5EM3A

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed9
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SMEMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peregrin
total genus 43
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5em3A00
3P1DA 4NRAA 4A9KA 4LYWA 4QSXA 5AMEA 5HQ5A 4O74A 3U5NA 5L8UA 5LUUA 3O35A 2YQDA 5A85A 5DYCA 4O70A 4WHUA 5CP5A 4A9FA 4HXNA 4Z1SA 5F36A 4YYGA 5F3AA 4IOQA 5KU3A 4N4GA 4Z93A 5ENFA 2DWWA 5LJ1A 2L84A 4BW3A 2RI7A 4NRBA 5EWDA 4QR4A 5ENJA 4PTBA 5C89A 4YYMA 4QSWA 4YY6A 3ZYUA 5FBXA 5C7NA 4MEOA 5IGMA 5CZGA 5EWCA 5L8TA 3MB4A 5FB1A 2N9GA 5F62A 4NR4A 2YELA 4OGIA 5CQ4A 2YYNA 5CQ8A 4IR3A 5F63A 4F3IA 4MR6A 5BT4A 5CQ3A 4QB3A 5CQAA 3LQJA 5FE9A 2F6JA 5D7XA 4ALGA 4QEVA 5DYAA 5ACYA 3U5JA 3U5KA 3S91A 4A9NA 5EWVA 4HXLA 4A9LA 4CFLA 4NXJA 2YEKA 5FFVA 4TT4A 5D3TA 5IGKA 5CQ6A 5DFBA 5F25A 3RCWA 5H85A 4XUAA 3HMFA 4TS8A 3K2JA 5J0DA 3JVLA 2DVSA 4OUFA 5E7DA 4NS5A 4PY6A 4O7EA 3O34A 5FB0A 5FG6A 5EPRA 5HRWA 5DKCA 3MXFA 4DONA 5EP7A 4UYFB 5HENA 3SVFA 4YC9A 5CQTA 4TU4A 5E0RA 2YW5A 1N72A 4BW4A 5CUDA 5HFRA 5HCLA 3O33A 4NQMA 4CUQA 5E73A 5D3JA 5LJ0A 4KV4A 3Q2FA 5JI8A 3AQAA 5AD3A 4YABA 4NUDA 4QR3A 5CUBA 5I7YA 3U5MA 4PCIA 3P5OA 5DKDA 4QSPA 5C85A 5H1TA 5D3SA 4QUUA 5ETBA 5FE1A 3AADA 4QSRA 5CUCA 5HELA 3Q2EA 5DFCA 5CY9A 4UITA 4O7FA 3O36A 5A81A 5FE8A 5C4QA 4MEQA 3MB3A 4PKLA 3IU6A 4XUBA 5DFDA 5IGLA 5I40A 5EISA 2RFJA 3HMHA 4ZC9A 4YBMA 4YATA 4CUPA 5CGPA 5ENHA 4IORA 5CFWA 4NR8A 5IIDA 4NQNA 4A9OA 5KTXA 4HBXA 5CUGA 3U5PA 5KHMA 5FG4A 4UIWA 4LZ2A 3I3JA 4NYXA 5FH6A 4QY4A 4Y03A 5JWMA 4QEUA 2KTBB 5FE6A 2R0VA 2YDWA 3TLPA 4IR4A 3ONIA 2DVQA 5CRZA 5EK9A 4N4IA 3U5OA 5FE0A 5HEMA 5IBNA 3QZTA 4YADA 4A9IA 4BW1A 4ZQLA 4O76A 4J0RA 3UW9A 3UV5A 5G4RA 2I8NA 5I86A 4PS5A 2RNYA 