5CS8A 2OUOA 5A85A 5FFVA 3SVGA 4YH4A 2F6JA 4BW3A 5HQ5A 4YH3A 5CUBA 4O71A 4OGJA 5FH6A 5H1UA 4UIUA 4YAXA 4QSSA 4NYWA 5CQ5A 4QC1A 5EWCA 4QBMA 4TYLA 5FH8A 5C8GA 5KTUA 3K2JA 4ZW1A 5C7NA 4NUDA 5DLXA 5DYAA 4YYIA 2MJVB 5DKHA 3UVYA 5EWVA 4QR5A 5E9YA 2F6NA 5LVQA 4QEWA 3MQMA 4QEUA 5IIDA 2YELA 4IOQA 3O33A 5E3GA 5KTWA 5II1A 5HLSA 4ALHA 5EQ1A 4YYNA 2YEMA 4QSVA 5TCMA 3LJWA 4BW1A 1E6IA 3LQIA 2DVVA 5CGPA 5TB6A 2RS9B 4DONA 4YYDA 5ACYA 5CRZA 4A9JA 4TZ8A 5CPEA 5L97A 4QYLA 3LQJA 3HMFA 4CURA 4O7BA 4C66A 4YYMA 4O7FA 2D82A 5D3TA 4YYJA 5CUAA 5HRVA 3U5KA 4QR4A 4C67A 5DW2A 3P1EA 4PTBA 5D3JA 4YY4A 5FG4A 5CQ3A 4NR7A 5HFRA 5HRWA 4OGIA 3QZSA 5J0DA 3RCWA 5KHMA 5A82A 4WIVA 3TLPA 5E9IA 3FKMX 5IGNA 5DYXA 5F63A 2NXBA 4UYHA 5DBMA 4OUFA 2G4AA 5CU8A 4XY8A 5I88A 5K29A 4UITA 5I83A 2D9EA 4YABA 4HXOA 3Q2FA 4MEQA 5F3AA 4O7AA 5EICA 4Z93A 3P1CA 4NQNA 4BJXA 4QNSA 3O34A 3U5PA 5LJ1A 4PCEA 5E3DA 4HBWA 5BT3A 4AKNA 4QSUA 3ONIA 4KCXA 5I29A 5DKCA 4LZRA 4NYVA 4CUTA 4UYFA 2RNXA 5FB0A 4X2IA 1WUGA 5FE4A 4A9IA 3QZTA 3UV2A 4YBTA 3UVDA 4J0RA 4ZQLA 4RVRA 4Z6IA 4O7CA 3IU5A 5HENA 3Q2EA 5D25A 5ENGA 5F62A 4CLBA 2LSPB 4NR8A 4A9LA 4LYIA 5A5SA 4CUSA 5F60A 3I3JA 4NQMA 5BT4A 5H85A 5KO4A 1ZS5A 5EP7A 3GG3A 4LDFA 3U5LA 4BHWA 3UW9A 2RNYA 4CL9A 4NR4A 4LC2A 5A5RA 3U5JA 4NRAA 4LZ2A 5ETDA 4HBVA 3AADA 4ZC9A 4Q0OA 3UVWA 4HBXA 2WP2A 5A81A 4HXLA 4UYEA 5C85A 5DY7A 5II2A 5FE1A 4IR6A 4XUAA 5EI4A 4QSTA 2GRCA 5IG6A 3JVMA 5E9MA 3SVHA 4QC3A 4LYSA 2N9GA 4A9KA 3G0LA 2KTBB 5IGKA 4N4IA 3JVJA 5F2PA 4A9FA 4J3IA 5ENFA 2DVQA 1F68A 5FFWA 3LQHA 4O75A 5IGLA 2DKWA 4HXKA 4TU6A 4NR6A 4PY6A 4KV1A 1WUMA 4QYDA 5FE0A 5FDZA 5LKTA 5HQ6A 4CUUA 4MR3A 5EWDA 5ENHA 5CUCA 5L8TA 4WHWA 5DLZA 5A7CA 5BT5A 3HMHA 4O70A 5EA1A 3P1FA 5EGUA 4IOOA 5LJ0A 3U5NA 5DFBA 5EK9A 5HELA 5F61A 5LJ2A 5D24A 4XYAA 2RI7A 5FFYA 5AMFA 4HXPA 5CQ6A 5D3LA 2FSAA 4NR5A 1JM4B 4QUTA 4YYKA 5HM0A 2I8NA 4MR5A 4MEOA 4NRBA 3MXFA 3O36A 3G0JA 3P5OA 5HQ7A 5AD2A 5CRMA 5IGMA 2E7NA 4QSWA 5FG5A 3S92A 5EU1A 4YATA 4A9OA 4YYHA 4PS5A 4UIXA 5I1QA 5CUGA 5CUEA 4A9EA 5IBNA 5I7YA 2H60A 4PCIA 2L85A 4O7EA 4LRGA 5I7XA 4TT2A 5L96A 4MEPA 3AQAA 5FE3A 2L84A 5CP5A 2RO1A 3JVLA 4J0SA 5EV9A 3SVFA 5E73A 4UYGA 5C87A 4YK0A 2YYNA 4UIZA 2RNWA 4LYWA 