5EM3A

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed9
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SMEMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Peregrin
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Dna binding protein
total genus 43
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5em3A00
3MXFA 4OGIA 3O33A 5IIDA 4HXSA 5CUAA 4LDFA 5IGNA 4HXKA 2D9EA 2E7NA 5CUGA 5EV9A 5H1VA 5HRVA 5HM0A 5E9IA 5FG6A 3P1EA 4BHWA 4QR5A 5ACYA 5FH6A 4HBXA 4LYSA 3QZVA 3HMEA 4QEVA 5EM3A 4PY6A 5FE3A 4IOQA 4O78A 4N3WA 4QB3A 5EWDA 5LVRA 5CQ3A 5IG6A 4NRCA 5F62A 4HXNA 4NQNA 4YH4A 3MB3A 4HBYA 2DWWA 2RNYA 2YDWA 5HENA 4TS8A 4HXPA 5FE2A 5JWMA 5EGUA 4IORA 3G0JA 5F25A 2R10A 4UYFB 5E9KA 4F3IA 4QSVA 3UVXA 5II2A 5C7NA 5LKXA 3ZYUA 4NYVA 5HQ6A 5I86A 5C85A 4CLBA 3IU6A 2OSSA 5AD2A 5CQTA 4YC9A 5DY7A 4QYLA 4QC1A 5DFCA 5IBNA 5FB1A 3U5MA 5A5SA 1WUGA 5FFWA 2DVQA 5D3SA 5HCLA 4QSQA 4BJXA 4CUTA 5CP5A 4YH3A 4HXOA 4TT6A 4HXMA 4YK0A 4TZ8A 5HQ7A 5CUBA 5D3RA 2RNXA 5C87A 5CQ5A 5I89A 2LSPB 5I7XA 5HRWA 5A5RA 4TT2A 3D7CA 4NQMA 5E0RA 5LKZA 5F61A 4MR4A 2G4AA 4UIZA 5I1QA 2R0VA 4QSTA 2E7OA 4YY4A 5HFRA 4O7CA 3HMHA 5LKTA 3JVMA 4YABA 5KHMA 3I3JA 4CUUA 4O76A 4DONA 4O74A 2DKWA 5D3TA 4UYGA 5IGMA 3O37A 5C89A 4Z1QA 5H1UA 4A9HA 4NRAA 5FH8A 4CL9A 5D0CA 4QSSA 5C4QA 4QEUA 5A5OA 3SVFA 4O70A 4CFKA 5E9YA 4QC3A 4IOOA 4YBTA 5CUDA 4HXLA 5I83A 4QSXA 4J1PA 5FH7A 3LJWA 4LYIA 1E6IA 5CQ6A 5CRZA 5JI8A 4YAXA 5AMEA 5FE9A 5ENCA 5E9LA 5HELA 4YYKA 3P1CA 2N9GA 5E9VA 3UV2A 2DVRA 4J0SA 5A83A 4UIYA 4GPJA 5L8TA 3JVLA 5K29A 5EVAA 3O35A 3UV4A 2RFJA 1EQFA 5FBXA 4O75A 5F1LA 5CRMA 5CQ8A 4Z6HA 5D3HA 5AD3A 5A82A 3U5KA 3U5LA 4PCIA 5FE4A 4PKLA 5FE1A 3SVGA 4YYDA 4NUDA 5DBMA 3Q2EA 4NR5A 4YYGA 1ZS5A 5FE8A 5FG4A 4MENA 4A9FA 4IR3A 4ALHA 5KO4A 3O34A 4Q0NA 5FDZA 3U5PA 3S91A 5LKUA 2L84A 4LR6A 4LZRA 4NR9A 3AQAA 5F2PA 1X0JA 5HRXA 1N72A 5IGKA 4O71A 4TQNA 4Z1SA 5LVQA 5L97A 3G0LA 5D26A 5I80A 4HBVA 5L96A 5ETDA 