4TTEA 5DX4A 5BT3A 4J3IA 4TYLA 4NR7A 4UIYA 5E9VA 4UIVA 4Q0OA 2E7NA 4NR9A 5EWWA 5F5ZA 4TT2A 4HXRA 4CFKA 5CU8A 4LZSA 1JSPB 5CTLA 3NXBA 3P1EA 5I88A 5CS8A 4GPJA 4KCXA 3LQIA 2RO1A 4O7BA 4BHWA 5I1QA 5COIA 5TB6A 4IR6A 5I89A 5I83A 5EU1A 3G0LA 5D3RA 4CL9A 5A5RA 5CUAA 4O7AA 3QZSA 5ETDA 5D3NA 3UV2A 5D0CA 4XYAA 5LKZA 2R0YA 2OO1A 2LSPB 3UVDA 4ALHA 2NXBA 5A5OA 5LKXA 4ZW1A 5IGNA 4HBVA 2L5EA 1EQFA 4QSTA 4NUEA 4LYIA 3SVGA 5EWHA 5F60A 5E9IA 3LXJA 4MR5A 5KTWA 2GRCA 2L85A 4YYHA 2WP1A 5HLSA 5HJCA 4IR5A 2OUOA 4LDFA 5E3DA 3P1FA 5K29A 4O78A 2OSSA 4QC1A 4QEWA 5CUEA 4YYDA 5F2PA 5EICA 4YYKA 2E3KA 2F6NA 5KO4A 4QSSA 3G0JA 4MENA 3S92A 2DATA 4O71A 3JVJA 3GG3A 4BJXA 4X2IA 4YY4A 5L96A 5D25A 4CURA 4OGJA 3JVKA 4J1PA 4RVRA 4UIXA 5H1VA 5I7XA 5FE3A 4LR6A 1JM4B 4HXOA 4E96A 5DW1A 4CUSA 5DY7A 5EQ1A 3P1CA 4MR3A 2RS9B 4QC3A 4LYSA 4LC2A 1E6IA 4IOOA 4TZ2A 2DVVA 5LKTA 5LVRA 4YYJA 4NR5A 5L97A 4YK0A 3JVMA 5G4SA 5DYUA 5ENIA 4NRCA 1ZS5A 5TCMA 5AD2A 4Q0NA 5D26A 2E7OA 5FE5A 5I29A 5II1A 5EPSA 4KV1A 3MUKA 5ENCA 3QZVA 4O7CA 4QYDA 4A9MA 4NYWA 2I7KA 2R0SA 4QZSA 4WIVA 2G4AA 3LQHA 5LJ2A 4QSUA 1WUMA 4UYHA 4N4HA 4TT6A 3MQMA 3D7CA 4YH3A 5BT5A 5E9YA 5FH8A 4QSQA 4FLPA 4QYLA 4YBTA 3HMEA 4CLBA 4Z1QA 5FE4A 4QSVA 4O75A 5H1UA 4O77A 4N4FA 5AMFA 5F1LA 5II2A 5A5SA 5D3HA 4A9EA 5A82A 2WP2A 5A5NA 5E74A 4C67A 4LZRA 5CQ7A 3MULA 4UYDA 5A5PA 4Z6HA 4HBWA 5FE2A 1X0JA 4C66A 5FE7A 5ENGA 4A9JA 2D82A 5HRXA 4O72A 4QUTA 4XY9A 3DAIA 4Z6IA 5L99A 5C87A 2RNWA 2DVRA 4PCEA 4TU6A 5ENEA 4BW2A 4HXKA 3LJWA 5DLXA 4XY8A 1WUGA 4NUCA 3UVWA 5DKHA 5E9KA 5A5QA 4NYVA 5CRMA 5D3LA 4UYEA 5EM3A 4TZ8A 5FFWA 4AKNA 1F68A 5L98A 5DBMA 5F1HA 5FG5A 4LRGA 3UV4A 4MR4A 3O37A 5E9LA 3SVHA 3U5LA 2MJVB 4UIZA 5EA1A 4CUTA 5EPBA 5HRVA 4YBSA 5LKUA 2H60A 5EI4A 5E3GA 4WHWA 