5A5QA 4HXSA 3MUKA 4QSXA 4NYXA 3DAIA 4TTEA 4UYFB 5CQAA 4YBMA 4HXNA 5E9KA 4IR4A 4XUBA 5D0CA 5I80A 5F36A 4Y03A 4YY6A 4GPJA 5I86A 4CFLA 5HEMA 3ZYUA 5ENBA 4QSRA 4IR3A 1JSPB 4TS8A 4QSQA 5L99A 4A9MA 4NUEA 5CZGA 5FE5A 5FE2A 5DKDA 5CQ4A 3NXBA 5ENEA 4O76A 3LXJA 5A5PA 4O78A 4BW4A 4NRCA 5D7XA 5LVRA 3U5MA 4UYDA 5DFDA 5C4QA 4QSPA 4F3IA 5DW1A 3QZVA 5DYUA 5FE6A 4IORA 5FG6A 5FE7A 4YC9A 4QR3A 5CFWA 5JI8A 5CQ8A 5KU3A 3JVKA 4TT6A 4HXRA 5JWMA 3MULA 4NR9A 5EVAA 2WP1A 2RFJA 2R10A 5HRXA 3U5OA 4WHUA 5D26A 5C89A 5F1LA 2DATA 5D3PA 2OO1A 3MB3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QB3A 2DWWA 5L8UA 5E74A 5DX4A 5D3NA 5LKUA 5EISA 4ALGA 5A5OA 3P1DA 5HCLA 5LKXA 4NS5A 5AMEA 5LKZA 3DWYA 3UVXA 4J1PA 5F5ZA 5A83A 4Z6HA 4QEVA 5FH7A 5EPRA 4YYGA 4UIYA 4QY4A 3O37A 4O74A 4CUPA 5H1TA 5FBXA 5CQ7A 2DVSA 2YDWA 4FLPA 4TU4A 4N4GA 5E9LA 2YQDA 3UV5A 4O72A 5G4SA 5CY9A 2I7KA 4A9NA 5D3RA 3O35A 5ETBA 3D7CA 5EPSA 5H1VA 5ENCA 5FE8A 4LR6A 5DFCA 2R0SA 4UIVA 4YBSA 5LUUA 4O77A 2E3KA 2DVRA 3IU6A 3HMEA 5CTLA 4PKLA 5E9VA 4HBYA 4TT4A 4Z1SA 4BW2A 2YW5A 4CFKA 5D3SA 4AI6A 4LZSA 4E96A 3MB4A 4KV4A 5EWWA 5HFQA 5EPBA 5E0RA 4IR5A 4MR4A 4Z1QA 5CQTA 4AKIA 4CUQA 4A9HA 4MR6A 5F1HA 5L98A 4TQNA 4NUCA 5FB1A 4UIWA 5A5NA 5KTXA 5I40A 1N72A 4AKHA 2E7OA 5E7DA 4NXJA 5CUDA 4HXMA 4QUUA 4QZSA 5ENIA 2OSSA 5COIA 4N4FA 5ENJA 5HJCA 4YADA 2YEKA 5D3HA 5EWHA 1EQFA 5G4RA 2L5EA 4N3WA 2EJNA 5EM3A 4MENA 4XY9A 1X0JA 5DYCA 5F25A 5AD3A 4Q0NA 5I89A 5FE9A 2R0YA 4N4HA 3S91A 3UV4A 2R0VA 4TZ2A 5CS8A 2OUOA 5A85A 5FFVA 3SVGA 4YH4A 2F6JA 4BW3A 5HQ5A 4YH3A 5CUBA 4O71A 4OGJA 5FH6A 5H1UA 4UIUA 4YAXA 4QSSA 4NYWA 5CQ5A 4QC1A 3VKGA 5EWCA 4QBMA 4TYLA 5FH8A 5C8GA 5KTUA 3K2JA 4ZW1A 5C7NA 4NUDA 5DLXA 5DYAA 4YYIA 2MJVB 5DKHA 3UVYA 5EWVA 4QR5A 5E9YA 2F6NA 5LVQA 4QEWA 3MQMA 4QEUA 5IIDA 2YELA 4IOQA 3O33A 5E3GA 5KTWA 5II1A 5HLSA 4ALHA 5EQ1A 4YYNA 2YEMA 4QSVA 5TCMA 3LJWA 4BW1A 1E6IA 3LQIA 2DVVA 5CGPA 5TB6A 2RS9B 4DONA 4YYDA 5ACYA 5CRZA 4A9JA 4TZ8A 5CPEA 5L97A 4QYLA 3LQJA 3HMFA 3D1BA 4O7BA 4CURA 4C66A 4YYMA 4O7FA 2D82A 5D3TA 4YYJA 5CUAA 5HRVA 3U5KA 4QR4A 4C67A 5DW2A 3P1EA 4PTBA 5D3JA 4YY4A 5FG4A 5CQ3A 4NR7A 5HFRA 5HRWA 4OGIA 3QZSA 5J0DA 3RCWA 5KHMA 5A82A 4WIVA 3TLPA 5E9IA 3FKMX 