5DLZA 3U5JA 5CUEA 2I7KA 2YQDA 5DYCA 4MR3A 5L98A 5EK9A 5FE0A 4CURA 4QEWA 5G4SA 4NUCA 2F6NA 4XYAA 5HQ5A 2FSAA 4XY9A 4PCEA 3P5OA 5A81A 5EPBA 5EWWA 5TCMA 4BW4A 5FE6A 5KU3A 4QSUA 4ALGA 4NR4A 4TYLA 4A9KA 5DKDA 5HJCA 4KCXA 4KV1A 4YYJA 2RI7A 2DVSA 4UIUA 5A7CA 3DAIA 4TTEA 2RO1A 5ENFA 4YY6A 4QR3A 4YYMA 5EWCA 5FE5A 4ZW1A 4Y03A 4Z93A 4TU4A 4IR6A 4NYXA 2NXBA 2YW5A 4UITA 5C8GA 5DFDA 3LQJA 4UYEA 3JVKA 4O72A 4LZ2A 5AMFA 5D3NA 5A85A 5HEMA 4WHWA 5F60A 4NS5A 4UYFA 5EPSA 5FB0A 5CY9A 5LJ1A 5CPEA 3LQIA 4OUFA 5KTUA 3IU5A 5I88A 3GG3A 2YYNA 5LJ2A 2RS9B 4C66A 5KTXA 4TZ2A 5COIA 5LJ0A 2D82A 5ENIA 2GRCA 5A5QA 5ENGA 2R0YA 2R0SA 4QSWA 5CTLA 5DFBA 5E74A 4A9EA 4O7EA 3SVHA 5E7DA 4BW2A 5HLSA 5F5ZA 5L8UA 3QZTA 5CFWA 5J0DA 4A9NA 4MR5A 5IGLA 4O77A 4TU6A 5EPRA 4A9MA 4LZSA 4FLPA 2L5EA 5E3GA 4A9LA 3TLPA 4UYHA 5I29A 5EI4A 3U5NA 3P1DA 4LRGA 3QZSA 3MB4A 4UYDA 4XUBA 5CUCA 5BT5A 4TT4A 4N4HA 3O36A 4PTBA 5ENEA 4MEQA 3FKMX 3MQMA 5BT3A 2E3KA 5II1A 5FFYA 3U5OA 4MR6A 4QNSA 4MEOA 2F6JA 4ZQLA 4NXJA 5H1TA 4A9IA 4BW3A 5CQAA 4NRBA 4UIXA 5DLXA 4E96A 5BT4A 4NYWA 5EICA 2YELA 4NR7A 4O7AA 4A9JA 4Z6IA 5FFVA 4LYWA 2H60A 2L85A 4YBSA 4N4GA 3Q2FA 4NUEA 5A5NA 4CUSA 5D3JA 4A9OA 4CFLA 4RVRA 4CUPA 4J3IA 4QR4A 5E3DA 4XUAA 5DYXA 5KTWA 4CUQA 5D25A 3UVYA 4NR6A 4YYNA 4WIVA 4QZSA 4HXRA 1WUMA 5CQ4A 4QSPA 3UW9A 5L99A 3UVDA 3UV5A 5F36A 5ETBA 4YADA 5A5PA 5EP7A 3JVJA 4IR5A 3HMFA 5CQ7A 5DYUA 3K2JA 4BW1A 5CGPA 4IR4A 2YEKA 4QYDA 5ENJA 4OGJA 5DKCA 5F1HA 5TB6A 5E73A 2OUOA 2YEMA 4YYHA 5EQ1A 4C67A 3LXJA 5CZGA 4AKNA 5G4RA 5I7YA 4PS5A 1JM4B 5FG5A 1JSPB 5CU8A 5DX4A 4N4FA 4WHUA 2DATA 5ENHA 5EWVA 3ONIA 4N4IA 4YATA 5DW1A 2RNWA 5F63A 3RCWA 5D3PA 5H85A 5LUUA 4YYIA 3MUKA 5EU1A 4XY8A 2DVVA 5ENBA 4NR8A 5DYAA 4UIVA 5HFQA 4O7BA 4YBMA 5EA1A 4QUTA 3DWYA 5E9MA 5F3AA 2WP1A 5EWHA 5D24A 5DKHA 4QSRA 3S92A 2KTBB 4X2IA 5FE7A 4ZC9A 4MEPA 3UVWA 4J0RA 3AADA 4LC2A 4QY4A 4KV4A 5DW2A 4UIWA 4O7FA 1F68A 5D3LA 5D7XA 3NXBA 5EISA 2OO1A 3MULA 4Q0OA 4HBWA 