4YYIA 5HM0A 4QR5A 2YEMA 5D3PA 5C8GA 2R10A 4A9HA 5IG6A 4TQNA 5EVAA 5CPEA 4NR6A 4HXMA 4HXPA 5EGUA 5F61A 5HQ6A 5ENBA 5CQ5A 4UYGA 5KTUA 5FDZA 4J0SA 2DKWA 5FH7A 4HXSA 5D24A 4CUUA 5LVQA 2D9EA 4UYFA 3DWYA 3IU5A 5DLZA 5A83A 2RNXA 4MEPA 5EV9A 5A7CA 5E9MA 4QNSA 5DYXA 4YH4A 4YAXA 3UVYA 5I80A 4N3WA 2FSAA 4HBYA 4UIUA 5HQ7A 5FFYA 4QBMA 5DW2A 4YYNA 3FKMX 5HFQA 3UVXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P1DA 4NRAA 4A9KA 4LYWA 4QSXA 5AMEA 5HQ5A 4O74A 3U5NA 5L8UA 5LUUA 3O35A 2YQDA 5A85A 5DYCA 4O70A 4WHUA 5CP5A 4A9FA 4HXNA 4Z1SA 5F36A 4YYGA 5F3AA 4IOQA 5KU3A 4N4GA 4Z93A 5ENFA 2DWWA 5LJ1A 2L84A 4BW3A 2RI7A 4NRBA 5EWDA 4QR4A 5ENJA 4PTBA 5C89A 4YYMA 4QSWA 4YY6A 3ZYUA 5FBXA 5C7NA 4MEOA 5IGMA 5CZGA 5EWCA 5L8TA 3MB4A 5FB1A 2N9GA 5F62A 4NR4A 2YELA 4OGIA 5CQ4A 2YYNA 5CQ8A 4IR3A 5F63A 4F3IA 4MR6A 5BT4A 5CQ3A 4QB3A 5CQAA 3LQJA 5FE9A 2F6JA 5D7XA 4ALGA 4QEVA 5DYAA 5ACYA 3U5JA 3U5KA 3S91A 4A9NA 5EWVA 4HXLA 4A9LA 4CFLA 4NXJA 2YEKA 5FFVA 4TT4A 5D3TA 5IGKA 5CQ6A 5DFBA 5F25A 3RCWA 5H85A 4XUAA 3HMFA 4TS8A 3K2JA 5J0DA 3JVLA 2DVSA 4OUFA 5E7DA 4NS5A 4PY6A 4O7EA 3O34A 5FB0A 5FG6A 5EPRA 5HRWA 5DKCA 3MXFA 4DONA 5EP7A 4UYFB 5HENA 3SVFA 4YC9A 5CQTA 4TU4A 5E0RA 2YW5A 1N72A 4BW4A 5CUDA 5HFRA 5HCLA 3O33A 4NQMA 4CUQA 5E73A 5D3JA 5LJ0A 4KV4A 3Q2FA 5JI8A 3AQAA 5AD3A 4YABA 4NUDA 4QR3A 5CUBA 5I7YA 3U5MA 4PCIA 3P5OA 5DKDA 4QSPA 5C85A 5H1TA 4AKHA 5D3SA 4QUUA 5ETBA 5FE1A 3AADA 4QSRA 5CUCA 3D1BA 5HELA 3Q2EA 5DFCA 5CY9A 4AKGA 4UITA 4O7FA 3VKGA 3O36A 5A81A 5FE8A 5C4QA 4MEQA 3MB3A 4PKLA 3IU6A 4XUBA 5DFDA 5IGLA 5I40A 5EISA 2RFJA 3HMHA 4ZC9A 4YBMA 4YATA 4CUPA 5CGPA 5ENHA 4IORA 5CFWA 4NR8A 5IIDA 4NQNA 4AI6A 4A9OA 5KTXA 4HBXA 5CUGA 3U5PA 5KHMA 5FG4A 4UIWA 4LZ2A 3I3JA 4NYXA 5FH6A 4QY4A 4Y03A 5JWMA 4QEUA 