5IGNA 5DYXA 5F63A 2NXBA 1PUOA 4UYHA 4OUFA 5DBMA 2G4AA 5CU8A 4XY8A 5I88A 5K29A 4UITA 5I83A 2D9EA 4YABA 4HXOA 3Q2FA 4MEQA 5F3AA 4O7AA 5EICA 4Z93A 3P1CA 4NQNA 4BJXA 4QNSA 3O34A 3U5PA 5LJ1A 4PCEA 5E3DA 4HBWA 5BT3A 4AKNA 4QSUA 3ONIA 4KCXA 5I29A 5DKCA 4LZRA 4NYVA 4CUTA 4UYFA 2RNXA 5FB0A 4X2IA 1WUGA 5FE4A 4A9IA 3QZTA 3UV2A 4YBTA 3UVDA 4J0RA 4ZQLA 4RVRA 4Z6IA 4O7CA 3IU5A 5HENA 1ZKRA 3Q2EA 5D25A 5ENGA 5F62A 4CLBA 2LSPB 4NR8A 4A9LA 4LYIA 5A5SA 4CUSA 5F60A 3I3JA 4NQMA 5BT4A 5H85A 5KO4A 1ZS5A 5EP7A 3GG3A 4LDFA 3U5LA 4BHWA 3UW9A 2RNYA 4CL9A 4NR4A 4LC2A 5A5RA 3U5JA 4NRAA 4LZ2A 5ETDA 4HBVA 3AADA 4ZC9A 4Q0OA 3UVWA 4HBXA 2WP2A 5A81A 4HXLA 3ERRA 4UYEA 5C85A 5DY7A 5II2A 5FE1A 4IR6A 4XUAA 5EI4A 4QSTA 2GRCA 5IG6A 3JVMA 5E9MA 3SVHA 4QC3A 4LYSA 2N9GA 4A9KA 3G0LA 2KTBB 5IGKA 4N4IA 3JVJA 5F2PA 4A9FA 4J3IA 5ENFA 2DVQA 1F68A 5FFWA 3LQHA 4O75A 5IGLA 2DKWA 4HXKA 4TU6A 4NR6A 4PY6A 4KV1A 1WUMA 4QYDA 5FE0A 5FDZA 5LKTA 5HQ6A 4CUUA 4MR3A 3VKHA 5EWDA 5ENHA 5CUCA 5L8TA 4WHWA 5DLZA 5A7CA 5BT5A 3HMHA 4O70A 5EA1A 3P1FA 5EGUA 4IOOA 5LJ0A 3U5NA 5DFBA 5EK9A 5HELA 5F61A 5LJ2A 5D24A 4XYAA 2RI7A 5FFYA 5AMFA 4HXPA 5CQ6A 5D3LA 2FSAA 4NR5A 1JM4B 4QUTA 4YYKA 5HM0A 2I8NA 4MR5A 4MEOA 4NRBA 3MXFA 3O36A 3G0JA 3P5OA 5HQ7A 5AD2A 5CRMA 5IGMA 2E7NA 4QSWA 5FG5A 3S92A 5EU1A 4YATA 4A9OA 4YYHA 4PS5A 4UIXA 5I1QA 5CUGA 5CUEA 4A9EA 5IBNA 5I7YA 2H60A 4PCIA 2L85A 4O7EA 4LRGA 5I7XA 4TT2A 5L96A 4MEPA 3AQAA 5FE3A 2L84A 5CP5A 2RO1A 3JVLA 4J0SA 5EV9A 3SVFA 5E73A 4UYGA 5C87A 4YK0A 2YYNA 4UIZA 2RNWA 4LYWA 5A5QA 4HXSA 3MUKA 4QSXA 4NYXA 3DAIA 4TTEA 4UYFB 5CQAA 4YBMA 4HXNA 5E9KA 4IR4A 4XUBA 5D0CA 5I80A 5F36A 4Y03A 4YY6A 4GPJA 5I86A 4CFLA 5HEMA 3ZYUA 5ENBA 4QSRA 4IR3A 1JSPB 4TS8A 4QSQA 5L99A 4A9MA 4NUEA 5CZGA 5FE5A 5FE2A 5DKDA 5CQ4A 3NXBA 5ENEA 4O76A 3LXJA 4AKGA 5A5PA 4O78A 4BW4A 4NRCA 5D7XA 5LVRA 3U5MA 4UYDA 5DFDA 5C4QA 4QSPA 4F3IA 5DW1A 3QZVA 5DYUA 5FE6A 4IORA 5FG6A 5FE7A 3D1DA 4YC9A 4QR3A 5CFWA 5JI8A 5CQ8A 5KU3A 3JVKA 4TT6A 4HXRA 5JWMA 3MULA 4NR9A 5EVAA 2WP1A 2RFJA 2R10A 5HRXA 3U5OA 4WHUA 5D26A 5C89A 5F1LA 2DATA 5D3PA 2OO1A 3MB3A
chains in the Genus database with same CATH topology
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