2MJVB 5I40A 2WP2A 5CS8A 2I8NA 3LQHA 4QBMA 4QUUA 3P1FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MXFA 4OGIA 3O33A 5IIDA 4HXSA 5CUAA 4LDFA 5IGNA 4HXKA 2D9EA 2E7NA 5CUGA 5EV9A 3ERRA 5H1VA 5HRVA 5HM0A 5E9IA 5FG6A 3P1EA 4BHWA 4QR5A 5ACYA 5FH6A 4HBXA 4LYSA 4AI6A 3QZVA 3HMEA 4QEVA 5EM3A 4PY6A 5FE3A 4IOQA 4O78A 4N3WA 4QB3A 5EWDA 5LVRA 5CQ3A 5IG6A 3D1DA 4NRCA 5F62A 4HXNA 4NQNA 4YH4A 4AKHA 3MB3A 4HBYA 2DWWA 2RNYA 2YDWA 5HENA 4TS8A 4HXPA 5FE2A 5JWMA 5EGUA 4IORA 3G0JA 5F25A 2R10A 4UYFB 5E9KA 4F3IA 4QSVA 3UVXA 5II2A 5C7NA 5LKXA 3ZYUA 4NYVA 5HQ6A 5I86A 5C85A 4CLBA 2OSSA 3IU6A 5AD2A 5CQTA 4YC9A 5DY7A 4QYLA 4QC1A 5DFCA 5IBNA 5FB1A 3U5MA 5A5SA 1WUGA 5FFWA 2DVQA 5D3SA 5HCLA 4QSQA 4BJXA 4CUTA 5CP5A 4YH3A 4HXOA 4TT6A 4HXMA 4YK0A 4TZ8A 5HQ7A 5CUBA 5D3RA 2RNXA 5C87A 5CQ5A 5I89A 2LSPB 5I7XA 5HRWA 5A5RA 4TT2A 3D7CA 4NQMA 5E0RA 5LKZA 5F61A 4MR4A 2G4AA 4UIZA 5I1QA 2R0VA 4QSTA 2E7OA 4YY4A 5HFRA 4O7CA 3HMHA 5LKTA 3JVMA 4YABA 5KHMA 3I3JA 4CUUA 4O76A 4DONA 4O74A 2DKWA 5D3TA 4UYGA 5IGMA 3O37A 5C89A 4Z1QA 5H1UA 1PUOA 4A9HA 4NRAA 5FH8A 4CL9A 5D0CA 4QSSA 5C4QA 4QEUA 5A5OA 3SVFA 4O70A 4CFKA 5E9YA 4QC3A 4IOOA 4YBTA 5CUDA 4HXLA 5I83A 4QSXA 4J1PA 5FH7A 3LJWA 4LYIA 1E6IA 5CQ6A 5CRZA 5JI8A 4YAXA 5AMEA 5FE9A 4AKGA 5ENCA 5E9LA 5HELA 4YYKA 3P1CA 2N9GA 5E9VA 3UV2A 2DVRA 4J0SA 5A83A 4UIYA 4GPJA 5L8TA 3JVLA 5K29A 5EVAA 3O35A 3UV4A 2RFJA 1EQFA 5FBXA 4O75A 5F1LA 5CRMA 5CQ8A 4Z6HA 5D3HA 5AD3A 5A82A 3U5KA 3U5LA 4PCIA 5FE4A 4PKLA 5FE1A 3SVGA 4YYDA 4NUDA 5DBMA 3Q2EA 4NR5A 4YYGA 1ZS5A 5FE8A 5FG4A 4MENA 4A9FA 4IR3A 4ALHA 5KO4A 3O34A 4Q0NA 5FDZA 3U5PA 3S91A 5LKUA 2L84A 4LR6A 4LZRA 4NR9A 3AQAA 5F2PA 1X0JA 5HRXA 1N72A 5IGKA 4O71A 4TQNA 4Z1SA 5LVQA 5L97A 3G0LA 5D26A 5I80A 4HBVA 5L96A 5ETDA 5DLZA 3U5JA 5CUEA 2I7KA 2YQDA 5DYCA 4MR3A 5L98A 5EK9A 5FE0A 4CURA 4QEWA 5G4SA 4NUCA 2F6NA 4XYAA 5HQ5A 2FSAA 4XY9A 4PCEA 3P5OA 5A81A 5EPBA 5EWWA 5TCMA 4BW4A 5FE6A 5KU3A 4QSUA 4ALGA 4NR4A 4TYLA 4A9KA 