2KTBB 5FE6A 2R0VA 2YDWA 3TLPA 4IR4A 3ONIA 2DVQA 5CRZA 5EK9A 4N4IA 3U5OA 5FE0A 5HEMA 5IBNA 3QZTA 4YADA 4A9IA 4BW1A 4ZQLA 4O76A 4J0RA 3UW9A 3UV5A 5G4RA 2I8NA 5I86A 4PS5A 2RNYA 4TTEA 5DX4A 5BT3A 4J3IA 4TYLA 3VKHA 4NR7A 4UIYA 5E9VA 4UIVA 3ERRA 4Q0OA 2E7NA 4NR9A 5EWWA 5F5ZA 4TT2A 4HXRA 4CFKA 5CU8A 4LZSA 1JSPB 5CTLA 3NXBA 3P1EA 5I88A 5CS8A 4GPJA 4KCXA 3LQIA 2RO1A 4O7BA 4BHWA 5I1QA 5COIA 5TB6A 4IR6A 5I89A 5I83A 5EU1A 3G0LA 5D3RA 4CL9A 5A5RA 5CUAA 1PUOA 4O7AA 3QZSA 5ETDA 5D3NA 3UV2A 5D0CA 4XYAA 5LKZA 2R0YA 2OO1A 2LSPB 3UVDA 4ALHA 2NXBA 5A5OA 5LKXA 4ZW1A 5IGNA 4HBVA 2L5EA 1EQFA 4QSTA 4NUEA 4LYIA 3SVGA 5EWHA 5F60A 5E9IA 3LXJA 4MR5A 5KTWA 2GRCA 2L85A 4YYHA 2WP1A 5HLSA 5HJCA 4IR5A 2OUOA 4LDFA 5E3DA 3P1FA 5K29A 4O78A 2OSSA 4QC1A 4QEWA 5CUEA 4YYDA 5F2PA 5EICA 4YYKA 2E3KA 2F6NA 5KO4A 4QSSA 3G0JA 4MENA 3S92A 2DATA 4O71A 3JVJA 3GG3A 4BJXA 4X2IA 4YY4A 5L96A 5D25A 4CURA 4OGJA 3JVKA 4J1PA 4RVRA 4UIXA 5H1VA 5I7XA 5FE3A 4LR6A 1JM4B 4HXOA 4E96A 5DW1A 4CUSA 5DY7A 5EQ1A 3P1CA 4MR3A 2RS9B 4QC3A 4LYSA 4LC2A 1E6IA 4IOOA 4TZ2A 2DVVA 5LKTA 5LVRA 4YYJA 4NR5A 5L97A 4YK0A 3JVMA 5G4SA 5DYUA 5ENIA 4NRCA 1ZS5A 5TCMA 5AD2A 4Q0NA 5D26A 2E7OA 5FE5A 5I29A 5II1A 5EPSA 4KV1A 3MUKA 5ENCA 3QZVA 4O7CA 4QYDA 4A9MA 4NYWA 2I7KA 2R0SA 4QZSA 4WIVA 2G4AA 3LQHA 5LJ2A 4QSUA 1WUMA 4UYHA 4N4HA 4TT6A 3MQMA 3D7CA 4AKIA 4YH3A 5BT5A 5E9YA 1ZKRA 5FH8A 4QSQA 4FLPA 4QYLA 4YBTA 3HMEA 4CLBA 4Z1QA 5FE4A 4QSVA 4O75A 5H1UA 4O77A 4N4FA 5AMFA 5F1LA 5II2A 5A5SA 5D3HA 4A9EA 5A82A 2WP2A 5A5NA 5E74A 4C67A 4LZRA 5CQ7A 3MULA 4UYDA 5A5PA 4Z6HA 4HBWA 5FE2A 1X0JA 4C66A 5FE7A 5ENGA 4A9JA 2D82A 5HRXA 4O72A 4QUTA 4XY9A 3DAIA 4Z6IA 5L99A 5C87A 2RNWA 2DVRA 4PCEA 4TU6A 5ENEA 4BW2A 4HXKA 3D1DA 3LJWA 5DLXA 4XY8A 1WUGA 4NUCA 3UVWA 5DKHA 5E9KA 5A5QA 4NYVA 5CRMA 5D3LA 4UYEA 5EM3A 4TZ8A 5FFWA 4AKNA 1F68A 5L98A 5DBMA 5F1HA 5FG5A 4LRGA 3UV4A 4MR4A 3O37A 5E9LA 3SVHA 3U5LA 2MJVB 4UIZA 5EA1A 4CUTA 5EPBA 5HRVA 4YBSA 5LKUA 2H60A 5EI4A 5E3GA 4WHWA 4YYIA 5HM0A 4QR5A 2YEMA 5D3PA 5C8GA 2R10A 4A9HA 5IG6A 4TQNA 5EVAA 5CPEA 4NR6A 4HXMA 4HXPA 5EGUA 5F61A 5HQ6A 5ENBA 5CQ5A 4UYGA 5KTUA 5FDZA 4J0SA 2DKWA 5FH7A 4HXSA 5D24A 4CUUA 5LVQA 2EJNA 2D9EA 4UYFA 3DWYA 3IU5A 5DLZA 5A83A 2RNXA 4MEPA 5EV9A 5A7CA 5E9MA 4QNSA 5DYXA 4YH4A 4YAXA 3UVYA 5I80A 4N3WA 2FSAA 4HBYA 4UIUA 5HQ7A 5FFYA 4QBMA 5DW2A 4YYNA 3FKMX 5HFQA 3UVXA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3P1D A;  4NRA A;  4A9K A;  4LYW A;  4QSX A;  5AME A;  5HQ5 A;  4O74 A;  3U5N A;  5L8U A;  5LUU A;  3O35 A;  2YQD A;  5A85 A;  5DYC A;  4O70 A;  4WHU A;  5CP5 A;  4A9F A;  4HXN A;  4Z1S A;  5F36 A;  4YYG A;  5F3A A;  4IOQ A;  5KU3 A;  4N4G A;  4Z93 A;  5ENF A;  2DWW A;  5LJ1 A;  2L84 A;  4BW3 A;  2RI7 A;  4NRB A;  5EWD A;  4QR4 A;  5ENJ A;  4PTB A;  5C89 A;  4YYM A;  4QSW A;  4YY6 A;  3ZYU A;  5FBX A;  5C7N A;  4MEO A;  5IGM A;  5CZG A;  5EWC A;  5L8T A;  3MB4 A;  5FB1 A;  2N9G A;  5F62 A;  4NR4 A;  2YEL A;  4OGI A;  5CQ4 A;  2YYN A;  5CQ8 A;  4IR3 A;  5F63 A;  4F3I A;  4MR6 A;  5BT4 A;  5CQ3 A;  4QB3 A;  5CQA A;  3LQJ A;  5FE9 A;  2F6J A;  5D7X A;  4ALG A;  4QEV A;  5DYA A;  5ACY A;  3U5J A;  3U5K A;  3S91 A;  4A9N A;  5EWV A;  4HXL A;  4A9L A;  4CFL A;  4NXJ A;  2YEK A;  5FFV A;  4TT4 A;  5D3T A;  5IGK A;  5CQ6 A;  5DFB A;  5F25 A;  3RCW A;  5H85 A;  4XUA A;  3HMF A;  4TS8 A;  3K2J A;  5J0D A;  3JVL A;  2DVS A;  4OUF A;  5E7D A;  4NS5 A;  4PY6 A;  4O7E A;  3O34 A;  5FB0 A;  5FG6 A;  5EPR A; 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