5DKDA 5HJCA 4KCXA 4KV1A 4YYJA 2RI7A 2DVSA 4UIUA 5A7CA 3DAIA 4TTEA 2RO1A 5ENFA 4YY6A 4QR3A 4YYMA 5EWCA 5FE5A 3VKHA 4ZW1A 4Y03A 4Z93A 4TU4A 4IR6A 4NYXA 2NXBA 2YW5A 4UITA 5C8GA 5DFDA 3LQJA 4UYEA 3JVKA 4O72A 4LZ2A 5AMFA 5D3NA 5A85A 5HEMA 4WHWA 5F60A 4NS5A 4UYFA 5EPSA 5FB0A 5CY9A 5LJ1A 5CPEA 3LQIA 4OUFA 5KTUA 3IU5A 5I88A 3GG3A 2YYNA 5LJ2A 2RS9B 4C66A 5KTXA 4TZ2A 5COIA 5LJ0A 2D82A 5ENIA 3D1BA 2GRCA 5A5QA 5ENGA 2R0YA 2R0SA 3VKGA 4QSWA 5CTLA 5DFBA 5E74A 4A9EA 4O7EA 3SVHA 5E7DA 4BW2A 5HLSA 5F5ZA 5L8UA 3QZTA 5CFWA 5J0DA 4A9NA 4MR5A 5IGLA 4O77A 4TU6A 5EPRA 4A9MA 4LZSA 4FLPA 2L5EA 5E3GA 4A9LA 3TLPA 4UYHA 5I29A 5EI4A 3U5NA 3P1DA 4LRGA 3QZSA 3MB4A 4UYDA 4XUBA 5CUCA 5BT5A 4TT4A 4N4HA 3O36A 4PTBA 5ENEA 4MEQA 3FKMX 3MQMA 5BT3A 2E3KA 5II1A 5FFYA 3U5OA 4MR6A 4QNSA 4MEOA 2F6JA 4ZQLA 4NXJA 5H1TA 4A9IA 4BW3A 5CQAA 4NRBA 4UIXA 5DLXA 4E96A 5BT4A 4NYWA 5EICA 2YELA 4NR7A 4O7AA 4A9JA 4Z6IA 5FFVA 4LYWA 2H60A 2L85A 4YBSA 4N4GA 3Q2FA 4NUEA 5A5NA 4CUSA 5D3JA 4A9OA 4CFLA 4RVRA 4CUPA 4J3IA 4QR4A 5E3DA 4XUAA 5DYXA 5KTWA 4CUQA 5D25A 4AKIA 3UVYA 4NR6A 4YYNA 4WIVA 4QZSA 4HXRA 1WUMA 5CQ4A 4QSPA 3UW9A 5L99A 3UVDA 3UV5A 5F36A 5ETBA 4YADA 5A5PA 5EP7A 3JVJA 4IR5A 2EJNA 3HMFA 5CQ7A 5DYUA 3K2JA 4BW1A 5CGPA 4IR4A 2YEKA 4QYDA 5ENJA 4OGJA 5DKCA 5F1HA 5TB6A 5E73A 2OUOA 2YEMA 4YYHA 5EQ1A 4C67A 3LXJA 5CZGA 4AKNA 5G4RA 5I7YA 4PS5A 1JM4B 5FG5A 1JSPB 5CU8A 5DX4A 1ZKRA 4N4FA 4WHUA 2DATA 5ENHA 5EWVA 3ONIA 4N4IA 4YATA 5DW1A 2RNWA 5F63A 3RCWA 5D3PA 5H85A 5LUUA 4YYIA 3MUKA 5EU1A 4XY8A 2DVVA 5ENBA 4NR8A 5DYAA 4UIVA 5HFQA 4O7BA 4YBMA 5EA1A 4QUTA 3DWYA 5E9MA 5F3AA 2WP1A 5EWHA 5D24A 5DKHA 4QSRA 3S92A 2KTBB 4X2IA 5FE7A 4ZC9A 4MEPA 3UVWA 4J0RA 3AADA 4LC2A 4QY4A 4KV4A 5DW2A 4UIWA 4O7FA 1F68A 5D3LA 5D7XA 3NXBA 5EISA 2OO1A 3MULA 4Q0OA 4HBWA 2MJVB 5I40A 2WP2A 5CS8A 2I8NA 3LQHA 4QBMA 4QUUA 3P1FA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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